Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,794,994 | G→A | 9.5% | G738R (GGG→AGG) | bamA‑I → | outer membrane protein assembly factor |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,794,994 | 0 | G | A | 9.5% | 115.5 / 2.6 | 42 | G738R (GGG→AGG) | bamA‑I | outer membrane protein assembly factor |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (20/18); new base A (2/2); total (22/20) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.86e-01 |
GTAACGTGCTGGTGCAAGGCGGTGCCGAACTGCTGTTCCCGCTGCCGTTCGTCAAGGACCAGCGTTCACTGCGCACCTCTGTGTTCTGGGACGTGGGTAACGTGTTCGACACCAATTGCGGCAACAAACCTGATTGCGAGAAGGTCGGGTTCTCGGGCATGGCCAGTTCGGTCGGCCTGGGCGTGACCTGGATTA‑CCGCACTGGGCCCGCTGAGCTTCAGCCTGGCAATGCCGGTCAAGAAGCCGGACGATGCCGATACCCAGGTGTTCCAATTCTCTCTGGGCCAGACCTTC > NC_002947/1794848‑1795140 | gtAACGTGCTGGTGCAAGGCGGTGCCGAACTGCTGTTCCCGCTGCCGTTCGTCAAGGACCAGCGTTCACTGCGCACCTCTGTGTTCTGGGACGTGGGTAACGTGTTCGACACCAATTGCGGCAACAAACCTGATTGCGAGAAGGTCggg < 7:68932/149‑1 (MQ=255) cTGGTGCAAGGCGGTGCCGAACTGCTGTTCCCGCTGCCGTTCGTCAAGGACCAGCGTTCACTGCGCACCTCTGTGTTCTGGGACGTGGGTAACGTGTTCGACACCAATTGCGGCAACAAACCTGATTGCGAGAAGGTCGGGTTCTCgg < 3:204426/148‑1 (MQ=255) gTGCAAGGCGGTGCCGAACTGCTGTTCCCGCTGCCGTTCGTCAAGGACCAGCGTTCACTGCGCACCTCTGTGTTCTGGGACGTGGGTAACGTGTTCGACACCAATTGCGGCAACAAACCTGATTGCGAGAAGGTCGGGTTCTCGGGCAt > 8:187888/1‑149 (MQ=255) aaGGCGGTGCCGAACTGCTGTTCCCGCTGCCGTTCGTCAAGGACCAGCGTTCACTGCGCACCTCTGTGTTCTGGGACGTGGGTAACGTGTTCGACACCAATTGCGGCAACAAACCTGATTGCGAGAAGGTCGGGTTCTCGGGCATGGc > 5:143679/1‑148 (MQ=255) cGGTGCCGAACTGCTGTTCCCGCTGCCGTTCGTCAAGGACCAGCGTTCACTGCGCACCTCTGTGTTCTGGGACGTGGGTAACGTGTTCGACACCAATTGCGGCAACAAACCTGATTGCGAGAAGGTCGGGTTCTCGGGCATGGCCAGtt < 6:143679/149‑1 (MQ=255) ggTGCCGAACTGCTGTTCCCGCTGCCGTTCGTCAAGGAGCAGCGTTCACTGCGCACCTCTGTGTTCTGGGACGTGGGTAACGTGTTCGACACCAATTGCGGCAACAAACCTGATTGCGAGAAGGTCGGGTTCTCGGGCATGGCCAGTtc < 6:37619/149‑1 (MQ=255) gCCGAACTGCTGTTCCCGCTGCCGTTCGTCAAGGACCAGCGTTCACTGCGCACCTCTGTGTTCTGGGACGTGGGTAACGTGTTCGACACCAATTGCGGCAACAAACCTGATTGCGAGAAGGTCGGGTTCTCGGGCATGGCCAGtt < 5:182923/145‑1 (MQ=255) gCCGAACTGCTGTTCCCGCTGCCGTTCGTCAAGGACCAGCGTTCACTGCGCACCTCTGTGTTCTGGGACGTGGGTAACGTGTTCGACACCAATTGCGGCAACAAACCTGATTGCGAGAAGGTCGGGTTCTCGGGCATGGCCAGtt > 6:182923/1‑145 (MQ=255) ccGAACTGCTGTTCCCGCTGCCGTTCGTCAAGGACCAGCGTTCACTGCGCACCTCTGTGTTCTGGGACGTGGGTAACGTGTTCGACACCAATTGCGGCAACAAACCTGATTGCGAGAAGGTCGGGTTCTCGGGCATGGCCAGTtcggt < 6:6929/148‑1 (MQ=255) ctgTTCCCGCTGCCGTTCGTCAAGGACCAGCGTTCACTGCGCACCTCTGTGTTCTGGGACGTGGGTAACGTGTTCGACACCAATTGCGGCAACAAACCTGATTGCGAGAAGGTCGGGTTCTCGGGCATGGCCAGTTCGGTCGGCCTgg < 7:187888/148‑1 (MQ=255) ctgTTCCCGCTGCCGTTCGTCAAGGACCAGCGTTCACTGCGCACCTCTGTGTTCTGGGACGTGGGTAACGTGTTCGACACCAATTGCGGCAACAAACCTGATTGCGAGAAGGTCGGGTACTCGGGCATGGCCAGTTCGGTCGGCCTggg < 1:26604/149‑1 (MQ=255) cGTCAAGGACCAGCGTTCACTGCGCACCTCTGTGTTCTGGGACGTGGGTAACGTGTTCGACACCAATTGCGACAACAAACCTGATTGCGAGAAGGTCGGGTTCTCGGGCATGGCCAGTTCGGTCGGCCTGGGCGTGACCTGGATTA‑CCg > 1:169087/1‑149 (MQ=255) cAGCGTTCACTGCGCACCTCTGTGTTCTGGGACGTGGGTAACGTGTTCGACACCAATTGCGGCAACAAACCTGATTGCGAGAAGGTCGGGTTCTCGGGCATGGCCAGTTCGGTCGGCCTGGGCGTGACCTGGATTA‑CCGCACTGGGccc > 7:51175/1‑149 (MQ=255) cAGCGTTCACTGCGCACCTCTGTGTTCAGGGACGTGGGTAACGTGTTCGACACCAATTGCGGCAACAAACCTGATTTCGAGAAGGTCGGGTTCTCGCGCATGGCCAGTTCGGTCGTCCTGGGCGTGACCTGGATTA‑CCGCACTGGGccc > 5:67110/1‑149 (MQ=255) ttCACTGCGCACCTCTGTGTTCTGGGACGTGGGTAACGTGTTCGACACCAATTGCGGCAACAAACCTGATTGCGAGAAGGTCGGGTTCTCGGGCATGGCCAGTTCGGTCGGCCTGGGCGTGACCTGGATTA‑CCGCACTGGGCCCg > 6:291214/1‑145 (MQ=255) ttCACTGCGCACCTCTGTGTTCTGGGACGTGGGTAACGTGTTCGACACCAATTGCGGCAACAAACCTGATTGCGAGAAGGTCGGGTTCTCGGGCATGGCCAGTTCGGTCGGCCTGGGCGTGACCTGGATTA‑CCGCACTGGGCCCg < 5:291214/145‑1 (MQ=255) gcACCTCTGTGTTCTGGGACGTGGGTAACGTGTTCGACACCAATTGCGGCAACAAACCTGATTGCGAGAAGGTCGGGTTCTCGGGCATGGCCAGTTCGGTCGGCCTGGGCGTGACCTGGATTA‑CCGCACTGGGCCCGCTGAGCTTCAGc > 4:183327/1‑149 (MQ=255) ctctGTGTTCTGGGACGTGGGTAACGTGTTCGACACCAATTGCGGCAACAAACCTGATTGCGAGAAGGTCGGGTTCTCGGGCATGGCCAGTTCGGTCGGCCTGGGCGTGACCTGGATTA‑CCGCACTGGGCCCGCt < 4:151699/135‑1 (MQ=255) ctctGTGTTCTGGGACGTGGGTAACGTGTTCGACACCAATTGCGGCAACAAACCTGATTGCGAGAAGGTCGGGTTCTCGGGCATGGCCAGTTCGGTCGGCCTGGGCGTGACCTGGATTA‑CCGCACTGGGCCCGCt > 3:151699/1‑135 (MQ=255) tgtgTTCTGGGACGTGGGTAACGTGTTCGACACCAATTGCGGCAACAAACCTGATTGCGAGAAGGTCGGGTTCTCGGGCATGGCCAGTTCGGTCGGCCTGGGCGTGACCTGGATTACCCGCACTGGGCCCGCTGAGCTTCAGCCTgg < 1:192914/147‑1 (MQ=255) gtTCTGGGACGTGGGTAACGTGTTCGACACCAATTGCGGCAACAAACCTGATTGCGAGAAGGTCGGGTTCTCGGGCATg < 4:126372/79‑1 (MQ=255) gtTCTGGGACGTGGGTAACGTGTTCGACACCAATTGCGGCAACAAACCTGATTGCGAGAAGGTCGGGTTCTCGGGCATg > 3:126372/1‑79 (MQ=255) ttCTGGGACGTGGGTAACGTGTTCGACACCAATTGCGACAACAAACCTGATTGCGAGAAGGTCGGGTTCTCGGGCATGGCCAGTTCGGTCGGCCTGGGCGTGACCTGGATTA‑CCGCACTGGGCCCGCTGAGCTTCAGCCTGGCAATGc < 2:169087/148‑1 (MQ=255) cTGGGACGTGGGTAACGTGTTCGACACCAATTGCGGCAACAAACCTGATTGCGAGAAGGTCGGGTTCTCGGGCATGGCCAGTTCGGTCGGCCTGGGCGTGACCTGGATTA‑CCGCACTGGGCCCGCTGAGCTTCAGCCTGGCAATGCCg < 7:14895/148‑1 (MQ=255) aCGTGTTCGACACCAATTGCGGCAACAAACCTGATTGCGAGAAGGTCGGGTTCTCGGGCATGGCCAGTTCGGTCGGCCTGGGCGTGACCTGGATTA‑CCGCACTGGGCCCGCTGAGCTTCAGCCTGGCAATGCCGGTCAAGAAGCCGGa < 3:183327/148‑1 (MQ=255) gtgtTCGACACCAATTGCGGCAACAAACCTGATTGCGAGAAGGTCAGGTTCTCGGGCATGGCCAGTTCGGTCGGCCTGGGCGTGACCTGGATTA‑CCGCACTGGGCCCGCTGAGCTTCAGCCTGGCAATGCCGGt < 5:166993/134‑1 (MQ=255) gtgtTCGACACCAATTGCGGCAACAAACCTGATTGCGAGAAGGTCAGGTTCTCGGGCATGGCCAGTTCGGTCGGCCTGGGCGTGACCTGGATTA‑CCGCACTGGGCCCGCTGAGCTTCAGCCTGGCAATGCCGGt > 6:166993/1‑134 (MQ=255) gtgtTCGACACCAATTGCGGCAACAAACCTGATTGCGAGAAGGTCAGGTTCTCGGGCATGGCCAGTTCGGTCGGCCTGGGCGTGACCTGGATTA‑CCGCACTGGGCCCGCTGAGCTTCAGCCTGGCAATGCCGGt > 6:160078/1‑134 (MQ=255) gtgtTCGACACCAATTGCGGCAACAAACCTGATTGCGAGAAGGTCAGGTTCTCGGGCATGGCCAGTTCGGTCGGCCTGGGCGTGACCTGGATTA‑CCGCACTGGGCCCGCTGAGCTTCAGCCTGGCAATGCCGGt < 5:160078/134‑1 (MQ=255) cGACACCAATTGCGGCAACAAACCTGATTGCGAGAAGGTCGGGTTCTCGGGCATGGCCAGTTCGGTCGGCCTGGGCGTGACCTGGATTA‑CCGCACTGGGCCCGCTGAGCTTCAGCCTGGCAATGCCGGTCAAGAAGCCGGACGATGcc > 7:117902/1‑148 (MQ=255) cAATTGCGGCAACAAACCTGATTGCGAGAAGGTCGGGTTCTCGGGCATGGCCAGTTCGGTCGGCCTGGGCGt < 7:109238/72‑1 (MQ=255) cAATTGCGGCAACAAACCTGATTGCGAGAAGGTCGGGTTCTCGGGCATGGCCAGTTCGGTCGGCCTGGGCGt > 8:109238/1‑72 (MQ=255) ggCAACAAACCTGATTGCGAGAAGGTCGGGTTCTCGGGCATGGCCAGTTCGGTCGGCCTGGGCGTGACCTGGATTA‑CCGCACTGGGCCCGCTGAGCTTCAGCCTGGCAATGCCGGTCAAGAAGCCGGACGATGCCGATACCCAGGTGtt < 8:117902/149‑1 (MQ=255) aCCTGATTGCGAGAAGGTCGGGTTCTCGGGCATGGCCAGTTCGGTCGGCCTGGGCGTGACCTGGATTA‑CCGCACTGGGCCCGCTGAGCTTCAGCCTGGCAATGCCGGTCAAGAAGCCGGACGATGCCGATACCCAGGTGTTCCAATtct > 1:32757/1‑149 (MQ=255) aCCTGATTGCGAGAAGGTCGGGTTCTCGGGCATGGCCAGTTCGGTCGGCCTGGGCGTGACCTGGATTA‑CCGCACTGGGCCCGCTGAGCTTCAGCCTGGCAATGCCGGTCAAGAAGCCGGACGATGCCGATACCCAGGTGTTCCAATtc > 4:313121/1‑148 (MQ=255) cTGATTGCGAGAAGGTCGGGTTCTCGGGCATGGCCAGTTCGGTCGGCCTGGGCGTGACCTGGATTA‑CCGCACTGGGCCCGCTGAGCTTCAGCCTGGCAATGCCGGTCAAGAAGCCGGACGATGCCGATAc < 4:153579/130‑1 (MQ=255) cTGATTGCGAGAAGGTCGGGTTCTCGGGCATGGCCAGTTCGGTCGGCCTGGGCGTGACCTGGATTA‑CCGCACTGGGCCCGCTGAGCTTCAGCCTGGCAATGCCGGTCAAGAAGCCGGACGATGCCGATAc > 3:153579/1‑130 (MQ=255) cTGATTGCGAGAAGGTCGGGTTCTCGGGCATGGCCAGTTCGGTCGGCCTGGGCGTGACCTGGATTA‑CCGCACTGGGCCCGCTGAGCTTCAGCCTGGCAATGCCGGTCAAGAAGCCGGACGATGCCGATACCCAGGTGTTCCAATtctct > 4:132816/1‑149 (MQ=255) gagaAGGTCGGGTTCTCGGGCATGGCCAGTTCGGTCGGCCTGGGCGTGACCTGGATTA‑CCGCACTGGGCCCGCTGAGCTTCAGCCTGGCAATGCCGGTCAAGAAGCCGGACGATGCCGATACCCAGGTGTTCCAATTCTCTCTGGGcc > 8:96286/1‑148 (MQ=255) gagaAGGTCGGGTTCTCGGGCATGGCCAGTTCGGTCGGCCTGGGCGTGACCTGGATTA‑CCGCACTGGGCCCGCTGAGCTTCAGCCTGGCAATGCCGGTCAAGAAGCCGGACGATGCCGATACCCAGGTGTTCCAATTCTCTCTGGGc > 1:160073/1‑147 (MQ=255) agaAGGTCGGGTTCTCGGGCATGGCCAGTTCGGTCGGCCTGGGCGTGACCTGGATTA‑CCGCACTGGGCCCGCTGAGCTTCAGCCTGGCAATGCCGGTCAAGAAGCCGGACGATGCCGATACCCAGGTGTTCCAATTCTCTCTGGGCCAg < 3:132816/149‑1 (MQ=255) ggTCGGGTTCTCGGGCATGGCCAGTTCGGTCGGCCTGGGCGTGACCTGGATTA‑CCGCACTGGGCCCGCTGAGCTTCAGCCTGGCAATGCCGGTCAAGAAGCCGGACGATGCCGATACCCAGGTGTTCCAATTCTCTCTGGGCCAGACCt > 4:107247/1‑149 (MQ=255) tCGGGTTCTCGGGCATGGCCAGTTCGGTCGGCCTGGGCGTGACCTGGATTA‑CCGCACTGGGCCCGCTGAGCTTCAGCCTGGCAATGCCGGTCAAGAAGCCGGACGATGCCGATACCCAGGTGTTCCAATTCTCTCTGGGCCAGACCTTc > 8:194627/1‑149 (MQ=255) | GTAACGTGCTGGTGCAAGGCGGTGCCGAACTGCTGTTCCCGCTGCCGTTCGTCAAGGACCAGCGTTCACTGCGCACCTCTGTGTTCTGGGACGTGGGTAACGTGTTCGACACCAATTGCGGCAACAAACCTGATTGCGAGAAGGTCGGGTTCTCGGGCATGGCCAGTTCGGTCGGCCTGGGCGTGACCTGGATTA‑CCGCACTGGGCCCGCTGAGCTTCAGCCTGGCAATGCCGGTCAAGAAGCCGGACGATGCCGATACCCAGGTGTTCCAATTCTCTCTGGGCCAGACCTTC > NC_002947/1794848‑1795140 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |