| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 2,490,729 | G→T | 7.0% | G51V (GGC→GTC) ‡ | PP_2185 → | formate dehydrogenase subunit alpha |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,490,729 | 0 | G | T | 7.0% | 393.7 / 13.7 | 123 | G51V (GGC→GTC) ‡ | PP_2185 | formate dehydrogenase subunit alpha |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (54/59); new base T (2/7); total (57/66) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.77e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.12e-01 | |||||||||||
Only 100 of 125 total aligned reads displayed.
ATCAATTTCTTCGACCCCGCTTCTGATAAAAGCAGCGACCTCGGCACCCCGGCCCGCGAAAGCGACGTGCAGGTCAGCCTGAGCATCGACGGCCGCGCCATCAGCGTGCCTGCTGGCACCTCGGTCATGCGCGCCGCCGCCATGCTGGGCACCAGCATCCCCAAACTGTGCGCCACCGACAGCCTCGAAGCCTTCGGCTCCTGCCGCATGTGCATGGTGGAAATCGAAGGCATGCGCGGCTACCCGGCATCCTGCACCACGCCAGTCAGCGAAGGCATGGTGGTGCGCACCGA > NC_002947/2490581‑2490873 | tCAATTTCTTCGACCCCGCTTCTGATAAAAGCAGCGACCTCGGCACCCCGGCCCGCGAAAGCGACGTGCAGGTCAGCCTGAGCATCGACGGCCGCGCCATCAGCGTGCCTGCTGGCACCTCGGTCATGCGCGCCGCCGCCATGCTggg > 1:8789/1‑148 (MQ=255) tCAATTTCTTCGACCCCGCTTCTGATAAAAGCAGCGACCTCGGCACCCCGGCCCGCGAAAGCGACGTGCAGGTCAGCCTGAGCATCGACGGCCGCGCCATCAGCGTGCCTGCTGGCACCTCGGTCATGCGCGCCGCCGCCATGCTGGGc < 4:195015/149‑1 (MQ=255) tCAATTTCTTCGACCCCGCTTCTGATAAAAGCAGCGACCTCGGCACCCCGGCCCGCGAAAGCGACGTGCAGGTCAGCCTGAGCATCGACGGCCGCGCCATCAGCGTGCCTGCTGGCACCTCGGTCATGCGCGCCGCCGCCATGCTGGGc > 7:283521/1‑149 (MQ=255) cAATTTCTTCGACCCCGCTTCTGATAAAAGCAGCGACCTCGGCACCCCGGCCCGCGAAAGCGACGTGCAGGTCAGCCTGAGCATCGACGGCCGCGCCATCAGCGTGCCTGCTGGCACCTCGGTCATGCGCGCCGCCGCCATGCTGGGCa > 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cgcgcCGCCGCCATGCTGGGCACCAGCATCCCCAAACTGTGCGCCACCGACAGCCTCGAAGCCTTCGGCTCCTGCCGCATGTGCATGGTGGAAATCGAAGGCATGCGCGGCTACCCGGCATCCTGCACCACGCCAGTCAGCGAAGGCAt < 2:255184/149‑1 (MQ=255) gcgcCGCCGCCATGCTTGGCACCAGCATCCCCAAACTGTGCGCCACCGACAGCCTCGAAGCCTTCGGCTCCTGCCGCATGTGCATGGTGGAAATCGAAGGCATGCGCGGCTACCCGGCATCCTGCACCACGCCAGTCAGCGAAGGCAtg < 7:63833/149‑1 (MQ=255) gcgcCGCCGCCATGCTGGGCACCAGCATCCCCAAACTGTGCGCCACCGACAGCCTCGAAGCCTTCGGCTCCTGCCGCATGTGCATGGTGGAAATCGAAGGCATGCGCGGCTACCCGGCATCCTGCACCACGCCAGTCAGCGAAGGCAtg > 8:290200/1‑149 (MQ=255) gccgccATGCTGGGCACCAGCATCCCCAAACTGTGCGCCACCGACAGCCTCGAAGCCTTCGGCTCCTGCCGCATGTGCATGGTGGAAATCGAAGGCATGCGCGGCTACCCGGCATCCTGCACCACGCCAGTCAGCGAAGGCATggtggt < 7:53899/149‑1 (MQ=255) ccgccATGAGGTGCAAGAGGATCCCCAAACTGTGCGCCACCGACAGCATCGACTCCTGCGGCTCCTGCCGCATGTGGATGGTGGAAATCGAAGGCATGCGCGGCTACCCGGCATCCTGCACCACGCCAGTCAGCGAAGGCATGgtggtg < 8:122809/149‑1 (MQ=255) ggggaTGCTGGTGCCCAGCATCCCCAAACTGTGCGCCACCGACAGCCTCGAAGCCTTCGGCTCCTGCCGCATGTGCATGGTGCAAATCGAAGGCATGCGCGGCTACCCGGCATCCTGCACCACGCCAGTCAGCGAAGGCATGGTGGTgc > 7:196521/5‑149 (MQ=255) cgccATGCTGGGCACCAGCATCCCCAAACTGTGCGCCACCGACAGCCTCGAAGCCTTCGGCTCCTGCCGCATGTGCATGGTGGAAATCGAAGGCATGCGCGGCTACCCGGCATCCTGCACCACGCCAGTCAGCGAAGGCATGGTGGTgc > 1:284075/1‑149 (MQ=255) tGCTGGGCACCAGCATCCCCAAACTGTGCGCCACCGACAGCCTCGAAGCCTTCGGCTCCTGCCGCATGTGCATGGTGGAAATCGAAGGCATGCGCGGCTACCCGGCATc > 2:191728/1‑109 (MQ=255) tGCTGGGCACCAGCATCCCCAAACTGTGCGCCACCGACAGCCTCGAAGCCTTCGGCTCCTGCCGCATGTGCATGGTGGAAATCGAAGGCATGCGCGGCTACCCGGCATc < 1:191728/109‑1 (MQ=255) gCTGGGCACCAGCATCCCCAAACTGTGCGCCACCGACAGCCTCGAAGCCTTCGGCTCCTGCCGCATGTGCATGGTGGAAATCGAAGGCATGCGCGGCTACCCGGCATCCTGcac < 8:134081/114‑1 (MQ=255) gCTGGGCACCAGCATCCCCAAACTGTGCGCCACCGACAGCCTCGAAGCCTTCGGCTCCTGCCGCATGTGCATGGTGGAAATCGAAGGCATGCGCGGCTACCCGGCATCCTGCACCACGCCAGTCAGCGAAGGCATGGTGGTGCGCAcc > 4:115848/1‑148 (MQ=255) tGGGCACCAGCATCCCCAAACTGTGCGCCACCGACAGCCTCGAAGCCTTCGGCTCCTGCCGCATGTGCATGGTGGAAATCGAAGGCATGCGCGGCTACCCGGCATCCTGCACCACGCCAGTCAGCGAAGGCATGGTGGTGCGCACCGa > 2:99222/1‑148 (MQ=255) | ATCAATTTCTTCGACCCCGCTTCTGATAAAAGCAGCGACCTCGGCACCCCGGCCCGCGAAAGCGACGTGCAGGTCAGCCTGAGCATCGACGGCCGCGCCATCAGCGTGCCTGCTGGCACCTCGGTCATGCGCGCCGCCGCCATGCTGGGCACCAGCATCCCCAAACTGTGCGCCACCGACAGCCTCGAAGCCTTCGGCTCCTGCCGCATGTGCATGGTGGAAATCGAAGGCATGCGCGGCTACCCGGCATCCTGCACCACGCCAGTCAGCGAAGGCATGGTGGTGCGCACCGA > NC_002947/2490581‑2490873 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |