| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 2,480,117 | G→C | 5.6% | intergenic (‑56/+51) | PP_2173 ← / ← PP_2174 | AraC family transcriptional regulator/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,480,117 | 0 | G | C | 5.6% | 326.6 / 6.5 | 102 | intergenic (‑56/+51) | PP_2173/PP_2174 | AraC family transcriptional regulator/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (47/49); new base C (3/3); total (50/52) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 107 total aligned reads displayed.
ACCGACAGGTCACCTTCGAGGTGGCTGTCGATGTAGGCAAGCACGGTTTCGAACCGTTTCATGTAGCTAGGGTTGTGCTGTGAGTCAGTCAACGAACGGAATCTCTGGAAGGTGCGGTAAGCGCTAGCATCCGTTGTTCAGGCACCGGGGTGCCTAGCCGTGATTGCTCTATCGGGTGGCTTGATGTGCTGCCAAGCGTTATGAGTCAGGGTTACAGGGTGAGTACCAAGGGGCAGCAGCGTCGACGTGAACATGTTTCTGCTTCCTGGGCAGAAAAGGAGTATCAAGCGTTCCCA > NC_002947/2479970‑2480265 | aCCGACAGGTCACCTTCGAGGTGGCTGTCGATGTAGGCAAGCACGGTTTCGAACCGTTTCATGTAGCTAGGGTTGTGCTGTGAGTCAGTCAACGAACGGAATCTCTGGAAGGTGCGGTAAGCGCTAGCATCCGTTGTTCAGGCACCggg > 3:116493/1‑149 (MQ=255) gACAGGTCACCTTCGAGGTGGCTGTCGATGTAGGCAAGCACGGTTTCGAACCGTTTCATGTAGCTAGGGTTGTGCTGTGAGTCAGTCAACGAACGGAATCTCTGGAAGGTGCGGTAAGCGCTAGCATCCGTTGTTCAGGCACCGGGGTg > 4:321968/1‑149 (MQ=255) gACAGGTCACCTTCGAGGTGGCTGTCGATGTAGGCAAGCACGGTTTCGAACCGTTTCATGTAGCTAGGGTTGTGCTGTGAGTCAGTCAACGAACGGAATCTCTGGAAGGTGCGGTAAGCGCTAGCATCCGTTGTTCAGGCACCGGGGTg > 7:303931/1‑149 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |