| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 2,332,048 | G→C | 6.4% | V198L (GTG→CTG) ‡ | PP_2049 → | alcohol dehydrogenase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,332,048 | 0 | G | C | 6.4% | 342.0 / 8.5 | 105 | V198L (GTG→CTG) ‡ | PP_2049 | alcohol dehydrogenase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (51/47); new base C (5/2); total (56/49) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.45e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.36e-01 | |||||||||||
Only 100 of 108 total aligned reads displayed.
ACGCCGATCGCCATCGTCACCACCGGCGCCACCACCAAGATGGGCATTGTTTCGCCGCTGCTGTTGCCAGACCTGGCAGTGCTCGACGCCGTCT‑GCACC‑CTCGGCCTGCCATCGGCGGTGACTGCTGCTACCGGTATCGATGCCATGGTGCATGCCATCGAAGCCTATACCAGCCGCCTCAAACGTAACCCGCTGTCCAGCCTGCTGGCCCGTGAGGCGCTGCGGCTGCTGGCGGATAACCTTGACCAGGCTGTGCACAACGGCGGCAACCTGCAGGCCCGCCAGGCCATGCTGTT > NC_002947/2331901‑2332196 | aCGCCGATCGCCGTCGTCACCACCGGCGCCACCACCAAGATGGGCATTGTTTCGCCGCTGCTGTTGCCAGACCTGGCAGTGCTCGACGCCGTCT‑GCACC‑CTCGGCCTGCCATCGGCGGTGACTGCTGCTACCGGTATCGATGCCATGGt < 6:247684/149‑1 (MQ=255)aCGCCGATCGCCATCGTCACCACCGGCGCCACCACCAAGATGGGCATTGTTTCGCCGCTGCTGTTGCCAGACCTGGCAGTGCTCGACGCCGTCT‑GCACC‑CTCGGCCTGCCATCGGCGGTGACTGCTGCTACCGGTATCGATGCCATGGt > 2:71575/1‑149 (MQ=255)aCGCCGATCGCCATCGTCACCACCGGCGCCACCACCAAGATGGGCATTGTTTCGCCGCTGCTGTTGCCAGACCTGGCAGTGCTCGACGCCGTCT‑GCACC‑CTCGGCCTGCCATCGGCGGTGACTGCTGCTACCGGTATCGATGCCATGGt < 6:154305/149‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) ggTATCGATGCCATGGTGCATGCCATCGAAGCCTATACCAGCCGCCTCAAACGTAACCCGCTGTCCAGCCTGCTGGCCCGTGAGGCGCTGCGGCTGCTGGCGGATAACCTTGACCAGGCtgtg > 1:44333/1‑123 (MQ=255) ggTATCGATGCCATGGTGCATGCCATCGAAGCCTATACCAGCCGCCTCAAACGTAACCCGCTGTCCAGCCTGCTGGCCCGTGAGGCGCTGCGGCTGCTGGCGGATAACCTTGACCAGGCtgtg < 2:44333/123‑1 (MQ=255) gcttCGATGGCATGCACCATGGCATCGAAGCCTATACCAGCCGCCTCAAACGTAACCCGCTGTCCAGCCTGCTGGCCCGTGAGGCGCTGCGGCTGCTGGCGGATAACCTTGACCAGGCtgtg < 5:80692/119‑1 (MQ=255) gcttCGATGGCATGCACCATGGCATCGAAGCCTATACCAGCCGCCTCAAACGTAACCCGCTGTCCAGCCTGCTGGCCCGTGAGGCGCTGCGGCTGCTGGCGGATAACCTTGACCAGGCtgtg > 6:80692/4‑122 (MQ=255) tATCGATGCCATGGTGCATGCCATCGAAGCCTATACCAGCCGCCTCAAACGTAACCCGCTGTCCAGCCTGCTGGCCCGTGAGGCGCTGCGGCTGCTGGCGGATAACCTTGACCAGGCTGTGCACAACGGCGGCAACCTGCAGGCCCGcc < 1:325532/149‑1 (MQ=255) cttCGATGGCATGCACCATGGCATCGAAGCCTATACCAGCCGCCTCAAACGTAACCCGCTGTCCAGCCTGCTGGCCCGTGAGGCGCTGCGGCTGCTGGCGGATAACCTTGACCAGGCTGTGCACAACGGCGGCAACCTGCAGGCCCGc > 1:218375/3‑148 (MQ=255) ttCGATGGCATGCACCATGGCATCGAAGCCTATACCAGCCGCCTCAAACGTAACCCGCt > 1:6464/2‑59 (MQ=21) ttCGATGGCATGCACCATGGCATCGAAGCCTATACCAGCCGCCTCAAACGTAACCCGCt < 2:6464/58‑1 (MQ=21) ttCGATGGCATGCACCATGGCATCGAAGCCTATACCAGCCGCCTCAAACGTAACCCGCTGTCCAGCCTGCTGGCCCGTGAGGCGCTGCGGCTGCTGGCGGATAACCTTGACCAGGCTGTGCACAACGGCGGCAACCTGCAGGCCCGc > 5:50299/2‑147 (MQ=255) tCGATGCCATGGTGCATGCCATCGAAGCCTATACCAGCCGCCTCAAACGTAACCCGCTGTCCAGCCTGCTGGCCCGTGAGGCGCTGCGGCTGCTGGCGGATAACCTTGACCAGGCTGTGCACAACGGCGGCAACCTGCAGGCCCGCCAg < 5:88174/149‑1 (MQ=255) gATGCCATGGTGCATGCCATCGAAGCCTATACCAGCCGCCTCAAACGTAACCCGCTGTCCAGCCTGCTGGCCCGTGAGGCGCTGCGGCTGCTGGCGGATAACCTTGACCAGGCTGTGCACAACGGCGGCAACCTGCAGGCCCGCCAGGc < 4:3170/149‑1 (MQ=255) aTGCCATGGTGCATGCCATCGAAGCCTATACCAGCCGCCTCAAACGTAACCCGCTGTCCAGCCTGCTGGCCCGTGAGGCGCTGCGGCTGCTGGCGGATAACCTTGACCAGGCTGTGCACAACGGCGGCAACCTGCAGGCCCGCCAGGc > 6:186391/1‑148 (MQ=255) cATGGTGCATGCCATCGAAGCCTATACCAGCCGCCTCAAACGTAACCCGCTGTCCAGCCTGCTGGCCCGTGAGGCGCTGCGGCTGCTGGCGGATAACCTTGACCAGGCTGTGCACAACGGCGGCAACCTGCAGGCCCGCCAGGCCATGc > 8:149189/1‑149 (MQ=255) aTGGTGCATGCCATCGAAGCCTATACCAGCCGCCTCAAACGTAACCCGCTGTCCAGCCTGCTGGCCCGTGAGGCGCTGCGGCTGCTGGCGGATAACCTTGACCAGGCTGTGCACAACGGCGGCAACCTGCAGGCCCGCCAGGCCATGCt > 6:149702/1‑149 (MQ=255) aTGGTGCATGCCATCGAAGCCTATACCAGCCGCCTCAAACGTAACCCGCTGTCCAGCCTGCTGGCCCGTGAGGCGCTGCGGCTGCTGGCGGATAACCTTGACCAGGCTGTGCACAACGGCGGCAACCTGCAGGCCCGCCAGGCCATGCt > 1:192189/1‑149 (MQ=255) gTGCATGCCATCGAAGCCTATACCAGCCGCCTCAAACGTAACCCGCTGTCCAGCCTGCTGGCCCGTGAGGCGCTGCGGCTGCTGGCGGATAACCTTGACCAGGCTGTGCACAACGGCGGCAACCTGCAGGCCCGCCAGGCCATGCTGtt < 8:258264/149‑1 (MQ=255) | ACGCCGATCGCCATCGTCACCACCGGCGCCACCACCAAGATGGGCATTGTTTCGCCGCTGCTGTTGCCAGACCTGGCAGTGCTCGACGCCGTCT‑GCACC‑CTCGGCCTGCCATCGGCGGTGACTGCTGCTACCGGTATCGATGCCATGGTGCATGCCATCGAAGCCTATACCAGCCGCCTCAAACGTAACCCGCTGTCCAGCCTGCTGGCCCGTGAGGCGCTGCGGCTGCTGGCGGATAACCTTGACCAGGCTGTGCACAACGGCGGCAACCTGCAGGCCCGCCAGGCCATGCTGTT > NC_002947/2331901‑2332196 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |