| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 2,490,731 | A→C | 6.7% | T52P (ACC→CCC) | PP_2185 → | formate dehydrogenase subunit alpha |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,490,731 | 0 | A | C | 6.7% | 362.7 / 14.3 | 120 | T52P (ACC→CCC) | PP_2185 | formate dehydrogenase subunit alpha |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (53/59); new base C (2/6); total (55/65) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.86e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.92e-01 | |||||||||||
Only 100 of 121 total aligned reads displayed.
CAATTTCTTCGACCCCGCTTCTGATAAAAGCAGCGACCTCGGCACCCCGGCCCGCGAAAGCGACGTGCAGGTCAGCCTGAGCATCGACGGCCGCGCCATCAGCGTGCCTGCTGGCACCTCGGTCATGC‑GCGCCGCCGCCATGCTGGGCACCAGCATCCCCAAACTGTGCGCCACCGACAGCCTCGAAGCCTTCGGCTCCTGCCGCATGTGCATGGTGGAAATCGAAGGCATGCGCGGCTACCCGGCATCCTGCACCACGCCAGTCAGCGAAGGCATGGTGGTGCGCACCGA > NC_002947/2490583‑2490873 | cAATTTCTTCGACCCCGCTTCTGATAAAAGCAGCGACCTCGGCACCCCGGCCCGCGAAAGCGACGTGCAGGTCAGCCTGAGCATCGACGGCCGCGCCATCAGCGTGCCTGCTGGCACCTCGGTCATGC‑GCGCCGCCGCCATGCTGGGCa > 1:163015/1‑149 (MQ=255) aTTTCTTCGACCCCGCTTCTGATAAAAGCAGCGACCTCGGCACCCCGGCCCGCGAAAGCGACGTGCAGGTCAGCCTGAGCATCGACGGCCGCGCCATCAGCGTGCCTGCTGGCACCTCGGTCATGC‑GCGCCGCCGCCATGCTGGGCAcc > 6:119093/1‑149 (MQ=255) tttCTTCGACCCCGCTTCTGATAAAAGCAGCGACCTCGGCACCCCGGCCCGCGAAAGCGACGTGCAGGTCAGCCTGAGCATCGACGGCCGCGCCATCAGCGTGCCTGCTGGCACCTCGGTCATGC‑GCGCCGCCGCCATGCTGGGCACCa > 7:271566/1‑149 (MQ=255) tttCTTCGACCCCGCTTCTGATAAAAGCAGCGACCTCGGCACCACGGCCAGCGAAAGCGACGTGCAGGTCACCCTGAGCATCGACGGCCGCGCCATCAGCGTGCCTGCTGGCACCTCCGTCATGA‑CCGACGACGCCATGCTGGCAACCa > 7:62642/1‑149 (MQ=255) cttcGACCCCGCTTCTGATAAAAGCAGCGACCTCGGCACCCCGGCCCGCGAAAGCGACGTGCAGGTCAGCCTGAGCATCGACGGCCGCGCCATCAGCGTGCCTGCTGGCACCTCGGTCATGC‑GCGCCGCCGCCATGCTGGGCACCAGc < 2:8789/148‑1 (MQ=255) ttcGACCCCGCTTCTGATAAAAGCAGCGACCTCGGCACCCCGGCCCGCGAAAGCGACGTGCAGGTCAGCCTGAGCATCGACGGCCGCGCCATCAGCGTGCCTGCTGGCACCTCGGTCATGC‑GCGCCGCCGCCATGCTGGGCACCAGCAt > 2:51287/1‑149 (MQ=255) ttcGACCCCGCTTCTGATAAAAGCAGCGACCTCGGCACCCCGGCCCGCGAAAGCGACGTGCAGGTCAGCCTGAGCATCGACGGCCGCGCCATCAGCGTGCCTGCTGGCACCTCGGTCATGC‑GCGCCGCCGCCATGCTGGGCACCAGCAt > 2:48313/1‑149 (MQ=255) cGACCCCGCTTCTGATAAAAGCAGCGACCTCGGCACCCCGGCCCGCGAAAGCGACGTGCAGGTCAGCCTGAGCATCGACGGCCGCGCCATCAGCGTGCCTGCTGGCACCTCGGTCATGC‑GCGCCGCCGCCATGCTGGGCACCAGCATc < 1:15100/148‑1 (MQ=255) 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aCCTCGGTCATGC‑GCGCCGCCGCCATGCTGGGCACCAGCATCCCCAAACTGTGCGCCACCGACAGCCTCGAAGCCTTCGGCTCCTGCCGCATGTGCATGGTGGAAATCGAAGGCATGCGCGGCTACCCGGCATCCTGCACCACGCCAGt > 2:278925/1‑149 (MQ=255) cTCGGTCATGC‑GCGCCGCCGCCATGCTGGGCACCAGCATCCCCAAACTGTGCGCCACCGACAGCCTCGAAGCCTTCGGCTCCTGCCGCATGTGCATGGTGGAAATCGAAGGCATGCGCGGCTACCCGGCATCCTGCACCACGCCAGTCa < 6:106890/149‑1 (MQ=255) tCATGC‑GCGCCGCCGCCATGCTGGGCACCAGCATCCCCAAACTGTGCGCCACCGACAGCCTCGAAGCCTTCGGCTCCTGCCGCATGTGCATGGTGGAAATCGAAGGCATGCGCGGCTACCCGGCATCCTGcac < 3:224833/133‑1 (MQ=255) tCATGC‑GCGCCGCCGCCATGCTGGGCACCAGCATCCCCAAACTGTGCGCCACCGACAGCCTCGAAGCCTTCGGCTCCTGCCGCATGTGCATGGTGGAAATCGAAGGCATGCGCGGCTACCCGGCATCCTGcac > 4:224833/1‑133 (MQ=255) cctGC‑GCGCCGCCGCCATGCTGGGCACCAGCATCCCCAAACTGTGCGCCACCGACAGCCTCGAAGCCTTCGGCTCCTGCCGCATGTGCATGGTGGAAATCGAAGGCATGCGCGGCTACCCGGCATCCTGCACCACGCCAGTCAGCGAAg < 2:181557/147‑1 (MQ=255) aTGC‑GCGCCGCCGCCATGCTGGGCACCAGCATCCCCAAACTGTGCGCCACCGACAGCCTCGAAGCCTTCGGCTCCTGCCGCATGTGCATGGTGGAAATCGAAGGCATGCGCGGCTACCCGGCATCCTGCACCACGCCAGTCAGCGAAg < 6:303530/148‑1 (MQ=255) tGC‑GCGCCGCCGCCATGCTGGGCACCAGCATCCCCAAACTGTGCGCCACCGACAGCCTCGAAGCCTTCGGCTCCTGCCGCATGTGCATGGTGGaa > 6:244339/1‑95 (MQ=255) tGC‑GCGCCGCCGCCATGCTGGGCACCAGCATCCCCAAACTGTGCGCCACCGACAGCCTCGAAGCCTTCGGCTCCTGCCGCATGTGCATGGTGGaa < 5:244339/95‑1 (MQ=255) tGC‑GCGCCGCCGCCATGCTGGGCACCAGCATCCCCAAACTGTGCGCCACCGACAGCCTCGAAGCCTTCGGCTCCTGCCGCATGTGCATGGTGGAAATCGAAGGCATGCGCGGCTACCCGGCATCCTGCACCACGc > 4:140079/1‑135 (MQ=255) tGC‑GCGCCGCCGCCATGCTGGGCACCAGCATCCCCAAACTGTGCGCCACCGACAGCCTCGAAGCCTTCGGCTCCTGCCGCATGTGCATGGTGGAAATCGAAGGCATGCGCGGCTACCCGGCATCCTGCACCACGc < 3:140079/135‑1 (MQ=255) c‑gcgcCGCCGCCATGCTGGGCACCAGCATCCCCAAACTGTGCGCCACCGACAGCCTCGAAGCCTTCGGCTCCTGCCGCATGTGCATGGTGGAAATCGAAGGCATGCGCGGCTACCCGGCATCCTGCACCACGCCAGTCAGCGAAGGCAt < 2:255184/149‑1 (MQ=255) gcgcCGCCGCCATGCTTGGCACCAGCATCCCCAAACTGTGCGCCACCGACAGCCTCGAAGCCTTCGGCTCCTGCCGCATGTGCATGGTGGAAATCGAAGGCATGCGCGGCTACCCGGCATCCTGCACCACGCCAGTCAGCGAAGGCAtg < 7:63833/149‑1 (MQ=255) gcgcCGCCGCCATGCTGGGCACCAGCATCCCCAAACTGTGCGCCACCGACAGCCTCGAAGCCTTCGGCTCCTGCCGCATGTGCATGGTGGAAATCGAAGGCATGCGCGGCTACCCGGCATCCTGCACCACGCCAGTCAGCGAAGGCAtg < 8:267719/149‑1 (MQ=255) gcgcCGCCGCCATGCTGGGCACCAGCATCCCCAAACTGTGCGCCACCGACAGCCTCGAAGCCTTCGGCTCCTGCCGCATGTGCATGGTGGAAATCGAAGGCATGCGCGGCTACCCGGCATCCTGCACCACGCCAGTCAGCGAAGGCAtg > 8:290200/1‑149 (MQ=255) gccgccATGCTGGGCACCAGCATCCCCAAACTGTGCGCCACCGACAGCCTCGAAGCCTTCGGCTCCTGCCGCATGTGCATGGTGGAAATCGAAGGCATGCGCGGCTACCCGGCATCCTGCACCACGCCAGTCAGCGAAGGCATggtggt < 7:53899/149‑1 (MQ=255) ccgccATGAGGTGCAAGAGGATCCCCAAACTGTGCGCCACCGACAGCATCGACTCCTGCGGCTCCTGCCGCATGTGGATGGTGGAAATCGAAGGCATGCGCGGCTACCCGGCATCCTGCACCACGCCAGTCAGCGAAGGCATGgtggtg < 8:122809/149‑1 (MQ=255) tGCTGGGCACCAGCATCCCCAAACTGTGCGCCACCGACAGCCTCGAAGCCTTCGGCTCCTGCCGCATGTGCATGGTGGAAATCGAAGGCATGCGCGGCTACCCGGCATc > 2:191728/1‑109 (MQ=255) tGCTGGGCACCAGCATCCCCAAACTGTGCGCCACCGACAGCCTCGAAGCCTTCGGCTCCTGCCGCATGTGCATGGTGGAAATCGAAGGCATGCGCGGCTACCCGGCATc < 1:191728/109‑1 (MQ=255) gCTGGGCACCAGCATCCCCAAACTGTGCGCCACCGACAGCCTCGAAGCCTTCGGCTCCTGCCGCATGTGCATGGTGGAAATCGAAGGCATGCGCGGCTACCCGGCATCCTGcac > 7:134081/1‑114 (MQ=255) cTGGGCACCAGCATCCCCAAACTGTGCGCCACCGACAGCCTCGAAGCCTTCGGCTCCTGCCGCATGTGCATGGTGGAAATCGAAGGCATGCGCGGCTACCCGGCATCCTGCACCACGCCAGTCAGCGAAGGCATGGTGGTGCGCACCg > 7:80159/1‑148 (MQ=255) | CAATTTCTTCGACCCCGCTTCTGATAAAAGCAGCGACCTCGGCACCCCGGCCCGCGAAAGCGACGTGCAGGTCAGCCTGAGCATCGACGGCCGCGCCATCAGCGTGCCTGCTGGCACCTCGGTCATGC‑GCGCCGCCGCCATGCTGGGCACCAGCATCCCCAAACTGTGCGCCACCGACAGCCTCGAAGCCTTCGGCTCCTGCCGCATGTGCATGGTGGAAATCGAAGGCATGCGCGGCTACCCGGCATCCTGCACCACGCCAGTCAGCGAAGGCATGGTGGTGCGCACCGA > NC_002947/2490583‑2490873 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |