Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 3,870,423 | G→A | 8.5% | R166C (CGC→TGC) | PP_3419 ← | sigma‑54 dependent transcriptional regulator/response regulator |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 3,870,423 | 0 | G | A | 8.5% | 133.5 / 2.1 | 47 | R166C (CGC→TGC) | PP_3419 | sigma‑54 dependent transcriptional regulator/response regulator |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (18/25); new base A (2/2); total (20/27) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.31e-01 |
GGCAGGGATCGAAGCGCAATTGAACTCGATGAAAGGCCCTTTACTGCGCGAACCATCGAAATGCAGGGCACGGGCCACCAGTTCCTTGCCAGTACCGGTCTCG‑CCTTCGATCAGCACCGGTGGCAGGTCGTCACTGGCCATGCGCCGCTCGGCATCGAGCACCTGGCGCAGGGTGTGCTTGAGGGTGAGCATCACCGGCGACTCGCCGATCAAAGCCTGCAACCCGGACTTCTGCGCCTCGCGCTCCTGGTAGAACGACAGCGTGCGCTCCATGCGCTCGGTAGCCAGGGCC > NC_002947/3870280‑3870571 | ggCAGGGATCGAAGCGCAATTGAACTCGATGAAAGGCCCTTTACTGCGCGAACCATCGAAATGCAGGGCACGGGCCACCAGTTCCTTGCCAGTACCGGTCTCG‑CCTTCGATCAGCACCGGTGGCAGGTCGTCACTGGCCATGCGCCGCt > 6:95853/1‑149 (MQ=255) cAGGGATCGAAGCGCAATTGAACTCGATGAAAGGCCCTTTACTGCGCGAACCATCGAAATGCAGGGCACGGGCCACCAGTTCCTTGCCAGTACCGGTCTCG‑CCTTCGATCAGCACCGGTGGCAGGTCGTCACTGGCCATGCGCCGCTCg < 8:29963/149‑1 (MQ=255) aTCGAAGCGCAATTGAACTCGATGAAAGGCCCTTTACTGCGCGAACCATCGAAATGCAGGGCACGGGCCACCAGTTCCTTGCCAGTACCGGTCTCG‑CCTTCGATCAGCACCGGTGGCAGGTCGTCACTGGCCATGCGCCGCTCGGCATc < 7:197329/149‑1 (MQ=255) tCGAAGCGCAATTGAACTCGATGAAAGGCCCTTTACTGCGCGAACCATCGAAATGCAGGGCACGGGCCACCAGTTCCTTGCCAGTACCGGTCTCGCCCTTCGATCAGCACCGGTGGCAGGTCGTCACTGGCCATGCGCCGCTCGGCATc < 1:82727/149‑1 (MQ=255) gAAGCGCAATTGAACTCGATGAAAGGCCCTTTACTGCGCGAACCATCGAAATGCAGGGCACGGGCCACCAGTTCCTTGCCAGTACCGGTCTCG‑CATTCGATCAGCACCGGTGGCAGGTCGTCAATGGCCATTCGCCGCTCGGCATCGAg > 4:225131/1‑149 (MQ=255) aGCGCAATTGAACTCGATGAAAGGCCCTTTACTGCGCGAACCATCGAAATGCAGGGCACGGGCCACCAGTTCCTTGCCAGTACCGGTCTCG‑CCTTCGATCAGCACCGGTGGCAGGTCGTCACTGGCCATGCGCCGCTCGGCATCGAGCa < 1:134570/149‑1 (MQ=255) cgcAATTGAACTCGATGAAAGGCCCTTTACTGCGCGAACCATCGAAATGCAGGGCACGGGCCACCAGTTCCTTGCCAGTACCGGTCTCG‑CCTTCGATCAGCACCGGTGGCAGGTCGTCACTGGCCATGCGCCGCTCGGCATCGAGCAcc < 6:20570/149‑1 (MQ=255) aaCTCGATGAAAGGCCCTTTACTGCGCGAACCATCGAAATGCAGGGCACGGGCCACCAGTTCCTTGCCAGTACCGGTCTCG‑CCTTCGATCAGCACCGGTGGCAGGTCGTCACTGGCCATGCGCCGCTCGGCATCGAGCACCTGGCGCa < 1:215397/148‑1 (MQ=255) aCTCGATGAAAGGCCCTTTACTGCGCGAACCATCGAAATGCAGGGCACGGGCCACCAGTTCCTTGCCAGTACCGGTCTCG‑CCTTCGATCAGCACCGGTGGCAGGTCGTCACTGGCCATGCGCCGCTCGGCATCGAGCACCTGGCGCAgg < 3:37737/149‑1 (MQ=255) gAAAGGCCCTTTACTGCGCGAACCATCGAAATGCAGGGCACGGGCCACCAGTTCCTTGCCAGTACCGGTCTCG‑CCTTCGATCAGCACCGGTGGCAGGTCGTCACTGGCCATGCGCCGCTCGGCATCGAGCACCTGGCGCAGGGTGTGCt > 3:194280/1‑149 (MQ=255) gCCCTTTACTGCGCGAACCATCGAAATGCAGGGCACGGGCCACCAGTTCCTTGCCAGTACCGGTCTCG‑CCTTCGATCAGCACCGGTGGCAGGTCGTCACTGGCCATGCGCCGCTCGGCATCGAGCACCTGGCGCAGGGTGTGCTTGAgg < 4:194280/149‑1 (MQ=255) tGCGCGAACCATCGAAATGCAGGGCACGGGCCACCAGTTCCTTGCCAGTACCGGTCTCG‑CCTTCGATCAGCACCGGTGGCAGGTCGTCACTGGCCATGCGCCGCTc > 7:170089/1‑106 (MQ=255) tGCGCGAACCATCGAAATGCAGGGCACGGGCCACCAGTTCCTTGCCAGTACCGGTCTCG‑CCTTCGATCAGCACCGGTGGCAGGTCGTCACTGGCCATGCGCCGCTc < 8:170089/106‑1 (MQ=255) cgcgAACCATCGAAATGCAGGGCACGGGCCACCAGTTCCTTGCCAGTACCGGTCTCG‑CCTTCGATCAGCACCGGTGGCAGGTCGTCACTGGCCATGCGCCGCTCGGCATCGAGCACCTGGCGCAGGGTGTGCTTGAGGGTGAGCATCAc < 5:95853/149‑1 (MQ=255) ccATCGAAATGCAGGGCACGGGCCACCAGTTCCTTGCCAGTACCGGTCTCG‑CCTTCGATCAGCACCGGTGGCAGGTCGTCACTGGCCATGCGCCGCTCGGCATCGAGCACCTGGCGCAGGGTGTGCTTGAGGGTGAGCATCACCGGCGa < 2:162284/149‑1 (MQ=255) cATCGAAATGCAGGGCACGGGCCACCAGTTCCTTGCCAGTACCGGTCTCG‑CCTTCGATCAGCACCGGTGGCAGGTCGTCACTGGCCATGCGCCGCTCGGCATCGAGCACCTGGCGCAGGGTGTGCTTGAGGGTGAGCATCACCGGCGAc > 3:271526/1‑149 (MQ=255) aTCGAAATGCAGGGCACGGGCCACCAGTTCCTTGCCAGTACCGGTCTCG‑CCTTCGATCAGCACCGGTGGCAGGTCGTCACTGGCCATGCGCCGCTCGGCATCGAGCACCTGGCGCAGGGTGTGCTTGAGGGTGAGCATCACCGGCGACt < 4:271526/149‑1 (MQ=255) aaaTGCAGGGCACGGGCCACCAGTTCCTTGCCAGTACCGGTCTCG‑CCTTCGATCAGCACCGGTGGCAGGTCGTCACTGGCCATGCGCCGCTCGGCATCGAGCACCTGGCGCAGGGTGTGCTTGAGGGTGAGCATCACCGGCGACTCGcc > 3:135639/1‑149 (MQ=255) aGGGCACGGGCCACCAGTTCCTTGCCAGTACCGGTCTCG‑CCTTCGATCCGCACCGGTGGCAGGTCGTCACTGGCCATGCGCCGCTCGGCATCGAg > 6:253747/1‑95 (MQ=255) gggCACGGGCCACCAGTTCCTTGCCAGTACCGGCCTCG‑CCTTCGATCAGCACCGGTGGCAGGTCGTCACTGGCCATGCGCCGCTCGGCATCGAGCACCTGGCGCAGGGTGTGCTTTAGGGTGAGCATCACCGGCGACTCGCCGATCaaa < 1:43959/149‑1 (MQ=255) caccaGTTCCTTGCCAGTACCGGTCTCG‑CCTTCGATCAGCACCGGTGGCAGGTCGTCACTGGCCATGCGCCGCTCGGCATCGAGCACCTGGCGCAGGGTGTGCTTGAGGGTGAGCATCACCGGCGACTCGCCGATCAAAGCCTGCa > 4:59844/1‑146 (MQ=255) caccaGTTCCTTGCCAGTACCGGTCTCG‑CCTTCGATCAGCACCGGTGGCAGGTCGTCACTGGCCATGCGCCGCTCGGCATCGAGCACCTGGCGCAGGGTGTGCTTGAGGGTGAGCATCACCGGCGACTCGCCGATCAAAGCCTGCa < 3:59844/146‑1 (MQ=255) accaGTTCCTTGCCAGTACCGGTCTCG‑CCTTCGATCAGCACCGGTGGCAGGTCGTCACTGGCCATGCGCCGCTCGGCATCGAGCACCTGGCGCAGGGTGTGCTTGAGGGTGAGCATCACCGGCGACTCGCCGATCAAAGCCTGCAAccc > 6:297360/1‑149 (MQ=255) aGTTCCTTGCCAGTACCGGTCTCG‑CCTTCGATCAGCACCGGTGGCAGGTCGTCACTGGCCATGCGCCGCTCGGCATCGAGCACCTGGCGCAGGGTGTGCTTGAGGGTGAGCATCACCGGCGACTCGCCGATCAAAGCCTGCAACCCGGa < 1:153710/149‑1 (MQ=255) ttCCTTGCCAGTACCGGTCTCG‑CCTTCGATCAGCACCGGTGGCAGGTCGTCACTGGCCATGCGCCGCTCGGCATCGAGCACCTGGCGCAGGGTGTGCTTGAGGGTGAGCATCACCGGCGACTCGCCGATCAAAGCCTGCAACCCGGACt > 2:231734/1‑149 (MQ=255) gCCAGTACCGGTCTCG‑CCTTCGATCAGCACCGGTGGCAGGTCGTCACTGGCCATGCGCCGCTCGGCATCGAGCACCTGGCGCAGGGTGTGCTTGAGGGTGAGCATCACCGGCGACTCGCCGATCAAAGCCTGCAACCCGGACTTCTgc < 3:87420/148‑1 (MQ=255) cAGTACCGGTCTCG‑CCTTCGATCAGCACCGGTGGCAGGTCGTCACTGGCCATGCGCCGCTCGGCATCGAGCACCTGGCGCAGGGTGTGCTTGAGGGTGAGCATCACCGGc < 5:158308/110‑1 (MQ=255) cAGTACCGGTCTCG‑CCTTCGATCAGCACCGGTGGCAGGTCGTCACTGGCCATGCGCCGCTCGGCATCGAGCACCTGGCGCAGGGTGTGCTTGAGGGTGAGCATCACCGGc > 6:158308/1‑110 (MQ=255) cAGTACCGGTCTCG‑CCTTCGATCAGCACCGGTGGCAGGTCGTCACTGGCCATGCGCCGCTCGGCATCGAGCACCTGGCGCAGGGTGTGCTTGAGGGTGAGCATCACCGGCGACTCGCCGATCAAAGcc > 7:264966/1‑128 (MQ=255) cAGTACCGGTCTCG‑CCTTCGATCAGCACCGGTGGCAGGTCGTCACTGGCCATGCGCCGCTCGGCATCGAGCACCTGGCGCAGGGTGTGCTTGAGGGTGAGCATCACCGGCGACTCGCCGATCAAAGcc < 8:264966/128‑1 (MQ=255) gttccGGTCTCG‑CCTTCGATGAGGACCGGTGGCAGGTCGTCACTGGCGATGCGCCGCTGGGCATCGAGCAGCTGGCGCAGGGTGTGCTTGAGTGTGAGCATCACCGGCGACTCGCCGATCAAACCCTGCAACCCGGACTTCTGCGCCTc < 4:6439/146‑1 (MQ=255) aCCGGTCTCG‑CCTTCGATCAGCACCGGTGGCAGGTCGTCACTGGCCATGCGCCGCTCGGCATCGAGCACCTGGCGCAGGGTGTGCTTGAGGGTGAGCATCACCGGCGACTCGCCGATCAAAGCCTGCAACCCGGACTTCTGCGCCTcgc > 1:224332/1‑149 (MQ=255) tcG‑CCTTCGATCAGCACCGGTGGCAGGTCGTCACTGGCCATGCGCCGCTCGGCATCGAGCACCTGGCGCAGGGTGTGCTTGAGGGTGAGCTTCACCGGCGACTCGCCGATCAAAGCCTGCAACCCGGACTTCTGCGCCTCGCGCTCCTg > 7:68121/1‑149 (MQ=255) g‑CCTTCGATCAGCACCGGTGGCAGGTCGTCACTGGCCATGCACCGCTCGGCATCGAGCACCTGGCGCAGGGTGTGCTTGAGGGTGAGCATCACCGGCGACTCGCCg > 2:66701/1‑106 (MQ=255) g‑CCTTCGATCAGCACCGGTGGCAGGTCGTCACTGGCCATGCACCGCTCGGCATCGAGCACCTGGCGCAGGGTGTGCTTGAGGGTGAGCATCACCGGCGACTCGCCg > 2:61871/1‑106 (MQ=255) g‑CCTTCGATCAGCACCGGTGGCAGGTCGTCACTGGCCATGCACCGCTCGGCATCGAGCACCTGGCGCAGGGTGTGCTTGAGGGTGAGCATCACCGGCGACTCGCCg < 1:61871/106‑1 (MQ=255) g‑CCTTCGATCAGCACCGGTGGCAGGTCGTCACTGGCCATGCACCGCTCGGCATCGAGCACCTGGCGCAGGGTGTGCTTGAGGGTGAGCATCACCGGCGACTCGCCg < 1:66701/106‑1 (MQ=255) aGCACCGGTGGAAGGTCGTCACTGGCCATGCGCCGCTCGGCATCGAGCACCTGGCGCAGGGTGTGCTTGAGGGTGAGCATCACCGGCGACTCGCAGATCAAAGCCTGCAACCCGGACTTCTGCTCCTCGCGCTCCTGGTAGAAAGACAg > 6:166242/1‑149 (MQ=255) tGGCAGGTCGTCACTGGCCATGCGCCGCTCGGCATCGAGCACCTGGCGCAGGGTGTGCTTGAGGGTGAGCATCACCGGCGACTCGCCGATCAAAGCCTGCAACCCGGACTTCTGCGCCTCGCGCTCCTGGTAGAACGACAGCGTGCGCt < 1:231734/149‑1 (MQ=255) aGGTCGTCACTGGCCATGCGCCGCTCGGCATCGAGCACCTGGCGCAGGGTGTGCTTGAGGGTGAGCATCACCGGCGACTCGCCGATCAAAGCCTGCAACCCGGACTTCTGCGCCTCGCGCTCCTGGTAGAACGACAGCGTGCGCTCCAt < 1:261367/149‑1 (MQ=255) aGGTCGTCACTGGCCATGCGCCGCTCGGCATCGAGCACCTGGCGCAGGGTGTGCTTGAGGGTGAGCATCACCGGCGACTCGCCGATCAAAGCCTGCAACCCGGACTTCTGCGCCTCGCGCTCCTGGTAGAACGACAGCGTGCGCTCCAt < 3:225131/149‑1 (MQ=255) tcgtcACTGGCCATGCGCCGCTCGGCATCGAGCACCTGGCGCAGGGTGTGCTTGAGGGTGAGCATCACCGGCGACTCGCCGATCAAAGCCTGCAACCCGGACtt < 6:275162/104‑1 (MQ=255) tcgtcACTGGCCATGCGCCGCTCGGCATCGAGCACCTGGCGCAGGGTGTGCTTGAGGGTGAGCATCACCGGCGACTCGCCGATCAAAGCCTGCAACCCGGACtt > 5:275162/1‑104 (MQ=255) aCTGGCCATGCGCCGCTCGGCATCGAGCACCTGGCGCAGGGTGTGCTTGAGGGTGAGCATCACCGGCGACTCGCCGATCAAAGCCTGCAACCCGGACTTCTGCGCCTCGCGCTCCTGGTAGAACGACAGCGTGCGCTCCATGCGCTCgg > 6:160652/1‑149 (MQ=255) gCCATGCGCCGCTCGGCATCGAGCACCTGGCGCAGGGTGTGCTTGAGGGTGAGCATCACCGGCGACTCGCCGATCAAAGCCTGCAACCCGGACTTCTGCGCCTCGCGCTCCTGGTAGAACGACAGCGTGCGCTCCATGCGCTCGGTa < 8:68121/147‑1 (MQ=255) cATGCGCCGCTCGGCATCGAGCACCTGGCGCAGGGTGTGCTTGAGGGTGAGCATCACCGGCGACTCGCCGATCAAAGCCTGCAACCCGGACTTCTGCGCCTCGCGCTCCTGGTAGAACGTCAGCGTGCGCTCCATGCGCTCGGTAGc > 8:140615/1‑147 (MQ=255) aTGCGCCGCTCGGCATCGAGCACCTGGCGCAGGGTGTGCTTGAGGGTGAGCATCACCGGCGACTCGCCGATCAAAGCCTGCAACCCGGACTTCTGCGCCTCGCGCTCCTGGTAGAACGACAGCGTGCGCTCCATGCGCTCGGTAGCCAg < 2:224332/149‑1 (MQ=255) gccgcTCGGCATCGAGCACCTGGCGCAGGGTGTGCTTGAGGGTGAGCATCACCGGCGACTCGCCGATCAAAGCCTGCAACCCGGACTTCTGCGCCTCGCGCTCCTGGTAGAACGACAGCGTGCGCTCCATGCGCTCGGTAGCCAGGGcc > 1:302890/1‑149 (MQ=255) | GGCAGGGATCGAAGCGCAATTGAACTCGATGAAAGGCCCTTTACTGCGCGAACCATCGAAATGCAGGGCACGGGCCACCAGTTCCTTGCCAGTACCGGTCTCG‑CCTTCGATCAGCACCGGTGGCAGGTCGTCACTGGCCATGCGCCGCTCGGCATCGAGCACCTGGCGCAGGGTGTGCTTGAGGGTGAGCATCACCGGCGACTCGCCGATCAAAGCCTGCAACCCGGACTTCTGCGCCTCGCGCTCCTGGTAGAACGACAGCGTGCGCTCCATGCGCTCGGTAGCCAGGGCC > NC_002947/3870280‑3870571 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |