| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 2,371,613 | G→T | 5.6% | A1477A (GCG→GCT) | gdhB → | NAD‑specific glutamate dehydrogenase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,371,613 | 0 | G | T | 5.6% | 341.4 / 7.9 | 107 | A1477A (GCG→GCT) | gdhB | NAD‑specific glutamate dehydrogenase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (50/51); new base T (3/3); total (53/54) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.19e-01 | |||||||||||
Only 100 of 109 total aligned reads displayed.
GCGATACCGCGCACTTCGGGCCGAAGATCGCGCAGCTGGGTCTGAAGCTGGATGAGCTGCTCGAAGGCCCTACCCGCGAACGCTGGATGGTCCGCTACCAGGGCTTTGTCGACGCCGGTGTGCCGGAGTTGCTGGCGCGTATGGTGGCGGGTACCAGCCACCTGTACACCCTGCTGCCGATCATTGAAGCGGCCGACGTGACCGGCCATGAGCCTGCGCAGGTGGCCAAGGCATTCTTCGCCGTGGGCAGCGCGCTGGACCTGACCTGGTACCTGCAGGAAATCAGCAACCTGC > NC_002947/2371465‑2371758 | gcgATACCGCGCACTTCGGGCCGAAGATCGCGCAGCTGGGTCTGAAGCTGGATGAGCTGCTCGAAGGCCCTACCCGCGAACGCTGGATGGTCCGCTACCAGGGCTTTGTCGACGCCGGTGTGCCGGAGTTGCTGGCGCGTATGGTGGCg < 2:93564/149‑1 (MQ=255) aTACCGCGCACTTCGGGCCGAAGATCGCGCAGCTGGGTCTGAAGCTGGATGAGCTGCTCGAAGGCCCTACCCGCGAACGCTGGATGGTCCGCTACCAGGGCTTTGTCGACGCCGGTGTGCCGGAGTTGCTGGCGCGTATGGTGGCggg > 1:44683/1‑148 (MQ=255) cgcgCACTTCGGGCCGAAGATCGCGCAGCTGGGTCTGAAGCTGGATGAGCTGCTCGAAGGCCCTACCCGCGAACGCTGGATGGTCCGCTACCAGGGCTTTGTCGACGCCGGTGTGCCGGAGTTGCTGGCGCGTATGGTGGCGGGTAc > 2:176355/1‑147 (MQ=255) cgcgCACTTCGGGCCGAAGATCGCGCAGCTGGGTCTGAAGCTGGATGAGCTGCTCGAAGGCCCTACCCGCGAACGCTGGATGGTCCGCTACCAGGGCTTTGTCGACGCCGGTGTGCCGGAGTTGCTGGCGCGTATGGTGGCGGGTACCa < 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cTTCGGGCCGAAGATCGCGCAGCTGGGTCTGAAGCTGGATGAGCTGCTCGAAGGCCCTACCCGCGAACGCTGGATGGTCCGCTACCAGGGCTTTGTCGACGCCGGTGTGCCGGAGTTGCTGGCGCGTATGGTGGCGGGTACCa > 3:108889/1‑143 (MQ=255) cTTCGGGCCGAAGATCGCGCAGCTGGGTCTGAAGCTGGATGAGCTGCTCGAAGGCCCTACCCGCGAACGCTGGATGGTCCGCTACCAGGGCTTTGTCGACGCCGGTGTGCCGGAGTTGCTGGCGCGTATGGTGGCGGGTACCa < 4:108889/143‑1 (MQ=255) ttCGGGCCGAAGATCGCGCAGCTGGGTCTGAAGCTGGATGAGCTGCTCGAAGGCCCTAACCGCGAACGCTGGATGGTACGCTACCAGGGCTTTGTCGACGCCGGTGTGCCGGAGTTGCTGGCGCGTATGCTGGCGGGTACCAGCCCCCt > 6:257509/1‑149 (MQ=255) gggCCGAAGATCGCGCAGCTGGGTCTGAAGCTGGATGAGCTGCTCGAAGGCCCTACCCGCGAACGCTGGATGGTCCGCTACCAGGGCTTTGTCGACGCCGGTGTGCCGGAGTTGCTGGCGCGTATGGTGGCGGGTACCAGCCACCTGt < 4:134138/148‑1 (MQ=255) ggCCGAAGATCGCGCAGCTGGGTCTGAAGCTGGATGAGCTGCTCGAAGGCCCTACCCGCGAACGCTGGATGGTCCGCTACCAGGGCTTTGTCGACGCCGGTGTGCCGGAGTTGCTGGCGCGTATGGTGGCGGGTACCAGCCACCTGTac < 6:41769/149‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) gtgtGCCGGAGTTGCTGGCGCGTATGGTGGCGGGTACCAGCCACCTGTACACCCTGCTGCCGATCATTGAAGCGGCCGACGTGACCGGCCATGAGCCTGCGCAGGTGGCCAAGGCATTCTTCGCCGTGGGCAGCGCGCTGgacctgacc < 2:103801/149‑1 (MQ=255) ccGGAGTTGCTGGCGCGTATGGTGGCGGGTACCAGCCACCTg < 6:46778/42‑1 (MQ=255) ccGGAGTTGCTGGCGCGTATGGTGGCGGGTACCAGCCACCTg > 5:46778/1‑42 (MQ=255) cGGAGTTGCTGGCGCGTATGGTGGCGGGTACCAGCCACCTGTACACCCTGCTGCCGATCATTGAAGCGGCCGACGTGACCGGCCATGAGCCTGCGCAGGTGGCCAAGGCATTCTTCGCCGTGGGCAGCGCGCTGGACCTGACCTGGTAc < 5:276749/149‑1 (MQ=255) cGGAGTTGCTGGCGCGTATGGTGGCGGGTACCAGCCACCTGTACACCCTGCTGCCGATCATTGAAGCGGCCGACGTGACCGGCCATGAGCCTGCGCAGGTGGCCAAGGCATTCTTCGCCGTGGGCAGCGCGCTGGACCTGACCTGGTAc > 2:227564/1‑149 (MQ=255) aGTTGGTGGCGCGTATGGTGGGGGGTACCAGCCACGTGTACACCCTGCTGCCGATCATTGAAGGGGCCGACGTGACCGGCCATGAGCCTGCGCAGGTGGCCAAGGCATTCTTCGCCGTGGGCAGCGCGCTGGACCTGACCTGGTACCTg < 2:50657/149‑1 (MQ=255) ttGCTGGCGCGTATGGTGGCGGGTACCAGCCACCTGTACACCCTGCTGCCGATCATTGAAGCGGCCGACGTGACCGGCCATGAGCCTGCGCAGGTGGCCAAGGCATTCTTCGCGGTGGGCAGCGCGCTGGACCTGACCTGGTACCTGc < 8:106955/148‑1 (MQ=255) ttGCTGGCGCGTATGGTGGCGGGTACCAGCCACCTGTACACCCTGCTGCCGATCATTGAAGCGGCCGACGTGACCGGCCATGAGCCTGCGCAGGTGGCCAAGGCATTCTTCGCCGTGGGCAGCGCGCTGga > 4:267636/1‑131 (MQ=255) ttGCTGGCGCGTATGGTGGCGGGTACCAGCCACCTGTACACCCTGCTGCCGATCATTGAAGCGGCCGACGTGACCGGCCATGAGCCTGCGCAGGTGGCCAAGGCATTCTTCGCCGTGGGCAGCGCGCTGga < 3:267636/131‑1 (MQ=255) tGGCGCGTATGGTGGCGGGTACCAGCCACCTGTACACCCTGCTGCCGATCATTGAAGCGGCCGACGTGACCGGCCATGAGCCTGCGCAGGTGGCCAAGGCATTCTTCGCCGTGGGCAGCGCGCTGGACCTGACCTGGTAc < 4:232421/140‑1 (MQ=255) tGGCGCGTATGGTGGCGGGTACCAGCCACCTGTACACCCTGCTGCCGATCATTGAAGCGGCCGACGTGACCGGCCATGAGCCTGCGCAGGTGGCCAAGGCATTCTTCGCCGTGGGCAGCGCGCTGGACCTGACCTGGTAc > 3:232421/1‑140 (MQ=255) gcgcGTATGGTGGCGGGTACCAGCCACCTGTACACCCTGCTGCCGATCATTGAAGCGGCCGACGTGACCGGCCATGAGCCTGCGCAGGTGGCCAAGGCATTCTTCGCCGTGGGCAGCGCGCTGGACCTGACCTGGTACCTGCAGGAAAt > 2:49806/1‑149 (MQ=255) gcgcGTATGGTGGCGGGTACCAGCCACCCGTACACCCTGCTGCCGATCATTGAAGCGGCCGACGGGACCGGCCATGAGCCTGCGCAGGTGGCCAAGGCATTCTTCGCCGTGGGCAGCGCGCTGGACCTGACCTGGTACCTGCAGGaaa < 8:236873/148‑1 (MQ=255) gcgTATGGTGGCGGGTACCAGCCACCTGTACACCCTGCTGCCGATCATTGAAGCGGCCGACGTGACCGGCCATGAGCCTGCGCAGGTGGCCAAGGCATTCTTCGCCGTGGGCAGCGCGCTGGCCCTGACCTGGTACCTGCAGGAAAt > 6:113261/1‑147 (MQ=255) gcgTATGGTGGCGGGTACCAGCCACCTGTACACCCTGCTGCCGATCATTGAAGCGGCCGACGTGACCGGCCATGAGCCTGCGCAGGTGGCCAAGGCATTCTTCGCCGTGGGCAGCGCGCTGGACCTGACCTGGTACCTGCAGGAAATCa < 3:160085/149‑1 (MQ=255) gTATGGTGGCGGGTACCAGCCACCTGTACACCCTGCTGCCGATCATTGAAGCGGCCGACGTGACCGGCCATGAGCCTGCGCAGGTGGCCAAGGCATTCTTCGCCGTGGGCAGCGCGCTGGACCTGACCTGGTACCTGCAGGaaa > 3:231568/1‑144 (MQ=255) gTATGGTGGCGGGTACCAGCCACCTGTACACCCTGCTGCCGATCATTGAAGCGGCCGACGTGACCGGCCATGAGCCTGCGCAGGTGGCCAAGGCATTCTTCGCCGTGGGCAGCGCGCTGGACCTGACCTGGTACCTGCAGGaaa < 4:231568/144‑1 (MQ=255) gTATGGTGGCGGGTACCAGCCACCTGTACACCCTGCTGCCGATCATTGAAGCGGCCGACGTGACCGGCCATGAGCCTGCGCAGGTGGCCAAGGCATTCTTCGCCGTGGGCAGCGCGCTGGACCTGACCTGGTACCTGCAGGAAATCAGc < 2:45382/149‑1 (MQ=255) gTATGGTGGCGGGTACCAGCCACCTGTACACCCTGCTGCCGATCATTGAAGCGGCCGACGTGACCGGCCATGAGCCTGCGCAGGTGGCCAAGGCATTCTTCGCCGTGGGCAGCGCGCTGGACCTGACCTGGTACCTGCAGGAAATCAGc < 1:43339/149‑1 (MQ=255) aggtggCTGGTACCCGCCACCTGTACACCCTGCTGCCGATCATTGAAGCGGCCGACGTGACCGGCCATGAGCCTGCGCAGGTGGCCAAGGCATTCTTCGCCGTGGGCAGCGCGCTGGACCTGACCTGGTACCTGCAGGAAATCAGCAAc > 3:294754/2‑149 (MQ=255) aggtggCTGGTACCCGCCACCTGTACACCCTGCTGCCGATCATTGAAGCGGCCGACGTGACCGGCCATGAGCCTGCGCAGGTGGCCAAGGCATTCTTCGCCGTGGGCAGCGCGCTGGACCTGACCTGGTACCTGCAGGAAATCAGCAAc > 3:77818/2‑149 (MQ=255) gtggCTGGTACCCGCCACCTGTACACCCTGCTGCCGATCATTGAAGCGGCCGACGTGACCGGCCATGAGCCTGCGCAGGTGGCCAAGGCAt > 2:165108/1‑91 (MQ=255) gtggCTGGTACCCGCCACCTGTACACCCTGCTGCCGATCATTGAAGCGGCCGACGTGACCGGCCATGAGCCTGCGCAGGTGGCCAAGGCAt < 1:165108/91‑1 (MQ=255) tggCGGGTACCAGCCACCTGTACACCCTGCTGCCGATCATTGAAGCGGCCGACGTGACCGGCCATGAGCCTGCGCAGGTGGCCAAGGCATTCTTCGCCGTGGGCAGCGCGCTGGACCTGACCTGGTACCTg > 7:242531/1‑131 (MQ=255) tggCGGGTACCAGCCACCTGTACACCCTGCTGCCGATCATTGAAGCGGCCGACGTGACCGGCCATGAGCCTGCGCAGGTGGCCAAGGCATTCTTCGCCGTGGGCAGCGCGCTGGACCTGACCTGGTACCTg < 8:242531/131‑1 (MQ=255) ggCGGGTACCAGCCACCTGTACACCCTGCTGCCGATCATTGAAGCGGCCGACGTGACCGGCCATGAGCCTGCGCAGGTGGCCAAGGCATTCTTCGCCGTGGGCAGCGCGCTGGACCTGACCTGGTACCTGCAGGAAATCAGCAACCTGc < 5:202899/149‑1 (MQ=255) | GCGATACCGCGCACTTCGGGCCGAAGATCGCGCAGCTGGGTCTGAAGCTGGATGAGCTGCTCGAAGGCCCTACCCGCGAACGCTGGATGGTCCGCTACCAGGGCTTTGTCGACGCCGGTGTGCCGGAGTTGCTGGCGCGTATGGTGGCGGGTACCAGCCACCTGTACACCCTGCTGCCGATCATTGAAGCGGCCGACGTGACCGGCCATGAGCCTGCGCAGGTGGCCAAGGCATTCTTCGCCGTGGGCAGCGCGCTGGACCTGACCTGGTACCTGCAGGAAATCAGCAACCTGC > NC_002947/2371465‑2371758 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |