Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 3,123,184 | G→C | 7.3% | G207R (GGG→CGG) ‡ | PP_2740 → | MerR family transcriptional regulator |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 3,123,184 | 0 | G | C | 7.3% | 169.4 / 4.2 | 55 | G207R (GGG→CGG) ‡ | PP_2740 | MerR family transcriptional regulator |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (26/25); new base C (2/2); total (28/27) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.84e-01 |
CTGCTGCGCTTGCAGATGAACCAGGTCGATGCGCCGC‑GGGTGCTGCTGGCGGGTACCGAGGGTCAAGCCGAATGCCAGGTGTTGTGCGCCGGGCTGCTGTTGAGCAGCGAGCGACAACGCATCGACGTGCTCGGCTGCGGGCAGCCGCTGGAAGAGCTCCCGCTGCTGTGTGCAGCGGTGCAGCCTGCGGCACTGGTGATCGCGCTGCAGCCACCGGTGAGCCCTGCCTTGGCCAAGCGCCTGCGCTCGCTGCAGATGGAAATTGATTGTCCGCTGGCCTTGAC > NC_002947/3123046‑3123329 | ctgctgcGCTTGCAGATGAACCAGGTCGATGCGCCGC‑GGGTGCTGCTGGCGGGTACCGAGGGTCAAGCCGAATGCCAGGTGTTGTGCGCCGGGCTGCTGTTGAGCAGCGAGCGACAACGCATCGACGTGCTCGGCTGCGGGCAGCCGc < 2:281002/148‑1 (MQ=255) ctgcGCTTGCAGATGAACCAGGTCGATGCGCCGC‑GGGTGCTGCTGGCGGGTACCGAGGGTCAAGCCGAATGCCAGGTGTTGTGCGCCGGGCTGCTGTTGAGCAGCGAGCGACAACGCATCGACGTGCTCGGCTGCCCGCAGCCgagc < 7:156526/147‑4 (MQ=255) tgcGCTTGCAGATGAACCAGGTCGATGCGCCGC‑GGGTGCTGCTGGCGGGTACCGAGGGTCAAGCCGAATGCCAGGTGTTGTGCGCCGGGCTGCTGTTGAGCAGCGAGCGACAACGCATCGACGTGCTCGGCTGCGGGCAGCCGCTgg > 5:263435/1‑147 (MQ=255) gCAGATGAACCAGGTCGATGCGCCGCGGGGTGCTGCTGGCGGGTACCGAGGGTCAAGCCGAATGCCAGGTGTTGTGCGCCGGGCTGCTGTTGAGCAGCGAGCGACAACGCATCGACGTGCTCGGCTGCGGGCAGCCGCTGGAAGAGCTc > 1:19557/1‑149 (MQ=255) gATGAACCAGGTCGATGCGCCGC‑GGGTGCTGCTGGCGGGTACCGAGGGTCAAGCCGAATGCCAGGTGTTGTGCGCCGGGCTGCTGTTGAGCAGCGAGCGACAACGCATCGACGTGCTCGGCTGCGGGCAGCCGCTGGAAGAGCTCCCgc > 4:46651/1‑149 (MQ=255) ggatccAGGTCGATGCGCCGC‑GTGTGCTGCTGGCGGGTTCCGAGGGTCAAGCCGAATGCCAGGTGTTGTGCGCCGGGCTGCTGTTGAGCAGCGATCGACAACGCATCGTCGTGCTCGGCTGCGGGCAGCCGCTGGAAGAGCTCCCgctg < 2:60820/145‑1 (MQ=255) aCCAGGTCGATGCGCCGC‑GGGTGCTGCTGACGGGTACCGAGGGTCAAGCCGAATGCCAGGTGTTGTGCGCCGGGCTGCTGTTGAGCAGCGAGCGACAACGCATCGACGTGCTCGGCTGCGGGCAGCCGCTGGAAGAGCTCCCGctgctg > 1:24762/1‑149 (MQ=255) ccAGGTCGATGCGCCGC‑GGGTGCTGCTGGCGGGTACCGAGGGTCAAGCCGAATGCCAGGTGTTGTGCGCCGGGCTGCTGTTGAGCAGCGAGCGACAACGCATCGACGTGCTCGGCTGCGGGCAGCCGCTGGAAGAGCTCCCgctgcaca > 1:78287/1‑146 (MQ=255) ggTCGATGCGCCGC‑GGGTGCTGCTGGCGGGTACCGAGGGTCAAGCCGAATGCCAGGTGTTGTGCGCCGGGCTGCTGTTGAGCAGCGAGCGACAACGCATCGACGTGCTCGGCTGCGGGCAGCCGCTGGAAGAGCTCCCGCTGCtgtgtg < 8:62279/149‑1 (MQ=255) aTGCGCCGC‑GGGTGCTGCTGGCGGGTACCGAGGGTCAAGCCGAATGCCAGGTGTTGTGCGCCGGGCTGCTGTTGAGCAGCGAGCGACAACGCATCGACGTGCTCGGCTGCGGGCAGCCGCTGGAAGAGCTCCCGCTGCTGTGTGCAGCg < 2:24762/149‑1 (MQ=255) cgccgc‑GGGTGCTGCTGGCGGGTACCGAGGGTCAAGCCGAATGCCAGGTGTTGTGCGCCGGGCTGCTGTTGAGCAGCGAGCGACAACGCATCGACGTGCTCGGCTGCGGGCAGCCGCTGGAAGAGCTCCCGCTGCTGTGTGCAGCGGt < 2:19557/148‑1 (MQ=255) ccgc‑GGGTGCTGCTGGCGGGTACCGAGGGTCAAGCCGAATGCCAGGTGTTGTGCGCCGGGCTGCTGTTGAGCAGCGAGCGACAACGCATCGACGTGCTCGGCTGCGGGCAGCCGCTGGAAGAGCTCCCGCTGCTGTGTGCAGCGGTGCa < 3:312546/149‑1 (MQ=255) tgGCGGGTACCGAGGGTCAAGCCGAATGCCAGGTGTTGTGCGCCGGGCTGCTGTTGAGCAGCGAGCGACAACGCATCGACGTGCTCGGCTGCGGGCAGCCGCTGGAAGAGCTCCCGCTGCTGTGTGCAGCGGTGCAGCCTGCGGCACTg < 8:64372/149‑1 (MQ=255) aCCGAGGGTCAAGCCGAATGCCAGGTGTTGTGCGCCGGGCTGCTGTTGAGCAGCGAGCGACAACGCATCGACGTGCTCGGCTGCGGGCAGCCGCTGGAAGAGCTCCCGCTGCTGTGTGCAGCGGTGCAGCCTGCGGCACTGGTGATcgc > 5:58725/1‑149 (MQ=255) ccGATGGTCAAGCCGAATGCCAGGTGTTGTGCGCCGGGCTGCTGTTGAGCAGCGAGCGACAACGCATCGACGTGCTCGGCTGCGGGCAGCCGCTGGAAGAGCTCCCGCTGCTGTGTGCAGCGGTGCGGCCTGCGTCACTGGTGATcgcg < 6:263435/149‑1 (MQ=255) gAGGGTCAAGCCGAATGCCAGGTGTTGTGCGCCGGGCTGCTGTTGAGCAGCGAGCGACAACGCATCGACGTGCTCGGCTGCGGGCAGCCGCTGGAAGAGCTCCCGCTGCTGTGTGCAGCGGTGCAGCCTGCGGCACTGGTGATCGCGCt > 7:138227/1‑149 (MQ=255) aGCCGAATGCCAGGTGTTGTGCGCCGGGCTGCTGTTGAGCAGCGAGCGACAACGCATCGACGTGCTCGGCGGCGGGCAGCCGCTGGAAGAGCTCCCGCTGCTGTGTGCAGCGGTGCAGCCTGCGGCACTGGTGATCGCGCTGCAGCCAc < 6:110816/149‑1 (MQ=255) ccGAATGCCAGGTGTTGTGCGCCGGGCTGCTGTTGAGCAGCGAGCGACAACGCATCGACGTGCTCGGCTGCGGGCAGCCGCTGGAAGAGCTCCCGCTGCTGTGTGCAGCGGTGCAGCCTGCgg > 5:85136/1‑123 (MQ=255) ccGAATGCCAGGTGTTGTGCGCCGGGCTGCTGTTGAGCAGCGAGCGACAACGCATCGACGTGCTCGGCTGCGGGCAGCCGCTGGAAGAGCTCCCGCTGCTGTGTGCAGCGGTGCAGCCTGCgg < 6:85136/123‑1 (MQ=255) gAATGCCAGGTGTTGTGCGCCGGGCTGCTGTTGAGCAGCGAGCGACAACGCATCGACGTGCTCGGCTGCGGGCAGCCGCTGGAAGAGCTCCCGCTGCTGTGTGCAGCGGTGCAGCCTGCGGCACTGGTGATCGCGCTGCAGCCACCGGt > 4:315716/1‑149 (MQ=255) gAATGCCAGGTGTTGTGCGCCGGGCTGCTGTTGAGCAGCGAGCGACAACGCATCGACGTGCTCGGCTGCGGGCAGCCGCTGGAAGAGCTCCCGCTGCTGTGTGCAGCGGTGCAGCCTGCGGCACTGGTGATCGCGCTGCAGCCACCGGt > 4:38837/1‑149 (MQ=255) gAATGCCAGGTGTTGTGCGCCGGGCTGCTGTTGAGCAGCGAGCGACAACGCATCGACGTGCTCGGCTGCGGGCAGCCGCTGGAAGAGCTCCCGCTGCTGTGTGCAGCGGTGCAGCCTGCGGCACTGGTGATCGCGCTGCAGCCACCGGt > 1:31807/1‑149 (MQ=255) aGGTGTTGTGCGCCGGGCTGCTGTTGAGCAGCGAGCGACAACGCATCGACGTGCTCGGCTGCGGGCAGCCGCTGGAAGAGCTCCCGCTGCTGTGTGCAGCGGTGCAGCCTGCGGCTCTGGTGATCGCGCTGCAGCCACCGGTGAGCCCt > 5:158423/1‑149 (MQ=255) aGGTGTTGTGCGCCGGGCTGCTGTTGAGCAGCGAGCGACAACGCATCGACGTGCTCGGCTGCGGGCAGCCGCTGGAAGAGCTCCCGCTGCTGTGTGCAGCGGTGCAGCCTGCGGCACTGGTGATCGCGCTGCAGCCACCGGTGAGCCCt > 2:308660/1‑149 (MQ=255) ttgtGCGCCGGGCTGCTGTTGAGCAGCGAGCGACAACGCATCGACGTGCTCGGCTGCGGGCAGCCGCTGGAAGAGCTCCCGCTGCTGTGTGCAGCGGTGCAGCCTGCGGCACTGGTGATCGCGCTGCAGCCACCGGTGAGCCCTGCCtt < 6:58725/149‑1 (MQ=255) gtgCGCCGGGCTGCTGTTGAGCAGCGAGCGACAACGCATCGACGTGCTCGGCTGCGGGCAGCCGCTGGAAGAGCTCCCGCTGCTGTGTGCAGCGGTGCAGCCTGCGGCACTGGTGATCGCGCTGCAGCCACCGGTGAGCCCTGCCTTgg > 8:120533/1‑149 (MQ=255) gcCGGGCTGCTGTTGAGCAGCGAGCGACAACGCATCGACGTGCTCGGCTGCGGGCAGCCGCTGGAAGAGCTCCCGCTGCTGTGTGCAGCGGTGCAGCCTGCGGCACTGGTGATCGCGCTGCAGCCACCGGTGAGCCCTGCCTTGGCCaa < 2:31807/149‑1 (MQ=255) ctgctgTTGAGCAGCGAGCGACAACGCATCGACGTGCTCGGCTGCGGGCAGCCGCTGGAAGAGCTCCCGCTGCTGTGTGCAGCGGTGCAGCCTGCGGCACTGGTGATCGCGCTGCAGCCACCGGTGAGCCCTGCCTTGGCCAAGCGCCt < 8:138227/149‑1 (MQ=255) ctgTTGAGCAGCGAGCGACAACGCATCGACGTGCTCGGCTGCGGGCAGCCGCTGGAAGAGCTCCCGCTGCTGTGTGCAGCGGTGCAGCCTGCGGCACTGGTGATCGCGCTGCAGCCACCGGTGAGCCCTGCCTTg < 7:91418/135‑1 (MQ=255) ctgTTGAGCAGCGAGCGACAACGCATCGACGTGCTCGGCTGCGGGCAGCCGCTGGAAGAGCTCCCGCTGCTGTGTGCAGCGGTGCAGCCTGCGGCACTGGTGATCGCGCTGCAGCCACCGGTGAGCCCTGCCTTg > 8:91418/1‑135 (MQ=255) tgTTGAGCAGCGAGCGACAACGCATCGACGTGCTCGGCTGCGGGCAGCCGCTGGAAGAGCTCCCGCTGCTGTGTGCAGCGGTGCAGCCTGCGGCACTGGTGATCGCGCTGCa > 4:257617/1‑112 (MQ=255) tgTTGAGCAGCGAGCGACAACGCATCGACGTGCTCGGCTGCGGGCAGCCGCTGGAAGAGCTCCCGCTGCTGTGTGCAGCGGTGCAGCCTGCGGCACTGGTGATCGCGCTGCa < 3:257617/112‑1 (MQ=255) gTTGAGCAGCGAGCGACAACGCATCGACGTGCTCGGCTGCGGGCAGCCGCTGGAAGAGCTCCCGCTGCTGTGTGCAGCGGTGCAGCCTGCGGCACTGGTGATCGCGCTGCAGCCACCGGTGa < 4:201430/122‑1 (MQ=255) gTTGAGCAGCGAGCGACAACGCATCGACGTGCTCGGCTGCGGGCAGCCGCTGGAAGAGCTCCCGCTGCTGTGTGCAGCGGTGCAGCCTGCGGCACTGGTGATCGCGCTGCAGCCACCGGTGa > 3:201430/1‑122 (MQ=255) gTTGAGCAGCGAGCGACAACGCATCGACGTGCTCGGCTGCGGGCAGCCGCTGGAAGAGCTCCCGCTGCTGTGTGCAGCGGTGCAGCCTGCGGCACTGGTGATCGCGCTGCAGCCACCGGTGAGCCCTGCCTTGGCCAAGCGCCTGcgct > 3:1316/1‑149 (MQ=255) agcagcGAGCGACAACGCATCGACGTGCTCGGCTGCGGGCAGCCGCTGGAAGAGCTCCCGCTGCTGTGTGCAGCGGTGCAGCCTGCGGCACTGGTGATCGCGCTGCAGCCACCGGTGAGCCCTGCCTTGGCCAAGCGCCTGcgctcgct > 7:301943/1‑149 (MQ=255) cgagcgaCAACGCATCGACGTGCTCGGCTGCGGGCAGCCGCTGGAAGAGCTCCCGCTGCTGTGTGCAGCGGTGCAGCCTGCGGCACTGGTGATCGCGCTGCAGCCACCGGTGAGCCCTGCCTTGGCCAAGCGCCTGCGCTCGCTg > 7:277771/1‑145 (MQ=255) gaCAACGCATCGACGTGCTCGGCTGCGGGCAGCCGCTGGAAGAGCTCCCGCTGCTGTGTGCAGCGGTGCAGCCTGCGGCACTGGGGATCGCGCTGCAGCCACCGGTGAGCCCTGCCTTGGCCAAGCGCCTGCGCTCGCTGCAGAGGGa > 2:61828/1‑148 (MQ=255) gcggcGCATCGACGTGCTCGGCTGCGGGCAGCCGCTGGAAGAGCTCCCGCTGCTGTGTGCAGCGGTGCAGCCTGCGGCACTGGTGATCGCGCTGCAGCCACCGGTGAGCCCTGCCTTGGCCAAGCGCCTGCGCTCGCTGCAGATGGaaa < 1:319439/145‑1 (MQ=255) aCAACGCATCGACGTGCTCGGCTGCGGGCAGCCGCTGGAAGAGCTCCCGCTGCTGTGTGCAGCGGTGCAGCCTGCGGCACTGGTGATCGCGCTGCAGCCACCGGTGAGCCCTGCCTTGGCCAAg > 4:76102/1‑124 (MQ=255) aCAACGCATCGACGTGCTCGGCTGCGGGCAGCCGCTGGAAGAGCTCCCGCTGCTGTGTGCAGCGGTGCAGCCTGCGGCACTGGTGATCGCGCTGCAGCCACCGGTGAGCCCTGCCTTGGCCAAg < 3:76102/124‑1 (MQ=255) aCGCATCGACGTGCTCGGCTGCGGGCAGCCGCTGGAAGAGCTCCCGCTGCTGTGTGCAGCGGTGCAGCCTGCGGCACTGGTGATCGCGCTGCAGCCACCGGTGAGCCCTGCCTTGGCCAAGCGCCTGCGCTCGCTGCAGATGGAAatt > 5:275870/1‑148 (MQ=255) cGCATCGACGTGCTCGGCTGCGGGCAGCCGCTGGAAGAGCTCCCGCTGCTGTGTGCAGCGGTGCAGCCTGCGGCACTGGTGATCGCGCTGCAGCCACCGGTGAGCCCTGCCTTGGCCAAGCGCCTGCGCTCGCTGCAGATGGAAattga < 2:321899/149‑1 (MQ=255) gCATCGACGTGCTCGGCTGCGGGCAGCCGCTGGAAGAGCTCCCGCTGCTGTGTGCAGCGGTGCAGCCTGCGGCACTGGTGATCGCGCTGCAGCCACCGGTGAGCCCTGCCTTGGCCAAGCGCCTGCGCTCGCTGCAGATGGAAattgat < 1:308660/149‑1 (MQ=255) cGACGTGCTCGGCTGCGGGCAGCCGCTGGAAGAGCTCCCGCTGCTGTGTGCAGCGGTGCAGCCTGCGGCACTGGTGATCGCGCTGCAGCCACCGGTGAGCCCTGCCTTGGCCAAGCGCCTGCGCTCGCTGCAGATGGAAATTGATTGTc > 8:140552/1‑149 (MQ=255) aCGTGCTCGGCTGCGGGCAGCCGCTGGAAGAGCTCCCGCTGCTGTGTGCAGCGGTGCAGCCTGCGGCACTGGTGATCGCGCTGCAGCCACCGGTGAGCCCTGCCTTGGCCAAGCGCCTGCGCTCGCTGCAGATGGAAat > 2:76155/1‑139 (MQ=255) aCGTGCTCGGCTGCGGGCAGCCGCTGGAAGAGCTCCCGCTGCTGTGTGCAGCGGTGCAGCCTGCGGCACTGGTGATCGCGCTGCAGCCACCGGTGAGCCCTGCCTTGGCCAAGCGCCTGCGCTCGCTGCAGATGGAAat < 1:76155/139‑1 (MQ=255) ttccagcGGCTGCCCGCAGCCGCTGGAAGAGCTCCCGCTGCTGTGTGCAGCGGTGCAGCCTGCGGCACTGGTGATCGCGCTGCAGCCACCGGTGAGCCCTGCCTTGGCCAAGCGCCTGCGCTCGCTGCAGATg > 6:314160/7‑133 (MQ=255) ttccagcGGCTGCCCGCAGCCGCTGGAAGAGCTCCCGCTGCTGTGTGCAGCGGTGCAGCCTGCGGCACTGGTGATCGCGCTGCAGCCACCGGTGAGCCCTGCCTTGGCCAAGCGCCTGCGCTCGCTGCAGATg < 5:314160/127‑1 (MQ=255) tGCTCGGCTGCGGGCAGCCGCTGGAAGAGCTCCCGCTGCTGTGTGCAGCGGTGCAGCCTGCGGCACTGGTGATCGCGCTGCAGCCACCGGTGAGCCCTGCCTTGGCCAAGCGCCTGCGCTCGCTGCAGATGGAAATTGATTGTCCGCTg < 8:277771/149‑1 (MQ=255) gCTCGGCTGCGGGCAGCCGCTGGAAGAGCTCCCGCTGCTGTGTGCAGCGGTGCAGCCTGCGGCACTGGTGATCGCGCTGCAGCCACCGGTGAGCCCTGCCTTGGCCAAGCGCCTGCGCTCGCTGCAGATGGAAattg > 3:160336/1‑137 (MQ=255) gCTCGGCTGCGGGCAGCCGCTGGAAGAGCTCCCGCTGCTGTGTGCAGCGGTGCAGCCTGCGGCACTGGTGATCGCGCTGCAGCCACCGGTGAGCCCTGCCTTGGCCAAGCGCCTGCGCTCGCTGCAGATGGAAattg < 4:160336/137‑1 (MQ=255) gcGGCTGCCCGCAGCCGCTGGAAGAGCTCCCGCTGCTGTGTGCAGCGGTGCAGCCTGCGGCACTGGTGATCGCGCTGCAGCCACCGGTGAGCCCTGCCTTGGCCAAGCGCCTGCGCTCGCTGCAGATGGAAATTGATTGTCCGCTGGcc > 3:260110/2‑149 (MQ=255) cTGCGGGCAGCCGCTGGAAGAGCTCCCGCTGCTGTGTGCAGCGGTGCAGCCTGCGGCACTGGTGATCGCGCTGCAGCCACCGGTGAGCCCTGCCTTGGCCAAGCGCCTGCGCTCGCTGCAGATGGAAATTGATTGTCCGCTGGCCTTGa < 3:294931/149‑1 (MQ=255) tGCGGGCAGCCGCTGGAAGAGCTCCCGCTGCTGTGTGCAGCGGTGCAGCCTGCGGCACTGGTGATCGCGCTGCAGCCACCGGTGAGCCCTGCCTTGGCCAAGCGCCTGCGCTCGCTGCAGATGGAAATTGATTGTCCGCTGGCCTTGAc < 3:315716/149‑1 (MQ=255) | CTGCTGCGCTTGCAGATGAACCAGGTCGATGCGCCGC‑GGGTGCTGCTGGCGGGTACCGAGGGTCAAGCCGAATGCCAGGTGTTGTGCGCCGGGCTGCTGTTGAGCAGCGAGCGACAACGCATCGACGTGCTCGGCTGCGGGCAGCCGCTGGAAGAGCTCCCGCTGCTGTGTGCAGCGGTGCAGCCTGCGGCACTGGTGATCGCGCTGCAGCCACCGGTGAGCCCTGCCTTGGCCAAGCGCCTGCGCTCGCTGCAGATGGAAATTGATTGTCCGCTGGCCTTGAC > NC_002947/3123046‑3123329 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |