Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,169,305 | T→C | 8.9% | I369V (ATC→GTC) | leuA ← | 2‑isopropylmalate synthase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,169,305 | 0 | T | C | 8.9% | 153.9 / 5.3 | 56 | I369V (ATC→GTC) | leuA | 2‑isopropylmalate synthase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (23/28); new base C (2/3); total (25/31) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.55e-01 |
CGGTCAGTCTCACCCTGCACCACCTGGCTGAATTCGATCTGCATGCGACGCGGCAGGCTGATGCCATATTCCTGCTCGAGCAGGTAGGTGATACCGCCTTTGCCCGACTGGCTGTTGACGCGGATTACCGCTTCGTAGCTGCGGCCGATGTCGGCCGGGTCGATCGGCAGGTAAGGCACCTCCCACAGTTCCCCATCCTGCTGCTTGGCGAAGCCCTTGCGGATGGCGTCCTGGTGCGAGCCGGAGAACGCGGTATGGACCAGATCCCCCACATAGGGGTGACGAGGATGTACC > NC_002947/1169157‑1169450 | cGGTCAGTCTCACCCTGCACCACCTGGCTGAATTCGATCTGCATGCGACGCGGCAGGCTGATGCCATATTCCTGCTCGAGCAGGTAGGTGATACCGCCTTTGCCCGACTGGCTGTTGACGCGGATTACCGCTTCGTAGCTGCGGCCGAt < 1:74335/149‑1 (MQ=255) ggTCAGTCTCACCCTGCACCACCTGGCTGAATTCGATCTGCATGCGACGCGGCAGGCTGATGCCATATTCCTGCTCGAGCAGGTAGGTGATACCGCCTTTGCCCGACTGGCTGTTGACGCGGATTACCGCTTCGTAGCTGCGGCCGATg > 1:105828/1‑149 (MQ=255) gTCTCACCCTGCACCACCTGGCTGAATTCGATCTGCATGCGACGCGGCAGGCTGATGCCATATTCCTGCTCGAGCAGGTAGGTGATACCGCCTTTGCCCGACTGGCTGTTGACGCGGATTACCGCTTCGTAGCTGCGGCCGATGTCGGc < 5:309255/149‑1 (MQ=255) aCCCTGCACCACCTGGCTGAATTCGATCTGCATGCGACGCGGCAGGCTGATGCCATATTCCTGCTCGAGCAGGTAGGTGATACCGCCTTTGCCCGACTGGCTGTTGACGCGGATTACCGCTTCGTAGCTGCGGCCGATGTCGGCCGGGt > 6:26510/1‑149 (MQ=255) aCCCTGCACCACCTGGCTGAATTCGATCTGCATGCGACGCGGCAGGCTGATGCCATATTCCTGCTCGAGCAGGTAGGTGATACCGCCTTTGCCCGACTGGCTGTTGACGCGGATTACCGCTTCGTAGCTGCGGCCGACTTCGGCCgcag < 2:112630/149‑4 (MQ=255) ccTGCACCACCTGGCTGAATTCGATCTGCATGCGACGCGGCAGGCTGATGCCATATTCCTGCTCGAGCAGGTAGGTGATACCGCCTTTGCCCGACTGGCTGTTGACGCGGATTACCGCTTCGTAGCTGCGGCCGATGTCGGCCGGGTc > 2:283033/1‑148 (MQ=255) cTGCACCACCTGGCTGAATTCGATCTGCATGCGACGCGGCAGGCTGATGCCATATTCCTGCTCGAGCAGGTAGGTGATACCGCCTTTGCCCGACTGGCTGTTGACGCGGATTACCGCTTCGTAGCTGCGGCCGACATCGGCCgcagcta < 7:39266/149‑7 (MQ=255) caccacCTGGCTGAATTCGATCTGCATGCGACGCGGCAGGCTGATGCCATATTCCTGCTCGAGCAGGTAGGTGATACCGCCTTTGCCCGACTGGCTGTTGACGCGGATTACCGCTTCGTAGCTGCGGCCGATGTCGGCCGGGTCGATc > 4:143041/1‑148 (MQ=255) caccacCTGGCTGAATTCGATCTGCATGCGACGCGGCAGGCTGATGCCATATTCCTGCTCGAGCAGGTAGGTGATACCGCCTTTGCCCGACTGGCTGTTGACGCGGATTACCGCTTCGTAGCTGCGGCCGATGTCGGCCGGGTCGATc < 3:220307/148‑1 (MQ=255) caccacCTGGCTGAATTCGATCTGCATGCGACGCGGCAGGCTGATGCCATATTCCTGCTCGAGCAGGTAGGTGATACCGCCTTTGCCCGACTGGCTGTTGACGCGGATTACCGCTTCGTAGCTGCGGCCGATGTCGGCCGGGTCGATc < 3:143041/148‑1 (MQ=255) caccTGGCTGAATTCGATCTGCATGCGACGCGGCAGGCTGATGCCATATTCCTGCTCGAGCAGGTAGGTGATACCGCCTTTGCCCGACTGGCTGTTGACGCGGATTACCGCTTCGTAGCTGCGGCCGATGTCGGCCGGGTCGATCGGCa < 4:43999/149‑1 (MQ=255) atcTGGGTGAATTCGATCTGCATGCGACGCGGCAGGCTGATGGCATTTTCCTGCTCGAGCAGGTAGGTGATACCGCCTTTGCCCGACTGGCTGTTGACGAGGATTACCGCTTCGTTGCTGCGGCCGATGTCGGCCGGGTCGATCGGCAg < 8:98532/147‑1 (MQ=255) tGAATTCGATCTGCATGCGACGCGGCAGGCTGATGCCATATTCCTGCTCGAGCAGGTAGGTGATACCGCCTTTGCCCGACTGGCTGTTGACGCGGATTACCGCTTCGTAGCTGCGGCCGATGTCGGCCGGGTCGATCGGCAGGTAAgg > 7:220857/1‑148 (MQ=255) ttCGATCTGCATGCGACGCGGCAGGCTGATGCCATATTCCTGCTCGAGCAGGTAGGTGATACCGCCTTTGCCCGACTGGCTGTTGACGCGGATTACCGCTTCGTAGCTGCGGCCGATGTCGGCCGGGt > 7:125270/1‑128 (MQ=255) ttCGATCTGCATGCGACGCGGCAGGCTGATGCCATATTCCTGCTCGAGCAGGTAGGTGATACCGCCTTTGCCCGACTGGCTGTTGACGCGGATTACCGCTTCGTAGCTGCGGCCGATGTCGGCCGGGt < 8:125270/128‑1 (MQ=255) ttCGATCTGCATGCGACGCGGCAGGCTGATGCCATATTCCTGCTCGAGCAGGTAGGTGATACCGCCTTTGCCCGACTGGCTGTTGACGCGGATTACCGCTTCGTAGCTGCGGCCGATGTCGGCCGGGTCGATCGGCAGGTAAGGCACCt > 5:265149/1‑149 (MQ=255) tCGATCTGCATGCGACGCGGCAGGCTGATGCCATATTCCTGCTCGAGCAGGTAGGTGATACCGCCTTTGCCCGACTGGCTGTTGACGCGGATTACCGCTTCGTAGCTGCGGCCGATGTCGGCCggg > 6:276329/1‑126 (MQ=255) tCGATCTGCATGCGACGCGGCAGGCTGATGCCATATTCCTGCTCGAGCAGGTAGGTGATACCGCCTTTGCCCGACTGGCTGTTGACGCGGATTACCGCTTCGTAGCTGCGGCCGATGTCGGCCggg < 5:276329/126‑1 (MQ=255) gATCTGCATGCGACGCGGCAGGCTGATGCCATATTCCTGCTCGAGCAGGTAGGTGATACCGCCTTTGCCCGACTGGCTGTTGACGCGGATTACCGCTTCGTAGCTGCGGCCGATGTCGGCCg < 1:229414/122‑1 (MQ=255) gATCTGCATGCGACGCGGCAGGCTGATGCCATATTCCTGCTCGAGCAGGTAGGTGATACCGCCTTTGCCCGACTGGCTGTTGACGCGGATTACCGCTTCGTAGCTGCGGCCGATGTCGGCCg > 2:229414/1‑122 (MQ=255) aTCTGCATGCGACGCGGCAGGCTGATGCCATATTCCTGCTCGAGCAGGTAGGTGATACCGCCTTTGCCCGACTGGCTGTTGACGCGGATTACCGCTTCGTAGCTGCGGCCGATGTCGGCCGGGTCGATCGGCAGGTAAGGCACCTCCca > 1:290866/1‑149 (MQ=255) tGCATGCGACGCGGCAGGCTGATGCCATATTCCTGCTCGAGCAGGTAGGTGATACCGCCTTTGCCCGACTGGCTGTTGACGCGGATTACCGCTTCGTAGCTGCGGCCGACATCGGCCgcagcta < 5:324893/124‑7 (MQ=255) tGCATGCGACGCGGCAGGCTGATGCCATATTCCTGCTCGAGCAGGTAGGTGATACCGCCTTTGCCCGACTGGCTGTTGACGCGGATTACCGCTTCGTAGCTGCGGCCGACATCGGCCgcagcta > 6:324893/1‑118 (MQ=255) cATGCGACGCGGCAGGCTGATGCCATATTCCTGCTCGAGCAGGTAGGTGATACCGCCTTTGCCCGACTGGCTGTTGACGCGGATTACCGCTTCGTAGCTGCGGCCGATGTCGGCCGGGTCGATCGGCAGGTAAGGCACCTCCca < 3:116086/144‑1 (MQ=255) cATGCGACGCGGCAGGCTGATGCCATATTCCTGCTCGAGCAGGTAGGTGATACCGCCTTTGCCCGACTGGCTGTTGACGCGGATTACCGCTTCGTAGCTGCGGCCGATGTCGGCCGGGTCGATCGGCAGGTAAGGCACCTCCCACAg < 6:117589/147‑1 (MQ=255) aTGCGACGCGGCAGGCTGATGCCATATTCCTGCTCGAGCAGGTAGGTGATACCGCCTTTGCCCGACTGGCTGTTGACGCGGATTACCGCTTCGTAGCTGCGGCCGATGTCGGCCGGGTCGATCGGCAGGTAAGGCACCTCCCACAGTTc > 2:264444/1‑149 (MQ=255) cTGATGCCATATTCCTGCTCGAGCAGGTAGGTGATACCGCCTTTGCCCGACTGGCTGTTGACGCGGATTACCGCTTCGTAGCTGCGGCCGATGTCGGCCGGGTCGATCGGCAGGTAAGGCACCTCCCACAGTTCCCCATCCTGCTGCtt < 5:26510/149‑1 (MQ=255) tGATGCCATATTCCTGCTCGAGCAGGTAGATGATACCGCCTTTGCCCGACTGGCTGTTGACGCGGATTACCGCTTCGTAGCTGCGGCCGATGTCGGCCGGGTCGATCGGCAGGTAAGGCACCTCCCACAGTTCCCCATCCTGCTGCTTg > 5:62255/1‑149 (MQ=255) gATGCCATATTCCTGCTCGAGCAGGTAGGTGATACCGCCTTTGCCCGACTGGCTGTTGACGCGGATT‑CCGCTTCGTAGCTGCGGCCGATGTCGGCCGGGTCGATCGGCAGGTAAGGCACCTCCCACAGTTCCCCATCCTGCTGCTTGGc > 4:183278/1‑149 (MQ=255) aTGCCATATTCCTGCTCGAGCAGGTAGGTGATACCGCCTTTGCCCGACTGGCTGTTGACGCGGATTACCGCTTCGTAGCTGCGGCCGATGTCGGCCGGGTCGATCGGCAGGTAAGGCACCTCCCACAGTTCCCCATCCTGCTGCTTGGc < 4:282598/149‑1 (MQ=255) tGCCATATTCCTGCTCGAGCAGGTAGGTGATACCGCCTTTGCCCGACTGGCTGTTGACGCGGATTACCGCTTCGTAGCTGCGGCCGATGTCGGCCGGGTCGATCGGCAGGTAAGGc < 5:175516/116‑1 (MQ=255) tGCCATATTCCTGCTCGAGCAGGTAGGTGATACCGCCTTTGCCCGACTGGCTGTTGACGCGGATTACCGCTTCGTAGCTGCGGCCGATGTCGGCCGGGTCGATCGGCAGGTAAGGc > 6:175516/1‑116 (MQ=255) cATATTCCTGCTCGAGCAGGTAGGTGATACCGCCTTTGCCCGACTGGCTGTTGACGCGGATTACCGCTTCGTAGCTGCGGCCGATGTCGGCCGGGTCGATCGGc > 4:54626/1‑104 (MQ=255) cATATTCCTGCTCGAGCAGGTAGGTGATACCGCCTTTGCCCGACTGGCTGTTGACGCGGATTACCGCTTCGTAGCTGCGGCCGATGTCGGCCGGGTCGATCGGc < 3:54626/104‑1 (MQ=255) atatTCCTGCTCGAGCAGGTAGGTGATACCGCCTTTGCCCGACTGGCTGTTGACGCGGATTACCGCTTCGTAGCTGCGGCCGATGTCGGCCGGGTCGATCGGCAGGTAAGGCACCTCCCACAGTTCCCCATCCTGCTGCTTGGCGAAGc < 3:40004/149‑1 (MQ=255) atTCCTGCTCGAGCAGGTAGGTGATACCGCCTTTGCCCGACTGGCTGTTGACGCGGATTACCGCTTCGTAGCTGCGGCCGATGTCGGCCGGGTc > 1:251786/1‑94 (MQ=255) atTCCTGCTCGAGCAGGTAGGTGATACCGCCTTTGCCCGACTGGCTGTTGACGCGGATTACCGCTTCGTAGCTGCGGCCGATGTCGGCCGGGTc < 2:251786/94‑1 (MQ=255) atTCCTGCTCGAGCAGGTAGGTGATACCGCCTTTGCCCGACTGGCTGTTGACGCGGATTACCGCTTCGTAGCTGCGGCCGATGTCGGCCGGGTCGATCGGCAGGTAAGGCACCTCCCACAGTTCCCCATc > 5:10577/1‑130 (MQ=255) atTCCTGCTCGAGCAGGTAGGTGATACCGCCTTTGCCCGACTGGCTGTTGACGCGGATTACCGCTTCGTAGCTGCGGCCGATGTCGGCCGGGTCGATCGGCAGGTAAGGCACCTCCCACAGTTCCCCATc < 6:10577/130‑1 (MQ=255) gAGCAGGTAGGTGATACCGCCTTTGCCCGACTGGCTGTTGACGCGGATTACCGCTTCGTAGCTGCGGCCGATGTCGGCCGGGTCGATCGGCAGGTAAGGCACCTCCCACAGTTCCCCATCCTGCTGCTTGGCGAAGCCCTTGCGGATg < 1:283033/148‑1 (MQ=255) taggtGATACCGCCTTTGCCCGACTGGCTGTTGACGCGGATTACCGCTTCGTAGCTGCGGCCGATGTCGGCCGGGTCGATCGGCAGGTAAGGCACCTCCCACAGTTCCCCATCCTGCTGCTTGGCGAAGCCCTTGc > 3:164579/1‑136 (MQ=255) taggtGATACCGCCTTTGCCCGACTGGCTGTTGACGCGGATTACCGCTTCGTAGCTGCGGCCGATGTCGGCCGGGTCGATCGGCAGGTAAGGCACCTCCCACAGTTCCCCATCCTGCTGCTTGGCGAAGCCCTTGc < 4:164579/136‑1 (MQ=255) taggtGATACCGCCTTTGCCCGACTGGCTGTTGACGCGGATTACCGCTTCGTAGCTGCGGCCGATGTCGGCCGGGTCGATCGGCAGGTAAGGCACCTCCCACAGTTCCCCATCCTGCTGCTTGGCGAAGCCCTTGCGGATGGCGTCCTg < 2:55760/149‑1 (MQ=255) ggtGATACCGCCTTTGCCCGACTGGCTGTTGACGCGGATTACCGCTTCGTAGCTGCGGCCGATGTCGGCCGGGTCGATCGGCAGGTAAGGCACCTCCCACAGTTCCCCATCCTGCTGCTTGGCGAAGCCCTTGCGGATGGCGTCCTGGt < 7:141876/149‑1 (MQ=255) gtGATACCGCCTTTGCCCGACTGGCTGTTGACGCGGATTACCGCTTCGTAGCTGCGGCCGATGTCGGCCGGGTCGATCGGCAGGTAAGGCACCTCCCACAGTTCCCCATCCTGCTGCTTGGCGAAGCCCTTGCGGATGGCGTCCTGGt < 8:220857/148‑1 (MQ=255) aTACCGCCTTTGCCCGACTGGCTGTTGACGCGGATTACCGCTTCGTAGCTGCGGCCGATGTCGGCCGGGTCGATCGGCAGGTAAGGc < 2:189961/87‑1 (MQ=255) aTACCGCCTTTGCCCGACTGGCTGTTGACGCGGATTACCGCTTCGTAGCTGCGGCCGATGTCGGCCGGGTCGATCGGCAGGTAAGGc > 1:189961/1‑87 (MQ=255) cGCCTTTGCCCGACTGGCTGTTGACGCGGATT‑CCGCTTCGTAGCTGCGGCCGATGTCGGCCGGGTCGATCGGCAGGTAAGGCACCTCCCACAGTTCCCCATCCTGCTGCTTGGCGAAGCCCTTGCGGATGGCGTCCTGGTGCGAGCCgg < 3:183278/149‑1 (MQ=255) gCCTTTGCCCGACTGGCTGTTGACGCGGATTACCGCTTCGTAGCTGCGGCCGATGTCGGCCGGGTCGATCGGCAGGTAAGGCACCTCCCACAGTTCCCCATCCTGCTGCTTGGCGAAGCCCTTGCGGATGGCGTCCTGGt > 3:69119/1‑140 (MQ=255) gCCTTTGCCCGACTGGCTGTTGACGCGGATTACCGCTTCGTAGCTGCGGCCGATGTCGGCCGGGTCGATCGGCAGGTAAGGCACCTCCCACAGTTCCCCATCCTGCTGCTTGGCGAAGCCCTTGCGGATGGCGTCCTGGt < 4:69119/140‑1 (MQ=255) ccTTTGCCCGACTGGCTGTTGACGCGGATTACCGCTTCGTAGCTGCGGCCGATGTCGGCCGGGTCGATCGGCAGGTAAGGCACCTCCCACAGTTCCCCATCCTGCTGCTTGGCGAAGCCCTTGCGGATGGCGTCCTGGTGCGAGCCGga < 6:62255/149‑1 (MQ=255) ccgcgGATTACCGCTTCGTAGCTGCGGCCGATGTCGGCCGGGTCGATCGGCAGGTAAGGCACCTCCCACAGTTCCCCATCCTGCTGCTTGGCGAAGCCCTTGCGGATGGCGTCCTGGTGCGAGCCGGAGAAc < 4:46010/131‑1 (MQ=255) gATTACCGCTTCGTAGCTGCGGCCGATGTCGGCCGGGTCGATCGGCAGGTAAGGCACCTCCCACAGTTCCCCATCCTGCTGCTTGGCGAAGCCCTTGCGGATGGCGTCCTGGTGCGAGCCGGAGAACGCGGTATGGACCAGATCCCCca < 1:264444/149‑1 (MQ=255) ccGCTTCGTAGCTGCGGCCGATGTCGGCCGGGTCGATCGGCAGGTAAGGCACCTCCCACAGTTCCCCATCCTGCTGCTTGGCGAAGCCCTTGCGGATGGCGTCCTGGTGCGAGCCGGAGAACGCGGTATGGACCAGATCCCCCACagag > 3:247880/1‑149 (MQ=255) tGCGGCCGATGTCGGCCGGGTCGATCGGCAGGTAAGGCACCTCCCACAGTTCCCCATCCTGCTGCTTGGCGAAGCCCTTGCGGATGGCGTCCTGGTGCGAGCCGGAGAACGCGGTATGGACCAGATCCCCCACATAGGGGTGACGAGGa > 8:60100/1‑149 (MQ=255) ccGGCCGACATCGGCCGGGTCGATCGGCAGGTAAGGCACCTCCCACAGTTCCCCATCCTGCTGCTT‑GCGAAGCCCTTGCGGATGGCGTCCTGGTGCGAGCCGGAGAACGCGGTATGGACCAGATCCCCCACATAGGGGTGACGAGGATg > 5:8642/2‑149 (MQ=255) cGATGTCGGCCGGGTCGATCGGCAGGTAAGGCACCTCCCACAGTTCCCCATCCTGCTGCTTGGCGAAGCCCTTGCGGATGGCGTCCTGGTGCGAGCCGGAGAACGCGGTATGGACCAGATCCCCCACATAGGGGTGACGAGGATGTAcc > 2:139698/1‑149 (MQ=255) | CGGTCAGTCTCACCCTGCACCACCTGGCTGAATTCGATCTGCATGCGACGCGGCAGGCTGATGCCATATTCCTGCTCGAGCAGGTAGGTGATACCGCCTTTGCCCGACTGGCTGTTGACGCGGATTACCGCTTCGTAGCTGCGGCCGATGTCGGCCGGGTCGATCGGCAGGTAAGGCACCTCCCACAGTTCCCCATCCTGCTGCTTGGCGAAGCCCTTGCGGATGGCGTCCTGGTGCGAGCCGGAGAACGCGGTATGGACCAGATCCCCCACATAGGGGTGACGAGGATGTACC > NC_002947/1169157‑1169450 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |