Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 766,138 | A→G | 9.1% | I245V (ATC→GTC) | PP_0658 → | homocysteine S‑methyltransferase family protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 766,138 | 0 | A | G | 9.1% | 118.0 / 2.9 | 44 | I245V (ATC→GTC) | PP_0658 | homocysteine S‑methyltransferase family protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (22/18); new base G (2/2); total (24/20) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
TTCCGGTGAACCGGTGGCCGAAGCCATCGAAGCCGCAGTCGGCCTGGGTGTGGCTGCGGTGTTATTTAACTGCAGCCAGCCGGAGGTGATCGGCGCCGCCATTGATGTCGCGCGCTCGGTCATCGAGCGACACAACGCCGAGATTGCCATCGGTGCCTATGCCAACGCCT‑TCCCGCCGCAGCCCAAAGAAGCCACTGCCAACGATGGCCTGGACGAACTGCGCGAAGACCTCGATCCGCCGGGTTACCTGGCATGGGCCAAGGACTGGCGTGCGCGGGGTGC > NC_002947/765990‑766271 | ttCCGGTGAACCGGTGGCCGAAGCCATCGAAGCCGCAGTCGGCCTGGGTGTGGCTGCGGTGTTATTTAACTGCAGCCAGCCGGAGGTGATCGGCGCCGCCATTGATGTCGCGCGCTCGGTCATCGAGCGACACAACGCCGAGATTGCCa > 2:21072/1‑149 (MQ=255) ggTGAACCGGTGGCCGAAGCCATCGAAGCCGCAGTCGGCCTGGGTGTGGCTGCGGTGTTATTTAACTGCAGCCAGCCGGAGGTGATCGGCGCCGCCATTGATGTCGCGCGCTCGGTCATCGAGCGACACAACGCCGAGATTGCCATCgg > 7:237659/1‑149 (MQ=255) gTGAACCGGTGGCCGAAGCCATCGAAGCCGCAGTCGGCCTGGGTGTGGCTGCGGTGTTATTTAACTGCAGCCAGCCGGAGGTGATCGGCGCCGCCATTGATGTCGCGCGCTCGGTCATCGAGCGACACAACGCCGAGATTGCCATCGGt < 8:237659/149‑1 (MQ=255) cGGTGGCCGAAGCCATCGAAGCCGCAGTCGGCCTGGGTGTGGCTGCGGTGTTATTTAACTGCAGCCAGCCGGAGGTGATCGGCGCCGCCATTGATGTCGCGCGCTCGGTCATCGAGCGACACAACGCCGAGATTGCCATCGGTGCCTAt < 7:293942/149‑1 (MQ=255) gTGGCCGAAGCCATCGAAGCCGCAGTCGGCCTGGGTGTGGCTGCGGTGTTATTTAACTGCAGCCAGCCGGAGGTGATCGGCGCCGCCATTGATGTCGCGCGCTCGGTCATCGAGCGACACAACGCCGAGATTGCCATCGGTGCCTATGc > 2:317042/1‑149 (MQ=255) gAAGCCATCGAAGCCGCAGTCGGCCTGGGTGTGGCTGCGGTGTTATTTAACTGCAGCCAGCCGGAGGTGATCGGCGCCGCCATTGATGTCGCGCGCTCGGTCATCGAGCGACACAACGCCGAGATTGCCATCGGTGCCTATGCCAACGc > 2:13945/1‑149 (MQ=255) gCCATCGAAGCCGCAGTCGGCCTGGGTGTGGCTGCGGTGTTATTTAACTGCAGCCAGCCGGAGGTGATCGGCGCCGCCATTGATGTCGCGCGCTCGGTCATCGAGCGACACAACGCCGAGATTGCCATCGGTGCCTATGCCAACGCCt‑t < 2:238836/149‑1 (MQ=255) aTCGAAGCCGCAGTCGGCCTGGGTGTGGCTGCGGTGTTATTTAACTGCAGCCAGCCGGAGGTGATCGGCGCCGCCATTGATGTCGCGCGCTCGGTCATCGAGCGACACAACGCCGAGATTGCCATCGGTGCCTATGCCAACGCCT‑Tccc > 1:81329/1‑149 (MQ=255) aaGCCGCAGTCGGCCTGGGTGTGGCTGCGGTGTTATTTAACTGCAGCCAGCCGGAGGTGATCGGCGCCGCCATTGATGTCGCGCGCTCGGTCATCGAGCGACACAACGCCGAGATTGCCATCGGTGCCTATGCCAACGCCT‑TCccgccg > 8:296990/1‑149 (MQ=255) gCAGTCGGCCTGGGTGTGGCTGCGGTGTTATTTAACTGCAGCCAGCAGGAGGTGATCGGCGCCGCCATTGATGTCGCGCGCTCGGTCATCGAGCGACACAACGCCGAGATTGCCATCGGTGCCTATGCCAACGCCT‑TCCCGCCGCAGcc < 7:275822/149‑1 (MQ=255) tCGGCCTGGGTGTGGCTGCGGTGTTATTTAACTGCAGCCAGCCGGAGGTGATCGGCGCCGCCATTGATGTCGCGCGCTCGGTCATCGAGCGACACAACGCCGAGATTGCCATCGGTGCCTATGCCAACGCCT‑TCCCGCCGCAGCCCaaa < 2:81329/149‑1 (MQ=255) ggCTGCGGTGTTATTTAACTGCAGCCAGCCGGAGGTGATCGGCGCCGCCATTGATGTCGCGCGCTCGGTCATCGAGCGACACAACGCCGAGATTGCCATCGGt < 4:8061/103‑1 (MQ=255) ggCTGCGGTGTTATTTAACTGCAGCCAGCCGGAGGTGATCGGCGCCGCCATTGATGTCGCGCGCTCGGTCATCGAGCGACACAACGCCGAGATTGCCATCGGt > 3:8061/1‑103 (MQ=255) gCTGCGGTGTTATTTAACTGCAGCCAGCCGGAGGTGATCGGCGCCGCCATTGATGTCGCGCGCTCGGTCATCGAGCGACACAACGCCGAGATTGCCATCGGTGCCTATGGCAACGCCT‑TCCCGCCGCAGCCCAAAGAAGCCACTGCCaa < 7:125818/149‑1 (MQ=255) gCTGCGGTGTTATTTAACTGCAGCCAGCCGGAGGTGATCGGCGCCGCCATTGATGTCGCGCGCTCGGTCATCGAGCGACACAACGCCGAGATTGCCATCGGTGCCTATGCCAACGCCT‑TCCCGCCGCAGCCCAAAGAAGCCACTGCCaa > 1:244192/1‑149 (MQ=255) tGCGGTGTTATTTAACTGCAGCCAGCCGGAGGTGATCGGCGCCGCCATTGATGTCGCGCGCTCGGTCATCGAGCGACACAACGCCGAGATTGCCATCGGTGCCTATGCCAACGCCT‑TCCCGCCGCAGCCCAAAGAAGCCACTGCCAAc > 7:138121/1‑148 (MQ=255) cGGTGTTATTTAACTGCAGCCAGCCGGAGGTGATCGGCGCCGCCATTGATGTCGCGCGCTCGGTCATCGAGCGACACAACGCCGAGATTGCCATCGGTGCCTATGCCAACGCCT‑TCCCGCCGCAGCCCAAAGAAGCCACTGCCAACGAt < 8:138121/149‑1 (MQ=255) cGGTGTTATTTAACTGCAGCCAGCCGGAGGTGATCGGCGCCGCCATTGATGTCGCGCGCTCGGTCATCGAGCGACACAACGCCGAGATTGCCATCGGTGCCTATGCCAACGCCT‑TCCCGCCGCAGCCCAAAGAAGCCACTGCCAACGAt < 5:314785/149‑1 (MQ=255) tgtTATTTAACTGCAGCCAGCCGGAGGTGATCGGCGCCGCCATTGATGTCGCGCGCTCGGTCATCGAGCGACACAACGCCGAGATTGCCATCGGTGCCTATGCCAACGCCT‑TCCCGCCGCAGCCCAAAGAAGCCACTGCCAACGATGGc > 6:159884/1‑149 (MQ=255) tgtTATTTAACTGCAGCCAGCCGGAGGTGATCGGCGCCGCCATTGATGTCGCGCGCTCGGTCATCGAGCGACACAACGCCGAGATTGCCATCGGTGCCTATGCCAACGCCT‑TCCCGCCGCAGCCCAAAGAAGCCACTGCCAACGATGGc < 2:244192/149‑1 (MQ=255) tttAACTGCAGCCAGCCGGAGGTGATCGGCGCCGCCATTGATGTCGCGCGCTCAGTCATCGAGCGACACAACGCCGAGATTGCCATCGGTGCCTATGCCAACGCCT‑TCCCGCCGCAGCCCAAAGAAGCCACTGCCAACGATGGCCTGGa > 1:250612/1‑149 (MQ=255) tGCAGCCAGCCGGAGGTGATCGGCGCCGCCATTGATGTCGCGCGCTCGGTCATCGAGCGACACAACGCCGAGATTGCCATCGGTGCCTATGCCAACGCCT‑TCCCGCCGCAGCCCAAAGAAGCCACTGCCAACGATGGCCTGGCCGAACt > 7:308045/1‑149 (MQ=255) agccagccGGAGGTGATCGGCGCCGCCATTGATGTCGCGCGCTCGGTCATCGAGCGACACAACGCCGAGATTGCCATCGGTGCCTATGCCGACGCCT‑TCCCGCCGCAGCCCAAAGAAGCCACTGCCAACGATGGCCTGGACGAACTgcg > 1:52617/1‑149 (MQ=255) agccagccGGAGGTGATCGGCGCCGCCATTGATGTCGCGCGCTCGGTCATCGAGCGACACAACGCCGAGATTGCCATCGGTGCCTATGCCAACGCCTCTCCCGCCGCAGCCCAAAGAAGCCACTGCCAACGATGGCCTGGACGAACTgc < 1:247688/149‑1 (MQ=255) agccGGAGGTGATCGGCGCCGCCATTGATGTCGCGCGCTCGGTCATCGAGCGACACAACGCCGAGATTGCCGTCGGTGCCTATGCCAACGCCT‑TCCCGCCGCAGCCCAAAGAAGCCACTGCCAACGATGGCCTGGACGAACTGcgcg > 6:212570/1‑147 (MQ=255) agccGGAGGTGATCGGCGCCGCCATTGATGTCGCGCGCTCGGTCATCGAGCGACACAACGCCGAGATTGCCGTCGGTGCCTATGCCAACGCCT‑TCCCGCCGCAGCCCAAAGAAGCCACTGCCAACGATGGCCTGGACGAACTGCGCGaa > 6:217187/1‑149 (MQ=255) ccGGAGGTGATCGGCGCCGCCATTGATGTCGCGCGCTCGGTCATCGAGCGACACAACGCCGAGATTGCCATCGGTGCCTATGCCAACGCCT‑TCCCGCCGCAGCCCAAAGAAGCCACTGCCAACGATGGCCTGGCCGAACTGCGCGAAGa > 6:53359/1‑149 (MQ=255) gTGATCGGCGCCGCCATTGATGTCGCGCGCTCGGTCATCGAGCGACACAACGCCGAGATTGCCATCGGTGCCTATGCCAACGCCT‑TCCCGCCACAGCCCAAAGAAGCCACTGCCAACGATGGCCTGGACGAACTGCGCGAAGACCTCGa > 6:277366/1‑149 (MQ=255) tCGGCGCCGCCATTGATGTCGCGCGCTCGGTCATCGAGCGACACAACGCCGAGATTGCCATCGGTGCCTATGCCAACGCCT‑TCCCGCCGCAGc > 5:170396/1‑93 (MQ=255) tCGGCGCCGCCATTGATGTCGCGCGCTCGGTCATCGAGCGACACAACGCCGAGATTGCCATCGGTGCCTATGCCAACGCCT‑TCCCGCCGCAGc < 6:170396/93‑1 (MQ=255) gcgcCGCCATTGATGTCGCGCGCTCGGTCATCGAGCGACACAACGCCGAGATTGCCATCGGTGCCTATGCCAACGCCT‑TCCCGCCGCAGCCCAAAGAAGCCACTGCCAACGATGGCCTGGACGAACTGCGCGAAGACCTCGATccgccg > 7:85212/1‑149 (MQ=255) aTTGATGTCGCGCGCTCGGTCATCGAGCGACACAACGCCGAGATTGCCATCGGTGCCTATGCCAACGCCT‑TCCCGCCGCAGCCCAAAGAAGCCACTGCCAACGATGGCCTGGACGAACTGCGCGAAGACCTCGAt < 6:67711/135‑1 (MQ=255) aTTGATGTCGCGCGCTCGGTCATCGAGCGACACAACGCCGAGATTGCCATCGGTGCCTATGCCAACGCCT‑TCCCGCCGCAGCCCAAAGAAGCCACTGCCAACGATGGCCTGGACGAACTGCGCGAAGACCTCGAt > 5:67711/1‑135 (MQ=255) tCGCGCGCTCGGTCATCGAGCGACACAACGCCGAGATTGCCATCGGTGCCTATGCCAACGCCT‑TCCCGCCGCAGCCCAAAGAAGCCACTGCCAACGATGGCCTGGACGAACTGCGCGAAGACCTCGATCCGCCGGGTTACCTGGCATgg < 1:317042/149‑1 (MQ=255) gcgcGGTCATCGAGCGACACAACGCCGAGATTGCCGTCGGTGCCTATGCCAACGCCT‑TCCCGCCGCAGCCCAAAGAAGCCACTGCCAACGATGGCCTGGACGAACTGCGCGAAGACCTCGATCCGCCGGGTTACCTGGCATGGGCCAAg < 5:217187/146‑1 (MQ=255) gcTCGGTCATCGAGCGACACAACGCCGAGATTGCCGTCGGTGCCTATGCCAACGCCT‑TCCCGCCGCAGCCCAAAGAAGCCACTGCCAACGATGGCCTGGACGAACTGCGCGAAGACCTCGATCCGCCGGGTTACCTGGCATGGGCCAAg < 5:212570/149‑1 (MQ=255) cGAGCGACACAACGCCGAGATTGCCATCGGTGCCTATGCCAACGCCT‑TCCCGCCGCAGCCCAAAGAAGCCACTGCCAACGATGGCCTGGACGAACTGCGCGAAGACCTCGATCCGCCGGGTTACCTGGCATGGGCCAAGGACTGGCGTg > 6:292533/1‑149 (MQ=255) gACACAACGCCGAGATTGCCATCGGTGCCTATGCCAACGCCT‑TCCCGCCGCAGCCCAAAGAAGCCACTGCCAACGATGGCCTGGACGAACTGCGCGAAGACCTCGATCCGCCGGGTTACCTGGCATGGGCCAAGGCCTGGCGTGCGCgg > 1:329270/1‑149 (MQ=255) acacAACGCCGAGATTGCCATCGGTGCCTATGCCAACGCCT‑TCCCGCCGCAGCCCAAAGAAGCCACTGCCAACGATGGCCTGGACGAACTGCGCGAAGACCTCGATCCGCCGGGTTACCTGGCATGGGCCAAGGACTGGc < 7:41516/140‑1 (MQ=255) acacAACGCCGAGATTGCCATCGGTGCCTATGCCAACGCCT‑TCCCGCCGCAGCCCAAAGAAGCCACTGCCAACGATGGCCTGGACGAACTGCGCGAAGACCTCGATCCGCCGGGTTACCTGGCATGGGCCAAGGACTGGc > 8:41516/1‑140 (MQ=255) cacaACGCCGAGATTGCCATCGGTGCCTATGCCAACGCCT‑TCCCGACGCAGCCCAAAGAAGCCACTGCCAACGATGGCCTGGACGAACTGCGCGAAGACCTCGATCCGCCGGGTTACCTGGCATGGGCCAAGGACTGGCGTGCGCgggg > 8:59845/1‑149 (MQ=255) aaCGCCGAGATTGCCATCGGTGCCTATGCCGACGCCT‑TCCCGCCGCAGCCCAAAGAAGCCACTGCCAACGATGGCCTGGACGAACTGCGCGAAGACCTCGATCCGCCGGGTTACCTGGCATGGGCCAAGGACTGGCGTGCGCGGGGTGc < 2:52617/149‑1 (MQ=255) aaCGCCGAGATTGCCATCGGTGCCTATGCCAACGCCT‑TCCCGCCGCAGCCCAAAGAAGCCACTGCCAACGATGGCCTGGACGAACTGCGCGAAGACCTCGATCCGCCGGGTTACCTGGCATGGGCCAAGGACTGGCGTGCGCGGGGTGc < 1:13945/149‑1 (MQ=255) cGAGATTGCCATCGGTGCCTATGCCAACGCCT‑TCCCGCCGCAGCCCAAAGAAGCCACTGCCAACGATGGCCTGGACGAACTGCGCGAAGACCTCGATCCGCCGGGTTACCTGGCATgg > 3:145077/1‑118 (MQ=255) cGAGATTGCCATCGGTGCCTATGCCAACGCCT‑TCCCGCCGCAGCCCAAAGAAGCCACTGCCAACGATGGCCTGGACGAACTGCGCGAAGACCTCGATCCGCCGGGTTACCTGGCATgg < 4:145077/118‑1 (MQ=255) | TTCCGGTGAACCGGTGGCCGAAGCCATCGAAGCCGCAGTCGGCCTGGGTGTGGCTGCGGTGTTATTTAACTGCAGCCAGCCGGAGGTGATCGGCGCCGCCATTGATGTCGCGCGCTCGGTCATCGAGCGACACAACGCCGAGATTGCCATCGGTGCCTATGCCAACGCCT‑TCCCGCCGCAGCCCAAAGAAGCCACTGCCAACGATGGCCTGGACGAACTGCGCGAAGACCTCGATCCGCCGGGTTACCTGGCATGGGCCAAGGACTGGCGTGCGCGGGGTGC > NC_002947/765990‑766271 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |