Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 2,922,549 | A→C | 9.5% | F902V (TTT→GTT) ‡ | PP_2563 ← | antibiotic biosynthesis protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 2,922,549 | 0 | A | C | 9.5% | 144.4 / 6.0 | 51 | F902V (TTT→GTT) ‡ | PP_2563 | antibiotic biosynthesis protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (22/24); new base C (3/2); total (25/26) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.68e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.67e-01 |
ACCACCTCGGCCCAGGTGCTGGCTGAACTGGCCGGACGCGAGTAGTGCATGCGCTGGCGGGTCATCTTCGTTCAGGCAGAGGTGGCGCGTTCAGCTGGATCGGCTCCACGCGCCTGATGCTGCTTGCGCCTGCGGGTAAACAGCAGACGCAACAGGGTGTTCCAGCAATAGCTCACCAGTACCCCTCCAGCGAGTGCCAGGGCTATCTCGAACAGCGGGTGCCTGAAAACATGCTCC‑GCTACCGACTCGAACTGGAAATGCGTCAGGTAGATATACAAGGTTGA > NC_002947/2922410‑2922693 | accaccTCGGCCCAGGTGCTGGCTGAACTGGCCGGACGCGAGTAGTGCATGCGCTGGCGGGTCATCTTCGTTCAGGCAGAGGTGGCGCGTTCAGCTGGATCGGCTCCACGCGCCTGATGCTGCTTGCGCCTGCGGGTAAACAGCAGACg > 3:259286/1‑149 (MQ=255) accaccTCGGCCCAGGTGCTGGCTGAACTGGCCGGACGCGAGTAGTGCATGCGCTGGCGGGTCATCTTCGTTCAGGCAGAGGTGGCGCGTTCAGCTGGATCGGCTCCACGCGCCTGATGCTGCTTGCGCCTGCGGGTAAACAGCAGACg > 3:156559/1‑149 (MQ=255) ccaccTCGGCCCAGGTGCTGGCTGAACTGGCCGGACGCGAGTAGTGCATGCGCTGGCGGGTCATCTTCGTTCAGGCAGAGGTGGCGCGTTCAGCTGGATCGGCTCCACGCGCCTGATGCTGCTTGCGCCTGCGGGTAAACAGCAGACg > 4:160601/1‑148 (MQ=255) ccaccTCGGCCCAGGTGCTGGCTGAACTGGCCGGACGCGAGTAGTGCATGCGCTGGCGGGTCATCTTCGTTCAGGCAGAGGTGGCGCGTTCAGCTGGATCGGCTCCACGCGCCTGATGCTGCTTGCGCCTGCGGGTAAACAGCAGACg > 3:200177/1‑148 (MQ=255) ccaccTCGGCCCAGGTGCTGGCTGAACTGGCCGGACGCGAGTAGTGCATGCGCTGGCGGGTCATCTTCGTTCAGGCAGAGGTGGCGCGTTCAGCTGGATCGGCTCCACGCGCCTGATGCTGCTTGCGCCTGCGGGTAAACAGCAGACGc < 7:96715/149‑1 (MQ=255) accTCGGCCCAGGTGCTGGCTGAACTGGCCGGACGCGAGTAGTGCATGCGCTGGCGGGTCATCTTCGTTCAGGCAGAGGTGGCGCGTTCAGCTGGATCGGCTCCACGCGCCTGATGCTGCTTGCGTCTGCTGTTTACCCGCAGGCGCaa < 5:162541/149‑1 (MQ=255) accTCGGCCCAGGTGCTGGCTGAACTGGCCGGACGCGAGTAGTGCATGCGCTGGCGGGTCATCTTCGTTCAGGCAGAGGTGGCGCGTTCAGCTGGATCGGCTCCACGCGCCTGATGCTGCTTGCGCCTGCGGGTAAACAGCAGACGCaa < 1:45660/149‑1 (MQ=255) ggCCCAGGTGCTGGCTGAACTGGCCGGACGCGAGTAGTGCATGCGCTGGCGGGTCATCTTCGTTCAGGCAGAGGTGGCGCGTTCAGCTGGATCGGCTCCACGCGCCTGATGCTGCTTGCGCCTGCGGGTAAACAGCAGACGCAACAggg > 8:187898/1‑149 (MQ=255) cccAGGTGCTGGCTGAATTGGCCGGACGCGAGTAGTGCATGCGCTGGCGGGTCATCTTCGTTCAGGCAGAGGTGGCGCGTTCAGCTGGATCGGCTCCACGCGCCTGATGCTGCTTGCGCCTGCGGGTAAACAGCAGACGCAACAGGgtg < 5:107365/149‑1 (MQ=255) cccAGGTGCTGGCTGAACTGGCCGGACGCGAGTAGTGCATGCGCTGGCGGGTCATCTTCGTTCAGGCAGAGGTGGCGCGTTCAGCTGGATCGGCTCCACGCGCCTGATGCTGCTTGCGCCTGCGGGTAAACAGCAGACGCAACAGGgtg > 3:231985/1‑149 (MQ=255) gctgAACTGGCCGGACGCGAGTAGTGCATGCGCTGGCGGGTCATCTTCGTTCAGGCAGAGGTGGCGCGTTCAGCTGGATCGGCTCCACGCGCCTGATGCTGCTTGCGCCTGCGGGTAAACAGCAGACGCaa > 4:127796/1‑131 (MQ=255) gctgAACTGGCCGGACGCGAGTAGTGCATGCGCTGGCGGGTCATCTTCGTTCAGGCAGAGGTGGCGCGTTCAGCTGGATCGGCTCCACGCGCCTGATGCTGCTTGCGCCTGCGGGTAAACAGCAGACGCaa < 3:127796/131‑1 (MQ=255) ggACGCGAGTAGTGCATGCGCTGGCGGGTCATCTTCGTTCAGGCAGAGGTGGCGCGTTCAGCTGGATCGGCTCCACGCGCCTGATGCTGCTTGCGCCTGCGGGTAAACAGCAGACGCAACAGGGTGTTCCAGCAATAGCTCACCAGTAc < 4:231985/149‑1 (MQ=255) ggACGCGAGTAGTGCATGCGCTGGCGGGTCATCTTCGTTCAGGCAGAGGTGGCGCGTTCAGCTGGATCGGCTCCACGCGCCTGATGCTGCTTGCGCCTGCGGGTAAACAGCAGACGCAACAGGGTGTTCCAGCAATAGCTCACCAGTAc < 3:160601/149‑1 (MQ=255) gAGTAGTGCATGCGCTGGCGGGTCATCTTCGTTCAGGCAGAGGTGGCGCGTTCAGCTGGATCGGCTCCACGCGCCTGATGCTGCTTGCGCCTGCGGGTAACCAGCAGACGCAACAGGGTGTTCCAGCACTAGCTACCCAGTACCCCTcc > 3:209616/1‑149 (MQ=255) gAGTAGTGCATGCGCTGGCGGGTCATCTTCGTTCAGGCAGAGGTGGCGCGTTCAGCTGGATCGGCTCCACGCGCCTGATGCTGCTTGCGCCTGCGGGTAAACAGCAGACGCAACAGGGTGTTCCAGCAATAg > 2:37571/1‑132 (MQ=255) gAGTAGTGCATGCGCTGGCGGGTCATCTTCGTTCAGGCAGAGGTGGCGCGTTCAGCTGGATCGGCTCCACGCGCCTGATGCTGCTTGCGCCTGCGGGTAAACAGCAGACGCAACAGGGTGTTCCAGCAATAg < 1:37571/132‑1 (MQ=255) gcTGGCGGGTCATCTTCGTTCAGGCAGAGGTGGCGCGTTCAGCTGGATCGGCTCCACGCGCCTGATGCTGCTTGCGCCTGCGGGTAAACAGCAGACGCAACAGGGTGTTCCAGCAATAGCTCACCAGTACCCCTCCAGCGAGTGCCAgg < 4:156559/149‑1 (MQ=255) ggTCATCTTCGTTCAGGCAGAGGTGGCGCGTTCAGCTGGATCGGCTCCACGCGCCTGATGCTGCTTGCGCCTGCGGGTAAACAGCAGACGCAACAGGGTGTTCCAGCAATAGCTCACCAGTACCCCTCCAGCGAGTGCCAGGGCTAtct > 2:45718/1‑149 (MQ=255) aTCTTCGTTCAGGCAGAGGTGGCGCGTTCAGCTGGATCGGCTCCACGCGCCTGATGCTGCTTGCGCCTGCGGGTAAACAGCAGACGCAACAGGGTGTTCCAGCAATAGCTCACCAGTACCCCTCCAGCGAGTGCCAGGGCTATCTCGaa < 1:121108/149‑1 (MQ=255) ttCAGGCAGAGGTGGCGCGTTCAGCTGGATCGGCTCCACGCGCCTGATGCTGCTTGCGCCTGCGGGTAAACAGCAGACGCAACAGGGTGTTCCAGCAATAGCTCACCAGTACCCCTCCAGCGAGTGCCAGGGCTATCTCGAACAGCggg < 7:187898/149‑1 (MQ=255) tCAGGCAGAGGTGGCGCGTTCAGCTGGATCGGCTCCACGCGCCTGATGCTGCTTGCGCCTGCGGGTAAACAGCAGACGCAACAGGGTGTTCCAGCAATAGCTCACCAGTACCCCTCCAGCGAGTGCCAGGGCTATCTCGAACAGCGGGt > 3:12522/1‑149 (MQ=255) cAGGCAGAGGTGGCGCGTTCAGCTGGATCGGCTCCACGCGCCTGATGCTGCTTGCGCCTGCGGGTAAACAGCAGACGCAACAGGGTGTTCCAGCAATAGCTCACCAGTACCCCTCCAGCGAGTGCCAGGGCTATCTCGAACAGCGGGt < 4:200177/148‑1 (MQ=255) aGGCAGAGGTGGCGCGTTCAGCTGGATCGGCTCCACGCGCCTGATGCTGCTTGCGCCTGCGGGTAAACAGCAGACGCAACAGGGTGTTCCAGCAATAGCTCACCAGTACCCCTCCAGCGa > 7:272803/1‑120 (MQ=255) aGGCAGAGGTGGCGCGTTCAGCTGGATCGGCTCCACGCGCCTGATGCTGCTTGCGCCTGCGGGTAAACAGCAGACGCAACAGGGTGTTCCAGCAATAGCTCACCAGTACCCCTCCAGCGa < 8:272803/120‑1 (MQ=255) gCAGAGGTGGCGCGTTCAGCTGGATCGGCTCCACGCGCCTGATGCTGCTTGCGCCTGCGGGTAAACAGCAGACGCAACAGGGTGTTCCAGCAATAGCTCACCAGTACCCCTCCAGCGAGTGCCCGGGCGATCTCGAACAGCGGGTGcgt > 3:256643/1‑147 (MQ=255) gCAGAGGTGGCGCGTTCAGCTGGATCGGCTCCACGCGCCTGATGCTGCTTGCGCCTGCGGGTAAACAGCAGACGCAACAGGGTGTTCCAGCAATAGCTCACCAGTACCCCTCCAGCGAGTGCCAGGGCTATCTCGAACAGCGGGTGCCt > 8:187479/1‑149 (MQ=255) cTGGATCGGCTCCACGCGCCTGATGCTGCTTGCGCCTGCGGGTAAACAGCAGACGCAACAGGGTGTTCCAGCAATAGCTCACCAGTACCCCTCCAGCGAGTGCCAGGGCTATCTCGAACAGCGGGTGCCTGAAAACATGCTCC‑GCTAcc > 3:310500/1‑149 (MQ=255) gATCGGCTCCACGCGCCTGATGCTGCTTGCGCCTGCGGGTAAACAGCAGACGCAACAGGGTGTTCCAGCAATAGCTCACCAGTACCCCTCCAGCGAGTGCCAGGGCTATCTCGAACAGCGGGTGCCTGAAAACATGCTCC‑GCTACCGAc < 6:126632/149‑1 (MQ=255) tCGGCTCCACGCGCCTGATGCTGCTTGCGCCTGCGGGTAAACAGCAGACGCAACAGGGTGTTCCAGCAATAGCTCACCAGTACCCCTCCAGCGAGTGCCAGGGCTATCTCGAACAGCGGGTGCCTGAAAACATGCTCC‑GCTACCGACTc > 8:281525/1‑149 (MQ=255) gCTCCACGCGCCTGATGCTGCTTGCGCCTGCGGGTAAACAGCAGACGCAACAGGGTGTTCCAGCAATAGCTCACCAGTACCCCTCCAGCGAGTGCCAGGGCTATCTCGAACAGCGGGTGCCTGAAAACATGCTCC‑GCTACCGACTCGaa > 6:151382/1‑149 (MQ=255) tCCACGCGCCTGATGCTGCTTGCGCCTGCGGGTAAACAGCAGACGCAACAGGGTGTTCCAGCAATAGCTCACCAGTACCCCTCCAGCGAGTGCCAGGGCTATCTCGAACAGCGGGTGCCTGAAAACATGCTCC‑GCTACCGACTCGAACt > 7:174822/1‑149 (MQ=255) ccACGCGCCTGATGCTGCTTGCGCCTGCGGGTAAACAGCAGACGCAACAGGGTGTTCCAGCAATAGCTCACCAGTACCCCTCCAGCGAGTGCCAGGGCTATCTCGAACAGCGGGTGCCTGAAAACATGCTCC‑GCTACCGACTCGAACTg > 5:76215/1‑149 (MQ=255) cACGCGCCTGATGCTGCTTGCGCCTGCGGGTAAACAGCAGACGCAACAGGGTGTTCCAGCAATAGCTCACCAGTACCCCTCCAGCGAGTGCCAGGGCTATCTCGAACAGCGGGTGCCTGAAAACATGCTCC‑GCTACCGACTCGAACt < 1:329764/147‑1 (MQ=255) ccTGATGCTGCTTGCGCCTGCGGGTAAACAGCAGACGCAACAGGGTGTTCCAGCAATAGCTCACCAGTACCCCTCCAGCGAGTGCCAGGGCt > 1:25027/1‑92 (MQ=255) ccTGATGCTGCTTGCGCCTGCGGGTAAACAGCAGACGCAACAGGGTGTTCCAGCAATAGCTCACCAGTACCCCTCCAGCGAGTGCCAGGGCt < 2:25027/92‑1 (MQ=255) ccTGATGCTGCTTGCGCCTGCGGGTAAACAGCAGACGCAACAGGGTGTTCCAGCAATAGCTCACCAGTACCCCTCCAGCGAGTGCCAGGGCTATCTCGAACAGCGGGTGCCTGAAAACATGCTCC‑GCTACCGACTCGAACTGGAAATGc < 2:120556/149‑1 (MQ=255) gATGCTGCTTGCGCCTGCGGGTAAACAGCAGACGCAACAGGGTGTTCCAGCAATAGCTCACCAGTACCCCTCCAGCGAGTGCCAGGGCTATCTCGAACAGCGGGTGCCTGAAAACATGCTCC‑GCTACCGACTCGAACTGGAAATGCGt > 6:98289/1‑148 (MQ=255) gATGCTGCTTGCGCCTGCGGGTAAACAGCAGACGCAACAGGGTGTTCCAGCAATAGCTCACCAGTACCCCTCCAGCGAGTGCCAGGGCTATCTCGAACAGCGGGTGCCTGAAAACATGCTCC‑GCTACCGACTCGAACTGGAAATGCGt < 5:98289/148‑1 (MQ=255) ctgttGCGTCTGCTGTTTACCCGCAGGCGCAACAGGGTGTTCCAGCAATAGCTCACCAGTACCCCTCCAGCGAGTGCCAGGGCTATCTCGAACAGCGGGTGCCTGAAAACATGCTCC‑GCTACCGACTc > 3:278886/4‑128 (MQ=38) ctgttGCGTCTGCTGTTTACCCGCAGGCGCAACAGGGTGTTCCAGCAATAGCTCACCAGTACCCCTCCAGCGAGTGCCAGGGCTATCTCGAACAGCGGGTGCCTGAAAACATGCTCC‑GCTACCGACTc < 4:278886/125‑1 (MQ=38) tgttGCGTCTGCTGTTTACCCGCAGGCGCAACAGGGTGTTCCAGCAATAGCTCACCAGTACCCCTCCAGCGAGTGCCAGGGCTATCTCGAACAGCGGGTGCCTGAAAACATGCTCC‑GCTACCGACTCGTACTGGAAATGCGTCAgg > 6:75699/3‑146 (MQ=255) ctTGCGCCTGCGGGTAAACAGCAGACGCAACAGGGTGTTCCAGCAATAGCTCACCAGTACCCCTCCAGCGAGTGCCAGGGCTATCTCGAACAGCGGGTGCCTGAAAACATGCTCC‑GCTACCGACTCGAACTGGAAATGCGTCAgg > 2:96820/1‑145 (MQ=255) ctTGCGCCTGCGGGTAAACAGCAGACGCAACAGGGTGTTCCAGCAATAGCTCACCAGTACCCCTCCAGCGAGTGCCAGGGCTATCTCGAACAGCGGGTGCCTGAAAACATGCTCC‑GCTACCGACTCGAACTGGAAATGCGTCAGGTAGa < 4:259286/149‑1 (MQ=255) gcgcCTGCGGGTAAACAGCAGACGCAACAGGGTGTTCCAGCAATAGCTCACCAGTACCCCTCCAGCGAGTGCCAGGGCTATCTCGAACAGCGGGTGCCTGAAAACATGCTCCAGCTACCGACTCGAACTGGAAATGCGTCAGGTAGa < 1:45718/147‑1 (MQ=255) gcgcCTGCGGGTAAACAGCAGACGCAACAGGGTGTTCCAGCAATAGCTCACCAGTACCCCTCCAGCGAGTGCCAGGGCTATCTCGAACAGCGGGTGCCTGAAAACATGCTCC‑GCTACCGACTCGAACTGGAAATGCGTCAGGTAGata < 3:319325/148‑1 (MQ=255) gcCTGCGTGTAAACAGCAGACGCAACAGGGTGTTCCAGAAATAGCTCACCAGTACCCCTCCAGCGAGTGCCAGGGCTATCTCGAACAGCGGGTGCCTGAAAACATGCTCC‑GCTACCGACTCGAACTGGAAATGCGTCAGGTAGATATAc < 4:209616/149‑1 (MQ=255) cTGCGGGTAAACAGCAGACGCAACAGGGTGTTCCAGCAATAGCTCACCAGTACCCCTCCAGCGAGTGCCAGGGCTATCTCGAACAGCGGGTGCCTGAAAACATGCTCC‑GCTACCGACTCGAACTGGAAATGCGTCAGGTAGATATACaa < 7:187479/149‑1 (MQ=255) gggTAAACAGCAGACGCAACAGGGTGTTCCAGCAATAGCTCACCAGTACCCCTCCAGCGAGTGCCAGGGCTATCTCGAACAGCGGGTGCCTGAAAACATGCTCC‑GCTACCGACTCGAACTGGAAATGCGTc > 2:53208/1‑131 (MQ=255) gggTAAACAGCAGACGCAACAGGGTGTTCCAGCAATAGCTCACCAGTACCCCTCCAGCGAGTGCCAGGGCTATCTCGAACAGCGGGTGCCTGAAAACATGCTCC‑GCTACCGACTCGAACTGGAAATGCGTc < 1:53208/131‑1 (MQ=255) gTAAACAGCAGACGCAACAGGGTGTTCCAGCAATAGCTCACCAGTACCCCTCCAGCGAGTGCCAGGGCTATCTCGAACAGCGGGTGCCTGAAAACATGCTCC‑GCTACCGACTCGAACTGGAAATGCGTCAGGTAGATATACAAGGTTGa < 8:174822/149‑1 (MQ=255) | ACCACCTCGGCCCAGGTGCTGGCTGAACTGGCCGGACGCGAGTAGTGCATGCGCTGGCGGGTCATCTTCGTTCAGGCAGAGGTGGCGCGTTCAGCTGGATCGGCTCCACGCGCCTGATGCTGCTTGCGCCTGCGGGTAAACAGCAGACGCAACAGGGTGTTCCAGCAATAGCTCACCAGTACCCCTCCAGCGAGTGCCAGGGCTATCTCGAACAGCGGGTGCCTGAAAACATGCTCC‑GCTACCGACTCGAACTGGAAATGCGTCAGGTAGATATACAAGGTTGA > NC_002947/2922410‑2922693 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |