| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 767,020 | T→A | 6.8% | V171E (GTG→GAG) | metB → | cystathionine gamma‑synthase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 767,020 | 0 | T | A | 6.8% | 173.3 / 2.6 | 59 | V171E (GTG→GAG) | metB | cystathionine gamma‑synthase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (32/23); new base A (2/2); total (34/25) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.40e-01 | |||||||||||
AAGATCTTCGAAGAGTTCCTGCCGCGCATGGGCGTGCAAGTGTGCCTGTGCGATACCTTGGACACTGAAGC‑GCTGGAGCGCGAGATTGCCGCCGGTTGCGACCTGCTGTACCTGGAAACCCCCACCAACCCGACGCTGAAGGTGCTGGACATTCGTCGGCTGA‑GCGCCGCTGCGCACAAGGTGGGGGCGCTGGTGGTGGCCGACAACACCTTTGCCACGCCACTGAACCAGAACCCGCTGGCGCTGGGCGTGGATGTGGTGGTGCACAGCGCAACCAAGTTTCTG > NC_002947/766878‑767162 | aaGATCTTCGAAGAGTTCCTGCCGCGCATGGGCGTGCAAGTGTGCCTGTGCGATACCTTGGACACTGAAGC‑GCTGGAGCGCGAGATTGCCGCCGGTTGCGACCTGCTGTACCTGGAAACCCCCACCAACCCGACGCTGAAGGTGCTGGa > 2:62890/1‑149 (MQ=255) atttCTTCGAAGAGTTCCTTCCGAGAATGGTCGTGCAAGTGTGCCTTGGCGATACCTTGTACACTTAAGC‑TCTGTAGCGAGAGATTGCCGCCGGTTGCGACATTCTGTACCTGTAAACCCCAACCAACCCTACGCTGAAGGTGCTGGAc < 2:184072/146‑1 (MQ=255) ttCGAAGAGTTCCTGCCGCGCATGGGCGTGCAAGTGTGCCTGTGCGATACCTTGGACACTGAAGC‑GCTGGAGCGCGAGATTGCCGCCGGTTGCGACCTGCTGTACCTGGAAACCCCCACCAACCCGACGCTGAAGGTGCTGGACAt > 6:327038/1‑146 (MQ=255) ttCGAAGAGTTCCTGCCGCGCATGGGCGTGCAAGTGTGCCTGTGCGATACCTTGGACACTGAAGC‑GCTGGAGCGCGAGATTGCCGCCGGTTGCGACCTGCTGTACCTGGAAACCCCCACCAACCCGACGCTGAAGGTGCTGGACAt < 5:327038/146‑1 (MQ=255) agagTTCCTGCCGCGCATGGGCGTGCAAGTGTGCCTGTGCGATACCTTGGACACTGAAGC‑GCTGGAGCGCGAGATTGCCGCCGGTTGCGACCTGCTGTACCTGGAAACCCCCACCAACCCGACGCTGAAGGTGCt > 3:50945/1‑135 (MQ=255) agagTTCCTGCCGCGCATGGGCGTGCAAGTGTGCCTGTGCGATACCTTGGACACTGAAGC‑GCTGGAGCGCGAGATTGCCGCCGGTTGCGACCTGCTGTACCTGGAAACCCCCACCAACCCGACGCTGAAGGTGCt < 4:50945/135‑1 (MQ=255) cTGCCGCGCATGGGCGTGCAAGTGTGCCTGTGCGATACCTTGGACACTGAAGC‑GCTGGAGCGCGAGATTGCCGCCGGTTGCGACCTGCTGTACCTGGAAACCCCCACCAACCCGACGCTGAAGGTGCTGGACATTCGTCGGCTGA‑gcgc > 1:27586/1‑149 (MQ=255) tGCCGCGCATGGGCGTGCAAGTGTGCCTGTGCGATACCTTGGACACTGAAGC‑GCTGGAGCGCGAGATTGCCGCCGGTTGCGACCTGCTGTACCTGGAAACCCCCACCAACCCGACGCTGAAGGTGCTGGACATTCGTCGGCTGA‑Gcgcc > 1:222404/1‑149 (MQ=255) ccGCGCATGGGCGTGCGAGTGTGCCTGTGCGATACCTTGGACACTGAAGCGGCTGGAGCGCGAGATTGCCGCCGGTTGCGACCTGCTGTACCTGGAAACCCCCACCAACCCGACGCTGAAGGTGCTGGACATTCGTCGGCTGA‑Gcgccg > 1:247388/1‑149 (MQ=255) 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gTGCAAGTGTGACTGTGCGATACCTTGGACACTGAAGC‑GCTGGAGCGCGAGATTGCCGCCGGTTGCGACCTGCTGTACCTGCAAACCCCCACCAACCCGACGCTGAAGGTGCTGGACATTCGTCGGCTGA‑GCGACGCt > 3:101175/1‑138 (MQ=255) tGCAAGTGTGCCTGTGCGATACCTTGGACACTGAAGC‑GCTGGAGCGCGAGATTGCCGCCGGTTGCGACCTGCTGTACCTGGAAACCCCCACCAACCCGACGCTGAAGGTGCTGGACATTCGTCGGCTGA‑GCGCCGCTGCGCACAAGGTg > 8:186970/1‑149 (MQ=255) gtgtGCCTGTGCGATACCTTGGACACTGAAGC‑GCTGGAGCGCGAGATTGCCGCCGGTTGCGACCTGCTGTACCTGGAAACCCCCACCAACCCGACGCTGAAGGAGCTGGACATTCGTCGGCTGA‑GCGCCGCTGCGCACAAGGTGGGGgc < 4:190890/149‑1 (MQ=255) tgtgCCTGTGCGATACCTTGGACACTGAAGC‑GCTGGAGCGCGAGATTGCCGCCGGTTTCGACCTGCTGTACCTGGAAACCCCCACCAACCCGACGCTGAAGGAGCTGGACATTCGTCGGCTGA‑GCGCCGCTGCGCACAAGGTGGGGgc < 4:195141/148‑1 (MQ=255) gCCTGTGCGATACCTTGGACACTGAAGC‑GCTGGAGCGCGAGATTGCCGCCGGTTGCGACCTGCTGTACCTGGAAACCCCCACCAACCCGACGCTGAAGGTGCTGGACATTCGTCGGCTGA‑GCGCCGCTGCGCACAAGGTGGGGGCGCtg > 1:165066/1‑149 (MQ=255) 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ttGGACACTGAAGC‑GCTGGAGCGCGAGATTGCCGCCGGTTGCGACCTGCTGTACCTGGAAACCCCCACCAACCCGACGCTGAAGGTGCTGGACATTCGTCGGCTGA‑GCGCCGCTGCGCACAAGGTGGGGGCGCTGGTGGTGGCCGa < 4:121836/146‑1 (MQ=255) ttGGACACTGAAGC‑GCTGGAGCGCGAGATTGCCGCCGGTTGCGACCTGCTGTACCTGGAAACCCCCACCAACCCGACGCTGAAGGTGCTGGACATTCGTCGGCTGA‑GCGCCGCTGCGCACAAGGTGGGGGCGCTGGTGGTGGCCGa > 3:121836/1‑146 (MQ=255) acTGAAGC‑GCTGGAGCGCGAGATTGCCGCCGGTTGCGACCTGCTGTACCTGGAAACCCCCACCAACCCGACGCTGAAGGTGCTGGACATTCGTCGGCTGA‑GCGCCGCTGCGCACAAGGTGGGGGCGCTGGTGGTGGCCGac > 7:60153/1‑141 (MQ=255) acTGAAGC‑GCTGGAGCGCGAGATTGCCGCCGGTTGCGACCTGCTGTACCTGGAAACCCCCACCAACCCGACGCTGAAGGTGCTGGACATTCGTCGGCTGA‑GCGCCGCTGCGCACAAGGTGGGGGCGCTGGTGGTGGCCGac < 8:60153/141‑1 (MQ=255) tGAAGC‑GCTGGAGCGCGAGATTGCCGCCGGTTGCGACCTGCTGTACCTGGAAACCCCCACCAACCCGACGCTGAAGGTGCTGGACATTCGTCGGCTGA‑GCGCCGCTGCGCACAAGGTGGGGGCGCTGGTGGTGGCCGACAACACCTTTg > 7:68884/1‑149 (MQ=255) tGAAGC‑GCTGGAGCGCGAGATTGCCGCCGGTTGCGACCTGCTGTACCTGGAAACCCCCACCAACCCGACGCTGAAGGTGCTGGACATTCGTCGGCTGA‑GCGCCGCTGCGCACAAGGTGGGGGCGCTGGTGGTGGCCGACAACACCTTTg > 7:259406/1‑149 (MQ=255) tGAAGC‑GCTGGAGCGCGAGATTGCCGCCGGTTGCGACCTGCTGTACCTGGAAACCCCCACCAACCCGACGCTGAAGGTGCTGGACATTCGTCGGCTGA‑GCGCCGCTGCGCACAAGGTGGGGGCGCTGGTGGTGGCCGACAACACCTTTg > 7:135108/1‑149 (MQ=255) gagaTTGCCGCCGGTTGCGACCTGCTGTACCTGGAAACCCCCACCAACCCGACGCTGAAGGTGCTGGACATTCGTCGGCTGA‑GCGCCGCTGCGCACAAGGTGGGGGCGCTGGTGGTGGCCGACAACACCTTTGCCACGCCACTGAAc > 4:281444/1‑147 (MQ=255) ccgGTTGCGACCTGCTGTACCTGGAAACCCCCACCAACCCGACGCTGAAGGTGCTGGACATTCGTCGGCTGA‑GCGCCGCTGCGCACAAGGTGGGGGCGCTGGTGGTGGCCGACAACACCTTTGCCACGCCACTGAACCAGAACCcgctg < 3:281444/149‑1 (MQ=255) cGACCTGCTGTACCTGGAAACCCCCACCAACCCGACGCTGAAGGTGCTGGACATTCGTCGGCTGA‑GCGCCGCTGCGCACAAGGTGGGGGCGCTGGTGGTGGCCGACAACACCTTTGCCACGCCACTGAACCAGAACCcgctggcgctgg < 2:247388/149‑1 (MQ=255) cGACCTGCTGTACCTGGAAACCCCCACCAACCCGACGCTGAAGGTGCTGGACATTCGTCGGCTGA‑GCGCCGCTGCGCACAAGGTGGGGGCGCTGGTGGTGGCCGACAACACCTTTGCCACGCCACTGAACCAGAACCcgctggcgctg < 8:135108/148‑1 (MQ=255) gACCTGCTGTACCTGGAAACCCCAACCAACCCGACGCTGAAGGTGCTGGACATTCGTCGGCTGA‑GCGCCGCTGCGCACAAGGTGGGGGCGCTGGTGGTGGCCGACAACACCTATGCAACGCCACTCACCCAGAACCcgctggcgcatag > 6:8000/1‑145 (MQ=255) ccTGCTGTACCTGGAAACCCCCACCAACCCGACGCTGAAGGTGCTGGACATTCGTCGGCTGA‑GCGCCGCTGCG‑‑CAAGGTGGGGGCGCTGGTGGTGGCCGACAACACCTTTGCCACGCCACTGAACCAGAACCCGCTGGCGCTGGGCGTg > 3:149945/1‑149 (MQ=255) ctgctgTACCTGGAAACCCCCACCAACCCGACGCTGAAGGTGCTGGACATTCGTCGGCTGA‑GCGCCGCTGCGCACAAGGTGGGGGCGCTGGTGGTGGCCGACAACACCTTTGCCACGCCACTGAACCTGAACCCGCTGGCGCTGGGCGt < 2:222404/149‑1 (MQ=255) gctgTACCTGGAAACCCCCACCAACCCGACGCTGAAGGTGCTGGACATTCGTCGGCTGA‑GCGCCGCTGCGCACAAGGTGGGGGCGCTGGTGGTGGCCGACAACACCTTTGCCACGCCACTGAACCAGAACCCGCTGGCGCTGGGCGTgg > 7:98945/1‑149 (MQ=255) ctgTACCTGGAAACCCCCACCAACCCGACGCTGAAGGTGCTGGACATTCGTCGGCTGA‑GCGCCGCTGCGCACAAGGTGGGGGCGCTGGTGGTGGCCGACAACACCTTTGCCACGCCACTGAACCAGAACCcgc < 5:161100/133‑1 (MQ=255) ctgTACCTGGAAACCCCCACCAACCCGACGCTGAAGGTGCTGGACATTCGTCGGCTGA‑GCGCCGCTGCGCACAAGGTGGGGGCGCTGGTGGTGGCCGACAACACCTTTGCCACGCCACTGAACCAGAACCcgc > 6:161100/1‑133 (MQ=255) tACCTGGAAACCCCCACCAACCCGACGCTGAAGGTGCTGGACATTCGTCGGCTGA‑GCGCCGCTGCGCACAAGGTGGGGGCGCTGGTGGTGGCCGACAACACCTTTGCCACGCCACTGAACCAGAACCCGCTGGCGCTGGGCGTGGAtgt > 3:309980/1‑149 (MQ=255) ccTGGAAACCCCCACCAACCCGACGCTGAAGGTGCTGGACATTCGTCGGCTGA‑GCGCCGCTGCGCACAAGGTGGGGGCGCTGGTGGTGGCCGACAACACCTTTGCCACGCCACTGAACCAGAACCCGCTGGCGCTGGGCGTGGATgtgg > 6:218784/1‑149 (MQ=255) cTGGAAACCCCCACCAACCCGACGCTGAAGGTGCTGGACATTCGTCGGCTGA‑GCGCCGCTGCGCACAAGGTGGGGGCGCTGGTGGTGGcc < 4:141849/90‑1 (MQ=255) cTGGAAACCCCCACCAACCCGACGCTGAAGGTGCTGGACATTCGTCGGCTGA‑GCGCCGCTGCGCACAAGGTGGGGGCGCTGGTGGTGGcc > 3:141849/1‑90 (MQ=255) gAAACCCCCACCAACCCGACGCTGAAGGTGCTGGACATTCGTCGGCTGA‑GCGCCGCTGCGCACAAGGTGGGGGCGCTGGTGGTGGCCGACAACACCTTTGCCACGCCACTGAACCAGAACCCGCTGGCGCTGGGCGTGGATgtggtg < 4:309980/147‑1 (MQ=255) aaaCCCCCACCAACCCGACGCTGAAGGTGCTGGACATTCGTCGGCTGA‑GCGCCGCTGCGCACAAGGTGGGGGCGCTGGTGGTGGCCGACAACACCTTTGCCACGCCACTGAACCAGAACCCGCTGGCGCTGGGCGTGGATgtggtggtg < 6:275168/149‑1 (MQ=255) ccccACCAACCCGACGCTGAAGGTGCTGGACATTCGTCGGCTTA‑GCGCCGCTGCGCACAAGGTGGGGGCGCTGGTGGTGGCCGACAACACCTTTTCCACGCCACTGAACCAGAACCCTCTGGAGCTGGGCGTGGATGTGGTTCTGca > 8:230591/1‑147 (MQ=255) ccccACCAACCCGACGCTGAAGGTGCTGGACATTCGTCGGCTGA‑GCGCCGCTGCGCACAAGGTGGGGGCGCTGGTGGTGGCCGACAACACCTTTGCCACGCCACTGAACCAGAACCCGCTGGCGCTGGGCGTGGATGTGGTGGTGcaca < 7:94842/149‑1 (MQ=255) ccccACCAACCCGACGCTGAAGGTGCTGGACATTCGTCGGCTGA‑GCGCCGCTGCGCACAAGGTGGGGGCGCTGGTGGTGGCCGACAACACCTTTGCCACGCCACTGAACCAGAACCCGCTGGCGCTGGGCGTGGATGTGGTGGTGca > 8:94842/1‑147 (MQ=255) 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tGAAGGTGCTGGACATTCGTCGGCTGAGGCGCCGCTGCGCACAAGGTGGGGGCGCTGGTGGTGGCCGACAACACCTTTGCCACGCCACTGAACCAGAACCCGCTGGCGCTGGGCg > 1:14626/1‑115 (MQ=255) tGAAGGTGCTGGACATTCGTCGGCTGA‑GCGCCGCTGCGCACAAGGTGGGGGCGCTGGTGGTGGCCGACAACACCTTTGCCCCGCCACTGAACCAGAACCCGCTGGCGCTGGGCGGGGCTGTGGTGGTGCCCAGCGCAACCAAGTTTcgg > 8:300513/1‑147 (MQ=255) tGAAGGTGCTGGACATTCGTCGGCTGA‑GCGCCGCTGCGCACAAGGTGGGGGCGCTGGTGGTGGCCGACAACACCTTTGCCACGCCACTGAACCAGAACCCGCTGGCGCTGGGCg < 2:14626/114‑1 (MQ=255) | AAGATCTTCGAAGAGTTCCTGCCGCGCATGGGCGTGCAAGTGTGCCTGTGCGATACCTTGGACACTGAAGC‑GCTGGAGCGCGAGATTGCCGCCGGTTGCGACCTGCTGTACCTGGAAACCCCCACCAACCCGACGCTGAAGGTGCTGGACATTCGTCGGCTGA‑GCGCCGCTGCGCACAAGGTGGGGGCGCTGGTGGTGGCCGACAACACCTTTGCCACGCCACTGAACCAGAACCCGCTGGCGCTGGGCGTGGATGTGGTGGTGCACAGCGCAACCAAGTTTCTG > NC_002947/766878‑767162 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |