Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 3,885,304 | C→T | 6.8% | P397S (CCA→TCA) | PP_3429 → | two component system response regulator/sensor histidine kinase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 3,885,304 | 0 | C | T | 6.8% | 172.7 / 2.4 | 59 | P397S (CCA→TCA) | PP_3429 | two component system response regulator/sensor histidine kinase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (25/30); new base T (2/2); total (27/32) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.17e-01 |
CGCCTTCGAACCCTTCTTCAGCACCAAGGCGACCGGCCAAGGCATTGGCCTGGGGTTGTCGATGGTGTACGGTTTCAGCAAGCAGTCCCATGGGCATATCACCCTCAGCAGCGAGATTGGCCA‑GG‑‑GAACCCAGGTGGAGCTGTATTTGCCACGCCATGTCGATCAGGCCCTGTCATACAGCGAACCGGTGCCAGCCAGGCAAGACGGCTGCAGCCGACACGTGCTGGTTGTCGAGGACGATCCCCATGTGCGCCAACTGCTTTGCCAGGCGCTGGGCGAAAACGGCTTCCCCTG > NC_002947/3885156‑3885449 | cGCCTTCGAACCCTTCTTCAGCACCAAGGCGACCGGCCAAGGCATTGGCCTGGGGTTGTCGATGGTGTACGGTTTCAGCAAGCAGTCCCATGGGCATATCACCCTCAGCAGGGAGATTGGCCA‑GG‑‑GAACCCAGGTGGAGCTGTATTTGc > 8:278717/1‑149 (MQ=255) gCCTTCGAACCCTTCTTCAGCACCAAGGCGACCGGCCAAGGCATTGGCCTGGGGTTGTCGATGGTGTACGGTTTCAGCAAGCAGTCCCATGGGCATATCACCCTCAGCAGCGAGATTGGCCA‑GG‑‑GAACCCAGGTGGAGCTGTATTTGc > 6:3368/1‑148 (MQ=255) cGAACCCTTCTTCAGCACCAAGGCGACCGGCCAAGGCATTGGCCTGGGGTTGTCGATGGTGTACGGTTTCAGCAAGCAGTCCCATGGGCATATCACCCTCAGCAGCGAGATTGGCCA‑GG‑‑GAACCCAGGTGGAGCTGTATTTGCCACGc > 2:274795/1‑148 (MQ=255) cccTTCTTCAGCACCAAGGCGACCGGCCAAGGCATTGGCCTGGGGTTGTCGATGGTGTACGGTTTCAGCAAGCAGTCCCTTGGGCATATCACCCTCAGCAGCGAGATTGGCCA‑GG‑‑GAACCCAGGTGGAGCTGTATTTGCCACGCCATGt < 5:305894/149‑1 (MQ=255) cttcttCAGCACCAAGGCGACCGGCCAAGGCATTGGCCTGGGGTTGTCGATGGTGTACGGTTTCAGCAAGCAGTCCCATGGGCATATCACCCTCAGCAGCGAGATTGGCCA‑GG‑‑GAACCCAGGTGGAGCTGTATTTGCCACGCCATGTc > 3:135007/1‑148 (MQ=255) tcttcAGCACCAAGGCGACCGGCCAAGGCATTGGCCTGGGGTTGTCGATGGTGTACGGTTTCAGCAAGCAGTCCCATGGGCATATCACCCTCAGCAGCGAGATTGGCCA‑GG‑‑GAACCCAGGTGGAGCTGTATTTGCCACGCCATGTCGAt > 7:302661/1‑149 (MQ=255) cAGCACCAAGGCGACCGGCCAAGGCATTGGCCTGGGGTTGTCGATGGTGTACGGTTTCAGCAAGCAGTCCCATGGGCATATCACCCTCAGCAGCGAGATTGGCCA‑GG‑‑GAACCCAGGTGGAGCTGTATTTGCCACGCCATGTCGATc < 7:278717/146‑1 (MQ=255) cAGCACCAAGGCGACCGGCCAAGGCATTGGCCTGGGGTTGTCGATGGTGTACGGTTTCAGCAAGCAGTCCCATGGGCATATCACCCTCAGCAGCGAGATTGGCCA‑GG‑‑GAACCCAGGTGGAGCTGTATTTGCCACGCCATGTCGATCAg < 7:81042/148‑1 (MQ=255) 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6:310866/149‑1 (MQ=255) cTGGGGTTGTCGATGGTGTACGGTTTCAGCAAGCAGTCCCATGGGCATATCACCCTCAGCAGCGAGATTGGCCA‑GG‑‑GAACCCAGGTGGAGCTGTATTTGCCACGCCATGTCGATCAGGCCCTGTCATACAGCGAACCGGTGccagccag < 5:3368/149‑1 (MQ=255) tGGGGTTGTCGATGGTGTACGGTTTCAGCAAGCAGTCCCATGGGCATATCACCCTCAGCAGCGAGATTGGCCA‑GG‑‑GAACCCAGGTGGAGCTGTATTTGCCACGCCCTGTCGATCAGGCCCGGTCATACAGCGAGCCGGTGCCAGCCAgg > 4:309331/1‑149 (MQ=255) gTCGATGGTGTACGGTTTCAGCAAGCAGTCCCAAGGGCATATCACCCTCAGCAGCGAGATTGGCCA‑GG‑‑GAACCCAGGTGGAGCTGTATTTGCCACGCCATGTCGATCAGGCCCTGTCATACAGCGAACCGGTGCCAGCCAGGCAAGACg > 2:189291/1‑149 (MQ=255) gATGGTGTACGGTTTCAGCAAGCAGTCCCATGGGCATATCACCCTCAGCAGCGAGATTGGCCA‑GG‑‑GAACCCAGGTGGAGCTGTATTTGCCACGCCATGTCGATCAGGCCCTGTCATACAGCGAACCGGTGCCAGCCAGGCAAGACGGCt < 3:1776/149‑1 (MQ=255) ggTGTACGGTTTCAGCAAGCAGTCCCATGGGCATATCACCCTCAGCAGCGAGATTGGCCA‑GG‑‑GAACCCAGGTGGAGCTGTATTTGCCACGCCATGTCGATCAGGCCCTGTCATACAGCGAACCGGTGCCAGCCAGGCAAGACGGCTGc < 6:83004/148‑1 (MQ=255) 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a‑GG‑‑GAACCCAGGTGGAGCTGTATTTGCCACGCCATGGCGATCAGGCCCTGTCATACAGCGAACCGGTGCCAGCCAGGCAAGACGGCTGCAGCCGACACGTGCTGGTTGTCGAGGACGATCCCCATGTGCGCCAACTGCTTTGCCAGgcg > 1:221747/1‑149 (MQ=255) aaCCCAGGTGGAGCTGTATTTGCCACGCCATGTCGATCAGGCCCTGTCATACAGCGAACCGGTGCCAGCCAGGCAAGACGGCTGCAGCCGACACGTGCTGGTTGTCGAGGACGATCCCCATGTGCGCCAACTGCTTTGCCAGGCGCTgg < 3:309331/149‑1 (MQ=255) ccAGGTGGAGCTGTATTTGCCACGCCATGTCGATCAGGCCCTGTCATACAGCGAACCGGTGCCAGCCAGGCAAGACGGCTGCAGCCGACACGTGCTGGTTGTCGAGGACGATCCCCATGTGCGCCAACTGCTTTGCCAGGCGCTGGGc > 8:271760/1‑148 (MQ=255) aGGTGGAGCTGTATTTGCCACGCCATGTCGATCAGGCCCTGTCATACAGCGAACCGGTGCCAGCCAGGCAAGACGGCTGCAGCCGACACGTGCTGGTTGTCGAGGACGATCCCCATGTGCGCCAACTGCTTTGCCAGGCGCTGGGCGa > 5:185739/1‑148 (MQ=255) ggTGGAGCTGTATTTGTCACGCCATGTCGATCAGGCCCTGTCATACAGCGAACCGGTGCCAGCCAGGCAAGACGGCTGCAGCCGACACGTGCTGGTTGTCGAGGACGATCCCCATGTGCGCCAACTGCTTTGCCAGGCGCTGGGc < 5:25496/145‑1 (MQ=255) 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tATTTGCCACGCCATGTCGATCAGGCCCTGTCATACAGCGAACCGGTGCCAGCCAGGCAAGACGGCTGCAGCCGACACGTGCTGGTTGTCGAGGACGATCCCCATGTGCGCCAACTGCTTTGCCAGGCGCTGGGCGAAAACGGCTTcc < 2:221747/148‑1 (MQ=255) tGCCACGCCATGTCGATCAGGCCCTGTCATACAGCGAACCGGTGCCAGCCAGGCAAGACGGCTGCAGCCGACACGTGCTGGTTGTCGAGGACGATCCCCATGTGCGCCAACTGCTTTGCCAGGCGCTGGGCGAAAACGGCTTCCCCTg < 4:25157/148‑1 (MQ=255) | CGCCTTCGAACCCTTCTTCAGCACCAAGGCGACCGGCCAAGGCATTGGCCTGGGGTTGTCGATGGTGTACGGTTTCAGCAAGCAGTCCCATGGGCATATCACCCTCAGCAGCGAGATTGGCCA‑GG‑‑GAACCCAGGTGGAGCTGTATTTGCCACGCCATGTCGATCAGGCCCTGTCATACAGCGAACCGGTGCCAGCCAGGCAAGACGGCTGCAGCCGACACGTGCTGGTTGTCGAGGACGATCCCCATGTGCGCCAACTGCTTTGCCAGGCGCTGGGCGAAAACGGCTTCCCCTG > NC_002947/3885156‑3885449 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |