Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 3,535,669 | T→C | 10.5% | W268R (TGG→CGG) | PP_3124 → | short chain fatty acid transporter |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 3,535,669 | 0 | T | C | 10.5% | 96.4 / 2.9 | 38 | W268R (TGG→CGG) | PP_3124 | short chain fatty acid transporter |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (15/19); new base C (2/2); total (17/21) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.46e-01 |
CGGGCCCGAACAGCGCCCGTAGCGCAGAAGACTGCGGTGTCGACCCCAGCTTCACAGCGCCACCCGCGCCGCAACGCACGCGCCCGGGAGAGTGGCTGGAACACAGCCCGATCCTTATCCTGCTGTTGGTGGCCTTGGCTGCTGGCTGGCTGTATCAGGAGTTTGCGACGAAACCTGCGATTACCGCCATCTCGGGGCTCAACACCTACAACCTGTTGTTCATCATGCTCGGTGCTTTGCTGCACTGGCGCCCACGCAGCTTCCTTGACGCGGTGGCGCGTGCGGTACCGAC > NC_002947/3535523‑3535814 | cGGGCCCGAACAGCGCCCGTAGCGCAGAAGACTGCGGTGTCGACCCCAGCTTCACAGCGCCACCCGCGCCGCAACGCACGCGCCCGGGAGAGTGGCTGGAACACAGCCCGATCCTTATCCTGCTGTTGGTGGCCTTGGCTgctggctgg < 1:219191/149‑1 (MQ=255) ggCCCGAACAGCGCCCGTAGCGCAGAAGACTGCGGTGTCGACCCCAGCTTCACAGCGCCACCCGCGCCGCAACGCACGCGCCCGGGAGAGTGGCTGGAACACAGCCCGATCCTTATCCTGCTGTTGGTGGCCTTGGCTgctggctggct < 7:72933/149‑1 (MQ=255) gCCCGAACAGCGCCCGTAGCGCAGAAGACTGCGGTGTCGACCCCAGCTTCACAGCGCCACCCGCGCCGCAACGCACGCGCCCGGGAGAGTGGCTGGAACACAGCCCGATCCTTATCCTGCTGTTGGTGGCCTTGGCTgctggctggctg < 5:237315/149‑1 (MQ=255) aaCAGCGCCCGTAGCGCAGAAGACTGCGGTGTCGACCCCAGCTTCACAGCGCCACCCGCGCCGCAACGCACGCGCCCGGGAGAGTGGCTGGAACACAGCCCGATCCTTATCCTGCTGTTGGTGGCCTTGGCTGCTGGCTGGCTGTATCa < 8:57549/149‑1 (MQ=255) cccGTAGCGCAGAAGACTGCGGTGTCGACCCCAGCTTCACAGCGCCACCCGCGCCGCAACGCACGCGCCCGGGAGAGTGGCTGGAACACAGCCCGATCCTTATCCTGCTGTTGGTGGCCTTGGCTGCTGGCTGGCTGTATCAGGAGttt < 8:259139/149‑1 (MQ=255) tatcgcAGAAGACTGCGGTGTCGACCCCAGCTTCACAGCGCCACCCGCGCCGCAACGCACGCGCCCGGGAGAGTGGCTGGAACACAGCCCGATCCTTATCCTGCTGTTGGTGGCCTTGGCTGCTGGCTGGCTGTATCAGGAGTTTGcga < 4:140312/146‑1 (MQ=255) gcAGAAGACTGCGGTGTCGACCCCAGCTTCACAGCGCCACCCGCGCCGCAACGCACGCGCCCGGGAGAGTGGCTGGAACACAGCCCGATCCTTATCCTGCTGTTCGTGGCCTTGGCTGCTGGCTGGCTGTATCAGGAGTTTGcgacga > 5:184369/1‑148 (MQ=255) gtgtCGACCCCAGCTTCACAGCGCCACCCGCGCCGCAACGCACGCGCCCGGGAGAGTGGCTGGAACACAGCCCGATCCTTATCCTGCTGTTGGTGGCCTTGGCTGCTGGCTGGCTGTATCAGGAGTTTGCGACGAAACCTGCGATTAcc < 6:247907/149‑1 (MQ=255) gACCCCAGCTTCACAGCGCCACCCGCGCCGCAACGCACGCGCCCGGGAGAGTGGCTGGAACACAGCCCGATCCTTATCCTGCTGTT‑GTGGCCTTGGCTGCTGGCTGGCTGTATCAGGAGTTTGCGACGAAACCTGCGATTACCGCCAt < 2:207064/148‑1 (MQ=255) ccAGCTTCACAGCGCCACCCGCGCCGCAACGCACGCGCCCGGGAGAGTGGCTGGAACACAGCCCGATCCTTATCCTGCTGTTGGTGGCCTTGGCTGCTGGCTGGCTGTATCAGGAGTTTGCGACGAAACCTGCGATTACCGCCATCTCg > 3:147238/1‑149 (MQ=255) ccAGCTTCACAGCGCCACCCGCGCCGCAACGCACGCGCCCGGGAGAGTGGCTGGAACACAGCCCGATCCTTATCCTGCTGTTGGTGGCCTTGGCTGCTGGCTGGCTGTATCAGGAGTTTGCGACGAAACCTGCGATTACCGCCATCTCg < 3:257630/149‑1 (MQ=255) ccAGCTTCACAGCGCCACCCGCGCCGCAACGCACGCGCCCGGGAGAGTGGCTGGAACACAGCCCGATCCTTATCCTGCTGTTGGTGACCTTGGCTGCTGGCTGGCTGTATCAGGAGTTTGCGACGAAACCTGCGATTACCGCCATCTCg > 5:256717/1‑149 (MQ=255) cAGCTTCACAGCGCCACCCGCGCCGCAACGCACGCGCCCGGGAGAGTGGCTGGAACACAGCCCGATCCTTATCCTGCTGTTGGTGGCCTTGGCTGCTGGCTGGCTGTATCAGGAGTTTGCGACGAAACCTGCGATTACCGCCATCTCgg < 4:150107/149‑1 (MQ=255) aGCTTCACAGCGCCACCCGCGCCGCAACGCACGCGCCCGGGAGAGTGGCTGGAACACAGCCCGATCCTTATCCTGCTGTTGGTGGCCTTGGCTGCTGGCTGGCTGTATCAGGAGTTTGCGACGAAACCTGCGATTACCGCCATCTCggg < 7:13245/149‑1 (MQ=255) acaGCGCCACCCGCGCCGCAACGCACGCGCCCGGGAGAGTGGCTGGAACACAGCCCGATCCTTATCCTGCTGTTGGTGGCCTTGGCTGCTGGCTGGCTGTATCAGGAGTTTGCGACGAAACCTGCGATTACCGCCATCTCGGGGCTCaa < 1:296202/149‑1 (MQ=255) aCCCGCGCCGCAACGCACGCGCCCGGGAGAGTGGCTGGAACACAGCCCGATCCTTATCCTGCTGTTGGTGGCCTTGGCTGCTGGCTGGCTGTATCAGGAGTTTGCGACGAAACCTGCGATTACCGCCATCTCGGGGCTCAACACCTAc > 4:102931/1‑148 (MQ=255) cgcgCCGCAACGCACGCGCCCGGGAGAGTGGCTGGAACACAGCCCGATCCTTATCCTGCTGTTGGTGGCCTTGGCTGCTGGCTGGCTGTATCAGGAGTTTGCGACGAAACCTGCGATTACCGCCATCTCGGGGCTCAACACCTACAAcc > 3:244703/1‑149 (MQ=255) gcAACGCACGCGCCCGGGAGAGTGGCTGGAACACAGCCCGATCCTTATCCAACTGTTGGTGGCCTTGGCTGCTGGCTGGCTGTATCAGGAGTTTGCGACGAAACCTGCGATTACCGCCATCTCGGGGCTCAACACCTACAACCtgttgt > 1:247081/1‑149 (MQ=255) cgcacgcGCCCGGGAGAGTGGCTGGAACACAGCCCGATCCTTATCCTGCTGTTGGTGGCCTTGGCTGCTGGCCGGCTGTATCAGGAGTTTGCGACGAAACCTGCGATTACCGCCATCTCGGGGCTCAACACCTACAACCTGTTGTtcat > 8:58920/1‑149 (MQ=255) cgcacgcGCCCGGGAGAGTGGCTGGAACACAGCCCGATCCTTATCCTGCTGTTGGTGGCCTTGGCTGCTGGCCGGCTGTATCAGGAGTTTGCGACGAAACCTGCGATTACCGCCATCTCGGGGCTCAACACCTACAACCTGTTGTtca > 8:54543/1‑148 (MQ=255) gcacgcGCCCGGGAGAGTGGCTGGAACACAGCCCGATCCTTATCCTGCTGTTGGTGACCTTGGCTGCTGGCTGGCTGTATCAGGAGTTTGCGACGAAACCTGCGATTACCGCCATCTCGGGGCTCAACACCTACAACCTGTTGTtcatc < 6:256717/149‑1 (MQ=255) ggAGAGTGGCTGGAACACAGCCCGATCCTTATCCTGCTGTTGGTGGCCTTGGCTGCTGGCTGGCTGTATCAGGAGTTTGCGACGAAACCTGCGATTACCGCCATCTCGGGGCTCAACACCTACAACCTGTTGTTCATCATGCTCGGTGc < 6:127470/149‑1 (MQ=255) gagaGTGGCTGGAACACAGCCCGATCCTTATCCTGCTGTTGGTGGCCTTGGCTGCTGGCTGGCTGTATCAGGAGTTTGCGACGAAACCTGCGATTACCGCCATCTCGGGGCTCAACACCTACAACCtgtt < 4:43406/130‑1 (MQ=255) gagaGTGGCTGGAACACAGCCCGATCCTTATCCTGCTGTTGGTGGCCTTGGCTGCTGGCTGGCTGTATCAGGAGTTTGCGACGAAACCTGCGATTACCGCCATCTCGGGGCTCAACACCTACAACCtgtt > 3:43406/1‑130 (MQ=255) tGGAACACAGACCGATCCTTATCCTGCTGTTGGTGGCCTTGGCTGCTGGCTGGCTGTATCAGGAGTTTGCGACGAAACCTGCGATTACCGGCATCTCGGGGCTCAACACCTACAACCTGTTGTTCATCATGCTCGGTGCTTTGCTGCAc > 6:241254/1‑149 (MQ=255) ggAACACAGCCCGATCCTTATCCTGCTGTTGGTGGCCTTGGCTGCTGGCTGGCTGTATCAGGAGTTTGCGACGAAACCTGCGATTACCGCCATCTCggg < 3:246340/99‑1 (MQ=255) ggAACACAGCCCGATCCTTATCCTGCTGTTGGTGGCCTTGGCTGCTGGCTGGCTGTATCAGGAGTTTGCGACGAAACCTGCGATTACCGCCATCTCggg > 4:246340/1‑99 (MQ=255) gATCCTTATCCTGCTGTTGGTGGCCTTGGCTGCTGGCTGGCTGTATCAGGAGTTTGCGACGAAACCTGCGATTACCGCCATCTCGGGGCTCAACACCTACAACCTGTTGTTCATCATGCTCGGTGCTTTGCTGCACTGGCGCCCACGCa < 3:102931/149‑1 (MQ=255) gATCCTTATCCTGCTGTTGGTGGCCTTGGCTGCTGGCTGGCTGTATCAGGAGTTTGCGACGAAACCTGCGATTACCGCCATCTCGGGGCTCAACACCTACAACCTGTTGTTCATCATGCTCGGTGCTTTGCTGCACTGGCGCACACg > 1:136604/1‑147 (MQ=255) ttATCCTGCTGTTGGTGGCCTTGGCTGCTGGCTGGCTGTATCAGGAGTTTGCGACGAAACCTGCGATTACCGCCATCTCgg > 6:122282/1‑81 (MQ=255) ttATCCTGCTGTTGGTGGCCTTGGCTGCTGGCTGGCTGTATCAGGAGTTTGCGACGAAACCTGCGATTACCGCCATCTCgg < 5:122282/81‑1 (MQ=255) gctgTTGGTGGCCTTGGCTGCTGGCTGGCTGTATCAGGAGTTTGCGACGAAACCTGCGATTACCGCCATCTCGGGGCTCAACACCTACAACCTGTTGTTCATCATGCTCGGTGCTTTGCTGCACTGGCGCCCACGCAGCTTCCTTGAcg > 2:164349/1‑149 (MQ=255) gtggCCTTGGCTGCTGGCCGGCTGTATCAGGAGTTTGCGACGAAACCTGCGATTACCGCCATCTCGGGGCTCAACACCTACAACCTGTTGTTCATCATGCTCGGTGCTTTGCTGCACTGGCGCCCACGCAGCTTCCTTGACGCGGTGgc < 7:54543/149‑1 (MQ=255) gtggCCTTGGCTGCTGGCCGGCTGTATCAGGAGTTTGCGACGAAACCTGCGATTACCGCCATCTCGGGGCTCAACACCTACAACCTGTTGTTCATCATGCTCGGTGCTTTGCTGCACTGGCGCCCACGCAGCTTCCTTGACGCGGTGgc < 7:58920/149‑1 (MQ=255) ggCCTTGGCTGCTGGCTGGCTGTATCAGGAGTTTGCGACGAAACCTGCGATTACCGCCATCTCGGGGCTCAACACCTACAACCTGTTGTTCATCATGCTCGGTGCTTTGCTGCACTGGCGcc > 6:257667/1‑122 (MQ=255) ggCCTTGGCTGCTGGCTGGCTGTATCAGGAGTTTGCGACGAAACCTGCGATTACCGCCATCTCGGGGCTCAACACCTACAACCTGTTGTTCATCATGCTCGGTGCTTTGCTGCACTGGCGcc < 5:257667/122‑1 (MQ=255) cTTGGCTGCTGGCTGGCTGTATCAGGAGTTTGCGACGAAACCTGCGATTACCGCCATCTCGGGGCTCAACACCTACAACCTGTTGTTCATCATGCTCGGTGCTTTGCTGCACTGGCGCCCACGCAGCTTCCTTGACGCGGTGGCGCGTg > 8:281594/1‑149 (MQ=255) gtctgctgGCTGGCTGTATCATGAGTCTGCGACGAAACCTCCGATTACCGCCACCCCGGGGCTCAACACCTACAACCGGGTGTTCATCATGCTCGGTGCTTTGCGGCACTGGCGCCCACGCAGCTTCCTTGACGCGGGGGCGCGTGc < 6:184369/145‑1 (MQ=255) ggCTGCTGGCTGGCTGTATCAGGAGTTTGCGACGAAACCTGCGATTACCGCCATCTCGGGGCTCAACACCTACAACCtgtt > 6:302835/1‑81 (MQ=255) ggCTGCTGGCTGGCTGTATCAGGAGTTTGCGACGAAACCTGCGATTACCGCCATCTCGGGGCTCAACACCTACAACCtgtt < 5:302835/81‑1 (MQ=255) ggCTGCTGGCTGGCTGTATCAGGAGTTTGCGACGAAACCTGCGATTACCGCCATCTCGGGGCTCAACACCTACAACCTGTTGTTCATCATGCTCGGTGCTTTGCTGCACTGGCGCCCACGCAGCTTCCTTGACGCGGTGGCGCGTGc < 4:244703/147‑1 (MQ=255) gctggctgTATCAGGAGTTTGCGACGAAACCTGCGATTACCGCCATCTCGGGGCTCAACACCTACAACCTGTTGTTCATCATGCTCGGTGCTTTGCTGCACTGGCGCCCACGCAGCTTCCTTGACGCGGTGGCGCGTGCGGTACCGac > 2:206095/1‑148 (MQ=255) | CGGGCCCGAACAGCGCCCGTAGCGCAGAAGACTGCGGTGTCGACCCCAGCTTCACAGCGCCACCCGCGCCGCAACGCACGCGCCCGGGAGAGTGGCTGGAACACAGCCCGATCCTTATCCTGCTGTTGGTGGCCTTGGCTGCTGGCTGGCTGTATCAGGAGTTTGCGACGAAACCTGCGATTACCGCCATCTCGGGGCTCAACACCTACAACCTGTTGTTCATCATGCTCGGTGCTTTGCTGCACTGGCGCCCACGCAGCTTCCTTGACGCGGTGGCGCGTGCGGTACCGAC > NC_002947/3535523‑3535814 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |