| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 3,694,030 | C→A | 10.0% | R713L (CGA→CTA) ‡ | ligD ← | DNA ligase D |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 3,694,030 | 0 | C | A | 10.0% | 188.0 / 8.7 | 60 | R713L (CGA→CTA) ‡ | ligD | DNA ligase D |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (26/28); new base A (3/3); total (29/31) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.85e-01 | |||||||||||
AGCGCCCTTGCCGTTGCGCAGGTAGTCGATGAAAATGCGTCCCACGCGATTTTTCGGCCCCGACACCGCGCTCAGGCGCTCCGGAAACAGCTTGGCCAGGTAATTGACGATGGCGTGGCTGAAGTCCTTGACCTCGTCCCACCCGGCTCGCCGGGTCAAGGGCACAACCACGTGAATACCCTTGCCACCACTGGTTTTCAGGAACACCTTCAGGCCCAGTTCGTCCAGCAGGGTGAGGGTCAGTTGGGTCGCCTCCACCATGGCCTTCCAGGGCAGCGCAGGGTCAGGGTCCAGG > NC_002947/3693882‑3694176 | aGCGCCCTTGCCGTTGCGCAGGTAGTCGATGAAAATGCGTCCCACGCGATTTTTCGGCCCCGACACCGCGCTCAGGCGCTCCGGAAACAGCTTGGCCAGGTAATTGACGATGGCGTGGCTGAAGTCCTTGACCTCGTCCCACCCGGCTc > 3:263137/1‑149 (MQ=255)aGCGCCCTTGCCGTTGCGCAGGTAGTCGATGAAAATGCGTCCCACGCGATTTTTCGGCCCCGACACCGCGCTCAGGCGCTCCGGAAACAGCTTGGCCAGGTAATTGACGATGGCGTGGCTGAAGTCCTTGACCTCGTCCCACCCGGCTc > 7:292413/1‑149 (MQ=255)aGCGCCCTTGCCGTTGCGCAGGTAGTCGATGAAAATGCGTCCCACGCGATTTTTCGGCCCCGACACCGCGCTCAGGCGCTCCGGAAACAGCTTGGCCAGGTAATTGACGATGGCGTGGCTGAAGTCCTTGACCTCGTCCCACCCGGCTc > 8:135166/1‑149 (MQ=255) gcgcCCTTGCCGTTGCGCAGGTAGTCGATGAAAATGCGTCCCACGCGATTTTTCGGCCCCGACACCGCGCTCAGGCGCTCCGGAAACAGCTTGGCCAGGTAATTGACGATGGCGTGGCTGAAGTCCTTGACCTCGTCCCACCCGGCTc < 8:219653/148‑1 (MQ=255) cTTGCCGTTGCGCAGGTAGTCGATGAAAATGCGTCCCACGCGATTTTTCGGCCCCGACACCGCGCTCAGGCGCTCCGGAAACAGCTTGGCCAGGTAATTGACGATGGCGTGGCTGAAGTCCTTGACCTCGTCCCACCCGGCTCGCCggg > 2:31128/1‑149 (MQ=255) cTTGCCGTTGCGCAGGTAGTCGATGAAAATGCGTCCCACGCGATTTTTCGGCCCCGACACCGCGCTCAGGCGCTCCGGAAACAGCTTGGCCAGGTAATTGACGATGGCGTGGCTGAAGTCCTTGACCTCGTCCCACCCGGCTCGCCggg < 8:280733/149‑1 (MQ=255) ttGCCGTTGCGCAGGTAGTCGATGAAAATGCGTCCCACGCGATTTTTCGGCCCCGACACCGCGCTCAGGCGCTCCGGAAACAGCTTGGCCAGGTAATTGACGATGGCGTGGCTGAAGTCCTTGACCTCGTCCCACCCGGCTCGCCGGGt > 2:154690/1‑149 (MQ=255) gCCGTTGCGCAGGTAGTCGATGAAAATGCGTCCCACGCGATTTTTCGGCCCCGGCACCGCGCTCAGGCGCTCCGGAAACAGCTTGGCCAGGTAATTGACGATGGCGTGGCTGAAGTCCTTGACCTCGTCCCACCCGGCTCGCCGGGTc < 8:36641/148‑1 (MQ=255) gCCGTTGCGCAGGTAGTCGATGAAAATGCGTCCCACGCGATTTTTCGGCCCCGACACCGCGCTCAGGCGCTCCGGAAACAGCTTGGCCAGGTAATTGACGATGGCGTGGCTGAAGTCCTTGACCTCGTCCCACCCGGCTCGCCGGGt < 8:292413/147‑1 (MQ=255) gCCGTTGCGCAGGTAGTCGATGAAAATGCGTCCCACGCGATTTTTCGGCCCCGACACCGCGCTCAGGCGCTCCGGAAACAGCTTGGCCAGGTAATTGACGATGGCGTGGCTGAAGTCCTTGACCTCGTCCCACCCGGCGAGCCGGGtg < 4:149082/148‑2 (MQ=255) cGTTGCGCAGGTAGTCGATGAAAATGCGTCCCACGCGATTTTTCGGCCCCGACACCGCGCTCAGGCGCTCCGGAAACAGCTTGGCCAGGTAATTGACGATGGCGTGGCTGAAGTCCTTGACCTCGTCCCACCCGGCTCGCCGGGTCAAg > 4:286232/1‑149 (MQ=255) gTTGCGCAGGTAGTCGATGAAAATGCGTCCCACGCGATTTTTCGGCCCCGACACCGCGCTCAGGCGCTCCGGAAACAGCTTGGCCAGGTAATTGACGATGGCGTGGCTGAAGTCCTTGACCTCGTCCCACCCGGCTCGCCGGGTCAAgg < 3:286232/149‑1 (MQ=255) gTATTCGATGAAAATGTGTCCGATGCGATTTTTCGGCGCCGACACCGCGCTCAGGCGCTCCGGAATCAGCTTGGCCTGGTAATTGACGATGGCGTGGCTGAAGTCCTTGACCTCGTCCCACCCGGCTCGCCgg < 7:57924/133‑1 (MQ=255) tAGTCGATGAAAATGCGTCCCACGCGATTTTTCGGCCCCGACACCGCGCTCAGGCGCTCCGGAAACAGCTTGGCCAGGTAATTGACGATGGCGTGGCTGAAGTCCTTGACCTCGTCCCACCCGGCTCGCCGGGTCAAGGGCACAACCAc < 3:281277/149‑1 (MQ=255) 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7:135166/148‑1 (MQ=255) gTCCCACGCGATTTTTCGGCCCCGACACCGCGCTCAGGCGCTCCGGAAACAGCTTGGCCAGGTAATTGACGATGGCGTGGCTGAAGTCCTTGACCTCGTCCCACCCGGCTCGCCGGGTCAAGGGCACAACCACGTGAATACCCTTGcca > 6:111558/1‑149 (MQ=255) cccACGCGATTTTTCGGCCCCGACACCGCGCTCAGGCGCTCCGGAAACAGCTTGGCCAGGTAATTGACGATGGCGTGGCTGAAGTCCTTGACCTCGTCCCACCCGGCTCGCCGGGTCAAGGGCACAACCACGTGAATa > 1:214525/1‑138 (MQ=255) cccACGCGATTTTTCGGCCCCGACACCGCGCTCAGGCGCTCCGGAAACAGCTTGGCCAGGTAATTGACGATGGCGTGGCTGAAGTCCTTGACCTCGTCCCACCCGGCTCGCCGGGTCAAGGGCACAACCACGTGAATa < 2:214525/138‑1 (MQ=255) cACGCGATTTTTCGGCCCCGACACCGCGCTCAGGCGCTCCGGAAACAGCTTGGCCAGGTAATTGACGATGGCGTGGCTGAAGTCCTTGACCTCGTCCCACCCGGCTCGCCGGGTCAAGGGCACAACCACGTGAATACCCTTGCcaccac > 4:272132/1‑149 (MQ=255) cgcgATTTTTCGGCCCCGACACCGCGCTCAGGCGCTCCGGAAACAGCTTGGCCAGGTAATTGACGATGGCGTGGCTGAAGTCCTTGACCTCGTCCCACCCGGCTCGCCGGGTCAAGGGCACAACCACGTGAATACCCTTGCCACCACTg < 7:163559/149‑1 (MQ=255) cgcgATTTTTCGGCCCCGACACCGCGCTCAGGCGCTCCGGAAACAGCTTGGCCAGGTAATTGACGATGGCGTGGCTGAAGTCCTTGACCTCGTCCCACCCGGCTCGCCGGGTCAAGGGCACAACCACGTGAATACCCTTGCCACCACTg < 6:156646/149‑1 (MQ=255) gATTTTTCGGCCCCGACACCGCGCTCAGGCGCTCCGGAAACAGCTTGGCCAGGTAATTGACGATGGCGTGGCTGAAGTCCTTGACCTCGTCCCACCCGGCTCGCCGGGTCAAGGGCACAACCACGTGAATACCCTTGCCACCACTGGtt > 7:26299/1‑149 (MQ=255) ttCGGCCCTGACACCGCGCTCAGGCGCTCCGGAAACAGCTTGGCCAGTTAATTGACGATGGCGTGGCTGAAGTCCTTGACCTCGTCCCACCCGGCTCTCCGGGTCAAGGGCTCAACCACGTGAATACCCTTGGCACCACTGGTTTTCa < 2:312070/148‑1 (MQ=255) tCGGCCCCGACACCGCGCTCAGGCGCTCCGGAAACAGCTTGGCCAGGTAATTGACGATGGCGTGGCTGAAGTCCTTGACCTCGTCCCACCCGGCTCGCCGGGTCAAGGGCACAACCACGTGAATACCCTTGCCACCACTGGTTTTCAg < 8:26299/148‑1 (MQ=255) acacCGCGCTCAGGCGCTCCGGAAACAGCTTGGCCAGGTAATTGACGATGGCGTGGCTGAAGTCCTTGACCTCGTCCCACCCGGCTCGCCGGGTCAAGGGCACAACCACGTGAATACCCTTGCCACCACTGGTTTTCAGGAACACCTTc < 7:36926/149‑1 (MQ=255) ccGCGCTCAGGCGCTCCGGAAACAGCTTGGCCAGGTAATTGACGATGGCGTGGCTGAAGTCCTTGACCTCGTCCCACCCGGCTCGCCGGGTCAAGGGCACAACCACGTGAATACCCTTGCCACCACTGGTTTTCAGGAACACCTTCAgg < 1:154690/149‑1 (MQ=255) cgcgCTCAGGCGCTCCGGAAACAGCTTGGCCAGGTAATTGACGATGGCGTGGCTGAAGTCCTTGACCTCGTCCCACCCGGCTCGCCGGGTCAAGGGCACAACCACGTGAATACCCTTGCCACCACTGGTTTTCAGGAACACCTTCAGGc > 8:113650/1‑149 (MQ=255) cgcgCTCAGGCGCTCCGGAAACAGCTTGGCCAGGTAATTGACGATGGCGTGGCTGAAGTCCTTGACCTCGTCCCACCCGGCGAGCCGGGtggga > 7:41374/1‑90 (MQ=255) cgcgCTCAGGCGCTCCGGAAACAGCTTGGCCAGGTAATTGACGATGGCGTGGCTGAAGTCCTTGACCTCGTCCCACCCGGCGAGCCGGGtggga < 8:41374/94‑5 (MQ=255) cGGAAACAGCTTGGCCAGGTAATTGACGATGGCGTGGCTGAAGTCCTTGACCTCGTCCCACCCGGCTCGCCGGGTCAAGGGCACAACCACGTGAATACCCTTGCCACCACTGGTTTTCAGGAACACCTTCAGGCCCAGTTCGTCcag > 1:4915/1‑147 (MQ=255) gCTTGGCCAGGTAATTGACGATGGCGTGGCTGAAGTCCTTGACCTCGTCCCACCCGGCTCGCCGGGTCAAGGGCACAACCACGTGAATACCCTTGCCACCACTGGTTTTCAGGAACACCTTCAGGCCCAGTTCGTCCAGCAGGGTGAgg < 4:263137/149‑1 (MQ=255) 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aCGATGGCGTGGCTGAAGTCCTTGACCTCGTCCCACCCGGCTCGCCGGGTCAAGGGCACAACCACGTGAATACCCTTGCCACCACTGGTTTTCAGGAACACCTTCAGGCCCAGTTCGTc > 4:104324/1‑119 (MQ=255) aCGATGGCGTGGCTGAAGTCCTTGACCTCGTCCCACCCGGCTCGCCGGGTCAAGGGCACAACCACGTGAATACCCTTGCCACCACTGGTTTTCAGGAACACCTTCAGGCCCAGTTCGTCCAGCAGGGTGAGGGTCAGTTGGGTCGCCt < 1:31128/148‑1 (MQ=255) aCGATGGCGTGGCTGAAGTCCTGGACCTCGTGCCTCCCGGCGCGCCGGGTCAAGGGCACAACCACGTGAATACCCTTGCCACCACTGGTTTTCAGGAACACCTTCAGGCCCAGTTCGTCCAGCAGGGTGAGGGTCAGTTGGGTCGCCTc < 3:127299/149‑1 (MQ=255) cggggCTGAAGTCCTTGACCTCCTCCCACCCGGCTCGCCGGGTCAAGGGCACAACCACGTGAATACCCTTGCCACCACTGGTTTTCAGGAACACCTTCAGGCCCAGTTCGTCCAGCAGGGTGAGGGTCAGTTGGGTCGCCTCCACCATg < 8:118386/146‑1 (MQ=255) tGAAGTCCTTGACCTCGTCCCACCCGGCTCGCCGGGTCAAGGGCACAACCACGTGAATTCCCTTGCCACCACTGGTTTTCAGGAACACCTTCAGGCCCAGTTCGTCCAGCAGGGTGAGGGTCAGTTGGGTCGCCTCCACCATGGCCTTc > 6:56410/1‑149 (MQ=255) tGAAGTCCTTGACCTCGTCCCACCCGGCTCGCCGGGTCAAGGGCACAACCACGTGAATACCCTTGCCACCACTGGTTTTCAGGAACACCTTCAGGCCCAGTTCGTCCAGCAGGGTGAGGGTCAGTTGGGTCGCCTCCACCATGGCCtt > 4:21348/1‑148 (MQ=255) tGAAGTCCTTGACCTCGTCCCACCCGGCTCGCCGGGTCAAGGGCACAACCACGTGAATACCCTTGCCACCACTGGTTTTCAGGAACACCTTCAGGCCCAGTTCGTCCAGCAGGGTGAGGGTCAGTTGGGTCGCCTCCACCATGGCCTTc > 3:303743/1‑149 (MQ=255) tGAAGTCCTTGACCTCGTCCCACCCGGCTCGCCGGGTCAAGGGCACAACCACGTGAATACCCTTGCCACCACTGGTTTTCAGGAACACCTTCAGGCCCAGTTCGTCCAGAAGGGTGAGGGTCAGTTGGGTCGCCTCCACCATGGCCTTc > 4:144681/1‑149 (MQ=255) aaGTCCTTGACCTCGTCCCACCCGGCTCGCCGGGTCAAGGGCACAACCACGTGAATACCCTTGCCACCACTGGTTTTCAGGAACACCTTCAGGCCCAGTTCGTCCAGCAGGGTGAGGGTCAGTTGGGTCGCCTCCACCATGGCCTTc < 4:303743/147‑1 (MQ=255) cTTGACCTCGTCCCACCCGGCTCGCCGGGTCAAGGGCACAACCACGTGAATACCCTTGCCACCACTGGTTTTCAGGAACACCTTCAGGCCCAGTTCGTCCAGCAGGGTGAGGGTCAGTTGGGTCGCCTCCACCATGGCCTTCCAggg > 2:202801/1‑147 (MQ=255) cTTGACCTCGTCCCACCCGGCTCGCCGGGTCAAGGGCACAACCACGTGAATACCCTTGCCACCACTGGTTTTCAGGAACACCTTCAGGCCCAGTTCGTCCAGCAGGGTGAGGGTCAGTTGGGTCGCCTCCACCATGGCCTTCCAggg > 7:159570/1‑147 (MQ=255) ttGACCTCGTCCCACCCGGCTCGCCGGGTCAAGGGCACAACCACGTGAATACCCTTGCCACCACTGGTTTTCAGGAACACCTTCAGGCCCAGTTCGTCCAGCAGGGTGAGGGTCAGTTGGGTCGCCTCCACCATGGCCTTCCAGGGCAg > 1:30291/1‑149 (MQ=255) tGACCTCGTCCCACCCGGCTCGCCGGGTCAAGGGCACAACCACGTGAATACCCTTGCCACCACTGGTTTTCAGGAACACCTTCAGGCCCAGTTCGTCCAGCAGGGTGAGGGTCAGTTGGGTCGCCTCCACCATGGCCTTCCAGGGCAgc > 5:229702/1‑149 (MQ=255) aCCTCGTCCCACCCGGCTCGCCGGGTCAAGGGCACAACCACGTGAATACCCTTGCCACCACTGGTTTTCa < 6:46417/70‑1 (MQ=255) aCCTCGTCCCACCCGGCTCGCCGGGTCAAGGGCACAACCACGTGAATACCCTTGCCACCACTGGTTTTCa > 5:46417/1‑70 (MQ=255) ccTCGTCCCACCCGGCTCGCCGGGTCAAGGGCACAACCACGTGAATACCCTTGCCACCACTGGTTTTCAGGAACACCTTCAGGCCCAGTTCGTCCAGCAgg < 8:91127/101‑1 (MQ=255) ccTCGTCCCACCCGGCTCGCCGGGTCAAGGGCACAACCACGTGAATACCCTTGCCACCACTGGTTTTCAGGAACACCTTCAGGCCCAGTTCGTCCAGCAgg > 7:91127/1‑101 (MQ=255) cttgaCCCGGCGAGCCGGGTCAAGGGCACAACCACGTGAATACCCTTGCCACCACTGGTTTTCAGGAACACCTTCAGGCCCAGTTCGTCCAGCAGGGTGAGGGTCAGTTGGGTCGCCTCCACCATGGCCTTCCAGGGCAGCGcagggt > 2:77445/5‑148 (MQ=255) ccACCCGGCTCGCCGGGTCAAGGGCACAACCACGTGAATACCCTTGCCACCACTGGTTTTCAGGAACACCTTCAGGCCCAGTTCGTCCCGCAGGGTGAGGGTCAGTTGGGTCGCCTCCACCAAGGCCTTCCAGGGCAGCGcagggtcag > 7:272340/1‑149 (MQ=255) ccACCCGGCTCGCCGGGTCAAGGGCACAACCACGTGAATACCCTTGCCACCACTGGTTTTCAGGAACACCTTCAGGCCCAGTTCGTCCAGCAGGGTGAGGGTCAGTTGGGTCGCCTCCACCATGGCCTTCCAGGGCAGCGcagggtca < 5:260227/148‑1 (MQ=255) ggCTCGCCGGGTCAAGGGCACAACCACGTGAATACCCTTGCCACCACTGGTTTTCAGGAACACCTTCAGGCCCAGTTCGTCCAGCAGGGTGAGGGTCAGTTGGGTCGCCTCCACCATGGCCTTCCAGGGCAGCGCAGGGTCAGGGTCCa < 3:122222/149‑1 (MQ=255) cTCGCCGGGTCAAGGGCACAACCACGTGAATACCCTTGCCACCACTGGTTTTCAGGAACACCTTCAGGCCCAGTTCGTCCAGCAGGGTGAGGGTCAGTTGGGTCGCCTCCACCATGGCCTTCCAGGGCAGCGCAGGGTCAGGGTCCAgg < 8:159570/149‑1 (MQ=255) | AGCGCCCTTGCCGTTGCGCAGGTAGTCGATGAAAATGCGTCCCACGCGATTTTTCGGCCCCGACACCGCGCTCAGGCGCTCCGGAAACAGCTTGGCCAGGTAATTGACGATGGCGTGGCTGAAGTCCTTGACCTCGTCCCACCCGGCTCGCCGGGTCAAGGGCACAACCACGTGAATACCCTTGCCACCACTGGTTTTCAGGAACACCTTCAGGCCCAGTTCGTCCAGCAGGGTGAGGGTCAGTTGGGTCGCCTCCACCATGGCCTTCCAGGGCAGCGCAGGGTCAGGGTCCAGG > NC_002947/3693882‑3694176 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |