Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,738,373 | T→G | 8.2% | K274Q (AAG→CAG) | PP_1532 ← | putative Phage integrase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,738,373 | 0 | T | G | 8.2% | 134.3 / 2.5 | 46 | K274Q (AAG→CAG) | PP_1532 | putative Phage integrase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (19/23); new base G (2/2); total (21/25) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
TTGGAGGGCTGGCCCCCAGGTCGAGGCCAAGTTTCACTGCAGCCCGGTCACGGGCCGCGGCGAACTCTTTGCTGATTGTGTCGAGCATGATGGGAGATCCCGCCTTCGCGCGGCTGATTGTCCGGTGGTGGTGCACCAGGTGCTTTGACAGCACCCGATCGCGGCAACGCCGTATCACTTCACCCAAGCTCAGGCTGATGCATTCCAGCGTTACGCTGGTGCTGATCCTTAGCCTGGCCCCCGTCTTCGATTGGACGACCTGCAGGAATCCGTCCACCTCATCCCGGAAAAC > NC_002947/1738229‑1738520 | ttGGAGGGCTGGCCCCCAGGTCGAGGCCAAGTTTCACTGCAGCCCGGTCACGGGCCGCGGCGAACTCTTTGCTGATTGTGTCGAGCATGATGGGAGATCCCGCCTTCGCGCGGCTGATTGTCCGGTGGTGGTGCACCAGGTGCTTTGAc < 6:34668/149‑1 (MQ=255) tGGAGGGCTGGCCCCCAGGTCGAGGCCAAGTTTCACTGCAGCCCGGTCACGGGCCGCGGCGAACTCTTTGCTGATTGTGTCGAGCATGATGGGAGATCCCGCCTTCGCGCGGCTGATTGTCCGGTGGTGGTGCACCAGGTGCTTTGa > 6:101986/1‑147 (MQ=255) ggAGGGCTGGCCCCCAGTGCGAGGCCAAGTTTCACTGCAGCCCGTTCACGGGCCGCGGCGAACACTTTGCTGATTGTGTTGAGCATGATGGGAGATCCCGCCTTCGCGCGGCTGATTGTCCGGTGGTGGTGCACCAGGTGCTTTGACa < 6:258352/148‑1 (MQ=255) ggAGGGCTGGCCCCCAGGTCGAGGCCAAGTTTCACTGCAGCCCGGTCACGGGCCGCGGCGAACTCTTTGCTGATTGTGTCGAGCATGATGGGAGATCCCGCCTTCGCGCGGCTGATTGTCCGGTGGTGGTGCACCAGGTGCTTTGACa < 2:177398/148‑1 (MQ=255) gCCCCCAGGTCGAGGCCAAGTTTCACTGCAGCCCGGTCACGGGCCGCGGCGAACTCTTTGCTGATTGTGTCGAGCATGATGGGAGATCCCGCCTTCGCGCGGCTGATTGTCCGGTGGTGGTGCACCAGGTGCTGTCAAAGCAcctgg < 2:123810/147‑4 (MQ=255) cccAGGTCGAGGCCAAGTTTCACTGCAGCCCGGTAACGGGCCGCGGCTAACTCTTTGATGATTGTGTCGAGCATGATGGGAGATCCCGCCTTCGCGCGGCTGATTGTCCGGTGGTGGTGCACCAGGTGCTTTGACAGCACCCGATcgcg < 4:9359/149‑1 (MQ=255) accAGGTCGAGGCCAAGTTTCACTGCAGCCCGGTCACGGGCCGCGGCGAACTCTTTGCTGATTGTGTCGAGCATGATGGGAGATCCCGCCTTCGCGCGGCTGATTGTCCGGTGGTGGTGCACCAGGTGCTTTGACAGCACCCGATcgcg < 2:325461/148‑1 (MQ=255) cAGGTCGAGGCCAAGTTTCACTGCAGCCCGGTCACGGGCCGCGGCGAACTCTTTGCTGATTGTGTCGAGCATGATGGGAGATCCCGCCTTCGCGCGGCTGATTGTCCGGTGGTGGTGCACCAGGTGCTTTGACAGCACCCGATCGCGGc < 3:152002/149‑1 (MQ=255) gCCAAGTTTCACTGCAGCCCGGTCACGGGCCGCGGCGAACTCTTTGCTGATTGTGTCGAGCATGATGGGAGATCCCGCCTTCGCGCGGCTGATTGTCCGGTGGTGGTGCACCAGGTGCTTTGACa > 6:146654/1‑125 (MQ=255) gCCAAGTTTCACTGCAGCCCGGTCACGGGCCGCGGCGAACTCTTTGCTGATTGTGTCGAGCATGATGGGAGATCCCGCCTTCGCGCGGCTGATTGTCCGGTGGTGGTGCACCAGGTGCTTTGACa < 5:146654/125‑1 (MQ=255) gCCAAGTTTCACTGCAGCCCGGTCACGGGCCGCGGCGAACTCTTTGCTGATTGTGTCGAGCATGATGGGAGATCCCGCCTTCGCGCGGCTGATTGTCCGGTGGTGGTGCACCAGGTGCTTTGACAGCACCCGATCGCGGCAACGCCGTa > 6:305320/1‑149 (MQ=255) cAAGTTTCACTGCAGCCCGGTCACGGGCCGCGGCGAACTCTTTGCTGATTGTGTCGAGCATGATGGGAGATCCCGCCTTCGCGCGGCTGATTGTCCGGTGGTGGTGCACCAGGTGCTTTGACAGCACCCGATCGCGGCAACGCCGTAt > 2:116497/1‑148 (MQ=255) gTTTCACTGCAGCCCGGTCACGGGCCGCGGCGAACTCTTTGCTGATTGTGTCGAGCATGATGGGAGATCCCGCCTTCGCGCGGCTGATTGTCCGGTGGTGGTGCACCAGGTGCTTTGACAGCACCCGATCGCGGCAACGCCGTATCACt > 8:3438/1‑149 (MQ=255) cccGGTCACGGGCCGCGGCGAACTCTTTGCTGATTGTGTCGAGCATGATGGGAGATCCCGCCTTCGCGCGGCTGATTGTCCGGTGGTGGTGCACCAGGTGCTTTGACAGCACCCGATCGCGGCAACGCCGTATCACTTCACCCAAGCt > 4:58433/1‑148 (MQ=255) cGGTCACGGGCCGCGGCGAACTCTTTGCTGATTGTGTCGAGCATGATGGGAGATCCCGCCTTCGCGCGGCTGATTGTCCGGTGGTGGTGCACCAGGTGCTTTGACAGCACCCGATCGCGGCAACGCCGTATCACTTCACCCAAGCTCAg < 4:159174/149‑1 (MQ=255) tCACGGGCCGCGTCGAACTCTTTGCTGATTGTGTCGAGCATGATGGGAGATCCCGCCTTCGCGCGGCTGATTGTCCGGTTGTGGTGCAACAGGTGCTTTGACAGCACCCGATCGCGGCAACGCCGTATCACTTCACCCaa < 7:280400/140‑1 (MQ=255) tCACGGGCCGCGGCGAACTCTTTGCTGATTGTGTCGAGCATGATGGGAGATCCCGCCTTCGCGCGGCTGATTGTCCGGTGGTGGTGCACCAGGTGCTTTGACAGCACCCGATCTCGGCCACGCCGTATAACTTCACCCaa > 8:280400/1‑140 (MQ=255) aCGGGCCGCGGCGAACTCTTTGCTGATTGTGTCGAGCATGATGGGAGATCCCGCCTTCGCGCGGCTGATTGTCCGGTGGTGGTGCACCAGGTGCTTTGACAGCACCCGATCGCGGCAACGCCGTATCACTTCACCCAAGCTCAGGCTGa < 5:305320/149‑1 (MQ=255) ggCCGCGGCGAACTCTTTGCTGATTGTGTCGAGCATGATGGGAGATCCCGCCTTCGCGCGGCTGATTGTCCGGTGGTGGTGCACCAGGTGCTTTGACAGCACCCGATCGCGGCAACGCCGTATCACTTCACCCAAGCTCAGGCTGATGc < 5:101986/149‑1 (MQ=255) aaCTCTTTGCTGATTGTGTCGAGCATGATGGGAGATCCCGCCTTCGCGCGGCTGATTGTCCGGTGGTGGTGCACCAGGTGCTTTGACAGCACCCGATCGCGGCAACGCCGTATCACTTCACCCAAGCTCAGGCTGATGCATTCCAGCGt > 4:136499/1‑149 (MQ=255) tttGCTGATTGTGTCGAGCATGATGGGAGATCCCGCCTTCGCGCGGCTGATTGTCCGGTGGTGGTGCACCAGGTGCTTTGACAGCACCCGATCGCGGCAACGCCGTATCACTTCACCCAAGCTCAGGCTGATGCATTCCAGCGTTACGc > 5:50165/1‑149 (MQ=255) gCTGATTGTGTCGAGCATGATGGGAGATCCCGCCTTCGCGCGGCTGATTGTCCGGTGGTGGTGCACCAGGTGCTTTGACAGCACCCGATCGCGGCAACGCCGTATCACTTCACCCAAGCTCAGGCTGATGCATTCCAGCGTTACGCTgg > 6:187206/1‑149 (MQ=255) tGATTGTGTCGAGCATGATGGGAGATCCCGCCTTCGCGCGGCTGATTGTCCGGTGGTGGTGCACCAGGTGCTTTGACAGCTCCCGATCGCGGCAACGCCGTATCACTTCCCCCAAGCTCAGGCTGATGCATTCAAGCGTTACGCTGGTg > 8:288442/1‑149 (MQ=255) gATTGTGTCGAGCATGATGGGAGATCCCGCCTTCGCGCGGCTGATTGTCCGGTGGTGGTGCACCAGGTGCTTTGACAGCACCCGATCGCGGCAACGCCGTATCACTTCACCCAAGCTCAGGCTGATGCATTCCAGCGTTACGCTGGTGc > 4:269556/1‑149 (MQ=255) gAGCATGATGGGAGATCCCGCCTTCGCGCGGCTAATTGTCCGGTGGTGGTGCACCAGGTGCTTTGACAGCACCCGATCGCGGCAACGCCGTATCACTTCACCCAAGCTCAGGCTGATGCATTCCAGCGTTACGCTGGTGCTGATCCTTa < 4:299550/149‑1 (MQ=255) atgGGAGATCCCGCCTTCGCGCGGCTGATTGTCCGGTGGTGGTGCACCAGGTGCTTTGACAGCACCCGATCGCGGCAACGCCGTATCACTTCACCCAAGCTCAGGCTGATGCATTCCAGCGTTACGCTGGTGCTGATCCTTAGCCTGGc < 3:151361/149‑1 (MQ=255) ggAGATCCCGCCTTCGCGCGGCTGATTGTCCGGTGGTGGTGCACCAGGTGCTTTGACAGCACCCGATCGCGGCAACGCCGTATCACTTCACCCAAGCTCAGGCTGATGCATTCCAGCGTTACGCTGGTGCTGATCCTTAGCCTGGccc < 5:187206/148‑1 (MQ=255) gagaTCCCGCCTTCGCGCGGCTGATTGTCCGGTGGTGGTGCACCAGGTGCTTTGACAGCACCCGATCGCGGCAACGCCGTATCACTTCACCCAAGCTCAGGCTGATGCATTCCa < 8:222262/114‑1 (MQ=255) gagaTCCCGCCTTCGCGCGGCTGATTGTCCGGTGGTGGTGCACCAGGTGCTTTGACAGCACACGATCGCGGCAACGCCGTATCACTTCACCCAAGCTCAGGCTGATGCATTCCa > 7:222262/1‑114 (MQ=255) aTCCCGCCTTCGCGCGGCTGATTGTCCGGTGGTGGTGCACCAGGTGCTTTGACAGCACCCGATCGCGGCAACGCCGTATCACTTCACCCAAGCTCAGGCTGATGCATTCCAGCGTTACGCTGGTGCTGATCCTTAGCCTGGCCCCCGTc < 3:269556/149‑1 (MQ=255) cGCCTTCGCGCGGCTGATTGTCCGGTGGTGGTGCACCAGGTGCTTTGACAGCACCCGATCGCGGCAACGCCGTATCACTTCACCCAAGCTCAGGCTGATGCATTCCAGCGTTACGCTGGTGCTGATCCTTAGCCTg > 7:100255/1‑136 (MQ=255) cGCCTTCGCGCGGCTGATTGTCCGGTGGTGGTGCACCAGGTGCTTTGACAGCACCCGATCGCGGCAACGCCGTATCACTTCACCCAAGCTCAGGCTGATGCATTCCAGCGTTACGCTGGTGCTGATCCTTAGCCTg < 8:100255/136‑1 (MQ=255) cgcgcgGCTGATTGTCCGGTGGTGGTGCACCAGGTGCTTTGACAGCACCCGATCGCGGCAACGCCGTATCACTTCACCCAAGCTCAGGCTGATGCATTCCAGCGTTACGCTGGTGCTGATCCTTAGCCTGGCCCCCGTCTTCGATTg < 6:50681/147‑1 (MQ=255) cgcgGCTGATTGTCCGGTGGTGGTGCGCCAGGTGCTTTGACAGCACCCGATCGCGGCAACGCCGTATCACTTCACCCAAGCTCAGGCTGATGCATTCCAGCGTTACGCTGGTGCTGATCCTTAGCCTGGCCCCCGTCTTCGATTGgac > 1:173136/1‑148 (MQ=255) gCTGATTGTCCGGTGGTGGTGCACCAGGTGCTTTGACAGCACCCGATCGCGGCAACGCCGTATCACTTCACCCAAGCTCAGGCTGATGCATTCCAGCGTTACGCTGGTGCTGATCCTTAGCCTGGCCCCCGTCTTCGATTGGACGACCt > 5:297845/1‑149 (MQ=255) aTTGTCCGGTGGTGGTGCACCAGGTGCTTTGACAGCACCCGATCGCGGCAACGCCGTATCACTTCACCCAAGCTCAGGCTGATGCATTCCAGCGTTACGCTGGTGCTGATCCTTAGCCTGGCCCCCGTCTTCGATTGGACGACCTGCa < 7:3438/148‑1 (MQ=255) tggtgCACCAGGTGCTTTGACAGCACCCGATCGCGGCAACGCCGTATCACTTCACCCAAGCTCAGGCTGATGCATTCCAGCGTTACGCTGGTGCTGATCCTTAGCCTGGCCCCCGTCTTCGATTGGACGACCTGCAGGAATCCGTCCAc < 3:58433/149‑1 (MQ=255) gCACCAGGTGCTTTGCCAGCACCCGATCGCGGCAACGCCGTATCACTTCACCCAAGCTCAGGCTGATGCATTCCAGCGTTACGCTGGTGCTGATCCTTAGCCTGGCCCCCGTCTTCGATTGGACGACCTGCAGGAATCCGTCCACCTCa > 3:318073/1‑149 (MQ=255) cACCAGGTGCTTTGACAGCACCCGATCGCGGCAACGCCGTATCACTTCACCCAAGCTCAGGCTGATGCATTCCAGCGTTACGCTGGTGCTGATCCTTAGCCTGGcc < 6:231059/106‑1 (MQ=255) cACCAGGTGCTTTGACAGCACCCGATCGCGGCAACGCCGTATCACTTCACCCAAGCTCAGGCTGATGCATTCCAGCGTTACGCTGGTGCTGATCCTTAGCCTGGcc > 5:231059/1‑106 (MQ=255) cAGGTGCTTTGACAGCACCCGATCGCGGCAACGCCGTATCACTTCACCCAAGCTCAGGCTGATGCATTCCAGCGTTACGCTGGTGCTGATCCTTAGCCTGGCCCCCGTCTTCGATTGGACGACCTGCAGGAATCCGTCCACCTCATccc < 7:86625/149‑1 (MQ=255) gggTGCTGTCAAAGCACCCGATCGCGGCAACGCCGTATCACTTCACCCAAGCTCAGGCTGATGCATTCCAGCGTTACGCTGGTGCTGATCCTTAGCCTGGCCCCCGTCTTCGATTGGACGACCTGCAGGAATCCGTCCACCTCATCCCg > 3:117938/2‑149 (MQ=255) ggTGCTTTGACAGCACCCGATCGCGGCAACGCCGTATCACTTCACCCAAGCTCAGGCTGATGCATTCCAGCGTTACGCTGGTGCTGATCCTTAGCCTGGCCCCCGTCTTCGATTGGACGACCTGCAGGAATCCGTCCACCTCATCCCg > 2:147122/1‑148 (MQ=255) ggTGCTGTCAAATCACCCGATCGCTGCAACGCCGTATCACTTCACCCAAGCTCAGGCTTATGCATTCCAGCGTTACGCTGGTGCTGATCCTTATCCTTGCCCCCGTCTTCGATTGga < 6:238296/117‑1 (MQ=255) ggTGCTGTAAAAGCACCCGATCGCGGCAACGCAGTATCACTTCACCCAAGCTCAGGCTGATGCATTCCAGCGTTACGCTGGTGCTGATCCTTAGCCTGGCCACCGTCTTCGATTGga > 5:238296/1‑117 (MQ=255) gTGCTTTGACAGCACCCGATCGCGGCAACGCCGTATCACTTCACCCAAGCTCAGGCTGATGCATTCCAGCGTTACGCTGGTGCTGATCCTTAGCCTGGCCCCCGTCTTCGATTGGACGACCTGCAGGAATCCGTCCACCTCATCCCGGa < 1:116497/149‑1 (MQ=255) tttGACAGCACCCGATCGCGGCAACGCCGTATCACTTCACCCAAGCTCAGGCTGATGCATTCCAGCGTTACGCTGGTGCTGATCCTTAGCCTGGCCCCCGTCTTCGATTGGACGACCTGCAGGAATCCGTCCACCTCATCCCGGAAAAc > 2:248625/1‑149 (MQ=255) | TTGGAGGGCTGGCCCCCAGGTCGAGGCCAAGTTTCACTGCAGCCCGGTCACGGGCCGCGGCGAACTCTTTGCTGATTGTGTCGAGCATGATGGGAGATCCCGCCTTCGCGCGGCTGATTGTCCGGTGGTGGTGCACCAGGTGCTTTGACAGCACCCGATCGCGGCAACGCCGTATCACTTCACCCAAGCTCAGGCTGATGCATTCCAGCGTTACGCTGGTGCTGATCCTTAGCCTGGCCCCCGTCTTCGATTGGACGACCTGCAGGAATCCGTCCACCTCATCCCGGAAAAC > NC_002947/1738229‑1738520 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |