Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 3,931,916 | T→C | 100% | I521V (ATC→GTC) | PP_3466 ← | ABC transporter permease/ATP‑binding protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 3,931,916 | 0 | T | C | 100.0% | 132.1 / ‑6.8 | 41 | I521V (ATC→GTC) | PP_3466 | ABC transporter permease/ATP‑binding protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base C (17/23); minor base G (0/1); total (17/24) | |||||||||||
Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
CATGTTTGATCACCTCCTGCGCCAGTACCTGCAACTGGCCGTCATGCAGTTGCAGCTGCAGGTCGGCATCGGCCAGGGTCGAAGCCCGGTGGCTGATCAGGATGCGCGTGCGGCCGGCGAACAGCTGGTCGATGGCCGCGATCACTTCACGCTCGGTGGCCTCATCCACTGCCGAAGTGGCCTCGTCCAGCACCAGGATCGCCGGGGCCTGCAACACTGCACGAGCAATGGCGATGCGTTGTTTCTGGCCCCCGGACAACTGCTGGCCGCGCTCGCCCAGCAAGC > NC_002947/3931775‑3932059 | cATGTTTGATCACCTCCTGCGCCAGTACCTGCAACTGGCCGTCATGCAGTTGCAGCTGCAGGTCGGCATCGGCCAGGGTCGAAGACCGGTGGCTGATCAGGATGCGCGTGCGGCCGGCGAACAGCTGGTCGATGGCCGCGACCACTTCa > 7:22628/1‑149 (MQ=255) cATGTTTGATCACCTCCTGCGCCAGTACCTGCAACTGGCCGTCATGCAGTTGCAGCTGCAGGTCGGCATCGGCCACGGTCGAAGCCCGGTGCCTGATCAGGATGCGCGTGCGGCCGCCGAACAGCTGGTCCATGGCCGCGACCACTTCa > 3:178028/1‑149 (MQ=255) tttGATCACCTCCTGCGCCAGTACCTGCAACTGGCCGTCATGCAGTTGCAGCTGCAGGTCGGCATCGGCCAGGGTCGAAGCCCGGTGGCTGATCAGGATGCGCGTGCGGCCGGCGAACAGCTGGTCGATGGCCGCGACCACTTCACGCt > 3:112742/1‑149 (MQ=255) aCCTCCTGCGCCAGTACCTGCAACTGGCCGTCATGCAGTTGCAGCTGCAGGTCGGCATCGGCCAGGGTCGAAGCCCGGTGGCTGATCAGGATGCGCGTGCGGCCGGCGAACAGCTGGTCGATGGCCGCGACCACTTCACGCTCGGTgg < 5:193953/148‑1 (MQ=255) cctcctGCGCCAGTACCTGCAACTGGCCGTCATGCAGTTGCAGCTGCAGGTCGGCATCGGCCAGGGTCGAAGCCCGGTGGCTGATCAGGATGCGCGTGCGGCCGGCGAACAGCTGGTCGATGGCCGCGACCACTTCACGCTCGGTGGcc < 3:287269/149‑1 (MQ=255) ctcctGCGCCAGTACCTGCAACTGGCCGTCATGCAGTTGCAGCTGCAGGTCGGCATCGGCCAGGGTCGAAGCCCGGTGGCTGATCAGGATGCGCGTGCGGCCGGCGAACAGCTGGTCGATGGCCGCGACCACTTCACGCTCGGTGGCCt > 1:74660/1‑149 (MQ=255) tcctGCGCCAGTACCTGCAACTGGCCGTCATGCAGTTGCAGCTGCAGGTCGGCATCGGCCAGGGTCGAAGCCCGGTGGCTGATCAGGATGCGCGTGCGGCCGGCGAACAGCTGGTCGATGGCCGCGACCACTTCACGCTCGGTGGCCt > 1:282451/1‑148 (MQ=255) gTACCTGCAACTGGGCGTCATGCAGTTGCTGCTGCAGGTGGCCATCGTCCAGGGTAGAAGCGCGGTGGCTGATCAGGATGCGCGGGCGTCCGGCGAACAGCTGGTCGATGGCCGCGACCACTTCACGCTCGGTGGCCTCATCCAGTGcc < 4:178028/149‑1 (MQ=255) tACCTGCAACTGGCCGTCATGCAGTTGCAGCTGCAGGTCGGCATCGGCCAGGGTCGAAGCCCGGTGGCTGATCAGGATGCGCGTGCGGCCGGCGAACAGCTGGTCGATGGCCGCGACCACTTCACGCTCGGTGGCCTCATCCACTGcc > 2:142664/1‑148 (MQ=255) gCAACTGGCCGTCATGCAGTTGCAGCTGCAGGTCGGCATCGGCCAGGGTCGAAGCCCGGTGGCTGATCAGGATGCGCGTGCGGCCGGCGAACAGCTGGTCGATGGCCGCGACCACTTCACGCTCGGTGGCCTCATCCACTGCCGAAGTg > 7:54178/1‑149 (MQ=255) cAACTGGCCGTCATGCAGTTGCAGCTGCAGGTCGGCATCGGCCAGGGTCGAAGCCCGGTGGCTGATCAGGATGCGCGTGCGGCCGGCGAACAGCTGGTCGATGGCCGCGACCACTTCACGCTCGGTGGCCTCATCCACTGCCGAAGt < 2:282451/147‑1 (MQ=255) cAACTGGCCGTCATGCAGTTGCAGCTGCAGGTCGGCATCGGCCAGGGTCGAAGCCCGGTGGCTGATCAGGATGCGCGTGCGGCCGGCGAACAGCTGGTCGATGGCCGCGACCACTTCACGCTCGGTGGCCTCATCCACTGCCGAAGTg < 8:155350/148‑1 (MQ=255) gCCGTCATGCAGTTGCAGCTGCAGGTCGGCATCGGCCAGGGTCGAAGCCCGGTGGCTGATCAGGATGCGCGTGCGGCCGGCGAACAGCTGGTCGATGGCCGCGACCACTTCACGCTCGGTGGCCTCATCCACTGCCGAAGTGGCCTc < 2:195564/147‑1 (MQ=255) cGTCATGCAGTTGCAGCTACAGGTCGGCATCGGCCAGGGTCGAAGCCCGGTGGCTGATCAGGATGCGCGTGCGGCCGGCGAACAGCTGGTCGATGGCCGCGACCACTTCACGCTCGGTGGCCTCATCCACTGCCGAAGTGGCCTCGt < 3:226714/147‑1 (MQ=255) cGTCATGCAGTTGCAGCTACAGGTCGGCATCGGCCAGGGTCGAAGCCCGGTGGCTGATCAGGATGCGCGTGCGGCCGGCGAACAGCTGGTCGATGGCCGCGACCACTTCACGCTCGGTGGCCTCATCCACTGCCGAAGTGGCCTCGt > 4:226714/1‑147 (MQ=255) tCATGCAGTTGCAGCTGCAGGTCGGCATCGGCCAGGGTCGAAGCCCGGTGGCTGATCAGGATGCGCGTGCGGCCGGCGAACAGCTGGTCGATGGCCGCGACCACTTCACGCTCg < 2:320792/114‑1 (MQ=255) tCATGCAGTTGCAGCTGCAGGTCGGCATCGGCCAGGGTCGAAGCCCGGTGGCTGATCAGGATGCGCGTGCGGCCGGCGAACAGCTGGTCGATGGCCGCGACCACTTCACGCTCg > 1:320792/1‑114 (MQ=255) tGCAGCTGCAGGTCGGCATCGGCCAGGGTCGAAGCCCGGTGGCTGATCAGGATGCGCGTGCGGCCGGCGAACAGCTGGTCGATGGCCGCGACCACTTCACGCTCGGTGGCCTCATCCACTGCCGAAGTGGCCTCGTCCAGCACCAGGAt > 4:248198/1‑149 (MQ=255) aGCTGCAGGTCGGCATCGGCCAGGGTCGAAGCCCGGTGGCTGATCAGGATGCGCGTGCGGCCGGCGAACAGCTGGTCGATGGCCGCGACCACTTCACGCTCGGTGGCCTCATCCACTGCCGAAGTGGCCTCGTCCAGCACCAGGATCGc > 2:239663/1‑149 (MQ=255) aGCTGCAGGTCGGCATCGGCCAGGGTCGAAGCCCGGTGGCTGATCAGGATGCGCGTGCGGCCGGCGAACAGCTGGTCGATGGCCGCGACCACTTCACGCTCGGTGGCCTCATCCACTGCCGAAGTGGCCTCGTCCAGCACCAGGATCGc < 4:75888/149‑1 (MQ=255) aGCTGCAGGTCGGCATCGGCCAGGGTCGAAGCCCGGTGGCTGATCAGGATGCGCGTGCGGCCGGCGAACAGCTGGTCGATGGCCGCGACCACTTCACGCTCGGTGGCCTCATCCACTGCCGAAGTGGCCTCGTCCAGCACCAGGATCGc < 3:167295/149‑1 (MQ=255) gTCGGCATCGGCCAGGGTCGAAGCCCGGTGGCTGATCAGGATGCGCGTGCGGCCGGCGAACAGCTGGTCGATGGCCGCGACCACTTCACGCTCGGTGGCCTCATCCACTGCCGAAGTGGCCTCGTCCAGCACCAGGATCGCCGGGGCCt < 1:239663/149‑1 (MQ=255) ggCATCGGCCAGGGTCGAAGCCCGGTGGCTGATCAGGATGCGCGTGCGGCCGGCGAACAGCTGGTCGATGGCCGCGACCACTTCACGCTCGGTGGCCTCATCCACTGCCGAAGTGGCCTCGTCCAGCACCAGGATCGCCGGGGCCTGc < 1:272397/148‑1 (MQ=255) gCCAGGGTCGAAGCCCGGTGGCTGATCAGGATGCGCGTGCGGCCGGCGAACAGCTGGTCGATGGCCGCGACCACTTCACGCTCGGTGGCCTCATCCACTGCCGAAGTGGCCTCGTCCAGCACCAGGATCGCCGGGGCCTGCAACACTGc > 8:19247/1‑149 (MQ=255) ccAGGGTCGAAGCCCGGTGGCTGATCAGGATGCGCGTGCGGCCGGCGAACAGCTGGTCGATGGCCGCGACCACTTCACGCTCGGTGGCCTCATCCACTGCCGAAGTGGCCTCGTCCAGCACCAGGATCGCCGGGGCCTGCAACACTGCa < 4:112742/149‑1 (MQ=255) gggTCGAAGCCCGGTGGCTGATCAGGATGCGCGTGCGGCCGGCGAACAGCTGGTCGATGGCCGCGACCACTTCACGCTCGGTGGCCTCATCCACTGCCGAAGTGGCCTCGTCCAGCACCAGGATCGCCGGGGCCTGCAACACTGCACGa < 8:54178/149‑1 (MQ=255) gCCCGGTGGCTGATCAGGATGCGCGTGCGGCCGGCGAACAGCTGGTCGATGGCCGCGACCACTTCACGCTCGGTGGCCTCATCCACTGCCGAAGTGGCCTCGTCCAGCACCAGGATCGCCGGGGCCTGCAACACTGCACGAGCAATGGc < 7:19247/149‑1 (MQ=255) tGATCAGGATGCGCGTGCGGCCGGCGAACAGCTGGTCGATGGCCGCGACCACTTCACGCTCGGTGGCCTCATCCACTGCCGAAGTGGCCTCGTCCAGCACCAGGATCGCCGGGGCCTGCAACACTGCACGAGCAATGGCGATGCgttgt > 7:279433/1‑149 (MQ=255) aGGATGCGCGTGCGGCCGGCGAACAGCTGGTCGATGGCCGCGACCACTTCACGCTCGGTGGCCTCATCCACTGCCGAAGTGGCCTCGTCCAGCACCAGGATCGCCGGGGCCTGCAACACTGCACGAGCAATGGCGATGCGTTGTTTCt < 2:74660/148‑1 (MQ=255) aGGATGCGCGTGCGGCCGGCGAACAGCTGGTCGATGGCCGCGACCACTTCACGCTCGGTGGCCTCATCCACTGCCGAAGTGGCCTCGTCCAGCACCAGGATCGCCGGGGCCTGCAACACTGCACGAGCAATGGCGATGCGTTGTTTCt < 6:155562/148‑1 (MQ=255) aGGATGCGCGTGCGGCCGGCGAACAGCTGGTCGATGGCCGCGACCACTTCACGCTCGGTGGCCTCATCCACTGCCGAAGTGGCCTCGTCCAGCACCAGGATCGCCGGGGCCTGCAACACTGCACGAGCAATGGCGATGCGTTGTTTCTg < 1:142664/149‑1 (MQ=255) ggccggcGAACAGCTGGTCGATGGCCGCGACCACTTAACGCTCGGTGGCCTCATCCACTGCCGAAGTGGCCTCGTCCAGCACCACGATCGCCGGGGCCTGCAACACTGCACGAGCAATGGCGATGCGTTGTTTCTGGCCCCCGGACaa > 2:303835/1‑148 (MQ=255) cGAACAGCTGGGCGATGGCCGCGACCACTTCACGCTCGGTGGCCTCATCCACTGCCGAAGTGGCCTCGTCCAGCACCAGGATCGCCGGGGCCTGCAACACTGCACGAGCAATGGCGATGCGTTGTTTCTGGCCCCCGGACAACTGCTgg < 3:248198/149‑1 (MQ=255) cAGCTGGTCGATGGCCGCGACCACTTCACGCTCGGTGGCCTCATCCACTGCCGAAGTGGCCTCGTCCAGCACCAGGATCGCCGGGGCCTGCAACACTGCACGAGCAATGGCGATGCGTTGTTTCTGGCCCCCGGACAACTGCTGGCcgc > 5:156090/1‑149 (MQ=255) aGCTGGTCGATGGCCGCGACCACTTCACGCTCGGTGGCCTCATCCACTGCCGAAGTGGCCTCGTCCAGCACCAGGATCGCCGGGGCCTGCAACACTGCACGAGCAATGGCGATGCGTTGTTACTGGCCCCCGGACAACTGCTGGGcgag > 3:200436/1‑147 (MQ=255) gCTGGTCGATGGCCGCGACCACTTCACGCTCGGTGGCCTCATCCACTGCCGAAGTGGCCTCGTCCAGCACCAGGATCGCCGGGGCCTGCAACACTGCACGAGCAATGGCGATGCGTTGTTTCTGGCCCCCGGACAACTGCTGGCCgcgc < 1:303835/149‑1 (MQ=255) ggTCGATGGCCGCGACCACTTCACGCTCGGTGGCCTCATCCACTGCCGAAGTGGCCTCGTCCAGCACCAGGATCGCCGGGGCCTGCAACACTGCACGAGCAATGGCGATGCGTTGTTTCTGGCCCCCGGACAACTGCTGGGCGAGcgcg > 6:224456/1‑149 (MQ=255) gCCGCGAGGACTTCACGGTCGGTTGCCTCATCCTCTGCCGAAGGGGCCTCGTCCTGCACCAGGATCGCCGGGGCCTGCAACACTGCACGAGCATTGGCGATGCGTTGTTTCTGGCCCCCGGACAACTGCTGGGCGAGCGCGGCCAGCag < 4:200436/149‑2 (MQ=255) gCCGCGACCACTTCACGCTCGGTGGCCTCATCCACTGCCGAAGTGGCCTCGTCCAGCACCAGGATCGCCGGGGCCTGCAACACTGCACGAGCAATGGCGATGCGTTGTTTCTGGCCCCCGGACAACTGCTGGCCGCGCTCGCCCAGCaa < 8:279433/149‑1 (MQ=255) cgcgACCACTTCACGCTCGGTGGCCTCATCCACTGCCGAAGTGGCCTCGTCCAGCACCAGGATCGCCGGGGCCTGCAACACTGCACGAGCAATGGCGATGCGTTGTTTCTGGCCCCCGGACAACTGCTGGGCGAGCGCGGCCAGCagtt < 5:224456/149‑4 (MQ=255) cgcgACCACTTCACGCTCGGTGGCCTCATCCACTGCCGAAGTGGCCTCGTCCAGCACCAGGATCGCCGGGGCCTGCAACACTGCACGAGCAATGGCGATGCGTTGTTTCTGGCCCCCGGACAACTGCTGGCCGCGCTCGCCCAGCAAGc < 6:156090/149‑1 (MQ=255) | CATGTTTGATCACCTCCTGCGCCAGTACCTGCAACTGGCCGTCATGCAGTTGCAGCTGCAGGTCGGCATCGGCCAGGGTCGAAGCCCGGTGGCTGATCAGGATGCGCGTGCGGCCGGCGAACAGCTGGTCGATGGCCGCGATCACTTCACGCTCGGTGGCCTCATCCACTGCCGAAGTGGCCTCGTCCAGCACCAGGATCGCCGGGGCCTGCAACACTGCACGAGCAATGGCGATGCGTTGTTTCTGGCCCCCGGACAACTGCTGGCCGCGCTCGCCCAGCAAGC > NC_002947/3931775‑3932059 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |