Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 3,394,889 | G→A | 8.7% | V130V (GTG→GTA) | PP_2998 → | 2‑dehydropantoate 2‑reductase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 3,394,889 | 0 | G | A | 8.7% | 129.0 / 2.7 | 46 | V130V (GTG→GTA) | PP_2998 | 2‑dehydropantoate 2‑reductase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (23/19); new base A (2/2); total (25/21) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.62e-01 |
TGCCGAGGCCATCGCCGGTGCCCACGGGCTGATAGGCCCACAGACGCTGGTGCT‑GTCGCTGCAGAACGGGCTCGGCCACGAGGACATCCTGGCCGAAGTGGTGGGTCGCGAGCGGGTGCTGGCTGGCAAGACCTATGTCGGCGGCGTGCTCCTCGCGCCGGGCTCGATCCGCGCCGGTGTGGCCGGCAAACAGACTTTCATCGGCGAGCTCGACGGCCAGCTGACGCCCCGCGTGCAGGCCATCGCCGAAGCGTTCAACAATGCCGGGCTGGCCACCACGGTCAGCGACAAC > NC_002947/3394742‑3395033 | tGCCGAGGCCATCGCCGGTGCCCACGGGCTGATAGGCCCACAGACGCTGGTGCT‑GTCGCTGCAGAACGGGCTCGGCCACGAGGACATCCTGGCCGAAGTGGTGGGTCGCGAGCGGGTGCTGGCTGGCAAGACCTATGTCGGCGGCGTGc > 4:20831/1‑149 (MQ=255) aGGCCATCGCCGGTGCCCACGGGCTGATAGGCCCACAGACGCTGGTGCT‑GTCGCTGCAGAACGGGCTCGGCCACGAGGACATCCTGGCCGAAGTGGTGGGTCGCGAGCGGGTGCTGGCTGGCAAGACCTATGTCGGCGGCGTGctcctc < 5:270762/149‑1 (MQ=255) cGGTGCCCACGGGCTGATAGGCCCACAGACGCTGGTGCT‑GTCGCTGCAGAACGGGCTCGGCCACGAGGACATCCTGGCCGAAGTGGTGGGTCGCGAGCGGGTGCTGGCTGGCAAGACCTATGTCGGCGGCGTGCTCCTCGCGCCGGGCt < 1:303720/149‑1 (MQ=255) cGGTGCCCACGGGCTGATAGGCCCACAGACGCTGGTGCT‑GTCGCTGCAGAACGGGCTCGGCCACGAGGACATCCTGGCCGAAGTGGTGGGTCGCGAGCGGGTGCTGGCTGGCAAGACCTATGTCGGCGGCGTGCTCCTCGCGCCGGGCt < 3:20831/149‑1 (MQ=255) cccACGGGCTGATAGGCCCACAGACGCTGGTGCT‑GTCGCTGCAGAACGGGCTCGGCCACGAGGACATCCTGGCCGAAGTGGTGGGTCGCGAGCGGGTGCTGGCTGGCAAGACCTATGTCGGCGGCGTGCTCCTCGCGCCGGGCTCGATc < 2:258946/149‑1 (MQ=255) cACGGGCTGATAGGCCCACAGACGCTGGTGCTGGTCGCTGCAGAACGGGCTCGGCCACGAGGACATCCTGGCCGAAGTGGTGGGTCGCGAGCGGGTGCTGGCTGGCAAGACCTATGTCGGCGGCGTGCTCCTCGCGCCGGGCTCGATcc > 1:40112/1‑149 (MQ=255) cACGGGCTGATAGGCCCACAGACGCTGGTGCT‑GTCGCTGCAGAACGGGCTCGGCCACGAGGACATCCTGGCCGAAGTGGTGGGTCGCGAGCGGGTGCTGGCTGGCAAGACCTATGTCGGCGGCGTGCTCCTCGCGCCGGGCTCGATCcg > 3:140722/1‑149 (MQ=255) cTGATAGGCCCACAGACGCTGGTGCT‑GTCGCTGCAGAACGGGCTCGGCCACGAGGACATCCTGGCCGAAGTGGTGGGTCGCGAGCGGGTGCTGGCTGGCAAGACCTATGTCGGCGGCGTGCTCCTCGCGCCGGGCTCGATCCGCGCCgg > 3:181395/1‑149 (MQ=255) tGATAGGCCCATAGACGCTGGTGCT‑GTCGCTGCAGAACGGGCTCGGCCACGAGGACATCCTGGCCGAAGTGGTGGGTCGCGAGCGGGTGCTGGCTGGCAAGACCTATGTCGGCGGCGTGCTCCTCGCGCCGGGCTCGATCCGCGCCCgt > 7:303307/1‑149 (MQ=255) aTAGGCCCACAGACGCTGGTGCT‑GTCGCTGCAGAACGGGCTCGGCCACGAGGACATCCTGGCCGAAGTGGTGGGTCGCGAGCGGGTGCTGGCTGGCAAGACCTATGTCGGCGGCGTGCTCCTCGCGCCGGGCTCGATCCGCGCCGgt < 8:174013/147‑1 (MQ=255) gCCCACAGACGCTGGTGCT‑GTCGCTGCAGAACGGGCTCGGCCACGAGGACATCCTGGCCGAAGTGGTGGGTCGCGAGCGGGTGCTGGCTGGCAAGACCTATGTCGGCGGCGTGCTCCTCGCGCCGGGCTCGATCCGCGCCGGTGTGGcc > 3:20591/1‑149 (MQ=255) acaGACGCTGGTGCT‑GTCGCTGCAGAACGGGCTCGGCCACGAGGACATCCTGGCCGAAGTGGTGGGTCGCGAGCGGGTGCTGGCTGGCAAGACCTATGTCGGCGGCGTGCTCCTCGCGCCGGGCTCGa < 3:193516/128‑1 (MQ=255) acaGACGCTGGTGCT‑GTCGCTGCAGAACGGGCTCGGCCACGAGGACATCCTGGCCGAAGTGGTGGGTCGCGAGCGGGTGCTGGCTGGCAAGACCTATGTCGGCGGCGTGCTCCTCGCGCCGGGCTCGa > 4:193516/1‑128 (MQ=255) acaGACGCTGGTGCT‑GTCGCTGCAGAACGGGCTCGGCCACGAGGACATCCTGGCCGAAGTGGTGGGTCGCGAGCGGGTGCTGGCTGGCAAGACCTATGTCGGCGGCGTGCTCCTCGCGCCGGGCTCGATCCGCGCCGGTGTGGCCGGCa < 4:140722/149‑1 (MQ=255) gACGCTGGTGCT‑GTCGCTGCAGAACGGGCTCGGCCACGAGGACATCCTGGCCGAAGTGGTGGGTCGCGAGCGGGTGCTGGCTGGCAAGACCTATGTCGGCGGCGTGCTCCTCGCGCCGGGCTCGATCCGCGCCGGTGTGGCCGGCAAAc < 1:318655/149‑1 (MQ=255) cTGGTGCT‑GTCGCTGCAGAACGGGCTCGGCCACGAGGACATCCTGGCCGAAGTGGTGGGTCGCGAGCGGGTGCTGGCTGGCAAGACCTATGTCGGCGGCGTGCTCCTCGCGCCGGGCTCGATCCGCGCCGGTGTGGCCGGCAAACAGAc > 3:152130/1‑149 (MQ=255) tGGTGCT‑GTCGCTGCAGAACGGGCTCGGCCACGAGGACATCCTGGCCGAAGTGGTGGGTCGCGAGCGGGTGCTGGCTGGCAAGACCTATGTCGGCGGCGTGCTCCTCGCGCCGGGCTCGATCCGCGCCGGTGTGGCCGGCAAACAGACt > 7:153528/1‑149 (MQ=255) gTCGCTGCAGAACGGGCTCGGCCACGAGGACATCCTGGCCGAAGTGGTGGGTCGCGAGAGGGTGCTGGCTGGCAAGACCTATGTCGGCGGCGTGCTCCTCGCGCCGGGCTCGATCCGCGCCGGTGTGGCCGGCAAACAGACTTTCATCg > 5:279974/1‑149 (MQ=255) aaCGGGCTCGGCCACGAGGACATCCTGGCCGAAGTGGTGGGTCGCGAGCGGGTGCTGGCTGGCAAGACCTATGTCGGCGGCGTGCTCCTCGCGCCGGGCTCGATCCGCGCCGGTGTGGCCGGCAAACAGACt < 6:280094/132‑1 (MQ=255) 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cTGGCCGAAGTGGTGGGTCGCGAGCGGGTGCTGGCTGGCAAGACCTATGTCGGCGGCGTGCTCCTCGCGCCGGGCTCGATCCGCGCCGGTGTGGCCGGCAAACAGACTTTCATCGGCGAGCTCGACGGCCAGCTGACGCCCCGCGTGc < 6:140514/148‑1 (MQ=255) tggGTCGCGAGCGGGTGCTGGCTGGCAAGACCTATGTCGGCGGCGTGCTCCTCGCGCCGGGCTCGATCCGCGCCGGTGTGGCCGGCAAACAGACTTTCATCGGCGAGCTCGACGGCCAGCTGACGCCCCGCGTGCAGGCCATCGCCGaa < 3:122805/149‑1 (MQ=255) ggTCTCGAGCGGGTGCTGGCTGTCTAGACCTATGTCGGCGGAGTGCTCCTCGCGGCGGGCTCGATCCGCGCCGGTGTGGAAGGCAATCAGACTTTCATCGGCGAGCTCGACGGCCAGCTTACGCCGCGCGTGCAGGCCATGGCCGAAg < 8:153528/148‑1 (MQ=255) tCGCGAGCGGGTGCTGGCTGGCAAGACCTATGTCGGCGGCGTGCTCCTCGCGCCGGGCTCGATCCGCGCCGGTGTGGCCGGCAAACAGACTTTCATCGGCGAGCTCGACGGCCAGCTGACGCCCCGCGTGCAGGCCATCGCCGAAGCGt > 2:257680/1‑149 (MQ=255) gAGCGGGTGCTGGCTGGCAAGACCTATGTCGGCGGCGTGCTCCTCGCGCCGGGCTCGATCCGCGCCGGTGTGGCCGGCAAACAGACTTTCATCGGCGAGCTCGACGGCCAGCTGACGCCCCGCGTGCAGGCCATCGCCGAAGCGTTcaa > 3:94862/1‑149 (MQ=255) gAGCGGGTGCTGGCTGGCAAGACCTATGTCGGCGGCGTGCTCCTCGCGCCGGGCTCGATCCGCGCCGGTGTGGCCGGCAAACAGACTTTCATCGGCGAGCTCGACGGCCAGCTGACGCCCCGCGTGCAGGCCATCGCCGAAGCGTTcaa < 5:280977/149‑1 (MQ=255) ggTGCTGGCTGGCAAGACCTATGTCGGCGGCGTGCTCCTCGCGCCGGGCTCGATCCGCGCCGGTGTGGCCGGCAAACAGACTTTCATCGGCGAGCTCGACGGCCAGCTGACGCCCCGCGTGCAGGCCATCGCCGAAGCGTTCAACAATg < 8:303307/149‑1 (MQ=255) tGCTGGCTGGCAAGACCTATGTCGGCGGCGTGCTCCTCGCGCCGGGCTCGATCCGCGCCGGTGTGGCCGGCAAACAGACTTTCATCGGCGAGCTCGACGGCCAGCTGACGCCCCGCGTGCAGGCCATCGCCGAAGCGTTCAACAATGcc > 7:233348/1‑149 (MQ=255) ctggcAAGACCTATGTCGGCGGCGTGCTCCTCGCGCCGGGCTCGATCCGCGCCGGTGTGGCCGGCAAACAGACTTTCATCGGCGAGCTCGACGGCCAGCTGACGCCCCGCGTGCAGGCCATCGCCGAAGCGTTCAACAATGCCGGGCTg < 1:257680/149‑1 (MQ=255) gcAAGACCTATGTCGGCGGCGTGCTCCTCGCGCCGGGCTCGATCCGCGCCGGTGTGGCCGGCAAACAGACTTTCATCGGCGAGCTCGACGGCCAGCTGACGCCCCGCGTGCAGGCCATCGCCGAAGCGTTCAACAATGCCGGGCTGGcc < 6:259372/149‑1 (MQ=255) cAAGACCTATGTCGGCGGCGTGCTCCTTGCGCCGGGCTCGATCCGCGCCGGTGTGGCCGGCAAACAGACTTTCATCGGCGAGCTCGACGGCCAGCTGACGCCCCGCGTGCAGGCCATCGCCGAAGCGTTCAACAATGCCGGGCTGGcca > 6:56261/1‑149 (MQ=255) ccTATGTCGGCGGCGTGCTCCTCGCGCCGGGCTCGATCCGCGCCGGTGTGGCCGGCAAACAGACTTTCATCGGCGAGCTCGACGGCCAGCTGACGCCCCGCGTGCAGGCCATCGCCGAAGCGTTCAACAATGCCGGGCTgg > 1:150839/1‑141 (MQ=255) ccTATGTCGGCGGCGTGCTCCTCGCGCCGGGCTCGATCCGCGCCGGTGTGGCCGGCAAACAGACTTTCATCGGCGAGCTCGACGGCCAGCTGACGCCCCGCGTGCAGGCCATCGCCGAAGCGTTCAACAATGCCGGGCTgg < 2:150839/141‑1 (MQ=255) cTATGTCGGCGGCGTGCTCCTCGCGCCGGGCTCGATCCGCGCCGGTGTGGCCGGCAAACAGACTTTCATCGGCGAGCTCGACGGCCAGCTGACGCCCCGCGTGCAGGCCATCGCCGAAGCGTTCAACAATGCCGGGCTGGCCACCACgg > 7:75330/1‑149 (MQ=255) gcggcgTGCTCCTCGCGCCGGGCTCGATCCGCGCCGGTGTGGCCGGCAAACAGACTTTCATCGGCGAGCTCGACGGCCAGCTGACGCCCCGCGTGCAGGCCATCGCCGAAGCGTTCAACAATGCCGGGCTGGCCACCACGGTCAGCGa > 8:37377/1‑148 (MQ=255) gcgTACTCCTCGCGCCGGGCTCGATCCGCGCCGGTGTGGCCGGCAAACAGACTTTCATCGGCGAGCTCGACGGCCAGCTGACGCCCCGCGTGCAGGCCATCGCCGAAGCGTTCAACAATGCCGGGCTGGCCACCACGGTCAGCGacaac < 7:180766/149‑1 (MQ=255) gcgTACTCCTCGCGCCGGGCTCGATCCGCGCCGGTGTGGCCGGCAAACAGACTTTCATCGGCGAGCTCGACGGCCAGCTGACGCCCCGCGTGCAGGCCATCGCCGAAGCGTTCAACAATGCCGGGCTGGCCACCACGGTCAGCGacaac < 1:98262/149‑1 (MQ=255) | TGCCGAGGCCATCGCCGGTGCCCACGGGCTGATAGGCCCACAGACGCTGGTGCT‑GTCGCTGCAGAACGGGCTCGGCCACGAGGACATCCTGGCCGAAGTGGTGGGTCGCGAGCGGGTGCTGGCTGGCAAGACCTATGTCGGCGGCGTGCTCCTCGCGCCGGGCTCGATCCGCGCCGGTGTGGCCGGCAAACAGACTTTCATCGGCGAGCTCGACGGCCAGCTGACGCCCCGCGTGCAGGCCATCGCCGAAGCGTTCAACAATGCCGGGCTGGCCACCACGGTCAGCGACAAC > NC_002947/3394742‑3395033 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |