Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,597,097 | G→C | 7.4% | V555V (GTC→GTG) | dctB ← | C4‑dicarboxylate transport sensor protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,597,097 | 0 | G | C | 7.4% | 168.3 / 2.7 | 53 | V555V (GTC→GTG) | dctB | C4‑dicarboxylate transport sensor protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (22/27); new base C (2/2); total (24/29) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
CTCGACAGCAGTGCGGATACTAGCTTCATCATCGACGACGATCACCGAATTCAACATACAGGCTCCAGGTCACGGGGCAGGGTAAGGCTCAGGCGCGCGCCGCCAGGCAGGTTTTCGGCCCGCAGCTGGCCGCCGGCCTCGTGGACGATGCCGTAGGAAATGGCCAGGCCCAGCCCTAGCCCTTCCCCCACCGGTTTGGTGGTGAAGAACGGGTCGAAGACCTTGGCCAGGTCGGCTTCGGCAATGCCGCCACCCGAGTCGAGCACACTCAGGCGCCATAGGTCCTCGTC > NC_002947/1596954‑1597243 | cTCGACAGCAGTGCGGATACTAGCTTCATCATCGACGACGATCACCGAATTCAACATACAGGCTCCAGGTCACGGGGCAGGGTAAGGCTCAGGCGCGCGCCGCCAGGCAGGTTTTCGGCCCGCAGCTGGCCGCCGGCCTCGTGGACGa < 8:151746/148‑1 (MQ=255) gACAGCAGTGCGGATACTAGCTTCATCATCGACGACGATCACCGAATTCAACATACAGGCTCCAGGTCACGGGGCAGGGTAAGGCTCAGGCGCGCGCCGCCAGGCAGGTTTTCGGCCCGCAGCTGGCCGCCGGCCTCGTGGACGATGcc > 6:138936/1‑149 (MQ=255) agcagTGCGGATACTAGCTTCATCATCGACGACGATCACCGAATTCAACATACAGGCTCCAGGTCACGGGGCAGGGTAAGGCTCAGGCGCGCGCCGCCAGGCAGGTTTTCGGCCCGCAGCTGGCCGCCGGCCTCGTGGACGATGCCGTa < 6:152230/149‑1 (MQ=255) cGGATACTAGCTTCATCATCGACGACGATCACCGAATTCAACATACAGGCTCCAGGTCACGGGGCAGGGTAAGGCTCAGGCGCGCGCCGCCAGGCAGGTTTTCGGCCCGCAGCTGGCCGCCGGCCTCGTGGACGATGCCGTAGGAAAt < 4:2270/148‑1 (MQ=255) cGGATACTAGCTTCATCATCGACGACGATCACCGAATTCAACATACAGGCTCCAGGTCACGGGGCAGGGTAAGGCTCAGGCGCGCGCCGCCAGGCAGGTTTTCGGCCCGCAGCTGGCCGCCGGCCTCGTGGACGATGCCGTAGGAAATg < 3:28121/149‑1 (MQ=255) aCTAGCTTCATCATCGACGACGATCACCGAATTCAACATACAGGCTCCAGGTCACGGGGCAGGGTAAGGCTCAGGCGCGCGCCGCCAGGCAGGTTTTCGGCCCGCAGCTGGCCGCCGGCCTCGTGGACGATGCCGTAGGAAATGGCCAg > 8:254886/1‑149 (MQ=255) catcGACGACGATCACCGAATTCAACATACAGGCTCCAGGTCACGGGGCAGGGTAAGGCTCAGGCGCGCGCCGCCAGGCAGGTTTTCGGCCCGCAGCTGGCCGCCGGCCTCGTGGACGATGCCGTAGGAAATGGCCAg > 1:298815/1‑138 (MQ=255) catcGACGACGATCACCGAATTCAACATACAGGCTCCAGGTCACGGGGCAGGGTAAGGCTCAGGCGCGCGCCGCCAGGCAGGTTTTCGGCCCGCAGCTGGCCGCCGGCCTCGTGGACGATGCCGTAGGAAATGGCCAg < 2:298815/138‑1 (MQ=255) atcGACGACGATCACCGAATTCAACATACAGGCTCCAGGTCACGGGGCAGGGTAAGGCTCAGGCGCGCGCCGCCAGGCAGGTTTTCGGCCCGCAGCTGGCCGCCGGCCTCGTGGACGATGCCGTAGGAAATGGCCAGGCCCagccctag > 4:77000/1‑149 (MQ=255) gacgacgaTCACCGAATTCAACATACAGGCTCCAGGTCACGGGGCAGGGTAAGGCTCAGGCGCGCGCCGCCAGGCAGGTTTTCGGCCCGCAGCTGGCCGCCGGCCTCGTGGACGATGCCGTAGGAAATGGCCAGGCCCagccctagccc > 3:92720/1‑149 (MQ=255) acgcTCACCGAATTCAACATACAGGCTCCAGGGCACGGGGCAGGGTAAGGCTCAGGCGCGCGCCGCCAGGCAGGTTTTCGGCCCGCAGCTGGCCGCCGGCCTCGTGGACGATGCCGTAGGAAATGGCCAGGCCCAGCCCTAGCCCTTcc < 6:14365/149‑1 (MQ=255) ccGAATTCAACATACAGGCTCCAGGTCACGGGGCAGGGTAAGGCTCAGGCGCGCGCCGCCAGGCAGGTTTTCGGCCCGCAGCTGGCCGCCGGCCTCGTGGACGATGCCGTAGGAAATGGCCAGGCCCAGCCCTAGCCCTTCCCCCACCg > 7:44/1‑149 (MQ=255) aaTTCAACATACAGGCTCCAGGTCACGGGGCAGGGTAAGGCTCAGGCGCGCGCCGCCAGGCAGGTTTTCGGCCCGCAGCTGGCCGCCGGCCTCGTGGACGATGCCGTAGGAAATGGCCAGGCCCAGCCCTAGCCCTTCCCCCACCGGtt < 8:243160/149‑1 (MQ=255) aaCATACAGGCTCCAGGTCACGGGGCAGGGTAAGGCTCAGGCGCGCGCCGCCAGGCAGGTTTTCGGCCCGCAGCTGGCCGCCGGCCTCGTGGACGATGCCGTAGGAAATGGCCAGGCCCAGCCCTAGCCCTTCCCCCACCGGTTtggtg > 5:119239/1‑149 (MQ=255) aaCATACAGGCTCCAGGTCACGGGGCAGGGTAAGGCTCAGGCGCGCGCCGCCAGGCAGGTTTTCGGCCCGCAGCTGGCCGCCGGCCTCGTGGACGATGCCGTAGGAAATGGCCAGGCCCAGCCCTAGCCCTTCCCCCACCGGTTtggtg < 4:278285/149‑1 (MQ=255) aaCATACAGGCTCCAGGTCACGGGGCAGGGTAAGGCTCAGGCGCGCGCCGCCAGGCAGGTTTTCGGCCCGCAGCTGGCCGCCGGCCTCGTGGACGATGCCGTAGGAAATGGCCAGGCCCAGCCCTAGCCCTTCCCCCACCGGTTtggtg < 7:71774/149‑1 (MQ=255) aaCATACAGGCTCCAGGTCACGGGGCAGGGTAAGGCTCAGGCGCGCGCCGCCAGGCAGGTTTTCGGCCCGCAGCTGGCCGCCGGCCTCGTGGACGATGCCGTAGGAAATGGCCAGGCCCAGCCCTAGCCCTTCCCCCACCGGTTtggtg > 2:175899/1‑149 (MQ=255) aaCATACAGGCTCCAGGTCACGGGGCAGGGTAAGGCTCAGGCGCGCGCCGCCAGGCAGGTTTTCGGCCCGCAGCTGGCCGCCGGCCTCGTGGACGATGCCGTAGGAAATGGCCAGGCCCAGCCCTACCCCATCCCCCACCGGTTtggtg > 8:144088/1‑149 (MQ=255) aCATACAGGCTCCAGGTCACGGGGCAGGGTAAGGCTCAGGCGCGCGCCGCCAGGCAGGTTTTCGGCCCGCAGCTGGCCGCCGGCCTCGTGGACGATGCCGTAGGAAATGGCCAGGCCCAGCCCTAGCCCTTCCCCCACCGGTTtggtgg < 2:199621/149‑1 (MQ=255) tACAGGCTCCAGGTCACGGGGCAGGGTAAGGCTCAGGCGCGCGCCGCCAGGCAGGTTTTCGGCCCGCAGCTGGCCGCCGGCCTCGTGGACGATGCCGTAGGAAATGGCCAGGCCCAGCCCTAGCCCTTCCCCCACCGGTTTGgtggtg > 7:273752/1‑148 (MQ=255) tACAGGCTCCAGGTCACGGGGCAGGGTAAGGCTCAGGCGCGCGCCGCCAGGCAGGTTTTCGGCCCGCAGCTGGCCGCCGGCCTCGTGGACGATGCCGTAGGAAATGGCCAGGCCCAGCCCTAGCCCTTCCCCCACCGGTTTGGTGGTga < 8:44/149‑1 (MQ=255) gCTCCAGGTCACGGGGCAGGGTAAGGCTCAGGCGCGCGCCGCCAGGCAGGTTTTCGGCCCGCAGCTGGCCGCCGGCCTCGTGGACGATGCCGTAGGAAATGGCCAGGCCCAGCCCTAGCCCTTCCCCCACCGGTTTGGTGGTGAAGAAc < 6:119239/149‑1 (MQ=255) cAGGTCACGGGGCAGGGTAAGGCTCAGGCGCGCGCCGCCAGGCAGGTTTTCGGCCCGCAGCTGGCCGCCGGCCTCGTGGACGATGCCGTAGGAAATGGCCAGGCCCAGCCCTAGCCCTTCCCCCACCGGTTTGGTGGTGAAGAACGGGt < 3:77000/149‑1 (MQ=255) aGGTCACGGGGCAGGGTAAGGCTCAGGCGCGCGCCGCCAGGCAGGTTTTCGGCCCGCAGCTGGCCGCCGGCCTCGTGGACGATGCCGTAGGAAATGGCCAGGCCCAGCCCTAGCCCTTCCCCCACCGGTTTGGTGGTGAAGAACGGGTc < 2:207475/149‑1 (MQ=255) tCACGGGGCAGGGTAAGGCTCAGGCGCGCGCCGCCAGGCAGGTTTTCGGCCCGCAGCTGGCCGCCGGCCTCGTGGACGATGCCGTAGGAAATGGCCAGGCCCAGCCCTAGCCCTTCCCCCACCGGTTTGGTGGTGAAGAACGGGTCGaa < 5:119991/149‑1 (MQ=255) gCAGGGTAAGGCTCAGGCGCGCGCCGCCAGGCAGGTTTTCGGCCCGCAGCTGGCCGCCGGCCTCGTGGACGATGCCGTAGGAAATGGCCAGGCCCAGCCCTAGCCCTTCCCCCACCGGTTTGGTGGTGAAGAACGGGTCGAAGACCTTg < 5:138936/149‑1 (MQ=255) gCTCAGGCGCGCGCCGCCAGGCAGGTTTTCGGCCCGCAGCTGGCCGCCGGCCTCGTGGACGATGCCGTAGGAAATGGCCAGGCCCAGCCCTAGCCCTTCCCCCACCGGTTTGGTGGTGAAGAACGGGTCg > 6:286936/1‑130 (MQ=255) gCTCAGGCGCGCGCCGCCAGGCAGGTTTTCGGCCCGCAGCTGGCCGCCGGCCTCGTGGACGATGCCGTAGGAAATGGCCAGGCCCAGCCCTAGCCCTTCCCCCACCGGTTTGGTGGTGAAGAACGGGTCg < 5:286936/130‑1 (MQ=255) aGGCGCGCGCCGCCAGGCAGGTTTTCGGCCCGCAGCTGGCCGCCGGCCTCGTGGACGATGCCGTAGGAAATGGCCAGGCCCAGCCCCAGCCCTTCCCCCACCGGTTTGGTGGTGAAGAACGGGTCGAAGACCTTGGCCAGGTCGGCTTc > 2:19459/1‑149 (MQ=255) gcgctcgcCGCCAGGCAGGTTTTCGGCCCGCAGCTGGCCGCCGGCCTCGTGGACGATGCGGTAGTAAATGGCCAGGCCCAGCCCTAGCCCTTCCCCCACCGGTTTGGTGGTGAAGAACGGGTCGAAGACCTTGGCCAGGTCGGCTTCgg < 7:144088/149‑1 (MQ=255) gcgcgcgcCGCCAGGCAGGTTTTCGGCCCGCAGCTGGCCGCCGGCCTCGTGGACGATGCCGTAGGAAATGGCCAGGCCCAGCCCTAGCCCTTCCCCCACCGGTTTGGTGGTGAAGAACGGGTCGAAGACCTTGGCCAGGTCGGCTTCgg > 6:199023/1‑149 (MQ=255) gcgcCGCCAGGCAGGTTTTCGGCCCGCAGCTGGCCGCCGGCCTCGTGGACGATGCCGTAGGAAATGGCCAGGCCCAGCCCTAGCCCTTCCCCCACCGGTTTGGTGGTGAAGAACGGGTCGAAGACCTTGGCCAGGTCGGCTTCGGCAAt > 6:67347/1‑149 (MQ=255) cgccgcCAGGCAGGTTTTCGGCCCGCAGCTGGCCGCCGGCCTCGTGGACGATGCCGTAGGAAATGGCCAGGCCCAGCCCTAGCCCTTCCCCCACCGGTTTGGTGGTGAAGAACGGGTCGAAGACCTTGGCCAGGTCGGCTTCGGCAATg < 7:254886/149‑1 (MQ=255) ccgccAGGCAGGTTTTCGGCCCGCAGCTGGCCGCCGGCCTCGTGCACGATGCCGTAGGAAATGGCCAGGCCCAGCCCTAGCCCTTCCCCCACCGGTTTGGTGGTGAAGAACGGGTCGAAGACCTTGGCCAGGTCGGCTTCGGCAATgcc < 5:199023/149‑1 (MQ=255) gTTTTCGGGCCGCAGCTGGCCGCCGGCCTCGTGGACGATGCCGTAGGAAATGGCCAGGCCCAGCCCTAGCCCTTCCCCCACCGGTTTGGTGGTGAAGAACGGGTCGAAGACCTTGGCCAGGTCGGCTTCGGCAATGCCGCCACCCGAGt < 8:227195/149‑1 (MQ=255) ttttCGGCCCGCAGCTGGCCGCCGGCCTCGTGGACGATGCCGTAGGAAATGGCCAGGCCCAGCCCTAGCCCTTCCCCCACCGGTTTGGTGGTGAAGAACGGGTCGAAGACCTTGGCCAGGTCGGCTTCGGCAATGCCGCCACCCGAGTc > 3:305529/1‑149 (MQ=255) ttttCGGCCCGCAGCTGGCCGCCGGCCTCGTGGACGATGCCGTAGGAAATGGCCAGGCCCAGCCCTAGCCCTTCCCCCACCGGTTTGGTGGTGAAGAACGGGTCGAAGACCTTGGCCAGGTCGGCTTCGGCAATGCCGCCACCCGAGTc > 7:133038/1‑149 (MQ=255) ttttCGGCCCGCAGCTGGCCGCCGGCCTCGTGGACGATGCCGTAGGAAATGGCCAGGCCCAGCCCTAGCCCTTCCCCCACCGGTTTGGTGGTGAAGAACGGGACGAAGACCTTGGCCAGGTCGGCTTCGGCAATGCCGCCACCCGAGTc > 7:240038/1‑149 (MQ=255) tttCGGCCCGCAGCTGGCCGCCGGCCTCGTGGACGATGCCGTAGGAAATGGCCAGGCCCAGCCCTAGCCCTTCCCCCACCGGTTTGGTTGTGAAGAACGGGTCGAAGACCTTGGCCAGGTCg > 6:69137/1‑122 (MQ=255) tttCGGCCCGCAGCTGGCCGCCGGCCTCGTGGACGATGCCGTAGGAAATGGCCAGGCCCAGCCCTAGCCCTTCCCCCACCGGTTTGGTGGTGAAGAACGGGTCGAAGACCTTGGCCAGGTCg < 5:69137/122‑1 (MQ=255) tCGGCCCGCAGCTGGCCGCCGGCCTCGTGGACGATGCCGTAGGAAATGGCCAGGCCCAGCCCTAGCCCTTCCCCCACCGGTTTGGTGGTGAAGAACGGGTCGAAGACCTTGGCCAGGTCGTCTTCGGCAATGCCGCCACCCGAGTCGa < 1:175899/148‑1 (MQ=255) tCGGCCCGCAGCTGGCCGCCGGCCTCGTGGACGATGCCGTAGGAAATGGCCAGGCCCAGCCCTAGCCCTTCCCCCACCGGTTTGGTGGTGAAGAACGGGTCGAAGACCTTGGCCAGGTCGGCTTCGGCAATGCCGCCACCCGAGTCGa < 3:307052/148‑1 (MQ=255) ggCCCGCAGCTGGCCGCCGGCCTCGTGGACGATGCCGTAGGAAATGGCCAGGCCCAGCCCTAGCCCTTCCCCCACCGGTTTGGTGGTGAAGAACGGGTCGAAGACCTTGGCCAGGTCGGCTTCGGCAATGCCGCCACCCGAGTCGAGc < 4:92720/148‑1 (MQ=255) ccGCAGCTGGCCGCCGGCCTCGTGGACGATGCCGTAGGAAATGGCCTGGCCCAGCCCTAGCCCTTCCCCCCCCGGTTTGGTGGTGAAGAACGGGTCGAAGACCTTGGCCAGGTCGGCTTCGGCAATGCCGCCACCCGAGTCGAGCacac > 1:239460/1‑149 (MQ=255) ccGCAGCTGGCCGCCGGCCTCGTGGACGATGCCGTAGGAAATGGCCAGGCCCAGCCCTAGCTCTTCCCCCACCGGTTTGGTGGTGAAGAACGGGTCGAAGACCTTGGCCAGGTCGGCTTc < 3:317951/120‑1 (MQ=255) ccGCAGCTGGCCGCCCGCCTCGTGGACGATGCCGTAGGAAATGGCCAGGCCCAGCCCTAGCACTTCCCCCACCGGTTTGGTGGTGAAGAACGGGTCGAAGACCTTGGCCAGGTCGGCTTc > 4:317951/1‑120 (MQ=255) gCAGCTGGCCGCCGGCCTCGTGGACGATGCCGTAGGAAATGGCCAGGCCCAGCCCTAGCCCTTCCCCCACCGGTTTGGTGGTGAAGAACGGGTCGAAGACCt < 6:134602/102‑1 (MQ=255) gCAGCTGGCCGCCGGCCTCGTGGACGATGCCGTAGGAAATGGCCAGGCCCAGCCCTAGCCCTTCCCCCACCGGTTTGGTGGTGAAGAACGGGTCGAAGACCt > 5:134602/1‑102 (MQ=255) ctacgGCATCGTCCACGAGGCCGTAGGAAATGGCCAGGCCCAGCCCTAGCCCTTCCCCCACCGGTTTGGTGGTGAAGAACGGGTCGAAGACCTTGGCCAGGTCGGCTTCGGCAATGCCGCCACCCGAGTCGAGCACACTCAGGCGCCa > 7:139078/4‑148 (MQ=255) cgGCATCGTCCACGAGGCCGTAGGAAATGGCCAGGCCCAGCCCTAGCCCTTCCCCCACCGGTTTGGTGGTGAAGAACGGGTCGAAGACCTTGGCCAGGTCGGCTTCGGCAATGCCGCCACCCGAGTCGAGCACACTCAGGCGCCAt < 7:254801/146‑1 (MQ=255) cgGCATCGTCCACGAGGCCGTAGGAAATGGCCAGGCCCAGCCCTAGCCCTTCCCCCACCGGTTTGGTGGTGAAGAACGGGTCGAAGACCTTGGCCAGGTCGGCTTCGGCAATGCCGCCACCCGAGTCGAGCACACTCAGGCGCCAt > 8:254801/1‑146 (MQ=255) cTCGTGGACGAAGCCGTAGGAAATGGCCAGGCCCAGCCCTAGCCCTTCCCCCACCGGTTTGGTGGTGAAGAACGGGTCGAAGACCTTGGCCAGGTCGGCTTCGGCAATGCCGCCACCCGAGTCGAGCACACTCAGGCGCCATAGGTCCt > 2:73394/1‑149 (MQ=255) tGGACGATGCCGTAGGAAATGGCCAGGCCCAGCCCTAGCCCTTCCCCCACCGGTTTGGTGGTGAAGAACGGGTCGAAGACCTTGGCCAGGTCGGCTTCGGCAATGCCGCCACCCGAGTCGAGCACACTCAGGCGCCATAGGTCCtcgtc < 8:273752/149‑1 (MQ=255) | CTCGACAGCAGTGCGGATACTAGCTTCATCATCGACGACGATCACCGAATTCAACATACAGGCTCCAGGTCACGGGGCAGGGTAAGGCTCAGGCGCGCGCCGCCAGGCAGGTTTTCGGCCCGCAGCTGGCCGCCGGCCTCGTGGACGATGCCGTAGGAAATGGCCAGGCCCAGCCCTAGCCCTTCCCCCACCGGTTTGGTGGTGAAGAACGGGTCGAAGACCTTGGCCAGGTCGGCTTCGGCAATGCCGCCACCCGAGTCGAGCACACTCAGGCGCCATAGGTCCTCGTC > NC_002947/1596954‑1597243 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |