Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,283,117 | A→G | 7.5% | F98S (TTC→TCC) | PP_1119 ← | hypothetical protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,283,117 | 0 | A | G | 7.5% | 149.9 / 2.8 | 53 | F98S (TTC→TCC) | PP_1119 | hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (25/24); new base G (2/2); total (27/26) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.60e-01 |
TGCCCGCTGGCGCAGGGGCAGGGGTCGTTGCGCCCGGCCTTCAGCCCGACCGTTGGGTCGATGAAGTACCAGCGACCGGCATGCTGGACGAAGGCCGAGCGTTCGCGGTGCTGATGATCGCCGTCTTGGTCGTGCCAGCGCGCGGTGAAGGTGACGAAGCTGTGCTCGGGTTGGCCGCCCAGC‑ACTTCTGCGCTTTCCACCTCCAGGCCCAGCCAGGTGCTCTGTGCACTCCAGTCGGCCATGGCAGCACGGTCCAGGCCGGCTTGCTGGGCTGGTAGGGTGGTGGCTACCAGGTA > NC_002947/1282970‑1283265 | tgCCCGCTGGCGCAGGGGCAGGGGTCGTTGCGCCCGGCCTTCAGCCCGACCGTTGGGTCGATGAAGTACCAGCGACCGGCATGCTGGACGAAGGCCGAGCGTTCGCGGTGCTGATGATCGCCGTCTTGGTCGTGCCAGCGCGCGGTGaa < 7:205295/149‑1 (MQ=255) cccGCTGGCGCAGGGGCAGGGGTCGTTGCGCCCGGCCTTCAGCCCGACCGTTGGGTCGATGAAGTACCAGCGACCGGCATGCTGGACGAAGGCCGAGCGTTCGCGGTGCTGATGATCGCCGTCTTGGTCGTGCCAGCGCGCGGTGAAgg > 3:177173/1‑149 (MQ=255) cgcAGGGGCAGGGGTATTTGCTCCCGTCGTTCTTCCCTACCGTTGGGTCGATGAAGTAGCAGCGACCGGCATTCTGGACGAAGGCCGAGCTTTCGCGGTGCTTATGTTCGCCGTCTTTGTCGTGCCAGCTTTCGGTGATGGTGACGatg < 4:63656/149‑3 (MQ=255) gggcaggggTCGTTGCGCCCGGCCTTCAGCCCGACCGTTGGGTCGATGAAGTACCAGCGACCGGCATGCTGGACGAAGGCCGAGCGTTCGCGGTGCTGATGATCGCCGTCTTGGTCGTGCCAGCGCGCGGTGaa < 1:14426/134‑1 (MQ=255) gggcaggggTCGTTGCGCCCGGCCTTCAGCCCGACCGTTGGGTCGATGAAGTACCAGCGACCGGCATGCTGGACGAAGGCCGAGCGTTCGCGGTGCTGATGATCGCCGTCTTGGTCGTGCCAGCGCGCGGTGaa > 2:14426/1‑134 (MQ=255) gggcaggggTCGTTGCGCCCGGCCTTCAGCCCGACCGTTGGGTCGATGAAGTACCAGCGACCGGCATGCTGGACGAAGGCCGAGCGTTCGCGGTGCTGATGATCGCCGTCTTGGTCGTGCCAGCGCGCGGTGAAGGTGACGAAGCtgtg < 7:155229/149‑1 (MQ=255) gTCGTTGCGCCCGGCCTTCAGCCCGACCGTTGGGTCGATGAAGTACCAGCGACCGGCATGCTGGACGAAGGCCGAGCGTTCGCGGTGCTGATGATCGCCGTCTTGGTCGTGCCAGCGCGCGGTGAAGGTGACGAAGCTGTGCTCGGGtt < 7:269423/149‑1 (MQ=255) gcCCGGCCTTCAGCCCGACCGTTGGGTCGATGAAGTACCAGCGACCGGCATGCTGGACGAAGGCCGAGCGTTCGCGGTGCTGATGATCGCCGTCTTGGTCGTGCCAGCGCGCGGTGAAGGTGACGAAGCTGTGCTCGGGTTGGCCGccc < 3:269341/149‑1 (MQ=255) cccGGCCTCCAGCCCGACCGTTGGGTCGATGAAGTACCAGCGACCGGCATGCTGGACGAAGGCCGAGCGTTCGCGGTGCTGATGATCGCCGTCTTGGTCGTGCCAGCGCGCGGTGAAGGTGACGAAGCTGTGCTCGGGTTGGCCGCCCa < 6:286060/149‑1 (MQ=255) ttCAGCCCGACCGTTGGGTCGATGAAGTACCAGCGACCGGCATGCTGGACGAAGGCCGAGCGTTCGCGGTGCTGATGATCGCCGTCTTGGTCGTGCCAGCGCGCGGTGAAGGTGACGAAGCTGTGCTCGGGTTGGCCGCCCAGC‑ACTTc > 4:232912/1‑149 (MQ=255) gCCCGACCGTTGGGTCGATGAAGTACCAGCGACCGGCATGCTGGACGAAGGCCGAGCGTTCGCGGTGCTGATGATCGCCGTCTTGGTCGTGCCAGCGCGCGGTGAAGGTGACGAAGCTGTGCTCGGGTTGGCCGCCCAGC‑ACTTCTgcg > 2:42272/1‑149 (MQ=255) gCCCGACCGTTGGGTCGATGAAGTACCAGCGACCGGCATGCTGGACGAAGGCCGAGCGTTCGCGGTGCTGATGATCGCCGTCTTGGTCATGCCAGCGCGCGGTGAAGGTGACGAAGCTGTGCTCGGGTTGGCCGCCCAGC‑ACTTCTgcg > 6:126264/1‑149 (MQ=255) ccGACCGTTGGGTCGATGAAGTACCAGCGACCGGCATGCTGGACGAAGGCCGAGCGTTCGCGGTGCTGATGATCGCCGTCTTGGTCGTGCCAGCGCGCGGTGAAGGTGACGAAGCTGTGCTCGGGTTGGCCGCCCAGC‑ACTTCTGCGCt > 7:124261/1‑149 (MQ=255) gACCGTTGGGTCGATGAAGTACCAGCGACCGGCATGCTGGACGAAGGCCGAGCGTTCGCGGTGCTGATGATCGCCGTCTTGGTCGTGCCAGCGCGCGGTGaa > 3:216957/1‑102 (MQ=255) gACCGTTGGGTCGATGAAGTACCAGCGACCGGCATGCTGGACGAAGGCCGAGCGTTCGCGGTGCTGATGATCGCCGTCTTGGTCGTGCCAGCGCGCGGTGaa < 4:216957/102‑1 (MQ=255) cGTTGGGTCGATGAAGTACCAGCGACCGGCATGCTGGACGAAGGCCGAGCGTTCGCGGTGCTGATGATCGCCGTCTTGGTCGTGCCAGCGCGCGGTGAAGGTGACGAAGCTGTGCTCGGGTTGGCCGCCCAGC‑ACTTCTGCGCTTTCCa < 1:42272/149‑1 (MQ=255) ttGGGTCGATGAAGTACCAGCGACCGGCATGCTGGACGAAGGCCGAGCGTTCGCGGTGCTGATGATCGCCGTCTTGGTCGTGCCAGCGCGCGGTGAAGGTGACGAAGCTGTGCTCGGGTTGGCCGCCCAGC‑ACTTCTGCGCTTTCCAcc < 4:225046/149‑1 (MQ=255) tCGATGAAGTACCAGCGACCGGCATGCTGGACGAAGGCCGAGCGTTCGCGATGCTGATGATCGCCGTCTTGGTCGTGCCAGCGCGCGGTGAAGGTGACGAAGCTGTGCTCGGGTTGGCCGCCCAGC‑ACTTCTGCGCTTTCCACCTCCAg < 2:26219/149‑1 (MQ=255) gAAGTACCAGCGACCGGCATGCTGGACGAAGGCCGAGCGTTCGCGGTGCTGATGATCGCCGTCTTGGTCGTGCCAGCGCGCGGTGAAGGTGACGAAGCTGTGCTCGGGTTGGCCGCCCAGC‑ACTTCTGCGCTTTCCACCTCCAGGcc > 8:145941/1‑147 (MQ=255) ccAGCGACCGGCATGCTGGACGAAGGCCGAGCGTTCGCGGTGCTGATGATCGCCGTCTTGGTCGTGCCAGCGCGCGGTGAAGGTGACGAAGCTGTGCTCGGGTTGGCCGCCCAGC‑ACTTCTGCGCTTTCCACCTCCAGGCCCAGCCAgg < 7:174732/149‑1 (MQ=255) cAGCGACCGGCATGCTGGACGAAGGCCGAGCGTTCGCGGTGCTGATGATCGCCGTCTTGGTCGTGCCAGCGCGCGGTGAAGGTGACGAAGCTGTGCTCGGGTTGGCCGCCCAGC‑ACTTCTGCGCTTTCCACCTCCAGGCCCAGCCAGGt > 5:17458/1‑149 (MQ=255) cAGCGACCGGCATGCTGGACGAAGGCCGAGCGTTCGCGGTGCTGATGATCGCCGTCTTGGTCGTGCCAGCGCGCGGTGAAGGTGACGAAGCTGTGCTCGGGTTGGCCGCCAAGC‑ACTTCTGCGCTTTCCACCTCCAGGCCCAGCCAGGt > 7:292027/1‑149 (MQ=255) aGCGACCGGCATGCTGGACGAAGGCCGAGCGTTCGCGGTGCTGATGATCGCCGTCTTGGTCGTGCCAGCGCGCGGTGAAGGTGACGAAGCTGTGCTCGGGTTGGCCGCCCAGC‑ACTTCTGCGCTTTCCACCTCCAGGCCCAGCCAGGTg > 1:209404/1‑149 (MQ=255) cGGCATGCTGGACGAAGGCCGAGCGTTCGCGGTGCTGATGATCGCCGTCTTGGTCGTGCCAGCGCGCGGTGAAGGTGACGAAGCTGTGCTCGGGTTGGCCGCCCAGC‑ACTTCTGCGCTTTCCACCTCCAGGCCCAGCCAGGTGCTCtgt < 1:97720/149‑1 (MQ=255) cTGGACGAAGGCCGAGCGTTCGCGGTGCTGATGATCGCCGTCTTGGTCGTGCCAGCGCGCGGTGAAGGTGACGAAGCTGTGCTCGGGTTGGCCGCCCAGC‑ACTTCTGCGCTTTCCACCTCCAGGCCCAGCCAGGTGCTCTGTGCACTc < 2:209404/148‑1 (MQ=255) cGAAGGCCGAGCGTTCGCGGTGCTGATGATCGCCGTCTTGGTCGTGCCAGCGCGCGGTGAAGGTGACGAAGCTGTGCTCGGGTTGGCCGCCCAGC‑ACTTCTGCGCTTTCCACCTCCAGGCCCAGCCAGGTGCTCTGTGCACTCCAGTCg > 6:274973/1‑149 (MQ=255) cGAAGGCCGAGCGTTCGCGGTGCTGATGATCGCCGTCTTGGTCGTGCCAGCGCGCGGTGAAGGTGACGAAGCTGTGCTCGGGTTGGCCGCCCAGC‑ACTTCTGCGCTTTCCACCTCCAGGCCCAGCCAGGTGCTCTGTGCACTCCAGTCg > 6:270533/1‑149 (MQ=255) gAAGGCCGAGCGTTCGCGGTGCTGATGATCGCCGTCTTGGTCGTGCCAGCGCGCGGTGAAGGTGACGAAGCTGTGCTCGGGTTGGCCGCCCAGC‑ACTTCTGCGCTTTCCACCTCCAGGCCCAGCCAGGTGCTCTGTGCACTCCAGTCgg > 4:293009/1‑149 (MQ=255) gAAGGCCGAGCGTTCGCGGTGCTGATGATCGCCGTCTTGGTCGTGCCAGCGCGCGGTGAAGGTGACGAAGCTGTGCTCGGGTTGGCCGCCCAGC‑ACTTCTGCGCTTTCCACCTCCAGGCCCAGCCAGGTGCTCTGTGCACTCCAGTCgg > 7:220509/1‑149 (MQ=255) aGGCCGAGCGTTCGCGGTGCTGATGATCGCCGTCTTGGTCGTGCCAGCGCGCGGTGAAGGTGACGAAGCTGTGCTCGGGTTGGCCGCCCAGC‑ACTTCTGCGCTTTCCACCTCCAGGCCCAGCCAGGTGCTCTGTGCACTCCAGTCGGcc < 5:270533/149‑1 (MQ=255) aGGCCGAGCGTTCGCGGTGCTGATGATCGCCGTCTTGGTCGTGCCAGCGCGCGGTGAAGGTGACGAAGCTGTGCTCGGGTTGGCCGCCCAGC‑ACTTCTGCGCTTTCCACCTCCAGGCCCAGCCAGGTGCTCTGTGCACTCCAGTCGGcc < 5:274973/149‑1 (MQ=255) aGGCCGAGCGTTCGCGGTGCTGATGATCGCCGTCTTGGTCGTGCCAGCGCGCGGTGAAGGTGACGAAGCTGTGCTCGGGTTGGCCGCCCAGC‑ACTTCTGCGCTTTCCACCTCCAGGCCCAGCCAGGTGCTCTGTGCACTCCAGTCGGc > 1:307862/1‑148 (MQ=255) gCCGAGCGTTCGCGGTGCTGATGATCGCCGTCTTGGTCGTGCCAGCGCGCGGTGAAGGTGACGAAGCTGTGCTCGGGTTGGCCGCCCAGC‑ACTTCTGCGCTTTCCACCTCCAGGCCCAGCCAGGTGCTCTGTGCACTCCAGTCGGCCAt < 8:124261/149‑1 (MQ=255) ccGAGCGTTCGCGGTGCTGATGATCGCCGTCTTGGTCGTGCCAGCGCGCGGTGAAGGTGACGAAGCTGTGCTCGGGTTGGCCGCCCAGC‑ACTTCTGCGCTTTCCACCTCCAGGCCCAGCCAGGTGCTCTGTGCACTCCAGTCGGCCATg > 3:263696/1‑149 (MQ=255) gAGCGTTCGCGGTGCTGATGATCGCCGTCTTGGTCGTGCCAGCGCGCGGTGAAGGTGACGAAGCTGTGCTc < 2:293006/71‑1 (MQ=255) gCGTTCGCGGTGCTGATGATCGCCGTCTTGGTCGTGCCAGCGCGCGGTGAAGGTGACGAAGCTGTGCTCGGGTTGGCCGCCCAGC‑ACTTCTGCGCTTTCCACCTCCAGGCCCAGCCAGGTGCTCTGTGCACTCCAGTCGGCCATGgcag > 7:252244/1‑149 (MQ=255) atgatCGCCGTCTTGGTCGTGCCAGCGCGCGGTGAAGGTGACGAAGCTGTGCTCGGGTTGGCCGCCCAGC‑ACTTCt > 8:138841/1‑76 (MQ=255) atgatCGCCGTCTTGGTCGTGCCAGCGCGCGGTGAAGGTGACGAAGCTGTGCTCGGGTTGGCCGCCCAGC‑ACTTCt < 7:138841/76‑1 (MQ=255) tCGCCGTCTTGGTCGTGCCAGCGCGCGGTGAAGGTGACGAAGCTGTGCTCGGGTTGGCCGCCCAGC‑ACTTCTGCGCTTTCCACCTCCAGGCCCAGCCAGGTGCTCTGTGCACTCCAGTCGGCCATGGCAGCACGGTCCAGGCCGGCTTg > 1:44320/1‑149 (MQ=255) ccGTCTTGGTCGTGCCAGCGCGCGGTGAAGGTGACGAAGCTGTGCTCGGGTTGGCCGCCCAGC‑ACTTCTGCGCTTTCCACCTCCAGGCCCAGCCAGGTGCTCTGTGCACt < 1:11188/110‑1 (MQ=255) ccGTCTTGGTCGAGCCAGCGCGCGGTGAAGGTGACGAAGCTGTGCTCGGGTTGGCCGCCCAGC‑ACTTCTGCGCTTTCCACCTCCAGGCCCAGCCAGGTGCTCTGTGCACt > 2:11188/1‑110 (MQ=255) tCTTGGTCGTGCCAGCGCGCGGTGAAGGTGACGAAGCTGTGCTCGGGTTGGCCGCCCAGC‑ACTTCTGCGCTTTCCACCTCCAGGCCCAGCCAGGTGCTCTGTGCACTCCAGTCGGCCATGGCAGCACGGTCCAGGCCGGCTTgctgggc > 8:83801/1‑149 (MQ=255) tCTTGGTCGTGCCAGCGCGCGGTGAAGGTGACGAAGCTGTGCTCGGGTTGGCCGCCCAGC‑ACTTCTGCGCTTTCCACCTCCAGGCCCAGCCAGGTGCTCTGTGCACTCCAGTCGGCCATGGCAGCACGGTCCAGGCCGGCTTgctgggc < 4:263696/149‑1 (MQ=255) ttGGTCGTGCCAGCGCGCGGTGAAGGTGACGAAGCTGTGCTCGGGTTGGCCGCCCAGC‑ACTTCTGCGCTTTCCACCTCCAGGCCCAGCCAGGTGCTCTGTGCACTCCAGTCGGCCATGGCAGCACGGTCCAGGCCGGCTTgctgggctg > 8:305559/1‑149 (MQ=255) ttGGTCGTGCCAGCGCGCGGTGAAGGTGACGAAGCTGTGCTCGGGTTGGCCGCCCAGC‑ACTTCTGCGCTTTCCACCTCCAGGCCCAGCCAGGTGCTCTGTGCACTCCAGTCGGCCATGGCAGCACGGTCCAGGCCGGCTTgctgggctg > 5:61276/1‑149 (MQ=255) ggTCGTGCCAGCGCGCGGTGGAGGTGACGAAGCTGTGCTCGGGTTGGCCGCCCAGC‑ACTTCTGCGCTTTCCACCTCCAGGCCCAGCCAGGTGCTCTGTGCAc < 3:82782/102‑1 (MQ=255) ggTCGTGCCAGCGCGCGGTGGAGGTGACGAAGCTGTGCTCGGGTTGGCCGCCCAGC‑ACTTCTGCGCTTTCCACCTCCAGGCCCAGCCAGGTGCTCTGTGCAc > 4:82782/1‑102 (MQ=255) ggTCGTGCCAGCGCGCGGTGGAGGTGACGAAGCTGTGCTCGGGTTGGCCGCCCAGC‑ACTTCTGCGCTTTCCACCTCCAGGCCCAGCCAGGTGCTCTGTGCAc > 2:74166/1‑102 (MQ=255) ggTCGTGCCACCGCGCGGGGGAGGGGACGTAGCTGTGGTCGGGGTGGCCGCCCAGCTACTTCTGCGCTTTCCACCTCCAGGCCCAGCCAGGTGCTCTGTGCAc < 1:74166/103‑1 (MQ=255) ccAGCGCGCGGTGAAGGTGACGAAGCTGTGCTCGGGTTGGCCGCCCAGC‑ACTTCTGCGCTTTCCACCTCCAGGCCCAGCCAGGTGCTCTGTGCACTCCAGTCGGCCATGgcagca < 5:327639/115‑1 (MQ=255) ccAGCGCGCGGTGAAGGTGACGAAGCTGTGCTCGGGTTGGCCGCCCAGC‑ACTTCTGCGCTTTCCACCTCCAGGCCCAGCCAGGTGCTCTGTGCACTCCAGTCGGCCATGgcagca > 6:327639/1‑115 (MQ=255) cAGCGCGCGGTGAAGGTGACGAAGCTGTGCTCGGGTTGGCCGCCCAGC‑ACTTCTGCGCTTTCCACCTCCAGGCCCAGCCAGGTGCTCTGTGCACTCCAGTCGGCCATGGCAGCACGGTCCAGGCCGGCTTGCTGGGCTGGTAGggtggt < 3:232912/149‑1 (MQ=255) cAGCGCGCGGTGAAGGTGACGAAGCTGTGCTCGGGTTGGCCGCCCAGC‑ACTTCTGCGCTTTCCACCTCCAGGCCCAGCCAGGTGCTCTGTGCACTCCAGTCGGCCATGGCAGCACGGTCCAGGCCGGCTTGCTGGGCTGGTAGggtggt < 7:83801/149‑1 (MQ=255) cAGCGCGCGGTGAAGGTGACGAAGCTGTGCTCGGGTTGGCCGCCCAGC‑ACTTCTGCGCTTTCCACCTCCAGGCCCAGCCAGGTGCTCTGTGCACTCCAGTCGGCCATGGCAGCACGGTCCAGGCCGGCTTGCTGGGCTGGTAGggtggt > 8:13909/1‑149 (MQ=255) cgcgGTGAAGGTGACGAAGCTGTGCTCGGGTTGGCCGCCCAGC‑ACTTCTGCGCTTTCCACCTCCAGGCCCAGCCAGGTGCTCTGTGCACTCCAGTCGGCCATGGCAGCACGGTCCAGGCCGGCTTGCTGGGCTGGTAGGGTGGTGGCTa < 2:44320/149‑1 (MQ=255) cgcgGTGAAGGTGACGAAGCTGTGCTCGGGTTGGCCGCCCAGC‑ACTTCTGCGCTTTCCACCTCCAGGCCCAGCCAGGTGCTCTGTGCACTCCAGTCGGCCATGGCAGCACGGTCCAGGCCGGCTTGCTGGGCTGGTAGGGTGGTGGCTa < 7:145941/149‑1 (MQ=255) gTGAAGGTGACGAAGCTGTGCTCGGGTTGGCCGCCCAGC‑ACTTCTGCGCTTTCCACCTCCAGGCCCAGCCAGGTGCTCTGTGCACTCCAGTCGGCCATGGCAGCACGGTCCAGGCCGACTTGCTGGGCTGGTAGGgtggtg > 5:270744/1‑141 (MQ=255) gTGAAGGTGACGAAGCTGTGCTCGGGTTGGCCGCCCAGC‑ACTTCTGCGCTTTCCACCTCCAGGCCCAGCCAGGTGCTCTGTGCACTCCAGTCGGCCATGGCAGCACGGTCCAGGCCGACTTGCTGGGCTGGTAGGgtggtg < 6:270744/141‑1 (MQ=255) aaGGTGACGAAGCTGTGCTCGGGTTGGCCGCCCAGC‑ACTTCTGCGCTTTCCACCTCCAGGCCCAGCCAGGTGCTCTGTGCACTCCAGTCGGCCATGGCAGCACGGTCCAGGCCGGCTTGCTGGGCTGGTAGGGTGGTGGCTACCAGGTa < 8:252244/149‑1 (MQ=255) | TGCCCGCTGGCGCAGGGGCAGGGGTCGTTGCGCCCGGCCTTCAGCCCGACCGTTGGGTCGATGAAGTACCAGCGACCGGCATGCTGGACGAAGGCCGAGCGTTCGCGGTGCTGATGATCGCCGTCTTGGTCGTGCCAGCGCGCGGTGAAGGTGACGAAGCTGTGCTCGGGTTGGCCGCCCAGC‑ACTTCTGCGCTTTCCACCTCCAGGCCCAGCCAGGTGCTCTGTGCACTCCAGTCGGCCATGGCAGCACGGTCCAGGCCGGCTTGCTGGGCTGGTAGGGTGGTGGCTACCAGGTA > NC_002947/1282970‑1283265 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |