Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 2,628,491 | G→T | 9.6% | P51P (CCG→CCT) ‡ | clpP → | ATP‑dependent Clp protease proteolytic subunit |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 2,628,491 | 0 | G | T | 9.6% | 160.1 / 4.9 | 56 | P51P (CCG→CCT) ‡ | clpP | ATP‑dependent Clp protease proteolytic subunit |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (25/25); new base T (2/4); total (27/29) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.71e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
AATTCTTATATTCAGCAGAGCTCTGACATCCAGGCCGCAGGCGGCCTGGTCCCGATGGTTATCGAGCAGTCCGCCCGTGGCGAACGCGCTTACGACATCTACTCGCGCCTGTTGAAGGAGCGTGTGATCTTCCTGGTTGGCCCGGTAGAGGACTACATGGCCAACCTCGTCGTTGCGCAACTGCTGTTCCTTGAGGCGGAAAACCCGGACAAGGATATCCATCTGTACATCAACTCGCCGGGCGGTTCCGTCACCGCCGGCATGTCGATCTACGACACCATG > NC_002947/2628348‑2628629 | aaTTCTTATATTCAGCAGAGCTCTGACATCCAGGCCGCAGGCGGCCTGGTCCCGATGGTTATCGAGCAGTCCGCCCGTGGCGAACGCGCTTACGACATCTACTCGCGCCTGTTGAAGGAGCGTGTGATCTTCCTGGTTGGCCCGGTaga < 3:12558/149‑1 (MQ=255) cTTATATTCAGCAGAGCTCTGACATCCAGGCCGCAGGCGGCCTGGTCCCGATGGTTATCGAGCAGTCCGCCCGTGGCGAACGCGCTTACGACATCTACTCGCGCCTGTTGAAGGAGCGTGTGATCTTCCTGGTTGGCCCGGTAGAGGa < 8:168367/148‑1 (MQ=255) ttATATTCAGCAGAGCTCTGACATCCAGGCCGCAGGCGGCCTGGTCCCGATGGTTATCGAGCAGTCCGCCCGTGGCGAACGCGCTTACGACATCTACTCGCGCCTGTTGAAGGAGCGTGTGATCTTCCTGGTTGGCCCGGTAGAGGAc > 4:236676/1‑148 (MQ=255) tataTTCAGCAGAGCTCTGACATCCAGGCCGCAGGCGGCCTGGTCCCGATGGTTATCGAGCAGTCCGCCCGTGGCGAACGCGCTTACGACATCTACTCGCGCCTGTTGAAGGAGCGTGTGATCTTCCTGGTTGGCCCGGTAGAGGACt > 8:280297/1‑148 (MQ=255) tataTTCAGCAGAGCTCTGACATCCAGGCCGCAGGCGGCCTGGTCCCGATGGTTATCGAGCAGTCCGCCCGTGGCGAACGCGCTTACGACATCTACTCGCGCCTGTTGAAGGAGCGTGTGATCTTCCTGGTTGGCCATGTagtcctcta > 6:295929/1‑142 (MQ=255) tatTCAGCAGAGCTCTGACATCCAGGCCGCAGGCGGCCTGGTCCCGATGGTTATCGAGCAGTCCGCCCGTGGCGAACGCGCTTACGACATCTACTCGCGCCTGTTGAAGGAGCGTGTGATCTTCCTGGTTGGCCCGGTAGAGGACTAc < 8:70927/148‑1 (MQ=255) agcagAGCTCTGACATCCAGGCCGCAGGCGGCCTGGTCCCGATGGTTATCGAGCAGTCCGCCCGTGGCGAACGCGCTTACGACATCTACTCGCGCCTGTTGAAGGAGCGTGTGATCTTCCTGGTTGGCCCGGTAGAGGACTACATGGc > 7:190135/1‑148 (MQ=255) gcagAGCTCTGACATCCAGGCCGCAGGCGGCCTGGTCCCGATGGTTATCGAGCAGTCCGCCCGTGGCGAACGCGCTTACGACATCTACTCGCGCCTGTTGAAGGAGCGTGTGATCTTCCTGGTTGGCCCGGTAGAGGACTACATGGcc > 1:236254/1‑148 (MQ=255) agCTCTGACATCCAGGCCGCAGGAGGCCTGGTACCGATGGTTATCGAGCAGTCCGCCCGTGGCGAACGCGCTTACGACATCTACTCGCGCCTGTTGAAGGAGCGTGTGATCTTCCTGGTTGGCCATGTAGTCCTCTACCGGGCCAAcca < 6:229659/149‑2 (MQ=255) ctctGACATCCAGGCCGCAGGCGGCCTGGTCCCGATGGTTATCGAGCAGTCCGCCCGTGGCGAACGCGCTTACGACATCTACTCGCGCCTGTTGAAGGAGCGTGTGATCTTCCTGGTTGGCCCGGTAGAGGACTACATGGCCAACCtcg < 8:190135/149‑1 (MQ=255) ctctGACATCCAGGCCGCAGGCGGCCTGGTCCCGATGGTTATCGAGCAGTCCGCCCGTGGCGAACGCGCTTACGACATCTACTCGCGCCTGTTGAAGGAGCGTGTGATCTTCCTGGTTGGCCATGTAGTCCTCTACCGGGCCAAccag > 8:70043/1‑146 (MQ=255) tGACATCCAGGCCGCAGGCGGCCTGGTCCCGATGGTTATCGAGCAGTCCGCCCGTGGCGAACGCGCTTACGACATCTACTCGCGCCTGTTGAAGGAGCGTGTGATCTTCCTGGTTGGCCCGGTAGAGGACTACATGGCCAACCtcg < 2:236254/146‑1 (MQ=255) gACATCCAGGCCGCAGGCGGCCTGGTCCCGATGGTTATCGAGCAGTCCGCCCGTGGCGAACGCGCTTACGACATCTACTCGCGCCTGTTGAAGGAGCGTGTGATCTTCCTGGTTGGCCCGGTAGAGGACTACATGGCCAACCTcgtcgt > 7:233559/1‑149 (MQ=255) aCATCCAGGCCGCAGGCGGCCTGGTCCCGATGGTTATCGAGCAGTCCGCCCGTGGCGAACGCGCTTACGACATCTACTCGCGCCTGTTGAAGGAGCGTGTGATCTTCCTGGTTGGCCCGGTAGAGGACTACATGGCCAACCtcgtc < 5:266264/146‑1 (MQ=255) aCATCCAGGCCGCAGGCGGCCTGGTCCCGATGGTTATCGAGCAGTCCGCCCGTGGCGAACGCGCTTACGACATCTACTCGCGCCTGTTGAAGGAGCGTGTGATCTTCCTGGTTGGCCCGGTAGAGGACTACATGGCCAACCTCGTCGtt < 7:280297/149‑1 (MQ=255) aCATCCAGGCCGCAGGCGGCCTGGTCCCGATGGTTATCGAGCAGTCCGCCCGTGGCGAACGCGCTTACGACATCTACTCGCGCCTGTTGAAGGAGCGTGTGATCTTCCTGGTTGGCCATGTAGTCCTCTACCGGGCCAAccaggaa < 7:70043/146‑6 (MQ=38) gaccAGGCCGCCTGCGGCCTGGTCCCGATGGTTATCGAGCAGTCCGCCCGTGGCGAACGCGCTTACGACATCTACTCGCGCCTGTTGAAGGAGCGTGTGATCTTCCTGGTTGGCCCGGTAGAGGACTACATGGCCAACCTCGTCGTTgc > 7:23796/3‑149 (MQ=255) cAGGCCGCCTGCGGCCTGGTCCCGATGGTTATCGAGCAGTCCGCCCGTGGCGAACGCGCTTACGACATCTACTCGCGCCTGTTGAAGGAGCGTGTGATCTTCCTGGTTGGCCCGGTAGAGGACTACATGGCCAACCTCGTCGTTccgc > 8:212769/1‑148 (MQ=255) cAGGCCGCAGGCGGCCTGGTCCCGATGGTTATCGAGCAGTCCGCCCGTGGCGAACGCGCTTACGACATCTACTCGCGCCTGTTGAAGGAGCGTGTGATCTTCCTGGTTGGCCCGGTAGAGGACTACATGGCCAACCTCGTCGTTgcgc > 8:172215/1‑148 (MQ=255) gCCGCAGGCGGCCTGGTCCCGATGGTTATCGAGCAGTCCGCCCGTGGCGAACGCGCTTACGACATCTACTCGCGCCTGTTGAAGGAGCGTGTGATCTTCCTGGTTGGCCCGGTAGAGGACTACATGGCCAACCTCGTCGTTGCGCAAct > 4:145757/1‑149 (MQ=255) gCAGGCGGCCTGGTCCCGATGGTTATCGAGCAGTCCGCCCGTGGCGAACGCGCTTACGACATCTACTCGCGCCTGTTGAAGGAGCGTGTGATCTTCCTGGTTGGCCCGGTAGAGGACTACATGGCCAACCTCGTCGTTGCGCAActgct < 8:233559/149‑1 (MQ=255) gcggcCTGGTCCCGATGGTTATCGAGCAGTCCGCCCGTGGCGAACGCGCTTACGACATCTACTCGCGCCTGTTGAAGGAGCGTGTGATCTTCCTGGTTGGCCCGGTAGAGGACTACATGGCCAACCTCGTCGTTGCGCAACTGCTGTTc < 3:236676/149‑1 (MQ=255) gcCTGGTCCCGATGGTTATCGAGCAGTCCGCCCGTGGCGAACGCGCTTACGACATCTACTCGCGCCTGTTGAAGGAGCGTGTGATCTTCCTGGTTGGCCCGGTAGAGGACTACATGGCCAACCTCGTCGTTgcgc > 5:205836/1‑135 (MQ=255) gcCTGGTCCCGATGGTTATCGAGCAGTCCGCCCGTGGCGAACGCGCTTACGACATCTACTCGCGCCTGTTGAAGGAGCGTGTGATCTTCCTGGTTGGCCCGGTAGAGGACTACATGGCCAACCTCGTCGTTgcgc < 6:205836/135‑1 (MQ=255) cTGGTCCCGATGGTTATCGAGCAGTCCGCCCGTGGCGAACGCGCTTACGACATCTACTCGCGCCTGTTGAAGGAGCGTGTGATCTTCCTGGTTGGCCCGGTAGAGGACTACATGGCCAACCTCGTCGTTGCGCAACTGCTGTTCCTTGa < 8:84768/149‑1 (MQ=255) gTCCCGATGGTTATCGAGCAGTCCGCCCGTGGCGAACGCGCTTACGACATCTACTCGCGCCTGTTGAAGGAGCGTGTGATCTTCCTGGTTGGCCCGGTAGAGGACTACATGGCCAACCTCGTCGTTGCGCAACTGCTGTTCCTTGAg < 2:207052/147‑1 (MQ=255) ccGATGGTTATCGAGCAGTCCGCCCGTGGCGAACGCGCTTACGACATCTACTCGCGCCTGTTGAAGGAGCGTGTGATCTTCCTGGTTGGCCCGGTAGAGGACTACATGGCCAACCTCGTCGTTGCGCAACTGCTGTTCCTTGAGGCgg > 4:5103/1‑148 (MQ=255) cGATGGTTATCGAGCAGTCCGCCCGTGGCGAACGCGCTTACGACATCTACTCGCGCCTGTTGAAGGAGCGTGTGATCTTCCTGGTTGGCCCGGTAGAGGACTACATGGCCAACCTCGTCGTTGCGCAACTGCTGTTCCTTGAGGCGGa > 3:165379/1‑148 (MQ=255) aTGGTTATCGAGCAGTCCGCCCGTGGCGAACGCGCTTACGACATCTACTCGCGCCTGTTGAAGGAGCGTGTGATCTTCCTGGTTGGCCCGGTAGAGGACTACATGGCCAACCTCGTCGTTGCGCAACTGCTGTTCCTTGAGGCGGaaaa < 7:212769/149‑1 (MQ=255) tGGTTATCGAGCAGTCCGCCCGTGGCGAACGCGCTTACGACATCTACTCGCGCCTGTTGAAGGAGCGTGTGATCTTCCTGGTTGGCCCGGTAGAGGACTACATGGCCAACCTCGTCGTTGCGCAACTGCTGTTCCTTGAGGCGGAAAAc < 4:165379/149‑1 (MQ=255) gTTATCGAGCAGTCCGCCCGTGGCGAACGCGCTTACGACATCTACTCGCGCCTGTTGAAGGAGCGTGTGATCTTCCTGGTTGGCCCGGTAGAGGACTACATGGCCAACCTCGTCGTTGCGCAACTGCTGTTCCTTGAGGCGGAAAAccc < 3:191631/149‑1 (MQ=255) ttATCGAGCAGTCCGCCCGTGGCGAACGCGCTTACGACATCTACTCGCGCCTGTTGAAGGAGCGTGTGATCTTCCTGGTTGGCCCGGTAGAGGACTACATGGCCAACCTCGTCGTTGCGCAACTGCTGTTCCTTGAGGCGGAAAACCCg > 2:179608/1‑149 (MQ=255) gAGCAGTCCGCCCGTGGCGAACGCGCTTACGACATCTACTCGCGCCTGTTGAAGGAGCGTGTGATCTTCCTGGTTGGCCCGGTAGAGGACTACATGGCCAACCTCGTCGTTGCGCAACTGCTGTTCCTTGAGGCGGAAAACCCGGAc > 5:225167/1‑147 (MQ=255) tCCGCCCGTGGCGAACGCGCTTACGACATCTACTCGCGCCTGTTGAAGGAGCGTGTGATCTTCCTGGTTGGCCCGGTAGAGGACTACATGGCCAACCTCGTCGTTGCGCAACTGCTGTTCCTTGAGGCGGAAAACCCGGACAAGGatat < 1:179608/149‑1 (MQ=255) cGCCCGTGGCGAACGCGCTTACGACATCTACTCGCGCCTGTTGAAGGAGCGTGTGATCTTCCTGGTTGGCCCGGTAGAGGACTACATGGCCAACCTCGTCGTTGCGCAACTGCTGTTCCTTGAGGCGGAAAACCCGGACAAGGATATc < 3:5103/148‑1 (MQ=255) cccGTGGCGAACGCGCTTACGACATCTACTCGCGCCTGTTGAAGGAGCGTGTGATCTTCCTGGTTGGCCCTGTAGAGGACTACATGGCCAACCTCGTCGTTGCGCAACTGCTGTTCCTTGAGGCGGAAAACCCGGACAAGGATATCCAt < 7:172215/149‑1 (MQ=255) tGGCGAACGCGCTTACGACATCTACTCGCGCCTGTTGAAGGAGCGTGTGATCTTCCTGGTTGGCCCGGTAGAGGACTACATGGCCAACCTCGTCGTTGCGCAACTGCTGTTCCTTGAGGCGGAAAACCCGGACAAGGATATCCATCTg > 1:177199/1‑148 (MQ=255) gCGAACGCGCGTACGACATCTACTCGCGCCTGTTGAAGGAGCGTGTGATCTTCCTGGTTGGCCCTGTAGAGGACTACATGGCCAACCTCGTCGTTGCGCAACTGCTGTTCCTTGAGGCGGAAAACCCGGACAAGGATATCCATCTGTAc < 8:13525/149‑1 (MQ=255) gcTTACGACATCTACTCGCGCCTGTTGAAGGAGCGTGTGATCTTCCTGGTTGGCCCGGTAGAGGACTACATGGCCAACCTCGTCGTTGCGCAACTGCTGTTCCTTGAGGCGGAAAACCCGGACAAGGATATCCATCTGTACATCAACTc < 3:145757/149‑1 (MQ=255) aCGACATCTACTCGCGCCTGTTGAAGGAGCGTGTGATCTTCCTGGTTGGCCCGGTAGAGGACTACATGGCCAACCTCGTCGTTGCGCAACTGCTGTTCCTTGAGGCGGAAAACCCGGACAAGGATATCCATCTGTACATCAACTCGc < 6:225167/147‑1 (MQ=255) aCGACATCTACTCGCGCCTGTTGAAGGAGCGTGTGATCTTCCTGGTTGGCCCGGTAGAGGACTACATGGCCAACCTCGTCGTTGCGCAACTGCTGTTCCTTGAGGCGGAAAACCCGGACAAGGATATCCATCTGTACATCAACTCGCCg > 1:6010/1‑149 (MQ=255) cGACATCTACTCGCGCCTGTTGAAGGAGCGTGTGATCTTCCTGGTTGGCCCGGTAGAGGACTACATGGCCAACCTCGTCGTTGCGCAACTGCTGTTCCTTGAGGCGGAAAACCCGGACAAGGATATCCATCTGTACATCAACTCGCCg < 8:23796/148‑1 (MQ=255) cATCTACTCGCGCCTGTTGAAGGAGCGTGTGATCTTCCTGGTTGGCCCGGTAGAGGACTACATGGCCAACCTCGTCGTTGCGCAACTGCTGTTCCTTGAGGCGGAAAACCCGGACAAGGATATCCATCTGTACATCAACTCGCCGGGCg < 2:177199/149‑1 (MQ=255) aTCTACTCGCGCCTGTTGAAGGAGCGTGTGATCTTCCTGGTTGGCCCGGTAGAGGACTACATGGCCAACCTCGTCGTTGCGCAACTGCTGTTCCTTGAGGCGGAAAACCCGGACAAGGATATCCATCTGTACATCAACTCGCCGGGCgg > 2:313107/1‑149 (MQ=255) aTCTACTCGCGCCTGTTGAAGGAGCGTGTGATCTTCCTGGTTGGCCCGGTAGAGGACTACATGGCCAACCTCGTCGTTGCGCAACTGCTGTTCCTTGAGGCGGAAAACCCGGACAAGGATATCCATCTGTACATCAACTCGCCGGGCgg > 6:269199/1‑149 (MQ=255) tCGCGCCTGTTGAAGGAGCGTGTGATCTTCCTGGTTGGCCCGGTAGAGGACTACATGGCCATCCTCGTCGTTGCGCAACTGCTGTTCCTTGAGGCGGAAAACCCGGACAAGGATATCCATCTGTACATCAACTCGCCGGGCGGTTCCGt > 4:129037/1‑149 (MQ=255) tCGCGCCTGTTGAAGGAGCGTGTGATCTTCCTGGTTGGCCCGGTAGAGGACTACATGGCCAACCTCGTCGTTGCGCAACTGCTGTTCCTTGAGGCGGAAAACCCGGACAAGGATATCCATCTGTACATCAACTCGCCGGGCGGTTCCGt > 1:244453/1‑149 (MQ=255) tgATCTTCCTGGTTGGCCCGGTAGAGGACTACATGGCCAACCTCGTCGTTGCGCAACTGCTGTTCCTTGAGGCGGAAAACCCGGACAAGGATATCCATCTGTACATCAACTCGCCGGGCGGTGACGGAAccgcccg < 7:266245/136‑3 (MQ=255) tgATCTTCCTGGTTGGCCCGGTAGAGGACTACATGGCCAACCTCGTCGTTGCGCAACTGCTGTTCCTTGAGGCGGAAAACCCGGACAAGGATATCCATCTGTACATCAACTCGCCGGGCGGTGACGGAAccgcccg > 8:266245/1‑134 (MQ=255) gATCTTCCTGGTTGGCCCGGTAGAGGACTACATGGCCAACCTCGTCGTTGCGCAACTGCTGTTCCTTGAGGCGGAAAACCCGGACAAGGATATCCATCTGTACATCAACTCGCCGGGCGGTTCCGTCACCGCCGGCATGTCGATCTAc > 5:218857/1‑148 (MQ=255) ttCCTGGTTGGCCCGGTAGAGGACTACATGGCCAACCTCGTCGTTGCGCAACTGCTGTTCCTTGAGGCGGAAAACCCGGACAAGGATATCCATCTGTACATCAACTCGCCGGGCGGTTCCGTCACCGCCGGCATGTCGATCTACGacac > 3:186360/1‑149 (MQ=255) tCCTGGTTGGCCCGGTAGAGGACTACATGGCCAACCTCGTCGTTGCGCAACTGCTGTTCCTTGAGGCGGAAAACCCGGACAAGGATATCCATCTGTACATCAACTCGCCGGGCGGTTCCGTCACCGCCGGCATGTCGATCTACGac > 6:283691/1‑146 (MQ=255) tCCTGGTTGGCCCGGTAGAGGACTACATGGCCAACCTCGTCGTTGCGCAACTGCTGTTCCTTGAGGCGGAAAACCCGGACAAGGATATCCATCTGTACATCAACTCGCCGGGCGGTTCCGTCACCGCCGGCATGTCGATCTACGac < 5:283691/146‑1 (MQ=255) ccTGGTTGGCCCGGTAGAGGACTACATGGCCAACCTCGTCGTTGCGCAACTGCTGTTCCTTGAGGCGGAAAACCCGGACAAGGATATCCATCTGTACATCAACTCGCCGGGCGGTTCCGTCACCGCCGGCATGTCGATCTACGACACCa > 7:275613/1‑149 (MQ=255) gTTGGCCCGGTAGAGGACTACATGGCCAACCTCGTCGTTGCGCAACTGCTGTTCCTTGAGGCGGAAAACCCGGACAAGGATATCCATCTGTACATCAACTCGCCGGGCGGTTCCGTCACCGCCGGCATGTCGATCTACGACACCATg < 5:269199/147‑1 (MQ=255) gTTGGCCCGGTAGAGGACTACATGGCCAACCTCGTCGTTGCGCAACTGCTGTTCCTTGAGGCGGAAAACCCGGACAAGGATATCCATCTGTACATCAACTCGCCGGGCGGTTCCGTCACCGCCGGCATGTCGATCTACGACACCATg < 1:313107/147‑1 (MQ=255) | AATTCTTATATTCAGCAGAGCTCTGACATCCAGGCCGCAGGCGGCCTGGTCCCGATGGTTATCGAGCAGTCCGCCCGTGGCGAACGCGCTTACGACATCTACTCGCGCCTGTTGAAGGAGCGTGTGATCTTCCTGGTTGGCCCGGTAGAGGACTACATGGCCAACCTCGTCGTTGCGCAACTGCTGTTCCTTGAGGCGGAAAACCCGGACAAGGATATCCATCTGTACATCAACTCGCCGGGCGGTTCCGTCACCGCCGGCATGTCGATCTACGACACCATG > NC_002947/2628348‑2628629 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |