Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 995,254 | T→C | 8.3% | D781G (GAT→GGT) | PP_0860 ← | sulfite reductase flavoprotein subunit |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 995,254 | 0 | T | C | 8.3% | 130.6 / 2.3 | 48 | D781G (GAT→GGT) | PP_0860 | sulfite reductase flavoprotein subunit |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (26/18); new base C (2/2); total (28/20) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.66e-01 |
ACCCCCGCTGCCATGCCTTGGAGGCTGCCGCAGACATACACGCAAGCCCCGTCGGCCACCCAGCGCTTGAAGTCCTCGGCCTGCTCCAGCATCACGTCCTGCACATACACCTTCCCGGCCTGATCGCGCGAGAACGCCAGGTCCAACCGTGCCAGGTCGCCGTTGTCCAGCCAAGCTTGCAGCTCATCGCCACACAGCAAGTCATGCGCCCGATTACGCTCACCGAACAGCAGCCAGTTGCGCTGCTCACCGGCATTGACCCGG > NC_002947/995131‑995394 | aCCCCCGCTGCCATGCCTTGGAGGCTGCCGCAGACATACACGCAAGCCCCGTCGGCCACCCAGCGCTTGAAGTCCTCGGCCTGCTCCAGCATCACGTCCTGCACATACACCTTCCCGGCCTGACCGCGCGAGAACGCCAGGTCCAACCg > 8:27973/1‑149 (MQ=255) aCCCCCGCTGCCATGCCTTGGAGGCTGCCGCAGACATACACGCAAGCCCCGTCGGCCACCCAGCGCTTGAAGTCCTCGGCCTGCTCCAGCATCACGTCCTGCACATACACCTTCCCGGCCTGACCGCGCGAGAACGCCAGGTCCAACCg > 8:22961/1‑149 (MQ=255) aTGCCTTGGAGGCTGCCGCAGACATACACGCAAGCCCCGTCGGCCACCCAGCGCTTGAAGTCCTCGGCCTGCTCCAGCATCACGTCCTGCACATACACCTTCCCGGCCTGATCGCGCGAGAACGCCAGGTCCAACCGTGCCAGGTCGcc > 8:47832/1‑149 (MQ=255) tGCCTTGGAGGCTGCCGCAGACATACACGCAAGCCCCGTCGGCCACCCAGCGCTTGAAGTCCTCGGCCTGCTCCAGCATCACGTCCTGCACATACACCTTCCCGGCCTGACCGCGCGAGAACGCCAGGTCCAACCGTGCCAGGTCGCCg < 7:27973/149‑1 (MQ=255) tGCCTTGGAGGCTGCCGCAGACATACACGCAAGCCCCGTCGGCCACCCAGCGCTTGAAGTCCTCGGCCTGCTCCAGCATCACGTCCTGCACATACACCTTCCCGGCCTGACCGCGCGAGAACGCCAGGTCCAACCGTGCCAGGTCGCCg < 7:22961/149‑1 (MQ=255) ccTTGGAGGCTGCCGCAGACATACACGCAAGCCCCGTCGGCCACCCAGCGCTTGAAGTCCTCGGCCTGCTCCAGCATCACGTCCTGCACATACACCTTCCCGGCCTGATCGCGCGAGAACGCCAGGTCCAACCGTGCCAGGTCGCCg > 1:155733/1‑147 (MQ=255) ccTTGGAGGCTGCCGCAGACATACACGCAAGCCCCGTCGGCCACCCAGCGCTTGAAGTCCTCGGCCTGCTCCAGCATCACGTCCTGCACATACACCTTCCCGGCCTGATCGCGCGAGAACGCCAGGTCCAACCGTGCCAGGTCGCCg < 2:155733/147‑1 (MQ=255) cattGGAGGCTGCCGCAGACATACACGCAAGCCCCGTCGGCCACCCAGCGCTTGAAGTCCTCGGCCTGCTCCAGCATCACGTCCTGCACATACACCTTCCCGGCCTGATCGCGCGAGAACGCCAGGTCCAACCGTGCCAGGTCGCCGtt < 6:229669/147‑1 (MQ=255) ggAGGCTGCCGCAGACATACACGCAAGCCCCGTCGGCCACCCAGCGCTTGAAGTCCTCGGCCTGCTCCAGCATCACGTCCTGCACATACACCTTCCCGGCCTGAt > 6:144781/1‑105 (MQ=255) ggAGGCTGCCGCAGACATACACGCAAGCCCCGTCGGCCACCCAGCGCTTGAAGTCCTCGGCCTGCTCCAGCATCACGTCCTGCACATACACCTTCCCGGCCTGAt < 5:144781/105‑1 (MQ=255) gAGGCTGCCGCAGACATACACGCAAGCCCCGTCGGCCACCCAGCGCTTGAAGTCCTCGGCCTGCTCCAGCATCACGTCCTGCACATACACCTTCCCGGCCTGATCGCGCGAGAACGCCAGGTCCAACCGTGCCAGGTCGCCGTTGTCCa < 1:276800/149‑1 (MQ=255) gAGGCTGCCGCAGACATACACGCAAGCCCCGTCGGCCACCCAGCGCTTGAAGTCCTCGGCCTGCTCCAGCATCACGTCCTGCACATACACCTTCCCGGCCTGATCGCGCGAGAACGCCAGGTCCAACCGTGCCAGGTCGCCGTTGTCCa < 8:246203/149‑1 (MQ=255) gAGGCTGCCGCAGACATACACGCAAGCCCCGTCGGCCACCCAGCGCTTGAAGTCCTCGGCCTGCTCCAGCATCACGTCCTGCACATACACCTTCCCGGCCTGATCGCGCGAGAACGCCAGGTCCAACCGTGCCAGGTCGCCGTTGTCCa < 7:47832/149‑1 (MQ=255) aTACACGCAAGCCCCGTCGGCCACCCAGCGCTTGAAGTCCTCGGCCTGCTCCAGCATCACGTCCTGCACATACACCTTCCCGGCCTGATCGCGCGAGAACGCCAGGTCCAACCGTGCCAGGTCGCCGTTGTCCAGCCAAGCTTGCAg > 3:133660/1‑147 (MQ=255) aTACACGCAAGCCCCGTCGGCCACCCAGCGCTTGAAGTCCTCGGCCTGCTCCAGCATCACGTCCTGCACATACACCTTCCCGGCCTGATCGCGCGAGAACGCCAGGTCCAACCGTGCCAGGTCGCCGTTGTCCAGCCAAGCTTGCAg < 4:133660/147‑1 (MQ=255) acacGCAAGCCCCGTCGGCCACCCAGCGCTTGAAGTCCTCGGCCTGCTCCAGCATCACGTCCTGCACATACACCTTCCCGGCCTGATCGCGCGAGAACGCCAGGTCCAACCGTGCCAGGTCGCCGTTGTCCAGCCAAGCTTGCAGCTCa > 8:255688/1‑149 (MQ=255) cacGCAAGCCCCGTCGGCCACCCAGCGCTTGAAGTCCTCGGCCTGCTCCAGCATCACGTCCTGCACATACACCTTCCCGGCCTGATCGCGCGAGAACGCCAGGTCCAACCGTGCCAGGACGCCGTTGTCCAGCCAAGCTTGCAGCTCAt > 7:73829/1‑149 (MQ=255) gCCCCGTCGGCCACCCAGCGCTTGAAGTCCTCGGCCTGCTCCAGCATCACGTCCTGCACATACACCTTCCCGGCCTGATCGCGCGAGAACGCCAGGTCCAACCGTGCCAGGTCGCCGTTGTCCAGCCAAGCTTGCAGCTCATCGCcaca > 5:216133/1‑149 (MQ=255) ccAGCGCTTGAAGTCCTCGGCCTGCTCCAGCATCACGTCCTGCACATACACCTTCCCGGCCTGATCGCGCGAGAACGCCAGGTCCAACCGTGCCAGGTCGCCGtt < 7:278662/105‑1 (MQ=255) ccAGCGCTTGAAGTCCTCGGCCTGCTCCAGCATCACGTCCTGCACATACACCTTCCCGGCCTGATCGCGCGAGAACGCCAGGTCCAACCGTGCCAGGTCGCCGtt > 8:278662/1‑105 (MQ=255) ttGAAGTCCTCGGCCTGCTCCAGCATCACGTCCTGCACATACACCTTCCCGGCCTGATCGCGCGAGAACGCCAGGTCCAACCGTGCCAGGTCGCCGTTGTCCAGCCAAGCTTGCa < 7:237550/115‑1 (MQ=255) ttGAAGTCCTCGGCCTGCTCCAGCATCACGTCCTGCACATACACCTTCCCGGCCTGATCGCGCGAGAACGCCAGGTCCAACCGTGCCAGGTCGCCGTTGTCCAGCCAAGCTTGCa > 8:237550/1‑115 (MQ=255) ttGAAGTCCTCGGCCTGCTCCAGCATCACGTCCTGCACATACACCTTCCCGGCCTGATCGCGCGAGAACGCCAGGTCCAACCGTGCCAGGTCGCCGTTGTCCAGCCAAGCTTGCAGCTCATCGCCACACAGCAAGTCATGCGccc > 7:41448/1‑145 (MQ=255) ttGAAGTCCTCGGCCTGCTCCAGCATCACGTCCTGCACATACACCTTCCCGGCCTGATCGCGCGAGAACGCCAGGTCCAACCGTGCCAGGTCGCCGTTGTCCAGCCAAGCTTGCAGCTCATCGCCACACAGCAAGTCATGCGccc < 8:41448/145‑1 (MQ=255) gAAGTCCTCGGCCTGCTCCAGCATCACGTCCTGCACATACACCTTCCCGGCCTGATCGCGCGAGAACGCCAGGTCCAACCGTGCCAGGTCGCCGTTGTCCAGCCaa < 2:73527/106‑1 (MQ=255) gAAGTCCTCGGCCTGCTCCAGCATCACGTCCTGCACATACACCTTCCCGGCCTGATCGCGCGAGAACGCCAGGTCCAACCGTGCCAGGTCGCCGTTGTCCAGCCaa > 1:73527/1‑106 (MQ=255) gAAGTCCTCGGCCTGCTCCAGCATCACGTCCTGCACATACACCTTCCCGGCCTGATCGCGCGAGAACGCCAGGTCCAACCGTGCCAGGTCGCCGTTGTCCAGCCAAGCTTGCAGCTCATCGCCACACAGCAAGTCATGCGCCCGATTAc > 7:65190/1‑149 (MQ=255) gAAGTCCTCGGCCTGCTCCAGCATCACGTCCTGCACATACACCTTCCCGGCCTGATCGCGCGAGAACGCCAGGTCCAACCGTGCCAGGTCGCCGTTGTCCAGCCAAGCTTGCAGCTCATCGCCACACAGCAAGTCATGCGCCCGATTAc > 3:8143/1‑149 (MQ=255) tCCTCGGCCTGCTCCAGCATCACGTCCTGCACATACACCTTCCCGGCCTGATCGCGCGAGAACGCCAGGTCAAACCGTGCCAGGTCGCCGTTGTCCAGCCAAGCTTGCAGCTCATCGCCACACAGCAAGTCATGCGCCCGATTACGCt > 5:223183/1‑148 (MQ=255) cTCGGCCTGCTCCAGCATCACGTCCTGCACATACACCTTCCCGGCCTGATCGCGCGAGAACGCCAGGTCCAACCGTGCCAGGTCGCCGTTGTCCAGCCAAGCTTGCAGCTCATCGCCACACAGCAAGTCATGCGCCCGATTACGCTCAc > 1:70445/1‑149 (MQ=255) cTCGGCCTGCTCCAGCATCACGTCCTGCACATACACCTTCCCGGCCTGATCGCGCGAGAACGCCAGGTCCAACCGTGCCAGGTCGCCGTTGTCCAGCCAAGCTTGCAGCTCATCGCCACACAGCAAGTCATGCGCCCGATTACGCTCAc > 6:88047/1‑149 (MQ=255) cTCGGCCTGCTCCAGCATCACGTCCTGCACATACACCTTCCCGGCCTGATCGCGCGAGAACGCCAGGTCCAACCGTGCCAGGTCGCCGTTGTCCAGCCAAGCTTGCAGCTCATCGCCACACAGCAAGTCATGCGCCCGATTACGCTCAc > 3:258240/1‑149 (MQ=255) gCTCCAGCATCACGTCCTGCACATACACCTTCCCGGCCTGATCGCGCGAGAACGCCAGGTCCAACCGTGCCAGGTCGCCGTTGTCCAGCCAAGCTTGCAGCTCATCGCCACACAGCAAGTCATGCGCGCGATTACGCTGCCCGAAcag > 6:267263/1‑148 (MQ=255) ccTGCACATACACCTTCCCGGCCTGATCGCGCGAGAACGCCAGGTCCAACCGTGCCAGGTCGCCGTTGTCCAGCCAAGCTTGCAGCTCATCGCCACACAGCAAGTCATGCGCCCGATTACGCTCACCGAACAGCAGCCAGTTGCgctgc > 7:101285/1‑149 (MQ=255) cacaTACACCTTCCCGGCCTGATCGCGCGAGAACGCCAGGTCCAACCGTGCCAGGTCGCCGTTGTCCAGCCAAGCTTGCAGCTCATCGCCACACAGCAAGTCATGCGCCCGATTACGCTCACCGAACAGCAGCCAGTTGCGCTGCTCAc < 2:139095/149‑1 (MQ=255) aTACACCTTCCCGGCCTGATCGCGCGAGAACGCCAGGTCCAACCGTGCCAGGTCGCCGTTGTCCAGCCAAGCt > 7:252635/1‑73 (MQ=255) aTACACCTTCCCGGCCTGATCGCGCGAGAACGCCAGGTCCAACCGTGCCAGGTCGCCGTTGTCCAGCCAAGCt < 8:252635/73‑1 (MQ=255) aTACACCTTCCCGGCCTGATCGCGCGAGAACGCCAGGTCCAACCGTGCCAGGTCGCCGTTGTCCAGCCAAGCTTGCAGCTCATCGCCACACAGCAAGTCATGCGCCCGATTACGCTCACCGAAcagca < 6:149571/128‑1 (MQ=255) aTACACCTTCCCGGCCTGATCGCGCGAGAACGCCAGGTCCAACCGTGCCAGGTCGCCGTTGTCCAGCCAAGCTTGCAGCTCATCGCCACACAGCAAGTCATGCGCCCGATTACGCTCACCGAAcagca > 5:149571/1‑128 (MQ=255) tACACCTTCCCGGCCTGATCGCGCGAGAACGCCAGGTCCAACCGTGCCAGGTCGCCGTTGTCCAGCCAAGCTTGCAGCTCATCGCCACACAGCAAGTCATGCGCCCGATTACGCTCACCGAACAGCAGCCAGTTGCGCTGCTCACCgg > 3:203916/1‑148 (MQ=255) tACACCTTCCCGGCCTGATCGCGCGAGAACGCCAGGTCCAACCGTGCCAGGTCGCCGTTGTCCAGCCAAGCTTGCAGCTCATCGCCACACAGCAAGTCATGCGCCCGATTACGCTCACCGAACAGCAGCCAGTTGCGCTGCTCACCgg > 3:207984/1‑148 (MQ=255) cacCTTCCCGGCCTGATCGCGCGAGAACGCCAGGTCCAACCGTGCCAGGTCGCCGTTGTCCAGCCAAGCTTGCAGCTCATCGCCACACAGCAAGTCATGCGCCCGATTACGCTCACCGAACAGCAGCCAGTTGCGCTGCTCACCGGCa < 5:88047/148‑1 (MQ=255) cTTCCCGGCCTGATCGCGCGAGAACGCCAGGTCCAACCGTGCCAGGTCGCCGTTGTCCAGCCAAGCTTGCAGCTCATCGCCACACAGCAAGTCATGCGCCCGATTACGCTCACCGAACAGCAGCCAGTTGCGCTGCTCACCGGCATTGa < 4:207984/149‑1 (MQ=255) cTTCCCGGCCTGATCGCGCGAGAACGCCAGGTCCAACCGTGCCAGGTCGCCGTTGTCCAGCCAAGCTTGCAGCTCATCGCCACACAGCAAGTCATGCGCCCGATTACGCTCACCGAACAGCAGCCAGTTGCGCTGCTCACCGGCATTGa < 4:203916/149‑1 (MQ=255) tCCCGGCCTGATCGCGCGAGAACGCCAGGTCCAACCGTGCCAGGTCGCCGTTGTCCAGCCAAGCTTGCAGCTCATCGCCACACAGCAAGTCATGCGCCCGATTACGCTCACCGAACAGCAGCCAGTTGCGCTGCTCACCGGCATTGAcc > 1:85079/1‑149 (MQ=255) cccGGCCTGATCGCGCGAGAACGCCAGGTCCAACCGTGCCAGGTCGCCGTTGTCCAGCCAAGCTTGCAg < 3:80369/69‑1 (MQ=255) cccGGCCTGATCGCGCGAGAACGCCAGGTCCAACCGTGCCAGGTCGCCGTTGTCCAGCCAAGCTTGCAg > 4:80369/1‑69 (MQ=255) cGGCCTGATCGCGCGAGAACGCCAGGTCCAACCGTGCCAGGTCGCCGTTGTCCAGCCAAGCTTGCAGCTCATCGCCACACAGCAAGTCATGCGCCCGATTACGCTCACCGAACAGCAGCCAGTTGCGCTGCTCACCGGCATTGACCCgg > 1:135225/1‑149 (MQ=255) cGGCCTGATCGCGCGAGAACGCCAGGTCCAACCGTGCCAGGTCGCCGTTGTCCAGCCAAGCTTGCAGCTCATCGCCACACAGCAAGTCATGCGCCCGATTACGCTCACCGAACAGCAGCCAGTTGCGCTGCTCACCGGCATTGACCCgg > 8:263356/1‑149 (MQ=255) cGGCCTGATCGCGCGAGAACGCCAGGTCCAACCGTGCCAGGTCGCCGTTGTCCAGCCAAGCTTGCAGCTCATCGCCACACAGCAAGTCATGCGCCCGATTACGCTCACCGAACAGCAGCCAGTTGCGCTGCTCACCGGCATTGACCCgg < 2:135225/149‑1 (MQ=255) | ACCCCCGCTGCCATGCCTTGGAGGCTGCCGCAGACATACACGCAAGCCCCGTCGGCCACCCAGCGCTTGAAGTCCTCGGCCTGCTCCAGCATCACGTCCTGCACATACACCTTCCCGGCCTGATCGCGCGAGAACGCCAGGTCCAACCGTGCCAGGTCGCCGTTGTCCAGCCAAGCTTGCAGCTCATCGCCACACAGCAAGTCATGCGCCCGATTACGCTCACCGAACAGCAGCCAGTTGCGCTGCTCACCGGCATTGACCCGG > NC_002947/995131‑995394 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |