Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,715,647 | T→C | 7.8% | V198A (GTG→GCG) | PP_1510 → | carboxyvinyl‑carboxyphosphonate phosphorylmutase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,715,647 | 0 | T | C | 7.8% | 138.4 / 2.8 | 51 | V198A (GTG→GCG) | PP_1510 | carboxyvinyl‑carboxyphosphonate phosphorylmutase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (22/25); new base C (2/2); total (24/27) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.16e-01 |
TTCACCTTGTGCGCCCGGGCAGAAAACCTGCTGCACGGACGCATGGACCTCGACGACACCATCCTGCGCCTGCAAGCCTATGCCGAAGCCGGTGCCGACGTGCTCTACGCCCCCGGGCTGCGCACCGTGGAGGAAGTCCGTGCCGTGGTGCAGGCAGTCGCACCGCGCCCTGTGAATGTGCTGATGGGCATGGCGGGCGTGCCGCTGAGCGTCAACCAGTTGCAGGACCTGGGCGTGCGCCGCGTCAGCGTTGGCTCGTCGCTGGCCCGTGCTGCACTCGGGGCCTTCTAC > NC_002947/1715502‑1715792 | ttCACCTTGTGCGCCCGGGCAGAAAACCTGCTGCACGGACGCATGGACCTCGACGACACCATCCTGCGCCTGCAAGCCTATGCCGAAGCCGGTGCCGACGTGCTCTACGCCCCCGGGCTGCGCACCGTGGAGGAAGTCCGTGCCgtggt < 2:148692/149‑1 (MQ=255) aCCTTGTGCGCCCGGGCAGAAAACCTGCTGCACGGACGCATGGACCTCGACGACACCATCCTGCGCCTGCAAGCCTATGCCGAAGCCGGTGCCGACGTGCTCTACGCCCCCGGGCTGCGCACCGTGGAGGAAGTCCGTGTCGTGGTgca < 4:225743/149‑1 (MQ=255) aCCTAGTGCGCCCGGGCAGAAAACCTGCTGCACGGACGCATGGACCTCGACGACACCATCCTGCGCCTGCAAGCCTATGCCGAAGCCGGTGCCGACGTGCTCTACGCCCCCGGGCTGCGCACCGTGGAGGAAGTCCGTGCCgtggtg > 3:285824/1‑147 (MQ=255) ccTTGTGCGCCCGGGCAGAAAACCTGCTGCACGGACGCATGGACCTCGACGACACCATCCTGCGCCTGCAAGCCTATGCCGAAGCCGGTGCCGACGTGCTCTACGCCCCCGGGCTGCGCACCGTGGAGGAAGTCCGTGCCGTGGTgcag > 7:118588/1‑149 (MQ=255) cTTGTGCGCCCGGGCAGAAAACCTGCTGCACGGACGCATGGACCTCGACGACACCATCCTGCGCCTGCAAGCCTATGCCGAAGCCGGTGCCGACGTGCTCTACGCCCCCGGGCTGCGCACCGTGGAGGAAGTCCGTGCCGTGGTgcagg > 5:271187/1‑149 (MQ=255) tgtgCGCCCGGGCAGAAAACCTGCTGCACGGACGCATGGACCTCGACGACACCATCCTGCGCCTGCAAGCCTATGCCGAAGCCGGTGCCGACGTGCTCTACGCCCCCGGGCTGCGCACCGTGGAGGAAGTCCGTGCCGTGGTgcagg > 2:195433/1‑147 (MQ=255) tgCGCCCGGGCAGAAAACCTGCTGCACGGACGCATGGACCTCGACGACACCATCCTGCGCCTGCAAGCCTATGCCGAAGCCGGTGCCGACGTGCTCTACGCCCCCGGGCTGCGCACCGTGGAGGAAGTCCGTGCCGTGGTgcaggcag < 8:217453/148‑1 (MQ=255) tgCGCCCGGGCAGAAAACCTGCTGCACGGACGCATGGACCTCGACGACACCATCCTGCGCCTGCAAGCCTATGCCGAAGCCGGTGCCGACGTGCTCTACGCCCCCGGGCTGCGCACCGTGGAGGAAGTCCGTGCCGTGGTGCAGGCAGt < 5:321226/149‑1 (MQ=255) ggCAGAAAACCTGCTGCACGGACGCATGGACCTCGACGACACCATCCTGCGCCTGCAAGCCTATGCCGAAGCCGGTGCCGACGTGCTCTACGCCCCCGGGCTGCGCACCGTGGAGGAAGTCCGTGCCGTGGTGCAGGCAGTCGCACcgc < 7:286513/149‑1 (MQ=255) aaaCCTGCTTCACGGACGCATGGACCTCGACGACAAAATCCTGCGACTGCAAGCCTATGCCGAAGCCGGTGCCGACGTGCTCTACGCCCCAGGGCTGCGCACCGTGGAGGAAGTACGTGCCGTGGTGCATGCAGTCGCACCGCGCCCtg > 2:275385/1‑149 (MQ=255) tgcACGGACGCATGGACCTCGACGACACCATCCTGCGCCTGCAAGCCTATGCCGAAGCCGGTGCCGACGTGCTCTACGCCCCCGGGCTGCGCACCGTGGAGGAAGTCCGTGCCGTGGTGCAGGCAGTCGCACCGCGCCCTGTGAAtgtg > 6:225648/1‑149 (MQ=255) cACGGACGCATGGACCTCGACGACCCCATCCTGCGCCTGCAAGCCTATGCCGAAGCCGGTGCCGACGTGCTCTACGCCCCCGGGCTGCGCACCGTGGAGGAAGTCCGTGCCGTGGTGCAGGCAGTCGCACCGCGCCCTGTGAATGTGCt < 3:26823/149‑1 (MQ=255) cACGGACGCATGGACCTCGACGACACCATCCTGCGCCTGCAAGCCTATGCCGAAGCCGGTGCCGACGTGCTCTACGCCCCCGGGCTGCGCACCGTGGAGGAAGTCCGTGCCGTGGTGCAGGCAGTCGCACCGCGCCCTGTGAATGTGc < 5:225648/148‑1 (MQ=255) cGCATGGACCTCGACGACACCATCCTGCGCCTGCAAGCCTATGCCGAAGCCGGTGCCGACGTGCTCTACGCCCGCGGGCTGCGCACCGTGGAGGAAGTCCGTGCCGTGGTGCAGGCAGTCGCACCGCTCCCTGTGAATGTGCTGATggg < 1:275385/149‑1 (MQ=255) aTGGACCTCGACGACACCATCCAGCGCCTGCAAGCCTATGCCGAAGCCGGTGCCGACGTGCTCTACGCCCCCGGGCTGCGCACCGTGGAGGAAGTCCGTGCCGTGGTGCAGGCAGTCGCACCGCGCCCTGTGAATGTGCTGATGGGCAt > 1:29425/1‑149 (MQ=255) tCGACGACACCATCCTGCGCCTGCAAGCCTATGCCGAAGCCGGTGCCGACGTGCTCTACGCCCCCGGGCTGCGCACCGTGGAGGAAGTCCGTGCCGTGGTGCAGGCAGTCGCACCGCGCCCTGTGAATGTGCTGACGGGCATggcgggc > 1:195280/1‑149 (MQ=255) gacgacACCATCCTGCGCCTGCAAGCCTATGCCGAAGCCGGTGCCGACGTGCTCTACGCCCCCGGGCTGCGCACCGTGGAGGAAGTCCGTGCCGTGGTGCAGGCAGTCGCACCGCGCCCTGTGAATGTGCTGATGGGCATggcgggc < 4:285824/147‑1 (MQ=255) acacCATCCTGCGCCTGCAAGCCTATGCCGAAGCCGGTGCCGACGTGCTCTACGCCCCCGGGCTGCGCACCGTGGAGGAAGTCCGTGCCGTGGTGCAGGCAGTCGCACCGCGCCCTGTGAATGTGCTGATGGGCATGGCGGGCGTGCCg < 5:38315/149‑1 (MQ=255) cATCCTGCGCCTGCAAGCCTATGCCGAAGCCGGTGCCGACGTGCTCTACGCCCCCGGGCTGCGCACCGTGGAGGAAGTCCGTGCCGTGGTGCAGGCAGTCGCACCGCGCCCTGTGAATGTGCTGATGGGCATGGCGGGCGTGCCGCt > 7:101636/1‑147 (MQ=255) cATCCTGCGCCTGCAAGCCTATGCCGAAGCCGGTGCCGACGTGCTCTACGCCCCCGGGCTGCGCACCGTGGAGGAAGTCCGTGCCGTGGTGCAGGCAGTCGCACCGCGCCCTGTGAATGTGCTGATGGGCATGGCGGGCGTGCCGCTGa < 4:268560/149‑1 (MQ=255) tCCTGCGCCTGCAAGCCTATGCGGAAGCCGGTGCCGACGTGCTCTACGCCCCCGGGCTGCGCACCGTGGAGGAAGTGCGTGCCGTGGTGCAGGCAGTCGCACCGCGCCCTGTGAATGTGCTGATGGGCATGGCGGGCGTGCCGCTGAGc < 8:118588/149‑1 (MQ=255) cgcCTGCAAGCCTATGCCGAAGCCGGTGCCGACGTGCTCTACGCCCCCGGGCTGCGCACCGTGGAGGAAGTCCGTGCCGTGGTGCAGGCAGTCGCACCGCGCCCTGTGAATGTGCTGATGGGCATGGCGGGCGTGCCGCTGAGCGTc < 1:195433/147‑1 (MQ=255) cgcCTGCAAGCCTATGCCGAAGCCGGTGCCGACGTGCTCTACGCCCCCGGGCTGCGCACCGTGGAGGAAGTCCGTGCCGTGGTGCAGGCAGTCGCACCGCGCCCTGTGAATGTGCTGATGGGCATGGCGGGCGTGCCGCTGAGCGTCaa < 1:40994/149‑1 (MQ=255) tGCAAGCCTATGCCGAAGCCGGTGCCGACGTGCTCTACGCCCCCGGGCTGCGCACCGTGGAGGAAGTCCGTGCCGTGGTGCAGGCAGTCGCACCGCGCCCTGTGAATGTGCTGATGGGCATGGCGGGCGTGCCGCTGAGCGTCAACCAg > 8:229236/1‑149 (MQ=255) gCAAGCCTATGCCGAAGCCGGTGCCGACGTGCTCTACGCCCCCGGGCTGCGCACCGTGGAGGAAGTCCGTGCCGTGGTGCAGGCAGTCGCACCGCGCCCTGTGAATGTGCTGATGGGCATGGCGGGCGTGCCGCTGAGCGACAAc > 8:129878/1‑145 (MQ=255) gCCTATGCCGAAGCCGGTGCCGACGTGCTCTACGCCCCCGGGCTGCGCACCGTGGAGGAAGTCCGTGCCGTGGTGCAGGCAGTCGCACCGCGCCCtgt > 1:282199/1‑98 (MQ=255) gCCTATGCCGAAGCCGGTGCCGACGTGCTCTACGCCCCCGGGCTGCGCACCGTGGAGGAAGTCCGTGCCGTGGTGCAGGCAGTCGCACCGCGCCCtgt < 2:282199/98‑1 (MQ=255) tGCCGAAGCCGGTGCCGACGTGCTCTACGCCCCCGGGCTGCGCACCGTGGAGGAAGTCCGTGCCGTGGTGCAGGCAGTCGCACCGCGCCCTGTGAATGTGCTGATGGGCATGGCGGGCGTGCCGCTGAGCGTCAACCAGTTGCAGGAcc < 6:271187/149‑1 (MQ=255) cGAAGCCGGTGCCGACGTGCTCTACGCCCCCGGGCTGCGCACCGTGGAGGAAGTCCGTGCCGTGGTGCAGGCAGTCGCACCGCGCCCTGTGAATGTGCTGATGGGCATGGCGGGCGTGCCGCTGAGCGTCAACCAGTTGCAGGACCTgg > 6:23519/1‑149 (MQ=255) gCCGGTGCCGACGTGCTCTACGCCCCCGGGCTGCGCACCGTGGAGGAAGTCCGTGCCGTGGTGCAGGCAGTCGCACCGCGCCCTGTGAATGTGCTGACGGGCATGGCGGGCGTGCCGCTGAGCGTCAACCAGTTGCAGGACCTGGGCGt < 2:195280/149‑1 (MQ=255) cGGTGCCGACGTGCTCTACGCCCCCGGGCTGCGCACCGTGGAGGAAGTCCGTGCCGTGGTGCAGGCAGTCGCACCGCGCCCTGTGAATGTGCTGATGGGCATGGCGGGCGTGCCGCTGAGCGGCAACCAGTTGCAGGACCTGGGCGTgc > 2:88186/1‑149 (MQ=255) gTGCTCTACGCCCCCGGGCTGCGCACCGTGGAGGAAGTCCGTGCCGTGGTGCAGGCAGTCGCACCGCGCCCTGTGAATGTGCTGATGGGCATGGCGGGCGTGCCGCTGAGCGTCAACCAGTTGCAGGACCTGGGCGTGCGCCGCGTCAg > 4:21170/1‑149 (MQ=255) tACGCCCCCGGGCTGCGCACCGTGGAGGAAGTCCGTGCCGTGGTGCAGGCAGTCGCACCGCGCCCTGTGAATGTGCTGATGGGCATGGCGGGCGTGCCGCTGAGCGTCAACCAGTTGCAGGACCTGGGCTTGCGCCGCGTCAGCGTTgg > 8:284232/1‑149 (MQ=255) tACGCCCCCGGGCTGCGCACCGTGGAGGAAGTCCGTGCCGTGGTGCAGGCAGTCGCACCGCGCCCTGTGAATGTGCTGATGGGCATGGCGGGCGTGCCGCTGAGCGTCAACCAGTTGCAGGACCTGGGCGTGCGCCGCGTCAGCGtt < 2:29425/147‑1 (MQ=255) tACGCCCCCGGGCTGCGCACCGTGGAGGAAGTCCGTGCCGTGGTGCAGGCAGTCGCACCGCGCCCTGTGAATGTGCTGATGGGCATGGCGGGCGTGCCGCTGAGCGTCAACCAGTTGCAGGACCTGGGCGTGCGCCGCGTCAGCGtt < 7:229236/147‑1 (MQ=255) tACGCCCCCGGGCTGCGCACCGTGGAGGAAGTCCGTGCCGCGGTGCAGGCAGTCGCACCGCGCCCTGTGAATGTGCTGATGGGCATGGCGGGCGTGCCGCTGAGCGTCAACCAGTTGCAGGACCTGGGCGTGCGCCGCGTCAGCGTTgg > 5:107941/1‑149 (MQ=255) cGCCCCCGGGCTGCGCACCGTGGAGGAAGTCCGTGCCGTGGTGCAGGCAGTCGCACCGCGCCCTGTGAATGTGCTGATGGGCATGGCGGGCGTGCCGCTGAGCGTCAACCAGTTGCAGGACCTGGGCGTGCGCCGCGTCAGCGt < 4:216803/144‑1 (MQ=255) cGCCCCCGGGCTGCGCACCGTGGAGGAAGTCCGTGCCGTGGTGCAGGCAGTCGCACCGCGCCCTGTGAATGTGCTGATGGGCATGGCGGGCGTGCCGCTGAGCGTCAACCAGTTGCAGGACCTGGGCGTGCGCCGCGTCAGCGt > 3:216803/1‑144 (MQ=255) cccccGGGCTGCGCACCGTGGAGGAAGTCCGTGCCGTGGTGCAGGCAGTCGCACCGCGCCCTGTGAATGTGCTGATGGGCATGGCGGGCGTGCCGCTGAGCGTCAACCAGTTGCAGGACCTGGGCGTGCGCCGCGTCAGCGTTGGCtcg > 1:4007/1‑149 (MQ=255) ccccGGGCTGCGCACCGTGGAGGAAGTCCGTGCCGTGGTGCAGGCAGTCGCACCGCGCCCTGTGAATGTGCTGATGGGCATGGCGGGCGTGCCGCTGAGCGTCAACCAGTTGCAGGACCTGGGCGTGCGCCGCGTCAGCGTTGGCtcgt > 4:183165/1‑149 (MQ=255) cccGGGCTGCGCACCGTGGAGGAAGTCCGTGCCGTGGTGCAGGCAGTCGCACCGCGCCCTGTGAATGTGCTGATGGGCATGGCGGGCGTGCCGCTGAGCGTCAACCAGTTGCAGGACCTGGGCGTGCGCCGCGTCAGCGTTGGc > 6:72788/1‑144 (MQ=255) cccGGGCTGCGCACCGTGGAGGAAGTCCGTGCCGTGGTGCAGGCAGTCGCACCGCGCCCTGTGAATGTGCTGATGGGCATGGCGGGCGTGCCGCTGAGCGTCAACCAGTTGCAGGACCTGGGCGTGCGCCGCGTCAGCGTTGGc < 5:72788/144‑1 (MQ=255) gcACCGTGGAGGAAGTCCGTGCCGCGGTGCAGGCAGTCGCACCGCGCCCTGTGAATGTGCTGATGGGCATGGCGGGCGTGCCGCTGAGCGTCAACCAGTTGCAGGACCTGGGCGTGCGCCGCGTCAGCGTTGGCTCGTCGCTGGCCCGt > 8:74579/1‑149 (MQ=255) cGTGGAGGAAGTCCGTGCCGTGGTGCAGGCTGTCGCACCGCGCCCTGTGAATGTGCTGATGGGCATGGCGGGCGTGCCGCTGAGCGTCAACCAGtt > 1:27020/1‑96 (MQ=255) cGTGGAGGAAGTCCGTGCCGTGGTGCAGGCAGTCGCACCGCGCCCTGTGAATGTGCTGATGGGCATGGCGGGCGTGCCGCTGAGCGTCAACCAGtt < 2:27020/96‑1 (MQ=255) tGGAGGAAGTCCGTGCCGTGGTGCAGGCAGTCGCACCGCGCCCTGTGAATGTGCTGATGGGCATGGCGGGCGTGCCGCTGAGCGTCAACCAGTTGCAGGACCTGGGCGTGCGCCGCGTCAGCGTTGGCTCGTCGCTGGCCCGTGCTGCa < 8:101636/149‑1 (MQ=255) aggaAGTCCGTGCCGCGGTGCAGGCAGTCGCACCGCGCCCTGTGAATGTGCTGATGGGCATGGCGGGCGTGCCGCTGAGCGTCAACCAGTTGCAGGACCTGGGCGTGCGCCGCGTCAGCGTTGGCTCGTCGCTGGCCCGTGCTGCACTc < 6:107941/149‑1 (MQ=255) ggaAGTCCGTGCCGTGGTGCAGGCAGTCGCACCGCGCCCTGTGAATGTGCTGATGGGCATGGCGGGCGTGCCGCTGAGCGTCAACCAGTTGCAGGACCTGGGCGTGCGCCGCGTCAGCGTTGGCTCGTCGCTGGCCCGtgct > 7:305256/1‑142 (MQ=255) ggaAGTCCGTGCCGTGGTGCAGGCAGTCGCACCGCGCCCTGTGAATGTGCTGATGGGCATGGCGGGCGTGCCGCTGAGCGTCAACCAGTTGCAGGACCTGGGCGTGCGCCGCGTCAGCGTTGGCTCGTCGCTGGCCCGtgct < 8:305256/142‑1 (MQ=255) gTCCGTGCCGTGGTGCAGGCAGTCGCACCGCGCCCTGTGAATGTGCTGATGGGCATGGCGGGCGTGCCGCTGAGCGTCAACCAGTTGCAGGACCTGGGCGTGCGCCGCGTCAGCGTTGGCTCGTCGCTGGCCCGTGCTGCACTCggg > 7:280267/1‑147 (MQ=255) gTCCGTGCCGTGGTGCAGGCAGTCGCACCGCGCCCTGTGAATGTGCTGATGGGCATGGCGGGCGTGCCGCTGAGCGTCAACCAGTTGCAGGACCTGGGCGTGCGCCGCGTCAGCGTTGGCTCGTCGCTGGCCCGTGCTGCACTCggg < 8:280267/147‑1 (MQ=255) gTCCGTGCCGTGGTGCAGGCAGTCGCACCGCGCCCTGTGAAGGTGCTGATGGGCATGGCGGGCGTGCCGCTGAGCGTCAACCAGTTGCAGGACCTGGGCGTGCGCCGCGTCAGCGTTGGCTCGTCGCTGGCCCGTGCTGCACTCGGGGc < 6:105967/149‑1 (MQ=255) tCCGTGCCGCGGTGCAGGCAGTCGCACCGCGCCCTGTGAATGTGCTGATGGGCATGGCGGGCGTGCCGCTGAGCGTCAACCAGTTGCAGGACCTGGGCGTGCGCCGCGTCAGCGTTGGCTCGTCGCTGGCCCGTGCTGCACTCGGGGcc < 7:74579/149‑1 (MQ=255) cgtgGTGCAGGCAGTCGCACCGCGCCCTGTGAATGTGCTGATGGGCATGGCGGGCGTGCCGCTGAGCGTCAACCAGTTGCAGGACCTGGGCGTgcgc > 3:207061/1‑97 (MQ=255) cgtgGTGCAGGCAGTCGCACCGCGCCCTGTGAATGTGCTGATGGGCATGGCGGGCGTGCCGCTGAGCGTCAACCAGTTGCAGGACCTGGGCGTgcgc < 4:207061/97‑1 (MQ=255) cgtgGTGCAGGCAGTCGCACCGCGCCCTGTGAATGTGCTGATGGGCATGGCGGGCGTGCCGCTGAGCGTCAACCAGTTGCAGGACCTGGGCGTGCGCCGCGTCAGCGTTGGCTCGTCGCTGGCCCGTGCTGCACTCGGGGCCTTCTAc > 7:14552/1‑148 (MQ=255) | TTCACCTTGTGCGCCCGGGCAGAAAACCTGCTGCACGGACGCATGGACCTCGACGACACCATCCTGCGCCTGCAAGCCTATGCCGAAGCCGGTGCCGACGTGCTCTACGCCCCCGGGCTGCGCACCGTGGAGGAAGTCCGTGCCGTGGTGCAGGCAGTCGCACCGCGCCCTGTGAATGTGCTGATGGGCATGGCGGGCGTGCCGCTGAGCGTCAACCAGTTGCAGGACCTGGGCGTGCGCCGCGTCAGCGTTGGCTCGTCGCTGGCCCGTGCTGCACTCGGGGCCTTCTAC > NC_002947/1715502‑1715792 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |