Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 3,372,120 | T→C | 10.5% | intergenic (‑48/‑71) | csoR ← / → PP_2970 | copper utilization transcriptional regulator/hypothetical protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 3,372,120 | 0 | T | C | 10.5% | 151.4 / 8.1 | 57 | intergenic (‑48/‑71) | csoR/PP_2970 | copper utilization transcriptional regulator/hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (28/23); new base C (4/2); total (32/25) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.86e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.14e-02 |
GACGATGCTGCGCAGGTGGCCCTCCGCACGCTTCAACCTTTTGATGATATCGCTATGACTTTGGTGCTGATGGCCGTGTTCGTGATCGCTCATGCCTTGAGTCTCATGCATCGATGAATTACGCTCGCATCCTATCCCCCTGGGGGGGATATGGTCAAACCAACTAC‑CCCTTCAGAACAACCATCC‑GCTTAGGCATCAAAAGAAACACGACATGCTCAGCAACCCCATCAGCACTAAGGTGATTTTTGCCCTTGCTCTGGCCATCTTGATAGCCTGGGCCGGGCACAC > NC_002947/3371980‑3372267 | gACGATGCTGCGCAGGTGGCCCTCCGCACGCTTCAACCTTTTGATGATATCGCTATGACTTTGGTGCTGATGGCCGTGTTCGTGATCGCTCATGCCTTGAGTCTCATGCATCGATGAATTACGCTCGCATCCTATCCCCCTgggg < 1:201099/145‑1 (MQ=255) gACGATGCTGCGCAGGTGGCCCTCCGCACGCTTCAACCTTTTGATGATATCGCTATGACTTTGGTGCTGATGGCCGTGTTCGTGATCGCTCATGCCTTGAGTCTCATGCATCGATGAATTACGCTCGCATCCTATCCCCCTgggg > 2:201099/1‑145 (MQ=255) gATGCTGCGCAGGTGGCCCTCCGCACGCTTCAACCTTTTGATGATATCGCTATGACTTTGGTGCTGATGGCCGTGTTCGTGATCGCTCATGCCTTGAGTCTCATGCATCGATGAATTACGCTCGCATCCTATCCCCCTGGGGGGGatat < 8:75392/149‑1 (MQ=255) ctgcGCAGGTGGCCCTCCGCACGCTTCAACCTTTTGATGATATCGCTATGACTTTGGTGCTGATGGCCGTGTTCGTGATCGCTCATGCCTTGAGTCTCATGCATCGATGAATTACGCTCGCATCCTATCCCCCTGGGGGGGATATGGt > 4:25150/1‑148 (MQ=255) ctgcGCAGGTGGCCCTCCGCACGCTTCAACCTTTTGATGATATCGCTATGACTTTGGTGCTGATGGCCGTGTTCGTGATCGCTCATGCCTTGAGTCTCATGCATCGATGAATTACGCTCGCATCCTATCCCCCTGGGGGGGATATGGt < 5:287543/148‑1 (MQ=255) ctgcGCAGGTGGCCCTCCGCACGCTTCAACCTTTTGATGATATCGCTATGACTTTGGTGCTGATGGCCGTGTTCGTGATCGCTCATGCCTTGAGTCTCATGCATCGATGAATTACGCTCGCATCCTATCCCCCTGGGGGGGATATGGt < 3:25150/148‑1 (MQ=255) gTGGCCCTCCGCACGCTTCAACCTTTTGATGATATCGCTATGACTTTGGTGCTGATGGCCGTGTTCGTGATCGCTCATGCCTTGAGTCTCATGCATCGATGAATTACGCTCGCATCCTATCCCCCTGGGGGGGATATGGTCAAACCAAc < 5:66112/149‑1 (MQ=255) cTCCGCACGCTTCAACCTTTTGATGATATCGCTATGACTTTGGTGCTGATGGCCGTGTTCGTGATCGCTCATGCCTTGAGTCTCATGCATCGATGAATTACGCTCGCATCCTATCCCCCTGGGGGGGATATGGTCAAACCAACTAc‑ccc > 7:182657/1‑149 (MQ=255) aCGCTTCAACCTTTTGATGATATCGCTATGACTTTGGTGCTGATGGCCGTGTTCGTGATCGCTCATGCCTTGAGTCTCATGCATCGATGAATTACGCTCGCATCCTATCCCCCTGGGGGGGATATGGTCAAACCAACTAC‑CCCtt < 8:110221/145‑1 (MQ=255) aCGCTTCAACCTTTTGATGATATCGCTATGACTTTGGTGCTGATGGCCGTGTTCGTGATCGCTCATGCCTTGAGTCTCATGCATCGATGAATTACGCTCGCATCCTATCCCCCTGGGGGGGATATGGTCAAACCAACTAC‑CCCtt > 7:110221/1‑145 (MQ=255) ttCAACCTTTTGATGATATCGCTATGACTTTGGTGCTGATGGCCGTGTTCGTGATCGCTCATGCCTTGAGTCTCATGCATCGATGAATTACGCTCGCATCCTATCCCCCTGGGGGGGATATGGTCACACCAACTAC‑CCCTTCCGaacaa > 8:67236/1‑149 (MQ=255) cAACCTTTTGATGATATCGCTATGACTTTGGTGCTGATGGCCGTGTTCGTGATCGCTCATGCCTTGAGTCTCATGCATCGATGAATTACGCTCGCATCCTATCCCCCTGGGGGGGATATGGTCAAACCAACTAC‑CCCTTCAGaacaac > 2:52896/1‑148 (MQ=255) aaCCTTTTGATGATATCGCTATGACTTTGGTGCTGATGGCCGTGTTCGTGATCGCTCATGCCTTGAGTCTCATGCATCGATGAATTACGCTCGCATCCTATCCCCCTGGGGGGGATATGGTCAAACCAACTAC‑CCCTTCAGAACAACCa > 1:294710/1‑149 (MQ=255) aCCTTTTGATGATATCGCTATGACTTTGGTGCTGATGGCCGTGTTCGTGATCGCTCATGCCTTGAGTCTCATGCATCGATGAATTACGCTCGCATCCTATCCCCCCCAGGGGGataggat < 3:23833/120‑5 (MQ=255) aCCTTTTGATGATATCGCTATGACTTTGGTGCTGATGGCCGTGTTCGTGATCGCTCATGCCTTGAGTCTCATGCATCGATGAATTACGCTCGCATCCTATCCCCCCCAGGGGGataggat > 4:23833/1‑116 (MQ=255) gatgatATCGCTATGACTTTGGTGCTGATGGCCGTGTTCGTGATCGCTCATGCCTTGAGTCTCATGCATCGATGAATTACGCTCGCATCCTATCCCCCTGGGGGGGATATGGTCAAACCAACTAC‑CCCTTCAGAACAACCATCC‑GCt > 5:226731/1‑147 (MQ=255) atgatATCGCTATGACTTTGGTGCTGATGGCCGTGTTCGTGATCGCTCATGCCTTGAGTCTCATGCATCGATGAATTACGCTCGCATCCTATCCCCCTGGGGGGGATATGGTCAAAc > 7:758/1‑117 (MQ=255) atgatATCGCTATGACTTTGGTGCTGATGGCCGTGTTCGTGATCGCTCATGCCTTGAGTCTCATGCATCGATGAATTACGCTCGCATCCTATCCCCCTGGGGGGGATATGGTCAAACCAACTAC‑CCCTTCAGAACAACCATCC‑GCTTa < 6:226731/148‑1 (MQ=255) gatATCGCTATGACTTTGGTGCTGATGGCCGTGTTCGTGATCGCTCATGCCTTGAGTCTCATGCATCGATGAATTACGCTCGCATCCTATCCCCCTGGGGGGGATATGGTCATACCAACTAC‑CCCTTCAGAACAACCATCC‑GCTTAgg > 7:119943/1‑148 (MQ=255) atatCGCTATGACTTTGGTGCTGATGGCCGTGTTCGTGATCGCTCATGCCTTGAGTCTCATGCATCGATGAATTACGCTCGCATCCTATCCCCCTGGGGGGGATATGGTCAAACCAACTAC‑CCCTTCAGAACAACCATCC‑GCTTAGGc < 8:193524/148‑1 (MQ=255) gCTATGACTTTGGTGCTGATGGCCGTGTTCGTGATCGCTCATGCCTTGAGTCTCATGCATCGATGAATTACGCTCGCATCCTATCCCCCTGGGGGGGATATGGTCAAACCAACTAC‑CCCTTCAGAACAACCATCC‑GCTTAGGCATCaaa < 8:182657/149‑1 (MQ=255) gCTATGACTTTGGTGCTGATGGCCGTGTTCGTGATCGCTCATGCCTTGAGTCTCATGCATCGATGAATTACGCTCGCATCCTATCCCCCTGGGGGGGATATGGTCAAACCAACTAC‑CCCTTCAGAACAACCATCC‑GCTTAGGCATCaa < 2:294710/148‑1 (MQ=255) tATGACTTTGGTGCTGATGGCCGTGTTCGTGATCGCTCATGCCTTGAGTCTCATGCATCGATGAATTACGCTCGCATCCTATCCCCCTGGGGGGGATATGGTCAAACCAACTAC‑CCCTTCAGAACAACCATCC‑GCTTAGGCATCaa > 3:109036/1‑146 (MQ=255) tttGGTGCTGATGGCCGTGTTCGTGATCGCTCATGCCTTGAGTCTCATGCATCGATGAATTACGCTCGCATCCTATCCCCCTGGGGGGGATATGGTCAAACCAACTAC‑CCCTTCAGAACAACCATCC‑GCTTAGGCATCAAAAGAAacac > 8:277330/1‑149 (MQ=255) tGCTGATGGCCGTGTTCGTGATCGCTCATGCCTTGAGTCTCATGCATCGATGAATTACGCTCGCATCCTATCCCCCTGGGGGGGATATGGTCAAACCAACTAC‑CCCTTCAGAACAACCATCC‑GCTTAGGCATCAAAAGAAACACGACAt > 7:216744/1‑149 (MQ=255) tGCTGATGGCCGTGTTCGTGATCGCTCATGCCTTGAGTCTCATGCATCGATGAATTACGCTCGCATCCTATCCCCCTGGGGGGGATATGGTCAAACCAACTAC‑CCCTTCAGAACAACCATCC‑GCTTAGGCATCAAAAGAAACACGACAt > 8:184344/1‑149 (MQ=255) tGCTGATGGCCGTGTTCGTGATCGCTCATGCCTTGAGTCTCATGCATCGATGAATTACGCTCGCATCCTATCCCCCTGGGGGGGATATGGTCAAACCAACTAC‑CCCTTCAGAACAACCATCC‑GCTTAGGCATCAAAAGAAACACGACAt < 2:22332/149‑1 (MQ=255) ggCCGTGTTCGTGATCGCTCATGCCTTGAGTCTCATGCATCGATGAATTACGCTCGCATCCTATCCCCCTGGGGGGGATATGGTCAAACCAACTAC‑CCCTTCAGAACAACCATCC‑GCTTAGGCATCAAAAGAAACACGACATGCTCAg > 4:7914/1‑148 (MQ=255) ggCCGTGTTCGTGATCGCTCATGCCTTGAGTCTCATGCATCGATGAATTACGCTCGCATCCTATCCCCCTGGGGGGGATATGGTCAAACCAACTAC‑CCCTTCAGAACAACCAACC‑GCTTAGGCATCAAAAGAACCACGACATGATCAg > 4:12591/1‑148 (MQ=255) cGTGTTCGTGATCGCTCATGCCTTGAGTCTCATGCATCGATGAATTACGCTCGCATCCTATCCCCCTGGGGGGGATATGGTCAAACCAACTAC‑CCCTTCAGAACAACCATCC‑GCTTAGGCATCAAAAGAAACACGACATGCTCAGCAAc > 4:113892/1‑149 (MQ=255) cGTGATCGCTCATGCCTTGAGTCTCATGCATCGATGAATTACGCTCGCATCCTATCCCCCTGGGGGGGATATGGTCAAACCAACTAC‑CCCTTCAGAACAACCATCC‑GCTTAGGCATCAAAAGAAACACGACATGCTCAGCAACCCCAt < 7:184344/148‑1 (MQ=255) gTGATCGCTCATGCCTTGAGTCTCATGCATCGATGAATTACGCTCGCATCCTATCCCCCTGGGGGGGATATGGTCAAACCAACTAC‑CCCTTCAGAACAACCATCCTTATTAGGCATCAAAAGAAACACGACATGCTCAGCAACCCCAt > 1:274436/1‑148 (MQ=255) aTCGCTCATGCCTTGAGTCTCATGCATCGATGAATTACGCTCGCATCCTATCCCCCTGGGGGGGATATGGTCAAACCAACTAC‑CCCTTCAGAACAACCATCC‑GCTTAGGCATCAAAAGAAACACGACATGCTCAGCAACCCCATCAGc > 3:193934/1‑148 (MQ=255) aTGCCTTGAGTCTCATGCATCGATGAATTACGCTCGCATCCTATCCCCCTGTGGGGGATATGGTCAAACCAACTAC‑CCCTTCAGAACAACCATCC‑GCTTAGGCATCAAAAGAAACACGACATGCTCAGCAACCCCATCAGCACTAAg < 8:216744/147‑1 (MQ=255) aTGCCTTGAGTCTCATGCATCGATGAATTACGCTCGCATCCTATCCCCCTGGGGGGGATATGGTCAAACCAACTAC‑CCCTTCAGAACAACCATCC‑GCTTAGGCATCAAAAGAAACACGACATGCTCAGCAACCCCATCAGCACTAAgg < 7:67236/148‑1 (MQ=255) tcATGCATCGATGAATTACGCTCGCATCCTATCCCCCTGGGGGGTATATGGTCAAACCAACTAC‑CCCTTCAGAACAACCATCC‑GCTTAGGCATCAAAAGAAACACGACATGCTCAGCAACCCCATCAGCACTAAGGTGATTTTTGccc < 3:12591/148‑1 (MQ=255) tcATGCATCGATGAATTACGCTCGCATCCTATCCCCCTGGGGGGGATATGGTCAAACCAACTAC‑CCCTTCAGAACAACCATCC‑GCTTAGGCATCAAAAGAAACACGACAt > 2:265265/1‑110 (MQ=255) tcATGCATCGATGAATTACGCTCGCATCCTATCCCCCTGGGGGGGATATGGTCAAACCAACTAC‑CCCTTCAGAACAACCATCC‑GCTTAGGCATCAAAAGAAACACGACAt < 1:265265/110‑1 (MQ=255) aTGCATCGATGAATTACGCTCGCATCCTATCCCCCTGGGGGGGATATGGTCAAACCAACTAC‑CCCTTCAGAACAACCATCC‑GCTTAGGCATCAAAAGAAACACGACATGCTCAGCAACCCCATCAGCACTAAGGTGATTTTTGccc < 3:7914/146‑1 (MQ=255) aTCGATGAATTACGCTCGCATCCTATCCCCCTGGGGGGGATATGGTCAAACCAACTAC‑CCCTTCAGAACAACAATCC‑GCTTAGGCATCAAAAGAAACACGACATGCTCAGCAACCCCATCAGCACTAAGGTGATTTTTGCCCTTGctct > 8:223722/1‑149 (MQ=255) aTTACGCTCGCATCCTATCCCCCTGGGGGGGATATGGTCAAACCAACTAC‑CCCTTCAGAACAACAATCC‑GCTTAGGCATCAAAAGAAACACGACATGCTCAGCAACCCCATCAGCACTAAGGTGATTTTTGCCCTTGCTCTGGCCATCt < 7:223722/149‑1 (MQ=255) accatATCCCCCCCAGGGGGATATGGTCAAACCAACTAC‑CCCTTCAGAACAACCATCC‑GCTTAGGCATCAAAAGAAACACGACATGCTCAGCAAcc > 7:304796/5‑96 (MQ=255) accatATCCCCCCCAGGGGGATATGGTCAAACCAACTAC‑CCCTTCAGAACAACCATCC‑GCTTAGGCATCAAAAGAAACACGACATGCTCAGCAAcc < 8:304796/92‑1 (MQ=255) tCCTATCCCCCTGGGGGGGATATGGTCAAACCAACTAC‑CCCTTCAGAACAACCATCC‑GCTTAGGCATCAAAAGAAACACGACATGCTCAGCAACCCCATCAGCACTAAGGTGATTTTTGCCCTTGCTCTGGCCACCTTGATAGCCTggg < 7:277330/149‑1 (MQ=255) ccatATCCCCCCCAGGGGGATATGGTCAAACCAACTAC‑CCCTTCAGAACAACCATCC‑GCTTAGGCATCAAAAGAAACACGACATGCTCAGCAACCCCATCAGCACTAAGGTGATTTTTGCCCTTGCTCTGGCCATCTTGATAGCCTggg > 8:126146/4‑149 (MQ=255) catATCCCCCCCAGGGGGATATGGTCAAACCAACTAC‑CCCTTCAGAACAACCATCC‑GCTTAGGCATCAAAAGAAACACGACATGCTCAGCAACCCCATCAGCACTAAGGTGATTTTTGCCCTTGCTCTGGCCATCTTGATAGCCTGGGc > 2:251573/3‑149 (MQ=255) tCCCCCTGGGGGGGATATGGTCAAACCAACTAC‑CCCTTCAGAACAACCATCC‑GCTTAGGCATCAAAAGAAACACGACATGCTCAGCAACCCCATCAGCACTAAGGTGATTTTTGCCCTTGCTCTGGCCATCTTGATAGCCTGGGCCggg > 3:313059/1‑149 (MQ=255) tCCCCCTGGGGGGGATATGGTCAAACCAACTAC‑CCCTTCAGAACAACCATCC‑GCTTAGGCATCAAAAGAAACACGACATGCTCAGCAACCCCATCAGCACTAAGGTGATTTTTGCCCTTGCTCTGGCCATCTTGATAGCCTGGGCCgg < 4:109036/148‑1 (MQ=255) ccccTGGGGGGGATATGGTCAAACCAACTAC‑CCCTTCAGAACAACCATCC‑GCTTAGGCATCAAAAGAAACACGACATGCTCAGCAACCCCATCAGCACTAAGGTGATTTTTGCCCTTGCTCTGGCCATCTTGATAGCCTGGGCCGGGca > 4:155836/1‑149 (MQ=255) cccTGGGGGGGATATGGTCAAACCAACTACGCCCTTCAGAACACCCATCC‑GCTTAGGCTTCAAAAGAAACACGACATGATCAGCAACCCAATAAGCACTAAGGTGATTTTTGCCCTTGATCTGGCCATCTTGATAGCCTGGGCCGGGca > 1:197285/1‑149 (MQ=255) cccTGGGGGGGATATGGTCAAACCAACTAC‑CCCTTCAGAACAACCATCC‑GCTTAGGCATCAAAAGAAACACGACATGCTCAGCAACCCCATCAGCACTAAGGTGATTTTTGCCCTTGCTCTGGCCATCTTGATAGCCTGGGCCGGGcac > 5:255520/1‑149 (MQ=255) ccTGGGGGGGATATGGTCAAACCAACTAC‑CCCTTCAGAACAACCATCC‑GCTTAGGCATCAAAAGAAACACGACATGCTCAGCAACCCCATCAGCACTAAGGTGATTTTTGCCCTTGCTCTGGCCATCTTGATAGCCt > 6:45431/1‑137 (MQ=255) ccTGGGGGGGATATGGTCAAACCAACTAC‑CCCTTCAGAACAACCATCC‑GCTTAGGCATCAAAAGAAACACGACATGCTCAGCAACCCCATCAGCACTAAGGTGATTTTTGCCCTTGCTCTGGCCATCTTGATAGCCt < 5:45431/137‑1 (MQ=255) ccTGGGGGGGATAT‑GTCAAACCAACTAC‑CCCTTCAGAACAACCATCC‑GCTTAGGCATCAAAAGAAACACGACATGCTCAGCAACCCCATCAGCACTAAGGTGATTTTTGCCCTTGCTCTGGCCATCTTGATAGCCTGGGCCGGGCacac > 6:180668/1‑149 (MQ=255) ccTGGGGGGGATAT‑GTCAAACCAACTAC‑CCCTTCAGAACAACCATCC‑GCTTAGGCATCAAAAGAAACACGACATGCTCAGCAACCCCATCAGCACTAAGGTGATTTTTGCCCTTGCTCTGGCCATCTTGATAGCCTGGGCCGGGCacac > 2:260155/1‑149 (MQ=255) cTGGGGGGGATATGGTCAAACCAACTAC‑CCCTTCAGAACAACCATCC‑GCTTAGGCATCAAAAGAAACACGACATGCTCAGCAACCCCATCAGCACTAAGGTGATTTTTGCCCTTGCTCTGGCCATCTTGATAGCCTGGGCCGGGCacac < 6:255520/149‑1 (MQ=255) cTGGGGGGGATATGGTCAAACCAACTAC‑CCCTTCAGAACAACCATCC‑GCTTAGGCATCAAAAGAAACACGACATGCTCAGCAACCCCATCAGCACTAAGGTGATTTTTGCCCTTGCTCTGGCCATCTTGATAGCCTGGGCCGGGCacac < 3:113892/149‑1 (MQ=255) | GACGATGCTGCGCAGGTGGCCCTCCGCACGCTTCAACCTTTTGATGATATCGCTATGACTTTGGTGCTGATGGCCGTGTTCGTGATCGCTCATGCCTTGAGTCTCATGCATCGATGAATTACGCTCGCATCCTATCCCCCTGGGGGGGATATGGTCAAACCAACTAC‑CCCTTCAGAACAACCATCC‑GCTTAGGCATCAAAAGAAACACGACATGCTCAGCAACCCCATCAGCACTAAGGTGATTTTTGCCCTTGCTCTGGCCATCTTGATAGCCTGGGCCGGGCACAC > NC_002947/3371980‑3372267 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |