| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 2,249,988 | A→T | 6.9% | L184Q (CTG→CAG) | PP_1984 ← | LysR family transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,249,988 | 0 | A | T | 6.9% | 218.5 / 5.3 | 72 | L184Q (CTG→CAG) | PP_1984 | LysR family transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (35/32); new base T (2/3); total (37/35) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.70e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.66e-01 | |||||||||||
ACCATCATCTTGATGGTTTCCAGGTAGTTGGTGCTCATGGCGATGTTCGGCGTCAAGCCCTGGCTTTCGAACAGGCGCTGGACAATATGGTGGGTAAAGGTGTTGCCGCCGGGAAATACCGCCGGGTGGCGGGCGATGTCAGCCAGGCTGACCGACTGGTTGTTGGCCAGCGGGTGCTCGGGGGCGGCGACGAAGTCCAGGGCGTCGTCCCACACCGGCACGGCCTTGACCAAATGGTGCGGCTCGGGCGCCAGGGTGATAACGGCGATTTCGGCGCGGCCATGCAGAAT > NC_002947/2249844‑2250133 | acCATCATCTTGATGGTTTCCAGGTAGTTGGTGCTCATGGCGATGTTCGGCGTCAAGCCCTGGCTTTCGAACAGGCGCTGGACAATATGGTGGGTAAAGGTGTTGCCGCCGGGAAATACCGCCGGGTGGCGGGCGATGTCAGCCTGGCt < 3:122256/149‑1 (MQ=255) catcatCTTGATGGTTTCCAGGTAGTTGGTGCTCATGGCGATGTTCGGCGTCAAGCCCTGGCTTTCGAACAGGCGCTGGACAATATGGTGGGTAAAGGTGTTGCCGCCGGGAAATACCGCCGGGTGGCGGGCGATGTCAGCCAGGCTGa > 3:33244/1‑149 (MQ=255) atcatcTTGATGGTTTCCAGGTAGTTGGTGCTCATGGCGATGTTCGGCGTCAAGCCCTGGCTTTCGAACAGGCGCTGGACAATATGGTGGGTAAAGGTGTTGCCGCCGGGAAATACCGCCGGGTGGCGGGCGATGTCAGCCAGGCTGAc > 3:70759/1‑149 (MQ=255) aTGGTTTCCAGGTAGTTGGTGCTCATGGCGATGTTCGGCGTCAAGCCCTGGCTTTCGAACAGGCGCTGGACAATATGGTGGGTAAAGGTGTTGCCGCCGGGAAATACCGCCGGGTGGCGGGCGATGTCAGCCAGGCTGACCGACTGgtt > 2:193519/1‑149 (MQ=255) gTTTCCAGGTAGTTGGTGCTCATGGCGATGTTCGGCGTCAAGCCCTGGCTTTCGAACAGGCGCTGGACAATATGGTGGGTAAAGGTGTTGCCGCCGGGAAATACCGCCGGGTGGCGGGCGATGTCAGCCAGGCTGACCGACTGgttgtt < 3:137757/149‑1 (MQ=255) tttCCAGGTAGTTGGTGCTCATGGCGATGTTCGGCGTCAAGCCCTGGCTTTCGAACAGGCGCTGGACAATATGGTGGGTAAAGGTGTTGCCGCCGGGAAATACCGCCGGGTGGCGGGCGATGTCAGCCAGGCTGACCGACTGGttgttg < 1:218998/149‑1 (MQ=255) tttCCAGGTAGTTGGTGCTCATGGCGATGTTCGGCGTCAAGCCCTGGCTTTCGAACAGGCGCTGGACAATATGGTGGGTAAAGGTGTTGCCGCCGGGAAATACCGCCGGGTGGCGGGCGATGTCAGCCAGGCTGACCGACTGGttgttg < 4:70759/149‑1 (MQ=255) ttCCTGGTTGTTGGTGGTCTTTGGGATGTTCGGCGTCAAGGCCTGGGTTTCGAACAGGCGCTGGACAATATGGTGGGTAAAGGTTTTGCCGCCGGGAAATACCGCCGGGTGGCGGGCGATGTCAGCCAGGCTGACCGACTGGttgttg < 8:50604/148‑1 (MQ=255) ccAGGTAGTTGGTGCTCATGGCGATGTTCGGCGTCAAGCCCTGGCTTTCGAACAGGCGCTGGACAATATGGTGGGTAAAGGTGTTGCCGCCGGGAAATACCGCCGGGTGGCGGGCGATGTCAGCCAGGCTGACCGACTGGTTGTTGGc < 5:168019/148‑1 (MQ=255) 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tCAAGCCCTGGCTTTCGAACAGGCGCTGGACAATATGGTGGGTAAAGGTGTTGCCGCCGGGAAATACCGCCGGGTGGCGGGCGATGTCAGCCAGGCTGACCGACTGGTTGTTGGCCAGCGGGTGCTCGGGGGCGGCGACGAAGTCCAgg > 4:41705/1‑149 (MQ=255) cTGGCTTTCGAACAGGCGCTGGACAATATGGTGGGTAAAGGTGTTGCCGCCGGGAAATACCGCCGGGTGGCGGGCGATGTCAGCCAGGCTGACCGACTGGTTGTTGGCCAGCGGGTGCTCGGGGGCGGCGACGAAGTCCAGGGcgtcgt > 2:9525/1‑149 (MQ=255) ggCTTTCGAACAGGCGCTGGACAATATGGTGGGTAAAGGTGTTGCCGCCGGGAAATACCGCCGGGTGGCGGGCGATGTCAGCCAGGCTGACCGACTGGTTGTTGGCCAGCGGGTGCTCGGGGGCGGCGACGAAGTCCAGGGCGTCGTcc > 1:81114/1‑149 (MQ=255) tttCGAACAGGCGCTGGACAATATGGTGGGTAAAGGTGTTGCCGCCGGGAAATACCGCCGGGTGGCGGGCGATGTCAGCCAGGCTGACCGACTGGTTGTTGGCCAGCGGGTGCTCGGGGGCGGCGACGAAGTCCAGGGCGTCGTCCcac > 7:57096/1‑149 (MQ=255) tttCGAACAGGCGCTGGACAATATGGTGGGTAAAGGTGTTGCCGCCGGGAAATACCGCCGGGTGGCGGGCGATGTCAGCCAGGCTGACCGACTGGTTGTTGGCCAGCGGGTGCTCGGGGGCGGCGACGAAGTCCAGGGCGTCGTCCca > 7:254415/1‑148 (MQ=255) tttCGAACAGGCGCTGGACAATATGGTGGGTAAAGGTGTTGCCGCCGGGAAATACCGCCGGGTGGCGGGCGATGTCAGCCAGGCTGACCGACTGGTTGTTGGCCAGCGGGTGCTCGGGGGCGGCGACGAAGTCCAGGGCGTCGTCCca > 5:80751/1‑148 (MQ=255) gAACAGGCGCTGGACAATATGGTGGGTAAAGGTGTTGCCGCCGGGAAATACCGCCGGGTGGCGGGCGATGTCAGCCAGGCTGACCGACTGGTTGTTGGCCAGCGGGTGCTCGGGGGCGGCGACGAAGTCCAGGGCGTCGTCCCACACCg > 7:227361/1‑149 (MQ=255) gAACAGGCGCTGGACAATATGGTGGGTAAAGGTGTTGCCGCCGGGAAATACCGCCGGGTGGCGGGCGATGTCAGCCAGGCTGACCGACTGGTTGTTGGCCAGCGGGTGCTCGGGGGCGGCGACGAAGTCCAGGGCGTCGTCCCACACCg < 8:57096/149‑1 (MQ=255) aaCAGGCGCTGGACAATATGGTGGGTAAAGGTGTTGCCGCCGGGAAATACCGCCGGGTGGCGGGCGATGTCAGCCAGGCTGACCGACTGGTTGTTGGCCAGCGGGTGCTCGGGGGCGGCGACGAAGTCCAGGGCGTCGTCCCACACCgg < 4:248832/149‑1 (MQ=255) cTGGACAATATGGTGGGTAAAGGTGTTGCCGCCGGGAAATACCGCCGGGTGGCGGGCGATGTCAGCCAGGCTGACCGACTGGTTGTTGGCCAGCGGGTGCTCGGGGGCGGCGACGAAGTCCAGGGCGTCGTCCCACACCGGCACGGCCt > 6:201378/1‑149 (MQ=255) aaTATGGTGGGTAAAGGTGTTGCCGCCGGGAAATACCGCCGGGTGGCGGGCGATGTCAGCCAGGCTGACCGACTGATTGTTGGCCAGCGGGTGCTCGGGGGCGGCGACGAAGTCCAGGGCGTCGTCCCACACCGGCACGGCCTTGAcc > 5:42480/1‑148 (MQ=255) tggtggGTAAAGGTGTTGCCGCCGGGAAATACCGCCGGGTGGCGGGCGATGTCAGCCAGGCTGACCGACTGGTTGTTGGCCAGCGGGTGCTCGGGGGCGGCGACGAAGTCCAGGGCGTCGTCCCACACCGGCACGGCCTTGACCAAATg < 6:145699/149‑1 (MQ=255) ggtggGTAAAGGTGTTGCCGCCGGGAAATACCGCCGGGTGGCGGGCGATGTCAGCCAGGCTGACCGACTGGTTGTTGGCCAGCGGGTGCTCGGGGGCGGCGACGAAGTCCAGGGCGTCGTCCCACACCGGCACGGCCTTGACCAAATgg > 1:232204/1‑149 (MQ=255) ggtggGTAAAGGTGTTGCCGCCGGGAAATACCGCCGGGTGGCGGGCGATGTCAGCCAGGCTGACCGACTGGTTGTTGGCCAGCGGGTGCTCGGGGGCGGCGACGAAGTCCAGGGCGTCGTCCCACACCGGCACGGCCTTGACCAAATg < 8:254415/148‑1 (MQ=255) ggtggGTAAAGGTGTTGCCGCCGGGAAATACCGCCGGGTGGCGGGCGATGTCAGCCAGGCTGACCGACTGATTGTTGGCCAGCGGGTGCTCGGGGGCGGCGACGAAGTCCAGGGCGTCGTCCCACACCGGCACGGCCTTGACCAAATg < 6:42480/148‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) gggcgATGTCAGCCAGGCTGACCGACTGGTTGTTGGCCAGCGGGTGCTCGGGGGCGGCGACGAAGTCCAGGGCGTCGTCCCACACCGGCACGGCCTTGACCAAATGGTGCGGCTCGGGCGCCAGGGTGATAACGGCGATTTCGGCGCgg < 1:193519/149‑1 (MQ=255) ggcgATGTCAGCCAGGCTGACCGACTGGTTGTTGGCCAGCGGGTGCTCGGGGGCGGCGACGAAGTCCAGGGCGTCGTCCCACACCGGCACGGCCTTGACCAAATGGTGCGGCTCGGGCGCCAGGGTGATAACGGCGATTTCGGCGCGGc > 5:254594/1‑149 (MQ=255) tcggTCAGCCTGGCTGACCGACTGGTTGTTGGCCAGCGGGTGCTCGGGGGCGGCGACGAAGTCCAGGGCGTCGTCCCACACCGGCACGGCCTTGACCAAATGGTGCGGCTCGGGCGCCAGGGTGATAACGGCGa > 5:60629/4‑134 (MQ=255) tcggTCAGCCTGGCTGACCGACTGGTTGTTGGCCAGCGGGTGCTCGGGGGCGGCGACGAAGTCCAGGGCGTCGTCCCACACCGGCACGGCCTTGACCAAATGGTGCGGCTCGGGCGCCAGGGTGATAACGGCGa < 6:60629/131‑1 (MQ=255) gATGTCAGCCAGGCTGACCGACTGGTTGTTGGCCAGCGGGTGCTCGGGGGCGGCGACGAAGTCCAGGGCGTCGTCCCACACCGGCACGGCCTTGACCAAATGGTGCGGCTCGGGCGCCAGGGTGATAACGGCGATTTCGGCGCGGCCAt > 2:280970/1‑149 (MQ=255) tCAGCCAGGCTGACCGACTGGTTGTTGGCCAGCGGGTGCTCGGGGGCGGCGACGAAGTCCAGGGCGTCGTCCCACACCGGCACGGCCTTGACCAAATGGTGCGGCTCGGGCGCCAGGGTGATAACGGCGATTTCGGCGCGGcc < 4:223166/143‑1 (MQ=255) tCAGCCAGGCTGACCGACTGGTTGTTGGCCAGCGGGTGCTCGGGGGCGGCGACGAAGTCCAGGGCGTCGTCCCACACCGGCACGGCCTTGACCAAATGGTGCGGCTCGGGCGCCAGGGTGATAACGGCGATTTCGGCGCGGcc > 3:223166/1‑143 (MQ=255) aGCCAGGCTGACCGACTGGTTGTTGGCCAGCGGGTGCTCGGGGGCGGCGACGAAGTCCAGGGCGTCGTCCCACACCGGCACGGCCTTGACCAAATGGTGCGGCTCGGGCGCCAGGGTGATAACGGCGATTTCGGCGCGGCCATGCAGa < 3:178588/148‑1 (MQ=255) gCCAGGCTGACCGACTGGTTGTTGGCCAGCGGGTGCTCGGGGGCGGCGACGAAGTCCAGGGCGTCGTCCCACACCGGCACGGCCTTGACCAAATGGTGCGGCTCGGGCGCCAGGGTGATAACGGCGATTTCGGCGCGGCCATGCAGAAt > 4:139820/1‑149 (MQ=255) | ACCATCATCTTGATGGTTTCCAGGTAGTTGGTGCTCATGGCGATGTTCGGCGTCAAGCCCTGGCTTTCGAACAGGCGCTGGACAATATGGTGGGTAAAGGTGTTGCCGCCGGGAAATACCGCCGGGTGGCGGGCGATGTCAGCCAGGCTGACCGACTGGTTGTTGGCCAGCGGGTGCTCGGGGGCGGCGACGAAGTCCAGGGCGTCGTCCCACACCGGCACGGCCTTGACCAAATGGTGCGGCTCGGGCGCCAGGGTGATAACGGCGATTTCGGCGCGGCCATGCAGAAT > NC_002947/2249844‑2250133 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |