Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,659,042 | A→G | 7.1% | V51A (GTG→GCG) | PP_1451 ← | hypothetical protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,659,042 | 0 | A | G | 7.1% | 159.5 / 2.4 | 56 | V51A (GTG→GCG) | PP_1451 | hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (24/28); new base G (2/2); total (26/30) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.00e-01 |
CCAGTCCAGCCAGTACAAGCCCTCGGGGGTTTTCTTGTCGCCTTCGCGTTCCTTGGCGCCCTTGGGCTGCTTGC‑CCAGCGAGATGCGGTAGGTTTTCAGCGGCTCGCCGCGGCTGATCAACTGCAGGCGGCGCTCCGACTTGATCACCAGCACCTTGTCGATCAACGGTTGCATGGCTTGCTGCGAAGGCGAGGGAGTTTGCGCTGCCGGCGCGGGCTTGCGGATGATGGTTTCGGTGAAGGCCGCCTGGGACACCGAGGTAACGCAAAGGCAGAAAAGGGCAAGCAACCAGCG > NC_002947/1658897‑1659190 | ccAGTCCAGCCAGTACAAGCCCTCGGGGGTTTTCTTGTCGCCTTCGCGTTCCTTGGCGCCCTTGGGCTGCTTGC‑CCAGCGAGATGCGGTAGGTTTTCAGCGGCTCGCCGCGGCTGATCAACTGCAGGCGGCGCTCCGACTTGATCACCa < 6:137009/149‑1 (MQ=255) gccagTACAAGCCCTCGGGGGTTTTCTTGTCGCCTTCGCGTTCCTTGGCGCCCTTGGGCTGCTTGC‑CCAGCGAGATGCGGTAGGTTTTCAGCGGCTCGCCGCGGCTGATCAACTGCAGGCGGCGCTCCGACTTGATCACCAGCACCTTg < 6:81974/149‑1 (MQ=255) ccagTACAAGCCCTCGGGGGTTTTCTTGTCGCCTTCGCGTTCCTTGGCGCCCTTGGGCTGCTTGC‑CCAGCGAGATGCGGTAGGTTTTCAGCGGCTCGCCGCGGCTGATCAACTGCAGGCGGCGCTCCGACTTGATCACCAGCACCTTGt < 8:156831/149‑1 (MQ=255) gTACAAGCCCTCGGGGGTTTTCTTGTCGCCTTCGCGTTCCTTGGCGCCCTTGGGCTGCTTGC‑CCAGCGAGATGCGGTAGGTTTTCAGCGGCTCGCCGCGGCTGATCAACTGCAGGCGGCGCTCCGACTTGATCACCAGCACCTTGTCGa > 2:12929/1‑149 (MQ=255) ccTCGGGGGTTTTCTTGTCGCCTTCGCGTTCCTTGGCGCCCTTGGGCTGCTTGC‑CCAGCGAGATGCGGTAGGTTTTCAGCGGCTCGCCGCGGCTGATCAACTGCAGGCGGCGCTCCGACTTGATCACCAGCACCTTGTCGATCAACGGt > 2:114791/1‑149 (MQ=255) gggggTTTTCTTGTCGCCTTCGCGTTCCTTGGCGCCCTTGGGCTGCTTGC‑CCAGCGAGATGCGGTAGGTTTTCAGCGGCTCGCCGCGGCTGATCAACAGCAGGCGGCGCTCCGACTTGATCACCAGCACCTTGTCGATCAACGGTTGCa > 8:276580/1‑149 (MQ=255) ggggTTTTCTTGTCGCCTTCGCGTTCCTTGGCGCCCTTGGGCTGCTTGC‑CCAGCGAGATGCGGTAGGTTTTCAGCGGCTCGCCGCGGCTGATCAACTGCAGGCGGCGCTCCGACTTGATCACCAGCACCTTGTCGATCAACGGTTGCAt < 5:55028/149‑1 (MQ=255) ggggTTTTCTTGACGCCTTCGCGTTCCTTGGCGCCCTTGGGCTGCTTGC‑CCAGCGAGATGCGGTAGGTTTTCAGCGGCTCGCCGCGGCAGATCAACTGCAGGCGGCGCTCCGACTTGATCACCAGCACCTTGTCGATCAACGGTTGCAt < 4:128858/149‑1 (MQ=255) ggcGCCGTCGCGTTCCTTGGCGCCCTTGGGCTGCGTGC‑CCAGCGAGATGCGGTAGGTTTTCAGCGGCTCGCCGCGGCTGATCAACTGCAGGCGGCGCTCCGACTTGATCACCAGCACCTTGTCGATCAACGGTTGCATGGCTtgct < 4:183116/144‑1 (MQ=255) gTCGCCTTCGCGTTCCTTGGCGCCCTTGGGCTGCTTGC‑CCCGCGAGATGCGGTAGGTTTTCAGCGGCTCGCCGCGGCTGATCAACTGCAGGCGGCGCTCCGACTTGATCACCAGCACCTTGTCGATCAACGGTTGCATGGCTtgctgc > 7:102600/1‑148 (MQ=255) gTCGCCTTCGCGTTCCTTGGCGCCCTTGGGCTGCTTGC‑CCAGCGAGATGCGGTAGGTTTTCAGCGGCTCGCCGCGGCTGATCAACTGCAGGCGGCGCTCCGACTTGATCACCAGCACCTTGTCGATCAACGGTTGCATGGCTtgct < 3:292096/146‑1 (MQ=255) cTTCGCGTTCCTTGGCGCCCTTGGGCTGCTTGCACCAGCGAGATGCGGTAGGTTTTCAGCGCATCGCCGCGGCTGATCAACTGCAGCCGCCGCTCCGCCTTGATCACCAGCACCTTGTCGATCAACGGTTGCATGGCt > 1:39424/1‑138 (MQ=255) cTTCGCGTTCCTTGGCGCCCTTGGGCTGCTTGC‑CCAGCGAGATGCGGTAGGTTTTCAGCGGCTCGCCGCGGCTGATCAACTGCAGGCGGCGCTCCGACTTGATCACCAGCACCTTGTCGATCAACGGTTGCATGGCt < 2:39424/137‑1 (MQ=255) ttCGCGTTCCTTGGCGCCCTTGGGCTGCTTGC‑CCAGCGAGATGCGGTAGGTTTTCAGCGGCTCGCCGCGGCTGATCAACTGCAGGCGGCGCTCCGACTTGATCACCAGCACCTTGTCGATCAACGGTTGCATGGCTTGCTGCGAAGGc > 6:322675/1‑148 (MQ=255) cgcgTTCCTTGGCGCCCTTGGGCTGCTTGC‑CCAGCGAGATGCGGTAGGTTTTCAGCGGCTCGCCGCGGCTGATCAACTGCAGGCGGCGCTCCGACTTGATCACCAGCACCTTGTCGATCAACGGTTGCATGGCTTGCTGCGAAGGCGa < 6:252194/148‑1 (MQ=255) gTTCCTTGGCGCCCTTGGGCTGCTTGC‑CCAGCGAGATGCGGTAGGTTTTCAGCGGCTCGCCGCGGCTGATCAACTGCAGGCGGCGCTCCGACTTGATCACCAGCACCTTGTCGATCAACGGTTGCATGGCTTGCTGCGAAGGCGAGGGa < 1:238605/149‑1 (MQ=255) ggCGCCCTTGGACTGCTTGC‑CCAGCGAGATGCGGTAGGTTTTCAGCGGCTCGCCGCGGCTGATCAACTGCAGGCGGCGCTCCGACTTGATCACCAGCACCTTGTCGATCAACGGTTGCATGGCTTGCTGCGAAGGCGAGGGAGTTTgc < 1:114791/148‑1 (MQ=255) gcgcCCTTGGGCTGCTTGC‑CCAGCGAGATGCGGTAGGTTTTCAGCGGCTCGCCGCGGCTGATCAACTGCAGGCGGCGCTCCGACTTGATCACCAGCACCTTGTCGATCAACGGTTGCATGGCTTGCTGCGAAGGCGAGGGAGTTTgcgc > 3:106575/1‑149 (MQ=255) gcgcCCTTGGGCTGCTTGC‑CCAGCGAGATGCGGTAGGTTTTCAGCGGCTCGCCGCGGCTGATCAACTGCAGGCGGCGCTCCGACTTGATCACCAGCACCTTGTCGATCAACGGTTGCATGGCTTGCTGCGAAGGCGAGGGAGTTTgcgc < 7:276580/149‑1 (MQ=255) ctTGC‑CCAGCGAGATGCGGTAGGTTTTCAGCGGCTCGCCGCGGCTGATCAACTGCAGGCGGCGCTCCGACTTGATCACCAGCACCTTGTCGATCAACGGTTGCATGGCTTGCTGCGAAGGCGAGGGAGTTTGCGCTGCCGGCGCGGGc < 2:53668/148‑1 (MQ=255) ctTGC‑CCAGCGAGATGCGGTAGGTTTTCAGCGGCTCGCCGCGGCTGATCAACTGCAGGCGGCGCTCCGACTTGATCACCAGCACCTTGTCGATCAACGGTTGCATGGCTTGCTGCGAAGGCGAGGGAGTTTGCGCTGCCGGCGCGGGCt > 5:122735/1‑149 (MQ=255) tGC‑CCAGCGAGATGCGGTAGGTTTTCAGCGCCTCGCCGCGGCTGATCAACTGCAGGCGGCGCTCCGACTTGATCACCAGCACCTTGTCGATCAACGGTTGCATGGCTTGCTGCGAAGGCGAGGGAGTTTGCGCTGCCGGCGCGGGCTTg > 1:28746/1‑149 (MQ=255) c‑ccAGCGAGCTGCGGTAGGTTTTCAGCGGCTCGCCGCGGCTGATCAACTGCAGGCGGCGCTCCGACTTGATCACCAGCACCTTGTCGATCAACGGTTGCATGGCTTGCTGCGAAGGCGAGGGAGTTTGCGCTGCCGGCGCGGGCTTGc < 2:240608/148‑1 (MQ=255) cAGCGAGATGCGGTAGGTTTTCAGCGGCTCGCCGCGGCTGATCAACTGCAGGCGGCGCTCCGCCTTGATCACCAGCCCCTTGTCGATCAACGGTTGCATGGCTTGCTGCGAAGGCGAGGGAGTTTGCGCTGCCGGCGCGGGCTTGCGga > 3:33902/1‑149 (MQ=255) cGAGATGCGGTAGGTTTTCAGCGGCTCGCCGCGGCTGATCAACTGCAGGCGGCGCTCCGACTTGATCACCAGCACCTTGTCg < 2:316287/82‑1 (MQ=255) cGAGATGCGGTAGGTTTTCAGCGGCTCGCCGCGGCTGATCAACTGCAGGCGGCGCTCCGACTTGATCACCAGCACCTTGTCg > 1:316287/1‑82 (MQ=255) gagaTGCGGTAGGTTTTCAGCGGCTCGCCGCGGCTGATCAACTGCAGGCGGCGCTCCGACTTGATCACCAGCACCTTGTCGATCAACGGTTGCATGGCTTGCTGCGAAGGCGAGGGAGTTTGCGCTGCCGGCGCGGGCTTGCGgatgat > 7:158465/1‑149 (MQ=255) gaTGCGGTAGGTTTTCAGCGGCTCGCCGCGGCTGATCAACTGCAGGCGGCGCTCCGACTTGATCACCAGCACCTTGTCGATCAACGGTTGCATGGCTTGCTGCGAAGGCGAGGGAGTTTGCGCTGCCGGCGCGGGCTTGCGGATGATgg < 4:106575/149‑1 (MQ=255) aTGCGGTAGGTTTTCAGCGGCTCGCCGCGGCTGATCAACTGCAGGCGGCGCTCCGACTTGATCACCAGCACCTTGTCGATCAACGGTTGCATGGCTTGCTGCGAAGGCGAGGGAGTTTGCGCTGCCGGCGCGGGCTTGCGGATGATGGt > 8:89224/1‑149 (MQ=255) ggTAGGTTTTCAGCGGCTCGCCGCGGCTGATCAACTGCAGGCGGCGCTCCGACTTGATCACCAGCACCTTGTCGATCAACGGTTGCATGGCTTGCTGCGAAGGCGAGGGAGTTTGCGCTGCCGCCGCGGGCTTGCGGATGATGGTTTCg > 5:95245/1‑149 (MQ=255) ggTAGGTTTTCAGCGGCTCGCCGCGGCTCATCAACTGCACGCGGCGCTCCGACTTGAACACCAGCACCGTGTCGATCAACGGTTGCAAGGCTTGCTGCGAAGGCGAGGGAGTTAGCGCTGCCGGCGCGGGCTTGCGGATGAAGGTTTCg > 5:36642/1‑149 (MQ=255) ggTTTTCAGCGGCTCGCCGCGGCTGATCAACTGCAGGCGGCGCTCCGACTTGATCACCAGCACCTTGTCGATCAACGGTTGCATGGCTTGCTGCGAAGGCGAGGGAGTTTGCGCTGCCGGCGCGGGCTTGCGGATGATGGTTTCGGTg < 2:28746/148‑1 (MQ=255) ttttCAGCGGCTCGCCGCGGCTGATCAACTGCAGGCGGCGCTCCGACTTGATCACCAGCACCTTGTCGATCAACGGTTGCATGGCTTGCTGCGAAGGCGAGGGAGTTTGCGCTGCCGGCGCGGGCTTGCGGATGATGGTTTCGGTGAAg > 2:285666/1‑149 (MQ=255) ttttCAGCGGCTCGCCGCGGCTGATCAACTGCAGGCGGCGCTCCGACTTGATCACCAGCACCTTGTCGATCAACGGTTGCATGGCTTGCTGCGAAGGCGAGGGAGTTTGCGCTGCCGGCGCGGGCTTGCGGATGATGGTTTCGGTGAAg < 1:163789/149‑1 (MQ=255) tttCAGCGGCTCGCCGCGGCTGATCAACTGCAGGCGGCGCTCCGACTTGATCACCAGCACCTTGTCGATCAACGGTTGCATGGCTTGCTGCGAAGGCGAGGGa < 4:280977/103‑1 (MQ=255) tttCAGCGGCTCGCCGCGGCTGATCAACTGCAGGCGGCGCTCCGACTTGATCACCAGCACCTTGTCGATCAACGGTTGCATGGCTTGCTGCGAAGGCGAGGGa > 3:280977/1‑103 (MQ=255) gCGGCTCGCCGCGGCTGATCAACTGCAGGCGGCGCTCCGACTTGATCACCAGCACCTTGTCGATCAACGGTTGCATGGCTTGCTGCGAAGGCGAGGGAGTTTGCGCTGCCGGCGCGGGCTTGCGGATGATGGTTTCGGTGAAGgccgcc > 1:15803/1‑149 (MQ=255) cGGCTCGCCGCGGCTGATCAACTGCAGGCGGCGCTCCGACTTGATCACCAGCACCTTGTCGATCAACGGTTGCATGGCTTGCTGCGAAGGCGAGGGAGTTTGCGCTGCCGGCGCGGGCTTGc > 4:98585/1‑122 (MQ=255) cGGCTCGCCGCGGCTGATCAACTGCAGGCGGCGCTCCGACTTGATCACCAGCACCTTGTCGATCAACGGTTGCATGGCTTGCTGCGAAGGCGAGGGAGTTTGCGCTGCCGGCGCGGGCTTGc < 3:98585/122‑1 (MQ=255) gccgcGGCTGATCAACTGCAGGCGGCGCTCCGACTTGATCACCAGCACCTTGTCGATCAACGGTTGCATGGCTTGCTGCGAAGGCGAGGGAGTTTGCGCTGCCGGCGCGGGCTTGCGGATGATGGTTTCGGTGAAGGCCGCCTGGGaca > 8:243889/1‑149 (MQ=255) ggCTGATCAACAGCAGGCGGAGCTCCTACATGATCACGACCACCGTTTCGATCAACGGTATCATGGCTTGCTGCGAAGGCTAGGGAGTTTGCGCTGCCGGCGCGGGCTTGCGGATGATGGTTTCGGTGAAGGCCGCCTGGGACACCGAg < 4:46928/149‑1 (MQ=255) aTCAACTGCAGGCGGCGCTCCGACTTGATCACCAGCACCTTGTCGAACAACGGTTGCATGGCTTGCTGCGAAGGCGAGGGAGTTTGCGCTGCCGGCGCGGGCTTGCGGATGATGGTTTCGGTGAAGGCCGCCTGGGACACCGAGGTAAc > 4:41867/1‑149 (MQ=255) cAGGCGGCGCTCCGACTTGATCACCAGCACCTTGTCGATCAACGGTTGCATGGCTTGCTGCGAAGGCGAGGGAGTTTGCGCTGCCGGCGCGGGCTTGCGGATGATGGTTTCGGTGAAGGCCGCCTGGGACACCGAGGTAACGCAAAgg < 5:322675/148‑1 (MQ=255) aGGCGGCGCTCCGACTTGATCACCAGCACCTTGTCGATCAACGGTTGCATGGCTTGCTGCGTAGGCGAGGGAGTTTGCGCTGCCGGCGCGGGCTTGCGGATGATGGTTTCGGTGAAGGCCGCCTGGGACACCTAGGTAACGCAAAGGCa < 8:102600/149‑1 (MQ=255) gcgcTCCGACTTGATCACCAGCACCTTGTCGATCAACGGTTGCATGGCTTGCTGCGAAGGCGAGGGAGTTTGCGCTGCCGGCGCGGGCTTGCGGATGATGGTTTCGGTGAAGGCCGCCTGGGACACCGAGGTAACGCAAAGGCAGaaaa < 1:285666/149‑1 (MQ=255) gcgcTCCGACTTGATCACCAGCACCTTGTCGATCAACGGTTGCATGGCTTGCTGCGAAGGCGAGGGAGTTTGCGCTGCCGGCGCGGGCTTGCGGATGATGGTTTCGGTGAAGGCCGCCTGGGACACCGAGGTAACGCAAAGGCAGaaaa < 2:15803/149‑1 (MQ=255) tCCGACTTGATCACCAGCACCTTGTCGATCAACGGTTGCATGGCTTGCTGCGAAGGCGAGGGAGTTTGCGCTGCCGGCGCGGGCTTGCGGATGATGGTTTCGGTGAAGGCCGCCTGGGACACCGAGGTAACGCaa < 2:114838/135‑1 (MQ=255) tCCGACTTGATCACCAGCACCTTGTCGATCAACGGTTGCATGGCTTGCTGCGAAGGCGAGGGAGTTTGCGCTGCCGGCGCGGGCTTGCGGATGATGGTTTCGGTGAAGGCCGCCTGGGACACCGAGGTAACGCaa > 1:114838/1‑135 (MQ=255) gACTTGATCACCAGCACCTTGTCGATCAACGGTTGCATGGCTTGCTGCGAAGGCGAGGGAGTTTGCGCTGCCGGCGCGGGCTTGCGGATGATGGTTTCGGTGAAGGCCGCCTGGGACACCGAGGTAACGCAAAGGCAGAAAAGGgcaag < 3:41867/149‑1 (MQ=255) cTTGATCGCCAGCACCTTGTCGATCAACGGTTGCATGGCTTGCTGCGAAGGCGAGGGAGTTTGCGCTGCCGGCGCGGGCTTGCGGATGATGGTTTCGGTGAAGGCCGCCTGGGACACCGAGGTAACg > 6:98623/1‑127 (MQ=255) cTTGATCGCCAGCACCTTGTCGATCAACGGTTGCATGGCTTGCTGCGAAGGCGAGGGAGTTTGCGCTGCCGGCGCGGGCTTGCGGATGATGGTTTCGGTGAAGGCCGCCTGGGACACCGAGGTAACg > 6:103319/1‑127 (MQ=255) cTTGATCGCCAGCACCTTGTCGATCAACGGTTGCATGGCTTGCTGCGAAGGCGAGGGAGTTTGCGCTGCCGGCGCGGGCTTGCGGATGATGGTTTCGGTGAAGGCCGCCTGGGACACCGAGGTAACg < 5:98623/127‑1 (MQ=255) cTTGATCGCCAGCACCTTGTCGATCAACGGTTGCATGGCTTGCTGCGAAGGCGAGGGAGTTTGCGCTGCCGGCGCGGGCTTGCGGATGATGGTTTCGGTGAAGGCCGCCTGGGACACCGAGGTAACg < 5:103319/127‑1 (MQ=255) ttGATCACCAGCACCTTGTCGATCAACGGTTGCATGGCTTGCTGCGAAGGCGAGGGAGTTTGCGCTGCCGGCGCGGGCTTGCGGATGATGGTTTCGGTGAAGGCCGCCTGGGACACCGAGGTAACGCAAAGGCAGAAAAGGgcaagcaa > 8:87589/1‑149 (MQ=255) aTCACCAGCACCTTGTCGATCAACGGTTGCATGGCTTGCTGCGAAGGCGAGGGAGTTTGCGCTGCCGGCGCGGGCTTGCGGATGATGGTTTCGGTGAAGGCCGCCTGGGACACCGAGGTAACGCAAAGGCAGAAAAGGGCAAGCAAcc < 6:122735/148‑1 (MQ=255) tCACCAGCACCTTGTCGATCAACGGTTGCATGGCTTGCTGCGAAGGCGAGGGAGTTTGCGCTGCCGGCGCGGGCTTGCGGATGATGGTTTCGGTGAAGGCCGCCTGGGACACCGAGGTAACGCAAAGGCAGAAAAGGGCAAGCAACCAg > 2:55163/1‑149 (MQ=255) aCCAGCACCTTGTCGATCAACGGTTGCATGGCTTCCTGCGAAGGCGAGGGAGTTTGCGCTGCCGGCGAGGGCTTGCGGATGATGGTTTCGGTGAAGGCCGCCTGGGACACCGAGGTAACGCAAAGGCAGAAAAGGGCAAGCAACCAgcg > 6:32207/1‑149 (MQ=255) | CCAGTCCAGCCAGTACAAGCCCTCGGGGGTTTTCTTGTCGCCTTCGCGTTCCTTGGCGCCCTTGGGCTGCTTGC‑CCAGCGAGATGCGGTAGGTTTTCAGCGGCTCGCCGCGGCTGATCAACTGCAGGCGGCGCTCCGACTTGATCACCAGCACCTTGTCGATCAACGGTTGCATGGCTTGCTGCGAAGGCGAGGGAGTTTGCGCTGCCGGCGCGGGCTTGCGGATGATGGTTTCGGTGAAGGCCGCCTGGGACACCGAGGTAACGCAAAGGCAGAAAAGGGCAAGCAACCAGCG > NC_002947/1658897‑1659190 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |