| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 3,942,940 | A→G | 7.5% | V318A (GTG→GCG) ‡ | PP_3478 ← | secretion protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 3,942,940 | 0 | A | G | 7.5% | 147.0 / 2.8 | 53 | V318A (GTG→GCG) ‡ | PP_3478 | secretion protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (27/22); new base G (2/2); total (29/24) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.00e-01 | |||||||||||
CATCGTCGCTCAGCACGCCGAAGGTGTTGGGCCATTGCAGGCCAAGGTCGAGGATGCGCGAGGTGGCCACCTCCATCACCTCCACTTCCAGCACCACCTCGGGGTTGGACTGGTCCTGCGACTGCAGCAGCTTCTCGGCCATGCGCACCGCGTCCGACGTGTCGCGCATGGTCAGGGTGTTGAGGCGCTCGTCAACGAA‑CACGTCGCGGGTCTTGAGCATGGTCTTGACCATGTTCAACGCGGTGTTGGCGTCGATGCTGGTCAGGTAGAACGTGCGCATGACCAGTTCCT > NC_002947/3942794‑3943084 | cATCGTCGCTCAGCACGCCGAAGGTGTTGGGCCATTGCAGGCCAAGGTCGAGGATGCGCGAGGTGGCCACCTCCATCACCTCCACTTCCAGCACCACCTCGGGGTTGGACTGGTCCTGCGACTGCAGCAGCTTCTCGGCCATGCGCAcc > 1:107672/1‑149 (MQ=255)cATCGTCGCTCAGCACGCCGAAGGTGTTGGGCCATTGCAGGCCAAGGTCGAGGATGCGCGAGGTGGCCACCTCCATCACCTCCACTTCCAGCACCACCTCGGGGTTGGACTGGTCCTGCGACTGCAGCAGCTTCTCGGCCATGCGCAcc > 1:170488/1‑149 (MQ=255) tcgCTCAGCACGCCGAAGGTGTTGGGCCATTGCAGGCCAAGGTCGAGGATGCGCGAGGTGGCCACCTCCATCACCTCCACTTCCAGCACCACCTCGGGGTTGGACTGGTCCTGCGACTGCAGCAGCTTCTCGGCCATGCGCACCGCGTc < 2:170488/149‑1 (MQ=255) tcgCTAAGCACGCCGTAGGTGTTGGGGCATTGCATGCCAAGGTCGAGGATGCGCGAGGTGGCCACCTGCATCACCTCCACTTCCAGCACCACCTCGGGGTTGGACTGGTCCTGCGACTGCAGCAGCTTCTCGGCCATGCGCACCGCGTc < 8:21044/149‑1 (MQ=255) gCTCAGCACGCCGAAGGTGTTGGGCCATTGCAGGCCAAGGTCGAGGATGCGCGAGGTGGCCACCTCCATCACCTCCACTTCCAGCACCACCTCGGGGTTGGACTGGTCCTGCGACTGCAGCAGCTTCTCGGCCATGCGCACCGCGTCCg < 6:251700/149‑1 (MQ=255) cACGCCGAAGGTGTTGGGCCATTGCAGGCCAAGGTCGAGGATGCGCGAGGTGGCCACCTCCATCACCTCCACTTCCAGCACCACCTCGGGGCTGGACTGGTCCTGCGACTGCAGCAGCTTCTCGGCCATGCGCACCGCGTCCGACgtgt > 7:27828/1‑149 (MQ=255) cGAAGGTGATGGGCCATTGCAGGCCAAGGTCGAGGATGCGCGAGGTGGCCACCTCCATCACCTCCACTTCCAGCACCACCTCGGGGTTGGACTGGTCCTGCGACTGCAGCAGCTTCTCGGCCATGCGCACCGCGTc > 6:217934/1‑136 (MQ=255) cGAAGGTGATGGGCCATTGCAGGCCAAGGTCGAGGATGCGCGAGGTGGCCACCTCCATCACCTCCACTTCCAGCACCACCTCGGGGTTGGACTGGTCCTGCGACTGCAGCAGCTTCTCGGCCATGCGCACCGCGTc < 5:217934/136‑1 (MQ=255) gatggTGTTGGGCCATTGCAGGCCAAGGTCGAGGTTGCGCTAGGTGGCCACCTCCATCACCTCCACTTCCAGCACCACCTCGGGGTTGTACTGGTCCTGCGACTGCAGCAGCTTCTCGGCCATGCGCACCGCGTCCGAc < 6:159478/136‑1 (MQ=255) gggCCATTGCAGGCCAAGGTCGAGGATGCGCGAGGTGGCCACCTCCATCACCTCCACTTCCAGCACCACCTCGGGGTTGGACTGGTCCTGCGACTGCAGCAGCTTCTCGGCCATGCGCACCGCGTCCGACGTGTCGCGCATGGTCAgg < 6:334972/148‑1 (MQ=255) cATTGCAGGCCAAGGTCGAGGATGCGCGAGGTGGCCACCTCCATCACCTCCACTTCCAGCACCACCTCGGGGCTGGACTGGTCCTGCGACTGCAGCAGCTTCTCGGCCATGCGCACCGCGTCCGACGTGTCGCGCATGGTCAGGGTGtt < 8:27828/149‑1 (MQ=255) aGGCCAAGGTCGAGGATGCGCGAGGTGGCCACCTCCATCACCTCCACTTCCAGCACCACCTCGGGGTTGGACTGGTCCTGCGACTGCAGCAGCTTCTCGGCCATGCGCACCGCGTCCGACGTGTCGCGCATGGTCAGGGTGTTGAGgcg > 7:295258/1‑149 (MQ=255) gCCAAGGTCGAGGATGCGCGAGGTGGCCACCTCCATCACCTCCACTTCCAGCACCACCTCGGGGTTGGACTGGTCCTGCGACTGCAGCAGCTTCTCGGCCATGCGCACCGCGTCCGACGTGTCGCGCATGGTCAGGgt < 3:170082/138‑1 (MQ=255) gCCAAGGTCGAGGATGCGCGAGGTGGCCACCTCCATCACCTCCACTTCCAGCACCACCTCGGGGTTGGACTGGTCCTGCGACTGCAGCAGCTTCTCGGCCATGCGCACCGCGTCCGACGTGTCGCGCATGGTCAGGgt > 4:170082/1‑138 (MQ=255) ccAAGGTCGAGGATGCGCGAGGTGGCCACCTCCATCACCTCCACTTCCAGCACCACCTCGGGGTTGGACTGGTCCTGCGACTGCAGCAGCTTCTCGGCCATGCGCACCGCGTCCGACGTGTCGCGCATGGTCAGGGTGTTGAGGCGCTc < 2:107672/149‑1 (MQ=255) cAAGGTCGAGGATGCGCGAGGTGGCCACCTCCATCACCTCCACTTCCAGCACCACCTCGGGGTTGGACTGGTCCTGCGACTGCAGCAGCTTCTCGGCCATGCGCACCGCGTCCGACGTGTCGCGCATGGTCAGGGTGTTGAGGCGCTCg > 6:87763/1‑149 (MQ=255) gcgAGGTGGCCACCTCCATCACCTCCACTTCCAGCACCACCTCGGGGTTGGACTGGTCCTGCGACTGCAGCAGCTTCTCGGCCATGCGCACCGCGTCCGACGTGTCGCGCATGGTCAGGGTGTTGAGGCGCTCGTCAACGAA‑CACGTcg > 1:139263/1‑149 (MQ=255) gCCACCTCCATCACCTCCACTTCCAGCACCACCTCGGGGTTGGACTGGTCCTGCGACTGCAGCAGCTTCTCGGCCATGCGCGACACGTCGGACGCGGTGCGCATg > 7:212659/1‑105 (MQ=37) gCCACCTCCATCACCTCCACTTCCAGCACCACCTCGGGGTTGGACTGGTCCTGCGACTGCAGCAGCTTCTCGGCCATGCGCGACACGTCGGACGCGGTGCGCATg < 8:212659/105‑1 (MQ=37) gCCACCTCCATCACCTCCACTTCCAGCACCACCTCGGGGTTGGACTGGTCCTGCGACTGCAGCAGCTTCTCGGCCATGCGCACCGCGTCCGACGTGTCGCGCATGGTCAGGGTGTTGAGGCGCTCGTCAACGAA‑CACGTCGCGGGTCtt < 5:15629/149‑1 (MQ=255) ccACCTCCATCACCTCCACTTCCAGCACCACCTCGGGGTTGGACTGGTCCTGCGACTGCAGCAGCTTCTCGGCCATGCGCACCGCGTCCGACGTGTCGCGCATGGTc < 6:251553/107‑1 (MQ=255) ccACCTCCATCACCTCCACTTCCAGCACCACCTCGGGGTTGGACTGGTCCTGCGACTGCAGCAGCTTCTCGGCCATGCGCACCGCGTCCGACGTGTCGCGCATGGTc > 5:251553/1‑107 (MQ=255) cTCCATCACCTCCACTTCCAGCACCACCTCGGGGTTGGACTGGTCCTGCGACTGCAGCAGCTTCTCGGCCATGCGCACCGCGTCCGACGTGTCGCGCATGGTCAGGGTGTTGAGGCGCTCGTCAACGAA‑CACGTCGCGGGTCTTGAGCa < 5:87763/149‑1 (MQ=255) cATCACCTCCACTTCCAGCACCACCTCGGGGTTGGACTGGTCCTGCGACTGCAGCAGCTTCTCGGCCATGCGCACCGCGTCCGACGTGTCGCGCATGGTCAGGGTGTTGAGGCGCTCGTCAACGAA‑CACGTCGCGGGTCTTGAGCATgg > 6:41138/1‑149 (MQ=255) cATCACCTCCACTTCCAGCACCACCTCGGGGTTGGACTGGTCCTGCGACTGCAGCAGCTTCTCGGCCATGCGCACCGCGTCCGACGTGTCGCGCATGGGCAGGGTGTTGAGGCGCTCGTCAACGAA‑CACGTCGCGGGTCTTGAGCATg < 8:69649/148‑1 (MQ=255) ccTCCACTTCCAGCACCACCTCGGGGTTGGACTGGTCCTGCGACTGCAGCAGCTTCTCGGCCATGCGCACCGCGTCCGACGTGTCGCGCATGGTCAGGGTGTTGAGGCGCTCGTCAACGAA‑CACGTCGCGGGTCTTGAGCATGGTCtt > 5:275766/1‑148 (MQ=255) ccTCCACTTCCAGCACCACCTCGGGGTTGGACTGGTCCTGCGACTGCAGCAGCTTCTCGGCCATGCGCACCGCGTCCGACGTGTCGCGCATGGTCAGGGTGTTGAGGCGCTCGTCAACGAA‑CACGTCGCGGGTCTTGAGCATGGTCtt > 3:221243/1‑148 (MQ=255) tCCACTTCCAGCACCACCTCGGGGTTGGACTGGTCCTGCGACTGCAGCAGCTTCTCGGCCATGCGCACCGCGTCCGa > 8:115666/1‑77 (MQ=255) tCCACTTCCAGCACCACCTCGGGGTTGGACTGGTCCTGCGACTGCAGCAGCTTCTCGGCCATGCGCACCGCGTCCGa < 7:115666/77‑1 (MQ=255) tCCACTTCCAGCACCACCTCGGGGTTGGACTGGTCATGCGACTGCAGCAGCTTCTAGGCCATGCGCACCGCGTCCGACGTGTCGCGCATGGTCAGGGTGTTGAGGCGCTCGTCAACGAA‑CACGTCGCGGGTCTTGAGCATGGTCTTGAc > 1:169417/1‑149 (MQ=255) ccAGCACCACCTCGGGGTTGGACTGGTCCTGCGACTGCAGCAGCTTCTCGGCCATGCGCACCGCGTCCGACGTGTCGCGCATGGTCAGGGTGTTGAGGCGCTCGTCAACGAA‑CACGTCGCGGGTCTTGAGCATGGTCTTGACCATGt < 4:221243/147‑1 (MQ=255) gccccaccTCGGGGTTGGACTGGTCCTGCGACTGCAGCAGCTTCTCGGCCATGCGCACCGCGTCCGACGTGTCGCGCATGGTCAGGGTGTTGAGGCGCTCGTCAACGAA‑CACGTCGCGGGTCTTGAACATGGTCAAGACCATGCTCaag < 8:295258/146‑2 (MQ=255) accaccTCGGGGTTGGACTGGTCCTGCGACTGCAGCAGCTTCTCGGCCATGCGCACCGCGTCCGACGTGTCGCGCATGGTCAGGGTGTTGAGGCGCTCGTCAACGAA‑CACGTCGCGGGTCTTGAGCATGGTCTGCGTCATGTTCAAcgc > 1:278528/1‑149 (MQ=255) accTCGGGGTTGGACTGGTCCTGCGACTGCAGCAGGTTCTCGGCCATGCGCACCGCGTCCGACGTGTCGCGCATGGTCATGGTGTTGAGGCGCTCGTCAACGAATCACGTCGCGGGTCTTGAGCATGGTCTTGACCATGTTCAACGCgg < 1:69149/149‑1 (MQ=255) ggggTTGGACTGGTCCTGCGACTGCAGCAGCTTCTCGGCCATGCGCACCGCGTCCGACGTGTCGCGCATGGTCAGGGTGTTGAGGCGCTCGTCAACGAA‑CACGTCGCGGGTCTTGAGCATGGTCTTGACCATGTTCAACGCGGTGTTg < 2:139263/148‑1 (MQ=255) gACTGGTCCTGCGACTGCAGCAGCTTCTCGGCCATGCGCACCGCGTCCGACGTGTCGCGCATGGTCAGGGTGTTGAGGCGCTCGTCAACGAA‑CACGTCGCGGGTCTTGAGCATGGTCTTGACCATGTTCAACGCGGTGTTGGCGTCGAt > 2:103391/1‑149 (MQ=255) gTCCTGCGACTGCAGCAGCTTCTCGGCCATGCGCACCGCGTCCGACGTGTCGCGCATGGTCAGGGTGTTGAGGCGCTCGTCAACGAA‑CACGTCGCGGATCTTGAGCATGGTCTTGACCATGTTCAACGCGGTGTTGGCGTCGATGCTgg > 4:321488/1‑149 (MQ=255) gTCCAGCGAATGCAGCAGCTTATCGGCCATGCGCACCGCCTCCGACCTGTCGCGCATGGTAAGGGTGGTTAGGCGCTCGTCAACGAA‑CACGTCGCGGGTCTAGAGCATAGTCGAGACCATGTTCAACGCGGGGTACGCCTCGAAGCtcg > 4:240673/1‑147 (MQ=255) cTGCGACTGCAGCAGCTTCTCGGCCATGCGCACCGCGTCCGACGTGTCGCGCATGGTCAGGGTGTTGAGGCGCTCGTCAACGAA‑CACGTCGCGGGTCTTGAGCATGGTCTTGACCATGTTCAACGCGGTGTTGGCGTCGATGCTGGTCa < 5:41138/149‑1 (MQ=255) cagcagCTTCTCGGCCATGCGCACCGCGTCCGACGTGTCGCGCATGGTCAGGGTGTTGAGGCGCTCGTCAACGAA‑CACGTCGCGGGTCTTGAGCATGGTCtt > 4:256004/1‑102 (MQ=255) cagcagCTTCTCGGCCATGCGCACCGCGTCCGACGTGTCGCGCATGGTCAGGGTGTTGAGGCGCTCGTCAACGAA‑CACGTCGCGGGTCTTGAGCATGGTCTTGACGATGTTCAACGCGGGGGTGGCGTGGAGGCTGGGCAGGTAgcaag > 8:274078/1‑145 (MQ=255) cagcTTCTCGGCCATGCGCACCGCGTCCGACGTGTCGCGCATGGTCAGGGTGTTGAGGCGCTCGTCAACGAA‑CACGTCGCGGGTCTTGAGCATGGTCTTGACCATGTTCAACGCGGTGTTGGCGTCGATGCTGGTCAgg > 6:289370/1‑139 (MQ=255) cagcTTCTCGGCCATGCGCACCGCGTCCGACGTGTCGCGCATGGTCAGGGTGTTGAGGCGCTCGTCAACGAA‑CACGTCGCGGGTCTTGAGCATGGTCTTGACCATGTTCAACGCGGTGTTGGCGTCGATGCTGGTCAgg < 5:289370/139‑1 (MQ=255) ttCTCGGCCATGCGCACCGCGTCCGACGTGTCGCGCATGGTCAGGGTGTTGAGGCGCTCGTCAACGAA‑CACGTCGCGGGTCTTGAGCATGGTCTTGACCATGTTCAACGCGGTGTTGGCGTCGATGCTGGTCAGGTAGAAc > 6:239177/1‑141 (MQ=255) ttCTCGGCCATGCGCACCGCGTCCGACGTGTCGCGCATGGTCAGGGTGTTGAGGCGCTCGTCAACGAA‑CACGTCGCGGGTCTTGAGCATGGTCTTGACCATGTTCAACGCGGTGTTGGCGTCGATGCTGGTCAGGTAGAAc < 5:239177/141‑1 (MQ=255) ccctgaccATGCGCGACACGTCGGACGCGGTGCGCATGGTCAGGGTGTTGAGGCGCTCGTCAACGAA‑CACGTCGCGGGTCTTGAGCATGGTCTTGACCATGTTTAACGCGGTGTTGGCGTCGATGCTGGTCa > 2:190174/7‑132 (MQ=37) ccctgaccATGCGCGACACGTCGGACGCGGTGCGCATGGTCAGGGTGTTGAGGCGCTCGTCAACGAA‑CACGTCGCGGGTCTTGAGCATGGTCTTGACCATGTTTAACGCGGTGTTGGCGTCGATGCTGGTCa < 1:190174/126‑1 (MQ=37) gCCATGCGCACCGCGTCCGACGTGTCGCGCATGGTCAGGGTGTTGAGGCGCTCGTCAACGAA‑CACGTCGCGGGTCTTGAGCATGGTCTTGACCATGTTCAACGCGGTGTTGGCGTCGATGCTGGTCAGGTAGAACGTGCGCATGACCAg > 6:65226/1‑149 (MQ=255) gCCATGCGCACCGCGTCCGACGTGTCGCGCATGGTCAGGGTGTTGAGGCGCTCGTCAACGAA‑CACGTCGCGGGTCTTGAGCATGGTCTTGACCATGTTCAACGCGGTGTTGGCGTCGATGCTGGTCAGGTAGAACGTGCGCATGACCAg > 6:238694/1‑149 (MQ=255) tGCGCACCGCGTCCGACGTGTCGCGCATGGTCAGGGTGTTGAGGCGCTCGTCAACGAA‑CACGTCGCGGGTCTTGAGCATGGTCTTGACCATGTTCAACGCGGTGTTGGCGTCGATGCTGGTCAGGTAGAACGTGCGCATGACCAGTTcc < 5:65226/149‑1 (MQ=255) tGCGCACCGCGTCCGACGTGTCGCGCATGGTCAGGGTGTTGAGGCGCTCGTCAACGAA‑CACGTCGCGGGTCTTGAGCATGGTCTTGACCATGTTCAACGCGGTGTTGGCGTCGATGCTGGTCAGGTAGAACGTGCGCATGACCAGTTcc > 8:216234/1‑149 (MQ=255) gcgcACCGCGTCCGACGTGTCGCGCATGGTCAGGGTGTTGAGGCGCTCGTCAACGAA‑CACGTCGCGGGTCTTGAGCATGGTCTTGACCATGTTCAACGCGGTGTTGGCGTCGATGCTGGTCAGGTAGAACGTGCGCATGACCAGTTCCt > 7:4298/1‑149 (MQ=255) gcgcACCGCGTCCGACGTGTCGCGCATGGTCAGGGTGTTGAGGCGCTCGTCAACGAA‑CACGTCGCGGGTCTTGAGCATGGTCTTGACCATGTTCAACGCGGTGTTGGCGTCGATGCTGGTCAGGTAGAACGTGCGCATGACCAGTTCCt > 7:1092/1‑149 (MQ=255) | CATCGTCGCTCAGCACGCCGAAGGTGTTGGGCCATTGCAGGCCAAGGTCGAGGATGCGCGAGGTGGCCACCTCCATCACCTCCACTTCCAGCACCACCTCGGGGTTGGACTGGTCCTGCGACTGCAGCAGCTTCTCGGCCATGCGCACCGCGTCCGACGTGTCGCGCATGGTCAGGGTGTTGAGGCGCTCGTCAACGAA‑CACGTCGCGGGTCTTGAGCATGGTCTTGACCATGTTCAACGCGGTGTTGGCGTCGATGCTGGTCAGGTAGAACGTGCGCATGACCAGTTCCT > NC_002947/3942794‑3943084 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |