| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 3,222,944 | A→G | 80.4% | intergenic (‑251/+309) | PP_2823 ← / ← PP_2824 | methyl‑accepting chemotaxis transducer/TetR family transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 3,222,944 | 0 | A | G | 80.4% | 103.3 / 18.4 | 51 | intergenic (‑251/+309) | PP_2823/PP_2824 | methyl‑accepting chemotaxis transducer/TetR family transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (5/5); new base G (20/21); total (25/26) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.53e-01 | |||||||||||
GCGCCCCTCCGTGCCCCGTTGCGAATTGGCCGCCCGATTGCGTGGAGGGTCAGGCCGAGGCCAGGTTTGGAGAGGTGGAGGAAGGTGAGGTCGTCAATTTCAGGCAACCTGCGTCTTTGTGGAATAAGGATCCGGTAGCCCTGGCATGCCTGCTCGGACCGCG‑‑AC‑AGCGCCTTGGTGCTAAAGCCCATTTTCGCTCCTGCCACTTGGTTGTGTTTTATTTGTTATATCAAGTGTTTTGTAAAATACAGGAGTTTTGCTTACATGCAAGACGCAATG > NC_002947/3222808‑3223083 | gcgcCCCTCCGTGCCCCGTTGCGAATTGGCCGCCCGATTGCGTGGAGGGTCAGGCCGAGGCCAGGTTTGGAGAGGTGGAGGAAGGTGAGGTCGTCAATTTCAGGCAACCTGCGTCTTTGTGGAATAAGGATCCGGTGGCCCTGGCATGc < 1:162721/149‑1 (MQ=255) cccTCCGTGCCCCGTTGCGAATTGGCCGCCCGATTGCGTGGAGGGTCAGGCCGAGGCCAGGTTTGGAGAGGTGGAGGAAGGTGAGGTCGTCAATTTCAGGCAACCTGCGTCTTTGTGGAATAAGGATCCGGTGGCCCTGGCATGCCTGc > 5:124496/1‑149 (MQ=255) cgtaatcgccgccCGATTGCGTGGAGGGTCCGGCCGAGGCCAGGTTTGGAGAGGTGGAGGAAGGTCATGTCGTCAATTTCAGGCAACCAGCGTCTTTGTGGAATAAGGATCCGGTAGCCCTGGCATGCCTGCTCGGACCGCG‑‑AC‑Agcgc < 6:83216/142‑1 (MQ=255) gAATTGGCCGCCCGATTGCGTGGAGGGTCAGGCCGAGGCCAGGTTTGGAGAGGTGGAGGAAGGTGAGGTCGTCAATTTCAGGCAACCTGCGTCTTTGTGGAATAAGGATCCGGTGGCCCTGGCATGCCTGCTCGGACCGCG‑‑AC‑AGCGcc > 1:71639/1‑149 (MQ=255) aTTGGCCGCCCGATTGCGTGGAGGGTCAGGCCGAGGCCAGGTTTGGAGAGGTGGAGGAAGGTGAGGTCGTCAATTTCAGGCAACCTGCGTCTTTGTGGAATAAGGATCCGGTGGcc > 6:7358/1‑116 (MQ=255) aTTGGCCGCCCGATTGCGTGGAGGGTCAGGCCGAGGCCAGGTTTGGAGAGGTGGAGGAAGGTGAGGTCGTCAATTTCAGGCAACCTGCGTCTTTGTGGAATAAGGATCCGGTGGcc < 5:7358/116‑1 (MQ=255) tGGCCGCCCGATTGCGTGGAGGGTCAGGCCGAGGCCAGGTTTGGAGAGGTGGAGGAAGGTGAGGTCGTCAATTTCAGGCAACCTGCGTCTTTGTGGAATAAGGATCCGGTGGCCCTGGCATGCCTGCTCGGACCGCG‑‑AC‑AGAGCCTTgg > 7:83503/1‑149 (MQ=255) gccgccCGATTGCGTGGAGTGTCAGGCCGAGGCCAGGTTTGGAGAGGTGGAGGAAGGTGAGGTCGTCAATTTCAGGCAACCTGCGTCTTTGTGGAATAAGGATCCGGTGGCCCTGGCATGCCTGCTCGGACCGCG‑‑AC‑AGCGCCTTGGt < 4:170016/148‑1 (MQ=255) ccgccCGATTGCGTGGAGGGTCAGGCCGAGGCCAGGTTTTGAGAGGTGGAGGAAGGTGAGGTCGTCAATTTCAGGCAACCTGCGTCTTTGTGGAATAAGGATCCGGTGGCCCTGGCATGCCTGCTCGGACCGCG‑‑AC‑AGCGCCTTGGTGc < 4:39821/149‑1 (MQ=255) cgccCGATTGCGTGGAGGGTCAGGCCGAGGCCAGGTTTGGAGAGGTGGAGGAAGGTGAGGTCGTCAATTTCAGGCAACCTGCGTCTTTGTGGAATAAGGATCCGGTGGCCCTGGCATGCCTGCTCGGACCGCG‑‑AC‑AGCGCCTTGGTGCt < 1:116975/149‑1 (MQ=255) cgccCGATTGCGTGGAGGGTCAGGCCGAGGCCAGGTTTGGAGAGGGGGAGGAAGGTGAGGTCGTCAATTTCAGGCAACCTGCGTCTTTGTGGAATAAGGATCCGGTGGCCCTGGCATGCCTGCTCGGACCGCG‑‑AC‑AGCGCCTTGGTGc > 1:69523/1‑148 (MQ=255) ttGCGTGGAGGGTCAGGCCGAGGCCAGGTTTGGAGAGGTGGAGGAAGGTGAGGTCGTCAATTTCAGGCAACCTGCGTCTTTGTGGAATAAGGATCCGGTGGCCCTGGCATGCCTGCTCGGACCGCG‑‑AC‑AGCGCCTTGGTGCTAAAGcc > 2:267544/1‑148 (MQ=255) tGGAGGGTCAGGCCGAGGCCAGGTTTGGAGAGGTGGAGGAAGGTGAGGTCGTCAATTTCAGGCAACCTGCGTCTTTGTGGAATAAGGATCCGGTGGCCCTGGCATGCCTGCTCGGACCGCG‑‑AC‑AGCGCCTTGGTGCTAAAGCCCAtttt > 6:86175/1‑149 (MQ=255) gAGGGTCAGGCCGAGGCCAGGTTTGGAGAGGTGGAGGAAGGTGAGGTCGTCAATTTCAGGCAACCTGCGTCTTTGTGGAATAAGGATCCGGTGGCCCTGGCATGCCTGCTCGGACCGCG‑‑AC‑AGAGCCTTGGTGCTAAAGCCCATTTTCg < 8:83503/149‑1 (MQ=255) gAGGGTCAGGCCGAGGCCAGGTTTGGAGAGGTGGAGGAAGGTGAGATCGGAAATTTCCGGCAACCTGCGTCGTTGGGGAATAAGGATCCCGTGGCCCTTGCATTCCTGCTAGGCCCGCG‑‑AC‑AGCGGCTTGGTGGTAAAGCCCAttttag > 1:235259/1‑147 (MQ=255) 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8:237787/149‑1 (MQ=255) cTGCGTCTTTGTGGAATAAGGATCCGGTGGCCCTGGCATGCCTGCTCGGACCGCG‑‑AC‑AGCGCCTTGGTGCTAAAGCCCATTTTCGCTCCTGCCACTTGGTTGTGTTTTATTTGTTATATCAAGTGTTTTGTAAAATACAGGAGTTTTGc < 8:30009/149‑1 (MQ=255) tGCGTCTTTGTGGAATAAGGATCCGGTGGCCCTGGCATGCCTGCTCGGACCGCG‑‑AC‑AGCGCCTTGGTGCTAAAGCCCATTTTCGCTCCTGCCACTTGGTTGTGTTTTATTTGTTATATCAAGTGTTTTGTAAAATACAGGAGTTTTGCt > 6:57281/1‑149 (MQ=255) cGTCTTTGTGGAATAAGGATCCGGTAGCCCTGGCATGCCTGCTCGGACCGCG‑‑AC‑AGCGCCTTGGTGCTAAAGCCCATTTTCGCTCCTGCCACTTGGTTGTGTTTTATTTGTTATATCAAGTGTTTTGTAAAATACAGGAGTTTTGCtt < 4:164301/148‑1 (MQ=255) tttGTGGAATAAGGATCCGGTAGCCCTGGCATGCCTGCTCGGACCGCG‑‑AC‑AGCGCCTTGGTGCTAAAGCCCATTTTCGCTCCTGCCACTTGGTTGTGTTTTATTTGTTATATCAAGTGtttt > 7:255884/1‑122 (MQ=255) tttGTGGAATAAGGATCCGGTAGCCCTGGCATGCCTGCTCGGACCGCG‑‑AC‑AGCGCCTTGGTGCTAAAGCCCATTTTCGCTCCTGCCACTTGGTTGTGTTTTATTTGTTATATCAAGTGtttt < 8:255884/122‑1 (MQ=255) 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NC_002947/3222808‑3223083 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |