| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,226,710 | T→A | 10.4% | intergenic (‑220/‑111) | gltI ← / → PP_1072 | glutamate/aspartate ABC transporter substrate‑binding protein/leucine‑rich repeat‑containing protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,226,710 | 0 | T | A | 10.4% | 133.3 / 5.2 | 48 | intergenic (‑220/‑111) | gltI/PP_1072 | glutamate/aspartate ABC transporter substrate‑binding protein/leucine‑rich repeat‑containing protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (20/23); new base A (3/2); total (23/25) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.60e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.95e-01 | |||||||||||
CGGGTGCATTCGGCTACCAAGTGTAGAGCATGACTCGTGCCAAGCCCTGCTGTCGACCTTAAACCACTGGTATTGCTCGTGCTTGACAGTCTCGACCTCTCTCCGGGGTTCGCCAGGCCGAATAAACAGCGATTGCTCGTTCGGTTATCCGAACGCATGGGCTGCCAACCTATCCCGGTATCGCTTGCGGTAACTATGCAGTGCGCGGCAA‑GGGCTCAGACGTAGTGAGCTTTGCTCTTTGCCTGGAGAGTTCCACAGATGTCACCGCACCGGCTCCCGAACGATTCCATCGATAG > NC_002947/1226563‑1226858 | cgcgTGCATTCGGCTACCTACTGTAGAGCATGACTCGTGCCAAGCCCTTCTGTCGACCTTAAACCACTGGTATTGCTCGTGCTTGACAGTCTCGACCTCTCTCCGGGGCTCGCCAGGCCGAATAAACAGCGATTGCTCGTTCGGTTATc < 8:161757/146‑1 (MQ=255) ggTGCATTCGGCTTCCAAGTGTAGAGCATGACTCGTGCCAAGCCCTGCTGTCGACCTTAAACCACTGGTATTGCTCGTGCTTGACAGTCTCGACCTCTCTCCGGGGTTCGCCAGGCCGAATAAACAGCGATTGCTCGTTCGGTTATcc > 8:98650/1‑148 (MQ=255) gTGCATTCGGCTACCAAGTGTAGAGCATGACTCGTGCCAAGCCCTGCTGTCGACCTTAAACCACTGGTATTGCTCGTGCTTGACAGTCTCGACCTCTCTCCGGGGTTCGCCAGGCCGAATAAACAGCGATTGCTCGTTCGGTTATCCg > 3:317253/1‑148 (MQ=255) 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aaGTGTAGAGCATGACTCGTGCCAAGCCCTGCTGTCGACCTTAAACCACTGGTATTGCTCGTGCTTGACAGTCTCGACCTCTCTCCGGGATTCGCCAGGCCGAATAAACAGCGATTGCTCGTTCGGATAACCGAACga > 1:73925/1‑137 (MQ=255) aaGTGTAGAGCATGACTCGTGCCAAGCCCTGCTGTCGACCTTAAACCACTGGTATTGCTCGTGCTTGACAGTCTCGACCTCTCTCCGGGATTCGCCAGGCCGAATAAACAGCGATTGCTCGTTCGGATAACCGAACga < 2:73925/138‑2 (MQ=255) gtgtAGAGCATGACTCGTGCCAAGCCCTGCTGTCGACCTTAAACCACTGGTATTGCTCGTGCTTGACAGTCTCGACCTCTCTCCGGGGTTCGCCAGGCCGAATAAACAGCGATTGCTCGTTCGGTTATCCGAACGCATGGGCTGCCAAc < 3:38121/149‑1 (MQ=255) gtAGAGCATGACTCGTGCCAAGCCCTGCTGTCGACCTTAAACCACTGGTATTGCTCGTGCTTGACAGTCTCGACCTCTCTCCGGGGTTCGCCAGGCCGAATAAACAGCGATTGCTCGTTCGGTTATCCGAACGCATGGGCTGCCAAcc > 8:84756/1‑148 (MQ=255) agCATGACTCGTGCCAAGCCCTGCTGTCGACCTTAAACCACTGGTATTGCTCGTGCTTGACAGTCTCGACCTCTCTCCGGGGTTCGCCAGGCCGAATAAACAGCGATTGCTCGTTCGGTTATCCGAACGCATGGGCTGCCAACCTATcc < 2:222641/149‑1 (MQ=255) agCATGACTCGTGCCAAGCCCTGCTGTCGACCTTAAACCACTGGTATTGCTCGTGCTTGACAGTCTCGACCTCTCTCCGGGGTTCGCCAGGCCGAATAAACAGCGATTGCTCGTTCGGTTATCCGAACGCATGGGCTGCCAACCTATcc < 8:279284/149‑1 (MQ=255) gCATGACTCGTGCCAAGCCCTGCTGTCGACCTTAAACCACTGGTATTGCTCGTGCTTGACAGTCTCGACCTCTCTCCGGGGTTCGCCAGGCCGAATAAACAGCGATTGCTCGTTCGGTTATCCGAACGCATGGGCTGCCAACCTATcc < 7:98650/148‑1 (MQ=255) cATGACTCGTGCCAAGCCCTGCTGTCGACCTTAAACCACTGGTATTGCTCGTGCTTGACAGTCTCGACCTCTCTCCGGGGTTCGCCAGGCCGAATAAACAGCGATTGCTCGTTCGGTTATCCGAACGCATGGGCTGCCAACCTATCCCg > 2:64586/1‑149 (MQ=255) tCGTGCCAAGCCCTGCTGTCGACCTTAAACCACTGGTATTGCTCGTGCTTGTCAGTCTCGACCTCTCTCCGGGGTTCGCCAGGCCGAATAAACAGCGATTGCTCGTTCGGTTATCCGAACGCATGGGCTGCCAACCTATCCCGGTATCg > 2:116737/1‑149 (MQ=255) tCGTGCCAAGCCCTGCTGTCGACCTTAAACCACTGGTATTGCTCGTGCTTGACAGTCTCGACCTCTCTCCGGGGTTCGCCAGGCCGAATAAACAGCGATTGCTCGTTCGGTTATCCGAACGCATGGGCTGCCaa > 6:118315/1‑134 (MQ=255) 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aGTCTCGACCTCTCTCCGGGGTTCGCCAGGCCGAATAAACAGCGATTGCTCGTTCGGTTATCCGAACGCATGGGCTGCCAACCTATCCCGGTATCGCTTGCGGTaa < 3:69549/106‑1 (MQ=255) tctcGACCTCTCTCCGGGGTTCGCCAGGCCGAATAAACAGCGATTGCTCGTTCGGTTATCCGAACGCATGGGCTGCCAACCTATCCCGGTATCGCTTGCGGTAACTATGCAGTGCGCGGCAA‑GGGCTCAGACGTAGTGAGCTTTGctct > 3:42825/1‑149 (MQ=255) ctctctCCGGGTTTCGCCAGGCCGAATAAACAGCGATTGCTCGTTCGGTTATCCGAACGCATGGGCTGCCAACCTATCCCGGTATCGCTTGCGGTAACTATGCAGTGCGCGGCAA‑GGGCTCAGACGTAGTGAGCTTTGCTCttt < 6:95086/144‑1 (MQ=255) ctctctCCGGGGTTCGCCAGGCCGAATAAACAGCGATTGCTCGTTCGGTTATCCGAACGCATGGGCTGCCAACCTATCCCGGTATCGCTTGCGGTAACTATGCAGTGCGCGGCAA‑GGGCTCAGACGTAGTGAGCTTTGCTCttt > 5:95086/1‑144 (MQ=255) ctctctCCGGGGTTCGCCAGGCCGAATAAACAGCGATTGCTCGTTCGGTTATCCGAACGCATGGGCTGCCAACCTATCCCGGTATCGCTTGCGGTAACTATGCAGTGCGCGGCAA‑GGGCTCAGACGTAGTGAGCTTTGCTCTTTGCCTg < 4:42825/149‑1 (MQ=255) gggTTCGCCAGGCCGAATAAACAGCGATTGCTCGTTCGGTTATCCGAACGCATGGGCTGCCAACCTATCCCGGTATCGCTTGCGGTAACTATGCAGTGCGCGGCAACGGGCTCAGACGTAGTGAGCTTTGCTCTTTGCCTGGAGAGTTc < 1:64586/149‑1 (MQ=255) 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ttATCCGAACGCATGGGCTGCCAACCTATCCCGGTATCGCTTGCGGTAACTATGCAGTGCGCGGCAA‑GGGCTCAGACGTAGTGAGCTTTGCTCTTTGCCTGGAGAGTTCCACAGATGTCACCGCACCGGCTCCCGaa < 6:249415/137‑1 (MQ=255) aTCCGAACGCATGGGCTGCCAACCTATCCCGGTATCGCTTGCGGTAACTATGCAGTGCGCGGCAA‑GGGCTCAGACGTAGTGAGCTTTGCTCTTTGCCTGGAGAGTTCCACAGATGTCACCGCACCGGCTCCCGAACGATTCCATCGa > 5:54897/1‑147 (MQ=255) tCCGAACGCATGGGCTGCCAACCTATCCCGGTATCGCTTGCGGTAACTATGCAGTGCGCGGCAA‑GGGCTCAGACGTAGTGAGCTTTGCTCTTTGCCTGGAGAGTTCCACAGATGTCACCGCACCGGCTCCCGAACGATTCCATCGATAg < 1:261231/149‑1 (MQ=255) | CGGGTGCATTCGGCTACCAAGTGTAGAGCATGACTCGTGCCAAGCCCTGCTGTCGACCTTAAACCACTGGTATTGCTCGTGCTTGACAGTCTCGACCTCTCTCCGGGGTTCGCCAGGCCGAATAAACAGCGATTGCTCGTTCGGTTATCCGAACGCATGGGCTGCCAACCTATCCCGGTATCGCTTGCGGTAACTATGCAGTGCGCGGCAA‑GGGCTCAGACGTAGTGAGCTTTGCTCTTTGCCTGGAGAGTTCCACAGATGTCACCGCACCGGCTCCCGAACGATTCCATCGATAG > NC_002947/1226563‑1226858 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |