Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 2,885,724 | A→T | 7.4% | L52Q (CTG→CAG) | PP_2541 ← | transcriptional factor‑like protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 2,885,724 | 0 | A | T | 7.4% | 157.9 / 2.3 | 54 | L52Q (CTG→CAG) | PP_2541 | transcriptional factor‑like protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (29/21); new base T (2/2); total (31/23) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.99e-01 |
GCATAAAGTACGACGTGTGTCGGTGGGGTAAGTGCGTCGGGTTGCAGCTGCTGCGCTTCGCCCAGGCTCAAGCCCGGTTGCCAGTACCAGCCATAAGGCATGCCTTTACTGTTGCACTGAAGCGGGAACAGTGCGGCGAGCTCGACCAGGTCGCGCTCGACGGTGCGTTTGCTGGTGGTATGGCCCACGGTTGTCAGGGCAGCCTGCAACTGGGTGGAGCTCATTCCCGGGTGGCGGCCGGGCAGCAACTTGAGCAGTTGCCACTGGCGGGCGATGGTGTGGCGGGTCGGGT > NC_002947/2885577‑2885868 | gCATAAAGTACGACGTGTGTCGGTGGGGTAAGTGCGTCGGGTTGCAGCTGCTGCGCTTCGCCCAGGCTCAAGCCCGGTTGCCAGTACCAGCCATAAGGCATGCCTTTACTGTTGCACTGAAGCGGGAACAGTGCGGCGAGCTCGACCAg > 4:252377/1‑149 (MQ=255) aTAAAGTACGACGTGTGTCGGTGGGGTAAGTGCGTCGGGTTGCAGCTGCTGCGCTTCGCCCAGGCTCAAGCCCGGTTGCCAGTACCAGCCATAAGGCATGCCTTTACTGTTGCACTGAAGCGGGAACAGTGCGGCGAGCTCGACCAGGt > 7:142282/1‑149 (MQ=255) aTAAAGTACGACGTGTGTCGGTGGGGTAAGTGCGTCGGGTTGCAGCTGCTGCGCTTCGCCCAGGCTCAAGCCCGGTTGCCAGTACCAGCCATAAGGCATGCCTTTACTGTTGCACTGAAGCGGGAACAGTGCGGCGAGCTCGACCAGGt > 2:181512/1‑149 (MQ=255) cgacgTGTGTCGGTGGGGTAAGTGCGTCGGGTTGCAGCTGCTGCGCTTCGCCCAGGCTCAAGCCCGGTTGCCAGTACCAGCCATAAGGCATGCCTTTACTGTTGCACTGAAGCGGGAACAGTGCGGCGAGCTCGACCAGGTCGCGCTc > 6:127740/1‑148 (MQ=255) cgacgTGTGTCGGTGGGGTAAGTGCGTCGGGTTGCAGCTGCTGCGCTTCGCCCAGGCTCAAGCCCGGTTGCCAGTACCAGCCATAAGGCATGCCTTTACTGTTGCACTGAAGCGGGAACAGTGCGGCGAGCTCGACCAGGTCGCGCTc > 1:322352/1‑148 (MQ=255) tCGGTGGGGTAAGTGCGTCGGGTTGCAGCTGCTGCGCTTCGCCCAGGCTCAAGCCCGGTTGCCAGTACCAGGCATAAGGCATGCCTTTACTGTTGCACTGAAGCGGGAACAGTGCGGCGAGCTCGACCAGGTCGCGCTCGACGGTGCGt > 8:24955/1‑149 (MQ=255) tCGGTGGGGTAAGTGCGTCGGGGTGCAGCTGCTGCGCTTCGCCCAGGCTCAAGCCCGGTTGCCAGTACCAGCCATAAGGCATGCCTTTACTGTTGCACTGAAGCGGGAACAGTGCGGCGAGCTCGACCAGGTCGCGCTCGACGGTGCGt > 7:204336/1‑149 (MQ=255) gggTAAGTGCGTCGGGTTGCAGCTGCTGCGCTTCGCCCAGGCTCAAGCCCGGTTGCCAGTACCAGCCATAAGGCATGCCTTTACTGTTGCACTGAAGCGGGAACAGTGCGGCGAGCTCGACCAGGTCGCGCTCGACGGTGCGTTTGCt < 5:127740/148‑1 (MQ=255) gTAAGTGCGTCGGGTTGCAGCTGCTGCGCTTCGCCCAGGCTCAAGCCCGGTTGCCAGTACCAGCCATAAGGCATGCCTTTACTGTTGCACTGAAGCGGGAACAGTGCGGCGAGCTCGACCAGGTCGCGCTCGACGGTGCGTTTGCtggt > 1:81586/1‑149 (MQ=255) tAAGTGCGTCGGGTTGCAGCTGCTGCGCTTCGCCCAGGCTCAAGCCCGGTTGCCAGTACCAGCCATAAGGCATGCCTTTACTGTTGCACTGAAGCGGGAACAGTGCGGCGAGCTCGACCAGGTCGCGCTCGACGGTGCGTTTGCtggtg > 5:329500/1‑149 (MQ=255) tAAGTGCGTCGGGTTGCAGCTGCTGCGCTTCGCCCAGGCTCAAGCCCGGTTGCCAGTACCAGCCATAAGGCATGCCTTTACTGTTGCACTGAAGCGGGAACAGTGCGGCGAGCTCGACCAGGTCGCGCTCGACGGTGCGTTTGCtggtg < 3:155412/149‑1 (MQ=255) cGTCGGGTTGCAGCTGCTGCGCTTCGCCCAGGCTCAAGCCCGGTTGCCAGTACCAGCCATAAGGCATGCCTTTACTGTTGCACTGAAGCGGGAACAGTGCGGCGAGCTCGACCAGGTCGCGCTCGACGGTGCGTTTGCTGGTGGTATg < 8:142282/148‑1 (MQ=255) gTCGGGTTGCAGCTGCTGCGCTTCGCCCAGGCTCAAGCCCGGTTGCCAGTACCAGCCATAAGGCATGCCTTTACTGTTGCACTGAAGCGGGAACAGTGCGGCGAGCTCGACCAGGTCGCGCTCGACGGTGCGTTTGCTGGTGGTATGGc < 3:252377/149‑1 (MQ=255) gTTGCAGCTGCTGCGCTTCGCCCAGGCTCAAGCCCGGTTGCCAGTACCAGCCATAAGGCATGCCTTTACTGTTGCACTGAAGCGGGAACAGTGCGGCGAGCTCGACCAGGTCGCGCTCGACGGTGCGTTTGCTGGTGGTATGGCCCACg > 4:277867/1‑149 (MQ=255) gTTGCAGCTGCTGCGCTTCGCCCAGGCTCAAGCCCGGTTGCCAGTACCAGCCATAAGGCATGCCTTTACTGTTGCACTGAAGCGGGAACAGTGCGGCGAGCTCGACCAGGTCGCGCTCGACGGTGCGTTTGCTGGTGGTATGGCCCACg > 7:232331/1‑149 (MQ=255) ttGCAGCTGCTGCGCTTCGCCCAGGCTCAAGCCCGGTTGCCAGTACCAGCCATAAGGCATGCCTTTACTGTTGCACTGAAGCGGGAACAGTGCGGCGAGCTCGACCAGGTCGCGCTCGACGGTGCGTTTGCTGGTGGTATGGCCCACgg < 4:96859/149‑1 (MQ=255) cAGCTGCTGCGCTTCGCCCAGGCTCAAGCCCGGTTGCCAGTACCAGCCATAAGGCATGCCTTTACTGTTGCACTGAAGCGGGAACAGTGCGGCGAGCTCGACCAGGTCGCGCTCGACGGTGCGTTTGCTGGTGGTATGGCCCACGGtt < 8:204336/148‑1 (MQ=255) gctgctGCGCTTCGCCCAGGCTCAAGCCCGGTTGCCAGTACCAGCCATAAGGCATGCCTTTACTGTTGCACTGAAGCGGGAACAGTGCGGCGAGCTCGACCAGGTCGCGCTCGACGGTGCGTTTGCTGGTGGTATGGCCCACGGTTGTc < 2:81586/149‑1 (MQ=255) ctgctgCGCTTCGCCCAGGCTCAAGCCCGGTTGCCAGTACCAGCCATAAGGCATGCCTTTACTGTTGCACTGAAGCGGGAACAGTGCGGCGAGCTCGACCAGGTCGCGCTCGACGGTGCGTTTGCTGGTGGTATGGCCCACGGTTGt > 4:191212/1‑147 (MQ=255) tgctgcGCTTCGCCCAGGCTCAAGCCCGGTTGCCAGTACCAGCCATAAGGCATGCCTTTACTGTTGCACTGAAGCGGGAACAGTGCGGCGAGCTCGACCAGGTCGCGCTCGACGGTGCGTTTGCTGGTGGTATGGCCCACGGTTGTCAg > 1:323817/1‑149 (MQ=255) gctgcGCTTCGCCCAGGCTCAAGCCCGGTTGCCAGTACCAGCCATAAGGCATGCCTTTACTGTTGCACTGAAGCGGGAACAGTGCGGCGAGCTCGACCAGGTCGCGCTCGACGGt < 6:71206/115‑1 (MQ=255) gctgcGCTTCGCCCAGGCTCAAGCCCGGTTGCCAGTACCAGCCATAAGGCATGCCTTTACTGTTGCACTGAAGCGGGAACAGTGCGGCGAGCTCGACCAGGTCGCGCTCGACGGt > 5:71206/1‑115 (MQ=255) gcTTCGCCCAGGCTCAAGCCCGGTTGCCAGTACCAGCCATAAGGCATGCCTTTACTGTTGCACTGAAGCGGGAACAGTGCGGCGAGCTCGACCAGGTCGCGCTCGACGGTGCGTTTGCTGGTGGTATGGCCCACGGTTGTCAGGGCAGc < 6:329500/149‑1 (MQ=255) gCCCAGGCTCAAGCCCGGTTGCCAGTACCAGCCATAAGGCATGCCTTTACTGTTGCACTGAAGCGGGAACAGTGCGGCGAGCTCGACCAGGTCGCGCTCGACGGTGCGTTTGCTGGTGGTATGGCCCACGGTTGTCAGGGCAGCCTGc > 2:267249/1‑148 (MQ=255) cccAGGCTCAAGCCCGGTTGCCAGTACCAGCCATAAGGCATGCCTTTACTGTTGCACTGAAGCGGGAACAGTGCGGCGAGCTCGACCAGGTCGCGCTCGACGGTGCGTTTGCTGGTGGTATGGCCCACGGTTGTCa < 1:127181/136‑1 (MQ=255) cccAGGCTCAAGCCCGGTTGCCAGTACCAGCCATAAGGCATGCCTTTACTGTTGCACTGAAGCGGGAACAGTGCGGCGAGCTCGACCAGGTCGCGCTCGACGGTGCGTTTGCTGGTGGTATGGCCCACGGTTGTCa > 2:127181/1‑136 (MQ=255) ccAGGCTCAAGCCCGGTTGCCAGTACCAGCCATAAGGCATGCCTTTACTGTTGCACTGAAGCGGGAACAGTGCGGCGAGCTCGACCAGGTCGCGCTCGACGGTGc < 2:20442/105‑1 (MQ=255) ccAGGCTCAAGCCCGGTTGCCAGTACCAGCCATAAGGCATGCCTTTACTGTTGCACTGAAGCGGGAACAGTGCGGCGAGCTCGACCAGGTCGCGCTCGACGGTGc > 1:20442/1‑105 (MQ=255) ccAGGCTCAAGCCCGGTTGCCAGTACCAGCCATAAGGCATGCCTTTACTGTTGCACTGAAGCGGGAACAGTGCGGCGAGCTCGACCAGGTCGCGCTCGACGGTGCGTTTGCTGGTGGTATGGCCCACGGTTGTCAGGGCAGCCTGCAAc > 2:100715/1‑149 (MQ=255) cAGGCTCAAGCCCGGTTGCCAGTACCAGCCATAAGGCATGCCTTTACTGTTGCACTGAAGCGGGAACAGTGCGGCGAGCTCGACCAGGTCGCGCTCGACGGTGCGTTTGCTGGTGGTATGGCCCACGGTTGTCAGGGCAGCCTGCAACt < 1:181512/149‑1 (MQ=255) gCTCAAGCCCGGTTGCCAGTACCAGCCATAAGGCATGCCTTTACTGTTGCACTGAAGCGGGAACAGTGCGGGGAGCTCGACCAGGTCGCGCTCGACGGTGCGTTTGCTGGTGGTATGGCCCACGGTTGTCAGGGCAGCCTGCAACTggg < 2:322352/149‑1 (MQ=255) tCAAGCCCGGTTGCCAGTACCAGCCATAAGGCATGCCTTTACTGTTGCACTGAAGCGGGAACAGTGCGGCGAGCTCGACCAGGTCGCGCTCGACGGTGCGTTTGCTGGTGGTATGGCCCACGGTTGTCAGGGCAGCCTGCAACTGGGTg > 5:239/1‑149 (MQ=255) tCAAGCCCGGTTGCCAGTACCAGCCATAAGGCATGCCTTTACTGTTGCACTGAAGCGGGAACAGTGCGGCGAGCTCGACCAGGTCGCGCTCGACGGTGCGTTTGCTGGTGGTATGGCCCACGGTTGGCAGGGCAGCCTTGAACTGGGTg > 8:101524/1‑149 (MQ=255) aaGCCCGGTTGCCAGTACCAGCCATAAGGCATGCCTTTACTGTTGCACTGAAGCGGGAACAGTGCGGCGAGCTCGACCAGGTCGCGCTCGACGGTGCGTTTGCTGGTGGTATGGCCCACGGTTGTCAGGGCAGCCTGCAACTGGGTgg < 3:191212/148‑1 (MQ=255) aaGCCCGGTTGCCAGTACCAGCCATAAGGCATGCCTTTACTGTTGCACTGAAGCGGGAACAGTGCGGCGAGCTCGACCAGGTCGCGCTCGACGGTGCGTTTGCTGGTGGTATGGCCCACGGTTGTCAGGGCAGCCTGCAACTGGGTg > 2:164903/1‑147 (MQ=255) aaGCCCGGTTGCCAGTACCAGCCATAAGGCATGCCTTTACTGTTGCACTGAAGCGGGAACAGTGCGGCGAGCTCGACCAGGTCGCGCTCGACGGTGCGTTTGCTGGTGGTATGGCCCACGGTTGTCAGGGCAGCCTGCAACTGGGTg < 1:100715/147‑1 (MQ=255) aaGCCCGGTTGCCAGTACCAGCCATAAGGCATGCCTTTACTGTTGCACTGAAGCGGGAACAGTGCGGCGAGCTCGACCAGGTCGCGCTCGACGGTGCGTTTGCTGGTGGTATGGCCCACGGTTGTCAGGGCAGCCTGCAACTGGGTGGa < 2:323817/149‑1 (MQ=255) cAGTACCAGCCATAAGGCATGCCTTTACTGTTGCACTGAAGCGGGAACAGTGCGGCGAGCTCGACCAGGTCGCGCTCGACGGTGCGTTTGCTGGTGGTATGGCCCACGGTTGTCAGGGCAGCCTGCAACTGGGTGGAGCTCATTCCCgg < 8:232331/149‑1 (MQ=255) ccAGCCATAAGGCATGCCTTTACTGTTGCACTGAAGCGGGAACAGTGCGGCGAGCTCGACCAGGTCGCGCTCGACGGTGCGTTTGCTGGTGGTATGGCCCACGGTTGTCAGGGCAGCCTGCAACTGGGTGGAGCTCATTCCCGGGTggc > 3:265298/1‑149 (MQ=255) cAGCCATAAGGCATGCCTTTACTGTTGCACTGAAGCGGGAACAGTGCGGCGAGCTCGACCAGGTCGCGCTCGACGGTGCGTTTGCTGGTGGTATGGCCCACGGTTGTCAGGGCAGCCTGCAACTGGGTGGAGCTCATTCCCGGGTggcg > 2:7015/1‑149 (MQ=255) gCCATAAGGCATGCCTTTACTGTTGCACTGAAGCGGGAACAGTGCGGCGAGCTCGACCAGGTCGCGCTCGACGGTGCGTTTGCTGGTGGTATGGCCCACGGTTGTCAGGGCAGCCTGCAACTGGGTTGAGCTCATTCCCGGGTggcggc < 1:1301/149‑1 (MQ=255) cTTTACTGTTGCACTGAAGCGGGAACAGTGCGGCGAGCTCGACCAGGTCGCGCTCGACGGTGCGTTTGCTGGTGGTATGGCCCACGGTTGTCAGGGCAGCCTGCAACTGGGTGGAGCTCATTCCCGGGTGGCGGCCGGGCAGCAACtt > 8:287087/1‑148 (MQ=255) cTGTTGCACTGAAGCGGGAACAGTGCGGCGAGCTCGACCAGGTCGCGCTCGACGGTGCGTTTGCTGGTGGTATGGCCCACGGTTGTCAGGGCAGCCTGCAACTGGGTGGAGCTCATTCCCGGGTGGCGGCCGGGCAGCAACTTGAGCAg > 7:221025/1‑149 (MQ=255) tGTTGCACTGAAGCGGGAACAGTGCGGCGAGCTCGACCAGGTCGCGCTCGACGGTGCGTTTGCTGGTGGTATGGCCCACGGTTGTCAGGGCAGCCTGCAACTGGGTGGAGCTCATTCCCGGGTGGCGGCCGGGCAGCAACTTGAGCAGt > 5:305513/1‑149 (MQ=255) ttGCACTGAAGCGGGAACAGTGCGGCGAGCTCGACCAGGTCGCGCTCGACGGTGCGTTTGCTGGTGGTATGGCCCACGGTTGTCAGGGCAGCCTGCAACTGGGTGGAGCTCATTCCCGGGTGGCGGCCGGGCAGCAACTTGAGCAGtt < 7:287087/148‑1 (MQ=255) gCACTGAAGCGGGAACAGTGCGGCGAGCTCGACCAGGTCGCGCTCGACGGTGCGTTTGCTGGTGGTATGGCCCACGGTTGTCAGGGCAGCCTGCAACTGGGTGGAGCTCATTCCCGGGTGGCGGCCGGGCAGCAACTTGAGCAGTTGc > 5:288378/1‑148 (MQ=255) aaGCGGGAACAGTGCGGCGAGCTCGACCAGGTCGCGCTCGACGGTGCGTTTGCTGGTGGTATGGCCCACGGTTGTCAGGGCAGCCTGCAACTGGGTGGAGCTCATTCCCGGGTggc < 2:40811/116‑1 (MQ=255) aaGCGGGAACAGTGCGGCGAGCTCGACCAGGTCGCGCTCGACGGTGCGTTTGCTGGTGGTATGGCCCACGGTTGTCAGGGCAGCCTGCAACTGGGTGGAGCTCATTCCCGGGTggc > 1:40811/1‑116 (MQ=255) aaGCGGGAACAGTGCGGCGAGCTCGACCAGGTCGCGCTCGACGGTGCGTTTGCTGGTGGTATGGCCCACGGTTGTCAGGGCAGCCTGCAACTGGGTGGAGCTCATTCCCGGGTGGCGGCCGGGCAGCAACTTGAGCAGtt > 7:248628/1‑140 (MQ=255) aaGCGGGAACAGTGCGGCGAGCTCGACCAGGTCGCGCTCGACGGTGCGTTTGCTGGTGGTATGGCCCACGGTTGTCAGGGCAGCCTGCAACTGGGTGGAGCTCATTCCCGGGTGGCGGCCGGGCAGCAACTTGAGCAGtt < 8:248628/140‑1 (MQ=255) accgtcgAGCGCGACCTGGTCGAGCTCGACGGTGCGTTTGCTGGTGGTATGGCCCACGGTTGTCAGGGCAGCCTGCAACTGGGTGGAGCTCATTCCCGGGTGGCGGCCGGGCAGCAACTTGAGCAGTTGCCACTGGCGGGCGATGgtgt > 5:150973/6‑149 (MQ=255) gAGCGCGACCTGGTCGAGCTCGACGGTGCGTTTGCTGGTGGTATGGCCCACGGTTGTCAGGGCAGCCTGCAACTGGGTGGAGCTCATTCCCGGGTGGCGGCCGGGCAGCAACTTGAGCAGTTGCCACTGGCGGGCGATGGTGTGGcggg > 2:124159/1‑149 (MQ=255) gcgcGACCTGGTCGAGCTCGACGGTGCGTTTGCTGGTGGTATGGCCCACGGTTGTCAGGGCAGCCTGCAACTGGGTGGAGCTCATTCCCGGGTGGCGGCCGGGCAGCAACTTGAGCAGTTGCCACTGGCGGGCGATGGTGTGGcgggtc < 6:150973/146‑1 (MQ=255) gACCTGGTCGAGCTCGACGGTGCGTTTGCTGGTGGTATGGCCCACGGTTGTCAGGGCAGCCTGCAACTGGGTGGAGCTCATTCCCGGGTGGCGGCCGGGCAGCAACTTGAGCAGTTGCCACTGGCGGGCGATGGTGTGGcgggtcgggt < 1:124159/149‑1 (MQ=255) | GCATAAAGTACGACGTGTGTCGGTGGGGTAAGTGCGTCGGGTTGCAGCTGCTGCGCTTCGCCCAGGCTCAAGCCCGGTTGCCAGTACCAGCCATAAGGCATGCCTTTACTGTTGCACTGAAGCGGGAACAGTGCGGCGAGCTCGACCAGGTCGCGCTCGACGGTGCGTTTGCTGGTGGTATGGCCCACGGTTGTCAGGGCAGCCTGCAACTGGGTGGAGCTCATTCCCGGGTGGCGGCCGGGCAGCAACTTGAGCAGTTGCCACTGGCGGGCGATGGTGTGGCGGGTCGGGT > NC_002947/2885577‑2885868 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |