Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,335,441 | T→C | 9.4% | L206L (TTA→CTA) | PP_1160 → | asparaginase family protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,335,441 | 0 | T | C | 9.4% | 110.8 / 3.0 | 43 | L206L (TTA→CTA) | PP_1160 | asparaginase family protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (21/17); new base C (2/2); total (24/19) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.74e-01 |
GATCAGGTCCACTGCGCGGCAAGGGTTCGCAAGACGGCCAGCCTGGCGATGGCGGCATTCGAGTCGCCCGGATGTGGCCCGTTGGGCGACGTTGTGGAGGGTGTTGTGTTGTATCGCCATCCGCCCGGGCGACGGAAAGTGTTGCCGTTACCCTATCGCACCGACCAGCGCGTTGCCCTGCTGGAAGCCTGCCTGGACGCAGACACGGCGCTGCTGCAGGCTGTGGCCACATTGGGTTATGAGGGGTTGGTCATCGCCGGTTTCGGTGCTGGGCATGTTTCCGCCAGTTGGTC > NC_002947/1335294‑1335586 | gaTCAGGTCCACTGCGCGGCAAGGGTTCGCAAGACGGCCAGCCTGGCGATGGCGGCATTCGAGTCGCCCGGATGTGGCCCGTTGGGCGACGTTGTGGAGGGTGTTGTGTTGTATCGCCATCCGCCCGGGCGACGGAAAGTGTTGCCGt > 8:138440/1‑148 (MQ=255) aTCAGGTCCACTGCGCGGCAAGGGTTCGCAAGACGGCCAGCCTGGCGATGGCGGCATTCGAGTCGCCCGGATGTGGCCCGTTGGGCGACGTTGTGGAGGGTGTTGTGTTGTATCGCCATCCGCCCGGGCGACGGAAAGTGTTGCCGtt < 7:138440/148‑1 (MQ=255) aGGTCCACTGCGCGGCAAGGGTTCGCAAGACGGCCAGCCTGGCGATGGCGGCATTCGAGTCGCCCGGATGTGGCCCGTTGTGCGACGTTGTGGAGGGTGTTGTGTTGTATCGCCATCCGCCCGGGCGACGGAAAGTGTTGCCGTTAcc < 6:248852/148‑1 (MQ=255) aGGTCCACTGCGCGGCAAGGGTTCGCAAGACGGCCAGCCTGGCGATGGCGGCATTCGAGTCGCCCGGATGTGGCCCGTTGGGCGACGTTGTGGAGGGTGTTGTGTTGTATCGCCATCCGCCCGGGCGACGGAAAGTGTTGCCGTTAccc > 4:29710/1‑149 (MQ=255) cACTGCGCGGCAAGGGTTCGCAAGACGGCCAGCCTGGCGATGGCGGCATTCGAGTCGCCCGGATGTGGCCCGTTGGGCGACGTTGTGGAGGGTGTTGTGTTGTATCGCCATCCGCCCGGGCGACGGAAAGTGTTGCCGTTACCCTATCg > 3:49471/1‑149 (MQ=255) cACTGCGCGGCAAGGGTTCGCAAGACGGCCAGCCTGGCGATGGCGGCATTCGAGTCGCCCGGATGTGGCCCGTTGGGCGACGTTGTGGAGGGTGTTGTGTTGTATCGCCATCCGCCCGGGCGACGGAAAGTGTTGCCGTTACCCTATCg > 5:85954/1‑149 (MQ=255) cGCAAGACGGCCAGCCTGGCGATGGCGGCATTCGAGTCGCCCGGATGTGGCCCGTTGGGCGACGTTGTGGAGGGTGTTGTGTTGTATCGCCATCCGCCCGGGCGACGGAAAGTGTTGCCGTTACCCTATCGCACCGACCAGCGCGTTg < 6:85954/148‑1 (MQ=255) cAGCCTGGCGATGGCGGCATTCGAGTCGCCCGGATGTGGCCCGTTGGGCGACGTTGTGGAGGGTGTTGTGTTGTATCGCCATCCGCCCGGGCGACGGAAAGTGTTGCCGTTACCCTATCGCACCGACCAGCGCGTTGCCCTGCTGGAAg > 4:290136/1‑149 (MQ=255) gCCTGGCGATGGCGGCATTCGAGTCGCCCGGATGTGGCCCGTTGGGCGACGTTGTGGAGGGTGTTGTGTTGTATCGCCATCCGCCCGGGCGACGGAAAGTGTTGCCGTTACCCTATCGCACCGACCAGCGCGTTGCCATGCTGGAAgcc > 8:153456/1‑149 (MQ=255) ggcggcATTCGAGTCGCCCGGATGTGGCCCGTTGGGCGACGTTGTGGAGGGTGTTGTGTTGTATCGCCATCCGCCCGGGCGACGGAAAGTGTTGCCGTTACCCTATCGCACCGACCAGCGCGTTGCCCTGCTGGAAGCCTGCCTGGACg > 5:10586/1‑149 (MQ=255) tggcATTCGAGTCGCCCGGATGTGGCCCGTTGGGCGACGTTGTGGAGGGTGTTGTGTTGTATCGCCATCCGCCCGGGCGACGGAAAGTGTTGCCGCTACCCTATCGCACCGACCAGCGCGTTGCCCTGCTGGaa > 2:276335/2‑134 (MQ=255) tggcATTCGAGTCGCCCGGATGTGGCCCGTTGGGCGACGTTGTGGAGGGTGTTGTGTTGTATCGCCATCCGCCCGGGCGACGGAAAGTGTTGCCGCTACCCTATCGCACCGACCAGCGCGTTGCCCTGCTGGaa > 8:145245/2‑134 (MQ=255) tggcATTCGAGTCGCCCGGATGTGGCCCGTTGGGCGACGTTGTGGAGGGTGTTGTGTTGTATCGCCATCCGCCCGGGCGACGGAAAGTGTTGCCGCTACCCTATCGCACCGACCAGCGCGTTGCCCTGCTGGaa < 7:145245/133‑1 (MQ=255) tggcATTCGAGTCGCCCGGATGTGGCCCGTTGGGCGACGTTGTGGAGGGTGTTGTGTTGTATCGCCATCCGCCCGGGCGACGGAAAGTGTTGCCGCTACCCTATCGCACCGACCAGCGCGTTGCCCTGCTGGaa < 1:276335/133‑1 (MQ=255) cggcATTGGATGCGCCCGGATGTGGCCCGGTGGGGGACGGTGTGTAGGGGGTTTGTTTGTATCGCCATCCGCCCGGGCGACGGAAAGTGTTGCCGTTACCCTATCGCACCGACCAGCGCGTTGCCCTGCTGGAAGCCTGCCTGGACGCa < 8:270740/149‑1 (MQ=255) tCGAGTCACCCGGATGTGGCCCGTTGGGCGACGTTGTGGAGGGTGTTGTGTTGTATCGCCATCCGCCCGGGCGACGGAAAGTGTTGACGTTACCCTATCGCACCGACCAGCGCGTTGCCCTGCTGGAAGCCTGCCTGGACGCAGACACg > 6:191522/1‑149 (MQ=255) gAGTCGCCCGGATGTGGCCCGTTGGGCGACGTTGTGGAGGGTGTTGTGCTGTATCGCCATCCGCCCGGGCGACGGAAAGTGTTGCCGTTACCCTATCGCACCGACCAGCGCGTTGCCCTGCTGGAAGCCTGCCTGGACGCAGACACGgc < 5:274147/149‑1 (MQ=255) gCCCGGATGTGGCCCGTTGGGCGACGTTGTGGAGGGTGTTGTGTTGTATCGCCATCCGCCCGGGCGACGGAAAGTGTTGCCGTTACCCAATCGCACCGACCAGCGCGTTGCCCTGCTGGAAGCCTGCCTGGACGCAGACACGGCgctgc > 5:299071/1‑149 (MQ=255) cccGGATGTGGCCCGTTGGGCGACGTTGTGGAGGGTGTTGTGTTGTATCGCCATCCGCCCGGGCGACGGAAAGTGTTGCCGTTACCCTATCGCACCGACCAGCGCGTTGCCCTGCTGGAAGCCTGCCTGGACGCAGACACGGCgctgct > 4:29055/1‑149 (MQ=255) ccGGATGTGGCCCGTTGGGCGACGTTGTGGAGGGTGTTGTGTTGTATCGCCATCCGCCCGGGCGACGGAAAGTGTTGCCGTTACCCTATCGCACCGACCAGCGCGTTGCCCTGCTGGAAGCCTGCCTGGACGCAGACACGGCGctgctg > 8:192660/1‑149 (MQ=255) gATGTGGCCCGTTGGGCGACGTTGTGGAGGGTGTTGTGTTGTATCGCCATCCGCCCGGGCGACGGAAAGTGTTGCCGTTACCCTATCGCACCGACCAGCGCGTTGCCCTGCTGGAAGCCTGCCTGGACGCAGACACGGCGCTGCTGCAg < 3:290136/149‑1 (MQ=255) ccGTTTGGCGACGTTGTGGAGGGGGTTGTGTTGTATCGCCATCCGCCCGGGCGACGGAAAGTGTTGCCGTTACCCTATCGCACCGACCAGCGCGTTGCCCTGCTGGAAGCCTGCCTGGACGCAGACACGGCGCTGCTGCAGGCTGTGGc < 6:129444/149‑1 (MQ=255) gACGTTGTGGAGGGTGTTGTGTTGTATCGCCATCCGCACGGGCGACGGAAAGTGTTGCCGTTACCCAATCTCACCGACAAGCGCGTTGCCCTTCTGGAAGCCTGCCTGGACGCAGACACGGCGCTGCTGCAGGCTGTGGCCACATTggg > 7:123253/1‑149 (MQ=255) cGTTGTGGAGGGTGTTGTGTTGTATCGCCATCCGCCCGGGCGACGGAAAGTGTTGCCGTTACCCTATCGCACCGACCAGCGCGTTGCCCTGCTGGAAGCCTGCCTGGACGCAGACACGGCGCTGCTGCAGGCTGTGGCCACATTGGGtt < 3:29710/149‑1 (MQ=255) gTTGTGGAGGGTGTTGTGTTGTATCGCCATCCGCCCGGGCGACGGAAAGTGTTGCCGTTACCCTATCGCACCGACCAGCGCGTTGCCCTGCTGGAAGCCTGCCTGGACGCAGACACGGCGCTGCTGCAGGCTGTGGTCACATTGGGTTa > 4:303830/1‑149 (MQ=255) gtgGAGGGTGTTGTGTTGTATCGCCATCCGCCCGGGCGACGGAAAGTGTTGCCGTTACCCTATCGCACCGACCAGCGCGTTGCCCTGCTGGAAGCCTGCCTGGACGCAGACACGGCGCTGCTGCAGGCTGTGGCCACATTGGGTTATg < 7:165766/148‑1 (MQ=255) gtgttgtgctGTATCGCCATCCGCCCGGGCGACGGAAAGTGTTGCCGTTACCCTATCGCACCGACCAGCGCGTTGCCCTGCTGGAAGCCTGCCTGGACGCAGACACGGCGCTGCTGCAGGCTGTGGCCACATTGGGTTATGAGGGGTTg < 4:49471/149‑1 (MQ=255) ttgtgttgtATCGCCATCCGCCCGGGCGACGGAAAGTGTTGCCGTTACCCTATCGCACCGACCAGCGCGTTGCCCTGCTGGAAGCCTGCCTGGACGCAGACACGGCGCTGCTGCAGGCTGTGGCCACATTGGGTTATGAGGGGTTGGt > 8:250562/1‑148 (MQ=255) tgttgtATCGCCATCCGCCCGGGCGACGGAAAGTGTTGCCGTTACCCTATCGCACCGACCAGCGCGTTGCCCTGCTGGAAGCCTGCCTGGACGCAGACACGGCGCTGCTGCAGGCTGTGGCCACATTGGGTTATGAGGGGTTGGTCATc < 6:299071/149‑1 (MQ=255) gtATCGCCATCCGCCCGGGCGACGGAAAGTGTTGCCGTTACCCTATCGCACCGACCAGCGCGTTGCCCTGCTGGAAGCCTGCCTGGACGCAGACACGGCGCTGCTGCAGGCTGTGGCCACATTGGGTTATGAGGGGTTGGTCATCGCCg > 6:287081/1‑149 (MQ=255) gCCATCCGCCCGGGCGACGGAAAGTGTTGCCGTTACCCTATCGCACCGACCAGCGCGTTGCCCTGCTGGAAGCCTGCCTGGACGCAGACACGGCGCTGCTGCAGGCTGTGGCCACATTGGGTTAt < 8:69756/125‑1 (MQ=255) gCCATCCGCCCGGGCGACGGAAAGTGTTGCCGTTACCCTATCGCACCGACCAGCGCGTTGCCCTGCTGGAAGCCTGCCTGGACGCAGACACGGCGCTGCTGCAGGCTGTGGCCACATTGGGTTAt > 7:69756/1‑125 (MQ=255) ccATCCGCCCGGGCGAAGGAAAGTGTTGCCGTTACCCTATCGCACCGACCAGCGCGTTGCCCTGCTGGAAGCCTGCCTGGACGCAGACACGGCGCTGCTGCACGCTGTGGCCACATTGGGTTATGAGGGGTTGGTCATCGCCGGTTTct > 4:305885/1‑148 (MQ=255) cATCCGCCCGGGCGACGGAAAGTGTTGCCGTTACCCTATCGCACCGACCAGCGCGTTGCCCTGCTGGAAGCCTGCCTGGACGCAGACACGGCGCTGCTGCAGGCTGTGGCCACATTGTGTTATGAGTGGTTGGTCATCGACGGTTTCgg > 8:297928/1‑149 (MQ=255) cATCCGCCCGGGCGACGGAAAGTGTTGCCGTTACCCTATCGCACCGACCAGCGCGTTGCCCTGCTGGAAGCCTGCCTGGACGCAGACACGGCGCTGCTGCAGGCTGTGGCCACATTGGGTTATGAGGGGTTGGTCATCGCCGGTTTCgg < 7:250562/149‑1 (MQ=255) aTCCGCCCGTGCGACGGAAAGTGTTGCCGTTACCCTATCGCACCGATCAGCGGGTGGCGCTGCTGGAAGCCTGCCTGGACGCAGACACGGCGCTGCTGCAGGCTGTGGCCACATTGGGTTATGAGGGGTTGGTCATCGCCGGTTTCGGt < 7:297928/149‑1 (MQ=255) cGCCCGGGCGCCGGAAAGTGTGGCCGGTACCCTATCTCACCGACCAGCGCGTTGCCCTGCTGGAAGCCTGCCTGGACGCAGACACGGCGCTGCTGCAGGCTGTGGCCACATGGGGTTAGGAGGGGTTGGTCATCGCCGGTTGCGGTGCt > 5:315066/1‑149 (MQ=255) ggAATGTGTTGCCGTTACCCTATCGCACCTCCCCCCGCGTGGCCCGGCTGGAAGACTGCCTGGACGCAGACCCGGCGCTGCGGAAGGCTGTGGCCACATTGGGTTATGAGGGGTTGGTCATCGCCGGTTTCGGTGCTGGGCATGTTTcc < 6:315066/149‑1 (MQ=255) ggAAAGTGTTGCCGTTACCCTATCGCACCGACCAGCGCGTTGCCCTGCTGGAAGCCTGCCTGGACGCAGACACGGCGCTGCTGCAGGCTGTGGTCACATTGGGTTATGAGGGGTTGGTCATCGCCGGTTTCGGTGCTGGGCATGTTTcc < 3:303830/149‑1 (MQ=255) ggAAAGTGTTGCCGTTACCCTATCGCACCGACCAGCGCGTTGCCCTGCTGGAAGCCTGCCTGGACGCAGACACGGCGCTGCTGCAGGCTGTGGCCACATTGGGTTATGAGGGGTTGGTCATCGCCGGTTTCGGTGCTGGGCATGTTTcc > 4:104134/1‑149 (MQ=255) ggAAAGTGTTGCCGTTACCCTATCGCACCGACCAGCGCGTTGCCCTGCTGGAAGCCTGCCTGGACGCAGACACGGCGCTGCTGCAGGCTGTGGCCACATTGGGTTATGAGGGGTTGGTCATCGCCGGTTTCGGTGCTGGGCATGTTTcc > 6:174793/1‑149 (MQ=255) gAAAGTGTTGCCGTTACCCTATCGCACCGACCAGCGCGTTGCCCTGCTGGAAGCCTGCCTGGACGCAGACACGGCGCTGCTGCAGGCTGTGGCCACATTGGGTTATGAGGGGTTGGTCATCGCCGGTTTCGGTGCTGGGCATGTTTCCg > 7:26313/1‑149 (MQ=255) ttGCCGTTACCCTATCGCACCGACCAGCGCGTTGCCCTGCTGGAAGCCTGCCTGGACGCAGACACGGCGCTGCTGCAGGCTGTGGCCACATTGGGTTATGAGGGGTTGGTCATCGCCGGTTTCGGTGCTGGGCATGTTTCCGCCAGtt < 3:29055/148‑1 (MQ=255) ccGTTACCCTATCGCACCGACCAGCGCGTTGCCCTGCTGGAAGCCTGCCTGGACGCAGACACGGCGCTGCTGCAGGCTGTGGCCACATTGGGTTATGAGGGGTTGGTCATCGCCGGTTTCGGTGCTGGGCATGTTTCCGCCAGTTGGTc < 7:192660/149‑1 (MQ=255) ccGTTACCCTATCGCACCGACCAGCGCGTTGCCCTGCTGGAAGCCTGCCTGGACGCAGACACGGCGCTGCTGCAGGCTGTGGCCACATTGGGTTATGAGGGGTTGGTCATCGCCGGTTTCGGTGCTGGGCATGTTTCCGCCAGTTGGTc > 6:47345/1‑149 (MQ=255) | GATCAGGTCCACTGCGCGGCAAGGGTTCGCAAGACGGCCAGCCTGGCGATGGCGGCATTCGAGTCGCCCGGATGTGGCCCGTTGGGCGACGTTGTGGAGGGTGTTGTGTTGTATCGCCATCCGCCCGGGCGACGGAAAGTGTTGCCGTTACCCTATCGCACCGACCAGCGCGTTGCCCTGCTGGAAGCCTGCCTGGACGCAGACACGGCGCTGCTGCAGGCTGTGGCCACATTGGGTTATGAGGGGTTGGTCATCGCCGGTTTCGGTGCTGGGCATGTTTCCGCCAGTTGGTC > NC_002947/1335294‑1335586 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |