Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 3,511,916 | A→C | 8.0% | K195T (AAA→ACA) ‡ | PP_3108 → | rhs family protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 3,511,916 | 0 | A | C | 8.0% | 149.3 / 4.6 | 50 | K195T (AAA→ACA) ‡ | PP_3108 | rhs family protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (24/22); new base C (2/2); total (26/24) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.06e-01 |
TCATCGGCGGCGGCACCTACCGTTACCTGCCCGTGGACGATGAAGTCCCGGAGTGGCTGCGCACCACCGTGGATGTGCTGATGGCCATCGCCGGTGCCGCAGGCGGTATCGCCCAGCTGATCAAGGCGGGTACCCAGGCCGGCATGAAAGCCGTCATGCCTTGCGCCCTGAAGTTCACGGCCGGCTTCGTCGCCGGTGAGGTGGCCAGCCGTTATGTGGTCGAACCCGTGGCCCGCAAGGCTATCGGCGGCCTGGTCGGCAACCCCGTCGACCTCACGACGGGCCGCAAGCTGATC > NC_002947/3511769‑3512064 | tcatcGGCGGCGGCACCTACCGTTACCTGCCCGTGGACGATGAAGTCCCGGAGTGGCGGCGCACCACCGTGGATGTGCTGATGGCCATCGCCGGTGCCGCAGGCGGTATCGCCCAGCTGATCAAGGCGGGTACCCAGGCCGGCATGaaa < 8:127206/149‑1 (MQ=255) cACCTACCGTTACCTGCCCGTGGACGATGAAGTCCCGGAGTGGCTGCGCACCACCGTGGATGTGCTGATGGCCATCGCCGGTGCCGCAGGCGGTATCGCCCAGCTGATCAAGGCGGGTACCCAGGCCGGCATGAAAGCCGTCATGCCtt < 3:87149/149‑1 (MQ=255) cTACCGTTACCTGCCCGTGGACGATGAAGTCCCGGAGTGGCTGCGCACCACCGTGGATGTGCTGATGGCCATCGCCGGTGCCGCAGGCGGTATCGCCCAGCTGATCAAGGCGGGTA‑CCAGGCCGGCATGACGGCTTTCATGccg < 1:257542/144‑2 (MQ=255) cTACCGTTACCTGCCCGTGGACGATGAAGTCCCGGAGTGGCTGCGCACCACCGTGGATGTGCTGATGGCCATCGCCGGTGCCGCAGGCGGTATCGCCCAGCTGATCAAGGCGGGTA‑CCAGGCCGGCATGACGGCTTTCATGccg > 2:257542/1‑143 (MQ=255) aaCCGTTACCTGCCCGTGGACGATGAAGTCCCGGAGTGGCTGCGCACCACCGTGGATGTGCTGATGGCCATCGCCGGTGCCGCAGGCGGTATCGCCCAGCTGATCAAGGCGGGTACCCAGGCCGGCATGAAAGCCGTCATGCCTTgcgc < 1:282318/148‑1 (MQ=255) cGTTACCTGCCCGTGGACGATGAAGTCCCGGAGTGGCTGCGCACCACCGTGGATGTGCTGATGGCCATCGCCGGTGCCGCAGGCGGTATCGCCCAGCTGATCAAGGCGGGTACCCAGGCCGGCATGAAAGCCGTCATGCCTTGCGCCCt > 8:268323/1‑149 (MQ=255) cGTTACCTGCCCGTGGACGATGAAGTCCCGGAGTGGCTGCGCACCACCGTGGATGTGCTGATGGCCATCGCCGGTGCCGCAGGCGGTATCGCCCAGCTGATCAAGGCGGGTACCCAGGCCGGCATGAAAGCCGTCATGCCTTGCGCCCt > 4:172955/1‑149 (MQ=255) cGTTACCTGCCCGTGGACGATGAAGTCCCGGAGTGGCTGCGCACCACCGTGGATGTGCTGATGGCCATCGCCGGTGCCGCAGGCGGTATCGCCCAGCTGATCAAGGCGGGTACCCAGGCCGGCATGAAAGCCGTCATGCCTTGCGCCCt > 2:142540/1‑149 (MQ=255) gTTACCTGCCCGTGGACGATGAAGTCCCGGAGTGGCTGCGCACCACCGTGGATGTGCTGATGGCCATCGCCGGTGCCGCAGGCGGTATCGCCCAGCTGATCAAGGCGGGTACCCAGGCCGGCATGAAAGCCGTCATGCCTTGCGCCCTg < 4:308592/149‑1 (MQ=255) gACGATGAAGTCCCGGAGTGGCTGCGCACCACCGTGGATGTGCTGATGGCCATCGCCGGTGCCGCAGGCGGTATCGCCCAGCTGATCAAGGCGGGTACCCAGGCCGGCATGAAAGCCGTCATGCCTTGCGCCCTGAAGTTCAcggccgg > 3:276323/1‑149 (MQ=255) gATGAAGTCCCGGAGTGGCTGCGCACCACCGTGGATGTGCTGATGGCCATCGCCGGTGCCGCAGGCGGTATCGCCCAGCTGATCAAGGCGGGTACCCAGGCCGGCATGACGGCTTTCATGccggcc < 7:173751/126‑5 (MQ=255) gATGAAGTCCCGGAGTGGCTGCGCACCACCGTGGATGTGCTGATGGCCATCGCCGGTGCCGCAGGCGGTATCGCCCAGCTGATCAAGGCGGGTACCCAGGCCGGCATGACGGCTTTCATGccggcc > 8:173751/1‑122 (MQ=255) gATGAAGTCCCGGAGTGGCTGCGCACCACCGTGGATGTGCTGATGGCCATCGCCGGTGCCGCAGGCGGTATCGCCCAGCTGATCAAGGCGGGTACCCAGGCCGGCATGAAAGCCGTCATGCCTTGCGCCCTGAAGTTCACGGCCGGCtt > 2:276673/1‑149 (MQ=255) tGAAGTCCCGGAGTGGCTGCGCACCACCGTGGATGTGCTGATGGCCATCGCCGGTGCCGCAGGCGGTATCGCCCAGCTGATCAAGGCGGGTACCCAGGCCGGCATGaaa < 4:161757/109‑1 (MQ=255) tGAAGTCCCGGAGTGGCTGCGCACCACCGTGGATGTGCTGATGGCCATCGCCGGTGCCGCAGGCGGTATCGCCCAGCTGATCAAGGCGGGTACCCAGGCCGGCATGaaa > 3:161757/1‑109 (MQ=255) tGAAGTCCCGGAGTGGCTGCGCACCACCGTGGATGTGCTGATGGCCATCGCCGGTGCCGCAGGCGGTATCGCCCAGCTGATCAAGGCGGGTACCCAGGCCGGCATGAAAGCCGTCATGCCTTGCGCCCTGAAGTTCACGGCCGGCTtcg > 6:158613/1‑149 (MQ=255) aGTCCCGGAGTGGCTGCGCACCACCGTGGATGTGCTGATGGCCATCGCCGGTGCCGCAGGCGGTATCGCCCAGCTGATCAAGGCGGGTACCCAGGCCGGCATGAAAGCCGTCATGCCTTGCGCCCTGAAGTTCACGGCCGGCTtcgtcg > 5:119420/1‑149 (MQ=255) tCCCGGAGTGGCTGCGCACCACCGTGGATGTGCTGATGGCCATCGCCGGTGCCGCAGGCGGTATCGCCCAGCTGATCAAGGCGGGTACCCAGGCCGGCATGAAAGCCGTCATGCCTTGCGCCCTGAAGTTCACGGCCGGCTTCGTCGcc > 4:225912/1‑149 (MQ=255) ccGGAGTGGCTGCGCACCACCGTGGATGTGCTGATGGCCATCGCCGGTGCCGCAGGCGGTATCGCCCAGCTGATCAAGGCGGGTACCCAGGCCGGCATGAAAGCCGTCATGCCTTGCGCCCTGAAGTTCACGGCCGGCTTCGTCGCCg < 3:172955/148‑1 (MQ=255) cGGAGTGGCTGCGCACCACCGTGGATGTGCTGATGGCCATCGCCGGTGCCGCAGGCGGTATCGCCCAGCTGATCAAGGCGGGTACCCAGGCCGGCATGAAAGCCGTCATGCCTTGCGCCCTGAAGTTCACGGCCGGCTTCGTCGCCGGt > 8:15139/1‑149 (MQ=255) tGGCTGCGCACCACCGTGGATGTGCTGATGGCCATCGCCGGTGCCGCAGGCGGTATCGCCCAGCTGATCACGGCGGGTACCCAGGCCGGCATGAAAGCCGTCATGCCTTGCGCCCTGAAGTTCACGGCCGGCTTCGTCGCCGGTGAGGt < 7:208668/149‑1 (MQ=255) ccaccGTGGATGTGCTGATGGCCATCGCCGGTGCCGCAGGCGGTATCGCCCAGCTGATCAAGGCGGGTACCCAGGCCGGCATGAAAGCCGTCAt < 5:124182/94‑1 (MQ=255) ccaccGTGGATGTGCTGATGGCCATCGCCGGTGCCGCAGGCGGTATCGCCCAGCTGATCAAGGCGGGTACCCAGGCCGGCATGAAAGCCGTCATGCCTTGCGCCCTGAAGTTCACGGCCGGCTTCGTCGc > 4:146493/1‑130 (MQ=255) ccaccGTGGATGTGCTGATGGCCATCGCCGGTGCCGCAGGCGGTATCGCCCAGCTGATCAAGGCGGGTACCCAGGCCGGCATGAAAGCCGTCATGCCTTGCGCCCTGAAGTTCACGGCCGGCTTCGTCGc < 3:146493/130‑1 (MQ=255) ccaccGTGGATGTGCTGATGGCCATCGCCGGTGACGCAGGCGGTATCGCCCAGCTGATCAAGGCGGGTACCCAGGCCGGCATGAAAGCCGTCAt > 6:124182/1‑94 (MQ=255) caccGTGGATGTGCTGATGGCCATCGCCGGTGCCGCAGGCGGTATCGCCCAGCTGATCAAGGCGGGTACCCAGGCCGGCATGAAAGCCGTCATGCCTTGCGCCCTGAAGTTCACGGCCGGCTTCGTCGCCGGTGAGGTGGCCAGCCGt > 4:193457/1‑148 (MQ=255) cGTGGATGTGCTGATGGCCATCGCCGGTGCCGCAGGCGGTATCGCCCAGCTGATCAAGGCGGGTACCCAGGCCGGCATGAAAGCCGTCATGCCTTGCGCCCTGAAGTTCACGGCCGGCTTCGTCGCCGGTGAGGTGGCCAGCCGTTAtg < 3:193457/149‑1 (MQ=255) cGTGGATGTGCTGATGGCCATCGCCGGTGCCGCAGGCGGTATCGCCCAGCTGATCAAGGCGGGTACCCAGGCCGGCATGAAAGCCGTCATGCCTTGCGCCCTGAAGTTCACGGCCGGCTTCGTCGCCGGTGAGGTGGCCAGCCGTTAtg < 7:268323/149‑1 (MQ=255) cGTGGATGTGCTGATGGCCATCGCCGGTGCCGCAGGCGGTATCGCCCAGCTGATCAAGGCGGGTACCCAGGCCGGCATGAAAGCCGTCATGCCTTGCGCCCTGAAGTTCACGGCCGGCTTCGTCGCCGGTGAGGTGGCCAGCCGTTAtg < 1:142540/149‑1 (MQ=255) gTGGATGTGCTGATGGCCATCGCCGGTGCCGCAGGCGGTATCGCCCAGCTGATCAAGGCGGGTACCCAGGCCGGCATGAAAGCCGTCATGCCTTGCGCCCTGAAGTTCACGGCCGGCTTCGTCGCCGGTGAGGTGGCCAGCCGTTAtgt < 4:276323/149‑1 (MQ=255) gATGTGCTGATGGCCATCGCCGGTGCCGCAGGCGGTATCGCCCAGCTGATCAAGGCGGGTACCCAGGCCGGCATGAAAGCCGTCATGCCTTGCGCCCTGAAGTTCACGGCCGGCTTCGTCGCCGGTGAGGTGGCCa > 2:186147/1‑136 (MQ=255) gATGTGCTGATGGCCATCGCCGGTGCCGCAGGCGGTATCGCCCAGCTGATCAAGGCGGGTACCCAGGCCGGCATGAAAGCCGTCATGCCTTGCGCCCTGAAGTTCACCGCCGGCTTCGTCGCCGGTGAGGTGGCCa < 1:186147/136‑1 (MQ=255) cTGATGGCCATCGCCGGTGCCGCAGGCGGTATCGCCCAGCTGATCAAGGCGGGTACCCAGGCCGGCATGAAAGCCGTCATGCCTTGCGCCCTGAAGTTCACGGCCGGCTTCGTCGCCGGTGAGGTGGCCAGCCGTTATGTGGTCGAAcc > 6:229760/1‑149 (MQ=255) cTGATGGCCATCGCCGGTGCCGCAGGCGGTATCGCCCAGCTGATCAAGGCGGGTACCCAGGCCGGCATGAAAGCCGTCATGCCTTGCGCCCTGAAGTTCACGGCCGGCTTCGTCGCCGGTGAGGTGGCCAGCCGTTATGTGGTCGAAc < 5:158613/148‑1 (MQ=255) cTGATGGCCATCGCCGGTGCCGCAGGCGGTATCGCCCAGCTGATCAAGGCGGGTACCCAGGCCGGCATGAAAGCCGTCATGCCTTGCGCCCTGAAGTTCACGGCCGGCTTCGTCGCCGGTGAGGTGGCCAGCCGTTATGTGGTCGAAc < 6:28046/148‑1 (MQ=255) tGATGGCCATCGCCGGTGCCGCAGGCGGTATCGCCCAGCTGATCAAGGCGGGTACCCAGGCCGGCATGAAAGCCGTCATGCCTTGCGCCCTGAAGTTCACGGCCGGCTTCGTCGCCGGTGAGGTGGCCAGCCGTTATGTGGTCGAAccc > 8:108738/1‑149 (MQ=255) aTGGCCATCGCCGGTGCCGCAGGCGGTATCGCCCAGCTGATCAAGGCGGGTACCCAGGCCGGCATGAAAGCCGTCATGCCTTGCGCCCTGAAGTTCACGGCCGGCTTCGTCGCCGGTGAGGTGGCCAGCCGTTATGTGGTCGAACCCGt < 5:157317/149‑1 (MQ=255) ccGGTGCCGCAGGCGGTATCGCCCAGCTGATCAAGGCGGGTACCCAGGCCGGCATGAAAGCCGTCATGCCTTGCGCCCTGAAGTTCACGGCCGGCTTCGTCGCCGGTGAGGTGGCCAGCCGTTATGTGGTCGAACCCGTGGCCCGCAAg < 1:276673/149‑1 (MQ=255) gTGCCGCAGGCGGTATCGCCCAGCTGATCAAGGCGGGTACCCAGGCCGGCATGAAAGCCGTCATGCCTTGCGCCCTGAAGTTCACGGCCGGCTTCGTCGCCGGTGa > 7:202167/1‑106 (MQ=255) gCAGGCGGTATCGCCCAGCTGATCAAGGCGGGTACCCAGGCCGGCATGAAAGCCGTCATGCCTTGCGCCCTGAAGTTCACGGCCGGCTTCGTCGCCGGTGAGGTGGCCAGCCGTTATGTGGTCGAACCCGTGGCCCGCAAGGCTATcgg > 3:169788/1‑149 (MQ=255) aTCGCCCAGCTGATCAAGGCGGGTACCCAGGCCGGCATGAAAGCCGTCATGCCTTGCGCCCTGAAGTTCACGGCCGGCTTCGTCGCCGGTGAGGTGGCCAGCCGTTATGTGGt > 4:302635/1‑113 (MQ=255) aTCGCCCAGCTGATCAAGGCGGGTACCCAGGCCGGCATGAAAGCCGTCATGCCTTGCGCCCTGAAGTTCACGGCCGGCTTCGTCGCCGGTGAGGTGGCCAGCCGTTATGTGGt < 3:302635/113‑1 (MQ=255) tCGCCCAGCTGATCAAGGCGGGTACCCAGGCCGGCATGAAAGCCGTCATGCCTTGCGCCCTGAAGTTCACGGCCGGCTTCGTCGCCGGTGAGGTGGCCAGCCGTTATGTGGTCGAACCCGTGGCCCGCAAGGCTATCGGCGGCCTGGTc < 5:184306/149‑1 (MQ=255) aGCTGATCAAGGCGGGTACCCAGGCCGGCATGAAAGCCGTCATGCCTTGCGCCCTGAAGTTCACGGCCGGCTTCGTCGCCGGTGAGGTGGCCAGCCGTTATGTGGTCGAACCCGTGGCCCGCAAGGCTATCGGCGGCCTGGTCGGCAAc < 7:108738/149‑1 (MQ=255) aTCAAGGCGGGTACCCAGGCCGGCATGAAAGCCGTCATGCCTTGCGCCCTGAAGTTCACGGCCGGCTTCGTCGCCGGTGAGGTGGCCAGCCGTTATGTGGTCGAACCCGTGGCCCGCAAGGCTATCGGCGGCCTGGTCGGCAACCCCGt > 1:241876/1‑149 (MQ=255) tCAAGGCGGGTACCCAGGCCGGCATGAAAGCCGTCATGCCTTGCGCCCTGAAGTTCACGGCCGGCTTCGTCGCCGGTGAGGTGGCCAGCCGTTATGTGGTCGAACCCGTGGCCCGCAAGGCTATCGGCGGCCTGGTCGGCAACCCCGTc > 2:315932/1‑149 (MQ=255) aGGCGGGTACCCAGGCCGGCATGAAAGCCGTCATGCCTTGCGCCCTGAAGTTCACGGCCGGCTTCGTCGCCGGTGAGGTGGCCAGCCGTTATGTGGTCGAACCCGTGGCCCGCAAGGCTATCGGCGGCCTGGTCGGCAACCCCGTCGAc < 7:15139/149‑1 (MQ=255) gTACCCAGGCCGGCATGAAAGCCGTCATGCCTTGCGCCCTGAAGTTCACGGCCGGCTTCGTCGCCGGTGAGGTGGCCAGCCGTTATGTGGTCGAACCCGTGGCCCGCAAGGCTATCGGCGGCCTGGTCGGCAACCCCGTCGACCTCacg > 7:298447/1‑149 (MQ=255) aGGCCGGCATGAAAGCCGTCATGCCTTGCGCCCTGAAGTTCACGGCCGGCTTCGTCGCCGGTGAGGTGGCCAGCCGTTATGTGGTCGAACCCGTGGCCCGCAAGGCTATCGGCGGCCTGGTCGGCAACCCCGTCGACCTCACGACGGGc > 8:7615/1‑149 (MQ=255) ggCATGAAAGCCGTCATGCCTTGCGCCCTGAAGTTCACGGCCGGCTTCGTCGCCGGTGAGGTGGCCAGCCGTTATGTGGTCGAACCCGTGGCCCGCAAGGCTATCGGCGGCCTGGTCGGCAACCCCGTCGACCTCACGACGGGCCGCaa < 8:298447/149‑1 (MQ=255) gCATGAAAGCCGTCATGCCTTGCGCCCTGAAGTTCACGGCCGGCTTCGTCGCCGGTGAGGTGGCCAGCCGTTATGTGGTCGAACCCGTGGCCCGCAAGGCTATCGGCGGCCTGGTCGGCAACCCCGTCGACCTCACGACgg > 6:85199/1‑141 (MQ=255) gCATGAAAGCCGTCATGCCTTGCGCCCTGAAGTTCACGGCCGGCTTCGTCGCCGGTGAGGTGGCCAGCCGTTATGTGGTCGAACCCGTGGCCCGCAAGGCTATCGGCGGCCTGGTCGGCAACCCCGTCGACCTCACGACgg < 5:85199/141‑1 (MQ=255) tGAAAGCCGTCATGCCTTGCGCCCTGAAGTTCACGGCCGGCTTCGTCGCCGGTGAGGTGGCCAGCCGTTATGTGGTCGAACCCGTGGCCCGCAAGGCTATCGGCGGCCTGGTCGGCAACCCCGTCGACCTCACGACGGGCCGCAAGCt > 3:247091/1‑148 (MQ=255) aaGCCGTCATGCCTTGCGCCCTGAAGTTCACGGCCGGCTTCGTCGCCGGTGAGGTGGCCAGCCGTTATGTGGTCGAACCCGTGGCCCGCAAGGCTATCGGCGGCCTGGTCGGCAACCCCGTCGACCTCACGACGGGCCGCAAGCTGATc > 6:46244/1‑149 (MQ=255) aaGCCGTCATGCCTTGCGCCCTGAAGTTCACGGCCGGCTTCGTCGCCGGTGAGGTGGCCAGCCGTTATGTGGTCGAACCCGTGGCCCGCAAGGCTATCGGCGGCCTGGTCGGCAACCCCGTCGACCTCACGACGGGCCGCAAGCTGATc < 1:315932/149‑1 (MQ=255) | TCATCGGCGGCGGCACCTACCGTTACCTGCCCGTGGACGATGAAGTCCCGGAGTGGCTGCGCACCACCGTGGATGTGCTGATGGCCATCGCCGGTGCCGCAGGCGGTATCGCCCAGCTGATCAAGGCGGGTACCCAGGCCGGCATGAAAGCCGTCATGCCTTGCGCCCTGAAGTTCACGGCCGGCTTCGTCGCCGGTGAGGTGGCCAGCCGTTATGTGGTCGAACCCGTGGCCCGCAAGGCTATCGGCGGCCTGGTCGGCAACCCCGTCGACCTCACGACGGGCCGCAAGCTGATC > NC_002947/3511769‑3512064 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |