| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,273,543 | T→C | 6.1% | D11G (GAC→GGC) | PP_1114 ← | SEC‑C domain‑containing protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,273,543 | 0 | T | C | 6.1% | 190.9 / 2.6 | 65 | D11G (GAC→GGC) | PP_1114 | SEC‑C domain‑containing protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (32/29); new base C (2/2); total (34/31) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.11e-01 | |||||||||||
CTTCTTCTCGCTACCGCACGGGCACGGGTCGTTACGGCCAACGTCCTTCAGGGCGTTGCGTATCGGCTCCTGGTGGCCGTGGTTGCAGTGCGGGCCGTGTACATGGCCGTGGTCGTGGTGGTGATCATGGCCATGGTTGCAGTCAGGGCCATGAACGTGGGGTTGTTGGGACATTGCAGGGTCACTCCGGTATGTAATCGTCGGGGATTATCTCACCACTGCGCGAGATGTGCAGGTCCCGATGGATGAGCAACCCGGTCGCCAGTTCGCCCTGCAGGGAGTAACGCAGCG > NC_002947/1273401‑1273691 | cttcttCTCGCTACCGCACGGGCACGGGTCGTTACGGCCAACGTCCTTCAGGGCGTTGCGTATCGGCTCCTGGTGGCCGTGGTTGCAGTGCGGGCCGTGTAGATGGCCGTGGTCGTGGTGGTGATCATGGCCATGGTTGCAGTCAGGGc > 6:270132/1‑149 (MQ=255)cttcttCTCGCTACCGCACGGGCACGGGTCGTTACGGCCAACGTCCTTCAGGGCGTTGCGTATCGGCTCCTGGTGGCCGTGGTTGCAGTGCGGGCCGTGTACATGGCCGTGGTCGTGGTGGTGATCATGGCCATGGTTGCAGTCAGGGc < 3:13273/149‑1 (MQ=255) ttcttcTCGCTACCGCACGGGCACGGGTCGTTACGGCCAACGTCCTTCAGGGCGTTGCGTATCGGCTCCTGGTGGCCGTGGTTGCAGTGCGGGCCGTGTACATGGCCGTGGTCGTGGTGGTGATCATGGCCATGGTTGCAGTCAGGGc > 3:176121/1‑148 (MQ=255) tctcGCTACCGCACGGGCACGTTTAGTTACGGCCAACGTCCTTCAGGGCGTTGCGTATCGGCTCCTGGTTGCCGTGGTTGCAGTGCGGGCCGTGTACATGGCCGTGGTCGTGGTGGTGATCATGGCCATGGTTGCAGTCAGGGCCATg > 4:95240/1‑148 (MQ=255) ctcGCTACCGCACGGGCACGGGTCGTTACGGCCAACGTCCTTCAGGGCGTTGGGTATCGGCTCCTGGTGGCCGTGGTTGCAGTGCGGGCCGTGTACATGGCCGTGGTCGTGGTGGTGATCATGGCCCTGACTGCAACCATGGCCATg < 6:57830/147‑1 (MQ=255) ctcGCTACCGCACGGGCACGGGTCGTTACGGCCAACGTCCTTCAGGGCGTTGCGTATCGGCTCCTGGTGGCCGTGGTTGCAGTGCGGGCCGTGTACATGGCCGTGGTCGTGGTGGTGATCATGGCCATGGTTGCAGTCAGGGCCATGaa > 1:124130/1‑149 (MQ=255) cGCTACCGCACGGGCACGGGTCGTTACGGCCAACGTCCTTCAGGGCGTTGCGTATCGGCTCCTGGTGGCCGTGGTTGCAGTGCGGGCCGTGTACATGGCCGTGGTCGTGGTGGTGATCATGGCCATGGTTGCAGTCAGGGCCATGAACg > 3:288943/1‑149 (MQ=255) cTACCGCACGGGCACGGGTCGTTACGGCCAACGTCCTTCAGGGCGTTGCGTATCGGCTCCTGGTGGCCGTGGTTGCAGTTCGGGCCGTGTACATGGCCGTGGTCGTGGTGGTGATCATGGCCATGGTTGCAGTCAGGGCCATGAACGTg < 2:124130/149‑1 (MQ=255) ccGCACGGGCACGGGTCGTTACGGCCAACGTCCTTCAGGGCGTTGCGTATCGGCTCCTGGGGGCCGTGGTTGCAGTGCGGGCCGTGTACATGGCCGTGGTCGTGGTGGTGATCATGGCCATGGTTGCAGTCAGGGCCATGAACGTggg < 8:262328/148‑1 (MQ=255) ccGCACGGGCACCGGTCGTTACGGCCAACGTCCTTCAGGGCGTTGCGTATCGGCTCCTGGTGGCCGTGGTTGCAGTGCGGGCCGTGTACATGGCCGTGGTCGTGGTGGTGATCATGGCCATGGTTGCAGTCAGGGCCATGAACGTgg < 3:72892/147‑1 (MQ=255) gcacgggcacggGTCGTTACGGCCAACGTCCTTCAGGGCGTTGCGTATCGGCTCCTGGTGGCCGTGGTTGCAGTGCGGGCCGTGTACATGGCCGTGGTCGTGGTGGTCATCATGGCCATGGTTGCAGTCAGGGCCATGAACGTGGGgtt > 5:283639/1‑149 (MQ=255) ggctcgggTCGTTACGGCCAACGTCCTTCAGGGCGTTGCGTATCGGCTCCTGGTGGCCGTGGTTGCAGTGCGGGCCGTGTACATGGCCGTGGTCGTGGTGGTGATCATGGCCATGGTTGCAGTCAGGGCCATGAACGTGGGGTTGTTgg < 5:19698/149‑1 (MQ=255) ggcacgggTCGTTACGGCCAACGTCCTTCAGGGCGTTGCGTATCGGCTCCTGGTGGCCGTGGTTGCAGTGCGGGCCGTGTACATGGCCGTGGTCGTGGTGGTGATCATGGCCATGGTTGCAGTCAGGGCCATGAACGTGGGGTTGTTgg < 3:8367/149‑1 (MQ=255) gggTCGTTACGGCCAACGTCCTTCAGGGCGTTGCGTATCGGCTCCTGGTGGCCGTGGTTGCAGTGCGGGCCGTGTACATGGCCGTGGTCGTGGTGGTGATCATGGCCATGGTTGCAGTCAGGGCCATGAACGTGGGGTTGTGGGGACAt > 4:53623/1‑149 (MQ=255) 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tggCCGTGGTTGCAGTGCGGGCCGTGTACATGGCCGTGGTCGTGGTGGTGATCATGGCCATGGTTGCAGTCAGGGCCATGAACGTGGGGTTGTTGGGACATTGCAGGGTCACTCCGGTATGTAATCGTCGGGGAtt < 8:216653/136‑1 (MQ=255) gCCGTGGTTGCAGTGCGGGCCGTGTACATGGCCGTGGTCGTGGTGGTGATCATGGCCATGGTTGCAGTCAGGGCCATGAACGTGGGGTTGTTGGGACATTGCAGGGTCACTCCGGTATGTAATCGTCGGGGATTATCTCACCACTgcgc < 6:283639/149‑1 (MQ=255) gCCGTGGTTGCAGTGCGGGCCGTGTACATGGCCGTGGTCGTGGTGGTGATCATGGCCATGGTTGCAGTCAGGGCCATGAACGTGGGGTTGTTGGGACATTGCAGGGTCACTCCGGTATGTAATCGTCGGGGATTATCTCACCACTgcgc > 7:120621/1‑149 (MQ=255) cAGTGGGGGCCGTGTACCTGGCCGTGGTCGTGGTGGTGATCATGGCCATGGTTGCAGTCATGGCCATGAACGTGGGGTTGTTGGGACATTGCAGGGTCACTCCGGTATGTAATCGTCGGGGATTATCTCACCACTGCGCGAGATGTGc < 7:144909/148‑1 (MQ=255) cAGTGCGGGCCGTGTACATGGCCGTGGTCGTGGTGGTGATCATGGCCATGGTTGCAGTCAGGGCCATGAACGTGGGGTTGTTGGGACATTGCAGGGTCACTCCGGTATGTAATCGTCGGGGATTATCTCACCACTgcgc < 8:262032/139‑1 (MQ=255) cAGTGCGGGCCGTGTACATGGCCGTGGTCGTGGTGGTGATCATGGCCATGGTTGCAGTCAGGGCCATGAACGTGGGGTTGTTGGGACATTGCAGGGTCACTCCGGTATGTAATCGTCGGGGATTATCTCACCACTgcgc > 7:262032/1‑139 (MQ=255) cAGTGCGGGCCGTGTACATGGCCGTGGTCGTGGTGGTGATCATGGCCATGGTTGCAGTCAGGGCCATGAACGTGGGGTTGTTGGGACATTGCAGGGTCACTCCGGTATGTAATCGTCGGGGATTATCTCACCACTGCGCGAGATGTGc < 2:16050/148‑1 (MQ=255) aGTGCGGGCCGTGTACATGGCCGTGGTCGTGGTGGTGATCATGGCCATGGTTGCAGTCAGGGCCATGAACGTGGGGTTGTTGGGACATTGCAGGGTCACTCCGGTATGTAATCGTCGGGGATTATCTCACCACTGCGCGAGATGTGCAg > 4:1108/1‑149 (MQ=255) aGTGCGGGCCGTGTACATGGCCGTGGTCGTGGTGGTGATCATGGCCATGGTTGCAGTCAGGGCCATGAACGTGGGGTTGTTGGGACATTGCAGGGTCACTCCGGTATGTAATCGTCGGGGATTATCTCACCACTGCGCGAGATGTGCAg < 3:95240/149‑1 (MQ=255) ggCCATGTACACGGCCGTGGTCGTGGTGGTGATCATGGCCATGGTTGCAGTCAGGGCCATGAACGTGGGGTTGTTGGGACATTGCAGGGTCACTCCGGTATGTAATCGTCGGGGATTATCTCACCACTGCGCGAGATGTGCAGGTccc > 5:109254/1‑148 (MQ=255) tgtACATGGCCGTGGTCGTGGTGGTGATCATGGCCATGGTTGCAGTCATGGCCATGAACGTGGGGTTGTTGGGACATTGCAGGGTCACTCCGGTATGTAATCTTCGGGGATTATCTAACCACTGCGCGAGATGTGAAGGTCACgatgga > 7:285950/1‑149 (MQ=255) tgtACATGGCCGTGGTCGTGGTGGTGATCATGGCCATGGTTGCAGTCAGGGCCATGAACGTGGGGttgttg < 2:121223/71‑1 (MQ=255) tgtACATGGCCGTGGTCGTGGTGGTGATCATGGCCATGGTTGCAGTCAGGGCCATGAACGTGGGGttgttg > 1:121223/1‑71 (MQ=255) tgtACATGGCCGTGGTCGTGGTGGTGATCATGGCCATGGTTGCAGTCAGGGCCATGAACGTGGGGTTGTTGGGACATTGCAGGGTCACTCCGGTATGTAATCGTCGGGGATTATCTCACCACTGCGCGAGATGTGCAGGTCCCgatgga < 8:120621/149‑1 (MQ=255) tACATGGCCGTGGTCGTGGTGGTGATCATGGCCATGGTTGCAGTCAGGGCCATGAACGTGGGGTTGTTGGGACATTGCAGGGTCACTCCGGTATGTAATCGTCGGGGATTATCTCACCACTGCGCGAGATGTGCAGGTCCCgatggatg < 3:157322/149‑1 (MQ=255) tACACGGCCGTGGTCGTGGTGGTTATCATGGCCTTGGTGCCCGTCCGCGCCATGAACGTGGGGTTGTTGGGACATTCCAGGGTCACTCGGGTATTTAATCGGGGGGGATTATCTCCCCACTGCGCCAGATGTGCCGGTCCCgatggag < 6:109254/148‑2 (MQ=255) cATGGCCGTGGTCGTGGTGGTGATCATGGCCATGGTTGCAGTCAGGGCCATGAACGTGGGGTTGTTGTGACATTGCAGGGTCACTCCGGTATGTAATCGTCGGGGATTATCTCACCACTGCGCGAGATGTGCAGGTCCCGATGGATGa < 7:164829/148‑1 (MQ=255) cgtggtcgtggtGGTGATCATGGCCATGGTTGCAGTCAGGGCCATGAACGTGGGGTTGTTGGGACATTGCAGGGTCACTCCGGTATGTAATCGTCGGGGATTATCTCACCACTGCGCGAGATGTGCAGGTCCCGATGGATGAGCAAccc > 6:319170/1‑149 (MQ=255) 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cATGGTTGCAGTCAGGGCCATGAACGTGGGGTTGTTGGGACATTGCAGGGTCACTCCGGTATGTAATCGTCGGGGATTATCTCACCACTGCGCGAGATGTGCAGGTCCCGATGGATGAGCAACCCGGTCGCCAGTTCGCCCTGCAGGGa < 3:62315/149‑1 (MQ=255) cATGGTTGCAGTCAGGGCCATGAACGTGGGGTTGTTGGGACATTGCAGGGTCACTCCGGTATGTAATCGTCGGGGATTATCTCACAACTGCGCGAGATGTGCAGGTCCCGATGGATGAGCAACCCGGTCGCCAGTTCGCCCTGCAgg > 7:303015/1‑147 (MQ=255) aTGGTTGCAGTCAGGGCCATGAACGTGGGGTTGTTGGGACATTGCAGGGTCACTCCGGTATGTAATCGTCGGGGATTATCTCACCACTGCGCGAGATGTGCAGGTCCCGATGGATGAGCAACCCGGTCGCCAGTTCGCCCTGCAGGGAg > 3:196557/1‑149 (MQ=255) gTTGCAGTCAGGGCCATGAACGTGGGGTTGTTGGGACATTGCAGGGTCACTCCGGTATGTAATCGTCGGGGATTATCTCACCACTGCGCGAGATGTGCAGGTCCCGATGGATGAGCAACCCGGTCGCCAGTTCGCCCTGCAGGGAGTaa < 3:1108/149‑1 (MQ=255) aGTCAGGGCCATGAACGTGGGGTTGTTGGGACATTGCAGGGTCACTCCGGTATGTAATCGTCGGGGATTATCTCACCACTGCGCGAGATGTGCAGGTCCCGATGGATGAGCAACCCGGTCGCCAGTTCGCCCTGCAGGGAGTAACGCAg > 3:200571/1‑149 (MQ=255) tCAGGGCCATGAACGTGGGGTTGTTGGGACATTGCAGGGTCACTCCGGTATGTAATCGTCGGGGATTATCTCACCACTGCGCGAGATGTGCAGGTCCCGATGGATGAGCAACCCGGTTGCCAGTTc > 6:45134/1‑126 (MQ=255) tCAGGGCCATGAACGTGGGGTTGTTGGGACATTGCAGGGTCACTCCGGTATGTAATCGTCGGGGATTATCTCACCACTGCGCGAGATGTGCAGGTCCCGATGGATGAGCAACCCGGTTGCCAGTTc < 5:45134/126‑1 (MQ=255) tCAGGGCCATGAACGTGGGGTTGTTGGGACATTGCAGGGTCACTCCGGTATGTAATCGTCGGGGATTATCTCACCACTGCGCGAGATGTGCAGGTCCCGATGGATGAGCAACCCGGTCGCCAGTTCGCCCTGCAGGGAGTAACGCAGCg > 8:48592/1‑149 (MQ=255) | CTTCTTCTCGCTACCGCACGGGCACGGGTCGTTACGGCCAACGTCCTTCAGGGCGTTGCGTATCGGCTCCTGGTGGCCGTGGTTGCAGTGCGGGCCGTGTACATGGCCGTGGTCGTGGTGGTGATCATGGCCATGGTTGCAGTCAGGGCCATGAACGTGGGGTTGTTGGGACATTGCAGGGTCACTCCGGTATGTAATCGTCGGGGATTATCTCACCACTGCGCGAGATGTGCAGGTCCCGATGGATGAGCAACCCGGTCGCCAGTTCGCCCTGCAGGGAGTAACGCAGCG > NC_002947/1273401‑1273691 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |