Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,611,211 | C→T | 8.5% | W289* (TGG→TGA) ‡ | PP_1412 ← | 3‑hydroxyisobutyryl‑CoA hydrolase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,611,211 | 0 | C | T | 8.5% | 128.2 / 2.2 | 47 | W289* (TGG→TGA) ‡ | PP_1412 | 3‑hydroxyisobutyryl‑CoA hydrolase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (24/19); new base T (2/2); total (26/21) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.75e-01 |
CCAGCGCGGCTGGTTGTCTTTGTCCAGCAGGCGAGCGCGCACGCCTTCACTGAATTCAGGGTGGCGGCAACAGTTCAGGCTCATGCTGTATTCCATCTGGAACACCTGCGCCAACGACAGGTACCGCGCCCGGCGGATCTGCTCCCAGACCAGATGCGCCGTCAGCGGGCAACCCTCATGCAGACGGTGGCCGGCATCTGCCAGCAATGGGTCGTCATGCTGCTTGAGCCTTTCCAGCGCGCGCCAGGCTGAAGCCGCATCCGCCACGTCGAGTAACTGATCGATCTCATGCC > NC_002947/1611067‑1611359 | ccAGCGCGGCTGGTTGTCTTTGTCCAGCAGGCGAGCGCGCACGCCTTCACTGAATTCAGGGTGGCGGCAACAGTTCAGGCTCATGCTGTATTCCATCTGGAACACCTGCGCCAACGACAGGTACCGCGCCCGGCGGATCTGCTCccaga < 7:27888/149‑1 (MQ=255) gcgGCTGGTTGTCTTTGTCCAGCAGGCGAGCGCGCACGCCTTCACTGAATTCAGGGTGGCGGCAACAGTTCAGGCTCATGCTGTATTCCATCTGGAACACCTGCGCCAACGACAGGTACCGCGCCCGGCGGATCTGCTCccagaccaga < 8:180759/149‑1 (MQ=255) gcgGCTGGTTGTCTTTGTCCAGCAGGCGAGCGCGCACGCCTTCACTGAATTCAGGGTGGCGGCAACAGTTCAGGCTCATGCTGTATTCCATCTGGAACACCTGCGCCAACGACAGGTACCGCGCCCGGCGGATCTGCTCccagaccaga < 2:232972/149‑1 (MQ=255) gTTGTCTTTGTCCAGCAGGCGAGCGCGCACGCCTTCACTGAATTCAGGGTGGCGGCAACAGTTCAGGCTCATGCTGTATTCCATCTGGAACACCTGCGCCAACGACAGGTACCGCGCCCGGCGCATCTGGTCTGGGAGCAGATCCGcc < 8:151141/148‑1 (MQ=255) tGTCTTTGTCCAGCAGGCGAGCGCGCACGCCTTCACTGAATTCAGGGTGGCGGCAACAGTTCAGGCTCATGCTGTATTCCATCTGGAACACCTGCGCCAACGACAGGTACCGCGCCCGGCGGATCTGCTCCCAGACCAGATGCGCCGTc > 6:91032/1‑149 (MQ=255) cTTTGTCCAGCAGGCGAGCGCGCACGCCTTCACTGAATTCAGGGTGGCGGCAACAGTTCAGGCTCATGCTGTATTCCATCTGGAACACCTGCGCCAACGACAGGTACCGCGCCCGGCGGATCTGCTCCCAGACCAGATGCGCCGTCAGc > 1:151336/1‑149 (MQ=255) agcagGCGAGCGCGCACGCCTTCACTGAATTCAGGGTGGCGGCAACAGTTCAGGCTCATGCTGTATTCCATCTGGAACACCTGCGCCAACGACAGGTACCGCGCCCGGCGGATCTGCTCCCAGACCAGATGCGCCGTCAGCGGGCAAcc > 7:176085/1‑149 (MQ=255) agGCGAGCGCGCACGCCTTCACTGAATTCAGGGTGGCGGCAACAGTTCAGGCTCATGCTGTATTCCATCTGGAACACCTGCGCCAACGACAGGTACCGCGCCCGGCGGATCTGCTGCCAGACCAGATGCGCCGTCTGCGGGCAACCCTc < 1:285115/149‑1 (MQ=255) gCGAGCGCGCACGCCTTCACTGAATTCAGGGTGGCGGCAACAGTTCAGGCTCATGCTGTATTCCATCTGGAACACCTGCGCCAACGACAGGTACCGCGCCCGGCGGATCTGCTCCCAGACCAGATGCGCCGTCAGCGGGCAACCCTCAt < 7:172385/149‑1 (MQ=255) aGCGCGCACGCCTTCACTGAATTCAGGGTGGCGGCAACAGTTCAGGCTCATGCTGTATTCCATCTGGAACACCTGCGCCAACGACAGGTACCGCGCCCGGCGGATCTGCTCCCAGACCAGATGCGCCGTCAGCGGGCAACCCTCATg > 2:198769/1‑147 (MQ=255) gcACGCCTTCACTGAATTCAGGCTGGCGGCAACAGTTCAGGCTCATGCTGTATTCCGTCTGGAACACCTGCGCCAACGACAGGTACCGCGCCCGGCGGATCTGCTCCCAGACCAGATGCGCCGTCCGCGGGCACCCCGCATGCAGCCgg > 7:50342/1‑149 (MQ=255) tGAATTCAGGGTGGCGGCAACAGTTCAGGCTCATGCTGTATTCCATCTGGAACACCTGCGCCAACGACAGGTACCGCGCCCGGCGGATCTGCTCCCAGACCAGATGCGCCGTCAGCGGGCAACCCTCATGCAGACGGTGGCCGGCATCt > 3:89850/1‑149 (MQ=255) aaTTCAGGGTGGCGGCAACAGTTCAGGCTCATGCTGTATTCCATCTGGAACACCTGCGCCAACGACAGGTACCGCGCCCGGCGGATCTGCTCCCAGACCAGATGCGCCGTCAGCGGGCAACCCTCATGCAGACGGTGGCCGGCATCTGc > 4:81176/1‑149 (MQ=255) aaCAGTTCAGGCTCATGCTGTATTCCATCTGGAACACCTGCGCCAACGACAGGTACCGCGCCCGGCGGATCTGCTCCCAGACCAGATGCGCCGTCAGCGGGCAACCCTCATGCAGACGGTGGCCGGCATCTGCCAGCAATGGGTCGTCa > 8:27271/1‑149 (MQ=255) aaCAGTTCAGGCTCATGCTGTATTCCATCTGGAACACCTGCGCCAACGACAGGTACCGCGCCCGGCGGATCTGCTCCCAGACCAGATGCGCCGTCAGCGGGCAACCCTCATGCAGACGGTGGCCGGCATCTGCCAGCAATGGGTCGTCa > 5:77053/1‑149 (MQ=255) cAGGCTCATGCTGTATTCCATCTGGAACACCTGCGCCAACGACAGGTACCGCGCCCGGCGGATCTGCTCCCAGACCAGATGCGCCGTCAGCGGGCAACCCTCATGCAGACGGTGGCCGGCATCTGCCAGCAATGGGTCGTCATgctgct > 6:238981/1‑149 (MQ=255) acgcccATGCTGTATTCCCTCTGGAACACCTGCGCCAACGACAGGTACCGCGCCCGGCGGATCTGCTCCCAGACCAGATGCGCCGTCAGCGGGCAACCCTCATGCAGACGGTGGCCGGCATCTGCCAGCAATGGGTCGTCATGCTGCtt < 8:50342/144‑1 (MQ=255) gCTCATGCTGTATTCCATCTGGAACACCTGCGCCAACGACAGGTACCGCGCCCGGCGGATCTGCTCCCAGACCAGATGCGCCGTCAGCGGGCAACCCTCATGCAGACGGTGGCCGGCATCTGCCAGCAATGGGTCGTCATTCTGCTTGa < 4:89850/149‑1 (MQ=255) gCTCATGCTGTATTCCATCTGGAACACCTGCGCCAACGACAGGTACCGCGCCCGGCGGATCTGCTCCCAGACCAGATGCGCCGTCAGCGGGCAACCCTCATGCAGACGGTGGCCGGCATCTGCCAGCAATGGGTCGTCATGCTGCTTGa < 6:77053/149‑1 (MQ=255) ttCCATCTGGCACACCTGCGCCAACGACAGGTACCGCGCCCGGCGGATCTGCTCCCAGACCAGATGCGCCGTCAGCGGGCAACCCTCATGCAGACGGTGGCCGGCATCTGCCAGCAATGGGTCGTCATGCTGCTTGAGCCTTTCCAgc < 6:269325/148‑1 (MQ=255) cATCTGGAACACCTGCGCCAACGACAGGTACCGCGCCCGGCGGATCTGCTCCCAGACCAGATGCGCCGTCAGCGGGCAACCCTCATGCAGACGGTGGCCGGCATCTGCCAGCAATGGGTCGTCATGCTGCTTGAGCCTTTCCAgcgcgc < 5:91032/149‑1 (MQ=255) cATCTGGAACACCTGCGCCAACGACAGGTACCGCGCCCGGCGGATCTGCTCCCAGACCAGATGCGCCGTCAGCGGGCAACCCTCATGCAGACGGTGGCCGGCATCTGCCAGCAATGGGTCGTCATGCTGCTTGAGCCTTTCCAgcgcgc > 8:245882/1‑149 (MQ=255) gAACACCTGCGCCAACGACAGGTACCGCGCCCGGCGGATCTGCTCCCAGACCAGATGCGCCGTCAGCGGGCAACCCTCATGCAGACGGTGGCCGGCATCTGCCAGCAATGGGTCGTCAtgc > 2:286382/1‑121 (MQ=255) gAACACCTGCGCCAACGACAGGTACCGCGCCCGGCGGATCTGCTCCCAGACCAGATGCGCCGTCAGCGGGCAACCCTCATGCAGACGGTGGCCGGCATCTGCCAGCAATGGGTCGTCAtgc < 1:286382/121‑1 (MQ=255) gAACACCTGCGCCAACGACAGGTACCGCGCCCGGCGGATCTGCTCCCAGACCAGATGCGCCGTCAGCGGGCAACCCTCATGCAGACGGTGGCCGGCATCTGCCAGCAATGGGTCGTCATGCTGCTTGAGCCTTTCCAGCGCGCGCCAg < 3:81176/148‑1 (MQ=255) gAACACCTGCGCCAACGACAGGTACCGCGCCCGGCGGATCTGCTCCCAGACCAGATGCGCCGTCAGCGGGCAACCCTCATGCAGACGGGGGCCGGCATCTGCCAGCAATGGGTCGTCATGCTTCTTGAGCCTTTCCAGCGCGCGCCAgg < 8:176085/149‑1 (MQ=255) aaCACCTGCGCCAACGACAGGTACCGCGCCCGGCGGATCTGCTCCCAGACCAGATGCGCCGTCAGCGGGCAACCCTCATGCAGACGGTGGCCGGCATCTGCCAGCAATGGGTCGTCATGCTGCTTGAGCCTTTCCAGCGCGCGCCGGGc < 2:151336/149‑1 (MQ=255) ccTGCGCCAACGACAGGTACCGCGCCCGGCGGATCTGCTCCCAGACCAGATGCGCCGTCAGCGGGCAACCCTCATGCAGACGGTGGCCGGCATCTGCCAGCAATGGGTCGTCATGCTGCTTGAGCCTTTCCAGCGCGCGCCAGGCTGaa < 6:247708/149‑1 (MQ=255) cTGCGCCAACGACAGGTACCGCGCCCGGCGGATCTGCTCCCAGACCAGATGCGCCGTCAGCGGGCAACCCTCATGCAGACGGTGGCCGGCATCTGCCAGCAATGGGTCGTCATGCTGCTTGAGCCTTTCCAGCGCGCGCCAgg < 8:208773/143‑1 (MQ=255) cTGCGCCAACGACAGGTACCGCGCCCGGCGGATCTGCTCCCAGACCAGATGCGCCGTCAGCGGGCAACCCTCATGCAGACGGTGGCCGGCATCTGCCAGCAATGGGTCGTCATGCTGCTTGAGCCTTTCCAGCGCGCGCCAgg > 7:208773/1‑143 (MQ=255) cTGCGCCAACGACAGGTACCGCGCCCAGCGGATCTGCTCCCAGACCAGATGCGCCGTCAGCGGGCAACCCTCATGCAGACGGTGGCCGGCATCTGCCAGCAATGGGTCGTCATGCTGCTTGAGCCTTTCCAGCGCGCGCCAGGCTGAAg > 7:85069/1‑149 (MQ=255) aaCGACAGGTACCGCGCCCGGCGGATCTGCTCCCAGACCAGATGCGCCGTCAGCGGGCAACCCTCATGCAGACGGTGGCCGGCATCTGCCAGCAATGGGTCGTCATGCTGCTTGAGCCTTTCCAGCGCGCGCCAGGCTGAAGCCGCATc > 3:301001/1‑149 (MQ=255) aaCGACAGGTACCGCACCCGGCGGATCTGCTCCCAGACCAGATGCGCCGTCAGCGGGCAACCCTCATGCAGACGGTGGCCGGCATCTGCCAGCAATGGGTCGTCATGCTGCTTGAGCCTTTCCAGCGCGCGCCAGGCTGAAGCCGCATc > 3:321938/1‑149 (MQ=255) gACAGGTACCGCGCCCGGCGGATCTGCTCCCAGACCAGATGCGCCGTCAGCGGGCAACCCTCATGCAGACGGTGGCCGGCATCTGCCAGCAATGGGTCGTCATGCTGCTTGAGCCTTTCCAGCGCGCGCCAGGCTGAAGCCGCATCCGc > 7:295675/1‑149 (MQ=255) gACAGGTACCGCGCCCGGCGGATCTGCTCCCAGACCAGATGCGCCGTCAGCGGGCAACCCTCATGCAGACGGTGGCCGGCATCTGCCAGCAATGGGTCGTCATGCTGCTTGAGCCTTTCCAGCGCGCGCCAGGCTGAAGCCGCATCCGc < 4:301001/149‑1 (MQ=255) 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cgcgCCCGGCGGATCTGCTCCCAGACCAGATGCGCCGTCAGCGGGCAACCCTCATGCAGACGGTGGCCGGCATCTGCCAGCAATGGGTCGTCATGCTGCTTGAGCCTTTCCAGCGCGCGCCAGGCTGAAGCCGCATCCGCCACGTCGAg > 6:51102/1‑149 (MQ=255) ctgacggcgcATCTGGTCTGGGAGCAGATCCGCCGTCAGCGGGCAACCCTCATGCAGACGGTGGCCGGCATCTGCCAGCAATGGGTCGTCATGCTGCTTGAGCCTTTCCAGCGCGCGCCAGGCTGAAGCCGCATCCGCCACGTCGAGt > 5:263654/5‑148 (MQ=38) cccGGCGGATCTGCTCCCAGACCAGATGCGCCGTCAGCGGGCAACCCTCATGCAGACGGTGGCCGGCATCTGCCAGCAATGGGTCGTCATGCTGCTTGAGCCTTTCCAGCGCGCGCCAGGCTGAAGCCGCATCCGCCACGTCGAGTAAc > 5:243058/1‑149 (MQ=255) ggcgcATCTGGTCTGGGAGCAGATCCGCCGTCAGCGGGCAACCCTCATGCAGACGGTGGCCGGCATCTGCCAGCAATGGGTCGTCATGCTGCTTGa > 2:141120/1‑96 (MQ=37) ggcgcATCTGGTCTGGGAGCAGATCCGCCGTCAGCGGGCAACCCTCATGCAGACGGTGGCCGGCATCTGCCAGCAATGGGTCGTCATGCTGCTTGa < 1:141120/96‑1 (MQ=37) ggATCTGCTCCCAGACCAGATACGCCGTCAGCGGGCAACCCTCATGCAGACGGTGGCCGGCATCTGCCAGCAATGGGTCGTCATGCTGCTTGAGCCTTTCCAGCGCGCGCCAGGCTGAAGCCGCATCCGCCACGTCGAGTAACTgatcg < 6:273080/149‑1 (MQ=255) cTCCCAGACCAGATGCGCCGTCAGCGGGCAACCCTCATGCAGACGGTGGCCGGCATCTGCCAGCAATGGGTCGTCATGCTGCTTGAGCCTTTCCAGCGCGCGCCAGGCTGAAGCCGCATCCGCCACGTCGAGTAACTGATCGATCTCAt > 2:172716/1‑149 (MQ=255) tCCCAGACCAGATGCGCCGTCAGCGGGCAACCCTCATGCAGACGGTGGCCGGCATCTGCCAGCAATGGGTCGTCATGCTGCTTGAGCCTTTCCAGCGCGCGCCAGGCTGAAGCCGCATCCGCCACGTCGAGTAAc < 8:19149/135‑1 (MQ=255) tCCCAGACCAGATGCGCCGTCAGCGGGCAACCCTCATGCAGACGGTGGCCGGCATCTGCCAGCAATGGGTCGTCATGCTGCTTGAGCCTTTCCAGCGCGCGCCAGGCTGAAGCCGCATCCGCCACGTCGAGTAACTGATCGATCTCATg > 3:84173/1‑149 (MQ=255) tCCCAGACCAGATGCGCCGTCAGCGGGCAACCCTCATGCAGACGGTGGCCGGCATCTGCCAGCAATGGGTCGTCATGCTGCTTGAGCCTTTCCAGCGCGCGCCAGGCTGAAGCCGCAACCGCCACGTCGAGTAAc > 7:19149/1‑135 (MQ=255) cccAGACCAGATGCGCCGTCAGCGGGCAACCCTCATGCAGACGGTGGCCGGCATCTGCCAGCAATGGGTCGTCATGCTGCTTGAGCCTTTCCAGCGCGCGCCAGGCTGAAGCCGCATCCGCCACGTCGAGTAACTGATCGATCTCATGc > 3:291769/1‑149 (MQ=255) ccagaccagaTGCGCCGTCAGCGGGCAACCCTCATGCAGACGGTGGCCGGCATCTGCCAGCAATGGGTCGTCATGCTGCTTGAGCCTTTCCAGCGCGCGCCAGGCTGAAGCCGCATCCGCCACGTCGAGTAACTGATCGATCTCATGcc > 7:95021/1‑149 (MQ=255) | CCAGCGCGGCTGGTTGTCTTTGTCCAGCAGGCGAGCGCGCACGCCTTCACTGAATTCAGGGTGGCGGCAACAGTTCAGGCTCATGCTGTATTCCATCTGGAACACCTGCGCCAACGACAGGTACCGCGCCCGGCGGATCTGCTCCCAGACCAGATGCGCCGTCAGCGGGCAACCCTCATGCAGACGGTGGCCGGCATCTGCCAGCAATGGGTCGTCATGCTGCTTGAGCCTTTCCAGCGCGCGCCAGGCTGAAGCCGCATCCGCCACGTCGAGTAACTGATCGATCTCATGCC > NC_002947/1611067‑1611359 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |