| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 2,371,620 | A→C | 5.5% | S1480R (AGC→CGC) | gdhB → | NAD‑specific glutamate dehydrogenase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,371,620 | 0 | A | C | 5.5% | 347.7 / 9.3 | 110 | S1480R (AGC→CGC) | gdhB | NAD‑specific glutamate dehydrogenase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (51/53); new base C (3/3); total (54/56) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.57e-01 | |||||||||||
Only 100 of 115 total aligned reads displayed.
CGCGCACTTCGGGCCGAAGATCGCGCAGCTGGGTCTGAAGCTGGATGAGCTGCTCGAAGGCCCTACCCGCGAACGCTGGATGGTCCGCTACCAGGGCTTTGTCGACGCCGGTGTGCCGGAGTTGCTGGCGCGTATGGTGGCGGGTACCAGCCACCTGTACACCCTGCTGCCGATCATTGAAGCGGCCGACGTGACCGGCCATGAGCCTGCGCAGGTGGCCAAGGCATTCTTCGCCG‑TGGGCAGCGCGCTGGACCTGACCTGGTACCTGCAGGAAATCAGCAACCTGCCGGTGGAAAA > NC_002947/2371472‑2371768 | cgcgCACTTCGGGCCGAAGATCGCGCAGCTGGGTCTGAAGCTGGATGAGCTGCTCGAAGGCCCTACCCGCGAACGCTGGATGGTCCGCTACCAGGGCTTTGTCGACGCCGGTGTGCCGGAGTTGCTGGCGCGTATGGTGGCGGGTACCa < 6:135902/149‑1 (MQ=255)cgcgCACTTCGGGCCGAAGATCGCGCAGCTGGGTCTGAAGCTGGATGAGCTGCTCGAAGGCCCTACCCGCGAACGCTGGATGGTCCGCTACCAGGGCTTTGTCGACGCCGGTGTGCCGGAGTTGCTGGCGCGTATGGTGGCGGGTACCa < 4:278995/149‑1 (MQ=255) gcgcACTTCGGGCCGAAGATCGCGCAGCTGGGTCTGAAGCTGGATGAGCTGCTCGAAGGCCCTACCCGCGAACGCTGGATGATCCGCTACCAGGGCTTTGTCGACGCCGGTGTGCCGGAGTTGCTGGCGCGTATGGTGGCGGGTACCAg > 1:131316/1‑149 (MQ=255) 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ggCCGAAGATCGCGCAGCTGGGTCTGAAGCTGGATGAGCTGCTCGAAGGCCCTACCCGCGAACGCTGGATGGTCCGCTACCAGGGCTTTGTCGACGCCGGTGTGCCGGAGTTGCTGGCGCGTATGGTGGCGGGTACCAGCCACCTGTac < 6:41769/149‑1 (MQ=255) ggCCGAAGATCGCGCAGCTGGGTCTGAAGCTGGATGAGCTGCTCGAAGGCCCTACCCGCGAACGCTGGATGGTCCGCTACCAGGGCTTTGTCGACGCCGGTGTGCCGGAGTTGCTGGCGCGTATGGTGGCGGGTACCAGCCACCTGTa > 4:137530/1‑148 (MQ=255) gCCGAAGATCGCGCAGCTGGGTCTAAAGCTGGATGAGCTGCTCGAAGGCCCTACCCGCGAACGCTGGATGGTCCGCTACCAGGGCTTTGTCGACGCCGGTGTGCCGGAGTTGCTGGCGCGTATGGTGGCTGGTACCCGCCAccatacgc < 1:51684/149‑7 (MQ=255) gAAGATCGCGCAGCTGGGTCTGAAGCTGGATGAGCTGCTCGAAGGCCCTACCCGCGAACGCTGGATGGTCCGCTACCAGGGCTTTGTCGACGCCGGTGTGCCGGAGTTGCTGGCGCGTATGGTGGCGGGTACCAGCCACCTGTACAccc < 4:35805/149‑1 (MQ=255) gATCGCGCAGCTGGGTCTGAAGCTGGATGAGCTGCTCGAAGGCCCTACCCGCGAACGCTGGATGGTCCGCTACCAGGGCTTTGTCGACGCCGGTGTGCCGGAGTTGCTGGCGCGTATGGTGGCGGGTACCAGCCACCTGTACACCctgc > 6:282834/1‑149 (MQ=255) 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2:49806/1‑149 (MQ=255) gcgcGTATGGTGGCGGGTACCAGCCACCCGTACACCCTGCTGCCGATCATTGAAGCGGCCGACGGGACCGGCCATGAGCCTGCGCAGGTGGCCAAGGCATTCTTCGCCG‑TGGGCAGCGCGCTGGACCTGACCTGGTACCTGCAGGaaa < 8:236873/148‑1 (MQ=255) gcgTATGGTGGCGGGTACCAGCCACCTGTACACCCTGCTGCCGATCATTGAAGCGGCCGACGTGACCGGCCATGAGCCTGCGCAGGTGGCCAAGGCATTCTTCGCCG‑TGGGCAGCGCGCTGGCCCTGACCTGGTACCTGCAGGAAAt > 6:113261/1‑147 (MQ=255) gcgTATGGTGGCGGGTACCAGCCACCTGTACACCCTGCTGCCGATCATTGAAGCGGCCGACGTGACCGGCCATGAGCCTGCGCAGGTGGCCAAGGCATTCTTCGCCG‑TGGGCAGCGCGCTGGACCTGACCTGGTACCTGCAGGAAATCa < 3:160085/149‑1 (MQ=255) gTATGGTGGCGGGTACCAGCCACCTGTACACCCTGCTGCCGATCATTGAAGCGGCCGACGTGACCGGCCATGAGCCTGCGCAGGTGGCCAAGGCATTCTTCGCCG‑TGGGCAGCGCGCTGGACCTGACCTGGTACCTGCAGGaaa > 3:231568/1‑144 (MQ=255) gTATGGTGGCGGGTACCAGCCACCTGTACACCCTGCTGCCGATCATTGAAGCGGCCGACGTGACCGGCCATGAGCCTGCGCAGGTGGCCAAGGCATTCTTCGCCG‑TGGGCAGCGCGCTGGACCTGACCTGGTACCTGCAGGaaa < 4:231568/144‑1 (MQ=255) gTATGGTGGCGGGTACCAGCCACCTGTACACCCTGCTGCCGATCATTGAAGCGGCCGACGTGACCGGCCATGAGCCTGCGCAGGTGGCCAAGGCATTCTTCGCCG‑TGGGCAGCGCGCTGGACCTGACCTGGTACCTGCAGGAAATCAGc < 1:43339/149‑1 (MQ=255) gTATGGTGGCGGGTACCAGCCACCTGTACACCCTGCTGCCGATCATTGAAGCGGCCGACGTGACCGGCCATGAGCCTGCGCAGGTGGCCAAGGCATTCTTCGCCG‑TGGGCAGCGCGCTGGACCTGACCTGGTACCTGCAGGAAATCAGc < 2:45382/149‑1 (MQ=255) aggtggCTGGTACCCGCCACCTGTACACCCTGCTGCCGATCATTGAAGCGGCCGACGTGACCGGCCATGAGCCTGCGCAGGTGGCCAAGGCATTCTTCGCCG‑TGGGCAGCGCGCTGGACCTGACCTGGTACCTGCAGGAAATCAGCAAc > 3:294754/2‑149 (MQ=255) aggtggCTGGTACCCGCCACCTGTACACCCTGCTGCCGATCATTGAAGCGGCCGACGTGACCGGCCATGAGCCTGCGCAGGTGGCCAAGGCATTCTTCGCCG‑TGGGCAGCGCGCTGGACCTGACCTGGTACCTGCAGGAAATCAGCAAc > 3:77818/2‑149 (MQ=255) gtggCTGGTACCCGCCACCTGTACACCCTGCTGCCGATCATTGAAGCGGCCGACGTGACCGGCCATGAGCCTGCGCAGGTGGCCAAGGCAt < 1:165108/91‑1 (MQ=255) gtggCTGGTACCCGCCACCTGTACACCCTGCTGCCGATCATTGAAGCGGCCGACGTGACCGGCCATGAGCCTGCGCAGGTGGCCAAGGCAt > 2:165108/1‑91 (MQ=255) tggCGGGTACCAGCCACCTGTACACCCTGCTGCCGATCATTGAAGCGGCCGACGTGACCGGCCATGAGCCTGCGCAGGTGGCCAAGGCATTCTTCGCCG‑TGGGCAGCGCGCTGGACCTGACCTGGTACCTg > 7:242531/1‑131 (MQ=255) tggCGGGTACCAGCCACCTGTACACCCTGCTGCCGATCATTGAAGCGGCCGACGTGACCGGCCATGAGCCTGCGCAGGTGGCCAAGGCATTCTTCGCCG‑TGGGCAGCGCGCTGGACCTGACCTGGTACCTg < 8:242531/131‑1 (MQ=255) ggCGGGTACCAGCCACCTGTACACCCTGCTGCCGATCATTGAAGCGGCCGACGTGACCGGCCATGAGCCTGCGCAGGTGGCCAAGGCATTCTTCGCCG‑TGGGCAGCGCGCTGGACCTGACCTGGTACCTGCAGGAAATCAGCAACCTGc < 5:202899/149‑1 (MQ=255) ggTACCAGACACCTGTACACCCTGCTGCCGATCATTGAAGCGGCCGACGTGACCGGCCATGAGCCTGCGCAGGTGGCCAAGGCATTATTCGCCG‑TGGGCAGCGCGCTGGACCTGACCTGGTACCTGCAGGAAATCAGCAACCTGCCGGt < 5:257509/149‑1 (MQ=255) ccAGCCACCTGTACACCCTGCTGCCGATCATTGAAGCGGCCGACGTGACCGGCCATGAGCCTGCGCAGGTGGCCAAGGCATTCTTCGCCGCTGGGCAGCGCGCTGGACCTGACCTGGTACCTGCAGGAAATCAGCAACCTGCCGGTgg < 1:255898/148‑1 (MQ=255) ccAGCCACCTGTACACCCTGCTGCCGATCATTGAAGCGGCCGACGTGACCGGCCATGAGCCTGCGCAGGTGGCCAAGGCATTCTTCGCCG‑TGGGCAGCGCGCTGgacctgacct < 5:201081/114‑1 (MQ=255) ccAGCCACCTGTACACCCTGCTGCCGATCATTGAAGCGGCCGACGTGACCGGCCATGAGCCTGCGCAGGTGGCCAAGGCATTCTTCGCCG‑TGGGCAGCGCGCTGGACCTGACCTGGTACCTGCAGGAAATCAGCAACCTGCCGGTGGaa < 4:130899/149‑1 (MQ=255) cAGCCACCTGTACACCCTGCTGCCGATCATTGAAGCGGCCGACGTGACCGGCCATGAGCCTGCGCAGGTGGCCAAGGCATTCTTCGCCG‑TGGGCAGCGCGCTGGACCTGACCTGGTACCTGCAGGaaa < 3:203707/128‑1 (MQ=255) cAGCCACCTGTACACCCTGCTGCCGATCATTGAAGCGGCCGACGTGACCGGCCATGAGCCTGCGCAGGTGGCCAAGGCATTCTTCACCG‑TGGGCAGCGCGCTGGACGTGACCTGGTACCTGCAGGAATTCAGCAACCTGCCGGTGGaa > 5:256739/1‑148 (MQ=255) aGCCTCCTGTACACCCTGCTGCCGATCATTGAAGCGGCCGACGTGACCGGCCATGAGCCTGCGCAGGTGGCCAAGGCATTCTTCGCCG‑TGGGCAGCGCGCTGGACCTGACCTGGTACCTGCAGGAAATCAGCAACCTGCCAGttgtttt > 8:212348/1‑143 (MQ=255) | CGCGCACTTCGGGCCGAAGATCGCGCAGCTGGGTCTGAAGCTGGATGAGCTGCTCGAAGGCCCTACCCGCGAACGCTGGATGGTCCGCTACCAGGGCTTTGTCGACGCCGGTGTGCCGGAGTTGCTGGCGCGTATGGTGGCGGGTACCAGCCACCTGTACACCCTGCTGCCGATCATTGAAGCGGCCGACGTGACCGGCCATGAGCCTGCGCAGGTGGCCAAGGCATTCTTCGCCG‑TGGGCAGCGCGCTGGACCTGACCTGGTACCTGCAGGAAATCAGCAACCTGCCGGTGGAAAA > NC_002947/2371472‑2371768 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |