Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 720,926 | G→C | 8.9% | I90M (ATC→ATG) | PP_0614 ← | bifunctional N‑carbamoyl‑beta‑alanine amidohydrolase/allantoine amidohydrolase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 720,926 | 0 | G | C | 8.9% | 141.2 / 4.1 | 45 | I90M (ATC→ATG) | PP_0614 | bifunctional N‑carbamoyl‑beta‑alanine amidohydrolase/allantoine amidohydrolase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (21/20); new base C (2/2); total (23/22) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.83e-01 |
TCCATACCACCACTTCCAGCGGGGCTTCGGTGGTCAGGTGCAGGTCGTTGAGCGTGCGCATCACTTCGAGGCCGGCCATGACGCCGTAGCAGCCATCGAACTTGCCGCCGGTGGGTTGGGTGTCGATGTGGCTGCCGGTCATGATGGGCGGCAGGGCAGGGTTGCGCCCTGGGCGGCGGGCGAAGATATTGCCGATGGCGTCGACGCTGACCGTGCAGCCGGCCTCCTCGCACCAATGGACGAACAGGTCGCGAGCCTGGCGGTCGAGGTCGGTCAGGGCCAGGCGGCATA > NC_002947/720784‑721074 | tCCATACCACCACTTCCAGCGGGGCTTCGGTGGTCAGGTGCAGGTCGTTGAGCGTGCGCATCACTTCGAGGCCGGCCATGACGCCGTAGCAGCCATCGAACTTGCCGCCGGTGGGTTGGGTGTCGATGTGGCTGCCGGTCATGATGggc < 1:87467/149‑1 (MQ=255) caccacTTCCAGCGGGGCTTCGGTGGTCAGGTGCAGGTCGTTGAGCGTGCGCATCACTTCGAGGCCGGCCATGACGCCGTAGCAGCCATCGAACTTGCCGCCGGTGGGTTGGGTGTCGATGTGGCTGCCGCCCATCATGACCggcagcc < 5:218345/149‑3 (MQ=25) ccacTTCCAGCGGGGCTTCGGTGGTCAGGTGCAGGTCGTTGAGCGTGCGCATCACTTCGAGGCCGGCCATGACGCCGTAGCAGCCATCGAACTTGCCGCCGGTGGGTTGGGTGTCGATGTGGCTGCCGGTCATGATGGGCggcagggca < 2:100777/149‑1 (MQ=255) aGCGGGGCTTCGGTGGTCAGGTGCAGGTCGTTGAGCGTGCGCATCACTTCGAGGCCGGCCATGACGCCGTAGCAGCCATCGAACTTGCCGCCGGTGGGTTGGGTGTCGATGTGGCTGCTGCCCATCATGACCggcagcc < 2:43728/139‑3 (MQ=25) aGCGGGGCTTCGGTGGTCAGGTGCAGGTCGTTGAGCGTGCGCATCACTTCGAGGCCGGCCATGACGCCGTAGCAGCCATCGAACTTGCCGCCGGTGGGTTGGGTGTCGATGTGGCTGCCGGTCATGATGGGCGGCAGGGCAGGGTTgcg > 8:190206/1‑149 (MQ=255) aGCGGGGCTTCGGTGGTCAGGTGCAGGTCGTTGAGCGTGCGCATCACTTCGAGGCCGGCCATGACGCCGTAGCAGCCATCGAACTTGCCGCCGGTGGGTTGGGTGTCGATGTGGCTGCAGCCCATCATGACCggcagcc > 1:43728/1‑137 (MQ=25) gggCTTCGGTGGTCAGGTGCAGGTCGTTGAGCGTGCGCATCACTTCGAGGCCGGCCATGACGCCGTAGCAGCCATCGAACTTGCCGCCGGTGGGTTGGGTGTCGATGTGGCTGCCGGTCATGATGGGCGGCAGGGCAGGGTTGCGCCCt < 6:312187/149‑1 (MQ=255) gtCAGGTGCAGGTCGTTGAGCGTGCGCATCACTTCGAGGCCGGCCATGACGCCGTAGCAGCCATCGAACTTGCCGCCGGTGGGTTGGGGGTCGATGTGGCTGCCGGTCATGATGGGCGGCAGGGCAGGGTTGCGCCCTGGGCggcgggc < 6:133438/149‑1 (MQ=255) tCAGGTGCAGGTCGTTGAGCGTGCGCATCACTTCGAGGCCGGCCATGACGCCGTAGCAGCCATCGAACTTGCCGCCGGTGGGTTGGGTGTCGATGTGGCTGCCGGTCATGATGGGCGGcagggcaggg < 4:99143/128‑1 (MQ=255) tCAGGTGCAGGTCGTTGAGCGTGCGCATCACTTCGAGGCCGGCCATGACGCCGTAGCAGCCATCGAACTTGCCGCCGGTGGGTTGGGTGTCGATGTGGCTGCCGGTCATGATGGGCGGcagggcaggg > 3:99143/1‑128 (MQ=255) tCAGGTGCAGGTCGTTGAGCGTGCGCATCACTTCGAGGCCGGCCATGACGCCGTAGCAGCCATCGAACTTGCCGCCGGTGGGTTGGGTGTCGATGTGGCTGCCGGTCATGATGGGCGGCAGGGCAGGGTTGCGCCCTGGGCggcgggc > 2:36747/1‑148 (MQ=255) aGGTGCAGGTCGTTGAGCGTGCGCATCACTTCGAGGCCGGCCATGACGCCGTAGCATCCATCGAACTTGCCGCCGGTGGGTTGGGTGTCGATGTGGCTGCCGGTCATGATGGGCGGCAGGGCAGGGTTGCGCCCTGGGCGGCGGGCGaa < 5:298486/149‑1 (MQ=255) ggTGCATGTAGTTGTGCGTGCGCATCACTTCGAGGCCGGCCATGACGCCGTAGCAGCCATCGAACTTGGCGCCGGTGGGTTGGGTGTCGATGTGGCTGCCGGTCATGATGGGCGGCAGGGCAGGGTTGCGCCCTGGGCGGCGGGCGAAg < 4:208270/149‑1 (MQ=255) gTGCAGGTCGTTGAGCGTGCGCATCACTTCGAGGCCGGCCATGACGCCGTAGCAGCCATCGAACTTGCCGCCGGTGGGTTGGGTGTCGATGTGGCTGCCGGTCATGATGGGCGGCAGGGCAGGGTTGCGCCCTGGGCggcgggcg > 7:276174/1‑145 (MQ=255) tGCAGGTCGTTGAGCGTGCGCATCACTTCGAGGCCGGCCATGACGCCGTAGCAGCCATCGAACTTGCCGCCGGTGGGTTGGGTGTCGATGTGGCTGCCGGTCATGATGGGCGGCAGGGCAGGGTTGCGCCCTGGGCGGCGGGCGAAGat < 7:190206/149‑1 (MQ=255) ggTCGTTGAGCGTGCGCATCACTTCGAGGCCGGCCATGACGCCGTAGCAGCCATCGAACTTGCCGCCGGTGGGTTGGGTGTCGATGTGGCTGCCGGTCATGATGGGCGGCAGGGCAGGGTTGCGCCCTGGGCGGCGGGCGAAGATATTg < 2:151426/149‑1 (MQ=255) gCGTGCGCATCACTTCGAGGCCGGCCATGACGCCGTAGCAGCCATCGAACTTGCCGCCGGTGGGTTGGGTGTCGATGTGGCTGCCGGTCATGATGGGCGGCAGGGCAGGGTTGCGCCCTGGGCGGCGGGCGAAGATATTGCCGATGGCg > 4:286198/1‑149 (MQ=255) gTGCGCATCACTTCGAGGCCGGCCATGACGCCGTAGCAGCCATCGAACTTGCCGCCGGTGGGTTGGGTGTCGATGTGGCTGCCGGTCATGATGGGCGGCAGGGCAGGGTTGCGCCCTGGGCGGCGGGCGAAGATATTGCCGATGGCGTc > 7:275126/1‑149 (MQ=255) gcATCACTTCGAGGCCGGCCATGACGCCGTAGCAGCCATCGAACTTGCCGCCGGTGGGTTGGGTGTCGATGTGGCTGCCGGTCATGATGGGCGGCAGGGCAGGGTTGCGCCCTGGGCGGCGGGCGAAGATATTGCCGATGGCGTCGACg > 7:285601/1‑149 (MQ=255) aTCACTTCGAGGCCGGCCATGACGCCGTAGCAGCCATCGAACTTGCCGCCGGTGGGTTGGGTGTCGATGTGGCTGCCGGTCATGATGGGCGGCAGGGCAGGGTTGCGCCCTGGGCGGCGGGCGAAGATATTGCCGATGGCGTCGACGCt > 1:208446/1‑149 (MQ=255) 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ggccATGACGCCGTAGCAGCCATCGAACTTGCCGCCGGTGGGTTGGGTGTCGATGTGGCTGCCGGTCATGATGGGCGGCAGGGCAGGGTTGCGCCCTGGGCGGCGGGCGAAGATATTGCCGATGGCGTCGACGCTGACCGTGCAGCCgg < 2:208446/149‑1 (MQ=255) ggccATGACGCCGTAGCAGCCATCGAACTTGCCGCCGGTGGGTTGGGTGTCGATGTGGCTGCCGGTCATGATGGGCGGCAGGGCAGGGTTGCGCCCTGGGCGGCGGGCGAAGATATTGCCGATGGCGTCGACGCTGACCGTGCAGCCgg < 4:93209/149‑1 (MQ=255) tGACGCCGTAGCAGCCATCGAACTTGCCGCCGGTGGGTTGGGTGTCGATGTGGCTGCCGGTCATGATGGGCGGCAGGGCAGGGTTGCGCCCTGGGCGGCGGGCGAAGATATTGCCGATGGCGt < 7:171073/123‑1 (MQ=255) tGACGCCGTAGCAGCCATCGAACTTGCCGCCGGTGGGTTGGGTGTCGATGTGGCTGCCGGTCATGATGGGCGGCAGGGCAGGGTTGCGCCCTGGGCGGCGGGCGAAGATATTGCCGATGGCGt > 8:171073/1‑123 (MQ=255) gCCGTAGCAGCCATCGAACTTGCCGCCGGTGGGTTGGGTGTCGATGTGGCTGCCGGTCATGATGGGCGGCAGGGCAGGGTTGCGCCCTGGGCGGCGGGCGAAGATATTGCCGATGGCGTCGAc > 5:164617/1‑123 (MQ=255) gCCGTAGCAGCCATCGAACTTGCCGCCGGTGGGTTGGGTGTCGATGTGGCTGCCGGTCATGATGGGCGGCAGGGCAGGGTTGCGCCCTGGGCGGCGGGCGAAGATATTGCCGATGGCGTCGAc < 6:164617/123‑1 (MQ=255) gAAATTGCCGCCGGTGGGTTCGGTGTCGATGTGGCTGCCGGTCATGATGGGCGGCAGGGCAGGGTTGCGCCCTGGGCGGCGGGCGAAGATATTGCCGATGGCGTCGACGCTGCCCGTGCCGCCGGCCTCCTCGCCCCAATGGACGaa > 4:211451/1‑147 (MQ=255) gccgccGGTGGGTTGGGTGTCGATGTGGCTGCCGGTCATGATGGGCGGCAGGGCAGGGTTGCGCCCTGGGCGGCGGGCGAAGATATTGCCGATGGCGTCGACGCTGACCGTGCAGCCGGCCTCCTCGCACCAATGGACGAACAGGTcgc > 6:32431/1‑149 (MQ=255) ttgggtGTCGATGTGGCTGCCGGTCATGATGGGCGGCAGGGCAGGGTTGCGCCCTGGGCGGCGGGCGAAGATATTGCCGATGGCGTCGACGCTGACCGTGCAGCCGGCCTCCTCGCACCAATGGa < 5:157885/125‑1 (MQ=255) ttgggtGTCGATGTGGCTGCCGGTCATGATGGGCGGCAGGGCAGGGTTGCGCCCTGGGCGGCGGGCGAAGATATTGCCGATGGCGTCGACGCTGACCGTGCAGCCGGCCTCCTCGCACCAATGGa > 6:157885/1‑125 (MQ=255) gtCGATGTGGCTGCCGGTCATGATGGGCGGCAGGGCAGGGTTGCGCCCTGGGCGGCGGGCGAAGATATTGCCGATGGCGTCGACGCTGACCGTGCAGCCGGCCTCCTAGCACCAATGGACGAACAGGTCGCGAGCCTGGAGGTCGAggt > 3:244167/1‑149 (MQ=255) cGATGTGGCTGCCGGTCATGATGGGCGGCAGGGCAGGGTTGCGCCCTGGGCGGCGGGCGAAGATATTGCCGATGGCGTCGACGCTGACCGTGCAGCCGGCCTCCTCGCACCAATGGACGAACAGGTCGCGAGCCTGGCGGTCGAggtcg < 6:94323/149‑1 (MQ=255) gATGTGGCTGCCGGTCATGATGGGCGGCAGGGCAGGGTTGCGCCCTGGGCGGCGGGCGAAGATATTGCCGATGGCGTCGACGCTGACCGTGCAGCCGGCCTCCTCGCACCAATGGACGAACAGGTCGCGAGCCTGGCGGTCGAggtcgg < 1:36747/149‑1 (MQ=255) ctgcccTGCCGCCCATCATGACCGGCAGGGCAGGGTTGCGCCCTGGGCGGCGGGCGAAGATATTGCCGATGGCGTCGACGCTGACCGTGCAGCCGGCCTCCTCGCACCAATGGACGAACAGGTCGCGAGCCTGGCGGTCGAggtcggt > 3:185331/6‑148 (MQ=21) gtgGCTGCCGGTCATGATGGGCGGCAGGGCAGGGTTGCGCCCTGGGCGGCGGGCGAAGATATTGCCGATGGCGTCGACGCTGACCGTGCAGCCGGCCTCCTCGCACCAATGGACGAACAGGTCGCGAGCCTGGCGGTCGAggtcggt > 4:240804/1‑147 (MQ=255) gtgGCTGCCGGTCATGATGGGCGGCAGGGCAGGGTTGCGCCCTGGGCGGCGGGCGAAGATATTGCCGATGGCGTCGACGCTGACCGTGCAGCCGGCCTCCTCGCACCAATGGACGAACAGGTCGCGAGCCTGGCGGTCGAggtcggt > 4:236521/1‑147 (MQ=255) ggCTGCCGGTCATGATGGGCGGCAGGGCAGGGTTGCGCCCTGGGCGGCGGGCGAAGATATTGCCGATGGCGTCGACGCTGACCGTGCAGCCGGCCTCCTCGCACCAATGGACGAACAGGTCGCGAGCCTGGCGGTCGAGGTCGGTCAgg < 8:275126/149‑1 (MQ=255) gCCGGTCATGATGGGCGGCAGGGCAGGGTTGCGCCCTGGGCGGCGGGCGAAGATATTGCCGATGGCGTCGACGCTGACCGTGCAGCCGGCCTCCTCGCACCAATGGACGAACAGGTCGCGAGCCTGGCGGTCGAGGTCGGTCAGGGc > 5:4333/1‑147 (MQ=255) gTCATGATGGGCGGCAGGGCAGGGTTGCGCCCTGGGCGGCGGGCGAAGATATTGCCGATGGCGTCGACGCTGACCGTGCAGCCGGCCTCCTCGCACCAATGGACGAACAGGTCGCGAGCCTGGCGGTCGAGGTCGGTCAGGGCCAggcg > 1:41165/1‑149 (MQ=255) gatgGGCGGCAGGGCAGGGTTGCGCCCTGGGCGGCGGGCGAAGATATTGCCGATGGCGTCGACGCTGACCGTGCAGCCGGCCTCCTCGCACCAATGGACGAACAGGTCGCGAGCCTGGCGGTCGAGGTCGGTCAGGGCCAGGCGGCATa > 7:235076/1‑149 (MQ=255) | TCCATACCACCACTTCCAGCGGGGCTTCGGTGGTCAGGTGCAGGTCGTTGAGCGTGCGCATCACTTCGAGGCCGGCCATGACGCCGTAGCAGCCATCGAACTTGCCGCCGGTGGGTTGGGTGTCGATGTGGCTGCCGGTCATGATGGGCGGCAGGGCAGGGTTGCGCCCTGGGCGGCGGGCGAAGATATTGCCGATGGCGTCGACGCTGACCGTGCAGCCGGCCTCCTCGCACCAATGGACGAACAGGTCGCGAGCCTGGCGGTCGAGGTCGGTCAGGGCCAGGCGGCATA > NC_002947/720784‑721074 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |