Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 3,949,113 | T→C | 11.9% | S141G (AGC→GGC) | PP_3485 ← | hypothetical protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 3,949,113 | 0 | T | C | 11.9% | 103.7 / 6.0 | 42 | S141G (AGC→GGC) | PP_3485 | hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (18/19); new base C (2/3); total (20/22) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.56e-01 |
GCCCGATGAGCGTTGCCCGAGCCAAGGCCAGGCCGTGTTCGCGTATGACCAATGGATTATCACTTTGGTTCTGCGCTCCTTGCAGTCTGTCCTGGTTGGCATCAAAAAATGCCTCCACTTCGCCCTCGCTCGGCGC‑GTCGACTGCGCTGAGC‑AGGGCGTACACTTGCTGGGCCGCCATCTCATGCCGGGTGTATTCAGTGTACTGCGCCCTGTCGAAGCCCGCCTCTGCCAGTCGCCTTTCGAATAACGCCGGGCTGCCAAATG‑CCGCTTCGATCTCGCCAACCTGCGCCGA > NC_002947/3948966‑3949257 | gCCCGATGAGCGTTGCCCGAGCCAAGGCCAGGCCGTGTTCGCGTATGACCAATGGATTATCACTTTGGTTCTGCGCTCCTTGCAGTCTGTCCTGGTTGGCATCAAAAAATGCCTCCACTTCGCCCTCGCTCGGCGC‑GTCGACTGCGCt > 8:243695/1‑148 (MQ=255) cGATGAGCGTTGCCCGAGCCAAGGCCAGGCCGTGTTCGCGTATGACCAATGGATTATCACTTTGGTTCTGCGCTCCTTGCAGTCTGTCCTGGTTGGCATCAAAAAATGCCTCCACTTCGCCCT‑GCTCAGCGCAGTCGAC‑GCGCCGAGc > 3:1406/1‑148 (MQ=255) gATGAGCGTTGCCCGAGCCAAGGCCAGGCCGTGTTCGCGTATGACCAATGGATTATCACTTTGGTTCTGCGCTCCTTGCAGTCTGTCCTGGTTGGCATCAAAAAATGCCTCCACTTCGCCCTCGCTCGGCGC‑GTCGACTGCGCTGAg > 8:226224/1‑147 (MQ=255) aGCGTTGCCCGAGCCAAGGCCAGGCCGTGTTCGCGTATGACCAATGGATTATCACTTTGGTTCTGCGCTCCTTGCAGTCTGTCCTGGTTGGCATCAAAAAATGCCTCCACTTCGCCCTCGCTCGGCGC‑GTCGACTGCGCTGAGC‑AGGGc < 3:87067/149‑1 (MQ=255) aGCGTTGCCCGAGCCAAGGCCAGGCCGTGTTCGCGTATGACCAATGGATTATCACTTTGGTTCTGCGCTCCTTGCAGTCTGTCCTGGTTGGCATCAAAAAATGCCTCCACTTCGCCCT‑GCTCAGCGCAGTCGAC‑GCGCCGAGcgaggg < 8:2356/148‑6 (MQ=38) cGTTGCCCGAGCCAAGGCCAGGCCGTGTTCGCGTATGACCAATGGATTATCACTTTGGTTCTGCGCTCCTTGCAGTCTGTCCTGGTTGGCATCAAAAAATGCCTCCACTTCGCCCTCGCTCGGCGC‑GTCGACTGCGCTGAGC‑AGGGCg > 8:298388/1‑148 (MQ=255) cccGAGCCAAGGCCAGGCCGTGTTCGCGTATGACCAATGGATTATCACTTTGGTTCTGCGCTCCTTGCAGTCTGTCCTGGTTGGCATCAAAAAATGCCTCCACTTCGCCCT‑GCTCAGCGCAGTCGAC‑GCGCCGAGCGAGGGCgaagtg < 4:1406/148‑6 (MQ=37) ccGAGCCAAGGCCAGGCCGTGTTCGCGTATGACCAATGGATTATCACTTTGGTTCTGCGCTCCTTGCAGTCTGTCCTGGTTGGCATCAAAAAATGCCTCCACTTCGCCCTCGCTCGGCGC‑GTCGACTGCGCTGAGC‑AGGGCGTACACtt > 5:58179/1‑149 (MQ=255) gAGCCAAGGCCAGGCCGTGTTCGCGTATGACCAATGGATTATCACTTTGGTTCTGCGCTCCTTGCAGTCTGTCCTGGTTGGCATCAAAAAATGCCTCCACTTCGCCCTCGCTCGGCGC‑GTCGACTGCGCTGAGC‑AGGGCGTACACTTGc > 2:183636/1‑149 (MQ=255) cAAGGCCAGGCCGTGTTCGCGTATGACCAATGGATTATCACTTTGGTTCTGCGCTCCTTGCAGTCTGTCCTGGTTGGGATCAAAAAATGCCTCCACTTCGCCCT‑GCTCAGCGCAGTCGAC‑GCGCCGAGcgaggg > 1:105789/1‑129 (MQ=37) cAAGGCCAGGCCGTGTTCGCGTATGACCAATGGATTATCACTTTGGTTCTGCGCTCCTTGCAGTCTGTCCTGGTTGGCATCAAAAAATGCCTCCACTTCGCCCT‑GCTCAGCGCAGTCGAC‑GCGCCGAGcgaggg < 2:105789/134‑6 (MQ=37) ccGTGTTCGCGTATGACCAATGGATTATCACTTTGGTTCTGCGCTCCTTGCAGTCTGTCCTGGTTGGCATCAAAAAATGCCTCCACTTCGCCCTCGCTCGGCGC‑GTCGACTGCGCTGAGC‑AGGGCGTACACTTGCTGGGCCGCCAtctc < 7:298388/149‑1 (MQ=255) gtTCGCGTATGACCAATGGATTATCACTTTGGTTCTGCGCTCCTTGCAGTCTGTCCTGGTTGGCATCAAAAAATGCCTCCACTTCGCCCTCGCTCGGCGC‑GTCGACTGCGCTGAGC‑AGGGCGTACACTTGCTGGGCCGCCATCTCATGc > 5:253686/1‑149 (MQ=255) gcgTATGACCAATGGATTATCACTTTGGTTCTGCGCTCCTTGCAGTCTGTCCTGGTTGGCATCAAAAAATGCCTCCACTTCGCCCTCGCTCGGCGC‑GTCGACTGCGCTGAGC‑AGGGCGTACACTTGCTGGGCCGCCATCTCATGCCggg < 7:226224/149‑1 (MQ=255) tGACCAATGGATTATCACTTTGGTTCTGCGCTCCTTGCAGTCTGTCCTGGTTGGCATCAAAAAATGCCTCCACTTCGCCCTCGCTCGGCGC‑GTCGACTGCGCTGAGC‑AGGGCGTACACTTGCTGGGCCGCCATCTCATGCCGGGTGTAt > 7:228340/1‑149 (MQ=255) ccAATGGATTATCACTTTGGTTCTGCGCTCCTTGCAGTCTGTCCTGGTTGGCATCAAAAAATGCCTCCACTTCGCCCTCGCTCGGCGC‑GTCGACTGCGCTGAGC‑AGGGCGTACACTTGCTGGGCCGCCATCTCATGCCGGGTGTATTCa < 8:34658/149‑1 (MQ=255) ccAATGGATTATCACTTTGGTTCTGCGCTCCTTGCAGTCTGTCCTGGTTGGCATCAAAAAATGCCTCCACTTCGCCCTCGCTCGGCGC‑GTCGACTGCGCTGAGC‑AGGGCGTACACTTGCTGGGCCGCCATCTCATGCCGGGTGTATTCa < 6:58179/149‑1 (MQ=255) cAATGGATTATCACTTTGGTTCTGCGCTCCTTGCAGTCTGTCCTGGTTGGCATCAAAAAATGCCTCCACTTCGCCCTCGCTCGGCGC‑GTCGACTGCGCTGAGC‑AGGGCGTACACTTGCTggg < 6:158642/122‑1 (MQ=255) cAATGGATTATCACTTTGGTTCTGCGCTCCTTGCAGTCTGTCCTGGTTGGCATCAAAAAATGCCTCCACTTCGCCCTCGCTCGGCGC‑GTCGACTGCGCTGAGC‑AGGGCGTACACTTGCTggg > 5:158642/1‑122 (MQ=255) tCACTTTGGTTCTGCGCTCCTTGCAGTCTGTCCTGGTTGGCATCAAAAAATGCCTCCACTTCGCCCTCGCTCGGCGC‑GTCGACTGCGCTGAGC‑AGGGCGTACACTTGc < 8:114579/108‑1 (MQ=255) tCACTTTGGTTCTGCGCTCCTTGCAGTCTGTCCTGGTTGGCATCAAAAAATGCCTCCACTTCGCCCTCGCTCGGCGC‑GTCGACTGCGCTGAGC‑AGGGCGTACACTTGc > 7:114579/1‑108 (MQ=255) aCTTTGGTTCTGCGCTCCTTGCAGTCTGTCCTGGTTGGCATCAAAAAATGCCTCCACTTCGCCCTCGCTCGGCGC‑GTCGACTGCGCTGAGC‑AGGGCGTACACTTGCTGGGCCGCCATCTCATGCCGGGTGTATTCAGTGTACTGCGcc < 1:223445/148‑1 (MQ=255) tttGGTTCTGCGCTCCTTGCAGTCTGTCCTGGTTGGCATCAAAAAATGCCTCCACTTCGCCCTCGCTCGGCGC‑GTCGACTGCGCTGAGC‑AGGGCGTACACTTGCTGGGCCGCCATCTCATGCCGGGTGTATTCAGTGTACTGCGCCCTg > 3:137853/1‑149 (MQ=255) ttCTGCGCTCCTTGCAGTCTGTCCTGGTTGGCATCAAAAAATGCCTCCACTTCGCCCTCGCTCGGCGC‑GTCGACTGCGCTGAGC‑AGGGCGTACACTTGCTGGGCCGCCATCTCATGCCGGGTGTATTCAGTGTACTgc < 8:173974/138‑1 (MQ=255) ttCTGCGCTCCTTGCAGTCTGTCCTGGTTGGCATCAAAAAATGCCTCCACTTCGCCCTCGCTCGGCGC‑GTCGACTGCGCTGAGC‑AGGGCGTACACTTGCTGGGCCGCCATCTCATGCCGGGTGTATTCAGTGTACTgc > 7:173974/1‑138 (MQ=255) ttCTGCGCTCCTTGCAGTCTGTCCTGGTTGGCATCAAAAAATGCCTCCACTTCGCCCTCGCTCGGCGC‑GTCGACTGCGCTGAGC‑AGGGCGTACACTTGCTGGGCCGCCATCTCATGCCGGGTGTATTCAGTGTACTGCGCCCTGTCg > 1:72093/1‑147 (MQ=255) ttCTGCGCTCCTTGCAGTCTGTCCTGGTTGGCATCAAAAAATGCCTCCACTTCGCCCTCGCTCGGCGC‑GTCGACTGCGCTGAGC‑AGGGCGTACACTTGCTGGGCCGCCATCTCATGCCGGGTGTATTCAGTGTACTGCGCCCTGTCGaa < 8:228340/149‑1 (MQ=255) ttCTGCGCTCCTTGCAGTCTGTCCTGGTTGGCATCAAAAAATGCCTCCACTTCGCCCTCGCTCGGCGC‑GTCGACTGCGCTGAGC‑AGGGCGTACACTTGCTGGGCCGCCATCTCATGCCGGGTGTATTCAGTGTACTGCGCCCTGTCGaa < 2:72093/149‑1 (MQ=255) tGCGCTCCTTGCAGTCTGTCCTGGTTGGCATCAAAAAATGCCTCCACTTCGCCCTCGCTCGGCGC‑GTCGACTGCGCTGAGC‑AGGGCGTACACTTGCTGGGCCGCCATCTCATGCCGGGTGTATTCAGTGTACTGCGCCCTGTCGAAGcc > 2:20090/1‑149 (MQ=255) gcTCCTTGCAGTCTGTCCTGGTTGGCATCAAAAAATGCCTCCACTTCGCCCTCGCTCGGCGC‑GTCGACTGCGCTGAGC‑AGGGCGTACACTTGCTGGGCCGCCATCTCAt > 7:200404/1‑109 (MQ=255) gcTCCTTGCAGTCTGTCCTGGTTGGCATCAAAAAATGCCTCCACTTCGCCCTCGCTCGGCGC‑GTCGACTGCGCTGAGC‑AGGGCGTACACTTGCTGGGCCGCCATCTCAt < 8:200404/109‑1 (MQ=255) gcTCCTTGCAGTCTGTCCTGGTTGGCATCAAAAAATGCCTCCACTTCGCCCTCGCTCGGCGC‑GTCGACTGCGCTGAGC‑AGGGCGTACACTTGCTGGGCCGCCATCTCATGCCGGGTGTATTCAGTGTACTGCGCCCTGTCGAAGCCCGc > 7:236496/1‑149 (MQ=255) ttGCAGTCTGTCCTGGTTGGCATCAAAAAATGCCTCCACTTCGCCCTCGCTCGGCGC‑GTCGACTGCGCTGAGC‑AGGGCGTACACTTGCTGGGCCGCCATCTCATGCCGGGTGTATTCAGTGTACTGCGCCCTGTCGAAGCCCGCCTCTg > 6:103240/1‑149 (MQ=255) tCTGTCCTGGTTGGCATCAAAAAATGCCTCCACTTCGCCCTCGCTCGGCGC‑GTCGACTGCGCTGAGC‑AGGGCGTACACTTGCTGGGCCGGCATCTCATGCCGGGTGTATTCAGTGTACTGCGCCCTGTCGAAGCCCGCCTCTGCCAGTc < 6:253686/149‑1 (MQ=255) gTTGGCATCAAAAAATGCCTCCACTTCGCCCTCGCTCGGCGC‑GTCGACTGCGCTGAGC‑AGGGCGTACACTTGCTGGGCCGCCATCTCATGCCGGGTGTATTCAGTGTACTGCGCCCTGTCGAAGCCCGCCTCTGCCAGTCGCCTTTc < 5:54592/147‑1 (MQ=255) aTCAAAAAATGCCTCCACTTCGCCCTCGCTCGGCGC‑GTCGACTGCGCTGAGC‑AGGGCGTACACTTGCTGGGCCGCCATCTCATGCCGGCTGTATTCAGTGTACTGCGCCCTGTCGAAGCCCGCCTCTGCCAGTCGCCTTTCGAATAACg > 8:36522/1‑149 (MQ=255) aaTGCCTCCACTTCGCCCTCGCTCGGCGC‑GTCGACTGCGCTGAGC‑AGGGCGTACACTTGCTGGGCCGCCATCTCATGCCGGGTGTATTCAGTGTACTGCGCCCTGTCGAAGCCCGCCTCTGCCAGTCGCCTTTCGAATAACGCCGGGCt < 1:183636/149‑1 (MQ=255) tCCACTTCGCCCTCGCTCGGCGC‑GTCGACTGCGCTGAGC‑AGGGCGTACACTTGCTGGGCCGCCATCTCATGCCGGGTGTATTCAGTGTACTGCGCCCTGTCGAAGCCCGCCTCTGCCAGTCGCCTTTCGAATAACGCCGGGCTGCCaaa > 3:247751/1‑149 (MQ=255) cACTTCGCCCTCGCTCGGCGC‑GTCGACTGCGCTGAGC‑AGGGCGTACACTTGCTGGGCCGCCATCTCATGCCGGGTGTATTCAGTGTACTGCGCCCTGTCGAAGCCCGCCTCTGCCAGTCGCCTTTCGAATAACGCCGGGCTGCCAAAt < 7:36522/148‑1 (MQ=255) ccccCGCTCGGCGC‑GTCGACTGCGCTGAGC‑AGGGCGTACACTTGCTGGGCCGCCATCTCATGCCGGGTGTATTCAGTGTACTGCGCCCTGTCGAAGCCCGCCTCTGCCAGTCGCCTTTCGAATAACGCCGGGCTGCCAAATG‑CCGCTTc < 8:49821/149‑1 (MQ=255) cccTCGCTCGGCGC‑GTCGACTGCGCTGAGC‑AGGGCGTACACTTGCTGGGCCGCCATCTCATGCCGGGTGTATTCAGTGTACTGCGCCCTGTCGAAGCCCGCCTCTGCCAGTCGCCTTTCGa < 6:306068/121‑1 (MQ=255) cccTCGCTCGGCGC‑GTCGACTGCGCTGAGC‑AGGGCGTACACTTGCTGGGCCGCCATCTCATGCCGGGTGTATTCAGTGTACTGCGCCCTGTCGAAGCCCGCCTCTGCCAGTCGCCTTTCGa > 5:306068/1‑121 (MQ=255) cgcTGAGC‑AGGGCGTACACTTGCTGGGCCGCCATCTCATGCCGGGTGTATTCAGTGTACTGCGCCCTGTCGAAGCCCGCCTCTGCCAGTCGCCTTTCGAATAACGCCGGGCTGCCAAATGCCCGCTTCGATCTCGCCAACCTGCGCCGa < 1:20090/149‑1 (MQ=255) | GCCCGATGAGCGTTGCCCGAGCCAAGGCCAGGCCGTGTTCGCGTATGACCAATGGATTATCACTTTGGTTCTGCGCTCCTTGCAGTCTGTCCTGGTTGGCATCAAAAAATGCCTCCACTTCGCCCTCGCTCGGCGC‑GTCGACTGCGCTGAGC‑AGGGCGTACACTTGCTGGGCCGCCATCTCATGCCGGGTGTATTCAGTGTACTGCGCCCTGTCGAAGCCCGCCTCTGCCAGTCGCCTTTCGAATAACGCCGGGCTGCCAAATG‑CCGCTTCGATCTCGCCAACCTGCGCCGA > NC_002947/3948966‑3949257 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |