| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 2,406,965 | G→C | 5.8% | intergenic (+220/+34) | PP_2110 → / ← PP_2111 | ribosomal large subunit pseudouridine synthase/aerotaxis receptor |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,406,965 | 0 | G | C | 5.8% | 339.7 / 3.1 | 104 | intergenic (+220/+34) | PP_2110/PP_2111 | ribosomal large subunit pseudouridine synthase/aerotaxis receptor |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (46/51); new base C (5/2); total (51/53) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.65e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 105 total aligned reads displayed.
GCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACATGGACCGGGCTGGACGCGCATCAGTGGTTCGACACAGGCATCGACGGCCCGGCACAGCATCGGTGGTTCGGCACAGCCGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCCCAGCGGAAGTCTCGAGCTTCAGCGGTTGAAGCGCTCCACCAGCGAATACTGGCTAC‑‑CCGCCGTGCTGGTCAGTTCTTCGCTCAGCAGTGCCGAGTGCTGCGCCTGTTCGGCGGTCTGGTCGGCCAGTTCGG > NC_002947/2406820‑2407111 | gCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACATGCACCGGGCTGGACGCGCATCAGTGGTTCGAGACAGGCATCGACGGCCCGGCACAGCATCGGGGTTTCGGCACAGCCGTTGTAGGATCGGGTTCACCCGCGAACACCGGCAGAGc < 8:267801/149‑1 (MQ=38) tACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACATGGACCGGGCTGGACGCGCATCAGTGGTTCGACACAGGCATCGACGGCCCGGCACAGCATCGGTGGTTCGGCACAGCCGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAACACCGGCAGAGCCg < 4:57904/149‑1 (MQ=255) ccGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACATGGACCGGGCTGGACGCGCATCAGTGGTTCGACACAGGCATCGACGGCCCGGCACAGCATCGGTGGTTCGGCACAGCCGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGt < 8:134432/149‑1 (MQ=255) cGTATTCGCGGGTAACCCCGCTCCTACATGGACCGGGCTGGACGCGCATCAGTGGTTCGACACACGCATCGACGGCCCGGCACAGCAACGCTGGTTCGGCACAGCCGTTGTAGGAGCGGGTTCCCCCGCGACCACCGGCAGAGCCgggg > 1:102339/1‑147 (MQ=255) tATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACATGGACCGGGCTGGACGCGCATCAGTGGTTCGACACAGGCATCGACGGCCCGGCACAGCATCGGTGGTTCGGCACAGCCGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAACACCGGCAGAGCCgg < 1:268305/145‑1 (MQ=255) tATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACATGGACCGGGCTGGACGCGCATCAGTGGTTCGACACAGGCATCGACGGCCCGGCACAGCATCGGTGGTTCGGCACAGCCGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAACACCGGCAGAGCCgg > 2:268305/1‑145 (MQ=255) tATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACATGGACCGGGCTGGACGCGCATCAGTGGTTCGACACAGGCATCGACGGCCCGGCACAGCATCGGTGGTTCGGCACAGCCGTTCTAGGAGCCGGTTCACCCCCGAACACCCGCACAGCCGGTGc > 2:233061/1‑148 (MQ=39) ttCGCGGGTAAACCCGCTCCTACATGGACCGGGCTGGACGCGCATCAGTGGTTCGACACAGGCATCGACGGCCCGGCACAGCATCGGTGGTTCGGCACAGCCGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAACACCGGCTCTGCCGGTgttcg > 3:74928/1‑145 (MQ=255) cgcgGGTAAACCCGCTCCTACATGGACCGGGCTGGACGCGCATCAGTGGTTCGACACAGGCATCGACGGCCCGGCACAGCATCGGTGGTTCGGCACAGCCGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAACACCGGCTCTGCCGGTgttcgc < 4:74928/148‑6 (MQ=255) 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6:6171/149‑1 (MQ=255) gTTCACCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCCCAGCGGAAGTCTCGAGCTTCAGCGGTTGAAGCGCTCCACCAGCGAATACTGGCTAC‑‑CCGCCGTGCTGGTCAGTTCTTCGCTCAGCAGTGCCGAGTGCTGCGCCTGTTcggcg < 1:171572/149‑1 (MQ=255) tCACCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCCCAGCGGAAGTCTCGAGCTTCAGCGGTTGAAGCGCTCCACCAGCGAATACTGGCTAC‑‑CCGCCGTGCTGGTCAGTTCTTCGCTCAGCAGTGCCGAGTGCTGCGCCTGTTCGGCGGt > 8:287605/1‑149 (MQ=255) aCCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCCCAGCGGAAGTCTCGAGCTTCAGCGGTTGAAGCGCTCCACCAGCGAATACTGGCTAC‑‑CCGCCGTGCTGGTCAGTTCTTCGCTCAGCAGTGCCGAGTGCTGCGCCTGTTCGGCGGTCt > 4:2698/1‑149 (MQ=255) aCCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCCCAGCGGAAGTCTCGAGCTTCAGCGGTTGAAGCGCTCCACCAGCGAATACTGGCTAC‑‑CCGCCGTGCTGGTCAGTTCTTCGCTCAGCAGTGCCGAGTGCTGCGCCTGTTCGGCGGTCt > 1:289303/1‑149 (MQ=255) ccGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCCCAGCGGAAGTCTCGAGCTTCAGCGGTTGAAGCGCTCCACCAGCGAATACTGGCTAC‑‑CCGCCGTGCTGGTCAGTTCTTCGCTCAGCAGTGCCGAGTGCTGCGCCTGTTCGGCGGTCTgg > 4:107368/1‑149 (MQ=255) ccGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCCCAGCGGAAGTCTCGAGCTTCAGCGGTTGAAGCGCTCCACCAGCGAATACTGGCTAC‑‑CCGCCGTGCTGGTCAGTTCTTCGCTCAGCAGTGCCGAGTGCTGCGCCTGTTCGGCGGTCTgg > 6:28362/1‑149 (MQ=255) cgcgAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCCCAGCGGAAGTCTCGAGCTTCAGCGGTTGAAGCGCTCCACCAGCGAATACTGGCTAC‑‑CCGCCGTGCTGGTCAGTTCTTCGCTCAGCAGTGCCGAGTGCTGCGCCTGTTCGGCGGTCTGGt > 1:303480/1‑149 (MQ=255) cgAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCCCAGCGGAAGTCTCGAGCTTCAGCGGTTGAAGCGCTCCACCAGCGAATACTGGCTAC‑‑CCGCCGTGCTGGTCAGTTCTTCGCTCAGCAGTGCCGAGTGCTGCGCCTGTTCGGCGGTCTGGTCg < 1:145482/149‑1 (MQ=255) cacCGGCAGAGCCGGTGCCATCCCCAGCGGAATTCTCGAGCTTCAGCGGGTGAAGCGCTCCACCAGCGAATACTGGCTCCCACCGCCGTGCTGGTCAGTTCTTCGCTCAGCAGTGCCGAGTGCTGCGCCTGTTCGGCGGTCTGGTCGGc < 1:102919/149‑1 (MQ=255) acCGGCAGAGCCGGTGCCATCCCCAGCGGAAGTCTCGAGCTTCAGCGGTTGAAGCGCTCCACCAGCGAATACTGGCTAC‑‑CCGCCGTGCTGGTCAGTTCTTCGCTCAGCAGTGCCGAGTGCTGCGCCTGTTCGGCGGTCTGGTCGGCCAg > 5:64683/1‑149 (MQ=255) acCGGCAGAGCCGGTGCCATCCCCAGCGGAAGTCTCGAGCTTCAGCGGTTGAAGCGCTCCACCAGCGAATACTGGCTAC‑‑CCGCCGTGCTGGTCAGTTCTTCGCTCAGCAGTGCCGAGTGCTGCGCCTGTTCGGCGGTCTGGTCGGCCAg > 8:297747/1‑149 (MQ=255) cGGCAGAGCCGGTGCCATCCCCAGCGGAAGTCTCGAGCTTCAGCGGTTGAAGCGCTCCACCAGCGAATACTGGCTAC‑‑CCGCCGTGCTGGTCAGTTCTTCGCTCAGCAGTGCCGAGTGCTGCGCCTGTTCGGCGGTCTGGTCGGCCAGtt > 3:315648/1‑149 (MQ=255) gCAGAGCCGGTGCCATCCCCAGCGGAAGTCTCGAGCTTCAGCGGTTGAAGCGCTCCACCAGCGAATACTGGCTAC‑‑CCGCCGTGCTGGTCAGTTCTTCGCTCAGCAGTGCCGa < 8:117589/112‑1 (MQ=255) cAGAGCCGGTGCCATCCCCAGCGGAAGTCTCGAGCTTCAGCGGTTGAAGCGCTCCACCAGCGAATACTGGCTAC‑‑CCGCCGTGCTGGTCAGTTCTTCGCTCAGCAGTGCCGAGTGCTGCGCCTGTTCGGCGGTCTGGTCGGCCAGTTCgg > 4:60520/1‑149 (MQ=255) agagCCGGTGCCATCCCCAGCGGAAGTCTCGAGCTTCAGCGGTTGAAGCGCTCCACCAGCGAATACTGGCTAC‑‑CCGCCGTGCTGGTCAGTTCTTCGCTCAGCAGTGCCGAGTGCTGCGCCTGTTCGGCGGTCTGGTCGGCCAGTTCgg > 5:202506/1‑148 (MQ=255) | GCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACATGGACCGGGCTGGACGCGCATCAGTGGTTCGACACAGGCATCGACGGCCCGGCACAGCATCGGTGGTTCGGCACAGCCGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCCCAGCGGAAGTCTCGAGCTTCAGCGGTTGAAGCGCTCCACCAGCGAATACTGGCTAC‑‑CCGCCGTGCTGGTCAGTTCTTCGCTCAGCAGTGCCGAGTGCTGCGCCTGTTCGGCGGTCTGGTCGGCCAGTTCGG > NC_002947/2406820‑2407111 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |