| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 2,301,774 | C→T | 5.5% | L30L (CTG→TTG) ‡ | PP_5497 → | rhs repeat‑associated core domain‑containing protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,301,774 | 0 | C | T | 5.5% | 390.3 / 7.1 | 127 | L30L (CTG→TTG) ‡ | PP_5497 | rhs repeat‑associated core domain‑containing protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (59/60); new base T (4/3); total (63/64) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 129 total aligned reads displayed.
TGCGGCGGAAAAATTGTGTTCGAGCAAACTACAACTGGCTCACTTGTATGAGGCTAGGCGATGGCGACCTTGGCACAGGTCTATACAGCATACGGGTACTCCAAGCGGCCATCGAAAAGCACGCTACTCGGTTTC‑AACGGCGAACGGCTGGCCGTTGAGTTGACGAGTTACCTATTGGGCAACGGGTATCGTGCATTCAGCCCGGCTCTGATGCGCTTTCTGTCGGCGGACAGCTTCAGCCCGTTTGGTGAGGGTGGGGTGAACAGCTACGCCTTTTGTTCGAATGATCCTGTTAA > NC_002947/2301627‑2301922 | tGCGGCGGAAAAATTGTGTTCGAGCAAACTACAACTGGCTCACTTGTATGAGGCTAGGCGATGGCGACCTTGGCACAGGTCTATACAGCATACGGGTACTCCAAGCGGCCATCGAAAAGCACGCTACTCGGTTTC‑AACGGCGAACGGCt > 8:252404/1‑149 (MQ=255) ggAAAAATTGTGTTCGAGCAAACTACAACTGGCTCACTTGTATGAGGCTAGGCGATGGCGACCTTGGCACAGGTCTATACAGCATACGGGTACTCCAAGCGGCCATCGAAAAGCACGCTACTCGGTTTC‑AACGGCGAACGGCTGGCCgt > 1:131974/1‑149 (MQ=255) ggAAAAATTGTGTTCGAGCAAACTACAACTGGCTCACTTGTATGAGGCTAGGCGATGGCGACCTTGGCACAGGTCTATACAGCATACGGGTACTCCAAGCGGCCATCGAAAAGCACGCTACTCGGTTTC‑AACGGCGAACGGCTGGCCgt < 6:60231/149‑1 (MQ=255) ggAAAAATTGTGTTCGAGCAAACTACAACTGGCTCACTTGTATGAGGCTAGGCGATGGCGACCTTGGCACAGGTCTATACAGCATACGGGTACTCCAAGCGGCCATCGAAAAGCACGCTACTCGGTTTC‑AACGGCGAACGGCTGGCCgt > 2:39905/1‑149 (MQ=255) ggAAAAATTGTGTTCGAGCAAACTACAACTGGCTCACTTGTATGAGGCTAGGCGATGGCGACCTTGGCACAGGTCTATACAGCATACGGGTACTCCAAGCGGCCATCGAAAAGCACGCTACTCGGTTTC‑AACGGCGAACGGCTGGCCgt > 6:18744/1‑149 (MQ=255) gAAAAATTGTGTTCGAGCAAACTACAACTGGCTCACTTGTATGAGGCTAGGCGATGGCGACCTTGGCACAGGTCTATACAGCATACGGGTACTCCAAGCGGCCATCGAAAAGCACGCTACTCGGTTTC‑AACGGCGAACGGCTGGCCgtt < 7:252404/149‑1 (MQ=255) gAAAAATTGTGTTCGAGCAAACTACAACTGGCTCACTTGTATGAGGCTAGGCGATGGCGACCTTGGCACAGGTCTATACAGCATACGGGTACTCCAAGCGGCCATCGAAAAGCACGCTACTCGGTTTC‑AACGGCGAACGGCTGGCCgtt > 6:274301/1‑149 (MQ=255) aaaaTTGTGTTCGAGCAAACTACAACTGGCTCACTTGTATGAGGCTAGGCGATGGCGACCTTGGCACAGGTCTATACAGCATACGGGTACTCCAAGCGGCCATCGAAAAGCACGCTACTCGGTTTC‑AACGGCGAACGGCTGGCCgttga < 4:307101/149‑1 (MQ=255) aaaaTTGTGTTCGAGCAAACTACAACTGGCTCACTTGTATGAGGCTAGGCGATGGCGACCTTGGCACAGGTCTATACAGCATACGGGTACTCCAAGCGGCCATCGAAAAGCACGCTACTCGGTTTC‑AACGGCGAACGGCTGGCCgttga < 1:39905/149‑1 (MQ=255) tgtTCGAGCAAACTACAACTGGCTCACTTGTATGAGGCTAGGCGATGGCGACCTTGGCACAGGTCTATACAGCATACGGGTACTCCAAGCGGCCATCGAAAAGCACGCTACTCGGTTTC‑AACGGCGAACGGCTGGCCGTTGAGTTGAc < 7:92985/148‑1 (MQ=255) gtTCGAGCAAACTACAACTGGCTCACTTGTATGAGGCTAGGCGATGGCGACCTTGGCACAGGTCTATACAGCATACGGGTACTCCAAGCGGCCATCGAAAAGCACGCTACTCGGTTTC‑AACGGCGAACGGCTGGCCGTTGAGTTGAc > 5:198970/1‑147 (MQ=255) ttCGAGCAAACTACAACTGGCTCACTTGTATGAGGCTAGGCGATGGCGACCTTGGCACAGGTCTATACAGCATACGGGTACTCCAAGCGGCCCTCGAAAAGCACGCTACTCGGTTTC‑AACGGCGAACGGCTGGCCGTTGAGTTGACGa < 4:181864/148‑1 (MQ=255) gAGCAAACTACAACTGGCTCACTTGTATGAGGCTAGGCGATGGCGACCTTGGCACAGGTCTATACAGCATACGGGTACTCCAAGCGGCCATCGAAAAGCACGCTACTCGGTTTC‑AACGGCGAACGGCTGGCCgttgag > 1:177688/1‑138 (MQ=255) 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(MQ=255) cACGCTACTCGGTTTC‑AACGGCGAACGGCTGGCCGTTGAGTTGACGAGTTACCTATTGGGCAACGGGTATCGTGCATTCAGCCCGGCTCTGATGCGCTTTCTGTCGGCGGACAGCTTCAGCCCGTTTGGTGAGGGTGGGGTGAACAGCt < 7:218986/149‑1 (MQ=255) cGCTACTCGGTTTC‑AACGGCGAACGGCTGGCCGTTGAGTTGACGAGTTACCTATTGGGCAACGGGTATCGTGCATTCAGCCCGGCTCTGATGCGCTTTCTGTCGGCGGACAGCTTCAGCCCGTTTGGTGAGGGTGGGGTGAACAGCTAc < 7:243299/149‑1 (MQ=255) tCGGTTTC‑AACGGCGAACGGCTGGCCGTTGAGTTGACGAGTTACCTATTGGGCAACGGGTATCGTGCATTCAGCCCGGCTCTGATGCGCTTTCTGTCGGCGGACAGCTTCAGCCCGTTTGGTGAGGGTGGGGTGAACAGCTACGCCttt > 4:107417/1‑149 (MQ=255) tttC‑AACGGCGAACGGCTGGCCGTTGAGTTGACGAGTTACCTATTGGGCAACGGGTATCGTGCATTCAGCCCGGCTCTGATGCGCTTTCTGTcggc > 4:195955/1‑96 (MQ=255) tttC‑AACGGCGAACGGCTGGCCGTTGAGTTGACGAGTTACCTATTGGGCAACGGGTATCGTGCATTCAGCCCGGCTCTGATGCGCTTTCTGTCGGCGGACAGCTTCAGCCCGTTTGGTGAGGGTGGGGTGAACAGCTACGCCtttt > 6:304164/1‑146 (MQ=255) tttC‑AACGGCGAACGGCTGGCCGTTGAGTTGACGAGTTACCTATTGGGCAACGGGTATCGTGCATTCAGCCCGGCTCTGATGCGCTTTCTGTCGGCGGACAGCTTCAGCCCGTTTGGTGAGGGTGGGGTGAACAGCTACGCCtttt < 5:304164/146‑1 (MQ=255) tttC‑AACGGCGAACGGCTGGCCGTTGAGTTGACGAGTTACCTATTGGGCAACGGGTATCGTGCATTCAGCCCGGCTCTGATGCGCTTTCTGTCGGCGGACAGCTTCAGCCCGTTTGGTGAGGGTGGGGTGAACAGCTACGCCTTTTGtt < 1:276088/149‑1 (MQ=255) ctC‑AACGGCCAGCCGTTCGCCGTTGAGTTGACGAGTTACCTATTGGGCAACGGGTATCGTGCATTCAGCCCGGCTCTGATGCGCTTTCTGTCGGCGGACAGCTTCAGCCCGTTTGGTGAGGGTGGGGTGAACAGCTACGCCTTTTGTTc > 7:86593/2‑149 (MQ=255) tC‑AACGGCCAGCCGTTCGCCGTTGAGTTGACGAGTTACCTATTGGGCAACGGGTATCGTGCATTCAGCCCGGCTCTGATGCGCTTTCTGTCGGCGGACAGCTTCAGCCCGTTTGGTGAGGGTGGGGTGAACAGCTACGCCTTTTGTTc > 3:14725/1‑148 (MQ=255) aaCGGCGAACGTCTGGCCGTTGAGTTGACGAGTTACCTATTGGGCAACGGGTATCGTTCATTCAGCCCGGCTCTGATGCGCTTTCTGTCGGCGGACAGCTTCAGCCCGTTTGGTGAGGGTGGGGTGAACAGCTACGCCTTTTGTTCGaa < 2:168865/149‑1 (MQ=255) aaCGGCGAACGGCTGGCCGTTGAGTTGACGAGTTACCTATTGGGCAACGGGTATCGTGCATTCAGCCCGGCTCTGATGCGCTTTCTGTCGGCGGACAGCTTCAGCCCGtt < 5:26816/110‑1 (MQ=255) aaCGGCGAACGGCTGGCCGTTGAGTTGACGAGTTACCTATTGGGCAACGGGTATCGTGCATTCAGCCCGGCTCTGATGCGCTTTCTGTCGGCGGACAGCTTCAGCCCGtt > 6:26816/1‑110 (MQ=255) aaCGGCGAACGACTGGCCGTTGAGTTGACGAGTTACCTATTGGGCAACGGGTATCGTGCATTCAGCCCGGCTCTGATGCGCTTTCTGTCGGCGGACAGCTTCAGCCCGTTTGGTGAGGGTGGGGTGAACAGCTACGCCTTTTGTTCGaa < 6:259971/149‑1 (MQ=255) ggCGAACGGCTGGCCGTTGAGTTGACGAGTTACCTATTGGGCAACGGGTATCGTGCATTCAGCCCGGCTCTGATGCGCTTTCTGTCGGCGGACAGCTTCAGCCCGTTTGGTGAGGGTGGGGTGAACAGCTACGCCTTTTGTTCGAATGa > 7:169469/1‑149 (MQ=255) cGAACGGCTGGCCGTTGAGTTGACGAGTTACCTATTGGGCAACGGGTATCGTGCATTCAGCCCGGCTCTGATGCGCTTTCTGTCGGCGGACAGCTTCAGCCCGTTTGGTGAGGGTGGGGTGAACAg < 6:264508/126‑1 (MQ=255) cGAACGGCTGGCCGTTGAGTTGACGAGTTACCTATTGGGCAACGGGTATCGTGCATTCAGCCCGGCTCTGATGCGCTTTCTGTCGGCGGACAGCTTCAGCCCGTTTGGTGAGGGTGGGGTGAACAg > 5:264508/1‑126 (MQ=255) gAACGGCTGGCCGTTGAGTTGACGAGTTACCTATTGGGCAACGGGTATCGTGCATTCAGCCCGGCTCTGATGCGCTTTCTGTCGGCGGACAGCTTCAGCCCGtt < 2:44714/104‑1 (MQ=255) cGGCTGGCCGTTGAGTTGACGAGTTACCTATTGGGCAACGGGTATCGTGCATTCAGCCCGGCTCTGATGCGCTTTCTGTCGGCGGACAGCTTCAGCCCGTTTGGTGAGGGTGGGGTGAACAGCTACGCCTTTTGTTCGAATGATCCTGt < 1:292176/149‑1 (MQ=255) cGGCTGGCCGTTGAGTTGACGAGTTACCTATTGGGCAACGGGTATCGTGCATTCAGCCCGGCTCTGATGCGCTTTCTGTCGGCGGACAGCTTCAGCCCGTTTGGTGAGGGTGGGGTGAACAGCTACGCCTTTTGTTCGAATGATCCTGt > 1:15950/1‑149 (MQ=255) cTGGCCGTTGAGTTGACGAGTTACCTATTGGGCAACGGGTATCGTGCATTCAGCCCGGCTCTGATGCGCTTTCTGTCGGCGGACAGCTTCAGCCCGTTTGGTGAGGGTGGGGTGAACAGCTACGCCTTTTGTTCGAATGATCCTGTTaa < 7:268154/149‑1 (MQ=255) | TGCGGCGGAAAAATTGTGTTCGAGCAAACTACAACTGGCTCACTTGTATGAGGCTAGGCGATGGCGACCTTGGCACAGGTCTATACAGCATACGGGTACTCCAAGCGGCCATCGAAAAGCACGCTACTCGGTTTC‑AACGGCGAACGGCTGGCCGTTGAGTTGACGAGTTACCTATTGGGCAACGGGTATCGTGCATTCAGCCCGGCTCTGATGCGCTTTCTGTCGGCGGACAGCTTCAGCCCGTTTGGTGAGGGTGGGGTGAACAGCTACGCCTTTTGTTCGAATGATCCTGTTAA > NC_002947/2301627‑2301922 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |