| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 341,654 | C→T | 7.1% | V57V (GTC→GTT) | gabP‑I → | gamma‑aminobutyrate permease |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 341,654 | 0 | C | T | 7.1% | 161.4 / 2.1 | 56 | V57V (GTC→GTT) | gabP‑I | gamma‑aminobutyrate permease |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (24/28); new base T (2/2); total (26/30) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.95e-01 | |||||||||||
ACCTCGCTCAGGGGCTCAAACAACGGCATGTGACCATGCTGTCCATCGCTGGCGTCATCGGTGCCGGCCTGTTCGTAGGCTCCGGCCACGCCATCGCAGCG‑GCCGGCCCTGCCGTGCTGCTGGCTTACGCTGCCGCCGGTACGCTGGTCGTGCTGGTGATGCGTATGTTGGGTGAAATGGCAGTCGCCTCGCCTGACACCGGTTCGTTCTCTACGTATGCCGACCGCGCCATCGGGCGCTGGGCCGGTTTCACCATTGGCTGGCTGTACTGGTGGTTCTGGGTGCTGGTGATTCCGC > NC_002947/341506‑341802 | aCCTCGCTCAGGGGCTCAAACAACGGCATGTGACCATGCTGTCCATCGCTGGCGTCATCGGTGCCGGCCTGTTCGTAGGCTCCGGCCACGCCATCGCAGCG‑GCCGGCCCTGCCGTGCTGCTGGCTTACGCTGCCGCCGGTACGCTGGTc < 1:11401/149‑1 (MQ=255)aCCTCGCTCAGGGGCTCAAACAACGGCATGTGACCATGCTGTCCATCGCTGGCGTCATCGGTGCCGGCCTGTTCGTAGGCTCCGGCCACGCCATCGCAGCG‑GCCGGCCCTGCCGTGCTGCTGGCTTACGCTGCCGCCGGTACGCTGGTc > 8:161374/1‑149 (MQ=255) tCGCTCAGGGGCTCAAACAACGGCATGTGACCATGCTGTCCATCGCTGGCGTCATCGGTGCCGGCCTGTTCGTAGGCTCCGGCCACGCCATCGCAGCG‑GCCGGCCCTGCCGTGCTGCTGGCTTACGCTGCCGCCGGTACGCTGGTCGTg > 3:317238/1‑149 (MQ=255) gCTCAGGGGCTCAAACAACGGCATGTGACCATGCTGTCCATCGCTGGCGTCATCGGTGCCGGCCTGTTCGTAGGCTCCGGCCACGCCATCGCAGCGTGCCGGCCCTGCCGTGCTGCTGGCTTACGCTGCCGCCGGTACGCTGGTCGTGc < 1:82741/149‑1 (MQ=255) tCAGGGGCTCAAACAACGGCATGTGACCATGCTGTCCATCGCTGGCGTCATCGGTGCCGGCCTGTTCGTAGGCTCCGGCCACGCCATCGCAGCG‑GCCGGCCCTGCCGTGCTGCTGGCTTAAGCTGCCGCCGGTACGCTGGTCGTGCTgg > 3:121470/1‑149 (MQ=255) aGGGGCTCAAACAACGGCATGTGACCATGCTGTCCATCGCTGGCGTCATCGGTGCCGGCCTGTTCGTAGGCTCCGGCCACGCCATCGCAGCG‑GCCGGCCCTGCCGTGCTGCTGGCTTACGCTGCCGCCGGTACGCTGGTCGTGCTGGTg < 8:287776/149‑1 (MQ=255) aaaCAACGGCATGTGACCATGCTGTCCATCGCTGGCGTCATCGGTGCCGGCCTGTTCGTAGGCTCCGGCCACGCCATCGCAGCG‑GCCGGCCCTGCCGTGCTGCTGGCTTACGCTGCCGCCGGTACGCTGGTCGTGCTGGTGATGCGTa < 4:317238/148‑1 (MQ=255) caacGGCATGTGACCATGCTGTCCATCGCTGGCGTCATCGGTGCCGGCCTGTTCGTAGGCTCCGGCCACGCCATCGCAGCG‑GCCGGCCCTGCCGTGCTGCTGGCTTACGCTGCCGCCGGTACGCTGGTCGTGCTGGTGATGCGTATGtt < 7:143919/149‑1 (MQ=255) ggCATGTGACCATGCTGTCCATCGCTGGCGTCATCGGTGCCGGCCTGTTCGTAGGCTCCGGCCACGCCATCGCAGCG‑GCCGGCCCTGCCGTGCTGCTGGCTTACGCTGCCGCCGGTACGCTGGTCGTGCTGGTGATGCGTATGTTGGGt < 4:305032/149‑1 (MQ=255) ggCATGTGACCATGCTGTCCATCGCTGGCGTCATCGGTGCCGGCCTGTTCGTAGGCTCCGGCCACGCCATCGCAGCG‑GCCGGCCCTGCCGTGCTGCTGGCTTACGCTGCCGCCGGTACGCTGGTCGTGCTGGTGATGCGTATGTTGGGt < 3:18480/149‑1 (MQ=255) ggCATGTGACCATGCTGTCCATCGCTGGCGTCAGCGGTGCCGGCGTGTTCGTAGGCTCCGGCCACGCCATCGCAGGG‑GCCGGCCCTGCCGTGCTGCTGGCTTACGCTGCCGCCGGTACGCTGGTCGTGCTGGTGATGCGTATGTTGGGt < 6:72456/149‑1 (MQ=255) tGCTGTCCATCGCTGGCGTCATCGGTGCCGGCCTGTTCGTAGGCTCCGGCCACGCCATCGCAGCG‑GCCGGCCCTGCCGTGCTGCTGGCTTACGCTGCCGCCGGTACGCTGGTCGTGCTGGTGATGCGTATGTTGGGTGAAATGGCAGtc < 2:200851/149‑1 (MQ=255) cTGTCCATCGCTGGCGTCATCGGTGCCGGCCTGTTCGTAGGCTCCGGCCACGCCATCGCAGCG‑GCCGGCCCTGCCGTGCTGCTGGCTTACGCTGCCGCCGGTACGCTGGTCGTGCTGGTGATGCGTATGTTGGGTGAAATGGCAGtcg < 1:186141/148‑1 (MQ=255) cATCGCTGGCGTCATCGGTGCCGGCCTGTTCGTAGGCTCCGGCCACGCCATCGCAGCG‑GCCGGCCCTGCCGTGCTGCTGGCTTACGCTGCCGCCGGTACGCTGGTCGTGCTGGTGATGCGTATGTTGGGTGAAATGGCAGtcgcctcgc < 2:216533/149‑1 (MQ=255) aTCGCTGGCGTCATCGGTGCCGGCCTGTTCGTAGGCTCCGGCCACGCCATCGCAGCG‑GCCGGCCCTGCCGTGCTGCTGGCTTACGCTGCCGCCGGTACGCTGGTCGTGCTGGTGATGCGTATGTTGGGTGAAATGGCAGtcgcctcgcc > 2:103631/1‑149 (MQ=255) tCGCTGGCGTCATCGGTGCCGGCCTGTTCGTAGGCTCCGGCCACGCCATCGCAGCG‑GCCGGCCCTGCCGTGCTGCTGGCTTACGCTGCCGCCGGTACGCTGGTCGTGCTgg > 8:100385/1‑111 (MQ=255) tCGCTGGCGTCATCGGTGCCGGCCTGTTCGTAGGCTCCGGCCACGCCATCGCAGCG‑GCCGGCCCTGCCGTGCTGCTGGCTTACGCTGCCGCCGGTACGCTGGTCGTGCTgg < 7:100385/111‑1 (MQ=255) tCGCTGGCGTCATCGGTGCCGGCCTGTTCGTAGGCTCCGGCCACGCCATCGCAGCG‑GCCGGCCCTGCCGTGCTGCTGGCTTACGCTGCCGCCGGTACGCTGGTCGTGCTGGTGATGCGTATGTTGGGTGAAATGGCAGtcgcctcgcat > 8:225535/1‑147 (MQ=255) gTCATCGGTGCCGGCCTGTTCGTAGGCTCCGGCCACGCCATCGCAGCG‑GCCGGCCCTGCCGTGCTGCTGGCTTACGCTGCCGCCGGTACGCTGGTCGTGCTGGTGATGCGTATGTTg < 3:48552/117‑1 (MQ=255) gTCATCGGTGCCGGCCTGTTCGTAGGCTCCGGCCACGCCATCGCAGCG‑GCCGGCCCTGCCGTGCTGCTGGCTTACGCTGCCGCCGGTACGCTGGTCGTGCTGGTGATGCGTATGTTg > 4:48552/1‑117 (MQ=255) tCGGTGCCGGCCTGTTCGTAGGCTCCGGCCACGCCATCGCAGCG‑GCCGGCCCTGCCGTGCTGCTGGCTTACGCTGCCGCCGGTACGCTGGTc > 3:134569/1‑92 (MQ=255) tCGGTGCCGGCCTGTTCGTAGGCTCCGGCCACGCCATCGCAGCG‑GCCGGCCCTGCCGTGCTGCTGGCTTACGCTGCCGCCGGTACGCTGGTc < 4:134569/92‑1 (MQ=255) cGGTGCCGGCCTGTTCGTAGGCTCCGGCCACGCCATCGCAGCG‑GCCGGCCCTGCCGTGCTGCTGGCTTACGCTGCCGCCGGTACGCTGGTCGTGCTGGTGATGCGTATGTTGGGTGAAATGGCAGTCGCCTCGCCTGACACCGgttcgt > 2:78111/1‑149 (MQ=255) ggTGCCGGCCTGTTCGTAGGCTCCGGCCACGCCATCGCAGCG‑GCCGGCCCTGCCGTGCTGCTGGCTTACGCTGCCGCCGGTACGCTGGTCGTGCTGGTGATGCGTATGTTGGGTGAAATGGCa < 3:264997/123‑1 (MQ=255) ggTGCCGGCCTGTTCGTAGGCTCCGGCCACGCCATCGCAGCG‑GCCGGCCCTGCCGTGCTGCTGGCTTACGCTGCCGCCGGTACGCTGGTCGTGCTGGTGATGCGTATGTTGGGTGAAATGGCa > 4:264997/1‑123 (MQ=255) ggTGCCGGCCTGTTCGTAGGCTCCGGCCACGCCATCGCAGCG‑GCCGGCCCTGCCGTGCTGCTGGCTTACGCTGCCGCCGGTACGCTGGTCGTGCTGGTGATGCGTATGTTGGGTGAAATGGCAGTCGCCTCGCCTGACACCGgttcgtt < 3:312300/149‑1 (MQ=255) ggTGCCGGCCTGTTCGTAGGCTCCGGCCACGCCATCGCAGCG‑GCCGGCCCTGCCGTGCTGATGGCTTACGCTGCCGCCGGTACGCTGGTCGTGCTGGTGATGCGTATGTTGGGTGAAATGGCAGTCGCCTCGCCTGACACCGgttcgtt > 6:505/1‑149 (MQ=255) ccGGCCTGTTCGTAGGCTCCGGCCACGCCATCGCAGCG‑GCCGGCCCTGCCGTGCTGCTGGCTTACGCTGCCGCCGGTACGCTGGTCGTGCTgg > 7:63433/1‑93 (MQ=255) ccGGCCTGTTCGTAGGCTCCGGCCACGCCATCGCAGCG‑GCCGGCCCTGCCGTGCTGCTGGCTTACGCTGCCGCCGGTACGCTGGTCGTGCTgg < 8:63433/93‑1 (MQ=255) cGGCCTGTTCGTAGGCTCCGGCCACGCCATCGCAGCG‑GCCGGCCCTGCCGTGCTGCTGGCTTACGCTGCCGCCGGTACGCTGGTTGTGCTGGTGATGCGTATGTTGGGTGAAATGGc < 3:25220/117‑1 (MQ=255) cGGCCTGTTCGTAGGCTCCGGCCACGCCATCGCAGCG‑GCCGGCCCTGCCGTGCTGCTGGCTTACGCTGCCGCCGGTACGCTGGTTGTGCTGGTGATGCGTATGTTGGGTGAAATGGc < 5:325018/117‑1 (MQ=255) cGGCCTGTTCGTAGGCTCCGGCCACGCCATCGCAGCG‑GCCGGCCCTGCCGTGCTGCTGGCTTACGCTGCCGCCGGTACGCTGGTTGTGCTGGTGATGCGTATGTTGGGTGAAATGGc > 4:25220/1‑117 (MQ=255) cGGCCTGTTCGTAGGCTCCGGCCACGCCATCGCAGCG‑GCCGGCCCTGCCGTGCTGCTGGCTTACGCTGCCGCCGGTACGCTGGTTGTGCTGGTGATGCGTATGTTGGGTGAAATGGc > 6:325018/1‑117 (MQ=255) gCCTGTTCGTAGGCTCCGGCCACGCCATCGCAGCG‑GCCGGCCCTGCCGTGCTGCTGGCTTACGCTGCCGCCGGTACGCTGGTCGTGCTGGTGATGCGTATGTTGGGTGAAATGGTAGTCGCCTCGCCTGACACCGGTTCGTtctc < 1:84521/145‑1 (MQ=255) gCCTGTTCGTAGGCTCCGGCCACGCCATCGCAGCG‑GCCGGCCCTGCCGTGCTGCTGGCTTACGCTGCCGCCGGTACGCTGGTCGTGCTGGTGATGCGTATGTTGGGTGAAATGGTAGTCGCCTCGCCTGACACCGGTTCGTtctc > 2:84521/1‑145 (MQ=255) gTTCGTAGGCTCCGGCCACGCCATCGCAGCG‑GCCGGCCCTGCCGTGCTGCTGGCTTACGCTGCCGCCGGTACGCTGGTCGTGCTGGTGATGCGTATGTTGGGTGAAATGGCAGTCGCCTCGCCTGACACCGgttcg > 5:124823/1‑136 (MQ=255) gTTCGTAGGCTCCGGCCACGCCATCGCAGCG‑GCCGGCCCTGCCGTGCTGCTGGCTTACGCTGCCGCCGGTACGCTGGTCGTGCTGGTGATGCGTATGTTGGGTGAAATGGCAGTCGCCTCGCCTGACACCGgttcg < 6:124823/136‑1 (MQ=255) ttCGTAGGCTCCGGCCACGCCATCGCAGCG‑GCCGGCCCTGCCGTGCTGCTGGCTTACGCTGCCGCCGGCACGCTGGTCGTGCTGGTGATGCGTATGTTGGGTGAAATGGCAGTCGCCTCGCCTGACACCGGTTCGTTCTCTACGTATGc > 6:112306/1‑149 (MQ=255) gCCACGCCATCGCAGCG‑GCCGGCCCTGCCGTGCTGCTGGCTTACGCTGCCGCCGGTACGCTGGTCGTGCTGGTGATGCGTATGTTGGGTGAAATGGCAGTCGCCTCGCCTGACACAGGTTCGTTCTCTACGTATGCCGACCGCGCCATc > 5:222424/1‑149 (MQ=255) cACGCCATCGCAGCG‑GCCGGCCCTGCCGTGCTGCTGGCTTACGCTGCCGCCGGTACGCTGGTCGTGCTGGTGATGCGTATGTTGGGTGAAATGGCAGTCGCCTCGCCTGACACCGGTTCGTTCTCTACGTATGCCGACCGCGCCATCgg > 3:315869/1‑149 (MQ=255) aTCGCAGCG‑GCCGGCCCTGCCGTGCTGCTGGCTTACGCTGCCGCCGGTACGCTGGTCGTGCTGGTGATGCGTATGTTGGGTGAAATGGCAGTCGCCTCGCCTGACACCGGTTCGTTCTCTACGTATGCCGACCGCGCCATCGGGCGCTg < 7:207923/149‑1 (MQ=255) tCGCAGCG‑GCCGGCCCTGCCGTGCTGCTGGCTTACGCTGCCGCCGGTACGCTGGTCGTGCTGGTGATGCGTATGTTGGGTGAAATGGCAGTCGCCTCGCCTGACACCGGTTCGTTCTCTACGTATGCCGACCGCGCCATCGGGCGCTgg > 6:259619/1‑149 (MQ=255) cggccCTGCCGTGCTGCTGGCTTACGCTGCCGCCGGTACGCTGGTCGTGCTGGTGATGCGTATGTTGGGTGAAATGGCAGTCGCCTCGCCTGACACCGGTTCGTTCTCTACGTATGCCGACCGCGCCATCGGGCGCTGGGCCGGTTTCa < 7:161374/149‑1 (MQ=255) ggccCTGCCGTGCTGCTGGCTTACGCTGCCGCCGGTACGCTGGTCGTGCTGGTGATGCGTATGTTGGGTGAAATGGCAGTCGCCTCGCCTGACACCGGTTCGTTCTCTACGTATGCCGACCGCGCCATCGGGCGCTGGGCCGGTTTCAc > 3:142035/1‑149 (MQ=255) cccTGCCGTGCTGCTGGCTTACGCTGCCGCCGGTACGCTGGTCGTGCTGGTGATGCGTATGTTGGGTGAAATGGCAGTCGCCTCGCCTGACACCGGTTCGTTCTCTACGTATGCCGACCGCGCCATCGGGCGCTGGGCCGGTTTCACCa > 5:70845/1‑149 (MQ=255) ccTGCCGTGCTGCTGGCTTACGCTGCCGCCGGTACGCTGGTCGTGCTGGTGATGCGTATGTTGGGTGAAATGGCAGTCGCCTCGCCTGACACCGGTTCGTTCTCTACGTATGCCGACCGCGCCATCGGGCGCTGGGCCGGTTTCACCAt > 6:216917/1‑149 (MQ=255) tGCCGTGCTGCTGGCTTACGCTGCCGCCGGTACGCTGGTCGTGCTGGTGATGCGTATGTTGGGTGAAATGGCAGTCGCCTCGCCTGACACCGGTTCGTTCTCTACGTATGCCGACCGCGCCATCGGGCGCTGGGCCGGTTTCACCATtg > 8:54335/1‑149 (MQ=255) tgctgcTGGCTTACGCTGCCGCCGGTACGCTGGTCGTGCTGGTGATGCGTATGTTGGGTGAAATGGCAGTCGCCTCGCCTGACACCGGTTCGTTCTCTACGTATGCCGACCGCGCCATCGGGCGCTGGGCCGGTTTCACCATtggctgg < 7:54335/149‑1 (MQ=255) ttACGCTGCCGCCGGTACGCTGGTCGTGCTGGTGATGCGTATGTTGGGTGAAATGGCAGTCGCCTCGCCTGACACCGGTTCGTTCTCTACGTATGCCGACCGCGCCATCGGGCGCTGGGCCGGTTTCACCATTGGCTGGCTGTACtggt > 3:228220/1‑149 (MQ=255) tACGCTGCCGCCGGTACGCTGGTCGTGCTGGTGATGCGTATGTTGGGTGAAATGGCAGTCGCCTCGCCTGACACCGGTTCGTTCTCTACGTATGCCGACCGCGCCATCGGGCGCTGGGCCGGTTTCACCATTGGCTGGCTGTACtggtg > 6:152193/1‑149 (MQ=255) cGCTGCCGCCGGTACGCTGGTCGTGCTGGTGATGCGTATGTTGGGTGAAATGGCAGTCGCCTCGCCTGACACCGGTTCGTTCTCTACGTATGCCGACCGCGCCATCGGGCGCTGGGCCGGTTTCACCATTGGCTGGCTGTACTggtggt > 1:89779/1‑149 (MQ=255) tGCCGCCGGTACGCTGGTCGTGCTGGTGATGCGTATGTTGGGTGAAATGGCAGTCGCCTCGCCTGACACCGGTTCGTTCTCTACGTATGCCGACCGCGCCATCGGGCGCTGGGCCGGTTTCACCATTGGCTGGCTGTACtg < 7:46543/141‑1 (MQ=255) ccgccgGTACGCTGGTCGTGCTGGTGATGCGTATGTTGGGGGAAATGGCAGTCGCCTCGCCTGACACCGGTTCGTTCTCTACGTATGCCGACCGCGCCATCGGGCGCTGGGCCGGTTTCACCATTGGCTGGCTGTACTGGTGGTTCTgg < 8:184637/149‑1 (MQ=255) gTACGCTGGTCGTGCTGGTGATGCGTATGTTGGGTGAAATGGCAGTCGCCTCGCCTGACACCGGTTCGTTCTCTACGTATGCCGACCGCGCCATCGGGCGCTGGGCCGGTTTCACCATTGGCTGGCTGTACTGGTGGTTCTGGGTGCTg < 7:225535/149‑1 (MQ=255) gTACGCTGGTCGTGCTGGTGATGCGTATGTTGGGTGAAATGGCAGTCGCCTCGCCTGACACCGGTTCGTTCTCTACGTATGCCGACCGCGCCATCGGGCGCTGGGCCGGTTTCACCATTGGCTGGCTGTACTGGTGGTTCTGGGTGCTg < 6:70845/149‑1 (MQ=255) tACGCTGGTCGTGCTGGTGATGCGTATGTTGGGTGAAATGGCAGTCGCCTCGCCTGACACCGGTTCGTTCTCTACGTATGCCGACCGCGCCATCGGGCGCTGGGCCGGTTTCACCATTGGCTGGCTGTACTGGTGGTTCTGGGTGCTgg < 4:142035/149‑1 (MQ=255) cGCTTGTCGTGCTGGTGATGCGTATGTTGGGTGAAATGGCAGTCGCCTCGGCTGACACCGGTTCGTTCTCTTCGTATGGCGACCGCGCGATCGGGCGCTGGGCCGGTTTCACCATTGGCTGGCTGTACTGGTGGTTCTGGGTGCTGGt < 5:505/148‑1 (MQ=37) gCTGGTCGTGCTGGTGATGCGTATGTTGGGTGAAATGGCAGTCGCCTCGCCTGACACCGGTTCGTTCTCTACGTATGCCGACCGCGCCATCGGGCGCTGGGCCGGt < 5:180828/106‑1 (MQ=255) gCTGGTCGTGCTGGTGATGCGTATGTTGGGTGAAATGGCAGTCGCCTCGCCTGACACCGGTTCGTTCTCTACGTATGCCGACCGCGCCATCGGGCGCTGGGCCGGt > 6:180828/1‑106 (MQ=255) gCTGGTCGTGCTGGTGATGCGTATGTTGGGTGAAATGGCAGTCGCCTCGCCTGACACCGGTTCGTTCTCTACGTATGCCGACCGCGCCATCGGGCGCTGGGCCGGTTTCACCATTGGCTGGCTGTACTGGTGGTTCTGGGTGCTGGTGa < 4:315869/149‑1 (MQ=255) cGTGCTGGTGATGCGTATGTTGGGTGAAATGGCAGTCGCCTCGCCTGACACCGGTTCGTTCTCTACGTATGCCGACCGCGCCATCGGGCGCTGGGCCGGTTTCACCATTGGCTGGCTGTACTGGTGGTTCTGGGTGCTGGTGATTCCGc < 4:228220/149‑1 (MQ=255) | ACCTCGCTCAGGGGCTCAAACAACGGCATGTGACCATGCTGTCCATCGCTGGCGTCATCGGTGCCGGCCTGTTCGTAGGCTCCGGCCACGCCATCGCAGCG‑GCCGGCCCTGCCGTGCTGCTGGCTTACGCTGCCGCCGGTACGCTGGTCGTGCTGGTGATGCGTATGTTGGGTGAAATGGCAGTCGCCTCGCCTGACACCGGTTCGTTCTCTACGTATGCCGACCGCGCCATCGGGCGCTGGGCCGGTTTCACCATTGGCTGGCTGTACTGGTGGTTCTGGGTGCTGGTGATTCCGC > NC_002947/341506‑341802 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |