| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 3,335,781 | C→T | 8.4% | R272H (CGC→CAC) | yghU ← | GSH‑dependent disulfide bond oxidoreductase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 3,335,781 | 0 | C | T | 8.4% | 167.0 / 4.3 | 59 | R272H (CGC→CAC) | yghU | GSH‑dependent disulfide bond oxidoreductase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (30/24); new base T (2/3); total (32/27) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.52e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.27e-01 | |||||||||||
GCAAATGGTTTTATGCAAGGGGGCATTGTCGGGGGCATTCGCAGGTATTGCACGGCCCATTGTGGGGGCGGCCTTTCAGTCACCCAAGGGCCGCTC‑CCACACGGTTTGCGTCAACCTTCCAGGTCTGCGGCGCTATGGCGCTCCGGCACCTGGCTGTGTTCATCTCCCCAGGTACGGTTCACGCGTGTACCGCGCTGCACAGCAGGGCGCAGGGCGATGTCCTCGGCCCAGCGCTGTACGTTCGGGTACTCGTCAACCGCCAGGAACTGCGCGGCGTCATACAGG > NC_002947/3335643‑3335927 | gCAAATGGTTTTATGCAAGGGGGCATTGTCGGGGGCATTCGCAGGTATTGCACGGCCCATTGTGGGGGCGGCCTTTCAGTCACCCAAGGGCCGCTC‑CCACACGGTTTGCGTCAACCTTCCAGGTCTGCGGCGCTATGGCGCTCCGGCAc > 2:66795/1‑149 (MQ=255) gtgttATGCCCGGGCCCATCGTCGGCGGCATTCGCAGGTATTGCACGGCCCATTGTGGGGGCGGCCTTTCAGTCACCCAAGGGCCGCTC‑CCACACGGTTTGCGTCAACCTTCCAGGTCTGCGGCGCTATGGCGCTCCGGCACCTGGCt < 2:37309/145‑1 (MQ=255) gCAAGGGGGCATTGTCGGGGGCATTCGCAGGTATTGCACGGCCCATTGTGGGGGCGGCCTTTCAGTCACCCAAGGGCCGCTC‑CACCACGGTTTGCGTCAACCTTCCAGGTCTGCGGCGCTATGGCGCTCCGGCTCCTGGCTGTGTTCAt > 8:278439/1‑149 (MQ=255) aaGGGGGCATTGTCGGGGGCATTCGCAGGTATTGCTCGGCCCATTGTGGGGGCGGCCTTTCAGTCACCCAAGGGCCGCTC‑CCACACGGTTTGCGTCAACCTTCCAGGTCTGCGGCGCTATGGCGCTCCGGCACCTGGCTGTGTTCAt > 5:256501/1‑147 (MQ=255) aaGGGGGCATTGTCGGGGGCATTCGCAGGTATTGCTCGGCCCATTGTGGGGGCGGCCTTTCAGTCACCCAAGGGCCGCTC‑CCACACGGTTTGCGTCAACCTTCCAGGTCTGCGGCGCTATGGCGCTCCGGCACCTGGCTGTGTTCAt < 6:256501/147‑1 (MQ=255) aTTGTCGGGGGCATTCGCAGGTATTGCACGGCCCATTGTGGGGGCGGCCTTTCAGTCACCCAAGGGCCGCTC‑CCACACGGTTTGCGTCAACCTTCGAGGTCTGCGGCGCTATGGCGCTCCGGCACCTGGCTGTGTTCATCTCCCCAgg > 5:329531/1‑148 (MQ=255) tCGGGGGCATTCGCAGGTATTGCACGGCCCATTGTGGGGGCGGCCTTTCAGTCACCCAAGGGCCGCTC‑CCACACGGTTTGCGTCAACCTTCCAGGTCTGCGGCGCTATGGCGCTCCGGCACCTGGCTGTGTTCATCTCCCCAGGTACgg < 1:66795/149‑1 (MQ=255) ttCGCCGGTATTGCACGGCCCATTGTGGGGGCGGCCTTTCAGTCACCCAAGGGCCGCTC‑CCACACGGTTTGCGTCAACCTTCCAGGTCTGCGGCGCTATGGCGCTCCGGCACCTGGCTGTGTTCATCTCCCCAGGTACGGTTCACGCgt > 5:228430/1‑149 (MQ=255) ttCGCAGGTATTGCACGGCCCATTGTGGGGGCGGCCTTTCAGTCACCCAAGGGCCGCTC‑CCACACGGTTTGCGTCAACCTTCCAGGTCTGCGGCGCTATGGCGCTCCGGCACCTGGCTGTGTTCATCTCCCCAGGTACGGTTCACGCgt > 4:61193/1‑149 (MQ=255) ttCGCAGGTATTGCACGGCCCATTGTGGGGGCGGCCTTTCAGTCACCCAAGGGCCGCTC‑CCACACGGTTTGCGTCAACCTTCCAGGTCTGCGGCGCTATGGCGCTCCGGCACCTGGCTGTGTTCATCTCCCCAGGTACGGTTCACGCgt < 3:61193/149‑1 (MQ=255) tCGCAGGTATTGCACGGCCCATTGTGGGGGCGGCCTTTCAGTCACCCAAGGGCCGCTC‑CCACACGGTTTGCGTCAACCTTCCAGGTCTGCGGCGCTATGGCGCTCCGGCACCTGGCTGTGTTCATCTCCCCAGGTACGGTTCACGCgt > 8:36603/1‑148 (MQ=255) tCGCAGGTATTGCACGGCCCATTGTGGGGGCGGCCTTTCAGTCACCCAAGGGCCGCTC‑CCACACGGTTTGCGTCAACCTTCCAGGTCTGCGGCGCTATGGCGCTCCGGCACCTGGCTGTGTTCATCTCCCCAGGTACGGTTCACGCgt < 7:36603/148‑1 (MQ=255) aGGTATTGCACGGCCCATTGTGGGGGCGGCCTTTCAGTCACCCAAGGGCCGCTC‑CCACACGGTTTGCGTCAACCTTCCAGGTCTGCGGCGCTATGGCGCTCCGGCACCTGGCTGTGTTCATCTCCCCAGGTACGGTTCACGCGTGTAcc > 2:319157/1‑149 (MQ=255) aTTGCACGGCCCATTGTGGGGGCGGCCTTTCAGTCACCCAAGGGCCGCTC‑CCACACGGTTTGCGTCAACCTTCCAGGTCTGCGGCGCTATGGCGCTCCGGCACCTGGCTGTGTTCAtctc < 3:264814/120‑1 (MQ=255) aTTGCACGGCCCATTGTGGGGGCGGCCTTTCAGTCACCCAAGGGCCGCTC‑CCACACGGTTTGCGTCAACCTTCCAGGTCTGCGGCGCTATGGCGCTCCGGCACCTGGCTGTGTTCAtctc > 4:264814/1‑120 (MQ=255) cACGGCCCATTGTGGGGGCGGCCTTTCAGTCACCCAAGGGCCGCTCACCACCCGGTTTGCGTCAACCTTCCAGGTCTGCGGCGCTATGGCGCTCCGGCACCTGGCTGTGTTCATCTCCCCAGGTACGGTTCACGCGTGTACCGCGCTGc > 1:74125/1‑149 (MQ=255) cccATTGTGGGGGCGGCCTTTCAGTCACCCAAGGGCCGCTC‑CCACACGGTTTGCGTCAACCTTCCAGGTCTGCGGCGCTATGGCGCTCCGGCACCTGGCTGTGTTCATCTCCCCAGGTACGGTTCACGCGTGTACCGCGCTGCAcag > 1:248864/1‑147 (MQ=255) ccATTGTGGGGGCGGCCTTTCAGTCACCCCAGGGCCGCTC‑CCACACGGTTTGCGTCAACCTTCCAGGTCTGCGGCGCTATGGCGCTCCGGCACCTGGCTGTGTTCATCTCCCCAGGTTCGGTTCCCGCGTGTACCGCGCTGCCcagcag > 6:265014/1‑149 (MQ=255) cATTGTGGGGGCGGCCTTTCAGTCACCCAAGGGCCGCTC‑CCACACGGTTTGCGTCAACCTTCCAGGTCTGCGGCGCTATGGCGCTCCGGCACCTGGCTGTGTTCATCTCCCCAGGTACGGTTCACGCGTGTACCGCGCTGCACAgcagg < 1:319157/149‑1 (MQ=255) aTTGTGGGGGCGGCCTTTCAGTCACCCAAGGGCCGCTC‑CCACACGGTTTGCGTCAACCTTCCAGGTCTGCGGCGCTATGGCGCTCCGGCACCTGGCTGTGTTAATCTCCCCAGGTAAGGTGCACGCGTGTACCGAGCTGCACAgcaggg > 6:228108/1‑149 (MQ=255) ggggCGGCCTTTCAGTCACCCAAGGGCCGCTC‑CCACACGGTTTGCGTCAACCTTCCAGGTCTGCGGCGCTATGGCGCTCCGGCACCTGGCTGTGTTCATCTCCCCAGGTACGGTTCACGCGTGTACCGCGCTGCACAgcagggcgcagg < 3:51228/149‑1 (MQ=255) gggCGGCCTTTCAGTCACCCAAGGGCCGCTC‑CCACACGGTTTGCGTCAACCTTCCAGGTCTGCGGCGCTATGGCGCTCCGGCACCTGGCTGTGTTCATCTCCCCAGGTACGGTTCACGCGTGTACCGCGCTGCACAgcagggcgcaggg > 5:205219/1‑149 (MQ=255) gggCGGCCTTTCAGTCACCCAAGGGCCGCTC‑CCACACGGTTTGCGTCAACCTTCCAGGTCTGCGGCGCTATGGCGCTCCGGCACCTGGCTGTGTTCATCTCCCCAGGTACGGTTCACGCGTGTACCGCGCTGCACAgcagggcgcaggg < 4:219373/149‑1 (MQ=255) gcCTTTCAGTCACCCAAGGGCCGCTC‑CCACACGGTTTGCGTCAACCTTCCAGGTCTGCGGCGCTATGGCGCTCCGGCACCTGGCTGTGTTCATCTCCCCAGGTACGGTTCACGCGTGTACCGCGCTGCACAGCAGGGCGCAGGGCGATg < 5:18184/149‑1 (MQ=255) cTTTCAGTCACCCAACGGCCGCTC‑CCACACGGTTTGCGTCAACCTTCCAGGTCTGCGGCGCTATGGCGCTCCGGCACCTGGCTGTGTTCATCTCCCCAGGTACGGTTCACGCGTGTACCGCGCTGCACAGCAGGGCGCAGGGCGATGTc < 6:228430/149‑1 (MQ=255) cAGTCACCCAAGGGCCGCTC‑CCACACGGTTTGCGTCAACCTTCCAGGTCTGCGGCGCTATGGCGCTCCGGCACCTGGCTGTGTTCATCTCCCCAGGTACGGTTCACGCGTGTACCGCGCTGCACAGCAGGGCGCAGGGCGATGTCCTc < 2:152122/148‑1 (MQ=255) cAGTCACCCAAGGGCCGCTC‑CCACACGGTTTGCGTCAACCTTCCAGGTCTGCGGCGCTATGGCGCTCCGGCACCTGGCTGTGTTCATCTCCCCAGGTACGGTTCACGCGTGTACCGCGCTGCACAGCAGGGCGCAGGGCGATGTCCTCg > 8:90238/1‑149 (MQ=255) aCCCAAGGGCCGCTC‑CCACACGGTTTGCGTCAACCTTCCAGGTCTGCGGCGCTATGGCGCTCCGGCACCTGGCTGTGTTCATGTCCGCAg < 6:278896/90‑1 (MQ=255) aCCCAAGGGCCGCTC‑CCACACGGTTTGCGTCAACCTTCCAGGTCTGCGGCGCTATGGCGCTCCGGCACCTGGCTGTGTTCATCTCCCCAGGTACGGTTCACGCGTGTACCGCGCTGCACAGCAGGGCGCAGGGAGATGTCCTCGGcc > 6:18776/1‑147 (MQ=255) aCCCAAGGGCCGCTC‑CCACACGCTTTTAGACAACCTTCCAGGTCTGCGGCGCTATGGCGCTCCGGCACCTGGCTGTGTTCATCTCCCCAGCTACGGTTCACGCGTGTACCGCGCTGCACAGCAGGGAGCAGGTCGATCTCCTCgtca > 2:22496/1‑144 (MQ=255) aCCCAAGGGCCGCTC‑CCACACGCTTTGCGTCAACCTTCCAGGTCTGCGCACCTATGGCGCTCCGGCACCTGGCTCTGTTCATCTCCCCAg > 5:278896/1‑90 (MQ=255) cccAAGGGCCGCTC‑CCACACGGTTTGCGTCAACCTTCCAGGTCTGCGGCGCTATGGCGCTCCGGCACCTGGCTGTGTTCATCTCCCCAGGTACGGTTCACGCGTGTACCGCGCTGCACAGCAGGGCGCAGGGCGATGTCCTCGGCCCAg > 2:111349/1‑149 (MQ=255) ccAAGGGCCGCTC‑CCACACGGTTTGCGTCAACCTTCCAGGTCTGCGGCGCTATGGCGCTCCGGCACCTGGCTGTGTTCATCTCCCCAGGTACGGTTCACGCGTGTACCGCGCTGCACAGCAGGGCGCAGGGCGATGTCCTCGGCCCAgc > 3:141391/1‑149 (MQ=255) ccAAGGGCCGCTC‑CCACACGGTTTGCGTCAACCTTCCAGGTCTGCGGCGCTATGGCGCTCCGGCACCTGGCTGTGTTCATCTCCCCAGGTACGGTTCACGCGTGTACCGCGCTGCACAGCAGGGCGCAGGGCGATGTCCTCGGCCCAgc > 6:179493/1‑149 (MQ=255) cAAGGGCCGCTC‑CCACACGGTTTGCGTCAACCTTCCAGGTCTGCGGCGCTATGGCGCTCCGGCACCTGGCTGTGTTGATCTCCCCAGGTACGGTTCACGCGTGTACCGCGCTGCACAGCAGGGCGCAGGGCGATGTCCTCGGCCCAgcg > 5:9580/1‑149 (MQ=255) cAAGGGCCGCTC‑CCACACGGTTTGCGTCAACCTTCCAGGTCTGCGGCGCTATGGCGCTCCGGCACCTGGCTGTGTTCATCTCCCCAGGTACGGTTCACGCGTGTACCGCGCTGCACAGCAGGGCGCAGGGCGATGTCCTCGGCCCAgcg > 5:234188/1‑149 (MQ=255) gggCCGCTC‑CCACACGGTTTGCGTCAACCTTCCAGGTCTGCGGCGCTATGGCGCTCCGGCACCTGGCTGTGTTCATCTCCCCAGGTACGGTTCACGCGTGTACCGCGCTGCACAGCAGGGCGCAGGGCGATGTCCTCGGCCCAGCGCt < 4:148229/148‑1 (MQ=255) gggCCGCTC‑CCACACGGTTTGCGTCAACCTTCCAGGTCTGCGGCGCTATGGCGCTCCGGCACCTGGCTGTGTTCATCTCCCCAGGTACGGTTCACGCGTGTACCGCGCTGCACAGCAGGGCGCAGGGCGATGTCCTCGGCCCAGCGCt > 3:148229/1‑148 (MQ=255) gCCGCTC‑CCACACGGTTTGCGTCAACCTTCCAGGTCTGCGGCGCTATGGTGCTCCGGCACCTGGCTGTGTTCATCTCCCCAGGTACGGTTCACGCGTGTACCGCGCTGCACAGCAGGGCGCAGGGCGATGTCCTCGGCCCAGCGCTGTa < 1:174317/149‑1 (MQ=255) ccACACGGTTTGCGTCAACCTTCCAGGTCTGCGGCGCTATGGCGCTCCGGCACCTGGCTGTGTTCATCTCCCCAGGTACGGTTCACGCGTGTACCGCGCTGCACAGCAGGGCGCAGGGCGATGTCCTCGGCCCAGCGCTGTACGGTCgg < 5:228108/149‑1 (MQ=255) ccACACGGGTTGCGTCAACCTTCCAGGTCTGCGGCGCTATGGCGCTCCGGCACCTGGCTGTGTTCATCTCCCCAGGTACGGTTCACGCGTGTACCGCGCTGCACAGCAGGGCGCAGGGCGATGTCCTCGGCCCAGCGCTGTACGTTc < 3:243509/147‑1 (MQ=255) acacGGTTTGCGTCAACCTTCCAGGTCTGCGGCGCTATGGCGCTCCGGCACCTGGCTGTGTTCATCTCCCCAGGTACGGTTCACGCGTGTACCGCGCTGCACAGCAGGGCGCAGGGCGATGTCCTCGGCCCAGCGCTGTACGtt > 6:255488/1‑144 (MQ=255) acacGGTTAGCGTCAACCTTCCAGGTCTGCGGCGCTATGGCGCGCCGGCACCTGGCTGTGTTCATCTCCCCAGGTACGGTTCACGCGTGTACCGCGCTGCACAGCAGGGCGCAGGGCGATGTCCTCGGCCCAGCGCTGTACGtt < 5:255488/144‑1 (MQ=255) acGGTTTGCGTCAACCTTCCAGGTCTGCGGCGCTATGGCGCTCCGGCACCTGGCTGTGTTCATCTCCCCAGGTACGGTTCa > 4:139329/1‑81 (MQ=255) acGGTTTGCGTCAACCTTCCAGGTCTGCGGCGCTATGGCGCTCCGGCACCTGGCTGTGTTCATCTCCCCAGGTACGGTTCa < 3:139329/81‑1 (MQ=255) ggTTTGCGTCAACCTTCCAGGTCTGCGGCGCTATGGCGCTCCGGCACCTGGCTGTGTTCATCTCCCCAGGTACGGTTCACGCGTGTACCGCGCTGCACAGCAGGGCGCAGGGCGATGTCCTCGGCCCAGCGCTGTACGTTCGGGTACTc < 6:329531/149‑1 (MQ=255) aaCCTTCCAGGTCTGCGGCGCTATGGCGCTCCGGCACCTGGCTGTGTTCATCTCCCCAGGTACGGTTCACGCGTGTACCGCGCTGCACAGCAGGGCGCAGGGCGATGTCCTCGGCCCAGCGCTGTACGTTCGGGTACTCGTCAACCGc < 7:90238/148‑1 (MQ=255) cTTCCAGGTCTGCGGCGCTATGGCGCTCCGGCACCTGGCTGTGTTCATCTCCCCAGGTACGGTTCACGCGTGTACCGCGCTGCACAGCAGGGCGCAGGGCGATGTCCTCGGCCCAGCGCTGTACGTTCGGGTACTCGTCAACCGCCAg > 1:322064/1‑148 (MQ=255) ccAGGTCTGCGGCGCTATGGCGCTCCGGCACCTGGCTGTGTTCATCTCCCCAGGTACGGTTCACGCGTGTACCGCGCTGCACAGCAGGGCGCAGGGCGATGTCCTCGGCCCAGCGCTGTACGTTCGGGTACTCGTCAACCGCCAGGa < 1:22496/147‑1 (MQ=255) gTCTGCGGCGCTATGGTGCTCCGGCACCTGGCTGTGTTCATCTCCCCAGGTACGGTTCACGCGTGTACCGCGCTGCACAGCAGGGCGCAGGGCGATGTCCTCGGCCCAGCGCTGTACGTTCGGGTACTCGTCAACCGCCAGGAACTgcg > 5:290320/1‑149 (MQ=255) gTCTGCGGCGCTATGGCGCTCCGGCACCTGGCTGTGTTCATCTCCCCAGGTACGGTTCACGCGTGTACCGCGCTGCACAGCAGGGCGCAGGGCGATGTCCTCGGCCCAGCGCTGTACGTTCGGGTACTCGTCAACCGCCAGGAACTgcg > 3:174742/1‑149 (MQ=255) tCTGCGGCGCTATGGCGCTCCGGCACCTGGCTGTGTTCATCTCCCCAGGTACGGTTCACGCGTGTACCGCGCTGCACAGCAGGGCGCAGGGCGATGTCCTCGGCCCAGCGCTGTACGTTCGGGTACTCGTCAACCGCCAGGAACTgcgc < 6:205219/149‑1 (MQ=255) tGCGGCGCTATGGTGCTCCGGCACCTGGCTGTGTTCATCTCCCCAGGTACGGTTCACGCGTGTACCGCGCTGCACAGCAGGGCGCAGGGCGATGTCCTCGGCCCAGCGCTGTACGTTCGGGTACTCGTCAACCGCCAGGAACTGCgcgg > 8:294434/1‑149 (MQ=255) cggcgCTATGGTGCTCCGGCACCTGGCTGTGTTCATCTCCCCAGGTACGGTTCACGCGTGTACCGCGCTGCACAGCAGGGCGCAGGGCGATGTCCTCGGCCCAGCGCTGTACGTTCGGGTACTCGTCAACCGCCAGGAACTGCgcggcg < 6:290320/149‑1 (MQ=255) cggcgCTATGGCGCTCCGGCACCTGGCTGTGTTCATCTCCCCAGGTACGGTTCACGCGTGTACCGCGCTGCACAGCAGGGCGCAGGGCGATGTCCTCGGCCCAGCGCTGTACGTTCGGGTACTCGTCAACCGCCAGGAACTGCgcggcg < 4:174742/149‑1 (MQ=255) cgcTATGGCGCTCCGGCACCTGGCTGGGTTCATCTCCCCAGGTACGGTTCACGCGTGTACCGCGCTGCACAGCAGGGCGCAGGGCGATGTCCTCGGCCCAGCGCTGTACGTTCGGGTACTCGTCAACCGCCAGGACCTGCGCGGCGTCa < 5:265014/149‑1 (MQ=255) gcTATGGTGCTCCGGCACCTGGCTGTGTTCATCTCCCCAGGTACGGTTCACGCGTGTACCGCGCTGCACAGCAGGGCGCAGGGCGATGTCCTCGGCCCAGCGCTGTACGTTCGGGTACTCGTCAACCGCCAGGAACTGCGCGGCGTCAt < 7:294434/149‑1 (MQ=255) tGGCGCTCCGGCACCTGGCTGTGTTCATCTCCCCAGGTACGGTTCACGCGTGTACCGCGCTGCACAGCAGGGCGCAGGGCGATGTCCTCGGCCCAGCGCTGTACGTTCGGGTACTCGTCAACCGCCAGGAACTGCGCGGCGTCATACAg > 2:151060/1‑149 (MQ=255) ggCGCTCCGGCACCTGGCTGTGTTCATCTCCCCAGGTACGGTTCACGCGTGTACCGCGCTGCACAGCAGGGCGCAGGGCGATGTCCTCGGCCCAGCGCTGTACGTTCGGGTACTCGTCAACCGCCAGGAACTGCGCGGCGTCATACAgg > 8:273654/1‑149 (MQ=255) | GCAAATGGTTTTATGCAAGGGGGCATTGTCGGGGGCATTCGCAGGTATTGCACGGCCCATTGTGGGGGCGGCCTTTCAGTCACCCAAGGGCCGCTC‑CCACACGGTTTGCGTCAACCTTCCAGGTCTGCGGCGCTATGGCGCTCCGGCACCTGGCTGTGTTCATCTCCCCAGGTACGGTTCACGCGTGTACCGCGCTGCACAGCAGGGCGCAGGGCGATGTCCTCGGCCCAGCGCTGTACGTTCGGGTACTCGTCAACCGCCAGGAACTGCGCGGCGTCATACAGG > NC_002947/3335643‑3335927 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |