Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,817,333 | G→A | 9.1% | A159A (GCG→GCA) | pcm → | protein‑L‑isoaspartate O‑methyltransferase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,817,333 | 0 | G | A | 9.1% | 120.6 / 2.9 | 44 | A159A (GCG→GCA) | pcm | protein‑L‑isoaspartate O‑methyltransferase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (17/23); new base A (2/2); total (19/25) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.00e-01 |
GACGGCGATCCTGGCCCAGCTGGTCGAGCGAGTGTTTTCGGTAGAGCGTATCAAGGTACTGCAGGACCGGGCCAAAGAGCGCCTGGTGGAGCTTAACCTGCGCAACGTGGTCTTCCGCTGGGGTGACGGTTGTGAGGGGTGGCCGGCGCTTGCGCCGTACAACGGCATCATCGTCACCGCCGTGGCGCCGGAAGTGCCACAGGCACTGCTCGACCAACTGGCACCCGGTGGGCGCATGGTCATCCCGGTAGGGCCGGCCGGCGAAGCGCAGCAACTGATGCTGAT > NC_002947/1817186‑1817470 | gACGGCGATCCTGGCCCAGCTGGTCGAGCGAGTGTTTTCGGTAGAGCGTATCAAGGTACTGCAGGACCGGGCCAAAGAGCGCCTGGTGGAGCTTAACCTGCGCAACGTGGTCTTCCTCTGGGGTGACGGTGGTGCTGGCTGGCCGgcgc > 6:228600/1‑149 (MQ=255) cGATCCTGGCCCAGCTGGTCGAGCGAGTGTTTTCGGTAGAGCGTATCAAGGTACTGCAGGACCGGGCCAAAGAGCGCCTGGTGGAGCTTAACCTGCGCAACGTGGTCTTCCGCTGGGGTGACGGTTGTGAGGGGTGGCCGGCGCTTgcg > 4:308559/1‑149 (MQ=255) gATCCTGGCCCAGCTGGTCGAGCGAGTGTTTTCGGTAGAGCGTATCAAGGTACTGCAGGACCGGGCCAAAGAGCGCCTGGTGGAGCTTAACCTGCGCAACGTGGTCTTCCGCTGGGGTGACGGTTGTGAGGGGTGGCCGGCGCTTgcgc < 2:191618/149‑1 (MQ=255) ccAGCTGGTCGAGCGAGTGTTTTCGGTAGAGCGTATCAAGGTACTGCAGGACCGGGCCAAAGAGCGCCTGGTGGAGCTTAACCTGCGCAACGTGGTCTTCCGCTGGGGTGACGGTTGTGAGGGGTGGCCGGCGCTTGCGCCGTACAACg > 3:19488/1‑149 (MQ=255) gTCGAGGGTGTGTTTTCGGTAGAGCGTATGAAGGTAGTGCAGGACCGGGCCATAGAGCGCCTGGTGGAGCTTAAGCTGCGCTACGTGGTCTTCCGCTGGGGTGAGGGTTGTGAGGGGTGGGCGGCGCTTGCGCCGTACAACGGcatg < 1:162525/147‑2 (MQ=255) gTCGAGCGAGTGTTTTCGGTAGAGCGTATCAAGGTACTGCAGGACCGGGCCAAATAGCGCCTGGTGGAGCTTAACCTGCGCAACGTGGTCTTCAGCTGGGGTGACGGTTGTGAGTTGTGGCCGGCGCTTGCGCCGTACAACGGcatc < 1:167628/147‑1 (MQ=255) gagTGTTTTCGGTAGAGCGTATCAAGGTACTGCAGGACCGGGCCAAAGAGCGCCTGGTGGAGCTTAACCTGCGCAACGTGGTCTTCCGCTGGGGTGACGGTTGTGAGGGGTGGCCGGCACTTGCGCCGTACAACGGCATCATCGTCAcc > 4:169440/1‑149 (MQ=255) gtgtTTTCGGTAGAGCGTATCAAGGTACTGCAGGACCGGGCCAAAGAGCGCCTGGTGGAGCTTAACCTGCGCAACGTGGTCTTCCGCTGGGGTGACGGTTGTGAGGGGTGGCCGGCGCTTGCGCCGTACAACGGCATCATCGTCAccgc > 6:77950/1‑149 (MQ=255) gtgtTTTCGGTAGAGCGTATCAAGGTACTGCAGGACCGGGCCAAAGAGCGCCTGGTGGAGCTTAACCTGCGCAACGTGGTCTTCCGCTGGGGTGACGGTTGTGAGGGGTGGCCGGCGCTTGCGCCGTACAACGGCATCATCGTCAccgc > 6:179602/1‑149 (MQ=255) gtgtTTTCGGTAGAGCGTATCAAGGTACTGCAGGACCGGGCCAAAGAGCGCCTGGTGGAGCTTAACCTGCGCAACGTGGTCTTCCGCTGGGGTGACGGTTGTGAGGGGTGGCCGGCGCTTGCGCCGTACAACGGCATCATCGTCAccgc < 6:128745/149‑1 (MQ=255) ttttCGGTAGAGCGTATCAAGGTACTGCAGGACCGGGCCAAAGAGCGCCTGGTGGAGCTTAACCTGCGCAACGTGGTCTTCCGCTGGGGTGACGGTTGGGAGGGGTGGACGGCGCTTGCGCCGTACAACGGCATCATCGTCACCGCCGt > 8:233859/1‑149 (MQ=255) gTAGCGCGTATCAAGGTACGGCAGGACCGGGCCAAAGAGCGCGGGGTGGAGCTTAACGTGCGCAAGGTGGGCTTCGGCTGGGGTGTCGGATGGGGGGGGTGGCGGGGGCTTGCGCGGTCCAAGGGCAGCAGCGTGACCGCCGGGGCGcc > 4:74079/1‑149 (MQ=255) gCGTATCAAGGTACTGCAGGACCGGGCCAAAGAGCGCCTGGTGGAGCTTAACCTGCGCAACGTGGTCTTCCGCTGGGGTGACGGTTGTGAGGGGTGGCCGGCGCTTGCGCCGTACAACGGCATCATCGTCACCGCCGTGGCGCCGGaa < 4:150188/148‑1 (MQ=255) cGTATCAAGGTACTGCAGGACCGGGCCAAAGAGCGCCTGGTGGAGCTTAACCTGCGCAACGTGGTCTTCCGCTGGGGTGACGGTTGTGAGGGGTGGCCGGCGCTTGCGCCGTACAACGGCATCATCGTCACCGCCGTGGCGCCGGAAGt < 1:14770/149‑1 (MQ=255) aTCAAGGTACTGCAGGACCGGGCCAAAGAGCGCCTGGTGGAGCTTAACCTGCGCAACGTGGTCTTCCGCTGGGGTGACGGTTGTGAGGGGTGGCCGGCGCTTGCGCCGTACAACGGCATCATCGTCACCGCCGTGGCGCCGGAAGTGc > 8:242716/1‑148 (MQ=255) cAAGGTACTGCAGGACCGGGCCAAAGAGCGCCTGGTGGAGCTTAACCTGCGCAACGTGGTCTTCCGCTGGGGTGACGGTTGTGAGGGGTGGCCGGCGCTTGCGCCGTACAACGGCATCAACGTCACCGCCGAGGCGCCGGAAGTGcaa > 6:334477/1‑146 (MQ=255) aaGGTACTGCAGGACCGGGCCAAAGAGCGCCTGGTGGAGCTTAACCTGCGCAACGTGGTCTTCCGCTGGGGTGACGGTTGTGAGGGGTGGCCGGCGCTTGCGCCGTACAACGGCATCATCGTCACCGCCGTGGCGCCGGAAGTGCcacc > 2:94826/1‑148 (MQ=255) ggTACTGCAGGACCGGGCCAAAGAGCGCCTGGTGGAGCTTAACCTGCGCAACGTGGTCTTCCGCTGGGGTGACGGTTGTGAGGGGTGGCCGGCGCTTGCGCCGTACAACGGCATCATCGTCACCGCCGTGGCGCCGGAAGTGCCACAgg < 1:6968/149‑1 (MQ=255) gTACTGCAGGACCGGGCCAAAGAGCGCCTGGTGGAGCTTAACCTGCGCAACGTGGTCTTCCGCTGGGGTGACGGTTGTGAGGGGTGGCCGGCGCTTGCGCCGTACAACGGCATCATCGTCACCGCCGTGGCGCCGGAAGTGcctgtggc < 5:77950/149‑7 (MQ=255) gTACTGCAGGACCGGGCCAAAGAGCGCCTGGTGGAGCTTAACCTGCGCAACGTGGTCTTCCGCTGGGGTGACGGTTGTGAGGGGTGGCCGGCACTTGCGCCGTACAACGGCATCATCGTCACCGCCGTGGCGCCGGAAGTGCCACAgg > 2:8637/1‑148 (MQ=255) cTGCAGGACCGGGCCAAAGAGCGCCTGGTGGAGCTTAACCTGCGCAACGTGGTCTTCCGCTGGGGTGACGGTTGTGAGGGGTGGCCGGCGCTTGCGCCGTACAACGGCATCATCGTCACCGCCGTGGCGCCGGAAGTGCCACAGGCAc < 2:234914/148‑1 (MQ=255) cAGGACCGGGCCAAAGAGCGCCTGGTGGAGCTTAACCTGCGCAACGTGGTCTTCCGCTGGGGTGACGGTTGTGAGGGGTGGCCGGCGCTTGCGCCGTACAACGGCATCATCGTCACCGCCGTGGCGCCGGAAGTGCCACAGGCACTGc < 3:308559/148‑1 (MQ=255) gACCGGGCCAAAGAGCGCCTGGTGGAGCTTAACCTGCGCAACGTGGTCTTCCGCTGGGGTGACGGTTGTGAGGGGTGGCCGGCACTTGCGCCGTACAACGGCATCATCGTCACCGCCGTGGCGCCGGAAGTGCCACAGGCACTGCTCGa < 1:8637/149‑1 (MQ=255) ggCCAAAGAGCGCCTGGTGGAGCTTAACCTGCGCAACGTGGTCTTCCGCTGGGGTGACGGTTGTGAGGGGTGGCCGGCGCTTGCGCCGTACAACGGCATCATCGTCACCGCCGTGGCGCCGGAAGTGCCACAGGCACTGCTCGACCAAc > 8:234531/1‑149 (MQ=255) aaaGAGCGCCTGGTGGAGCTTAACCTGCGCAACGTGGTCTTCCGCTGGGGTGACGGTTGTGAGGGGTGGCCGGCGCTTGAGCCGTACAACGGCATCATCGTCACCGCCGTGGCGCCGGAAGTGCCACAGGCACTGCTCGACCAACTgg > 1:238955/1‑148 (MQ=255) aaGAGCGCCTGGTGGAGCTTAACCTGCGCAACGTGGTCTTCCGCTGGGGTGACGGTTGTGAGGGGTGGCCGGCGCTTGCGCCGTACAACGGCATCATCGTCACCGCCGTGGCGCCGGAAGTGCCACAGGCACTGCTCGACCAACTGGCa > 6:209567/1‑149 (MQ=255) cgcCTGGTGGAGCTTAACCTGCGCAACGTGGTCTTCCGCTGGGGTGACGGTTGTGAGGGGTGGCCGGCGCTTGCGCCGTACAACGGCATCATCGTCACCGCCGTGGCGCCGGAAGTGCCGCAGGCACTGCTCGACCAACTGGCACCCgg < 5:37347/149‑1 (MQ=255) gcCTGGTGGAGCTTAACCTGCGCAACGTGGTCTTCCGCTGGGGTGACGGTTGTGAGGGGTGGCCGGCGCTTGCGCCGTACAACGGCATCATCGTCACCGCCGTGGCGCCGGAAGTGCCACAGGCACTGCTCGACCAACTGGCACCCGGt < 5:179602/149‑1 (MQ=255) gcCTGGTGGAGCTTAACCTGCGCAACGTGGTCTTCCGCTGGGGTGACGGTTGTGAGGGGTGGCCGGCGCTTGCGCCGTACAACGGCATCATCGTCACCGCCGTGGCGCCGGAAGTGCCACAGGCACTGCTCGACCAACTGGCACCCGGt < 5:29360/149‑1 (MQ=255) gtggAGCTTAACCTGCGCAACGTGGTCTTCCGCTGGGGTGACGGTTGTGAGGGGTGGCCGGCGCTTGCGCCGTACAACGGCATCATCGTCACCGCCGTGGCGCCGGAAg > 1:139879/1‑109 (MQ=255) gtggAGCTTAACCTGCGCAACGTGGTCTTCCGCTGGGGTGACGGTTGTGAGGGGTGGCCGGCGCTTGCGCCGTACAACGGCATCATCGTCACCGCCGTGGCGCCGGAAg < 2:139879/109‑1 (MQ=255) aGCTTAACCTGCGCAACGTGGTCTTCCGCTGGGGTGACGGTTGGGAGGGGTGGCCGGCGCTTGCGCCGTACAACGGCATCATCGTCACCGCCGTGGCGCCGGAAGTGCCACAGGCACTGCTCGACCAACTGGCACCCGGTGGGCGCATg < 5:334477/149‑1 (MQ=255) cgcAACGTGGTCTTCCGCTGGGGTGACGGTTGTGAGGGGTGGCCGGCGCTTGCGCCGTACAACGGCATCATCGTCACCGCCGTGGCGCCTGAAGTGCCACAGGCACTGCTCGACCAACTGGCACCCGGTGGGCGCATGGTCATCCCg < 7:242716/147‑1 (MQ=255) cgcAACGTGGTCTTCCGCTGGGGTGACGGTTGTGAGGGGTGGCCGGCGCTTGCGCCGTACAACGGCATCATCGTCACCGCCGTGGCGCCGGAAGTGCCACAGGCACTGCTCGACCAACTGGCACCCGGTGGGCGCATGGTCATCCCg < 4:19488/147‑1 (MQ=255) cAACGTGGTCTTCCGCTGGGGTGACGGTTGTGAGGGGTGGCCGGCACTTGCGCCGTACAACGGCATCATCGTCACCGCCGTGGCGCCGGAAGTGCCACAGGCACTGCTCGACCAACTGGCACCCGGTGGGCGCATGGTCATCCCGGTAg < 3:169440/149‑1 (MQ=255) cGTGGTCTTCCGCTGGGGTGACGGTTGTGAGGGGTGGCCGGCGCTTGCGCCGTACAACGGCATCATCGTCACCGCCGTGGCGCCGGAAGTGCCACAGGCACTGCTCGACCAACTGGCACCCGGTGGGCGCATGGTCATCCCGGTAGggc < 7:234531/149‑1 (MQ=255) ttCCGCTGGGGTGACGGTTGTGAGGGGTGGCCGGCGCTTGCGCCGTACAACGGCATCATCGTCACCGCCGTGGCGCCGGAAGTGCCACAGGCACTGCTCGACCAACTGGCACCCGGTGGGCGCATGGTCATCCCGGTAGGGccggccgg > 6:1805/1‑149 (MQ=255) ccGCTGGGGTGACGGTTGTGAGGGGTGGCCGGCGCTTGCGCCGTACAACGGCATCATCGTCACCGCCGTGGCGCCGGAAGTGCCACAGGCACTGCTCGACCAACTGGCACCCGGTGGGCGCATGGTCATCCCGGTAGGGccggccgg < 5:209567/147‑1 (MQ=255) ccGCTGGGGTGACGGTTGTGAGGGGTGGCCGGCGCTTGCGCCGTACAACGGCATCATCGTCACCGCCGTGGCGCCGGAAGTGCCACAGGCACTGCTCGACCAACTGGCACCCGGTGGGCGCATGGTCATCCCGGTAGGGccggccgg < 6:281678/147‑1 (MQ=255) tGGGGTGACGGTTGTGAGGGGTGGCCGGCGCTTGCGCCGTACAACGGCATCATCGTCACCGCCGTGGCGCCGGAAGTGCCACAGGCACTGCTCGACCACCTGGCACCCGGTGGGCGCATGGTCATCCCGGTAGGGCCGGCCGGCGAAgc > 5:76582/1‑149 (MQ=255) gTGACGGTTGTGAGGGGTGGCCGGCGCTTGCGCCGTACAACGGCATCATCGTCACCGCCGTGGCGCCGGAAGTGCCACAGGCACTGCTCGACCAACTGGCACCCGGTGGGCGCATGGTCATCCCGGTAGGGCCGGCCGGCGAAgcg > 7:24045/1‑146 (MQ=255) gTGACGGTTGTGAGGGGTGGCCGGCGCTTGCGCCGTACAACGGCATCATCGTCACCGCCGTGGCGCCGGAAGTGCCACAGGCACTGCTCGACCAACTGGCACCCGGTGGGCGCATGGTCATCCCGGTAGGGCCGGCCGGCGAAgcg < 8:24045/146‑1 (MQ=255) tGACGGTTGTGAGGGGTGGCCGGCGCTTGCGCCGTACAACGGCATCATCGTCACCGCCGTGGCGCCGGAAGTGCCACAGGCACTGCTCGACCAACTGGCACCCGGTGGGCGCATGGTCATCCCGGTAGGGCCGGCCGGCgaagcgaagc < 5:228600/149‑1 (MQ=255) ttGTGAGGGGTGGCCGGCGCTTGCGCCGTACAACGGCATCATCGTCACCGCCGTGGCGCCGGAAGTGCCACAGGCACTGCTCGACCAACTGGCACCCGGTGGGCGCATGGTCATCCCGGTAGGGCCGGCCGGCGAAGCGCAGCAACTGa < 3:74079/149‑1 (MQ=255) gggTGGCCGGCGCTTGCGCCGTACAACGGCATCATCGTCACCGCCGTGGCGCCGGAAGTGCCACAGGCACTGCTCGACCAACTGGCACCCGGTGGGCGCATGGTCATCCCGGTAGGGCCGGCCGGCGAAGCGCAGCAACTGATGCTGAt > 2:179120/1‑149 (MQ=255) | GACGGCGATCCTGGCCCAGCTGGTCGAGCGAGTGTTTTCGGTAGAGCGTATCAAGGTACTGCAGGACCGGGCCAAAGAGCGCCTGGTGGAGCTTAACCTGCGCAACGTGGTCTTCCGCTGGGGTGACGGTTGTGAGGGGTGGCCGGCGCTTGCGCCGTACAACGGCATCATCGTCACCGCCGTGGCGCCGGAAGTGCCACAGGCACTGCTCGACCAACTGGCACCCGGTGGGCGCATGGTCATCCCGGTAGGGCCGGCCGGCGAAGCGCAGCAACTGATGCTGAT > NC_002947/1817186‑1817470 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |