| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 2,291,309 | C→T | 43.6% | S220S (AGC→AGT) | PP_2018 → | BNR domain‑containing protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,291,309 | 0 | C | T | 43.6% | 58.6 / 145.2 | 126 | S220S (AGC→AGT) | PP_2018 | BNR domain‑containing protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (35/36); new base T (28/27); total (63/63) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.04e-01 | |||||||||||
Only 100 of 127 total aligned reads displayed.
AGGGCGGCATGTTCCGCTCCACCGACAACGGCCAGACCTGGGCCAAGGTCCAGGGCCCCTACGAGGGCTCGCTGTTCGGCGTGATCGGCACCGCCAGGCCGCAGACCCTGCTGGCCTACGGCCTTCGCGGCAACCTGTTCCGCTCCAGCGACTTCGGTGACAACTGGCAGCCGATCGAACTCAAGGCCGCACGCGGTACCCTGGAGTTCGGCCTGGCAGGCGCTACGCTTGTCGATGATGGCACCCTGGTGCTGGTCGGCAATGGTGGCAGCGTGCTGCGCAGCACGGACGACGG > NC_002947/2291161‑2291455 | aGGGCGGCATGTTCCGCTCCACCGACAACGGCCAGACCTGGGCCAAGGTCCAGGGCCCCTACGAGGGCTCGGTGTTCGGCGTGATCGGCACCGCCAGGCCGCAGACCCTGCTGGCGTACGGCCTTCGCGGCAAGCTGTTCCGCTCCAGc < 8:223284/149‑1 (MQ=255) tGTTCCGCTCCACCGACAACGGCCAGACCTGGGCCAAGGTCCAGGGCCCCTACGAGGGCTCGCTGTTCGGCGTGATCGGCACCGCCAGGCCGCAGACCCTGCTGGCCTACGGCCTTCGCGGCAACCTGTTCCGCTCCAGCGACTTCGGt < 8:223518/149‑1 (MQ=255) gTTCCGCTCCACCGACAACGGCCAGACCTGGGCCAAGGTCCAGGGCCCCTACGAGGGCTCGCTGTTCGGCGTGATCGGCACCGCCAGGCCGCAGACCCTGCTGGCCTACGGCCTTCGCGGCAACCTGTTCCGCTCCAGCGACTTCGGTg > 3:256788/1‑149 (MQ=255) ccGCTCCACCGACAACGGCCAGACCTGGGCCAAGGTCCAGGGCCCCTACGAGGGCTCGCTGTTCGGCGTGATCGGCACCGCCAGGCCGCAGACCCTGCTGGCCTACGGCCTTCGCGGCAACCTGTTCCGCTCCAGCGACTTCGGTGAc < 3:207626/148‑1 (MQ=255) gCTCCACCGACAACGGCCAGACCTGGGCCAAGGTCCAGGGCCCCTACGAGGGCTCGCTGTTCGGCGTGATCGGCACCGCCAGGCCGCAGACCCTGCTGGCCTACGGCCTTCGCGGCAACCTGTTCCGCTCCAGTGACTTCGGTGACAAc > 3:130985/1‑149 (MQ=255) ccACCGACAACCGCCAGACCTCGGCCAAGGACCAGGGCCCCAACCACGGCTCGCTGTTCGGCGTGATCGGCACCGCCAGGCCGCAGACCCTGCTGGCCTACGGCCTTCGCGGCAACCTCTTCCGCTCCAGCCACTTCGGTGACAACTgg > 4:288560/1‑149 (MQ=255) cACCGACAACGGCCAGACCTGGGCCAAGGTCCAGGGCCCCTACGAGGGCTCGCTGTTCGGCGTGATCGGCACCGCCAGGCCGCAGACCCTGCTGGCCTACGGCCTTCGCGGCAACCTGTTCCGCTCCAGCGACTTCGGTGACAACTgg < 6:333186/148‑1 (MQ=255) cACCGACAACGGCCAGACCTGGGCCAAGGTCCAGGGCCCCTACGAGGGCTCGCTGTTCGGCGTGATCGGCACCGCCAGGCCGCAGACCCTGCTGGCCTACGGCCTTCGCGGCAACCTGTTCCGCTCCAGCGACTTCGGTGACAACTgg < 2:148858/148‑1 (MQ=255) aCCGACAACGGCCAGACCTGGGCCAAGGTCCAGGGCCCCTACGAGGGCTCGCTGTTCGGCGTGATCGGCACCGCCAGGCCGCAGACCCTGCTGGCCTACGGCCTTCGCGGCAACCTGTTCCGCTCCAGCGACTTCGGTGACAACTGGCa < 1:283903/149‑1 (MQ=255) ccGACAACGGCCAGACCTGGGCCAAGGTCCAGGGCCCCTACGAGGGCTCGCTGTTCGGCGTGATCGGCACCGCCAGGCCGCAGACCCTGCTGGCCTACGGCCTTCGCGGCAACCTGTTCCGCTCCAGCGACTTCGGTGACAACTGGCAg > 4:194338/1‑149 (MQ=255) ccGACAACGGCCAGACCTGGGCCAAGGTCCAGGGCCCCTACGAGGGCTCGCTGTTCGGCGTGATCGGCACCGCCAGGCCGCAGACCCTGCTGGCCTACGGCCTTCGCGGCAACCTGTTCCGCTCCAGCGACTTCGGTGACAACTGGCAg > 3:178627/1‑149 (MQ=255) cGACAACGGCCAGACCTGGGCCAAGGTCCAGGGCCCCTACGAGGGCTCGCTGTTCGGCGTGATCGGCACCGCCAGGCCGCAGACCCTGCTGGCCTACGGCCTTCGCGGCAACCTGTTCCGCTCCAGTGACTTCGGTGACAACTGGCAGc < 2:176949/149‑1 (MQ=255) cAACGGCCAGACCTGGGCCAAGGTCCAGGGCCCCTACGAGGGCTCGCTGTTCGGCGTGATCGGCACCGCCAGGCCGCAGACCCTGCTGGCCTACGGCCTTCGCGGCAACCTGTTCCGCTCCAGTGACTTCGGTGACAACTGGCAGCCGa < 3:283319/149‑1 (MQ=255) aCGGCCAGACCTGGGCCAAGGTCCAGGGCCCCTACGAGGGCTCGCTGTTCGGCGTGATCGGCACCGCCAGGCCGCAGACCCTGCTGGCCTACGGCCTTCGCGGCAACCTGTTCCGCTCCAGCGACTTCGGTGACAACTGGCAGCCGATc > 1:121737/1‑149 (MQ=255) gCCAGACCTGGGCCAAGGTCCAGGGCCCCTACGAGGGCTCGCTGTTGGGCGTGATCGGCAAAGCCAGGCCGAACACCCAGCTGGCCTACGGCCTTCGCCCCGACCTGTTCCGCTCCACCGACTTCGGTGACAACTCGAAGCCGATCgc > 8:185095/1‑147 (MQ=255) ccAGACCTGGGCCAAGGTCCAGGGCCCCTACGAGGGCTCGCTGTTCGGCGTGATCGGCACCGCCAGGCCGCAGACCCTGCTGGCCTACGGCCTTCGCGGCAACCTGTTCCGCTCCAGCGACTTCGGTGACAACTGGCAGCCGATCGAAc < 1:313473/149‑1 (MQ=255) cAGACCTGGGCCAAGGTCCAGGGCCCCTACGAGGGCTCGCTGTTCGGCGTGATCGGCACCGCCAGGCCGCAGACCCTGCTGGCCTACGGCCTTCGCGGCAACCTGTTCCGCTCCAGTGACTTCGGTGACAACTGGCAGCCGATCGAACt > 2:77300/1‑149 (MQ=255) aGACCTGGGCCAAGGTCCAGGGCCCCTACGAGGGCTCGCTGTTCGGCGTGATCGGCACCGCCAGGCCGCAGACCCTGCTGGCCTACGGCCTTCGCGGCAACCTGTTCCGCTCCAGTGACTTCGGTGACAACTGGCAGCCGATCGAACt > 4:65858/1‑148 (MQ=255) 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(MQ=255) cccTACGAGGGCTCGCTGTTCGGCGTGATCGGCACCGCCAGGCCGCAGACCCTGCTGGCCTACGGCCTTCGCGGCAACCTGTTCCGCTCCAGCGACTTCGGTGACAACTGGCAGCCGATCGAACTCAAGGCCGCACGCGGTACCCTGGa < 6:181150/149‑1 (MQ=255) cccTACGAGGGCTCGCTGTTCGGCGTGATCGGCACCGCCAGGCCGCAGACCCTGCTGGCCTACGGCCTTCGCGGCAACCTGTTCCGCTCCAGCGACTTCGGTGACAACTGGCAGCCGATCGAACTCAAGGCCGCACGCGGTACCCTGGa < 4:256788/149‑1 (MQ=255) gggCTCGCTGTTCGGCGTGATCGGCACCGCCAGGCCGCAGACCCTGCTGGCCTACGGCCTTCGCGGCAACCTGTTCCGCTCCAGCGACTTCGGTGACAACTGGCAGCCGATCGAACTCAAGGCCGCACGCGGTACCCTGGAGTTCGGcc > 2:96276/1‑149 (MQ=255) gggCTCGCTGTTCGGCGTGATCGGCACCGCCAGGCCGCAGACCCTGCTGGCCTACGGCCTTCGCGGCAACCTGTTCCGCTCCAGCGACTTCGGTGACAACTGGCAGCCGATCGAACTCAAGGCCGCACGC‑GTACCCTGGAGTTCGGCCt > 5:1555/1‑149 (MQ=255) gCTCGCTGTTCGGCGTGATCGGCACCGCCAGGCCGCAGACCCTGCTGGCCTACGGCCTTCGCGGCAACCTGTTCCGCTCCAGTGACTTCGGTGACAACTGGCAGCCGATCGAACTCAAGGCCGCACGCGGTACCCTGGAGTTCGGCCTg > 8:22996/1‑149 (MQ=255) 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ccTACGGCCTTCGCGGCAACCTGTTCCGCTCCAGCGACTTCGGTGACAACTGGCAGCCGATCGAACTCAAGGCCGCACGCGGTACCCTGGAGTTCg > 3:14008/1‑96 (MQ=255) cGGCCTTCGCGGCAACCTGTTCCGCTCCAGTGACTTCGGTGACAACTGGCAGCCGATCGAACTCAAGGCCGCACGCGGTACCCTGGAGTTCGGCCTGGCAGGCGCTACGCTTGTCGATGATGGCACCCTGGTGCTGGTCGGCAAtggtg < 3:65858/149‑1 (MQ=255) cGGCCTTCGCGGCAACCTGTTCCGCTCCAGCGACTTCGGTGACAACTGGCAGCCGATCGAACTCAAGGCCGCACGCGGTACCCTGGAGTTCGGCCTGGCAGGCGCTACTCTTGTCGATGATGGCACCCTGGTGCTGGTCGGCAAtggtg < 3:56676/149‑1 (MQ=255) cGGCCTTCGCGGCAACCTGTTCCGCTCCAGCGACTTCGGTGACAACTGGCAGCCGATCGAACTCAAGGCCGCACGCGGTACCCTGGAGTTCGGCCTGGCAGGCGCTACGCTTGTCGATGATGGCACCCTGGTGCTGGTCGGCAAtggt < 4:118644/148‑1 (MQ=255) cGGCCTTCGCGGCAACCTGTTCCGCTCCAGCGACTTCGGTGACAACTGGCAGCCGATCGAACTCAAGGCCGCACGCGGTACCCTGGAGTTCGGCCTGGCAGGCGCTACGCTTGTCGATGATGGCACCCTGGTGCTGGTCGGCAAtggt < 5:8203/148‑1 (MQ=255) cGGCCTTCGCGGCAACCTGTTCCGCTCCAGCGACTTCGGTGACAACTGGCAGCCGATCGAACTCAAGGCCGCACGCGGTACCCTGGAGTTCGGCCTGGCAGGCGCTACGCTTGTCGATGATGGCACCCTGGTGCTGGTCGGCAAtggt < 7:276722/148‑1 (MQ=255) ggCCTTCGCGGCAACCTGTTCCGCTCCAGTGACTTCGGTGACAACTGGCAGCCGATCGAACTCAAGGCCGCACGCGGTACCCTGGAGTTCGGCCTGGCAGGCGCTACGCTTGTCGATGATGGCACCCTGGTGCTGGTCGGCAAtggtgg < 5:85212/149‑1 (MQ=255) ccTTCGCGGCAACCTGTTCCGCTCCAGCGACTTCGGTGACAACTGGCAGCCGATCGAACTCAAGGCCGCACGCGGTAcc > 7:121537/1‑79 (MQ=255) ccTTCGCGGCAACCTGTTCCGCTCCAGCGACTTCGGTGACAACTGGCAGCCGATCGAACTCAAGGCCGCACGCGGTAcc < 8:121537/79‑1 (MQ=255) cTTCGCGGCAACCTGTTCCGCTCCAGTGACTTCGGTGACAACTGGCAGCCGATCGAACTCAAGGCCGCACGCGGTCCCCTGGAGTTCGGCCTGGCAGGCGCTACGCTTGTCGATGATGGCACCCTGGTGCTGGTCGGCAATGGTGGccg > 8:157249/1‑147 (MQ=255) ttCGCGGCAACCTGTTCCGCTCCAGTGACTTCGGTGACAACTGGCAGCCGATCGAACTCAAGGCCGCACGCGGTACCCTGGAGTTCGGCCTGGCAGGCGCTACGCTTGTCGATGATGGCACCCTGGTGCTGGTCGGCAATGGTGGCAGc > 3:34663/1‑149 (MQ=255) ttCGCGGCAACCTGTCCCGCTCCAGTGACTTCGGTGACAACTGGCAGCCGATCGAACTCAAGGCCGCACGCGGTACCCTGGAGTTCGGCCTGGCAGGCGCTACGCTTGTCGatgatg > 2:46952/1‑117 (MQ=255) gcgGCAACCTGTTCCGCTCCAGTGACTTCGGTGACAACTGGCAGCCGATCGAACTCAAGGCCGCACGCGGTACCCTGGAGTTCGGCCTGGCAGGCGCTACGCTTGTCga > 6:287229/1‑109 (MQ=255) gcgGCAACCTGTTCCGCTCCAGTGACTTCGGTGACAACTGGCAGCCGATCGAACTCAAGGCCGCACGCGGTACCCTGGAGTTCGGCCTGGCAGGCGCTACGCTTGTCGATGATGGCACCCTGGTGCTGGTCGGCAATGGTGGCAGCGt < 7:22996/148‑1 (MQ=255) gcgGCAACCTGTTCCGCTCCAGCGACTTCGGTGACAACTGGCAGCCGATCGAACTCAAGGCCGCACGCGGTACCCTGGAGTTCGGCCTGGCAGGCGCTACGCTTGTCGATGATGGCACCCTGGTGCTGGTCGGCAATGGTGGCAGCGtg < 6:197970/149‑1 (MQ=255) aCCTGTTCCGCTCCAGCGACTTCGGTGACAACTGGCAGCCGATCGAACTCAAGGCCGCACGCGGTACCCTGGAGTTCGGCCTGGCAGGCGCTACGCTTGTCGATGATGGCACCCTGGTGCTGGTCGGCAATGGTGGCAGCGTGCTgcgc > 2:323230/1‑149 (MQ=255) tGTTCCGCTCCAGTGACTTCGGTGACAACTGGCAGCCGATCGAACTCAAGGCCGCACGCGGTACCCTGGAGTTCGGCCTGGCAGGCGCTACGCTTGTCGATGATGGCACCCTGGTGCTGGTCGGCAATGGTGGCAGCGTGCTGCgcag > 8:215633/1‑148 (MQ=255) tGTTCCGCTCCAGCGACTTCGGTGACAACTGGCAGCCGATCGAACTCAAGGCCGCACGCGGTACCCTGGAGTTCGGCCTGGCAGGCGCTACGCTTGTCGATGATGGCACCCTGGTGCTGGTCTGCAATGGTGGCAGCGTGCTGAgcat > 6:134068/1‑147 (MQ=255) gTTCCGCTCCAGCGACTTCGGTGACAACTGGCAGCCGATCGAACTCAAGGCCGCACGCGGTACCCTGGAGTTCGGCCTGGCAGGCGCTACGCTTGTCGATGATGGc < 8:269217/106‑1 (MQ=255) ttCCGCTCCAGTGACTTCGGTGACAACTGGCAGCCGATCGAACTCAAGGCCGCACGCGGTACCCTGGAGTTCGGCCTGGCAGGCGCTACGCTTGTCGATGATGGCACCCTGGTGCTGGTCGGCAATGGTGGCAGCGTGCTGCgcagc < 1:42916/147‑1 (MQ=255) ttCCGCTCCAGTGACTTCGGTGACAACTGGCAGCCGATCGAACTCAAGGCCGCACGCGGTACCCTGGAGTTCGGCCTGGCAGGCGCTACGCTTGTCGATGATGGCACCCTGGTGCTGGTCGGCAATGGTGGCAGCGTGCTGCGCAGCAc > 7:144509/1‑149 (MQ=255) ccGCTCCAGTGACTTCGGTGACAACTGGCAGCCGATCGAACTCAAGGCCGCACGCGGTACCCTGGAGTTCGGCCTGGCAGGCGCTACGCTTGTCGATGATCGCACCCTGGTGCTGGTCGGCAATGGTGGCAGCGTGCTGCGCAGCACg < 7:281598/148‑1 (MQ=255) ccGCTCCAGCGACTTCGGTGACAACTGGCAGCCGATCGAACTCAAGGCCGCACGCGGTACCCTGGAGTTCGGCCTGGCAGGCGCTACGCTTGTCGATGATGGCACCCTGGTGCTGGTCGGCAATGGTGGCAGCGTGCTGCGCAGCACg < 2:121737/148‑1 (MQ=255) cGCTCCAGCGACTTCGGTGACAACTGGCAGCCGATCGAACTCAAGGCCGCTCGCGGTACCCTGGAGTTCGGCCTGGCAGGCGCTACGCTTGTCGATGATGGCACCCTGGTGCTGGTCGGCAATGGTGGCAGCGTGCTGCGCAGCACGga < 3:316041/149‑1 (MQ=255) gCTCCAGTGACTTCGGTGACAACTGGCAGCCGATCGAACTCAAGGCCGCACGCGGTACCCTGGAGTTCGGCCTGGCAGGCGCTACGCTTGTCGATGATGGCACCCTGGTGCTGGTCGGCAATGGTGGCAGCGTGCTGTGCAGCACGgac < 4:251693/149‑1 (MQ=255) gCTCCAGCGACTTCGGTGACAACTGGCAGCCGATCGAACTCAAGGCCGCACGCGGTACCCTGGAGTTCGGCCTGGCAGGCGCTACGCTTGTCGATGATGGCCCCCTGGTGCTGGTCGGCAATGGTGGCAGCGTGCTGCGCAGCACGgac > 2:100460/1‑149 (MQ=255) gCTCCAGCGACTTCGGTGACAACTGGCAGCCGATCGAACTCAAGGCCGCACGCGGTACCCTGGAGTTCGGCCTGGCAGGCGCTACGCTTGTCGATGATGGCACCCTGGTGCTGGTCGGCAATGGTGGCAGCGTGCTGCGCAGCACGgac > 7:9927/1‑149 (MQ=255) ccAGTGACTTCGGTGACAACTGGCAGCCGATCGAACTCAAGGCCGCACGCGGTACCCTGGAGTTCGGCCTGGCAGGCGCTACGCTTGTCGATGATGGCACCCTGGTGCTGGTCGGCAATGGTGGCAGCGTGCTGCGCAGCACGgacgcc > 4:34081/1‑147 (MQ=255) | AGGGCGGCATGTTCCGCTCCACCGACAACGGCCAGACCTGGGCCAAGGTCCAGGGCCCCTACGAGGGCTCGCTGTTCGGCGTGATCGGCACCGCCAGGCCGCAGACCCTGCTGGCCTACGGCCTTCGCGGCAACCTGTTCCGCTCCAGCGACTTCGGTGACAACTGGCAGCCGATCGAACTCAAGGCCGCACGCGGTACCCTGGAGTTCGGCCTGGCAGGCGCTACGCTTGTCGATGATGGCACCCTGGTGCTGGTCGGCAATGGTGGCAGCGTGCTGCGCAGCACGGACGACGG > NC_002947/2291161‑2291455 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |