Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 266,851 | G→A | 8.7% | V187V (GTG→GTA) | PP_0215 → | two‑component system response regulator |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 266,851 | 0 | G | A | 8.7% | 128.6 / 3.3 | 46 | V187V (GTG→GTA) | PP_0215 | two‑component system response regulator |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (22/20); new base A (2/2); total (24/22) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.84e-01 |
GTTGCAGGCGGGGGCCACCCTGTCAGCCTACCTTGAGCAGCGTCGCGCTACCGCCGATGGTGGGCCGCTGCTGGCCGATGTGCAGGTTGCGATCAATCGAGCGCTGAACCCCCAGGGCCTGAACCTCAGGGTGCTCGAAGAGGAAGTGCGTAACGATCCGCAAGTTACGGCGGTGCTGATCGCTGCCGCCAATAGTGCGGCATTGCACCGTGAAGCCCCGGTGCAGACGTTGCTGCAGGCCCTGAACAAGCTTGGCAGTACCCAAAGCATGAACCTGATCCTGGGCATGACC > NC_002947/266704‑266995 | gTTGCAGGCGGGGGCCACCCTGTCAGCCTACCTTGAGCAGCGTCGCGCTACCGCCGATGGTGGGCCGCTGCTGGCCGATGTGCAGGTTGCGATCAATCGAGCGCTGAACCCCCAGGGCCTGAACCTCAGGGTGCTCGAAGAGGAAGTGc < 8:109607/149‑1 (MQ=255) ttGCAGGCGGGGGCCACCCTGTCAGCCTACATTGAGCAGCGTCGCGCTACCGCCGATGGTGGGCCGCTGATGGCCGATGTGCAGGTTGCGATCAATCGCGCGCTGAACCCCCAGGGCCTGAACCTCAGGGTGCTCGAAGAGGAAGTGCg > 1:122004/1‑149 (MQ=255) cAGGCGGGGGCCACCCTGTCAGCCTACCTTGAGCAGCGTCGCGCTACCGCCGATGGTGGGCCGCTGCTGGCCGATGTGCAGGTTGCGATCAATCGAGCGCTGAACCCCCAGGGCCTGAACCTCAGGGTGCTCGAAGAGGAAGTGCGTaa < 2:220750/149‑1 (MQ=255) aGGCGGGGGCCACCCTGTCAGCCTACCTTGAGCAGCGTCGCGCTACCGCCGATGGTGGGCCGCTGCTGGCCGATGTGCAGGTTGCGATCAATCGAGCGCTGAACCCCCAGGGCCTGAACCTCAGGGTGCTCGAAGAGGAAGTGCGTAAc > 4:201395/1‑149 (MQ=255) ggCCACCCTGTCAGCCTACCTTGAGCAGCGTCGCGCTACCGCCGATGGTGGGCCGCTGCTGGCCGATGTGCAGGTTGCGATCAATCGAGCGCTGAACCCCCAGGGCCTGAACCTCAGGGTGCTCGAAGAGGAAGTGCGTAACGATCCGc < 7:206293/149‑1 (MQ=255) cACCCTGTCAGCCTACCTTGAGCAGCGTCGCGCTACCGCCGATGGTGGGCCGCTGCTGGCCGATGTGCAGGTTGCGATCAATCGAGCGCTGAACCCCCAGGGCCTGAACCTCAGGGTGCTCGAAGAGGAAGTGCGTAACGATCCGCAAg > 3:45063/1‑149 (MQ=255) cAGCCTACCTTGAGCAGCGTCGCGCTACCGCCGATGGTGGGCCGCTGCTGGCCGATGTGCAGGTTGCGATCAATCGAGCGCTGAACCCCCAGGGCCTGAACCTCAGGGTGCTCGAAGAGGAAGTGCGTAACGATCCGCAAGTTAcggcg > 6:201578/1‑149 (MQ=255) ccTACCTTGAGCAGCGTCGCGCTACCGCCGATGGTGGGCCGCTGCTGGCCGATGTGCAGGTTGCGATCAATCGAGCGCTGAACCCCCAGGGCCTGAACCTCAGGGTGCTCGAAGAGGAAGTGCGTAACGATCCGCAAGTTACGGCGGTg < 5:291840/149‑1 (MQ=255) cTACCTTGAGCAGCGTCGCGCTACCGCCGATGGTGGGCCGCTGCTGGCCGATGTGCAGGTTGCGATCAATCGAGCGCTGAACCCCCAGGGCCTGAACCTCAGGGTGCTCGAAGAGGAAGTGCGTAACGATCCGCaa > 3:181754/1‑136 (MQ=255) cTACCTTGAGCAGCGTCGCGCTACCGCCGATGGTGGGCCGCTGCTGGCCGATGTGCAGGTTGCGATCAATCGAGCGCTGAACCCCCAGGGCCTGAACCTCAGGGTGCTCGAAGAGGAAGTGCGTAACGATCCGCaa < 4:181754/136‑1 (MQ=255) cTACCTTGAGCAGCGTCGCGCTACCGCCGATGGTGGGCCGCTGCTGGCCGATGTGCAGGTTGCGATCAATCGAGCGCTGAACCCCCAGGGCCTGAACCTCAGGGTGCTCGAAGAGGAAGTGCGTAACGATCCGCAAGTTACGGCGGTGc > 1:214513/1‑149 (MQ=255) cTACCTTGAGCAGCGTCGCGCTACCGCCGATGGTGGGCCGCTGCTGGCCGATGTGCAGGTTGCGATCAATCGAGCGCTGAACCCCCAGGGCCTGAACCTCAGGGTGCTCGAAGAGGAAGTGCGTAACGATCCGCAAGTTACGGCGGTGc < 4:184436/149‑1 (MQ=255) cTACCTTGAGCAGCGTCGCGCTACCGCCGATGGTGGGCCGCTGCTGGCCGATGTGCAGGTTGCGATCAATCGAGCGCTGAACCCCCAGGGCCTGAACCTCAGGGTGCTAGAAGAGGAAGTGCGTAACGATCCGCAAGTTAcggcggggg > 1:281473/1‑146 (MQ=255) ccTTGAGCAGCGTCGCGCTACCGCCGATGGTGGGCCGCTGCTGGCCGATGTGCAGGTTGCGATCAATCGAGCGCTGAACCCCCAGGGCCTGAACCTCAGGGTGCTCGAAGAGGAAGTGCGTAACGATCCGCAAGTTACGGCGGt > 4:7481/1‑144 (MQ=255) ccTTGAGCAGCGTCGCGCTACCGCCGATGGTGGGCCGCTGCTGGCCGATGTGCAGGTTGCGATCAATCGAGCGCTGAACCCCCAGGGCCTGAACCTCAGGGTGCTCGAAGAGGAAGTGCGTAACGATCCGCAAGTTACGGCGGt < 3:7481/144‑1 (MQ=255) cTTGAGCAGCGTCGCGCTACCGCCGATGGTGGGCCGCTGCTGGCCGATGTGCAGGTTGCGATCAATCGAGCGCTGAACCCCCAGGGCCTGAACCTCAGGGTGCTCGAAGAGGAAGTGCGTAACGATCCGCAAGTTACGGCGGTGCTGAt < 5:201578/149‑1 (MQ=255) cTTGAGCAGCGTCGCGCTACCGCCGATGGTGGGCCGCTGCTGGCCGATGTGCAGGTTGCGATCAATCGAGCGCTGAACCCCCAGGGCCTGAACCTCAGGGTGCTCGAAGAGGAAGTGCGTAACGATCCGCAAGTTACGGCGGTGCTGAt > 3:72356/1‑149 (MQ=255) ttGAGCAGCGTCGCGCTACCGCCGATGGTGGGCCGCTGCTGGCCGATGTGCAGGTTGCGATCAATCGAGCGCTGAACCCCCAGGGCCTGAACCTCAGGGTGCTCGAAGAGGAAGTGCGTAACGATCCGCAAGTTACGGCGGTGCTGATc > 2:53153/1‑149 (MQ=255) gcagcGTCGCGCTACCGCCGATGGTGGGCCGCTGCTGGCCGATGTGCAGGTTGCGATCAATCGAGCGCTGAACCCCCAGGGCCTGAACCTCAGGGTGCTCGAAGAGGAAGTGCGTAACGATCCGCAAGTTACGGCGGTGCTGATCGCTg > 2:171211/1‑149 (MQ=255) agcGTCGCGCTACCGCCGATGGTGGGCCGCTGCTGGCCGATGTGCAGGTTGCGATCAATCGAGCGCTGAACCCCCAGGGCCTGAACCTCAGGGTGCTCGAAGAGGAAGTGCGTAACGATCCGCAAGTTACGGCGGTGCTGATCGCTgcc < 4:72356/149‑1 (MQ=255) cTACCGCCGATGGTGGGCCGCTGCTGGCCGATGTGCAGGTTGCGATCAATCGAGCGCTGAACCCCCAGGGCCTGAACCTCAGGGTGCTCGAAGAGGAAGTGCGTAACGATCCGCAAGTTACGGAGGTGCTGATCGCTGCCGCCAATAGt > 5:245262/1‑149 (MQ=255) ccgccgATGGTGGGCCGCTGCTGGCCGATGTGCAGGTTGCGATCAATCGAGCGCTGAACCCCCAGGGCCTGAACCTCAGGGTGCTCGAAGAGGAAGTGCGTAACGATCCGCAAGTTACGGCGGTGCTGATCGCTGCCGCCAATAGTg < 3:201395/147‑1 (MQ=255) gccgATGGTGGGCCGCTGCTGGCCGATGTGCAGGTTGCGATCAATCGAGCGCTGAACCCCCAGGGCCTGAACCTCAGGGTGCTCGAAGAGGAAGTGCGTAACGATCCGCAAGTTACGGCGGTGCTGATCGCTGCCGCCAATAGTGCgg > 3:238690/1‑148 (MQ=255) gccgATGGTGGGCCGCTGCTGGCCGATGTGCAGGTTGCGATCAATCGAGCGCTGAACCCCCAGGGCCTGAACCTCAGGGTGCTCGAAGAGGAAGTGCGTAACGATCCGCAAGTTACGGCGGTGCTGATCGCTGCCGCCAATAGTGCgg > 6:220512/1‑148 (MQ=255) cgATGGTGGGCCGCTGATGGCCGATGAGCAGCTTGCGATCAATCGAGCGCTGAACACCCAGGGCCTGAACCTCAGGGTGCTCGAAGAGGAAGTGCGTAACGATCCGCAAGATACGGCGGTGCTGATCGCTGCCGCCAATAGTGAGGCAt > 8:296170/1‑149 (MQ=255) tggGCCGCTGCTGGCCGATGTGCAGGTTGCGATCAATCGAGCGCTGAACCCCCAGGGCCTGAACCTCAGGGTGCTCGAAGAGGAAGTGCGTAACGATCCGCAAGTTACGGCGGTGCTGATCGCTGCCGCCAATAGTGCGGCATTGCAcc < 4:45063/149‑1 (MQ=255) ctgGCCGATGTGCAGGTTGCGATCAATCGAGCGCTGAACCCCCAGGGCCTGAACCTCAGGGTGCTCGAAGAGGAAGTGCGTAACGATCCGCAAGTTACGGCGGTGCTGATCGCTGCCGCCAATAGTGCGGCATTGCACCGTGAAGccc < 3:5801/148‑1 (MQ=255) gCAGGTTGCGATCAATCGAGCGCTGAACCCCCAGGGCCTGAACCTCAGGGTGCTCGAAGAGGAAGTGCGTAACGATCCGCAAGTTACGGCGGTGCTGATCGCTGCCGCCAATAGTGCGGCATTGCACCGTGAAGCCCCGGTGCAGACGt > 6:259948/1‑149 (MQ=255) gTTGCGATCAATCGAGCGCTGAACCCCCAGGGCCTGAACCTCAGGGTGCTCGAAGAGGAAGTGCGTAACGATCCGCAAGTTAcggc < 5:208174/86‑1 (MQ=255) gTTGCGATCAATCGAGCGCTGAACCCCCAGGGCCTGAACCTCAGGGTGCTAGAAGAGGAAGTGCGTAACGATCCGCAAGTTAcggc > 6:208174/1‑86 (MQ=255) cGATCAATCGAGCGCTGAACCCCCAGGGCCTGAACCTCAGGGTGCTCGAAGAGGAAGTGCGTAACGATCCGCAAGTTACGGCGGTGCTGATCGCTGCCGCCAATAGTGCGGCATTGCACCGTGAAGCCCCGGTGCAGACGTTGCTGCAg < 1:171211/149‑1 (MQ=255) gATCAATCGAGCGCTGAACCCCCAGGGCCTGAACCTCAGGGTGCTCGAAGAGGAAGTGCGTAACGATCCGCAAGTTACGGCGGTGCTGATCGCTGCCGCCAATAGTGCGGCATTGCACCGTGAAGCCCCGGTGCAGACGTTGCTGCAgg > 3:317149/1‑149 (MQ=255) tCAATCGAGCGCTGAACCCCCAGGGCCTGAACCTCAGGGTGCTCGAAGAGGAAGTGCGTAACGATCCGCAAGTTACGGCGGTGCTGATCGCTGCCGCCAATAGTGCGGCATTGCACCGTGAAGCCCCGGTGCAGACGTTGCTGCAGGcc > 3:197737/1‑149 (MQ=255) cAATCGAGCGCTGAACCCCTAGTGCCTGAACCTCAGGGTGCTCGAAGAGGAAGTGCGTAACGATCCGCATGTTACGGCGTTGCTGATCGCTGCCGCCAATAGTGCGGCATTGCACCGTGAAGCCCCGGTGCAGACGTTGCTGCAGGcc < 2:281473/148‑1 (MQ=255) aaCCCCCAGGGCCTGAACCTCAGGGTGCTCGAAGAGGAAGTGCGTAACGATCCGCAAGTTACGGAGGTGCTGATCGCTGCCGCCAATAGTGCGGCATTGCACCGTGAAGCCCCGGTGCAGACGTTGCTGCAGGCCCTGAACAAGCtt < 6:245262/147‑1 (MQ=255) cccgcAGGGCCTGAACATCAGGGTGCTAGAAGAGGAAGTGCGTAACGATCCGAAAGTTATGGCGGTGCTGATCGCTGCCGCCAATAGTGCGGAATTGCACCGTGAAGCCCCGGTGCAGACGTTGCTGCAGGCCCTGAACAAGCTTGGCa < 4:197737/149‑1 (MQ=255) ccccAGGGCCTGAACCTCAGGGTGCTCGAAGAGGAAGTGCGTAACGATCCGCAAGTTACGGCGGTGCTGATCGCTGCCGCCAATAGTGCGGCATTGCACCGTGAAGCCCCGGTGCAGACGTTGCTGCAGGCCCTGAACAAGCTTGGCAg > 8:135594/1‑149 (MQ=255) aGGGTGCTCGAAGAGGAAGTGCGTAACGATCCGCAAGTTACGGCGGTGCTGATCGCTGCCGCCAATAGTGCGGCATTGCACCGTGAAGCCCCGGTGCAGACGTTGCTGCAGGCCCTGAACAAGCTTGGCAGTACCCAAAGCATGAAcc < 5:220512/148‑1 (MQ=255) aGGGTGCTCGAAGAGGAAGTGCGTAACGATCCGCAAGTTACGGCGGTGCTGATCGCTGCCGCCAATAGTGCGGCATTGCACCGTGAAGCCCCGGTGCAGACGTTGCTGCAGGCCCTGAACAAGCTTGGCAGTACCCAAAGCATGAAc < 2:122004/147‑1 (MQ=255) gggTGCTCGAAGAGGAAGTGCGTAACGATCCGCAAGTTACGGCGGTGCTGATCGCTGCCGCCAATAGTGCGGCATTGCACCGTGAAGCCCCGGTGCAGACGTTGCTGCAGGCCCTGAACAAGCTTGGCAGTACCCAAAGCATGAACCTg < 4:238690/149‑1 (MQ=255) gCTCGAAGAGGAAGTGCGTAACGATCCGCAAGTTACGGCGGTGCTGATCGCTGCCGCCAATAGTGCGGCATTGCACCGTGAAGCCCCGGTGCAGACGTTGCTGCAGGCCCTGAACAAGCTTGGCAGTACCCAAAGCATGAACCTGATcc > 3:235678/1‑149 (MQ=255) gAAGTGCGTAACGATCCGCAAGTTACGGCGGTGCTGATCGCTGCCGCCAATAGTGCGGCATTGCACCGTGAAGCCCCGGTGCAGACGTTGCTGCAGGCCCTGAACAAGCTTGGCAGTACCCAAAGCATGAACCTGATCCTGGGCATGAc > 5:109574/1‑149 (MQ=255) gAAGTACGTAACGATCCGCAATTTACGGCGGTGCTGATCGCTGCCGCCAATAGTGCGGAATTGCACCGTGAAGCCCCGGTGCAGACGTTGCTGCAGGCACTGAACAACCATGGCAGTAACCAAAGCAAGAACCTGATCCTGGGCATGAc > 8:258291/1‑149 (MQ=255) gAAGTACGTAACGATCCGCAAGTTACGGCGGTGCTGATCGCTGCCGCCAATAGTGCGGCATTGCACCGTGAAGCCCCGGTGCAGACGTTGCTGCAGGCCCTGAACAAGCTTGGCAGTACCCAAAGCATGAACCTGATCCTGGGCATGAc > 2:22867/1‑149 (MQ=255) aaGTACGTAACGATCCGCAAGTTACGGCGGTGCTGATCGCTGCCGCCAATAGTGCGGCATTGCACCGTGAAGCCCCGGTGCAGACGTTGCTGCAGGCCCTGAACAAGCTTGGCAGTACCCAAAGCATGAACCTGATCCTGGGCATGAcc < 1:22867/149‑1 (MQ=255) aGTACGTAACGATCCGCAAGTTACGGCGGTGCTGATCGCTGCCGCCAATAGTGCGGCATTGCACCGTGAAGCCCCGGTGCAGACGTTGCTGCAGGCCCTGAACAAGCTTGGCAGTACCCAAAGCATGAACCTGATCCTGGGCATGAcc < 7:258291/148‑1 (MQ=255) | GTTGCAGGCGGGGGCCACCCTGTCAGCCTACCTTGAGCAGCGTCGCGCTACCGCCGATGGTGGGCCGCTGCTGGCCGATGTGCAGGTTGCGATCAATCGAGCGCTGAACCCCCAGGGCCTGAACCTCAGGGTGCTCGAAGAGGAAGTGCGTAACGATCCGCAAGTTACGGCGGTGCTGATCGCTGCCGCCAATAGTGCGGCATTGCACCGTGAAGCCCCGGTGCAGACGTTGCTGCAGGCCCTGAACAAGCTTGGCAGTACCCAAAGCATGAACCTGATCCTGGGCATGACC > NC_002947/266704‑266995 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |