Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,576,761 | G→C | 7.7% | intergenic (‑281/+32) | galP‑II ← / ← ttgC | porin‑like protein/efflux pump outer membrane protein TtgC |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,576,761 | 0 | G | C | 7.7% | 163.5 / 4.0 | 52 | intergenic (‑281/+32) | galP‑II/ttgC | porin‑like protein/efflux pump outer membrane protein TtgC |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (24/24); new base C (2/2); total (26/26) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.40e-01 |
GCAAACGGAACGGGGCGATAATCGAACGGAATGTTCCGGTTGGTTAATAACTCTTCTGGGGCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGACGGCTTGCGCCCAGCCGGCACAG‑GCAGTAAAAACAAAGCCCACCGATAAGGGTGGGCTTTCTGCTTTTGCAACAAGGCCGATCAGCCTTTCGGTGTTTCCACCGATGCCTGCTGGTTGGCCTGCCCGGTCTGCTCGTACCAGCCACCGCCAAGCGCCTTGTACAGGTTGACCTCGCTGGTCAGCTGCGA > NC_002947/1576619‑1576900 | gcAAACGGAACGGGGCGATAATCGAACGGAATGTTCCGGTTGGTTAATAACTCTTCTGGGGCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGACGGCTTGCGCCCAGCCGGCACAG‑GCAGTAAAAACAAAGCCCACCGATAAGGGTggg > 5:161288/1‑149 (MQ=255) aaaCGGAACGGGGCGATAATCGAACGGAATGTTCCGGTTGGTTAATAACTCTTCTGGGGCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGACGGCTTGCGCCCAGCCGGCACAG‑GCAGTAAAAACAAAGCCCACCGATAAGGGTGGGCt > 8:42643/1‑149 (MQ=255) cggaacggGGCGAAAATCGCACGGAATGGTCCCGGTTGTTAATAACTCTTCCGGGGCCGCCGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGCGGCGTGCGCCCACCCGGGACAGCGCAGTAAAAACAAAGCCCACCCTTATCGGTGGGCttt < 1:225230/149‑1 (MQ=25) aacggGGCGATAATCGAACGGAATGTTCCGGTTGGTTAATAACTCTTCTGGGGCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGACGGCTTGCGCCCAGCCGGCACAG‑GCAGTAAAAACAAAGCCCACCGATAAGGGTGGGCTTTCTGc < 7:42643/149‑1 (MQ=255) gtgtcGATAATCGAACGGTATGTTGGGGTTGGTTAATAACTGTTCTGTGGCGGCCTCTTCGCGGGTAAAGCCGCTCCTACGACGGCTTGCGCCCAGCCGGCACAG‑GCAGTAAAAACAAAGCCCACCGATAAGGGTGGGCTTTCTGCttt < 6:60709/145‑1 (MQ=38) gCGATAATCGAACGGAATGTTCCGGTTGGTTAATAACTCTTCTGGGGCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGACGGCTTGCGCCCAGCCGGCACAG‑GCAGTAAAAACAAAGCCCACCGATAAGGGTGGGCTTTCTGCTTTTGc < 4:288722/149‑1 (MQ=255) aCGGAATGTTCCGGTTGGTTAATAACTCTTCTGGGGCGGCCTCTTCGCGGGTAAACACGCTCCTACGACGGCTTGCGCCCAGCCGGCACAG‑GCAGTAAAAACAAAGCCCACCGATAAGGGTGGGCTTTCTGCTTTTGCAACAAGGCCGa > 5:172213/1‑149 (MQ=255) gTTCCGGTTGGTTAATAACTCTTCTGGGGCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGACGGCTTGCGCCCAGCCGGCACAG‑GCAGTAAAAACAAAGCCCACCGATAAGGGTGGGCTTTCTGCTTTTGCAACAAGGCCGATCAGc > 7:117873/1‑147 (MQ=255) gTTCCGGTTGGTTAATAACTCTTCTGGGGCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGACGGCTTGCGCCCAGCCGGCACAG‑GCAGTAAAAACAAAGCCCACCGATAAGGGTGGGCTTTCTGCTTTTGCAACAAGGCCGATCAGc < 8:117873/147‑1 (MQ=255) cGGTTGGTTAATAACTCTTCTGGGGCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGACGGCTTGCGCCCAGCCGGCACAG‑GCAGTAAAAACAAAGCCCACCGATAAGGGTGGGCTTTCTGCTTTTGCAACAAGGCCGATCAGCCTTTCg < 4:108058/149‑1 (MQ=255) gttAATAACTCTTCTGGGGCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGACGGCTTGCGCCCAGCCGGCACAG‑GCAGTAAAAACAAAGCCCACCGATAAGGGTGGGCTTTCTGCTTTTGCAACAAGGCCGATCAGCCTTTCg < 4:123198/143‑1 (MQ=255) gttAATAACTCTTCTGGGGCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGACGGCTTGCGCCCAGCCGGCACAG‑GCAGTAAAAACAAAGCCCACCGATAAGGGTGGGCTTTCTGCTTTTGCAACAAGGCCGATCAGCCTTTCg > 3:123198/1‑143 (MQ=255) tcttctGGGGCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGACGGCTTGCGCCCAGCCGGCACAG‑GCAGTAAAAACAAAGCCCACCGATAAGGGTGGGCTTTCTGCTTTTGCAACAAGGCCGATCAGCCTTTCGGTGTTTCCAc < 1:113650/144‑1 (MQ=255) tcttctGGGGCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGACGGCTTGCGCCCAGCCGGCACAG‑GCAGTAAAAACAAAGCCCACCGATAAGGGTGGGCTTTCTGCTTTTGCAACAAGGCCGATCAGCCTTTCGGTGTTTCCAc > 2:113650/1‑144 (MQ=255) gcggcCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGACGGCTTGCGCCCAGCCGGCACAG‑GCAGTAAAAACAAAGCCCACCGATAAGGGTGGGCTTTCTGCTTTTGCAACAAGGCCGATCAGcc > 8:197592/1‑120 (MQ=255) gcggcCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGACGGCTTGCGCCCAGCCGGCACAG‑GCAGTAAAAACAAAGCCCACCGATAAGGGTGGGCTTTCTGCTTTTGCAACAAGGCCGATCAGcc < 7:197592/120‑1 (MQ=255) gcggcCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGACGGCTTGCGCCCAGCCGGCACAG‑GCAGTAAAAACAAAGCCCACCGATAAGGGTGGGCTTTCTGCTTTTGCAACAAGGCCGATCAGCCTTTCGGTGTTTCCAcc < 1:139194/136‑1 (MQ=255) gcggcCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGACGGCTTGCGCCCAGCCGGCACAG‑GCAGTAAAAACAAAGCCCACCGATAAGGGTGGGCTTTCTGCTTTTGCAACAAGGCCGATCAGCCTTTCGGTGTTTCCAcc > 2:139194/1‑136 (MQ=255) ggTAAACCCGCTCCTACGACGGCTTGCGCCCAGCCGGCACAG‑GCAGTAAAAACAAAGCCCACCGATAAGGGTGGGCTTTCTGCTTTTGCAACAAGGCCGATCAGCCTTTCGGTGTTTCCACCGATGCCTGCTGGTTGGCCTGCCCGGTc > 1:8734/1‑149 (MQ=255) aaCCCGCTCCTACGACGGCTTGCGCCCAGCCGGCACAG‑GCAGTAAAAACAAAGCCCACCGATAAGGGTGGGCTTTCTGCTTTTGCAACAAGGCCGATCAGCCTTTCGGTGTTTCCACCGATGCCTGCTGGTTGGCCTGCCCGGTCTGc < 4:161855/148‑1 (MQ=255) cccGCTCCTACGACGGCTTGCGCCCAGCCGGCACAG‑GCAGTAAAAACAAAGCCCACCGATAAGGGTGGGCTTTCTGCTTTTGCAACAAGGCCGATCAGCCTTTCGGTGTTTCCACCGATGCCTGCTGGTTGGCCTGCCCGGTCTGCTCg > 2:6205/1‑149 (MQ=255) cccGCTCCTACGACGGCTTGCGCCCAGCCGGCACAG‑GCAGTAAAAACAAAGCCCACCGATAAGGGTGGGCTTACTGCTTTTGCAACAAGGCCGATCAGCCTTTCGGTGTTTCCACCGATGCctgct < 3:169536/126‑1 (MQ=255) cccGCTCCTACGACGGCTTGCGCCCAGCCGGCACAG‑GCAGTAAAAACAAAGCCCACCGATAAGGGTGGGCTTACTGCTTTTGCAACAAGGCCGATCAGCCTTTCGGTGTTTCCACCGATGCctgct > 4:169536/1‑126 (MQ=255) ccGCTCCTACGACGGCTTGCGCCCAGCCGGCACAG‑GCAGTAAAAACAAAGCCCACCGATAAGGGTGGGCTTTCTGCTTTTGCAACAAGGCCGATCAGCCTTTCGGTGTTTCCACCGATGCCTGCTGGTTGGCCTGCCCGGTCTGCTCg > 1:198491/1‑148 (MQ=255) cGCTCCTACGACGGCTTGCGCCCAGCCGGCACAG‑GCAGTAAAAACAAAGCCCACCGATAAGGGTGGGCTTTCTGCTTTTGCAACAAGGCCGATCAGCCTTTCGGTGTTTCCACCGATGCCTGCTGGTTGGCCTGCCCGGTCTGCTCGTa < 3:191360/149‑1 (MQ=255) gCTCCTACGACGGCTTGCGCCCAGCCGGCACAG‑GCAGTAAAAACAAAGCCCACCGATAAGGGTGGGCTTTCTGCTTTTGCAACAAGGCCGATCAGCCTTTCGGTGTTTCCACCGATGCCTGCTGGTTGGCCTGCCCGGTCTGCTCGTAc < 1:6205/149‑1 (MQ=255) cTCCTACGACGGCTTGCGCCCAGCCGGCACAG‑GCAGTAAAAACAAAGCCCACCGATAAGGGTGGGCTTTCTGCTTTTGCAACAAGGCCGATCAGCCTTTCGGTGTTTCCACCGATGCCTGCTGGTTGGCCTGCCCGGTCTACTCGTAc > 1:136213/1‑148 (MQ=255) cTACGACGGCTTGCGCCCAGCCGGCACAG‑GCAGTAAAAACAAAGCCCACCGATAAGGGTGGGCTTTCTGCTTTTGCAACAAGGCCGATCAGCCTTTCGGTGTTTCCACCGATGCCTGCTGGTTGGCCTGCCCGGTCTGCTCGTACCa < 6:172213/147‑1 (MQ=255) cTACGACGGCTTGCGCCCAGCCGGCACAG‑GCAGTAAAAACAAAGCCCACCGATAAGGGTGGGCTTTCTGCTTTTGCAACAAGGCCGATCAGCCTTTCGGTGTTTCCACCGATGCCTGCTGGTTGGCCTGCCCGGTCTGCTCGTACCAGc > 5:22447/1‑149 (MQ=255) cgacgGCTTGCGCCCAGCCGGCACAG‑GCAGTAAAAACAAAGCCCACCGATACGGGTGGGCTTTCTGCTTTTGCAACAAGGCCGATCAGCCTTTCGGTGTTTCCACCGATGCCTGCTGGTTGGCCTGCCCGGTCTGCTCGTACCAGcc < 2:250657/147‑1 (MQ=255) gacgGCTTGCGCCCAGCCGGCACAG‑GCAGTAAAAACAAAGCCCACCGATAAGGGTGGGCTTTCTGCTTTTGCAACAAGGCCGATCAGCCTTTCGGTGTTTCCACCGATGCCTGCTGGTTGGCCTGCCCGGTCTGCTCGTACCAGCCAcc > 3:209964/1‑149 (MQ=255) cgcCCAGCCGGCACAG‑GCAGTAAAAACAAAGCCCACCGATAAGGGTGGGCTTTCTGCTTTTGCAACAAGGCCGATCAGCCTTTCGGTGTTTCCACCGATGCCTGCTGGTTGGCCTGCCCGGTCTGCTCGTACCAGCCACCGCCAAgcgc < 2:198491/149‑1 (MQ=255) gcCCAGCCGGCACAG‑GCAGTAAAAACAAAGCCCACCGATAAGGGTGGGCTTTCTGCTTTTGCAACAAGGCCGATCAGCCTTTCGGTGTTTCTACCGATGCCTGCTGGTTGGCCTGCCCGGTCTGCTCGTACCAGCCACCg < 1:242701/140‑1 (MQ=255) gcCCAGCCGGCACAG‑GCAGTAAAAACAAAGCCCACCGATAAGGGTGGGCTTTCTGCTTTTGCAACAAGGCCGATCAGCCTTTCGGTGTTTCCACCGATGCCTGCTGGTTGGCCTGCCCGGTCTGCTCGTACCAGCCACCg > 2:242701/1‑140 (MQ=255) gcCCAGCCGGCACAG‑GCAGTAAAAACAAAGCCCACCGATAAGGGTGGGCTTTCTGCTTTTGCAACAAGGCCGATCAGCCTTTCGGTGTTTCCACCGATGCCTGCTGGTTGGCCTGCCCGGTCTGCTCGTACCAGCCACCGCCAAGCGcc < 6:161288/149‑1 (MQ=255) ggCACAG‑GCAGTAAAAACAAAGCCCACCGATAAGGGTGGGCTTTCTGCTTTTGCAACAAGGCCGATCAGCCTTTCGGTGTTTCCACCGATGCCTGCTGGTTGGCCTGCCCGGTCTGCTCGTACCAGCCACCGCCAAGCGCCTTGTACAg > 3:132751/1‑149 (MQ=255) acaG‑GCAGTAAAAACAAAGCCCACCGATAAGGGTGGGCTTTCTGCTTTTGCAACAAGGCCGATCAGCCTTTCGGTGTTTCCACCGATGCCTGCTAGTTGGCCTGCCCGGTCTGCTCGTACCAGCCACCGCCAAGCGCCTTGTACAGGtt > 6:275534/1‑149 (MQ=255) aG‑GCAGTAAAAACAAAGCCCACCGATAAGGGTGGGCTTTCTGCTTTTGCAACAAGGCCGATCAGCCTTTCGGTGTTTCCACCGATGCCTGCTGGTTGGCCTGCCCGGTCTGCTCGTACCAGCCACCGCCAAGCGCCTTGTACAGGTTGa > 8:82476/1‑149 (MQ=255) gCAGTAAAAACAAAGCCCACCGATAAGGGTGGGCTTTCTGCTTTTGCAACAAGGCCGATCAGCCTTTCGGTGTTTCCACCGATGCCTGCTGGTTGGCCTGCCCGGTCTGc < 8:10502/110‑1 (MQ=255) gCAGTAAAAACAAAGCCCACCGATAAGGGTGGGCTTTCTGCTTTTGCAACAAGGACGATCAGCCTTTCGGTGTTTCCACCGATGCCTGCTGGTTGGCCTGCCCGGTCTGc > 7:10502/1‑110 (MQ=255) cAGTAAAAACAAAGCCCACCGATAAGGGTGGGCTTTCTGCTTTTGCAACAAGGCCGATCAGCCTTTCGGTGTTTCCACCGATGCCTGCTGGTTGGCCTGCCCGGTCTACTCGTACCAGCCACCGCCAAGCGCCTTGTACAGGTTGACCt < 2:136213/149‑1 (MQ=255) tAAAAACAAAGCCCACCGATAAGGGTGGGCTTTCTGCTTTTGCAACAAGGCCGATCAGCCTTTCGGTGTTTCCACCGATGCCTGCTGGTTGGCCTGCCCGGTCTGCTCGTACCAGCCACCGCCAAGCGCCTTGTACAGGTTGACCTCGc > 6:279589/1‑149 (MQ=255) aaaaCAAAGCCCACCGATAAGGGTGGGCTTTCTGCTTTTGCAACAAGGCCGATCAGCCTTTCGGTGTTTCCACCGATGCCTGCTGGTTGGCCTGCCCGGTCTGCTCGTACCAGCCACCGCCAAGCGCCTTGTACAGGTTGACCTCGCTg < 4:209964/149‑1 (MQ=255) aaaCAAAGCCCACCGATAAGGGTGGGCTTTCTGCTTTTGCAACAAGGCCGATCAGCCTTTCGGTGTTTCCACCGATGCCTGCTGGTTGGCCTGCCCGGTCTGCTCGTACCAGCCACCGCCAAGCGCCTTGTACAGGTTGACCTCGCTgg > 6:268979/1‑149 (MQ=255) agaaaGCCCACCCTTATCGGTGGGCTTTCTGCTTTTGCAACAAGGCCGATCAGCCTTTCGGTGTTTCCACCGATGCCTGCTGGTTGGCCTGCCCGGTCTGCTCGTACCAGCCACCGCCAAGCGCCTTGTACAGGTTGACCTCGCTGGt > 6:42216/3‑148 (MQ=255) gaaaGCCCACCCTTATCGGTGGGCTTTCTGCTTTTGCAACAAGGCCGATCAGCCTTTCGGTGTTTCCACCGATGCCTGCTGGTTGGCCTGCCCGGTCTGCTCGTACCAGCCAcc < 6:147273/113‑1 (MQ=255) gaaaGCCCACCCTTATCGGTGGGCTTTCTGCTTTTGCAACAAGGCCGATCAGCCTTTCGGTGTTTCCACCGATGCCTGCTGGTTGGCCTGCCCGGTCTGCTCGTACCAGCCAcc > 5:147273/2‑114 (MQ=255) aaaGCCCACCGATAAGGGTGGGCTTTCTGCTTTTGCAACAAGGCCGATCAGCCTTTCGGTGTTTCCACCGATGCCTGCTGGTTGGCCTGCCCGGTCTGCTCGTACCAGCCACCGCCAAGCGCCTTGTACAGGTTGACCTCGCTGGTCAg < 2:8734/149‑1 (MQ=255) aGCCCACCGATAAGGGTGGGCTTTCTGCTTTTGCAACAAGGCCGATCAGCCTTTCGGTGTTTCCACCGATGCCTGCTTGTTGGCCTGCCCGGTCTGCTCGTACCAGCCACCGCCAAGCGCCTTGTACAGGTTGACCTCGCTGGTCAGCt < 5:275534/149‑1 (MQ=255) cACCGATAAGGGTGGGCTTTCTGCTTTTGCAACAAGGCCGATCAGCCTTTCGGTGTTTCCACCGATGCCTGCTGGTTGGCCTGCCCGGTCTGCTCGTACCAGCCACCGCCAAGCGCCTTGTACAGGTTGACCTCGCTGGTCAGCTGCGa > 7:11815/1‑149 (MQ=255) aCCGATAAGGGTGGGCTTTCTGCTTTTGCAACAAGGCCGATCAGCCTTTCGGTGTTTCCACCGATGCCTGCTGGTTGGCCTGCCCGGTCTGCTCGTACCAGCCAcc > 2:115855/1‑106 (MQ=255) aCCGATAAGGGTGGGCTTTCTGCTTTTGCAACAAGGCCGATCAGCCTTTCGGTGTTTCCACCGATGCCTGCTGGTTGGCCTGCCCGGTCTGCTCGTACCAGCCAcc < 1:115855/106‑1 (MQ=255) | GCAAACGGAACGGGGCGATAATCGAACGGAATGTTCCGGTTGGTTAATAACTCTTCTGGGGCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGACGGCTTGCGCCCAGCCGGCACAG‑GCAGTAAAAACAAAGCCCACCGATAAGGGTGGGCTTTCTGCTTTTGCAACAAGGCCGATCAGCCTTTCGGTGTTTCCACCGATGCCTGCTGGTTGGCCTGCCCGGTCTGCTCGTACCAGCCACCGCCAAGCGCCTTGTACAGGTTGACCTCGCTGGTCAGCTGCGA > NC_002947/1576619‑1576900 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |