Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,028,172 | G→A | 6.9% | Q190* (CAG→TAG) | dppA‑III ← | dipeptide ABC transporter substrate‑binding protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,028,172 | 0 | G | A | 6.9% | 165.5 / 2.4 | 58 | Q190* (CAG→TAG) | dppA‑III | dipeptide ABC transporter substrate‑binding protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (25/29); new base A (2/2); total (27/31) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.49e-01 |
TCGATCTTCACGTCCTCGGGCTGCCAGTAGTCCTTGTTGCCCTTGAAGCGGATCTGCGCGTCCTTCTGGTATTTGCTGAACACGAACGGGCCGGTGCCGATCGGCTTCTGGTTGATGTCGGCGGCCTTGCCGTTCTTTAGGAGCTGGTCGGCGTATTCGGCGGACTGGATCGAGGCAAAGCTCATGGCCAGGTTCTGGATGAACGCGGCGTCAACCTCGTTGAGGGTGAACTTCACCGTGTGCTCGTCAAGCTTCTCCACCTTGGCAATGTTCTTGTCCATGCCCATGTCGGT > NC_002947/1028027‑1028319 | tCGATCTTCACGTCCTCGGGCTGCCAGTAGTCCTTGTTGCCCTTGAAGCGGATCTGCGCGTCCTTCTGGTATTTGCTGAACACGAACGGGCCGGTGCCGATCGGCTTCTGGTTGATGTCGGCGGCCTTGCCGTTCTTTAGGAGCTGGTc < 4:94446/149‑1 (MQ=255) ctCTTGACGTCCATGGGCTGCCAGTTTGCCATGGTGCGCGTGTAGGGGATCCTCGGGTCCTTTTTGTTTTTTGTTAAAAAGTACGGGCCGGTGGCGTTAGGGTTGTGGGTGATGGCGGCGGGCTTGGCGGTCTTTAGGAGCTGGTCGGc < 2:107919/148‑1 (MQ=255) cTTCACGTCCTCGGGCTGCCAGTAGTCCTTGTTGCCCTTGAAGCGGATCTGCGCGTCCTTCTGGTATTTGCTGAACACGAACGGGCCGGTGCCGATCGGCTTCTGGTTGATGTCGGCGGCCTTGCCGTTCTTTAGGAGCTGGTCGGCg > 1:167680/1‑148 (MQ=255) cACGTCCTCGGGCTGCCAGTAGGCCTTGTTGCCCTTGAAGCGGATCTGCGCGTCCTTCTGGTATTTGCTGAACACGAACGGGCCGGTGCCGATCGGCTTCTGGTTGATGTCGGCGGCCTTGCCGTTCTTTAGGAGCTGGTCGGc < 6:100673/144‑1 (MQ=255) aCGTCCTCGGGCTGCCAGTAGTCCTTGTTGCCCTTGAAGCGGATCTGCGCGTCCTTCTGGTATTTGCTGAACACGAACGGGCCGGTGCCGATCGGCTTCTGGTTGATGTCGGCGGCCTTGCCGTTCTTTAGGAGCTGGTCGGCGTAtt < 1:144738/148‑1 (MQ=255) aCGTCCTCGGGCTGCCAGTAGTCCTTGTTGCCCTTGAAGCGGATCTGCGCGTCCTTCTGGTATTTGCTGAACACGAACGGGCCGGTGCCGATCGGCTTCTGGTTGATGTCGGCGGCCTTGCCGTTCTTTAGGAGCTGGTCGGCGTATTc < 2:45544/149‑1 (MQ=255) cGTCCTCGGGCTGCCAGTAGTCCTTGTTGCCCTTGAAGCGGATCTGCGCGTCCTTCTGGTATTTGCTGAACACGAACGGGCCGGTGCCGATCGGCTTCTGGTTGATGTCGGCGGCCTTGCCGTTCTTTAGGAGCTGGTCGGCGTATTcg > 7:166221/1‑149 (MQ=255) gTCCTCGGGCTGCCAGTAGTCCTTGTTGCCCTTGAAGCGGATCTGCGCGTCCTTCTGGTATTTGCTGAACACGAACGGGCCGGTGCCGATCGGCTTCTGGTTGATGTCGGCGGCCTTGCCGTTCTTTAGGAGCTGGTCGGCGTATTcgg > 8:137516/1‑149 (MQ=255) tCCTCGGGCTGCCAGTAGTCCTTGTTGCCCTTGAAGCGGATCTGCGCGTCCTGCTGGTATTTGCTGAACACGAACGGGCCGGTGCCGATCGGCTTCTGGTTGATGTCGGCGGCCTTGCCGTTCTTTAGGAGCTGGTCGGCGTATTcggc > 4:226919/1‑149 (MQ=255) cTCGGGCTGCCAGTAGTCCTTGTTGCCCTTGAAGCGGATCTGCGCGTCCTTCTGGTATTTGCTGAACACGAACGGGCCGGTGCCGATCGGCTTCTGGTTGATGTCGGCGGCCTTGCCGTTCTTTAGGGGGTGGTCGGCGTATTcggcg > 2:151050/1‑148 (MQ=255) cTCGGGCTGCCAGTAGTCCTTGTTGCCCTTGAAGCGGATCTGCGCGTCCTTCTGGTATTTGCTGAACACGAACGGGCCGGTGCCGATCGGCTTCTGGTTGATGTCGGCGGCCTTGCCGTTCTTTAGGAGCTGGTCGGCGTATTcggcg < 6:183850/148‑1 (MQ=255) cTCGGGCTGCCAGTAGTCCTTGTTGCCCTTGAAGCGGATCTGCGCGTCCTTCTGGTATTTGCTGAACACGAACGGGCCGGTGCCGATCGGCTTCTGGTTGATGTCGGCGGCCTTGCCGTTCTTTAGGAGCTGGTCGGCGTATTcggcg < 2:167680/148‑1 (MQ=255) cGGGCTGCCAGTAGTCCTTGTTGCCCTTGAAGCGGATCTGCGCGTCCTTCTGGTATTTGCTGAACACGAACGGGCCGGTGCCGATCGGCTTCTGGTTGATGTCGGCGGCCTTGCCGTTCTTTAGGAGCTGGTCGGCGTATTCGGCTGAc > 2:204381/1‑149 (MQ=255) gggCTGCCAGTAGTCCTTGTTGCCCTTGAAGCGGATCTGCGCGTCCTTCTGGTATTTGCTGAACACGAACGGGCCGGTGCCGATCGGCTTCTGGTTGATGTCGGCGGCCTTGCCGTTCTTTAGGAGCTGGTCGGCGTATTCGGCGGa < 7:137516/147‑1 (MQ=255) gggCTGCCAGTAGTCCTTGTTGCCCTTGAAGCGGATCTGCGCGTCCTTCTGGTATTTGCTGAACACGAACGGGCCGGTGCCGATCGGCTTCTGGTTGATGTCGGCGGCCTTGCCGTTCTTTAGGAGCTGGTCGGCGTATTCGGCGGAc < 4:231811/148‑1 (MQ=255) gggCTGCCAGTAGTCCTTGTTGCCCTTGAAGCGGATCTGCGCGTCCTGCTGGTATTTGCTGAACACGAACGGGCCGGTGCCGATCGGCTTCTGGTTGATGTCGGCGGCCTTGCCGTTCTTTAGGAGCTGGTCGGCGTATTCGGCGGa < 3:226919/147‑1 (MQ=255) agtagtCCTTGTTGCCCTTGAAGCGGATCTGCGCGTCCTTCTGGTATTTGCTGAACACGAACGGGCCGGTGCCGATCGGCTTCTGGTTGATGTCGGCGGCCTTGCCGTTCTTTAGGAGCTGGTCGGCGTATTCGGCGGACTGGATCGAg < 8:37102/149‑1 (MQ=255) gtagtCCTTGTTGCCCTTGAAGCGGATCTGCGCGTCCTTCTGGTATTTGCTGAACACGAACGGGCCGGTGCCGATCGGCTTCTGGTTGATGTCGGCGGCCTTGCCGTTCTTTAGGAGCTAGTCGGCGTATTCGGCGGACTGGACCGAgg > 3:275310/1‑149 (MQ=255) gtagtCCTTGTTGCCCTTGAAGCGGATCTGCGCGTCCTTCTGGTATTTGCTGAACACGAACGGGCCGGTGCCGATCGGCTTCTGGTTGATGTCGGCGGCCTTGCCGTTCTTTAGGAGCTAGTCGGCGTATTCGGCGGACTGGACCGAg > 7:58347/1‑148 (MQ=255) agtCCTTGTTGCCCTTGAAGCGGATCTGCGCGTCCTTCTGGTATTTGCTGAACACGAACGGGCCGGTGCCGATCGGCTTCTGGTTGATGTCGGCGGCCTTGCCGTTCTTTAGGAGCTGGTCGGCGTATTCGGCGGACTGGATCGAGGc > 5:174126/1‑148 (MQ=255) tCCTTGTTGCCCTTGAAGCGGATCTGCGCGTCCTTCTGGTATTTGCTGAACACGAACGGGCCGGTGCCGATCGGCTTCTGGTTGATGTCGGCGGCCTTGCCGTTCTTTAGGAGCTGGTCGGCGTATTCGGCGGACTGGATCGAGGCa > 3:319765/1‑147 (MQ=255) ccTTGAAGCGGATCTGCGCGTCCTTCTGGTATTTGCTGAACACGAACGGGCCGGTGCCGATCGGCTTCTGGTTGATGTCGGCGGCCTTGCCGTTCTTTAGGAGCTGGTCGGCGTATTCGGCGGACTGGATCGAGGCAAAGCTCATGGcc < 4:319765/149‑1 (MQ=255) ccTTGAAGCGGATCTGCGCGTCCTTCTGGTATTTGCTGAACACGAACGGGCCGGTGCCGATCGGCTTCTGGTTGATGTCGGCGGCCTTGCCGTTCTTTAGGAGCTGGTCGGCGTATTCGGCGGACTCGATCTAGGCAACGCTCATGGc > 5:315505/1‑148 (MQ=255) gcgTCCTTCTGGTATTTGCTGAACACGAACGGGCCGGTGCCGATCGGCTTCTGGTTGATGTCGGCGGCCTTGCCGTTCTTTAGGAGCTGGTCGGCGTATTCGGCGGACTGGATCGAGGCAAAGCTCATGGCCAGGTTCTGGATGAAcgc > 2:223897/1‑149 (MQ=255) gcgTCCTTCTGGTATTTGCTGAACACGAACGGGCCGGTGCCGATCGGCTTCTGGTTGATGTCGGCGGCCTTGCCGTTCTTTAGGAGCTGGTCGGCGTATTCGGCGGACTGGATCGAGGCAAAGCTCATGGCCAGGTTCTGGATGAAcgc > 7:112724/1‑149 (MQ=255) cTTCTGGTATTTGCTGAACACGAACGGGCCGGTGCCGATCGGCTTCTGGTTGATGTCGGCGGCCTTGCCGTTCTTTAGGAGCTGGTCGGCGTATTCGGCGGACTGGATCGAGGCAAAGCTCATGGCCAGGTTCTGGATGAACGGGGCGt > 4:83565/1‑149 (MQ=255) ttCTGGTATTTGCTGAACACGAACGGGCCGGTGCCGATCGGCTTCTGGTTGATGTCGGCGGCCTTGCCGTTCTTTAGGAGCTGGTCGGCGTATTCGGCGGACTGGATCGAGGCAAAGCTCATGGCCAGGTTCTGGATGAACGCGGCGt > 4:189928/1‑148 (MQ=255) ttCTGGTATTTGCTGAACACGAACGGGCCGGTGCCGATCGGCTTCTGGTTGATGTCGGCGGCCTTGCCGTTCTTTAGGAGCTGGTCGGCGTATTCGGCGGACTGGATCGAGGCAAAGCTCATGGCCAGGTTCTGGATGAACGCGGCGt > 2:55995/1‑148 (MQ=255) gTATTTGCTGAACACGAACGGGCCGGTGCCGATCGGCTTCTGGTTGATGTCGGCGGCCTTGCCGTTCTTTAGGAGCTGGTCGGCGTATTCGGCGGACTGGATCGAGGCAAAGCTCATGGCCAGGTTCTGGATGAACGCGGCGTCAAc < 1:223897/147‑1 (MQ=255) gCTGAACACGAACGGGCCGGTGCCGATCGGCTTCTGGTTGATGTCGGCGGCCTTGCCGTTCTTTAGGAGCTGGTCGGCGTATTCGGCGGACTGGATCGAGGCAAAGCTCATGGCCAGGTTCTGGATGAACGCGGCGTCAACCTCGtt > 8:187541/1‑147 (MQ=255) cTGAACACGAACGGGCCGGTGCCGATCGGCTTCTGGTTGATGTCGGCGGCCTTGCCGTTCTTTAGGAGCTGGTCGGCGTATTCGGCGGACTGGATCGAGGCAAAGCTCATGGCCAGGTTCTGGATGAACGCGGCGTCAACCTCGTTGAg < 1:204381/149‑1 (MQ=255) tGAACACGAACGGGCCGGTGCCGATCGGCTTCTGGTTGATGTCGGCGGCCTTGCCGTTCTTTAGGAGCTGGTCGGCGTATTCGGCGGACTGGATCGAGGCAAAGCTCATGGCCAGGTTCTGGATGAACGCGGCGTCAACCTCGTTGAgg > 1:80278/1‑149 (MQ=255) acGAACGGGCCGGTGCCGATCGGCTTCTGGTTGATGTCGGCGGCCTTGCCGTTCTTTAGGAGCTGGTCGGCGTATTCGGCGGACTGGATCGAGGCAAAGCTCATGGCCAGGTTCTGGATGAACGCGGCGTCAACCTCGTTGAGGGTGaa < 7:187541/149‑1 (MQ=255) gAACGGGCCGGTGCCGATCGGCTTCTGGTTGATGTCGGCGGCCTTGCCGTTCTTTAGGAGCTGGTCGGCGTATTCGGCGGACTGGATCGAGGCAAAGCTCATGGCCAGGTTCTGGATGAACGCGGCGTCAACCTCGTTGAGGGTGAACt > 2:219124/1‑149 (MQ=255) gAACGGGCCGGTGCCGATCGGCTTCTGGTTGATGTCGGCGGCCTTGCCGTTCTTTAGGAGCTGGTCGGCGTATTCGGCGGACTGGATCGAGGCAAAGCTCATGGCCAGGTTCTGGATGAACGCGGCGTCAACCTCGTTGAGGGTGAACt > 8:8742/1‑149 (MQ=255) ccGGTGCCTATCGGCTGCTGGTTGATGGCGGCGGCCTTGCCGTTCTTTAGGAGCTGGGCGGCGTATTCGGCGGACTGGATCGAGGCACAGCTCATGGCCAGGTTCTGGATGAACGCGGCGTCAACCTCGTTGAGGGTGAACTTCACCgt < 5:247374/149‑1 (MQ=38) ccGGTGCCGATCGGCTTCTGGTTGATGTCGGCGGCCTTGCCGTTCTTTAGGAGCTGGTCGGCGTATTCGGCGGACTGGATCGAGGCAAAGCTCATGGCCAGGTTCTGGATGAACGCGGCGTCAACCTCGTTGAGGGTGAACTTCACCgt < 2:80278/149‑1 (MQ=255) ccGATCGGCTTCTGGTTGATGTCGGCGGCCTTGCCGTTCTTTAGGAGCTGGTCGGCGTATTCGGCGGACTGGATCGAGGCAAAGCTCATGGCCAGGTTCTGGATGAACGCGGCGTCAACCTCGTTGAGGGTGAACTTCACCGTGTGCTc < 3:189928/149‑1 (MQ=255) gATCGGCTTCTGGTTGATGTCGGCGGCCTTGCCGTTCTTTAGGAGCTGGTCGGCGTATTCGGCGGACTGGATCGAGGCAAAGCTCATGGCCAGGTTCTGGATGAACGCGGCGTCAACCTCGTTGAGGGTGAACTTCACCGTGTGCTCGt > 4:92438/1‑149 (MQ=255) gCTTCTGGTTGATGTCGGCGGCCTTGCCGTTCTTTAGGAGCTGGTCGGCGTATTCGGCGGACTGGATCGAGGCAAAGCTCATGGCCAGGTTCTGGATGAACGCGGCGTCAACCTCGTTGAGGGTGAACTTCACCGTGTGCTCGTCAAGc < 8:166221/149‑1 (MQ=255) gCTTCTGGTTGATGTCGGCGGCCTTGCCGTTCTTTAGGAGCTGGTCGGCGTATTCGGCGGACTGGATCGAGGCAAAGCTCATGGCCAGGTTCTGGATGAACGCGGCGTCAACCTCGTTGAGGGTGAACTTCACCGTGTGCTCGTCAAGc < 8:112724/149‑1 (MQ=255) gCTTCTGGTTGATGTCGGCGGCCTTGCCGTTCTTTAGGAGCTGGTCGGCGTATTCGGCGGACTGGATCGAGGCAAAGCTCATGGCCAGGTTCTGGATGAACGCGGCGTCAACCTCGTTGAGGGTGAACTTCACCGTGTGCTCGTCAAGc > 7:220956/1‑149 (MQ=255) gCTTCTGGTTGATGTCGGCGGCCTTGCCGTTCTTTAGGAGCTAGTCGGCGTATTCGGCGGACTGGACCGAGGCAAAGCTCATGGCCAGGTTCTGGATGAACGCGGCGTCAACCTCGTTGAGGGTGAACTTCACCGTGTGCTCGTCAAGc < 8:58347/149‑1 (MQ=255) gCTTCTGGTTGATGTCGGCGGCCTTGCCGTTCTTTAGGAGCTAGTCGGCGTATTCGGCGGACTGGACCGAGGCAAAGCTCATGGCCAGGTTCTGGATGAACGCGGCGTCAACCTCGTTGAGGGTGAACTTCACCGTGTGCTCGTCAAGc < 4:275310/149‑1 (MQ=255) gTTGATGTCGGCGGCCTTGCCGTTCTTTAGGAGCTGGTCGGCGTATTCGGCGGACTGGATCGAGGCAAAGCTCATGGCCAGGTTCTGGATGAACGCGGCGTCAACCTCGTTGAGGGTGAACTTCACCGTGTGCTCGTCAAGCTTCTcc < 1:219124/148‑1 (MQ=255) gTTGATGTCGGCGGCCTTGCCGTTCTTTAGGAGCTGGTCGGCGTATTCGGCGGACTGGATCGAGGCAAAGCTCATGGCCAGGTTCTGGATGAACGCGGCGTCAACCTCGTTGAGGGTGAACTTCACCGTGTGCTCGTCAAGCTTCTCCa > 4:36237/1‑149 (MQ=255) tCGGCGGCCTTGCCGTTCTTTAGGAGCTGGTCGGCGTATTCGGCGGACTGGATCGAGGCAAAGCTCATGGCCAGGTTCTGGATGAACGCGGCGTCAACCTCGTTGAGGGTGAACTTCACCGTGTGCTCGTCGAGCTTCTCCACCTTgg < 6:174126/148‑1 (MQ=255) gcggaCTTGCCTTTCTTTAGGAGCTGGTCGGAGTATTCGGCGGACTGGATCTAGGCAAAGCTCATGGCCAGGTTCTGGATGAACGCGGCGTCAACCTCGTTGAGGTTGAACTTCACCGTGTGCTCGTCAAGCTTCTCCACCTTGGCAAt < 7:90985/149‑1 (MQ=38) ccTTGCCGTTCTTTAGGAGCTGGTCGGCGTATTCGGCGGACTGGTTCGAGGCAAAGCTCATGGCCAGGTTCTGGATGAACGCGGCGTCAACCTCGTTGAGGGTGAACTTCACCGTGTGCTCGTCAAGCTTCTCCACCTTGGCAATGTTc < 3:670/149‑1 (MQ=255) ccTTGCCGTTCTTTAGGAGCTGGTCGGCGTATTCGGCGGACTGGTTCGAGGCAAAGCTCATGGCCAGGTTCTGGATGAACGCGGCGTCAACCTCGTTGAGGGTGAACTTCACCGTGTGCTCGTCAAGCTTCTCCACCTTGGCAATGTTc > 4:670/1‑149 (MQ=255) ccTTGCCGTTCTTTAGGAGCTGGTCGGCGTATTCGGCGGACTGGATCGAGGCAAAGCTCATGGCCAGGTTCTGGATGAACGCGGCGTCAACCTCGTTGAGGGTGAACTTCACCGTGTGCTCGTCAAGCTTCTCCACCTTGGCAATGTTc < 3:92438/149‑1 (MQ=255) ttGCCGTTCTTTAGGAGCTGGTCGGCGTATTCGGCGGACTGGATCGAGGCAAAGCTCATGGCCAGGTTCTGGATGAACGCGGCGTCAACCTCGTTGAGGGTGAACTTCACCGTGTGCTCGTCAAGCTTCTCCACCTTGGCAATGTTCtt > 2:179304/1‑149 (MQ=255) tccGTTCTTTAGGAGGTGGTCGGCGTATTCGGCGGACTGGATCGAGGCAAAGCTCATGGCCAGGTTCTGGATGAACGCGGCGTCAACCTCGTTGAGGGTGAACTTCACCGTGTGCTCGTCAAGCTTCTCCACCTTGGCAATGTTCtt < 3:153992/146‑1 (MQ=255) gCCGTTCTTTAGGAGCTGGTCGGCGTATTCGGCGGACTGGATCGAGGCAAAGCTCATGGCCAGGTTCTGGATGAAcgcg > 4:205141/1‑79 (MQ=255) gCCGTTCTTTAGGAGCTGGTCGGCGTATTCGGCGGACTGGATCGAGGCAAAGCTCATGGCCAGGTTCTGGATGAAcgcg < 3:205141/79‑1 (MQ=255) gCCGTTCTTTAGGAGCTGGTCGGCGTATTCGGCGGACTGGATCGAGGCAAAGCTCATGGCCAGGTTCTGGATGAACGCGGCGTCAACCTCGTTGAGGGTGAACTTCACCGTGTGCTCGTCAAGCTTCTCCACCTTGGCAATGTTCtt < 3:83565/147‑1 (MQ=255) gCCGTTCTTTAGGAGCTGGTCGGCGTATTCGGCGGACTGGATCGAGGCAAAGCTCATGGCCAGGTTCTGGATGAACGCGGCGTCAACCTCGTTGAGGGTGAACTTCACCGTGTGCTCGTCAAGCTTCTCCACCTTGGCAATGTTCtt < 7:8742/147‑1 (MQ=255) tGGTCGGCGTATTCGGCGGACTGGATCGAGGCAAAGCTCATGGCCAGGTTCTGGATGAACGCGGCGTCAACCTCGTTGAGGGTGAACTTCACCGTGTGCTCGTCAAGCTTCTCCACCTTGGCAATGTTCTTGTCCATGCCCATGTCGGt > 2:83876/1‑149 (MQ=255) | TCGATCTTCACGTCCTCGGGCTGCCAGTAGTCCTTGTTGCCCTTGAAGCGGATCTGCGCGTCCTTCTGGTATTTGCTGAACACGAACGGGCCGGTGCCGATCGGCTTCTGGTTGATGTCGGCGGCCTTGCCGTTCTTTAGGAGCTGGTCGGCGTATTCGGCGGACTGGATCGAGGCAAAGCTCATGGCCAGGTTCTGGATGAACGCGGCGTCAACCTCGTTGAGGGTGAACTTCACCGTGTGCTCGTCAAGCTTCTCCACCTTGGCAATGTTCTTGTCCATGCCCATGTCGGT > NC_002947/1028027‑1028319 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |