Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 3,471,333 | A→G | 7.7% | L400P (CTC→CCC) | PP_3084 ← | ferric siderophore receptor |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 3,471,333 | 0 | A | G | 7.7% | 145.9 / 2.2 | 52 | L400P (CTC→CCC) | PP_3084 | ferric siderophore receptor |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (22/26); new base G (2/2); total (24/28) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.50e-01 |
TCGTGGGGCGCATAGAGGAACCCGCCGCGTGCAGTGCCATTCCCGTCACTGACATAGAGCGAGGAATACTCGCCGTTCTCACGGGTATGCTTGGCCCCGGCGCCGGCATACAGCATCCAGGCGTCGTTCAGGTCGTACTCGGCGTTGAGCATGCCGTAGGTGTCTTCCAGCTGCGACCAGCTCCAGGCCTGCGAGTAGTTGTCTCGCGCCGATGGCGCCCGGGGTACCTTGTTGCCGGTGGGGTAGATCACCGCACGGCCCTGGTTGATACGCTCTTTCTGGTAACCCAGGT > NC_002947/3471186‑3471477 | tcgtGGGGCGCATAGAGGAACCCGCCGCGTGCAGTGCCATTCCCGTCACTGACATAGAGCGAGGAATACTCGCCGTTCTCACGGGTATGCTTGGCCCCGGCGCCGGCATACAGCATCCAGGCGTCGTTCAGGTCGTACTCGGCGTTGAg > 6:292777/1‑149 (MQ=255) tcgtGGGGCGCATAGAGGAACCCGCCGCGTGCAGTGCCATTCCCGTCACTGACATAGAGCGAGGAATACTCGCCGTTCTCACGGGTATGCTTGGCCCCGGCGCCGGCATACAGCATCCAGGCGTCGTTCAGGTCGTACTCGGCGTTGAg > 4:115239/1‑149 (MQ=255) tGGGGCGCATAGAGGAACCCGCCGCGTGCAGTGCCATTCCCGTCACTGACATAGAGCGAGGAATACTCGCCGTTCTCACGGGTATGCTTGGCCCCGGCGCCGGCATACAGCATCCAGGCGTCGTTCAGGTCGTACTCGGCGTTGAGCAt < 8:220484/149‑1 (MQ=255) ggggCGCATAGAGGAACCCGCCGCGTGCAGTGCCATTCCCGTCACTGACATAGAGCGAGGAATACTCGCCGTTCTCACGGGTATGCTTGGCCCCGGCGCCGGCATACAGCATCCAGGCGTCGTTCAGGTCGTACTCGGCGTTGAGCATg 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cGTCACTGACATAGAGCGAGGAATACTCGCCGTTCTCACGGGTATGCTTGGCCCCGGCGCCGGCATACAGCATCCAGGCGTCGTTCAGGTCGTACTCGGCGTTGAGCATGCCGTAGGTGTCTTCCAGCTGCGACCAGCTCCAGGCCTGc < 8:135496/149‑1 (MQ=255) atGACATAGAGCTAGGAATACTCGCCGTTCTCACGGGTATGCTTGGCCCCGGCGCCGGCATACAGCATCCAGGCGTCGTTCAGGTCGTACTCGTCTTTGAGCATGCCGTAGGGGTCTTCCAGCTGCGACCAGCTCCAGGCCTGCGagta < 4:283075/148‑1 (MQ=255) tGACATAGAGCGAGGAATACTCGCCGTTCTCACGGGTATGCTTGGCCCCGGCGCCGGCATACAGCATCCAGGCGTCGTTCAGGTCGTACTCGGCGTTGAGCATGCCGTAGGTGTCTTCCAGCTGCGACCAGCTCCAGGCCTGCGagtag > 8:141034/1‑149 (MQ=255) tGACATAGAGCGAGGAATACTCGCCGTTCTCACGGGTATGCTTGGCCCCGGCGCCGGCATACAGCATCCAGGCGTCGTTCAGGTCGTACTCGGCGTTGAGCATGCCGTAGGTGTCTTCCAGCTGCGACCAGCTCCAGGCCTGCGagtag > 8:136783/1‑149 (MQ=255) aTAGAGCGAGGAATACTCGCCGTTCTCACGGGTATGCTTGGCCCCGGCGCCGGCATACAGCATCCAGGCGTCGTTCAGGTCGTACTCGGCGTTGAGCATGCCGTAGGTGTCTTCCAGCTGCGa > 5:314202/1‑123 (MQ=255) aTAGAGCGAGGAATACTCGCCGTTCTCACGGGTATGCTTGGCCCCGGCGCCGGCATACAGCATCCAGGCGTCGTTCAGGTCGTACTCGGCGTTGAGCATGCCGTAGGTGTCTTCCAGCTGCGa < 6:314202/123‑1 (MQ=255) gAGGAATACTCGCCGTTCTCACGGGTATGCTTGGCCCCGGCGCCGGCATACAGCATCCAGGCGTCGTTCAGGTCGTACTCGGCGTTGAGCATGCCGTAGGTGTCTTCCAGCTGCGACCAGCTCCAGGCCTGCGAGTAGTTGTCTCgcgc < 1:214955/149‑1 (MQ=255) aTACTCGCCGTTCTCACGGGTATGCTTGGCCCCGGCGCCGGCATACAGCATCCAGGCGTCGTTCAGGTCGTACTCGGCGTTGAGCATGCCGTAGGTGTCTTCCAGCTGCGACCAGCTCCAGGCCTGCGAGTAGTTGTCTCGCGCCGATg > 6:279706/1‑149 (MQ=255) tCGCCGTTCTCACGGGTATGCTTGGCCCCGGCGCCGGCATACAGCATCCAGGCGTCGTTCAGGTCGTACTCGGCGTTGGGCATGCCGTAGGTGTCTTCCAGCTGCGACCAGCTCCAGGCCTGCGAGTAGTTGTCTCGCGCCGATGgcgc > 2:241278/1‑149 (MQ=255) tCGCCGTTCTCACGGGTATGCTTGGCCCCGGCGCCGGCATACAGCATCCAGGCGTCGTTCAGGTCGTACTCGGCGTTGGGCATGCCGTAGGTGTCTTCCAGCTGCGACCAGCTCCAGGCCTGCGAGTAGTTGTCTCGCGCCGATGgcgc > 2:245622/1‑149 (MQ=255) tCGCCGTTCTCACGGGTATGCTTGGCCCCGGCGCCGGCATACAGCATCCAGGCGTCGTTCAGGTCGTACTCGGCGTTGAGCATGCCGTAGGTGTCTTCCAGCTGCGACCAGCTCCAGGCCTGCGAGTAGTTGTCTCGCGCCGATGgcgc > 5:263333/1‑149 (MQ=255) tCGCCGTTCTCACGGGTATGCTTGGCCCCGGCGCCGGCATACAGCATCCAGGCGTCGTTCAGGTCGTACTCGGCGTTGAGCATGCCGTAGGTGTCTTCCAGCTGCGACCAGCTCCAGGCCTGCGAGTAGTTGTCTCGCGCCGATGgcgc > 6:178868/1‑149 (MQ=255) gCCGTTCTCACGGGTATGCTTGGCCCCGGCGCCGGCATACAGCATCCAGGCGTCGTTCAGGTCGTACTCGGCGTTGAGCATGCCGTAGGTGTCTTCCAGCTGCGACCAGCTCCAGGCCTGCGAGTAGTTGTCTCGCGCCGATGGCGccc > 7:139826/1‑149 (MQ=255) aCGGGTATGCTTGGCCCCGGCGCCGGCATACAGCATCCAGGCGTCGTTCAGGTCGTACTCGGCGTTGAGCATGCCGTAGGTGTCTTCCAGCTGCGACCAGCTCCAGGCCTGCGAGTAGTTGTCTCGCGCCGATGGCGCCCGGGGTa < 7:59358/146‑1 (MQ=255) gTATGCTTGGCCCCGGCGCCGGCATACAGCATCCAGGCGTCGTTCAGGTCGTACTCGGCGTTGAGCATGCCGTAGGTGTCTTCCAGCTGCGACCAGCTCCAGGCCTGCGAGTAGTTGTCTCGCGCCGATGGCGCCCGGGGTACCttgtt > 4:102098/1‑149 (MQ=255) tATGCTTGGCCCCGGCGCCGGCATACAGCATCCAGGCGTCGTTCAGGTCGTACTCGGCGTTGAGCATGCCGTAGGTGTCTTCCAGCTGCGACCAGCTCCAGGCCTGCGAGTAGTTGTCTCGCGCCGATGGCGCCCGGGGTACCttgttg > 3:203286/1‑149 (MQ=255) cTTGGCCCCGGCGCCGGCATACAGCATCCAGGCGTCGTTCAGGTCGTACTCGGCGTTGAGCATGCCGTAGGTGTCTTCCAGCTGCGACCAGCTCCAGGCCTGCGAGTAGTTGTCTCGCGCCGATGGCGCCCGGGGTACCTTGTTGCCgg > 7:54998/1‑149 (MQ=255) cTTGGCCCCGGCGCCGGCATACAGCATCCAGGCGTCGTTCAGGTCGTACTCGGCGTTGAGCATGCCGTAGGTGTCTTCCAGCTGCGACCAGCTCCAGGCCTGCGAGTAGTTGTCTCGCGCCGATGGCGCCCGGGGTACCTTGTTGCCgg < 7:141034/149‑1 (MQ=255) cTTGGCCCCGGCGCCGGCATACAGCATCCAGGCGTCGTTCAGGTCGTACTCGGCGTTGAGCATGCCGTAGGTGTCTTCCAGCTGCGACCAGCTCCAGGCCTGCGAGTAGTTGTCTCGCGCCGATGGCGCCCGGGGTACCTTGTTGCCgg < 7:136783/149‑1 (MQ=255) ttGGCCCCGGCGCCGGCATACAGCATCCAGGCGTCGTTCAGGTCGTACTCGGCGTTGAGCATGCCGTAGGTGTCTTCCAGCTGCGACCAGCTCCAGGCCTGCGAGTAGTTGTCTCGCGCCGATGGCGCCCGGGGTAc < 2:272783/137‑1 (MQ=255) ttGGCCCCGGCGCCGGCATACAGCATCCAGGCGTCGTTCAGGTCGTACTCGGCGTTGAGCATGCCGTAGGTGTCTTCCAGCTGCGACCAGCTCCAGGCCTGCGAGTAGTTGTCTCGCGCCGATGGCGCCCGGGGTAc > 1:272783/1‑137 (MQ=255) 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gcCGGCATACAGCATCCAGGCGTCGTTCAGGTCGTACTCGGCGTTGAGCATGCCGTAGGTGTCTTCCAGCTGCGACCAGCTCCAGGCCTGCGAGTAGTTGTCTCGCGCCGATGGCGCCCGGGGTACCTTGTTGCCGGTGGGGTAGATCa < 5:178868/149‑1 (MQ=255) cAGCATCCAGGCGTCGTTCAGGTCGTACTCGGCGTTGAGCATGCCGTAGGTGTCTTCCAGCTGCGACCAGCTCCAGGCCTGCGAGTAGTTGTCTCGCGCCGATGGCGCCCGGGGTACCTTGTTGCCGGTGGGGTAGATCACCGCACgg < 4:203286/148‑1 (MQ=255) cgtcgtTCAGGTCGTACTCGGCGTTGAGCATGCCGTAGGTGTCTTCCAGCTGCGACCAGCTCCAGGCCTGCGAGTAGTTGTCTCGCGCCGATGGCGCCCGGGGTACCTTGTTGCCGGTGGGGTAGATCACCGCACGGCCCTGGTTGATa > 1:247879/1‑149 (MQ=255) aGGTCGTACTCGGCGTTGAGCATGCCGTAGGTGTCTTCCAGCTGCGACCAGCTCCAGGCCTGCGAGTAGTTGTCTCGCGCCGATGGCGCCCGGGGTACCTTGTTGCCGGTGGGGTAGATCACCGCACGGCCCTGGTTGATACGCTCtt < 8:139826/148‑1 (MQ=255) tCGTACTCGGCGTTGAGCATGCCGTAGGTGTCTTCCAGCTGCGACCAGCTCCAGGCCTGCGAGTAGtt > 4:73524/1‑68 (MQ=255) tCGTACTCGGCGTTGAGCATGCCGTAGGTGTCTTCCAGCTGCGACCAGCTCCAGGCCTGCGAGTAGtt < 3:73524/68‑1 (MQ=255) tCGTACTCGGCGTTGAGCATGCCGTAGGTGTCTTCCAGCTGCGACCAGCTCCAGGCCTGCGAGTAGTTGTCTCGCGCCGATGGCGCCCGGGGTACCTTGTTGCCGGTGGGGTAGATCACCGCACGGCCCTGGTTGATACGCTCTTTCTg < 3:280951/149‑1 (MQ=255) tCGTACTCGGCGTTGAGCATGCCGTAGGTGTCTTCCAGCTGCGACCAGCTCCAGGCCTGCGAGTAGTTGTCTCGCGCCGATGGCGCCCGGGGTACCTTGTTGCCGGTGGGGTAGATCACCGCACGGCCCTGGTTGATACGCTCTTTCTg < 8:268463/149‑1 (MQ=255) tACTCGGCGTTGAGCATGCCGTAGGTGTCGTCCAGCTGCGACCAGCTCCAGGCCTGCGAGTAGTTGTCTCGCGCCGATGGCGCCCGGGGTACCTTGTTGCCGGTGGGGTAGATCACCGCACGGCCCTGGTTGATACGCTCTTTCTGGTa < 5:292777/149‑1 (MQ=255) ggCGTTGGGCATGCCGTAGGTGTCTTCCAGCTGCGACCAGCTCCAGGCCTGCGAGTAGTTGTCTCGCGCCGATGGCGCCCGGGGTACCTTGTTGCCGGTGGGGTAGATCACCGCACGGCCCTGGTTGATACGCTCTTTCTGGTAAccc < 1:245622/148‑1 (MQ=255) ggCGTTGGGCATGCCGTAGGTGTCTTCCAGCTGCGACCAGCTCCAGGCCTGCGAGTAGTTGTCTCGCGCCGATGGCGCCCGGGGTACCTTGTTGCCGGTGGGGTAGATCACCGCACGGCCCTGGTTGATACGCTCTTTCTGGTAAccc < 1:241278/148‑1 (MQ=255) gTTGAGCATGCCGTAGGTGTCTTCCAGCTGCGACCAGCTCCAGGCCTGCGAGTAGTTGTCTCGCGCCGATGGCGCCCGGGGTACCTTGTTGCCGGTGGGGTAGATCACCGCACGGCCCTGGTTGATACGCTCTTTCTGGTAACCCAGGt < 4:94207/149‑1 (MQ=255) | TCGTGGGGCGCATAGAGGAACCCGCCGCGTGCAGTGCCATTCCCGTCACTGACATAGAGCGAGGAATACTCGCCGTTCTCACGGGTATGCTTGGCCCCGGCGCCGGCATACAGCATCCAGGCGTCGTTCAGGTCGTACTCGGCGTTGAGCATGCCGTAGGTGTCTTCCAGCTGCGACCAGCTCCAGGCCTGCGAGTAGTTGTCTCGCGCCGATGGCGCCCGGGGTACCTTGTTGCCGGTGGGGTAGATCACCGCACGGCCCTGGTTGATACGCTCTTTCTGGTAACCCAGGT > NC_002947/3471186‑3471477 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |