Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,859,108 | C→G | 8.6% | intergenic (+28/+73) | PP_1661 → / ← PP_1662 | dehydrogenase/hypothetical protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,859,108 | 0 | C | G | 8.6% | 139.4 / 2.6 | 46 | intergenic (+28/+73) | PP_1661/PP_1662 | dehydrogenase/hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (18/24); new base G (2/2); total (20/26) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.74e-01 |
CAAGGTGAGTTGCAGCTGTGCATCAATGACGACCTGGACGGGCGTTACGGGGCTGGCCTGAGCGATAACCTGGGCAGCCTGTCGGTAGAGGTGCGTTTCGGGGCGGTGTAGGCCCTGTCATGGCAACCCCAC‑GATGCTCCGGCAATGCCGCAGCATTTTGGGGTTGCTCACTGAGCCCAGGCGAGTCAGGGGTTCGCCGCAATGGGCAGGGTCATTGTGTGGCGCGCTGGTTTTCCAGGTCTTCAAGCTCAACGCGGTATTGGTGTGCTTCGTGTTCGTTATGG > NC_002947/1858970‑1859253 | cAAGGTGAGTTGCAGCTGTGCATCAATGACGACCTGGACGGGCGTTACGGGGCTGGCCTGAGCGATAACCTGGGCAGCCTGTCGGTAGAGGTGCGTTTCGGGGCGGTGTAGGCCCTGTCATGGCAACCCCAC‑GATGCTCCGGCAATGcc < 1:113130/149‑1 (MQ=255) cAAGGTGAGTTGCAGCTGTGCATCAATGACGACCTGGACGGGCGTTACGGGGCTGGCCTGAGCGATAACCTGGGCAGCCTGTCGGTAGAGGTGCGTTTCGGGGCGGTGTAGGCCCTGTCATGGCAACCCCAC‑GATGCTCCGGCAATGcc > 8:81663/1‑149 (MQ=255) ggTGAGTTGCAGCTGTGCATCAATGACGACCTGGACGGGCGTTACGGGGCTGGCCTGAGCGATAACCTGGGCAGCCTGTCGGTAGAGGTGCGTTTCGGGGCGGTGTAGGCCCTGTCATGGCAACCCCAC‑GATGCTCCGGCAATGCCg > 6:305788/1‑147 (MQ=255) ttGCAGCTGTGCATCAATGACGACCTGGACGGGCGTTACGGGGCTGGCCTGAGCGATAACCTGGGCAGCCTGTCGGTAGAGGTGCGTTTCGGGGCGGTGTAGGCCCTGTCATGGCAACCCCAC‑GATGCTCCGGCAATGCCGCAGCAttt > 1:253704/1‑149 (MQ=255) cAGCTGTGCATCAATGACGACCTGGACGGGCGTTACGGGGCTGGCCTGAGCGATAACCTGGGCAGCCTGTCGGTAGAGGTGCGTTTCGGGGCGGTGTAGGCCCTGTCATGGCAACCCCAC‑GATGCTCCGGCAATGCCGCAGCATTTTgg < 3:248382/149‑1 (MQ=255) cAGCTGTGCATCAATGACGACCTGGACGGGCGTTACGGGGCTGGCCTGAGCGATAACCTGGGCAGCCTGTCGGTAGAGGTGCGTTTCGGGGCGGTGTAGGCCCTGTCATGGCAACCCCAC‑GATGCTCCGGCAATGCCGCAGCATTTTg < 7:177477/148‑1 (MQ=255) aGCTGTGCATCAATGACGACCTGGACGGGCGTTACGGGGCTGGCCTGAGCGATAACCTGGGCAGCCTGTCGGTAGAGGTGCGTTTCGGGGCGGTGTAGGCCCTGTCATGGCAACCCCAC‑GATGCTCCGGCAATGCCGCAGCATTTTggg < 7:203177/149‑1 (MQ=255) gtgtgCATCAATGACGACCTGGACGGGCGTTACGGGGCTGGCCTGAGCGATAACCTGGGCAGCCTGTCGGTAGAGGTGCGTTGCGGGGCGGTGTAGGCCCTGTCATGGCAACCCCAC‑GATGCTCCGGCAATGCCGCAGCATTTTGGGGt < 1:118435/148‑1 (MQ=255) tgCATCAATGACGACCTGGACGGGCGTTACGGGGCTGGCCTGAGCGATAACCTGGGCAGCCTGTCGGTAGAGGTGCGTTTCGGGGCGGTGTAGGCCCTGTCATGGCAACCCCAC‑GATGCTCCGGCAATGCCGCAGCATTTTGGGGTTGc > 6:307302/1‑149 (MQ=255) aTCAATGACGACCTGGACGGGCGTTACGGGGCTGGCCTGAGCGATAACCTGGGCAGCCTGTCGGTAGAGGTGCGTTTCGGGGCGGTGTAGGCCCTGTCATGGCAACCCCAC‑GATGCTCCGGCAATGCCGCAGCATTTTGGGGTTGCTCa > 1:148077/1‑149 (MQ=255) aaTGACGTCCGGGACGGGCGTTACGGGGCGGGCCTGAGCGATAACCTGGGCAGCCTGTCGGTAGAGGTGCGTTTCGGGGCGGTGTAGGCCCTGTCATGGCAACCCCAC‑GATGCTCCGGCAATGCCGCAGCATTTTGGGGTTGCTCACt < 6:606/148‑1 (MQ=255) aaTGACGACCTGGACGGGCGTTACGGGGCTGGCCTGAGCGATAACCTGGGCAGCCTGTCGGTAGAGGTGCGTTTCGGGGCGGTGTAGGCCCTGTCATGGCAACCCCAC‑GATGCTCCGGCAATGCCGCAGCATTTTGGGGTTGCTCAc < 2:297931/147‑1 (MQ=255) aaTGACGACCTGGACGGGCGTTACGGGGCTGGCCTGAGCGATAACCTGGGCAGCCTGTCGGTAGAGGTGCGTTTCGGGGCGGTGTAGGCCCTGTCATGGCAACCCCAC‑GATGCTCCGGCAATGCCGCAGCATTTTGGGGTTGCTCAc > 1:297931/1‑147 (MQ=255) aaTGACGACCTGGACGGGCGTTACGGGGCTGGCCTGAGCGATAACCTGGGCAGCCTGTCGGTAGAGGTGCGTTTCGGGGCGGTGTAGGCCCTGTCATGGCAACCCCAA‑AATGCTGCGGCATTGCCGGAGCATCGTGGGGTTGccatgac < 4:171183/149‑7 (MQ=37) tGACGACCTGGACGGGCGTTACGGGGCTGGCCTGAGCGATAACCTGGGCAGCCTGTCGGTAGAGGTGCGTTTCGGGGCGGTGTAGGCCCTGTCATGGCAACCCCAC‑GATGCTCCGGCAATGCCGCAGCATTTTGGGGTTGCTCACTGAg > 3:133494/1‑149 (MQ=255) cgacCTGGACGGGCGTTACGGGGCTGGCCTGAGCGATAACCTGGGCAGCCTGTCGGTAGAGGTGCGTTTCGGGGCGGTGTAGGCCCTGTCATGGCAACCCCAC‑GATGCTCCGGCAATGCCGCAGCATTTTGGGGTTGCTCACTGAGccc < 4:227115/149‑1 (MQ=255) tGGACGGGCGTTACGGGGCTGGCCTGAGCGATAACCTGGGCAGCCTGTCGGTAGAGGTGCGTTTCGGGGCGGTGTAGGCCCTGTCATGGCAACCCCAC‑GATGCTCCGGCAATGCCGCAGCATTTTGGGGTTGCTCACTGAGCCCAGGc > 6:39256/1‑148 (MQ=255) cGTTACGGGGCTGGCCTGAGCGATAACCTGGGCAGCCTGTCGGTAGAGGTGCGTTTCGGGGCGGTGTAGGCCCTGTCATGGCAACCCCAC‑GATGCTCCGGCAATGCCGCAGCATTTTGGGGTTGCTCACTGAGTCCAGGCGAGTCAggg < 2:253704/149‑1 (MQ=255) ggggCTGGCCTGAGCGATAACCTGGGCAGCCTGTCGGTAGAGGTGCGTTTCGGGGCGGTGTAGGCCCTGTCATGGCAACCCCAC‑GATGCTCCGGCAATGCCGCAGCATTTTGGGGTTGCTCACTGAGCCCAGGCGAGTCAGGGGTTcgc < 5:307302/149‑1 (MQ=255) gggCTGGCCTGAGCGATAACCTGGGCAGCCTGTCGGTAGAGGTGCGTTTCGGGGCGGTGTAGGCCCTGTCATGGCAACCCCAC‑GATGCTCCGGCAATGCCGCAGCATTTTGGGGTTGCTCACTGAGCCCAGGCGAGTCAGGGGTTcgcc < 6:211477/149‑1 (MQ=255) tGGCCTGAGCGATAACCTGGGCAGCCTGTCGGTAGAGGTGCGTTTCGGGGCGGTGTAGGCCCTGTCATGGCAACCCCAC‑GATGCTCCGGCAATGCCGCAGCATTTTGGGGTTGCTCACTGAGCCCAGGCGAGTCAGGGGTTcg < 8:219410/143‑1 (MQ=255) tGGCCTGAGCGATAACCTGGGCAGCCTGTCGGTAGAGGTGCGTTTCGGGGCGGTGTAGGCCCTGTCATGGCAACCCCAC‑GATGCTCCGGCAATGCCGCAGCATTTTGGGGTTGCTCACTGAGCCCAGGCGAGTCAGGGGTTcg > 7:219410/1‑143 (MQ=255) gAGCGATAACCTGGGCAGCCTGTCGGTAGAGGTGCGTTTCGGGGCGGTGTAGGCCCTGTCATGGCAACCCCAC‑GATGCTCCGGCAATGCCGCAGCATTTTGGGGTTGCTCACTGAGCCCAGGCGAGTCAGGGGTTCGCCGCAATggg > 8:147795/1‑147 (MQ=255) gATAACCTGGGCAGCCTGTCGGTAGAGGTGCGTTTCGGGGCGGTGTAGGCCCTGTCATGGCAACCCCAC‑GATGCTCCGGCAATGCCGCAGCATTTTGGGGTTGCTCACTGAGCCCAGGCGAGTCAGGGGTTCGCCGCAATTGGcccctg > 4:263239/1‑144 (MQ=255) aCCTGGGCAGCCTGTCGGTAGAGGTGCGTTTCGGGGCGGTGTAGGCCCTGTCATGGCAACCCCAC‑GATGCTCCGGCAATGCCGCAGCATTTTGGGGTTGCTCACTGAGCCCAGGCGAGTCAGGGGTTCGCCGCAATGGGCAGGGTCAt < 4:39266/148‑1 (MQ=255) cTGGGCAGCCTGTCGGTAGAGGTGCGTTTCGGGGCGGTGTAGGCCCTGTCATGGCAACCCCAC‑GATGCTCCGGCAATGCCGCAGCATTTTGGGGTTGCTCACTGAGCCCAGGCGAGTCAGGGGTTCGCCGCAATGGGCAGGGTCATtgt < 2:148077/149‑1 (MQ=255) cTGGGCAGCCTGTCGGTAGAGGTGCGTTTCGGGGCGGTGTAGGCCCTGTCATGGCAACCCCAC‑GATGCTCCGGCAATGCCGCAGCATTTTGGGGTTGCTCACTGAGCCCAGGCGAGTCAGGGGTTCGCCGCAATGGGCAGGGTCATtgt > 5:129536/1‑149 (MQ=255) gagGTGCGTTTCGGGGCGGTGTAGGCCCTGTCATGGCAACCCCAC‑GATGCTCCGGCAATGCCGCAGCATTTTGGGGTTGCTCACTGAGCCCAGGCGAGTCAGGGGTTCGCCGCAATGGGCAGGGTCATTGTGTGGCGCGCTGGTTTTcc < 3:112064/149‑1 (MQ=255) agGTGCGTTTCGGGGCGGTGTAGGCCCTGTCATGGCAACCCCACGGATGCTCCGGCAATGCCGCAGCATTTTGGGGTTGCTCACTGAGCCCAGGCGAGTCAGGGGTTCGCCGCAATGGGCAGGGTCATTGTGTGGCGCGCTGGTTTTc > 1:69053/1‑148 (MQ=255) gTGCGTTTCGGGGCGGTGTAGGCCCTGTCATGGCAACCCCAC‑GATGCTCCGGCAATGCCGCAGCATTTTGGGGTTGCTCACTGAGCCCAGGCGAGTCAGGGGTTCGCCGCAATGGGCAGGGTCATTGTGTGGCGCGCTGGTTTTCCAgg > 3:63223/1‑149 (MQ=255) gTGCGTTTCGGGGCGGTGTAGGCCCTGTCATGGCAACCCCAC‑GATGCTCCGGCAATGCCGCAGCATTTTGGGGTTGCTCACTGAGCCCAGGCGAGTCAGGGGTTCGCCGCAATGGGCAGGGTCATTGTGTGGCGCGCTGGTTTTCCAg < 4:133494/148‑1 (MQ=255) ggggCGGTGTAGGCCCTGTCATGGCAACCCCAC‑GATGCTCCGGCAATGCCGCAGCATTTTGGGGTTGCTCACTGAGCCCAGGCGAGTCAGGGGTTCGCCGCAATGGGCAGGGTCATTGTGTGGCGCGCTGGTTTTCCAGGTCTTCAAGc < 7:147795/149‑1 (MQ=255) gtAGGCCCTGTCATGGCAACCCCAC‑GATGCTCCGGCAATGCCGCAGCATTTTGGGGTTGCTCACTGAGCCCAGGCGAGTCAGGGGTTCGCCGCAATGGGCAGGGTCATTGTGTGGCGCGCTGGTTTTCCAGGTCTTCAAGCTCAAcgcg > 8:118897/1‑149 (MQ=255) gtAGGCCCTGTCATGGCAACCACAC‑GATGCTCCGGCAATGCCGCAGCATTTTGGTGTTGCTCACTGAGCCCAGGCGAGTCAGGGGTTCGCCGCAATGGGCAGGGTCATTGTGTGGCGCGCTGGTTTTCCAGGTCTTCAAGCTCAAcgcg < 2:22448/149‑1 (MQ=255) gCCCTGTCATGGCAACCCCAC‑GATGCTCCGGCAATGCCGCAGCATTTTGGGGTTGCTCACTGAGCCCAGGCGAGTCAGGGGTTCGCCGCAATGGGCAGGGTCATTGTGTGGCGCGCTGGTTTTCCAGGTCTTCAAGCTCAACGCGGTAt < 2:69053/149‑1 (MQ=255) ccTGTCATGGCAACCCCAC‑GATGCTCCGGCAATGCCGCAGCATTTTGGGGTTGCTCACTGAGCCCAGGCGAGTCAGGGGTTCGCCGCAATGGGCAGGGTCATTGTGTGGCGCGCTGGTTTTCCAGGTCTTCAAGCTCAACGCGGTATTg < 5:305788/149‑1 (MQ=255) aaCCCCAC‑GATGCTCCGGCAATGCCGCAGCATTTTGGGGTTGCTCACTGAGCCCAGGCGAGTCAGGGGTTCGCCGCAATGGGCAGGGTCATTGTGTGGCGCGCTGGTTTTCCAGGTCTTCAAGCTCAACGCGGTATTGGTGTGCTTCgt < 7:118897/149‑1 (MQ=255) aaCCCCAC‑GATGCTCCGGCAATGCCGCAGCATTTTGGGGTTGCTCACTGAGCCCAGGCGAGTCAGGGGTTCGCCGCAATGGGCAGGGTCATTGTGTGGCGCGCTGGTTTTCCAGGTCTTCAAGCTCAACGCGGTATTGGTGTGCTTCgt > 7:240183/1‑149 (MQ=255) ccccAA‑AATGCTGCGGGATTGCCGGAGCATCGTGGGGTTGCTGACTGAGCCCAGGCGAGTCAGGGGTTCGCCGCAATGGGCAGGGGCATTGTGTGGCGCGCTGGTTTTCCAGGTCTTCAAGCTCAACGCGGTATTGGTGTGCTTCgtgt > 3:212468/1‑149 (MQ=38) cAC‑GATGCTCCGGCAATGCCGCAGCATTTTGGGGTTGCTCACTGAGCCCAGGCGAGTCAGGGGTTCGCCGCAATGGGCAGGGTCATTGTGTGGCGCGCTGGTTTTCCAGGTCTTCAAGCTCAACGCGGTATTg < 6:36322/133‑1 (MQ=255) cAC‑GATGCTCCGGCAATGCCGCAGCATTTTGGGGTTGCTCACTGAGCCCAGGCGAGTCAGGGGTTCGCCGCAATGGGCAGGGTCATTGTGTGGCGCGCTGGTTTTCCAGGTCTTCAAGCTCAACGCGGTATTg > 5:36322/1‑133 (MQ=255) cAC‑GATGCTCCGGCAATGCCGCAGCATTTTGGGGTTGCTCACTGAGCCCAGGCGAGTCAGGGGTTCGCCGCAATGGGCAGGGTCATTGTGTGGCGCGCTGGTTTTCCAGGTCTTCAAGCTCAACGCGGTATTGGTGTGCTTCGTGTTCg < 6:181774/149‑1 (MQ=255) tGCTCCGGCAATGCCGCAGCATTTTGGGGTTGCTCACTGAGCCCAGGCGAGTCAGGGGTTCGCCGCAATGGGCAGGGTCATTGTGTGGCGCGCTGGTTTTCCAGGTCTTCAAGCTCAACGCGGTATTGGTGTGCTTCGTGTTCGTTATg < 6:129536/149‑1 (MQ=255) gCTGCGGCATTGCCGGAGCATTTTGGGGTTGCTCACTGAGCCCAGGCGAGTCAGGGGTTCGCCGCAATGGGCAGGGTCATTGTGTGGCGCGCTGGTTTTCCAGGTCTTCAAGCTCAACGCGGTATTGGTGTGCTTCGTGTTCg < 1:322074/143‑1 (MQ=255) gCTGCGGCATTGCCGGAGCATTTTGGGGTTGCTCACTGAGCCCAGGCGAGTCAGGGGTTCGCCGCAATGGGCAGGGTCATTGTGTGGCGCGCTGGTTTTCCAGGTCTTCAAGCTCAACGCGGTATTGGTGTGCTTCGTGTTCg > 2:322074/1‑143 (MQ=255) cTCCGGCAATGCCGCAGCATTTTGGGGTTGCTCACTGAGCCCAGGCGAGTCAGGGGTTCGCCGCAATGGGCAGGGTCATTGTGTGGCGCGCTGGTTTTCCAGGTCTTCAAGCTCAACGCGGTATTGGTGTGCTTCGTGTTCGTTATgg > 6:94561/1‑148 (MQ=255) | CAAGGTGAGTTGCAGCTGTGCATCAATGACGACCTGGACGGGCGTTACGGGGCTGGCCTGAGCGATAACCTGGGCAGCCTGTCGGTAGAGGTGCGTTTCGGGGCGGTGTAGGCCCTGTCATGGCAACCCCAC‑GATGCTCCGGCAATGCCGCAGCATTTTGGGGTTGCTCACTGAGCCCAGGCGAGTCAGGGGTTCGCCGCAATGGGCAGGGTCATTGTGTGGCGCGCTGGTTTTCCAGGTCTTCAAGCTCAACGCGGTATTGGTGTGCTTCGTGTTCGTTATGG > NC_002947/1858970‑1859253 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |