| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 3,829,362 | C→T | 10.0% | S76N (AGT→AAT) | PP_3382 ← | gluconate 2‑dehydrogenase cytochrome c subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 3,829,362 | 0 | C | T | 10.0% | 165.7 / 7.2 | 60 | S76N (AGT→AAT) | PP_3382 | gluconate 2‑dehydrogenase cytochrome c subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (28/26); new base T (3/3); total (31/29) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.42e-01 | |||||||||||
AATAGGCGTAGAGCGCCTGCATGTCCTGCTCGCTGACCCGCGCATACGACGGGTATGGCATGGCCGGATAGAGCGTACTGCCGTCCTTGCCGATCCCCCTGCGTACGGCCTGGTCGA‑AGTCTTCGAAGCTGTACTGGCCAATGCCACTGGCCG‑CCGGGGTGATGTTGGTGGAGTACACCGTGCCAATCGGCGTTTCCATCGGCAACCCGCCGGCAAAGGGTTTGCCGCCTTTGGCGGTATGGCAGGCCACGCAGTCACCGGCGCGGGCCAGGTACTCGCCCAGGCGTACCTGCGC > NC_002947/3829216‑3829510 | aaTAGGCGTAGAGCGCCTGCATGTCCTGCTCGCTGACCCGCGCATACGACGGGTATGGCATGGCCGGATAGAGCGTACTGCCGTCCTTGCCGATCCCCCTGCGTACGGCCTGGTCGA‑AGTCTTCGAAGCTGTACTGGCCAATGCCACTg > 5:151520/1‑149 (MQ=255) gagCGCCTGCATGTCCTGCTCGCTGACCCGCGCATACGACGGGTATGGCATGGCCGGATAGAGCGTACTGCCGTCCTTGCCGATCCCCCTGCGTACGGCCTGGTCGA‑AGTCTTCGAAGCTGTACTGGCCAGTGGCATTGgccagtaca < 5:159338/148‑7 (MQ=255) gaccgcgTGGATGTCCTGCTCGCGGACCCGCGCATACGACGGGTATGGCATGGCCGGATAGAGCGTACTGCCGTCCTTGCCGATCCCCCTGCGTACGGGCTGGGCGA‑AGTCTTCGAAGCTGTACTGGCCAATGCCACTGGCCG‑CCgggg < 5:168180/146‑1 (MQ=255) gCATGTCCTGCTCGCTGACCCGCGCATACGACGGGTATGGCATGGCCGGATAGAGCGTACTGCCGTCCTTGCCGATCCCCCTGCGTACGGCCTGGTCGA‑AGTCTTCGAAGCTGTACTGGCCAATGCCACTg > 6:332169/1‑131 (MQ=255) gCATGTCCTGCTCGCTGACCCGCGCATACGACGGGTATGGCATGGCCGGATAGAGCGTACTGCCGTCCTTGCCGATCCCCCTGCGTACGGCCTGGTCGA‑AGTCTTCGAAGCTGTACTGGCCAATGCCACTg < 5:332169/131‑1 (MQ=255) cATGTCCTGCTCGCTGACCCGCCCATACGACGGGTATGGCATGGCCGGATAGAGCGTACTGCCGTCCTTGCCGATCCCCCTGCGTACGGCCTGGTCGA‑AGTCTTCGAAGCTGTACTGGCCAATGCCACTGGCCG‑CCGGGGTGATGTtg < 2:150544/148‑1 (MQ=255) tGTCCTGCTCGCTGACCCGCGCATACGACGGGTATGGCATGGCCGGATAGAGCGTACTGCCGTCCTTGCCGATCCCCCTGCGTACGGCCTGGTCGA‑AGTCTTCGAAGCTGTACTGGCCAATGCCACTGGCCG‑CCGGGGTGATGTtggtg > 2:52049/1‑149 (MQ=255) tCCTGCTCGCTGACCCGCGCATACGACGGGTATGGCATGGCCGGATAGAGCGTACTGCCGTCCTTGCCGATCCCCCTGCGTACGGCCTGGTCGA‑AGTCTTCGAAGCTGTACTGGCCAATGCCACTGGCCG‑CCGGGGTGATGTtggtgg < 7:182947/148‑1 (MQ=255) tCCTGCTCGCTGACCCGCGCATACGACGGGTATGGCATGGCCGGATAGAGCGTACTGCCGTCCTTGCCGATCCCCCTGCGTACGGCCTGGTCGA‑AGTCTTCGAAGCTGTACTGGCCAATGCCACTGGCCG‑CCGGGGTGATGTTGGTGGa < 2:53215/149‑1 (MQ=255) cTGCTCGCTGACCCGCGCATACGACGGGTATGGCATGGCCGGATAGAGCGTACTGCCGTCCTTGCCGATCCCCCTGCGTACGGCCTGGTCGA‑AGTCTTCGAAGCTGTACTGGCCAATGCCACTGGCCG‑CCGGGGTGATGTTGGTGGAg > 6:289829/1‑148 (MQ=255) cTGCTCGCTGACCCGCGCATACGACGGGTATGGCATGGCCGGATAGAGCGTACTGCCGTCCTTGCCGATCCCCCTGCGTACGGCCTGGTCGA‑AGTCTTCGAAGCTGTACTGGCCAATGCCACTGGCCG‑CCGGGGTGATGTTGGTGGAg > 4:46961/1‑148 (MQ=255) cTGCTCGCTGACCCGCGCATACGACGGGTATGGCATGGCCGGATAGAGCGTACTGCCGTCCTTGCCGATCCCCCTGCGTACGGCCTGGTCGA‑AGTCTTCGAAGCTGTACTGGCCAATGCCACTGGCCG‑CCGGGGTGATGTTGGTGGAGt < 3:283881/149‑1 (MQ=255) gcgcATACGACGGGTATGGCATGGCCGGATAGAGCGTACTGCCGTCCTTGCCGATCCCCCTGCGTACGGCCTGGTCGA‑AGTCTTCGAAGCTGTACTGGCCAATGCCACTGGCCG‑CCGGGGTGATGTTGGTGGAGTACACCGTGCCAATc < 8:48010/149‑1 (MQ=255) cATACGACGGGTATGGCATGGCCGGATAGAGCGTACTGCCGTCCTTGCCGATCCCCCTGCGTACGGCCTGGTCGA‑AGTCTTCGAAGCTGTACTGGCCAATGCCACTGGCCG‑CCGGGGTGATGTTGGTGGAGTACACCGTGCCAATCGGc < 7:285352/149‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) cGGATAGAGCGTACTGCCGTCCTTGCCGATCCCCCTGCGTACGGCCTGGTCGA‑AGTCTTCGAAGCTGTACTGGCCAATGCCACTGGCCG‑CCGGGGTGATGTTGGTGGAGTACACCGTGCCAATc < 8:252723/124‑1 (MQ=255) ggATAGAGCGTACTGCCGTCCTTGCCGATCCCCCTGCGTACGGCCTGGTCGA‑AGTCTTCGAAGCTGTACTGGCCAATGCCACTGGCCG‑CCGGGGTGATGTTGGTGGAGTACACCGTGCCAATCGGCGTTTCCATCGGCAACCCGCCGGc < 3:46961/149‑1 (MQ=255) tAGAGCGTACTGCCGTCCTTGCCGATCCCCCTGCGTACGGCCTGGTCGA‑AGTCTTCGAAGCTGTACTGGCCAATGCCACTGGCCG‑CCGGGGTGATGTTGGTGGAGTACACCGTGCCAATCGGCGTTTCCATCGGCAACCCGCCGGCaaa < 8:45708/149‑1 (MQ=255) tAGAGCGTACTGCCGTCCTTGCCGATCCCCCTGCGTACGGCCTGGTCGA‑AGTCTTCGAAGCTGTACTGGCCAATGCCACTGGCCG‑CCGGGGTGATGTTGGTGGAGTACACCGTGCCAATCGGCGTTTCCATCGGCAACCCGCCGGCaaa < 6:151520/149‑1 (MQ=255) agCGTACTGCCGTCCTTGCCGATCCCCCTGCGTACGGCCTGGTCGA‑AGTCTTCGAAGCTGTACTGGCCAATGCCACTGGCCG‑CCGGGGTGATGTTGGTGGAGTACACCGTGCCAATCGGCGTTTCCATCGGCAACCCGCCGGCAAAggg > 6:330505/1‑149 (MQ=255) cTGCCGTCCTTGCCGATCCCCCTGCGTACGGCCTGGTCGA‑AGTCTTCGAAGCTGTACTGGCCAATGCCACTGGCCG‑CCGGGGTGATGTTGGTGGAGTACACCGTGCCAATCGGCGTTTCCATCGGCAACCCGCCGGCAAAGGGTTTgc < 5:289829/148‑1 (MQ=255) ccGTCCTTGCCGATCCCCCTGCGTACGGCCTGGTCGAGAGTCTTCGAAGCTGTACTGGCCAATGCCACTGGCCG‑CCGGGGTGATGTTGGTGGAGTACACCGTGCCAATCGGCGTTTCCATCGGCAACCCGCCGGCAAAGGGTTTgccgc > 1:224380/1‑149 (MQ=255) ccGTCCTTGCCGATCCCCCTGCGTACGGCCTGGTCGA‑AGTCTTCGAAGCTGTACTGGCCAATGCCACTGGCCG‑CCGGGGTGATGTTGGTGGAGTACACCGTGCCAATCGGCGTTTCCATCGGCAACCCGCCGGCAAAGGGTTTgccgcc > 1:303370/1‑149 (MQ=255) ccccTGCGTACGGCCTGGTCGA‑AGTCTTCGAAGCTGTACTGGCCAATGCCACTGGCCG‑CTGGGGTGATGTTGGTGGAGTACACCGTGCCAATCGGCGTTTCCATCGGCAACCCGCCGGCAAAGGGTTTGCCGCCTTTGGCGGTATgg > 2:280515/1‑147 (MQ=255) cTGCGTACGGCCTGGTCGA‑AGTCTTCGAAGCTGTACTGGCCAATGCCACTGGCCG‑CCGGGGTGATGTTGGTGGAGTACACAGTGCCAATCGGCGTTTCCATCGGCAACCCGCCGGCCAAGCGTTGGCCGCCTTTGGGGGTATGGCAGGc > 8:274246/1‑149 (MQ=255) gTACGGCCTGGTCGA‑AGTCTTCGAAGCTGTACTGGCCAATGCCACTGGCCG‑CCGGGGTGATGTTGGTGGAGTACACCGTGCCAATCGGCGTTTCCATCGGCAACCCGCCGGCAAAGGGTTTGCCGCCTTTGGCGGTATGGc < 7:299954/141‑1 (MQ=255) gTACGGCCTGGTCGA‑AGTCTTCGAAGCTGTACTGGCCAATGCCACTGGCCG‑CCGGGGTGATGTTGGTGGAGTACACCGTGCCAATCGGCGTTTCCATCGGCAACCCGCCGGCAAAGGGTTTGCCGCCTTTGGCGGTATGGc > 8:299954/1‑141 (MQ=255) aCGGCCTGGTCGA‑AGTCTTCGAAGCTGTACTGGCCAATGCCACTGGCCG‑CCGGGGTGATGTTGGTGGAGTACACCGTGCCAATCGGCGTTTCCATCGGCAACCCGCCGGCAAAGGGTTTGCCGCCTTTGGCGGTATGGCAGGCCACg > 2:144929/1‑147 (MQ=255) gCCTGGTCGA‑AGTCTTCGAAGCTGTACTGGCCAATGCCACTGGCCG‑CCGGGGTGATGTTGGTGGAGTACACCGTGCCAATCGGCGTTTCCATCGGCAACCCGCCGGCAAAGGGTTTGCCGCCTTTGGCGTTATGGCAGGCCACGCAGTc < 5:330505/149‑1 (MQ=255) ccTGGTCGA‑AGTCTTCGAAGCTGTACTGGCCAATGCCACTGGCCGCCCGGGGTGATGTTGGTGGAGTACACCGTGCCAATCGGCGTTTCCATCGGCAACCCGCCGGCAAAGGGTTTGCCGCCTTTGGCGGTATGGCAGGCCACGCAGt > 1:234482/1‑148 (MQ=255) ggTCGA‑AGTCTTCGAAGCTGTACTGGCCAATGCCACTGGCCG‑CCGGGGTGATGTTGGTGGAGTACACCGTGCCAATCgg < 3:38490/79‑1 (MQ=255) ggTCGA‑AGTCTTCGAAGCTGTACTGGCCAATGCCACTGGCCG‑CCGGGGTGATGTTGGTGGAGTACACCGTGCCAATCgg > 4:38490/1‑79 (MQ=255) gTCGA‑AGTCTTCGAAGCTGTACTGGCCAATGCCACTGGCCG‑CCGGGGTGATGTTGGTGGAGTACACCGTGCCAATCGGCGTCTCCATCGGCAACCCGCCGGCAAAGGGTTTGCCGCCTTTGGCGGTATGGCAGGCCACGCAGTCACCgg > 8:157655/1‑149 (MQ=255) gA‑AGTCTTCGAAGCTGTACTGGCCAATGCCACTGGCCG‑CCGGGGTGATGTTGGTGGAGTACACCGTGCCAATCGGCGTTTCCATCGGCAACCCGCCGGCAAAGGGTTTGCCGCCTTTGGCGGTATGGCAGGCCACGCAGTCACCGgcgc > 6:72077/1‑149 (MQ=255) a‑aGTCTTCGAAGCTGTACTGGCCAATGCCACTGGCCG‑CCGGGGTGATGTTGGTGGAGTACACCGTGCCAATCGGCGTTTCCATCg > 6:111401/1‑85 (MQ=255) a‑aGTCTTCGAAGCTGTACTGGCCAATGCCACTGGCCG‑CCGGGGTGATGTTGGTGGAGTACACCGTGCCAATCGGCGTTTCCATCg < 5:111401/85‑1 (MQ=255) aGTCTTCGAAGCTGTACTGGCCAATGCCACTGGCCG‑CCGGGGTGATGTTTGTGGAGTACACCTTGCCATTCGGCGTTTCCATCGGCAACCCGCCGGCAAAGGGTTTGCCGCCTTTGGCGGTATGGCAGGCCACGCAGTCACCGGCGCgg < 7:118910/149‑1 (MQ=255) gTCTTCGAAGCTGTACTGGCCAATGCCACTGGCCG‑CCGGGGTGATGTTGGTGGAGTACACCGTGCCAATCGGCGTTTCCATCGGCAACCCGCCGGCAAAGGGTTTGCCGCCTTTGGCGGTATGGCAGGCCACGCAGTCACCGGCGCggg > 1:222803/1‑149 (MQ=255) ttCGAAGCTGTACTGGCCAATGCCACTGGCCG‑GCGGGGTGATGTTGGTGGAGTCCAAGCTGCCAATCGGCGTTTCCATCGGAAACCCGCCGGAAAAGGGTTTGCCGGCTTTGGCGGTATGGCAGGCCACGAAGGCCCCGGCGCGGGc > 4:221913/1‑147 (MQ=255) ttCGAAGCTGTACTGGCCAATGCCACTGGCCG‑CCGGGGTGATGTTGGTGGAGTACACCGTGCCAATCGGCGTTTCCATCGGCAACCCGCCGGCAAAGGGTTTGCCGCCTTTGGCGGTATGGCAGGCCACGCAGTCACCGGCGCGGGc > 8:133250/1‑147 (MQ=255) cGAAGCTGTACTGGCCAATGCCACTGGCCG‑CCGGGGTGATGTTGGTGGAGTACACCGTGCCAATCGGCGTTTCCATCGGCAACCCGCCGGCAAAGGGTTTGCCGCCTTTGGCGGTATGGCAGGCCACGCAGTCACCGGCGCGGGCCAg < 1:144929/148‑1 (MQ=255) cGAAGCTGTACTGGCCAATGCCACTGGCCG‑CCGGGGTGATGTTGGTGGAGTACACCGTGCCAATCGGCGTTTCCATCGGCAACCCGCCGGCAAAGGGTTTGCCGCCTTTGGCGGTATGGCAGGCCACGCAGTCACCGGCGCGGGCCAg < 2:224380/148‑1 (MQ=255) cGAAGCTGTACTGGCCAATGCCACTGGCCG‑CCGGGGTGATGTTGGTGGAGTACACCGTGCCAATCGGCGTTTCCATCGGCAACCCGCCGGCAAAGGGTTTGCCGCCTTTGGCGGTATGGCAGGCCACGCAGTCACCGGCGCGGGCCAg < 5:72077/148‑1 (MQ=255) cGAAGCTGGACTGGCCAATGCCACTGGCCG‑CCGGGGTGATGTTGGTGGAGTACACCGTGCCAATCGGCGTTTCCATCGGCAACCCGCCGGCAAAGGGTTTGCCGCCTTTGGCGGTATGGCAGGCCACGCAGTCACCGGCGCGGGCCa < 5:309398/147‑1 (MQ=255) cccggcggCCAGTGGCATTGGCCG‑CCGGGGTGATGTTGGTGGAGTACACCGTGCCAATCGGCGTTTCCATCGGCAACCCGCCGGCAAAGGGTTTGCCGCCTTTGGCGGTATGGCAGGCCACGCAGTCACCGGCGCGGGCCAg > 6:81793/7‑142 (MQ=255) cccggcggCCAGTGGCATTGGCCG‑CCGGGGTGATGTTGGTGGAGTACACCGTGCCAATCGGCGTTTCCATCGGCAACCCGCCGGCAAAGGGTTTGCCGCCTTTGGCGGTATGGCAGGCCACGCAGTCACCGGCGCGGGCCAg < 5:81793/136‑1 (MQ=255) cccggcggCCAGTGGCATTGGCCG‑CCGGGGTGATGTTGGTGGAGTACACCGTGCCAATCGGCGTTTCCATCGGCAACCCGCCGGCAAAGGGTTTGCCGCCTTTGGCGGTATGGCAGGCCACGCAGTCACCGGCGCGGGCCAGGTACTCg > 1:101732/7‑149 (MQ=255) ccggcggCCAGTGGCATTGGCCG‑CCGGGGTGATGTTGGTGGAGTACACCGTGCCAATCGGCGTTTCCATCGGCAACCCGCCGGCAAAGGGTTTGCCGCGTTTGGCGGTATGGCAGGCCACGCAGTCACCGGCGCGGGCCAGGTACTCGc > 5:318286/6‑149 (MQ=255) tGGTCAATGCCACTGGCCG‑CCGGGGTGATGTTGGTGGAGTACACCGTGCCAATCGGCGTTTCCATCGGCAACCCGCCGGCAAAGGGTTTGCCGCCTTTGGCGGTATGGCAGGCCACGCAGTCACCGGCGCGGGCCAGGTACTCGCCCAg > 6:303823/1‑149 (MQ=255) tGGCCAATGCCACTGGCCG‑CCGGGGTGATGTTGGTGGAGTACACCGTGCCAATCGGCGTTTCCATCGGCAACCCGCCGGCAAAGGGTTTGCCGCCTTTGGCGGTATGGCAGGCCACGCAGTCACCGGCGCGGGCCAGGTACTCGCCCAg > 3:164437/1‑149 (MQ=255) gCCAGTGGCATTGGCCG‑CCGGGGTGATGTTGGTGGAGTACACCGTGCCAATCGGCGTTTCCATCGGCAACCCGCCGGCAAAGGGTTTGCCGCCTTTGGCGGTATGGCAGGCCACGCAGTCACCGGCGCGGGCCAGGTACTCGCCCAGGc < 2:101732/149‑1 (MQ=255) gCCAATGCCACTGGCCG‑CCGGGGTGATGTTGGTGGAGTACACCGTGCCAATCGGCGTTTCCATCGGCAACCCGCCGGCAAAGGGTTTGCCGCCTTTGGCGGTATGGCAGGCCACGCAGTCACCGGCGCGGGCCAGGTACTCGCCCAGGc > 4:183705/1‑149 (MQ=255) gCCAATGCCACTGGCCG‑CCGGGGTGATGGTGGTGGAGTACACCGTGCCAATCGGCGTTTCCATCGGCAACCCGCCGGCAAAGGGTTTGCCGCCTTTGGCGGTATGGCAGGCCACGCAGTCACCGGCGCGGGCCAGGTACTCGCCCAgg < 2:303370/148‑1 (MQ=255) ccAATGCCACTGGCCG‑CCGGGGTGATGTTGGTGGAGTACACCGTGCCAATCGGCGTTTCCATCGGCAACCCGCCGGCAAAGGGTTTGCCGCCTTTGGCGGTATGGCAGGCCACGCAGTCACCGGCGCGGGCCAGGTACTCGCCCAGGCg > 3:133397/1‑149 (MQ=255) cACTGGCCG‑CCGGGGTGATGTTGGTGGAGTACACCGTGCCAATCGGCGTTTCCATCGGCAACCCGCCGGCAAAGGGTTTGCCGCCTTTGGCGGTATGGCAGGCCACGCAGTCACCGGCGCGGGCCAGGTACTCGCCCAGGCGTACCTgc > 2:187775/1‑149 (MQ=255) cTGGCCG‑CCGGGGTGATGTTGGTGGAGTACACCGTGCCAATCGGCGTTTCCATCGGCAACCCGCCGGCAAAGGGTTTGCCGCCTTTGGCGGTATGGCAGGCCACGCAGTCACCGGCGCGGGCCAGGTACTCGCCCAGGCGTACCTgcgc < 2:234482/149‑1 (MQ=255) | AATAGGCGTAGAGCGCCTGCATGTCCTGCTCGCTGACCCGCGCATACGACGGGTATGGCATGGCCGGATAGAGCGTACTGCCGTCCTTGCCGATCCCCCTGCGTACGGCCTGGTCGA‑AGTCTTCGAAGCTGTACTGGCCAATGCCACTGGCCG‑CCGGGGTGATGTTGGTGGAGTACACCGTGCCAATCGGCGTTTCCATCGGCAACCCGCCGGCAAAGGGTTTGCCGCCTTTGGCGGTATGGCAGGCCACGCAGTCACCGGCGCGGGCCAGGTACTCGCCCAGGCGTACCTGCGC > NC_002947/3829216‑3829510 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |