| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 2,383,620 | C→T | 36.1% | A93T (GCC→ACC) | PP_2091 ← | serine/threonine‑protein kinase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,383,620 | 0 | C | T | 36.1% | 103.2 / 91.6 | 108 | A93T (GCC→ACC) | PP_2091 | serine/threonine‑protein kinase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (30/38); new base T (24/14); total (54/54) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.05e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.18e-01 | |||||||||||
Only 100 of 115 total aligned reads displayed.
TCCCAGACATGGTCTTCGCTCAGGCATTGCAGGTTCCCCTCGTGCCAGCGGTACACCCGGCAGTCGCCTACATGGGCCAAGGTAAAGCGCCGGCCGCGCAACACCAGCGCGCTAAGTGTGGTCAGCAACGGCTGGCCGCTGCCCT‑GGGCGC‑GCAACCAGCGGTTTTGCGCCAGCAGCAGGCGGTCGAGGGCCTGGGCCACGCTCCAGGTGGCCGGCGTGGCGTAGTAATCCAGGGCCAGTGCCTGCAGGCTGGCGCGCGC‑CGCCAGGCCGCCGTCGGTACATTGGCTGACGC > NC_002947/2383472‑2383763 | tCCCAGACATGGTCTTCGCTCAGGCATTGCAGGTTCCCCTCGTGCCAGCGGTACACCCGGCAGTCGCCTACATGGGCCAAGGTAAAGCGCCGGCCGCGCAACACCAGCGCGCTAAGTGTGGTCAGCAACGGCTGGCCGCTGCCCT‑GGgc > 8:288489/1‑149 (MQ=255)tCCCAGACATGGTCTTCGCTCAGGCATTGCAGGTTCCCCTCGTGCCAGCGGTACACCCGGCAGTCGCCTACATGGGCCAAGGTAAAGCGCCGGCCGCGCAACACCAGCGCGCTAAGTGTGGTCAGCAACGGCTGGCCGCTGCCCT‑GGgc > 6:205722/1‑149 (MQ=255) ccAGACATGGTCTTCGCTCAGGCATTGCAGGTTCCCCTCGTGCCAGCGGTACCCCCGGCAGTCGCCTACATGGGCCAAGGTAAAGCGCCGGCCGCGCAACACCAGCGCGCGAAGTGTGGTCAGCAACGGCTGGCCGCTGCCCT‑GGgcgc > 3:264157/1‑149 (MQ=255) 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aGCAACGGCTGGCCGCTGCCCT‑GGGCGC‑GCAACCAGCGGTTTTGCGCCAGCAGCAGGCGGTCGAGGGCCTGGGCCACGCTCCAGGTGGCCGGCGTGGCGTAGTAATc < 8:116055/107‑1 (MQ=255) aGCAACGGCTGGCCGCTGCCCT‑GGGCGC‑GCAACCAGCGGTTTTGCGCCAGCAGCAGGCGGTCGAGGGCCTGGGCCACGCTCCAGGTGGCCGGCGTGGCGTAGTAATCCAGGGCCAGTGCCTGCAGGCTGGCGCGCGC‑CGCCAGgccgcc > 3:224444/1‑149 (MQ=255) aGCAACGGCTGGCCGCTGCCCT‑GGGCGC‑GCAACCAGCGGTTTTGCGCCAGCAGCAGGCGGTCGAGGGCCTGGGCCACGCTCCAGGTGGCCGGCGTGGCGTAGTAATCCAGGGCCAGTGCCTGCAGGCTGGCGCGCGC‑CGCCAGgccgcc > 8:215256/1‑149 (MQ=255) gCAACGGCTGGCCGCTGCCCC‑CGGTGC‑GCAAGCAGCGGTTTTGCGCCAGCAGCAGGCGGTCGAGGGCCTGGGCCACGCTCCAGGTGGCCGGCGGGGCTTAGTAATCCAGGGCCAGTGCCTGCAGGCTGGCG‑GCGCGCGCCAgcctgcag < 7:179199/149‑8 (MQ=255) cAAGGGCTGGCGGCTGCCGT‑GGGCGC‑GAAACAAGCGGTTTTGGGCCAGCAGCAGGCGGTCTTGGGCCTGGGCCACGCTCCTGGTGGCCGGGGTGGCGTTGTAATCCAGGGCCATTGCCTGCAGGCGGGCGCGCGC‑CGCCAGGCCGCCGt < 8:40288/149‑1 (MQ=255) cAACGGGGGGCCGGGGCCGT‑GGGGGC‑GCAACCAGGGGTTTTGCGCCTGCCGCTGGGGGGCGCGGGCGTGGGCCACGCGCCTGGGGGCGGGCGTGGCTTAGTATTCCAGGGCCTGGGCCGGCTGGGGGGCGCGCGC‑CGCCAGGCCGCCGt < 8:198013/149‑1 (MQ=255) cAACGGCTGGCCGCTGCCCT‑GGGCGC‑GCAACCAGCGGTTTTGCGCCAGCAGCAGGCGGTCGAGGGCCTGGGCCACGCTCCAGGTGGCCGGCGTGGCGTAGTAATCCAGGGCCAGTGCCTGCAGGCTGGCGCGCGC‑CGCCAGGCCGCCGt > 4:4941/1‑149 (MQ=255) aaccGGCTGCCCGCTGCCGG‑GGTGGC‑GCAACCCGGGGTTTTGCCCCCGAAGCCGGCGGTCGCGGCCCGGGGCCCCGCTCCTGGTGGCGGGCGGGGCTTATAAATCCCGGCCCAGTGCCTGCTGGCGGGCGCGCGC‑CGCCAGGCCGCCGt < 8:202606/146‑1 (MQ=255) aCGGCTGGCCGCTGCCCT‑GGGCGC‑GCAACCAGCGGTTTTGCGCCAGCAGCAGGCGGTCGAGGGCCTGGGCCACGCTCCAGGTGGCCGGCGTGGCGTAGTAATCCAGGGCCAGTGCCTGCAGGCTGGCGCGCGC‑CGCCAGGCCGCCGTCg > 7:163780/1‑149 (MQ=255) aCGGCTGGCCGCTGCCCT‑GGGCGC‑GCAACCAGCGGTTTTGCGCCAGCAGCAGGCGGTCGAGGGCCTGGGCCACGCTCCAGGTGGCCGGCGTGGCGTAGTAATCCAGGGCCAGTGCCTGCAGGCTGGCGCGCGC‑CGCCAGGCCGCCGTCg < 8:306257/149‑1 (MQ=255) ggCTGGCCGCTGCCCT‑GGGCGC‑GCAACCAGCGGTTTTGCGCCAGCAGCAGGCGGTCGAGGGCCTGGGCCACGCTCCAGGTGGCCGGCGTGGCGTAGTAATCCAGGGCCAGTGCCTGCAGGCTGGCGCGCGC‑CGCCAGGCCGCCGTCGGt < 7:251439/149‑1 (MQ=255) tGGCCGCTGCCCT‑GGGCGC‑GCAACCAGCGGTTTTGCGCCAGCAGCAGGCGGTCGAGGGCCTGGGCCACGCTCCAGGTGGCCGGCGTGGCGTAGTAATCCAGGGCCAGTGCCTGCAGGCTGGCGCGCGC‑CGCCAGGCCGCCGTCGGTACa > 6:98632/1‑149 (MQ=255) gCCGCTGCCCT‑GGGTGC‑GCAACCAGCGGTTTTGCGCCAGCAGCAGGCGGTCGAGGGCCTGGGCCACGCTCCAGGTGGCCGGCGTGGCGTAGTAATCCAGGGCCAGTGCCTGCAGGCTGGCGCGCGC‑CGCCAGGCCGCCGTCGGTACAtt > 2:232958/1‑149 (MQ=255) cGCTGCCCT‑GGGCGC‑GCAACCAGCGGTTTTGCGCCAGTAGCAGGCGGTCGAGGGCCTGGGCCACGCTCCAGGTGGCCGGCGTGGCGTAGTAATCCAGGGCCAGTGCCTGCAGGCTGGCGCGCGC‑CGCCAGGCCGCCGTCGGTACATTgg < 6:282245/149‑1 (MQ=255) cGCTGCCCT‑GGGCGC‑GCAACCAGCGGTTTTGCGCCAGCAGCAGGCGGTCGAGGGCCTGGGCCACGCTCCAGGTGGCCGGCGTGGCGTAGTAATCCAGGGCCAGTGCCTGCAGGCTg > 7:281430/1‑116 (MQ=255) cGCTGCCCT‑GGGCGC‑ACAACCAGCGGTTTTGCGCCAGCAGCAGGCGGTCGAGGGCCTGGGCCACGCTCCAGGTGGCCGGCGTGGCGTAGTAATCCAGGGCCAGTGCCTGCAGGCTg < 8:281430/116‑1 (MQ=255) gCTGCCCT‑GGGCGC‑GCAACCAGCGGTTTTGCGCCAGCAGCAGGCGGTCGAGGGCCTGGGCCACGCTCCAGGTGGCCGGCGTGGCGTAGTAATCCAGGGCCAGTGCCTGCAGGCTGGCGCGCGC‑CGCCAGGCCGCCGTCGGTACATTGGc < 6:306911/149‑1 (MQ=255) gCTGCCCT‑GGGCGC‑GCAACCAGCGGTTTTGCGCCAGCAGCAGGCGGTCGAGGGCCTGGGCCACGCTCCAGGTGGCCGGCGTGGCGTAGTAATCCAGGGCCAGTGCCTGCAGGCTGGCGCGCGC‑CGCCAGGCCGCCGTCGGTACATTGGc < 4:224444/149‑1 (MQ=255) cccT‑GGGCGC‑GCAACCAGCGGTTTTGCGCCAGCAGCAGGCGGTCGAGGGCCTGGGCCACGCTCCAGGTGGCCGGCGTGGCGTAGTAATCCAGGGCCAGTGCCTGCAGGCTGGCGCGCGC‑CGCCAGGCCGCCGTCGGTACATTGGCTGAc < 7:188661/149‑1 (MQ=255) cT‑GGGCGC‑GCAACCAGCGGTTTTGCGCCAGCAGCAGGCGGTCGAGGGCCTGGGCCACGCTCCAGGTGGCCGGCGTGGCGTAGTAATCCAGGGCCAGTGCATGCAGGCTGGCGCCCGC‑CGCCAGGCCGCCGGCGGAACATTGGATGACGc > 8:155378/1‑149 (MQ=255) | TCCCAGACATGGTCTTCGCTCAGGCATTGCAGGTTCCCCTCGTGCCAGCGGTACACCCGGCAGTCGCCTACATGGGCCAAGGTAAAGCGCCGGCCGCGCAACACCAGCGCGCTAAGTGTGGTCAGCAACGGCTGGCCGCTGCCCT‑GGGCGC‑GCAACCAGCGGTTTTGCGCCAGCAGCAGGCGGTCGAGGGCCTGGGCCACGCTCCAGGTGGCCGGCGTGGCGTAGTAATCCAGGGCCAGTGCCTGCAGGCTGGCGCGCGC‑CGCCAGGCCGCCGTCGGTACATTGGCTGACGC > NC_002947/2383472‑2383763 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |